Obsah 

1 	Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
2. 	Základné definície a pojmy
3.	Subjekty a ich zodpovednosti
3.1.	Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
3.1.1.	Rámec podpory Spoločenstva
3.1.2.	Sektorový operačný program Priemysel a služby
3.1.3.	Operačný program Základná infraštruktúra
3.1.4.	Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
3.1.5.	Sektorový operačný program Ľudské zdroje
3.1.6.	Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2
3.1.7.	Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3
3.1.8.	Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA
3.1.9.	Program Iniciatívy ES EQUAL
3.2.	Platobný orgán
3.3.	Platobné jednotky
3.4.	Monitorovacie výbory
3.5.	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci
3.6.	Sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR
3.7.	Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov
3.8.	Správy finančnej kontroly
3.9.	Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.10.	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov
3.11.	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR
4	Financovanie zo štrukturálnych fondov
4.1.	Podpora zo štrukturálnych fondov
4.2.	Obmedzenia pre využívanie finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov
4.3.	Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
4.4.	Záväzky a platby z ES
4.4.1 Záväzky
4.4.2 Platby z Európskej komisie
4.5.	Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie finančných prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán - platobná jednotka
4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - konečný prijímateľ/príjemca pomoci
4.5.4 Platby vo vzťahu konečný prijímateľ/príjemca pomoci – dodávateľ/zhotoviteľ
4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci
4.6.	Odhad očakávaných výdavkov
4.7.	Systém účtov
4.8.	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.9.	Certifikácia
4.10.	Nezrovnalosti
4.11.	Účtovníctvo
4.12.	Finančné výkazníctvo a archivácia
4.13.	Používanie mien a kurzové rozdiely
5.	Monitorovanie a elektronická výmena informácií
6.	Kontrola a audit
6.1.	Kontrola fyzickej realizácie projektu
6.2.	Následná finančná kontrola
6.3.	Vnútorný audit
6.4.	Ukončenie pomoci zo štrukturálnych fondov
6.5.	Externý audit

Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov

1 	Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:

a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii, 1993
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4.10.1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003 

b)	Základné právne predpisy ES
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1447/2001, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúce všeobecné ustanovenia o štrukturálnych fondoch
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1105/2003, ktorým sa mení nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch 
Nariadenia upravujúce všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie EK (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 438/2001 ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2355/2002, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie (ES) č. 438/2001 ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1681/1994 o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2035/2005, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1681/1994 o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 448/2001 ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 1260/1999/ pokiaľ ide o opravy financovania pomoci poskytovanej zo štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2988/1995 o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou za účelom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
Nariadenia upravujúce oprávnenosť výdavkov
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 448/2004, ktorým sa mení nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1685/2000 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov a ktoré ruší nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1145/2003
Nariadenia upravujúce štrukturálne fondy 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1257/1999 o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1263/1999 k Finančnému nástroju na usmerňovanie rybolovu 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1783/1999 o Európskom fonde regionálneho rozvoja
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1784/1999 o Európskom sociálnom fonde 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2792/1999 ustanovujúce presné predpisy a opatrenia týkajúce sa štrukturálnej pomoci ES v sektore rybného hospodárstva
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 445/2002 ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady (ES) č. 1257/1999 o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu
Nariadenia upravujúce používanie EURO
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 643/2000 o opatreniach pre používanie EURO pre účely rozpočtového riadenia štrukturálnych fondov 
  
c)	Základné právne predpisy SR
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z.
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol v znení vyhlášky Ministerstva financií SR č. 738/2004 Z. z., ktorou sa mení a dopĺňa vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 286/2002 Z. z ktorou sa ustanovujú podrobnosti o obsahu ročnej  správy o činnosti vnútorného audítora a o vykonávaní vnútorného auditu
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov.
2 	Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sa rozumie: 
a)	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov na všetkých úrovniach zahrnujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
b)	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti  výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov.
c)	Cieľ 1 - cieľ ES umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov  pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 75 % priemeru Európskych spoločenstiev. 
d)	Cieľ 2 - cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny vážne postihnuté úpadkom priemyslu, a ktoré čelia štrukturálnym ťažkostiam.  
e)	Cieľ 3 - cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho sociálneho fondu pre rozvoj ľudských zdrojov, modernizáciu a prispôsobovanie politík a systémov vzdelávania, školenia a zamestnanosti.
f)	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný programový dokument podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje ES. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí neoddeliteľnú prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. 
g)	Dohoda o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou - správna dohoda uzavretá medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou, ktorá definuje úlohy a zodpovednosti platobného orgánu a platobnej jednotky pri finančnom riadení, správe a kontrole prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu určených na spolufinancovanie a stanovuje zásady spolupráce pri plnení týchto úloh.
h)	Doplnok programu - dokument, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci z ES, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrenia, ako ich uvádza čl. 18 ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999, ktorý vypracuje členský štát alebo riadiaci orgán a ktorý bude v nevyhnutných prípadoch prehodnotený podľa čl. 34 ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999. Zasiela sa Európskej komisii pre informáciu.
i)	Európska investičná banka (ďalej len „EIB“) - medzinárodná finančná a úverová inštitúcia poskytujúca úvery určené na spolufinancovanie projektov, resp. programových dokumentov.
j)	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej len „ERDF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie.
k)	Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond - usmerňovacia sekcia (ďalej len „EAGGF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES podporujúci adaptáciu poľnohospodárskych štruktúr na dlhodobé štrukturálne zmeny v poľnohospodárstve, rozvoj poľnohospodárskej infraštruktúry, rozvoj a obnovu vidieka, vidieckeho dedičstva a lesov.
l)	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
m)	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF“) - inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nesprávnym aktivitám, vrátane zneužitia úradnej moci v rámci inštitúcií EÚ. 
n)	Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu (ďalej len „FIFG“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je zabezpečiť vyrovnaný, harmonický rozvoj rybárskeho priemyslu.
o)	Informačný systém účtovníctva fondov (ďalej len „systém ISUF“) - samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov štrukturálnych fondov (platobný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom systému ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb na úrovni platobného orgánu a platobných jednotiek.
p)	Iniciatívy ES - forma pomoci ES zo štrukturálnych fondov, ktorá sa týka cezhraničnej (INTERREG IIIA), transnacionálnej (INTERREG IIIB) a  interregionálnej spolupráce (INTERREG IIIC), hospodárskej a spoločenskej obnovy zaostalých  miest a mestských oblastí (URBAN), rozvoja vidieka (LEADER) alebo medzištátnej spolupráce na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce (EQUAL).
q)	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) – informačný systém, spravovaný a vyvíjaný riadiacim orgánom CSF v spolupráci s riadiacimi orgánmi, platobným orgánom a orgánom zodpovedným za plnenie povinností podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, ktorý zabezpečí evidenciu údajov o Rámci podpory spoločenstva, všetkých programových dokumentoch, projektoch, overeniach, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC EK, monitorovacími systémami okolitých členských krajín. Poskytuje prepojenia s Informačným systémom účtovníctva fondov.
r)	Jednotný programový dokument (Single Programming Document - ďalej len „SPD“) - programový dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok zo štrukturálnych fondov a ostatné finančné prostriedky.
s)	Kohézny fond - finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 90 % priemeru Európskych spoločenstiev. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
t)	Konečný prijímateľ (Final Beneficiary) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie  projektu poskytované finančné prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a finančné prostriedky zo štrukturálnych fondov mimo schém štátnej pomoci a schém de minimis. 
u)	Konečný užívateľ - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej konečný prijímateľ realizujúci národný projekt financovaný z ESF poskytuje finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe podmienok určených zmluvou. 
v)	Kontrolná akcia – kontrolnou akciou sa rozumie overovanie vzorky operácií podľa čl. 10 - 13 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 vykonávanej v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. a uskutočnenej na rôznych úrovniach riadenia ukončenej správou z kontrolnej akcie.
w)	Memorandum o porozumení pre programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA - medzinárodná zmluva podpísaná medzi Slovenskou republikou a partnerským štátom pre jednotlivé programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA, ktorá podrobne stanovuje úlohy právomoci a zodpovednosti jednotlivých orgánov zapojených do riadenia a implementácie spoločného programu. Zmluvu za Slovenskú republiku podpisuje poverený zástupca riadiaceho/národného orgánu Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR a platobného orgánu Ministerstva financií SR. 
x)	Monitorovací výbor pre program Iniciatívy ES - orgán zriadený členským štátom (členskými štátmi v prípade INTERREG III) po dohode s riadiacim orgánom pre CIP a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v programe. Je zložený zo zástupcov  príslušného riadiaceho orgánu pre program Iniciatívy ES (vrátane národných riadiacich orgánov pre INTERREG III), platobného orgánu (vrátane národných platobných orgánov pre INTERREG III) a ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK, ktorý sa podieľa na práci výboru v pozícii poradcu. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre CIP.
y)	Monitorovací výbor pre jednotný programový dokument - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre SPD a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v SPD. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre SPD, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK a tam, kde je to vhodné, zástupca EIB, ktorí sa podieľajú na práci výboru v pozícii poradcov. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre SPD.
z)	Monitorovací výbor pre operačný program - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, riadiaceho orgánu pre CSF, platobného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK a tam, kde je to vhodné, zástupca EIB, ktorí sa podieľajú na práci výboru v pozícii poradcov. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
aa)	Národná podporná štruktúra pre Program Iniciatívy ES EQUAL - subjekt zriadený v súlade s Príručkou Európskej komisie pre implementáciu EQUAL za účelom poskytovania technickej asistencie riadiacemu orgánu. Aktivity Národnej podpornej štruktúry sú financované z prostriedkov technickej asistencie CIP EQUAL. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy Národnej podpornej štruktúry Fond sociálneho rozvoja, rozpočtová organizácia Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny SR. Vzťah medzi riadiacim orgánom a Fondom sociálneho rozvoja ako Národnou podpornou štruktúrou podrobne upravuje Zmluva o zabezpečovaní funkcií Národnej podpornej štruktúry pre Riadiaci orgán Iniciatívy Spoločenstva EQUAL uzavretá medzi týmito subjektami. 
bb)	Národný monitorovací výbor - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre Rámec podpory Spoločenstva a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených Rámcom podpory Spoločenstva. Je zložený zo zástupcov  jednotlivých riadiacich orgánov, platobného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK a tam, kde je to vhodné, zástupca EIB, ktorí sa podieľajú na práci výboru v pozícii poradcov. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre Rámec podpory Spoločenstva.
cc)	Národný orgán (National Authority) - orgán menovaný členským štátom pre účely riadenia podpory z INTERREG III na národnej úrovni v prípade, ak príslušný členský štát nie je riadiacim orgánom pre program Iniciatívy ES. 
dd)	Národný projekt – osobitný typ projektu financovaný z ESF, ktorý realizuje vybraný konečný prijímateľ za účelom dosiahnutia cieľov v oblasti aktívnej politiky zamestnanosti a vzdelávania.
ee)	Národný rozvojový plán (National Development Plan, ďalej len „NDP“) - programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na ciele uvedené v článku 1 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 a prioritné potreby pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov.
ff)	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia konania hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva.
gg)	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná priorita programového dokumentu a ktorý umožňuje financovanie projektov. 
hh)	Operácia - projekt alebo činnosť vykonávaná konečným prijímateľom/príjemcom pomoci.
ii)	Operačný program - programový dokument schválený Európskou komisiou pre realizáciu Rámca podpory Spoločenstva, obsahujúci súvislý súbor priorít zahrnujúcich viacročné opatrenia, ktorý môže byť realizovaný využitím pomoci jedného alebo viacerých fondov, jedného alebo viacerých iných existujúcich finančných nástrojov a EIB. 
jj)	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov a výdavkov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súlade s nariadením Európskej komisie (ES) č. 448/2004 týkajúci sa oprávnenosti, a ktoré boli vynaložené v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám ES.
kk)	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov (Winding-up Body) - nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov Najvyšší kontrolný úrad SR.
ll)	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. Platobnú jednotku určuje vláda v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva, resp. Pôdohospodárskej platobnej jednotky ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
mm)	Platobný orgán - orgán menovaný členským štátom pre účely vypracovania a predkladania žiadostí o platby a prijímanie platieb od EK. Platobný orgán zodpovedá za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby z Európskej komisie. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy platobného orgánu Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
nn)	Pomoc „de minimis“ - pomoc, ktorá u podnikateľa neprekročí súhrnne v prepočte 100 000 EUR v priebehu troch po sebe nasledujúcich kalendárnych rokov a jej poskytnutie je v súlade s právnym predpisom spoločenstva o poskytnutí pomoci „de minimis“.
oo)	Poskytnutie zálohovej platby konečnému prijímateľovi - poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj ESF a spolufinancovania štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi z verejnej správy alebo mimovládnej organizácii v rámci CIP EQUAL do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po podpise zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a preukázaní konečného prijímateľa o začatí realizácie projektu financovaného z ESF formou zálohovej platby.
pp)	Predfinancovanie - poskytnutie finančných prostriedkov konečnému prijímateľovi z verejnej správy z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroje ERDF, EAGGF-u, FIFG a spolufinancovania štátneho rozpočtu na uhrádzanie záväzkov voči dodávateľovi v lehote splatnosti na základe predloženia účtovných dokladov vystavených dodávateľom. 
qq)	Prehlásenie o overení - dokument vypracovaný sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, riadiacim orgánom alebo národným orgánom potvrdzujúci, že čiastky deklarované konečným prijímateľom/príjemcom pomoci sú oprávnené;
rr)	Príjemca pomoci (Individual Recipient) - orgán, organizácia, právnická osoba alebo fyzická osoba, ktorej sú za účelom realizácie projektu poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov od poskytovateľa pomoci podľa schém štátnej pomoci a schém de minimis.
ss)	Priorita - jeden z hlavných zámerov stratégie Rámca podpory Spoločenstva alebo programového dokumentu. Každej priorite je pridelený príspevok zo štrukturálnych fondov a iných finančných nástrojov, príslušné finančné prostriedky členského štátu a súbor bližšie určených konkrétnych cieľov.
tt)	Program Iniciatívy ES (Community Initiative Program - ďalej len „CIP“) - programový dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované z Iniciatívy ES a zo zdrojov členského štátu (členských štátov v prípade INTERREG III), ich špecifické ciele, príspevok z Iniciatívy ES a ostatné finančné prostriedky.
uu)	Rámec podpory Spoločenstva (Community Support Framework - ďalej len „CSF“) - dokument schválený Európskou komisiou po dohode s príslušným členským štátom, ktorý vyplýva z hodnotenia Národného rozvojového plánu predloženého členským štátom. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok fondov a ostatné finančné prostriedky. Realizuje sa prostredníctvom jedného alebo viacerých operačných programov. 
vv)	Riadiaci orgán - orgán určený vládou pre účely riadenia podpory zo štrukturálnych fondov. Riadiaci orgán je menovaný pre Rámec podpory Spoločenstva, každý operačný program,  jednotný programový dokument a program iniciatívy ES.
ww)	Rozvojové partnerstvo - predstavuje spojenie širokého okruhu účastníkov s príslušnou kompetenciou - partnerov na realizáciu projektov v súlade s princípmi iniciatívy EQUAL a je vymedzený podľa oznámenia EK č. 853/2000. Vzájomné vzťahy a povinnosti partnerov sú upravené v dohode o rozvojovom partnerstve, ktorú uzatvárajú všetci partneri, pričom jeden z nich vystupuje ako vedúci partner. 
xx)	Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci “de minimis“ - dokumenty, ktoré presne stanovujú pravidlá a podmienky, na základe ktorých môžu poskytovatelia pomoci poskytnúť štátnu pomoc a pomoc „de minimis“ jednotlivým príjemcom pomoci.
yy)	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
zz)	Správa o zistenej nezrovnalosti - dokument vyplnený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, platobným orgánom alebo orgánom zodpovedným za plnenie povinností podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 prípadne iným subjektom, na ktorého základe je oficiálne zdokumentovaná zistená nezrovnalosť.
aaa)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - verejný alebo súkromný orgán konajúci v zodpovednosti riadiaceho orgánu, alebo vykonávajúci úlohy v mene riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia o delegovaní právomocí. 
bbb)	Štátna pokladnica - orgán štátnej správy zriadený podľa zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
ccc)	Štátna pomoc - akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Spoločenstva.
ddd)	Štrukturálne fondy - nástroje štrukturálnej politiky ES využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja, Európsky sociálny fond, Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond - usmerňovacia sekcia a Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu.
eee)	Účtovný doklad - doklad definovaný v ods. 1 § 10 zákona č. 431/2002 Z. z. v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu a žiadostí konečného prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v ods. 1 písm. a), b), c), d) a f), pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje prehlásenie konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné  prehlásenie v znení „Ďalej prehlasujem, že originály dokumentácie tejto platby, definované na priloženom zozname, sú v držbe tohto subjektu, náležite opečiatkované, podpísané, prístupné na konzultovanie pre účely kontroly a sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci podľa zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
fff)	Vedúci partner (Lead Partner) - organizácia, vystupujúca v mene rozvojového partnerstva alebo projektového partnerstva pri programoch Iniciatív ES.
ggg)	Vlastné zdroje - finančné prostriedky, ktorými sa podieľa konečný prijímateľ/príjemca pomoci na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie finančné prostriedky, ktoré konečný prijímateľ/príjemca pomoci získal z iného zdroja (okrem zdroja štátneho rozpočtu a zdroja ES), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby.
hhh)	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci oprávnené výdavky uskutočnené v priebehu obdobia oprávnenosti za príslušný programový dokument podľa jednotlivých zdrojov a rokov. Výkaz je vypracovaný platobným orgánom a tvorí prílohu k  žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK.
iii)	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku - podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu uzatvorená medzi riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom (v prípade, ak je táto úloha delegovaná z riadiaceho orgánu) a konečným prijímateľom/príjemcom pomoci určujúca podmienky poskytnutia podpory, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.
jjj)	Žiadosť o platbu - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a povinných príloh, na základe ktorého sú konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci uhrádzané finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v príslušnom pomere.
kkk)	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a príloh, na základe ktorého má konečný prijímateľ/príjemca pomoci povinnosť vrátiť finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v príslušnom pomere na stanovené účty.

