Materiál upravuje finančné riadenie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pri implementácii operačných programov v rámci cieľa Konvergencia a Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť. Zároveň predmetom materiálu je aj finančné riadenie Programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika 2007 – 2013 implementovaného v rámci cieľa Európska územná spolupráca. Tento materiál sa nevzťahuje na implementáciu operačného programu INTERACT II, keďže vláda Slovenskej republiky dňa 1. 10. 2008 schválila uznesením č. 672/2008 Systém riadenia a implementácie operačného programu INTERACT II na programové obdobie 2007 – 2013.
Zmeny v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzii 4.0 sa týkajú najmä:
zapracovania povinností vyplývajúcich zo zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva, ktorý nadobudol účinnosť od 1. 1. 2009;
úpravy textu materiálu a príloh vo väzbe na prijatie meny EUR v Slovenskej republike. V prípade, ak po 1. 1. 2009 bude prijímateľom predkladaná žiadosť o platbu za výdavky vzniknuté v predchádzajúcich rokoch (nie skôr ako pred 1. 1. 2007) v SKK, prijímateľ bude postupovať v súlade s Usmernením č. 15/2008 – U k postupu financovania projektov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v súvislosti s ukončením rozpočtového roka 2008 a zavedením meny euro v Slovenskej republike v rámci programového obdobia 2004 – 2006 a programového obdobia 2007 – 2013;
stanovenia finančných tokov v súvislosti s prijatím uznesenia vlády Slovenskej republiky č. 951/2008 zo dňa 17. decembra 2008, ktorým bol schválený Návrh na výber alternatívy implementácie holdingového fondu na základe rozpracovaných alternatív implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike v programovom období 2007 – 2013 a návrh implementačných dokumentov k iniciatíve JEREMIE;
špecifikácie, že povinnosti riadiaceho orgánu platia rovnako pre sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v zmysle splnomocnenia o delegovaní právomocí. V súvislosti s touto zmenou došlo k vypusteniu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vo všetkých relevantných častiach materiálu;
predkladania odhadu očakávaných výdavkov len v štruktúre za zdroje Európskej únie a národné verejné zdroje bez súkromných zdrojov.