Zákon č. 357/2015 Z. z. nezveruje oprávnenej osobe pri vykonávaní finančnej kontroly kompetenciu rozhodovať o právach, právom chránených záujmoch alebo povinnostiach fyzických osôb a právnických osôb (vykonávanie finančnej kontroly oprávnenou osobou nemožno zamieňať so správnym konaním, resp. iným konaním v rámci ktorého osobitný predpis zveruje príslušnému orgánu kompetenciu konať a rozhodovať o právach, právom chránených záujmoch alebo povinnostiach fyzických osôb a právnických osôb). V súvislosti s možnosťou povinnej osoby „brániť sa“ voči nedostatkom identifikovaným oprávnenou osobou upravuje zákon č. 357/2015 Z. z. možnosť povinnej osoby podať písomné námietky o. i. k nedostatkom uvedeným v návrhu správy/čiastkovej správy. Oprávnenie povinnej osoby podať písomné námietky je inštitút, ktorý garantuje povinnej osobe možnosť oficiálne sa vyjadriť k nedostatkom uvedeným v návrhu (čiastkovej) správy, pričom oprávnená osoba je povinná preveriť opodstatnenosť predložených námietok. Námietky, ktoré sú opodstatnené, má oprávnená osoba povinnosť zohľadniť v správe/čiastkovej správe, pričom neopodstatnenosť námietok spolu s odôvodnením ich neopodstatnenosti je povinná oznámiť povinnej osobe v (čiastkovej) správe. Námietkové konanie je preto dôležitým procesným krokom tak z pohľadu povinnej osoby ako aj oprávnenej osoby, keďže vytvára rámec na konečnú výmenu názorov vo vzťahu k zisteným nedostatkom pred skončením finančnej kontroly. Keďže v relevantných prípadoch môžu odôvodnené námietky predložené povinnou osobou viesť až k vypusteniu nedostatkov/úprave nedostatkov/zníženiu závažnosti nedostatkov a pod., je vhodné, aby povinná osoba využila kontradiktórne konanie čo najefektívnejšie a predložila všetky relevantné argumenty, ktorými vo vzťahu k nedostatkom disponuje. Inými slovami, je teda v záujme povinnej osoby, aby v rámci námietkového konania predložila všetky argumenty a dôkazy, ktoré má k dispozícii a mohla sa tak účinne bráni. Výsledok finančnej kontroly môže taktiež viesť k ďalšiemu, nezávislému konaniu, a to napr. v rámci správneho konania (napr. ak sa finančnou kontrolou zistilo porušenie finančnej disciplíny alebo porušenie zákona č. 357/2015 Z. z.) alebo v rámci súdneho konania (napr. vo vzťahu k porušeniu povinností z uzatvorenej zmluvy). Uvedené „nasledujúce“ konania však nie je možné chápať ako formu využitia opravného prostriedku voči záverom z finančnej kontroly, ale ako samostatné konania v rámci ktorých sa rozhoduje o skutočnostiach, o ktorých je potrebné/možné rozhodnúť v nadväznosti na vykonanú finančnú kontrolu.