3.	Subjekty a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	Riadiace orgány, 
-	Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	Národné orgány,
-	Národná podporná štruktúra,
-	Platobný orgán,
-	Platobné jednotky,
-	Monitorovacie výbory.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
-	Orgán vydávajúci vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov;
-	sekcia auditu a kontroly;
-	Kontrolné útvary ministerstiev, resp. Pôdohospodárskej platobnej agentúry, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky;
-	Správy finančnej kontroly;
-	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR;
-	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov je náležité oddelenie riadiacej funkcie, platobnej funkcie a funkcie následnej finančnej kontroly. 

3.1.	Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
Vláda SR uznesením č. 133/2002 z 13. februára 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre regióny spadajúce pod cieľ 1 formou Rámca podpory Spoločenstva. Vláda SR týmto uznesením zároveň rozhodla o štruktúre NDP, ako aj o zriadení príslušných riadiacich orgánov vzhľadom na štruktúru Národného rozvojového plánu. Na základe pripomienok EK Slovenská republika pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 vypracovala 4 operačné programy pre cieľ 1: 
•	Sektorový operačný program Priemysel a služby, 
•	Operačný program Základná infraštruktúra,
•	Sektorový operačný program Ľudské zdroje,
•	Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka.
Tabuľka č. 1: 
Geografické vymedzenie programových dokumentov pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006:

	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	ÚZEMNÁ JEDNOTKA SR	
Cieľ 1	Národný rozvojový plán (Rámec podpory Spoločenstva)	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Priemysel a služby	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	OP Základná infraštruktúra	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Ľudské zdroje	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
Cieľ 2	SPD NUTS II Bratislava cieľ 2	príslušné zóny Bratislavského samosprávneho kraja	
Cieľ 3	SPD NUTS II Bratislava cieľ 3	Bratislavský samosprávny kraj	
INTERREG IIIA	CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika	Trnavský samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj, Žilinský samosprávny kraj 	
	CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR	Žilinský samosprávny kraj, Prešovský samosprávny kraj	
	Program susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina	Bratislavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj, Trnavský samosprávny kraj, Prešovský samosprávny kraj	
	CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR	Bratislavský samosprávny kraj, Trnavský samosprávny kraj	
EQUAL	CIP EQUAL	Slovenská republika	
Vláda SR uznesením č. 317/2002 zo dňa  27. marca 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre región vylúčený z podpory podľa cieľa 1, spadajúci pod cieľ 2 a cieľ 3 podpory ES, formou jednotného programového dokumentu a o zriadení riadiacich orgánov pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 a SPD NUTS II Bratislava cieľ 3.
Za riadiace orgány pre operačné programy, jednotné programové dokumenty a programy iniciatívy ES v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 boli určené príslušné ministerstvá podľa tabuľky č. 2. Úlohy riadiacich orgánov v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 plnia organizačné útvary v rámci príslušných ministerstiev. 
Tabuľka č. 2: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov pre operačné programy a jednotné programové dokumenty v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Riadiaci orgán	Ministerstvo	Organizačná zložka	
Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	sekcia stratégie rozvoja regiónov - odbor koordinácie fondov EÚ	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Priemysel a služby	Ministerstvo hospodárstva SR	sekcia podporných programov - odbor riadenia SOP, odbor prípravy programov 
sekcia stratégie – odbor podnikateľského prostredia, odbor priemyslu a inovácií
sekcia obchodu a ochrany spotrebiteľa - odbor medzinárodného obchodu, odbor ochrany spotrebiteľa a vnútorného trhu, 
sekcia turizmu
sekcia energetiky	
Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	sekcia stratégie rozvoja regiónov - odbor riadenia programov
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor realizácie programov RR 	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF 	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	Ministerstvo pôdohospodárstva SR	sekcia rozvoja vidieka, odbor rozvoja vidieka	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava cieľ 2	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor  riadenia pomoci pre Bratislavský kraj	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava cieľ 3	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF 	
Vláda SR uznesením č. 359/2002 zo dňa 10. apríla 2002 schválila účasť SR v Iniciatíve Spoločenstva INTERREG III a poverila funkciou riadiacich orgánov, resp. národných orgánov, jednotlivé ministerstvá.
V rámci programov Iniciatívy ES INTERREG III platia špecifické pravidlá, nakoľko ide o nadnárodné programy. Slovenská republika ani pri jednom z nich (okrem CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika) nevystupuje ako riadiaci, resp. platobný orgán. V týchto prípadoch bude ako riadiaci, platobný orgán, voči Európskej komisii vystupovať partnerská krajina.
Pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR je riadiacim orgánom Ministerstvo hospodárstva, práce a sociálnych vecí Poľska, pre Program susedstva INTERREG IIIA Maďarsko - SR - Ukrajina Úrad pre teritoriálny a regionálny rozvoj Maďarska a pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR Úrad spolkového kancelára Rakúskej republiky. Pre všetky programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA podpisuje riadiaci orgán s národným orgánom medzinárodnú dohodu v mene partnerských krajín, ktorej obsahom sú podrobnosti k implementácii programu. 
Za riadiaci orgán pre Iniciatívy ES EQUAL bolo poverené Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR. 
Tabuľka č. 3: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov, resp. národných orgánov, pre programy Iniciatív ES v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Riadiaci/národný orgán	Ministerstvo	Organizačná zložka	
Riadiaci orgán pre CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika
Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Maďarsko - SR - Ukrajina

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR
	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor cezhraničnej spolupráce
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor cezhraničnej spolupráce

Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor cezhraničnej spolupráce

Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor cezhraničnej spolupráce 	
Riadiaci orgán pre Equal	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF 	

Riadiaci orgán (okrem riadiaceho orgánu pre CSF) môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ale celkovú zodpovednosť za riadenie programov nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené splnomocnením o delegovaní právomocí, ktoré riadiaci orgán poskytne platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF na informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje platobný orgán a riadiaci orgán pre CSF o dodatkoch k splnomocneniu o delegovaní právomocí. Splnomocnenie môže byť uzavreté len so subjektami, ktoré majú právnu subjektivitu. 
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi, na ktoré boli delegované určité právomoci, sú uvedené v tabuľke č. 4.
Riadiaci orgán pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 nedeleguje žiadne právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom.
Riadiace a národné orgány pre Iniciatívy ES rovnako nedelegujú svoje právomoci na nižšie úrovne. V prípade Programu Iniciatívy ES EQUAL stanovené úlohy vo vzťahu k finančnému riadeniu plní Národná podporná štruktúra v súlade so zmluvou medzi riadiacim orgánom a Národnou podpornou štruktúrou.
Tabuľka č. 4: 
Inštitucionálne usporiadanie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi pre operačné programy a jednotné programové dokumenty v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Sprostredkovateľský orgán pod Riadiacim orgánom (SORO)	Ministerstvo/ Organizácia	Organizačná zložka 	
SORO pre Sektorový operačný program Priemysel a služby	Slovenská agentúra pre rozvoj investícií a obchodu (SARIO)
Národná agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania (NARMSP)
Slovenská energetická agentúra (SEA)
Slovenská agentúra pre cestovný ruch (SACR)	sekcia štrukturálnych fondov EÚ

sekcia štrukturálnych fondov

odbor implementácie štrukturálnych fondov EÚ 
sekcia štrukturálnych fondov	
SORO pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Ministerstvo školstva SR

	sekcia európskych záležitostí - odbor pre operačný program Vzdelávanie, sekcia ekonomiky pre štrukturálne fondy EÚ - odbor pre oprávnenosť výdavkov štrukturálnych fondov EÚ a odbor metodiky, technickej asistencie, štátnej pomoci a vykazovania	
SORO pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Fond sociálneho rozvoja	odbor riadenia pomoci z ESF	
SORO pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	Pôdohospodárska platobná agentúra 	sekcia projektových podpôr, sekcia kontroly - odbor kontroly projektových podpôr	
SORO pre Operačný program Základná infraštruktúra	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Ministerstvo životného prostredia SR	Koordinačný výbor

Sekcia environmentálnych programov a projektov, odbor administrácie a prípravy projektov, odbor programov a odbor implementácie projektov	
SORO pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava cieľ 3	Ministerstvo školstva SR

	sekcia európskych záležitostí – odbor pre operačný program Vzdelávanie, sekcia ekonomiky pre štrukturálne fondy EÚ - odbor pre oprávnenosť výdavkov štrukturálnych fondov EÚ a odbor metodiky, technickej asistencie, štátnej pomoci a vykazovania 	

3.1.1.	Rámec podpory Spoločenstva
Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva  v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie NDP, vrátane finančného plánu a koordinovanie vypracovania operačných programov a programových doplnkov;
•	negociovanie s Európskou komisiou o NDP a CSF;
•	koordináciu implementácie NDP a ostatných programových dokumentov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov; 
•	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi pre oblasť programovania a monitorovania;
•	vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond;
•	v spolupráci s riadiacimi orgánmi navrhovanie prípadných realokácií finančných prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na vyjadrenie Ministerstvu financií SR, na schválenie vláde SR a na schválenie Národnému monitorovaciemu výboru;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim.  

3.1.2.	Sektorový operačný program Priemysel a služby

Riadiaci orgán	Ministerstvo hospodárstva SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Slovenská agentúra pre rozvoj investícií a obchodu	
	Národná agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania	
	Slovenská energetická agentúra	
	Slovenská agentúra pre cestovný ruch	
		
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Priemysel a služby vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie sektorového operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Priemysel a služby;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SOP Priemysel a služby (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie finančných prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Priemysel a služby a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Priemysel a služby na schválenie;
•	spolufinancovanie SOP Priemysel a služby zo štátneho rozpočtu;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v spolupráci s platobnou jednotkou a sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a rozpočtovým útvarom kapitoly v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontroly podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach hodnotiacich komisií k predloženým projektom najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí hodnotiacich komisií platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Priemysel a služby vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu prostredníctvom riadiaceho orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	prijímanie a schvaľovanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok; 
•	uzatváranie zmlúv s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overovanie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;  
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení riadiacemu orgánu; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu prostredníctvom riadiaceho orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach hodnotiacich komisií k predloženým projektom najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí hodnotiacich komisií platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov agentúry;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.3.	Operačný program Základná infraštruktúra

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
	
	Ministerstvo životného prostredia SR	
Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu, v spolupráci so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie OP Základná infraštruktúra;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre OP Základná infraštruktúra (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, príp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci OP Základná infraštruktúra a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre OP Základná infraštruktúra na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov pre prioritu Lokálna infraštruktúra v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov za prioritu Lokálna infraštruktúra najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov za prioritu Lokálna infraštruktúra platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra  pri projektoch v rámci priority Lokálna infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie OP Základná infraštruktúra zo štátneho rozpočtu pre prioritu Lokálna infraštruktúra;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci).

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Operačný program Základná infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie príslušnej časti operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“ (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR);
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie OP Základná infraštruktúra zo štátneho rozpočtu pre príslušnú prioritu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“ (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR);
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci OP Základná infraštruktúra a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre OP Základná infraštruktúra;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za príslušné priority v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“ (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR), výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.4.	Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka

Riadiaci orgán	Ministerstvo pôdohospodárstva SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Pôdohospodárska platobná agentúra 	

Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie sektorového operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	spolufinancovanie SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka zo štátneho rozpočtu;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;    
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, prípadne sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka na schválenie;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva. 

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste,;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb;
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vo vzťahu k usmerňovacej sekcii EAGGF a FIFG vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom vo vzťahu k usmerňovacej sekcii EAGGF a FIFG a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov agentúry;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 
3.1.5.	Sektorový operačný program Ľudské zdroje

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo školstva SR	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie sektorového operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Ľudské zdroje;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SOP Ľudské zdroje (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, prípadne sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Ľudské zdroje na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje  pri  projektoch  spadajúcich pod Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny  vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné priority/opatrenia/podopatrenia;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa v rozsahu prílohy č. 22;
•	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“ do 30 pracovných dní od 31.12. roku „n“ platobnému orgánu (príloha č. 23);
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci, platobnému orgánu a platobnej jednotke najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje pri projektoch spadajúcich pod Ministerstvo školstva SR  zabezpečuje:
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné priority/opatrenia/podopatrenia;
•	prijímanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa v rozsahu prílohy č. 22;
•	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roka „n“ do 30 pracovných dní od 31.12. roku „n“ platobnému orgánu (príloha 23);
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci, platobnému orgánu a platobnej jednotke najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SOP Ľudské zdroje;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje pri projektoch spadajúcich pod Fond sociálneho rozvoja  zabezpečuje:
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné priority/opatrenia/podopatrenia;
•	prijímanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa v rozsahu prílohy č. 22;
•	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roka „n“ do 30 pracovných dní od 31.12. roku „n“ platobnému orgánu (príloha 23);
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci, platobnému orgánu a platobnej jednotke najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SOP Ľudské zdroje;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.6.	Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2 vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie jednotného programového dokumentu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SPD NUTS II Bratislava cieľ 2;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 zo štátneho rozpočtu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.7.	Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo školstva SR	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3 vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie jednotného programového dokumentu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SPD NUTS II Bratislava cieľ 3;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jeho predloženie platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, príp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3 pri projektoch  spadajúcich pod Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie a schvaľovanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu,
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa v rozsahu prílohy č. 22;
•	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“ do 30 pracovných dní od 31.12. roku „n“ platobnému orgánu (príloha č. 23);

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3 pri projektoch spadajúcich pod Ministerstvo školstva SR zabezpečuje:
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v  kontrolu na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa v rozsahu prílohy č. 22;
•	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“ do 30 pracovných dní od 31.12. roku „n“ platobnému orgánu (príloha 23);
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 3;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.8.	Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA
3.1.8.1 Program Iniciatívy ES INTERREG  IIIA Slovenská republika - Česká republika

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Riadiaci orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s českým národným orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s českým národným orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK č. 2001/438/ES, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.8.2 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 

Riadiaci orgán	Ministerstvo hospodárstva, práce a sociálnych vecí Poľska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika;
•	vypracovanie vnútorného manuálu národného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu národného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu SR v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov;
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol národného orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na národnom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu SR v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu SR o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu SR k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.8.3 Program susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina

Riadiaci orgán	Úrad pre teritoriálny a regionálny rozvoj Maďarska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program susedstva INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre Program susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie Program susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina;
•	vypracovanie vnútorného manuálu národného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu národného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu SR v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie  Programu susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci Programu susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre Programu susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol národného orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na národnom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu SR v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu SR o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu SR k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.8.4 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 

Riadiaci orgán	Úrad spolkového kancelára Rakúskej republiky	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika;
•	vypracovanie vnútorného manuálu národného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu národného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu SR v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii); matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol národného orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na národnom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu SR v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu SR o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu SR k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/99;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.9.	Program Iniciatívy ES EQUAL

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Riadiaci orgán pre Program Iniciatívy ES EQUAL vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie CIP EQUAL;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre CIP EQUAL (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou podľa čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	spolufinancovanie CIP EQUAL zo štátneho rozpočtu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci (rozvojových partnerstiev); 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasť úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu na percentuálne určenej vzorke výdavkov po kontrole vykonanej Národnou podpornou štruktúrou, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb;
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu podľa čl. 34 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa v rozsahu prílohy č. 22;
•	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“ do 30 pracovných dní od 31.12. roku „n“ platobnému orgánu (príloha č. 23);
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci najneskôr do 5 pracovných dní;
•	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci programového dokumentu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci);
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP EQUAL a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP EQUAL na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec kontrol podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Národná podporná štruktúra, ktorá vykonáva úlohy delegované z riadiaceho orgánu, pre Program Iniciatívy ES EQUAL vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v rámci kontroly realizácie projektu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ako súčasti úkonov predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vykonáva 100% administratívnu finančnú kontrolu žiadostí o platbu (okrem žiadostí o zálohovú platbu, ktorých kontrolu vykoná a schváli riadiaci orgán). V rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu NPŠ vykonáva:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu, ktorá zahrnuje: 
i) 	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii) 	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES;
v)	sledovanie zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu konečného prijímateľa podľa podmienok definovaných v KSFR ŠF;

3.2.	Platobný orgán
Podľa uznesenia vlády SR č. 617 z 5. júna 2002 bolo Ministerstvo financií SR určené ako jediný platobný orgán pre štrukturálne fondy. Funkciu platobného orgánu vykonáva sekcia európskych a medzinárodných záležitostí.
Platobný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	koordináciu systému finančného riadenia štrukturálnych fondov;
•	koordináciu platobných jednotiek, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pri finančnom riadení štrukturálnych fondov;
•	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu;
•	metodické usmerňovanie platobných jednotiek, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pri finančnom riadení štrukturálnych fondov;
•	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením a kontrolou štrukturálnych fondov na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
•	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie;
•	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach poradných výborov Európskej komisie – Výboru pre rozvoj a konverziu regiónov, Výboru podľa článku 147 Zmluvy, Výboru pre poľnohospodárske štruktúry a rozvoj vidieka a Výboru pre štruktúry rybolovu a akvakultúru;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA za Ministerstvo financií SR;
•	vypracovanie zmien v Koncepcii systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a  ich predkladanie ministrovi financií, príp. vláde SR na schválenie; 
•	poskytovanie výnimiek z Koncepcie systému finančného riadenia štrukturálnych fondov na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí príslušných orgánov adresovaných ministrovi financií;
•	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby na Európsku komisiu (v prípade programov financovaných z Iniciatívy ES INTERREG IIIA, pri ktorých SR nie je platobným orgánom, na platobný orgán v partnerskom štáte) pre všetky programy financované zo štrukturálnych fondov;
•	zostavenie a zaslanie žiadosti o záverečnú platbu na Európsku komisiu (v prípade programov financovaných z Iniciatívy ES INTERREG IIIA, pri ktorých SR nie je platobným orgánom, na platobný orgán v partnerskom štáte) pre všetky programy financované zo štrukturálnych fondov;
•	koordináciu pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	predbežnú finančnú kontrolu súhrnnej žiadosti o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu,
-	na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu kontrolu na mieste na jednotlivých úrovniach riadenia (priebežná certifikácia),
•	v rámci administratívnej kontroly:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrnuje kontrolu správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
•	v rámci kontroly na mieste (priebežnej certifikácie) vykonávanie kontrol na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti (nariadenie Európskej komisie (ES) č. 448/2004 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov), 
-	boli vykonané kontroly dodania spolufinacovaných tovarov, služieb a prác,
-	nárokované výdavky sú reálne, 
-	sa postupovalo v súlade s právnymi predpismi ES a SR a ostatnými záväznými dokumentmi, 
-	existuje podporná dokumentácia, 
-	sa uchováva a dodržiava audit trail,
V prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalostí okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný programový dokument a informovanie Centrálneho kontaktného útvaru pre OLAF v SR, resp. aj sekcie auditu a kontroly MF SR v prípade, ak platobný orgán požiada sekciu auditu a kontroly MF SR o vykonanie následnej finančnej kontroly.
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci, platobnej jednotke, riadiacemu orgánu pre CSF a riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom najneskôr do 5 pracovných dní;
•	certifikáciu výkazu výdavkov na EK (podrobnejšie k certifikácii v časti 4.9);
•	zostavenie a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii (v prípade programov financovaných z Iniciatívy ES INTERREG IIIA, pri ktorých SR nie je platobným orgánom, platobnému orgánu v partnerskom štáte) na základe  čiastkových výkazov výdavkov a mesačných zoznamov vykonaných platieb predložených platobnými jednotkami a overenia vybraných prehlásení o overení vypracovaných riadiacimi orgánmi alebo sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
•	príjem finančných prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty MF SR;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmový účet príslušného ministerstva na základe súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci prostredníctvom platobnej jednotky;
•	zostavenie a predloženie odhadu čerpania očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov každý rok do 30. apríla;
•	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov štrukturálnych fondov pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
•	finančné opravy prostriedkov štrukturálnych fondov na základe požiadaviek Európskej komisie;
•	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	vypracovanie a predkladanie Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR na Úrade vlády SR podkladov k štvrťročným správam o nezrovnalostiach (výkaz vrátených neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov, výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov čakajúcich na vymoženie a výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť) a správ o zistených nezrovnalostiach;
•	zavedenie jednotného systému účtovníctva pre platobný orgán a platobné jednotky (Informačného systému pre účtovanie fondov – ISUF), vrátane zabezpečenia jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jednotky;
•	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu systémov ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému prostredníctvom odboru integrovanej podpory MF SR;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie a predkladanie knihy dlžníkov podľa článku 8 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov platobnej jednotke a riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom do 10. pracovného dňa v mesiaci;
•	sledovanie, či riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky vykonali nápravné opatrenia v nadväznosti na vykonané externé audity, vnútorné audity a kontroly týchto orgánov;
•	účasť svojho zástupcu na výberových konaniach na projekty v úlohe pozorovateľa.
V prípade programov Iniciatívy ES INTERREG IIIA (Poľsko - SR, Rakúsko - SR) a Programu susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina vystupuje ako platobný orgán partnerský štát. V  prípadoch programov Iniciatívy ES INTERREG IIIA a Programu susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina predkladá platobný orgán SR Európskej komisii dokumenty prostredníctvom platobného orgánu pre program v partnerskom štáte. 

3.3.	Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly. 
Zoznam platobných jednotiek je uvedený v nasledujúcej tabuľke.
Tabuľka č. 5: 
Inštitucionálne usporiadanie platobných jednotiek pre štrukturálne fondy pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

inštitúcia	Organizačná zložka	FOND	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	
Ministerstvo hospodárstva SR
	sekcia rozpočtu a financovania - odbor rozpočtu a projektov EÚ	ERDF
	SOP Priemysel a služby
	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor finančného riadenia	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
SPD NUTS II Bratislava cieľ 2
4 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	sekcia rozpočtu a vnútornej ekonomiky - odbor rozpočtu a financovania	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo životného prostredia SR 	sekcia environmentálnych programov a projektov, odbor financovania a platieb projektov	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia ekonomiky, odbor platobnej jednotky	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
CIP EQUAL	
Ministerstvo školstva SR	sekcia ekonomiky pre štrukturálne fondy EÚ – odbor pre financovanie štrukturálnych fondov EÚ	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
	
Pôdohospodárska platobná agentúra 	platobná sekcia	EAGGF
FIFG	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka 	
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zabezpečujú:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva/agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
•	vykonávanie predbežnej finančnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa kontrolu formálnej správnosti dokumentov predložených riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, kontrolu súladu žiadostí s finančným plánom projektu a s rozpočtovým limitom pre danú prioritu a opatrenie;
•	prevod finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie  konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy systémom predfinancovania (v prípade konečných prijímateľov z verejnej správy okrem ESF), systémom zálohovej platby (v prípade konečných prijímateľov z verejnej správy pri programoch financovaných z ESF a mimovládnych organizácií pre CIP EQUAL) alebo refundácie;  
•	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov platobnému orgánu podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou;
•	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a platieb spojených s poskytovaním finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	vedenie výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie a predkladanie čiastkovej knihy dlžníkov  riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom do 15. pracovného dňa v mesiaci;
•	predkladanie zoznamu vykonaných platieb platobnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 16a - 16b) za príslušný mesiac najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca. K uvedenému zoznamu prikladá platobná jednotka výpis z výdavkového účtu, resp. kópie realizovaných rozpočtových opatrení. V stanovenom termíne zašle platobná jednotka informáciu na platobný orgán aj v prípade, ak za príslušný mesiac nevykonala žiadne platby; 
•	predkladanie prehľadu realizovaných platieb platobnou jednotkou (príloha 18) platobnému orgánu za príslušný štvrťrok najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného štvrťroku;
•	predkladanie zoznamu vrátených finančných prostriedkov od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci platobnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 16c) najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci, riadiacemu orgánu pre CSF a riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie príslušnému útvaru následnej finančnej kontroly;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v systéme ITMS a ISUF;
•	predkladanie správ o výsledkoch vykonaných kontrol platobnej jednotky subjektami, okrem tých, ktoré vykonávajú kontroly podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na platobnej jednotke a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.4.	Monitorovacie výbory
Monitorovacie výbory sa zriaďujú pre Rámec podpory Spoločenstva, operačný program, Jednotný programový dokument a program Iniciatívy Spoločenstva po dohode príslušného riadiaceho orgánu a partnermi najneskôr tri mesiace po rozhodnutí o príspevku z fondov. 
Monitorovacie výbory pre CSF a programové dokumenty sú vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zodpovedné za nasledovné úlohy:
•	schválenie, potvrdenie alebo úpravu doplnku programu, vrátane fyzických a finančných ukazovateľov, ktoré sa používajú na monitorovanie pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	prerokovanie a schvaľovanie kritérií pre výber projektov, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po schválení pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	monitorovanie výsledkov vykonávania pomoci zo štrukturálnych fondov, najmä dosiahnutia cieľov stanovených v rámci priebežného hodnotenia pre rôzne opatrenia;
•	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečných správ o realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré sú predložené Európskej komisii;
•	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu obsahu rozhodnutia Európskej komisie o príspevku zo štrukturálnych fondov;
•	navrhovanie akejkoľvek úpravy alebo preskúmania pomoci riadiacemu orgánu;
•	schvaľovanie realokácie finančných prostriedkov medzi opatreniami v rámci operačného programu (monitorovacie výbory pre operačné programy), SDP (monitorovacie výbory pre SPD)  a CIP (monitorovacie výbory pre CIP) a medzi operačnými programami (Národný monitorovací výbor). 

Tabuľka č. 6: 
Zoznam monitorovacích výborov podľa jednotlivých programových dokumentov pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Programový dokument	Monitorovací výbor (MV)	
Rámec podpory Spoločenstva	Národný monitorovací výbor	
SOP Priemysel a služby	MV pre  SOP Priemysel a služby	
OP Základná infraštruktúra	MV pre  OP Základná infraštruktúra	
SOP Ľudské zdroje	MV pre  SOP Ľudské zdroje	
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	MV pre  SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	
SPD Bratislava  cieľ 2	MV pre  SPD NUTS II Bratislava cieľ 2	
SPD Bratislava  cieľ 3	MV pre  SPD NUTS II Bratislava cieľ 3	
CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika	MV pre  CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika	
CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 	MV pre  CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 	
CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina	MV pre  CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina	
CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 	MV pre  CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 	
CIP EQUAL	MV pre  CIP EQUAL	
	
3.5.	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci
Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci za jednotlivé programové dokumenty, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom alebo platobných jednotiek a od osôb vykonávajúcich certifikáciu v rámci platobného orgánu. 
Najvyšší kontrolný úrad SR v pozícii orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení pomoci vykonáva kontroly podľa medzinárodne akceptovaných kontrolných štandardov ISAs (IFAC) a INTOSAI.

3.6.	Sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR
Sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR je subjektom zodpovedným za koordináciu plánovania a výkon kontrolných akcií.
Sekcia auditu a kontroly je vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedná najmä za:
•	vypracovávanie návrhov všeobecne záväzných právnych predpisov pre oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu v súlade s platnou legislatívou EÚ, vypracovávanie metodických predpisov pre oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	hodnotenie a monitorovanie úrovne (kvalita a zhoda) vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu, ktoré sú orgány verejnej správy povinné vykonávať podľa osobitného predpisu;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy zamestnancov ministerstva a ostatných orgánov verejnej správy v oblasti finančnej kontroly a vnútorného auditu podľa osobitného predpisu;
•	notifikáciu všeobecne záväzných právnych predpisov preberajúcich právne akty EÚ za oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu.
•	zabezpečenie prípravy konsolidovaného  ročného plánu kontrolných akcií; 
•	vypracovanie stratégie auditu finančných prostriedkov štrukturálnych fondov v Slovenskej republike;
•	spracovanie a vyhodnotenie výsledkov ukončených kontrolných akcií a vnútorných auditov, ktoré sú predmetom koordinácie využitím údajov od všetkých koordinovaných kontrolných orgánov a ich predkladanie  v stanovených termínoch na ďalšie využitie určeným príjemcom vrátane platobného orgánu;
•	zabezpečenie prípravy podkladov pre relevantné inštitúcie v oblasti ITMS pre modul kontrola a audit;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s auditom a kontrolou v systéme ITMS a CEDIS;
•	vypracovanie a predkladanie správy Európskej komisii podľa článku 13 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, ktorá zahrnuje informáciu o overení účinnosti uplatňovaných riadiacich a kontrolných systémov a o vykonaných kontrolách vzoriek operácií za programový dokument, a to najneskôr do 30. júna za predchádzajúci rok. Správa rovnako zahrnuje informáciu o prípadných zmenách opisu riadiacich a kontrolných systémov predložených EK podľa článku 5 nariadenia EK (ES) č. 438/2001;
•	uchovávanie a zabezpečenie archivácie obdržaných výsledných materiálov z kontrolných akcií, vnútorných auditov  a ostatných relevantných dokumentov;
•	výkon metodického dohľadu nad koordinovanými orgánmi;
•	riadenie kontrolných akcií, poskytovanie konzultačnej  a poradenskej činnosti pri výkone kontrolných akcií;
•	plnenie úloh vyplývajúcich z Administratívnych dohôd uzavretých medzi SR a EK a z Homologickej skupiny pre finančnú kontrolu;
•	spoluprácu v rozsahu svojich kompetencií so správami finančnej kontroly, kontrolnými útvarmi príslušných ministerstiev, Najvyšším kontrolným úradom, externými audítormi, so zástupcami EK, Európskym dvorom audítorov a OLAF pri EK a s ostatnými národnými a nadnárodnými orgánmi v záležitostiach finančnej kontroly a ochrany finančných záujmov EÚ;
•	plnenie povinností podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, t. j. zabezpečenie vykonávania kontrol celkových oprávnených výdavkov príslušného programového dokumentu pred ukončením pomoci na vybranej vzorke a zabezpečenie overovania efektívnosti účinnosti, fungovania systémov riadenia a kontroly pre programové dokumenty v spolupráci s relevantnými orgánmi SR a EK;
•	informovanie platobného orgánu, riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu o kontrolných zisteniach (na základe predloženej správy z kontrolnej akcie) a identifikovaných nezrovnalostiach (na základe predloženej správy o zistenej nezrovnalosti) z vykonaných kontrolných akcií sekciou auditu a kontroly priebežne, resp. najneskôr k poslednému dňu v mesiaci;
•	v prípade, ak výsledok kontrolnej akcie zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá finančný kontrolór správu o výsledku následnej finančnej kontroly v rámci kontrolnej akcie aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.

3.7.	Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov
Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, resp. Pôdohospodárskej platobnej agentúry, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, národné orgány a platobné jednotky, zabezpečujú:
•	výkon kontrolných akcií oprávnených výdavkov príslušného programového dokumentu pred ukončením pomoci v súlade s ročným plánom kontrolných akcií schváleným MF SR;
•	pri výkone kontroly akcií postupujú podľa platného znenia Postupov pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
•	v prípade, ak výsledok kontrolnej akcie zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá finančný kontrolór správu o výsledku následnej finančnej kontroly v rámci kontrolnej akcie aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	v prípade potreby členstvo v kontrolných akciách vedených zamestnancami sekcie auditu a kontroly MF SR;
•	predkladanie správ z vykonaných kontrolných akcií a kontrol týkajúcich sa štrukturálnych fondov mimo kontrol podľa čl. 10 ods. 1 písm. b) nariadenia EK (ES) č. 438/2001 vrátane identifikovaných nezrovnalostí (na základe predloženej správy o zistenej nezrovnalosti) sekcii auditu a kontroly MF SR, platobnému orgánu, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu bezodkladne;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s kontrolnou akciou a zistenými nezrovnalosťami v systéme ITMS a CEDIS.
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR a Ministerstvo školstva SR a na Pôdohospodárskej platobnej agentúre.

Tabuľka č. 7: 
Inštitucionálne usporiadanie útvarov následnej finančnej kontroly ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, zodpovedných za vykonávanie kontrolných akcií oprávnených výdavkov pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

inštitúcia	Organizačná zložka	FOND	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	
Ministerstvo hospodárstva SR	odbor kontroly 	ERDF
	SOP Priemysel a služby
	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	odbor kontroly – oddelenie následnej finančnej kontroly fondov EÚ	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
SPD NUTS II Bratislava cieľ 2
4 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	odbor kontroly, štátneho dozoru a dohľadu 	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo životného prostredia SR 	odbor rezortnej kontroly	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	odbor kontroly a štátneho dozoru	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
CIP EQUAL	
Ministerstvo školstva SR	odbor kontroly – oddelenie následnej finančnej kontroly prostriedkov EÚ	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3	
Pôdohospodárska platobná agentúra 	odbor vnútornej kontroly 	EAGGF
FIFG	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	

3.8.	Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly - rozpočtové organizácie MF SR so sídlom v Bratislave, vo Zvolene a Košiciach zriadené podľa zákona č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov. 
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k štrukturálnym fondom plnia najmä nasledovné úlohy:
•	vykonávanie kontrolných akcií oprávnených výdavkov príslušného programového dokumentu pred ukončením pomoci v súlade s ročným plánom kontrolných akcií  schváleným MF SR;
•	pri výkone kontrolných akcií postupujú podľa platného znenia Postupov pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
•	v prípade, ak výsledok kontrolnej akcie zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá finančný kontrolór správu o výsledku následnej finančnej kontroly v rámci kontrolnej akcie aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	v prípade potreby členstvo v kontrolných akciách vedených zamestnancami sekcie auditu a kontroly MF SR/resp. útvarmi následnej finančnej kontroly ostatných ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov;
•	predkladanie správ z vykonaných kontrolných akcií a kontrol týkajúcich sa štrukturálnych fondov mimo kontrol podľa čl. 10 ods. 1 písm. b) nariadenia EK (ES) č. 438/2001 vrátane identifikovaných nezrovnalostí (na základe predloženej správy o zistenej nezrovnalosti) sekcii auditu a kontroly MF SR, platobnému orgánu, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu bezodkladne;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s kontrolnou akciou a zistenými nezrovnalosťami v systéme ITMS a CEDIS;

Správy finančnej kontroly vo vzťahu k vydaným rozhodnutiam v správnom konaní plnia najmä nasledovné úlohy:
•	rozhodovanie v správnom konaní vo veciach porušenia finančnej disciplíny na základe vykonaných následných finančných kontrol;
•	ukladanie a vymáhanie odvodov, penále a pokút za porušenie finančnej disciplíny pri použití finančných prostriedkov štrukturálnych fondov  a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
•	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom;
•	aktualizovanie  údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami konečných prijímateľov/príjemcov pomoci v systéme ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
•	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa splatnosti pohľadávky platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.

3.9.	Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správ finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe následných finančných kontrol hospodárenia s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými  kontrolnými orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach konečných prijímateľov/príjemcov pomoci aktualizuje údaje v systéme ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.

3.10.	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov
Útvary vnútorného auditu ministerstiev a PPA sú zriadené na príslušných ministerstvách a PPA, v  ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. 
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR, Ministerstvo školstva SR, Ministerstvo pôdohospodárstva SR (zodpovedá za vnútorný audit riadiaceho orgánu pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka) a PPA (zodpovedá za systémový audit sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka).
Útvary vnútorného auditu ministerstiev a PPA, v  ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobný orgán a platobné jednotky,  vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedajú najmä za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vypracovanie ročného plánu svojej činnosti na základe objektívneho hodnotenia rizík vyplývajúcich z činnosti auditovaných subjektov s prihliadnutím na návrhy príslušného ministra a jeho zaslanie sekcii auditu a kontroly MF SR;
•	vykonávanie systémového auditu ako súčasť plnenia povinností podľa čl. 10 ods. 1 písm. a) nariadenia EK (ES) č. 438/2001;
•	vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu po vykonaní vnútorného auditu, ktorá obsahuje najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom,  správu o zistenej nezrovnalosti, odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov a možné dôsledky nezohľadnenia odporúčaní;
•	odovzdanie správ o výsledku vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a príslušnému ministrovi, resp. generálnemu riaditeľovi PPA, platobnému orgánu a sekcii auditu a kontroly MF SR. Ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá vnútorný audítor správu o výsledku vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s auditom a zistenými nezrovnalosťami v systéme ITMS;
•	vypracovanie hodnotenia rizík ministerstva, resp. PPA;
•	vypracovanie ročnej správy o svojej činnosti a jej zasielanie sekcii auditu a kontroly MF SR.
Útvar vnútorného auditu (vnútorný audítor) je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy, rovnako aj od riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek. V rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly. 
3.11.	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR
Funkciu koordinačného úradu boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR, boj proti korupcii, ktorý je organizačným útvarom sekcie kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR – odboru ochrany finančných záujmov EÚ.

Tento orgán je zodpovedný najmä za:

•	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov ES v SR v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov ES v SR;

•	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí OLAF-u (Európska komisia);

•	vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od platobného orgánu a jej predkladanie OLAF-u (Európska komisia) prostredníctvom informačného systému AFIS. Túto správu zasiela v písomnej forme platobnému orgánu;
•	v prípade zistenia nezrovnalosti alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti bezodkladné informovanie platobného orgánu v správe o zistenej nezrovnalosti.

4	Financovanie zo štrukturálnych fondov
4.1.	Podpora zo štrukturálnych fondov
Možnosť získať finančné prostriedky zo štrukturálnych fondov má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy ES. Podľa uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:
Tabuľka č. 8:
Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky ES

Cieľ	Región NUTS II	Územie	
1	Západné Slovensko	Trnavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj	
	Stredné Slovensko 	Žilinský samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj	
	Východné Slovensko	Prešovský samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj	
2	Bratislavský kraj	okresy Bratislavského samosprávneho kraja - Malacky, Pezinok a Senec
mestské časti Bratislavy - Vajnory, Záhorská Bystrica, Jarovce, Rusovce a Čunovo	
3	Bratislavský kraj	Bratislavský samosprávny kraj	
Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov realizované na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou. 
Pomoc Európskych spoločenstiev sa vykonáva prostredníctvom nasledovných štrukturálnych fondov:
-	ERDF - podporujúci produktívne investície vytvárajúce nové pracovné miesta, infraštruktúru a rozvoj malých a stredných podnikov;
-	ESF - podporujúci opatrenia pre zvyšovanie zamestnanosti, vrátane vzdelávania;
-	EAGGF - usmerňovacia sekcia - podporujúci opatrenia v oblasti poľnohospodárstva a rozvoja vidieka;
-	FIFG - podporujúci opatrenia v oblasti rybárskeho priemyslu.
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1 a 2, ESF k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3 a EAGGF - usmerňovacia sekcia a FIFG k dosiahnutiu cieľa 1. Medzi štrukturálne fondy nie je zaradená záručná sekcia EAGGF. 
Štrukturálne fondy prispievajú rovnako k financovaniu iniciatív ES, ktoré zahŕňajú:
-	INTERREG - podporujúci cezhraničnú (INTERREG A), transnacionálnu (INTERREG B) a interregionálnu  (INTERREG C) spoluprácu zameranú na posilnenie harmonického, vyváženého a trvalo udržateľného rozvoja celej oblasti ES;
-	URBAN - podporujúci hospodársku a spoločenskú obnovu miest a mestských okrajových oblastí postihnutých krízou za účelom presadzovania trvalo udržateľného rozvoja miest;
-	LEADER - podporujúci rozvoj vidieka;
-	EQUAL - podporujúci transnacionálnu spoluprácu na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce.
Finančné rozdelenie pre cieľ 1 vychádza z kritérií stanovených v článku 7, odseku 3 nariadenia Rady (ES) č. 1260/99, ako sú oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, národná prosperita a relatívna závažnosť štrukturálnych problémov (najmä úroveň nezamestnanosti).
Finančná alokácia čiastok rozdelených v rámci cieľa 2 je založená na podiele oprávneného obyvateľstva v súlade s prístupom aplikovaným v 15 členských krajinách a s článkom 7, odsek 4 všeobecného nariadenia. 
Pri cieli 3 finančné rozdelenie vychádza z kritérií uvedených vo všeobecnom nariadení ako situácia v zamestnanosti, vzdelanostná úroveň a účasť žien na pracovnom trhu. 
V skrátenom programovom období 2004 - 2006 bude ES podporovať v nových členských krajinách iba dve iniciatívy ES - INTERREG a EQUAL. Alokácia finančných prostriedkov z iniciatívy INTERREG vychádza z kritéria celkového počtu obyvateľov a obyvateľov v prihraničných regiónoch. Kritériá v rámci iniciatívy EQUAL sú rovnaké ako pri cieli 3.
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov podľa jednotlivých cieľov a iniciatív ES, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými fondmi je vo výlučnej kompetencii SR.  

4.2.	Obmedzenia pre využívanie finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov v skrátenom programovom období 2004 - 2006 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu vyjadrené v rozpočtových záväzkoch by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	výdavky ES vynaložené zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia sú  indexované deflátorom 2 % ročne (článok 15  Medziinštitucionálnej dohody EP, EK a Rady - Interinstitutional Agreement of 6 May 1999 between the European Parliament, the Council and the Commission on budgetary discipline and improvement of the budgetary procedure); 
•	obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci v skrátenom programovom období 2004 - 2006 je ohraničené od  1. januára 2004 do 31. decembra 2008. Akékoľvek výdavky realizované konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené; 
•	pri projektoch realizovaných v rámci schém štátnej pomoci plynie oprávnené obdobie na výdavky odo dňa podania žiadosti o nenávratný finančný príspevok v rámci schválenej schémy štátnej pomoci (najskôr však od 1. januára 2004), do 31. decembra 2008;
•	konečný termín na úhradu platieb príjemcom pomoci zo strany poskytovateľov pomoci v rámci schém štátnej pomoci v programovom období 2004 - 2006 je stanovený do 30. apríla 2009;
•	jednotlivé opatrenia programových dokumentov, okrem programov Iniciatív ES, musia korešpondovať len s jedným z troch cieľov ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a iniciatívy ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a zo záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z vnútorných politík ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z prechodných finančných nástrojov;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a vnútorných politík ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a prechodných finančných nástrojov;
•	pre roky 2004 - 2006 nové členské krajiny môžu čerpať finančné prostriedky iba z dvoch iniciatív ES - INTERREG a EQUAL.

4.3.	Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci prijíma Európska komisia pre jednotlivé ciele a programové dokumenty. Každé rozhodnutie, ktoré prijíma Európska komisia na programový dokument, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na priority. 
Akýkoľvek presun finančných prostriedkov medzi prioritami programového dokumentu má dopad na finančný plán a vyžaduje si  nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušným monitorovacím výborom. Nové rozhodnutie prijme EK po dohode s členským štátom najneskôr do štyroch mesiacov od schválenia monitorovacím výborom.  
Akékoľvek presuny v rámci programových dokumentov, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun v rámci jednej priority z roku 2005 do roku 2006) nie sú možné. 
Presuny medzi programovými dokumentmi v rámci cieľa 1 majú rovnako dopad na finančné plány a vyžadujú si  nové rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušnými monitorovacími výbormi. 
Presuny medzi programovými dokumentmi v rámci cieľa 1, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov príslušných programových dokumentov za jednotlivé roky sú možné len za predpokladu, že akékoľvek zvýšenie v rámci programového dokumentu za určitý rok musí byť kompenzované adekvátnym znížením v inom programovom dokumente za ten istý rok, keďže celkový rozpočtový záväzok daného roka pre cieľ 1 nemôže byť znížený. 
Výška celkových rozpočtových záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná. 
Akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné. 
Presuny medzi prioritami programového dokumentu alebo programovými dokumentmi v rámci cieľa 1 možno realizovať len za príslušný rok alebo na budúce roky. To znamená, že takéto presuny nemožno realizovať retroaktívne. Retroaktívne presuny medzi opatreniami v rámci jednej priority sú možné za predpokladu, že sa nezmení celková výška zdrojov EÚ a národných zdrojov. T. z., že v rámci celkovej sumy národných zdrojov je možný presun finančných prostriedkov  medzi verejnými a súkromnými a naopak bez zmeny rozhodnutia EK. Konečný termín na schválenie realokácie medzi opatreniami v rámci jednej priority zo strany monitorovacieho výboru, ktoré nemajú dopad na rozhodnutie EK, je 31.12.2008. 
Akékoľvek presuny medzi prioritami programového dokumentu možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. decembra roku aktuálneho záväzku.
Akékoľvek presuny medzi fondmi v rámci programového dokumentu alebo programovými dokumentmi v rámci cieľa 1 možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. septembra roku aktuálneho záväzku. 

4.4.	Záväzky a platby z ES
4.4.1 Záväzky
4.4.1.1 Záväzky  vo vzťahu k programovým dokumentom
Príspevok ES poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období,  sú prijímané každoročne pre každý cieľ a programový dokument. Pre viacfondové programové dokumenty sa prijíma záväzok za každý fond jednotlivo. Prvý záväzok sa prijme po tom, čo Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci k príslušnému cieľu, resp. programovému dokumentu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. Záväzok pre pomoc uskutočňovanú po dobu kratšiu než dva roky prijíma Európska komisia jedenkrát na celý záväzok.
Čerpanie finančných prostriedkov zo schváleného záväzku pre programový dokument na daný rok je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od jeho prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo, na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od platobného orgánu (platby z EK sú uvedené v časti 4.4.2) do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti záväzku pre rok n na daný programový dokument:
-	je potrebné, aby platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+2“;
-	výkaz výdavkov predkladaný na Európsku komisiu musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci, t. z. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu, vrátane platobného orgánu. 
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu záväzku je rozpočtový záväzok pre rok 2006, na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 6 mesiacov od ukončenia obdobia oprávnenosti, t. z. do 30. júna 2009, resp. 31. marca 2010 formou žiadosti o záverečnú platbu. V prípade programových dokumentov, ktoré sa realizujú aj v rámci schém štátnej pomoci, je na rozpočtový záväzok pre rok 2006 potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 6 mesiacov od konečného termínu pre platby príjemcom pomoci zo strany poskytovateľov pomoci, t. z. do 31. októbra 2009 formou žiadosti o záverečnú platbu. 
Automatické zrušenie sa nevzťahuje na časť záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Takéto prípady najčastejšie zahrnujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi konečným prijímateľom/príjemcom pomoci a dodávateľom/zhotoviteľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a konečným prijímateľom/príjemcom pomoci ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované  pred 31. decembrom roku „n+2“. Platobný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v období „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu. 
Automatické zrušenie časti záväzku sa rovnako nevzťahuje na čiastku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že platobný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej EK do 31. decembra roku „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF na EK. 

4.4.1.2 Záväzky  vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2000 - 2006 nestanovujú konečný termín na uzavretie záväzkov s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci, t. z. že zmluvy s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2007 a 2008. Konečný prijímateľ/príjemca pomoci je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2008, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.   
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2000 - 2006 rovnako nestanovujú pravidlo n+2 na jednotlivé projekty, t. z. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva roky.  
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2000 - 2006 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, t. z. že zmluvy s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného rozpočtového záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy rozpočtových záväzkov na daný programový dokument. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných rozpočtových záväzkov ES na príslušný programový dokument platí, že tieto záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného rozpočtového záväzku (napr. v roku 2005 je možné čerpať z rozpočtových záväzkov z rokov 2004 a 2005, nie však z roku 2006).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých rozpočtových záväzkov pre programový dokument, t. z. že na:  
-	projekt schválený v roku 2004 možno čerpať aj zo záväzku roku 2005 a 2006,
-	projekt schválený v roku 2005 možno čerpať zo záväzku roku 2004 (v prípade, ak nie je dočerpaný), 2005 aj  2006,
-	projekt schválený v roku 2006 možno čerpať zo záväzku roku 2004, 2005 (v prípade, ak nie je dočerpaný) a 2006 za predpokladu rešpektovania pravidla n+2 vo vzťahu k programovému dokumentu.
Oprávnené obdobie pre výdavky na projekty v súlade so Zmluvou o pristúpení k Európskej únii podpísanou dňa 16. apríla 2003 plynie pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 od 1. januára 2004 do 31. decembra 2008. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES nestanovuje, či  oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Legislatíva ES rovnako nestanovuje, že realizácia výdavkov na príslušný projekt v rámci programového dokumentu je podmienená schválením predmetného programového doplnku monitorovacím výborom. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci programového dokumentu je v právomoci riadiaceho orgánu. Pre opatrenia, ktoré spadajú pod schémy štátnej pomoci, plynie oprávnené obdobie na realizáciu projektov najskôr odo dňa podania žiadosti o nenávratný finančný príspevok v rámci schémy štátnej pomoci schválenej zo strany Úradu pre štátnu pomoc (do vstupu SR do EÚ), resp. zo strany Európskej komisie (po vstupe SR do EÚ), najskôr však od 1. januára 2004. 

4.4.2 Platby z Európskej komisie
Finančné prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Úroky získané z finančných prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci podľa článku 32 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1260/99. Získané úroky sú považované za zdroje členského štátu ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje členský štát Európskej komisii v rámci záverečnej správy o implementácii.
Platby z EK realizované pre každý programový dokument jednotlivo môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich so štrukturálnymi fondmi. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku. 
Zálohová platba z EK 
Pri prijatí prvého záväzku prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci až do podania žiadosti o záverečnú platbu z EK. 
Zálohová platba môže byť v zásade rozdelená najviac na dva rozpočtové roky podľa toho, aké rozpočtové prostriedky má Európska komisia k dispozícii. V článku 32 všeobecného nariadenia sa uvádza, že zálohová platba poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov ES vyčlenených pre členskú krajinu na celé programové obdobie pre štrukturálne fondy. Podľa záverov prístupových rokovaní sa pre pristupujúce krajiny budú aplikovať odlišné princípy a východiská, ako sa uvádzajú vo všeobecnom nariadení. 
V prípade nových členských štátov sa vzhľadom na skrátené programové obdobie táto percentuálna miera zmení na 16 %. V roku 2004 je zálohová platba vo výške 10 % z celkových záväzkov ES na roky 2004 - 2006 a 6 % v roku 2005. Táto zálohová platba predstavuje počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci náklady na rozbehnutie programov.
Ak platobný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 18 mesiacov od jej rozhodnutia poskytnúť príspevok zo štrukturálnych fondov, musí platobný orgán vrátiť EK celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z EK
Platobný orgán na základe podkladov od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 
Priebežné platby prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci podložených faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. 
Preto každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným žiadostiam konečných prijímateľov/príjemcov pomoci o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
-	schváleným súhrnným žiadostiam platobnej jednotky o platbu zo strany platobného orgánu.
Na základe vyššie uvedeného vyplýva, že najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu zo strany platobného orgánu.
Žiadosti o platbu musia ďalej spĺňať nasledovné podmienky:
a)	Európskej komisii  bol predložený programový doplnok obsahujúci nasledujúce informácie:
-	zoznam opatrení, ktorými sa vykonávajú zodpovedajúce priority v programovom dokumente;
-	predbežné hodnotenie opatrení, ktoré preukazujú ich zhodu s cieľmi príslušných priorít, kvantifikujú ich špecifické ciele a overujú oprávnenosť kritérií pre výber projektu; 
-	príslušné ukazovatele monitorovania, ktoré stanovujú špecifické ciele pre opatrenia a priority, sú vyjadrené kvantitatívne tam, kde sa takáto kvantifikácia ponúka, a je vyjadrený ich vzájomný súlad, dosiahnutý pokrok pri fyzickej realizácii projektov a pokrok pri plnení finančného plánu;
-	určenie typu konečných prijímateľov/príjemcov pomoci;
-	finančný plán, ktorý pre každé opatrenie špecifikuje predpokladané čerpanie finančných prostriedkov ako príspevok z každého štrukturálneho fondu, prípadne  Európskej investičnej banky a ostatných finančných nástrojov ES, a celkovú čiastku oprávnených verejných finančných prostriedkov a predpokladaných súkromných finančných prostriedkov. Finančný plán musí obsahovať presný popis národného spolufinancovania jednotlivých opatrení a popis mechanizmov zabezpečujúcich národné spolufinancovanie pre opatrenia; 
-	opatrenia zamerané na publicitu programového dokumentu v súlade s nariadením EK (ES) č. 1159/2000;
-	popis mechanizmov dohodnutých tam, kde to je možné, medzi Európskou komisiou a Slovenskou republikou pre elektronickú výmenu údajov potrebných na plnenie požiadaviek stanovených v právnych predpisov ES pre štrukturálne fondy a pre monitorovanie a hodnotenie pomoci.
b)	Európskej komisii bola zaslaná posledná povinná výročná správa o implementácii pomoci vypracovaná riadiacim orgánom a schválená monitorovacím výborom;  
c)	rozhodnutia prijaté riadiacim orgánom a monitorovacím výborom  sú v zhode s celkovým objemom príspevku zo štrukturálnych fondov poskytnutým na príslušné priority;
d)	v prípadoch, kedy odporúčania Európskej komisie majú za cieľ napraviť vážne nedostatky v systéme monitorovania alebo riadenia pomoci, bolo každé odporúčanie v stanovenom období zohľadnené, alebo Slovenská republika oznámila dôvody, prečo nebolo žiadne opatrenie prijaté;  
e)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva podľa článku 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na opatrenie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po prijatí akceptovateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov, ktoré predkladá platobný orgán. 
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkovej alokácie ES na príslušný programový dokument. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva platobný orgán. 
Záverečná platba z EK
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
a)	platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov, a to do šiestich mesiacov po konečnom termíne oprávnenosti výdavkov na projekty zo strany konečných prijímateľov podľa rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci (t. z. do 30. júna 2009 pre programové dokumenty, pri ktorých sa realizujú projekty mimo schém štátnej pomoci), resp. do šiestich mesiacov po konečnom termíne na platby príjemcom pomoci zo strany poskytovateľov pomoci v rámci schém štátnej pomoci (t. z. do 31. októbra 2009 pre programové dokumenty, pri ktorých sa realizujú projekty v rámci schém štátnej pomoci);
b)	riadiaci orgán predložil Európskej komisii záverečnú správu o implementácii pomoci najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov, a EK ju schváli;
c)	Slovenská republika predložila Európskej komisii vyhlásenie o ukončení programu najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov. 
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby platobný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná.
Pri programoch Iniciatívy ES INTERREG IIIA (okrem CIP  SR - Česká republika, kde SR vystupuje ako platobný orgán) musí platobný orgán SR splniť všetky podmienky vzťahujúce sa na priebežné platby a záverečnú platbu. Finančné prostriedky EÚ alokované pre SR prevádza platobný orgán pre program platobnému orgánu SR v EUR ihneď po ich prijatí z EK.
V prípade CIP SR - Česká republika bude platobný orgán SR predkladať žiadosti o platbu na základe čiastkových žiadostí platobného orgánu ČR. Osobitný účet MF SR pre tento program je vedený v EUR. Finančné prostriedky EÚ alokované pre ČR prevádza platobný orgán platobnému orgánu ČR v EUR ihneď po ich prijatí z EK.

4.5.	Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie finančných prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
Finančné prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek. 
Na použitie účelovo určených finančných prostriedkov rozpočtu Európskych spoločenstiev poskytnutých Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom  rozpočte v dotknutých kapitolách rozpočtujú príslušné výdavky podľa § 8 ods. 3 zákona č.523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
Všetky subjekty, ktoré sú zapojené do systému finančného riadenia a realizácie projektov štrukturálnych fondov  sú povinné dodržiavať finančnú disciplínu v súlade so zákonom 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Podľa § 8 ods. 6 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno finančné prostriedky EÚ  a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie štrukturálnych fondov použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť ministerstvu financií výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky a nepoužitých výdavkov konečných prijímateľov – štátnych rozpočtových a príspevkových organizácií), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka. Po doručení tohto oznámenia ministerstvo financií viaže tieto finančné prostriedky v príslušnej kapitole a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje podľa platnej rozpočtovej klasifikácie.

Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam, resp. podopatreniam programových dokumentov je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačným systémom účtovania fondov (ISUF). Číselník kódov pre finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný usmernením č. 9/2004/ŠF a spravuje ho sekcia európskych a medzinárodných záležitostí MF SR.
Presuny finančných prostriedkov medzi opatreniami programových dokumentov bez toho, aby bola zmenená celková čiastka príspevku na danú prioritu, môže podľa čl. 34 všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 vykonať riadiaci orgán po schválení príslušným monitorovacím výborom v súlade so zákonom o rozpočtových pravidlách a platným metodickým pokynom MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto finančných prostriedkov schválených v programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto finančné prostriedky.

Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Platobný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko finančné prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za finančné prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Platobný orgán realizuje výdavky zo zdrojov EÚ prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom finančné prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte platobnej jednotky. Platobné jednotky realizujú výdavky zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.

4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán - platobná jednotka
Platobný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza finančné prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.8). 
Finančné prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie  v súlade s § 8 zákona NR SR č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.  

4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - konečný prijímateľ/príjemca pomoci
Koneční prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi konečných prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
•	subjekty ústrednej správy:
-	štátne rozpočtové organizácie;
-	štátne príspevkové organizácie;
-	verejné vysoké školy;
-	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení zákona č. 215/2004 Z.z.
•	subjekty územnej samosprávy:
-	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie;
-	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi konečných prijímateľov/príjemcov pomoci zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
-	iné právnické osoby;
-	fyzické osoby.
Finančné prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú konečným prijímateľom/príjemcom pomoci poskytované systémom predfinancovania, zálohových platieb alebo refundácie.
Systém refundácie sa uplatňuje v prípade konečných prijímateľov/príjemcov pomoci zo súkromného sektora. 
Okrem systému refundácie koneční prijímatelia zo sektora verejnej správy pre projekty financované z ERDF, EAGGF a FIFG môžu využiť systém predfinancovania. 
Pre projekty financované z ESF môžu koneční prijímatelia zo sektora verejnej správy okrem systému refundácie využiť systém zálohových platieb.  Výnimku tvoria špecifické projekty CIP EQUAL, pri ktorých je účastníkom rozvojového partnerstva mimovládna organizácia (bližšie v časti 4.8.4).
Každá platba konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci z finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, t. z., že musí byť doplnená zdrojmi konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v jednom pomere schválenom na projekt. 
V súvislosti s pravidlom jedného pomeru na projekt platia špecifiká uvedené v časti 4.8.4.
Prevod finančných prostriedkov systémom predfinancovania, zálohových platieb a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pri refundácii nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu platobného orgánu.
Finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod finančných prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním limitov výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov konečného prijímateľa. 
Pre konečných prijímateľov/príjemcov pomoci - iné právnické osoby alebo fyzické osoby (štátna príspevková organizácia, VÚC, obec, rozpočtová alebo príspevková organizácia VÚC alebo obce, iná organizácia verejného sektora alebo subjekt súkromného sektora - nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) platobná jednotka zabezpečuje prevod finančných prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
Finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci vyplácajú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci v dvoch origináloch, pričom jeden originál zostáva u konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a druhý predkladá riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Formuláre žiadostí konečného prijímateľa a príjemcu pomoci o platbu spolu s pokynmi na ich vyplnenie sú uvedené v prílohách 3a, 3b, 4a a 4b.

4.5.4 Platby vo vzťahu konečný prijímateľ/príjemca pomoci – dodávateľ/zhotoviteľ
Konečný prijímateľ/príjemca pomoci uhrádza účtovné doklady dodávateľovi/zhotoviteľovi súvisiace s realizáciou projektu podľa časti 4.8. V prípade, ak dodávateľ postúpil pohľadávky voči konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci na postupníka v súlade s § 524 – 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), konečný prijímateľ/príjemca pomoci uhrádza účtovné doklady faktoringovej spoločnosti.  

4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu, ktoré platobná jednotka poskytla konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci sa uskutočňuje v prípadoch: 
•	konečný prijímateľ nevyčerpal poskytnuté finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu,
•	konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z titulu mylnej platby,
•	konečný prijímateľ/príjemca pomoci porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (najmä porušenie finančnej disciplíny a vznik nezrovnalosti), na základe ktorých mu vyplýva povinnosť vrátiť poskytnuté finančné prostriedky - podľa časti  4.10,   
•	a iných (napr. konečný prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu).
Štruktúra kódov pre nezrovnalosti a finančné vysporiadanie je uvedená v prílohe 1. 
V jednotlivých prípadoch vrátenia finančných prostriedkov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zašle konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a kópiu platobnému orgánu a platobnej jednotke. Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 19a a 19b. 
Vrátenie finančných prostriedkov je konečný prijímateľ/príjemca pomoci povinný oznámiť príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Konečný prijímateľ/príjemca pomoci zasiela oznámenie o vrátení finančných prostriedkov v lehote do 7 pracovných dní odo dňa uskutočnenia úhrady finančných prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vrátení finančných prostriedkov spolu s pokynom k jeho vyplneniu je uvedený v prílohe 20a a 20b. Prílohou oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je výpis z bankového účtu. 
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil konečný prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formuláru oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je vytlačený ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi do 5 pracovných dní odo dňa doručenia kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, platobný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
Ak oznámenie o vrátení finančných prostriedkov nie je doručené od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v stanovenej lehote, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov vystaví riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vrátení finančných prostriedkov platobný orgán vždy k 10. pracovnému dňu v mesiaci a platobná jednotka k 15. pracovnému dňu v mesiaci prekladajú riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný dožiadať od konečného prijímateľa / príjemcu pomoci chýbajúce oznámenia o vrátení finančných prostriedkov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vrátení finančných prostriedkov v systéme ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 5 pracovných dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený platobným orgánom a platobnou jednotkou.
V prípade, ak konečný prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený podľa pravidla č. 2. nariadenia EK (ES) č. 448/2004, alikvotný podiel finančných prostriedkov za zdroj EÚ je príjmom osobitného účtu Ministerstva financií SR a tieto finančné prostriedky je možné využiť na ďalšie financovanie programu. Alikvotný podiel finančných prostriedkov za zdroj štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vráti konečný prijímateľ v súlade § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov na príjmový účet platobnej jednotky, pričom finančné prostriedky platobná jednotka odvedie do príjmov štátneho rozpočtu. 
Špecifikácia účtov, na ktoré konečný prijímateľ/príjemca pomoci vráti finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia je uvedený v prílohe 21a a 21b. 

4.6.	Odhad očakávaných výdavkov
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov sa predkladá s cieľom:
­	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ na Európsku komisiu v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1260/1999;
­	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999 ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch v článku 32 bod 7 stanovuje požiadavku pre členský štát zostaviť a predložiť odhad očakávaných výdavkov za každý programový dokument. Uvedený odhad sa Európskej komisii  zasiela  každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok („n“) a pre rok nasledujúci („n+1“), pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
­	finančných plánov programových dokumentov a programových doplnkov;
­	objemu finančných prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
­	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení (v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku) určeného počtu dní na vyplatenie nenávratného finančného príspevku;
­	predpokladaného objemu projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
­	objemu finančných prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
­	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
­	v ďalších rokoch skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu programových dokumentov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné: skutočnosti:
­	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni opatrení, príp. podopatrení uvedených v programovom doplnku (napr. odhad pre rok 2005 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2005 + zbytok nevyčerpaného záväzku pre rok 2004);
­	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých opatrení, príp. podopatrení;
­	odhad pre posledný rok („n+2“) čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok („n“) v rámci pravidla n+2 by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok („n“) a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov („n“ a „n+1“) s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
­	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať  Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok.  A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
­	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok („n+1“).
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý riadiaci/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov opatrení programového dokumentu. Vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 14a, 14b a 14c) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. Príloha 14a sa vyplňuje na úrovni projektov a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa už schválených projektov. Príloha 14b sa vyplňuje na úrovni priorít a opatrení a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 14c tvorí súčet príloh 14a a 14b, aj v členení podľa jednotlivých zdrojov financovania. Údaje na roky „n“ a „n+1“ sú členené podľa jednotlivých štvrťrokov. 
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 14c) predloží platobnému orgánu v termíne najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca, t. j. apríla. Vyplnené prílohy 14a a 14b si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
4.	V prípade, ak pre príslušný programový dokument je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. 
5.	Platobný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a priorít. V prípade nesúladu má platobný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii vo forme stanovenej v Pracovnom dokumente EK č. 1 v termíne najneskôr do 30. apríla (príloha 14d). 
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohách 14a, 14b a 14c aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (prílohy 14e, 14f a 14g) a k 30.9. (prílohy 14h, 14i a 14j) roku „n“. Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom prílohy 14e - 14j spracúvajú obdobným postupom ako prílohy 14a, 14b a 14c v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladajú príslušnú prílohu 14g, resp. 14j platobnému orgánu v uvedených termínoch. Vyplnené prílohy 14e a 14f, resp. 14h a 14i si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohách 14h, 14i a 14j aktualizujú k 31.12. roku „n“ (prílohy 14k, 14l a 14m). Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom spracúvajú prílohy 14k - 14m obdobným postupom a následne predkladajú prílohu 14m platobnému orgánu v uvedenom termíne. Vyplnené prílohy 14k a 14l si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.

4.7.	Systém účtov
Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty platobného orgánu 
•	osobitné mimorozpočtové účty pre finančné prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre platobný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý programový dokument:
SOP Priemysel a služby
OP Základná infraštruktúra
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 2
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
CIP INTERREG IIIA SR - ČR 
Program susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina 
CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR 
CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR
CIP EQUAL			
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci platobného orgánu;
•	tieto účty slúžia najmä na:
o	prijatie finančných prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov (zálohová, priebežná a záverečná platba z EK) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, resp. rozpočtovej organizácie, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom); 
o	na prevod finančných prostriedkov na účet EK v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu na EK;
•	účty sú vedené v EUR;
•	účty pre finančné prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty programového dokumentu, pre ktorý je daný účet otvorený;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a dane z úrokov sú uhrádzané z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky;
•	zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR otvára pre platobný orgán osobitný mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov ŠF vedený v SKK. Tento účet slúži na pripísanie vrátených finančných prostriedkov EÚ od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci vrátane vymožených finančných prostriedkov prostredníctvom správ finančnej kontroly, resp. MF SR. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov ŠF nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú hradené z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR rovnako otvára pre platobný orgán vyrovnávacie účty pre jednotlivé štrukturálne fondy vedené v SKK. Tieto účty slúžia na úhradu nákladov na vyrovnávanie  vzniknutých kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.   

2. Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtové výdavkové účty pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorých sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účty slúžia na úhradu finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom/príjemcom pomoci;
•	príjmové účty vedené v Štátnej pokladnici, ktoré sa využívajú na príjem:
o	finančných prostriedkov štrukturálnych fondov z účtu platobného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
o	vrátených nepoužitých poskytnutých finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci za minulé roky;
o	výnosov z účtov konečných prijímateľov;
o	vrátených finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky zodpovedajúcich príjmu vytvorenému z projektu;
o	vrátených finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky pri porušení finančnej disciplíny a v súlade so  zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	účty sú vedené v SKK;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a úhradu nákladov (napr.  bankové poplatky) je zabezpečovaná príslušnou rozpočtovou kapitolou; 
•	všetky platby pre projekty financované zo štrukturálnych fondov musia byť označené podľa platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení finančné prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo ŠR), koľko finančných prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt. 

3. Účet (účty) konečného prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia
•	rozpočtový výdavkový účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet slúži na poskytnutie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou rozpočtového opatrenia;
•	samostatný výdavkový účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na refundáciu realizovaných výdavkov pri uplatnení systému refundácie a následný prevod formou rozpočtového opatrenia na rozpočtový výdavkový účet, z ktorého boli finančné prostriedky pôvodne vynaložené;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných rozpočtových účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	účet/účty nie sú úročené a sú vedené v SKK.

4. Účet (účty) konečného prijímateľa - štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy
•	bežný účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento bežný účet slúži na pripísanie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou transferu z platobnej jednotky; 
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných rozpočtových účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak  vlastné zdroje konečného prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie na osobitný rozpočtový účet konečného prijímateľa a predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje konečného prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného konečným prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy (úroky) za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky podľa § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z., a to jedenkrát ročne. Odvod výnosov konečný prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom finančných prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu konečného prijímateľa na iný účet otvorený konečným prijímateľom a súčasne následným prevodom týchto finančných prostriedkov dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet je vedený v SKK.

5. Účet (účty) konečného prijímateľa - VÚC
•	bežný účet pre príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 9a zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;  
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných rozpočtových účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, ak finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak  vlastné zdroje konečného prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie na osobitný rozpočtový účet konečného prijímateľa a predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje konečného prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného konečným prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ je povinný výnosy (úroky) za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky podľa § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z., a to jedenkrát ročne. Odvod výnosov konečný prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom finančných prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného rozpočtového účtu konečného prijímateľa na iný účet otvorený konečným prijímateľom a následným prevodom týchto finančných prostriedkov dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet je vedený v SKK.

6. Účet konečného prijímateľa - obec
•	bežný účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu realizuje prostredníctvom rozpočtu;  
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných rozpočtových účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, ak finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak  vlastné zdroje konečného prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie na osobitný rozpočtový účet konečného prijímateľa a predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje konečného prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného konečným prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ je povinný výnosy (úroky) za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky podľa § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z., a to jedenkrát ročne. Odvod výnosov konečný prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom finančných prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného rozpočtového účtu konečného prijímateľa na iný účet otvorený konečným prijímateľom a následným prevodom týchto finančných prostriedkov dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet/účty sú vedené v SKK.

7. Účet konečného prijímateľa - rozpočtová a príspevková organizácia v zriaďovacej pôsobnosti VÚC a obce
Základným pravidlom pri realizácii výdavkov financovaných z finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu v pôsobnosti obcí a  VÚC a ich rozpočtových organizácií je povinnosť realizácie prostredníctvom rozpočtu obce a rozpočtu VÚC. Ak sú finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektov štrukturálnych fondov poskytnuté priamo rozpočtovej organizácii v pôsobnosti obce alebo VÚC, tieto môžu byť použité len prostredníctvom rozpočtu zriaďovateľa, t.j. rozpočtu obce alebo VÚC.
a)	rozpočtová organizácia:
•	v prípade, ak zriaďovateľ (VÚC/obec) uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP, používa bežný účet na presun finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo ŠR, ktoré následne presúva na výdavkové účty rozpočtovej organizácie;
•	v prípade, ak rozpočtová organizácia uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP, konečný prijímateľ otvára mimorozpočtový účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého finančné prostriedky pred ich použitím prevedie do 3 pracovných dní do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na rozpočtový výdavkový účet konečného prijímateľa;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, ak finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak  vlastné zdroje konečného prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie na osobitný rozpočtový účet konečného prijímateľa a predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje konečného prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, konečný prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného konečným prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ je povinný výnosy (úroky) za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky podľa § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z., a to jedenkrát ročne. Odvod výnosov konečný prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom finančných prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu konečného prijímateľa na iný účet otvorený konečným prijímateľom a následným prevodom týchto finančných prostriedkov dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet/účty sú vedené v SKK.

b)	príspevková organizácia:
•	v prípade, ak príspevková organizácia nepožaduje príspevok od zriaďovateľa, konečný prijímateľ otvára bežný účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého finančné prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade, ak príspevková organizácia požaduje príspevok od zriaďovateľa, konečný prijímateľ otvára bežný účet pre finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého finančné prostriedky pred ich použitím prevedie do 3 pracovných dní do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na bežný účet konečného prijímateľa;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, ak finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak  vlastné zdroje konečného prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, konečný prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie na osobitný účet konečného prijímateľa a predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje konečného prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, konečný prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť v rámci zúčtovania predfinancovania, resp. zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy (úroky) za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky podľa § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z., a to jedenkrát ročne. Odvod výnosov konečný prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom finančných prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu konečného prijímateľa na iný účet otvorený konečným prijímateľom a následným prevodom týchto finančných prostriedkov dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet/účty sú vedené v SKK.

8. Účet konečného prijímateľa/príjemcu pomoci - súkromný sektor a mimovládna organizácia
•	konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný prijímať finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektu na jeden účet vedený v komerčnej banke; 
•	konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených konečným prijímateľom/príjemcom pomoci pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	účet/účty sú vedené v SKK. V prípade úhrad v inej mene ako SKK môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt:
o	v prípade, ak konečný prijímateľ zvolí možnosť osobitného účtu, sú bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu podľa pravidla č. 3 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 448/2004 oprávnenými nákladmi a sú hradené z tohto účtu;
o	v prípade príjemcu pomoci bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu/účtov znáša samotný príjemca pomoci;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
•	v prípade, ak finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak  vlastné zdroje konečného prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, konečný prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie na osobitný účet konečného prijímateľa a predložiť v rámci zúčtovania zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje konečného prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, konečný prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť v rámci zúčtovania zálohovej platby riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy (úroky) za finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky podľa § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z., a to jedenkrát ročne. Odvod výnosov konečný prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného konečným prijímateľom. Konečný prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom finančných prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu konečného prijímateľa na iný účet otvorený konečným prijímateľom a následným prevodom týchto finančných prostriedkov dodávateľovi/zhotoviteľovi;
4.8.	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky

4.8.1 Systém informačných a finančných tokov  pri konečných prijímateľoch z verejnej správy pre ERDF, EAGGF a FIFG
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF, EAGGF a FIFG sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.3), v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). 
V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý podľa časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní. 
Systém predfinancovania konečných prijímateľov z verejnej správy sa zaviedol z dôvodu, že tieto subjekty zvyčajne nedisponujú potrebnou hotovosťou, aby boli schopné vopred vykryť výdavky za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu. Predfinancovanie navrhovaným spôsobom umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní záväzkov dodávateľovi/zhotoviteľovi. 
Predfinancovanie je konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe nezaplatených účtovných dokladov predložených konečným prijímateľom.  
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov. 
Etapa predfinancovania
1.	Konečný prijímateľ v stanovených termínoch môže predkladať žiadosť o platbu v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
2.	Konečný prijímateľ v lehote splatnosti záväzku dodávateľovi/zhotoviteľovi predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a, 3b) aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich prijatí od dodávateľa/zhotoviteľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, ak súčasťou výdavkov konečného prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (predfinancovanie). Spolu so žiadosťou predloží aj overené kópie príslušných účtovných dokladov s pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok). V prípade, ak konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom,  platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutárny orgán v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES)      č. 438/2001, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na mieste v súlade s usmernením RO CSF č. 16/2004 ku kontrole fyzickej realizácie projektu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti sa overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční kontrolu vecnej správnosti - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočného dodania tovarov, uskutočnenia prác alebo poskytnutia služieb.
6.	Po uskutočnení kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť konečného prijímateľa o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10b) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu žiadosti, vrátane predbežnej finančnej kontroly v termíne do 10 pracovných dní odo dňa prijatia žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná kontrolu formálnej správnosti obsahujúcu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti konečného prijímateľa o platbu zadá platobné príkazy na úhradu konečnému prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
8.	Konečný prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa pripísania finančných prostriedkov na jeho účte, previesť finančné prostriedky dodávateľovi/zhotoviteľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči dodávateľovi/zhotoviteľovi samotný konečný prijímateľ.
9.	Po poskytnutí predfinancovania je konečný prijímateľ povinný celú výšku následne (maximálne do 15 pracovných dní odo dňa pripísania týchto finančných prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár na zúčtovanie predfinancovania (žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 5a a 5b). Spolu s formulárom predkladá výpis z účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. V rámci žiadosti o zúčtovanie predfinancovania konečný prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (predfinancovanie), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté kópie príslušných účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa potvrdzujúce hotovostnú úhradu. V prípade ak sa KP rozhodne neuskutočniť úhradu výdavkov ktoré RO/SORO uznal ako neoprávnené, je povinný pri zúčtovaní predfinancovnia, najneskôr však pri predložení nasledujúcej žiadosti o predfinancovanie, doručiť dobropis od zhotoviteľa ako aj doklad o úhrade neoprávnených výdavkov.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o zúčtovanie predfinancovania, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa o zúčtovanie predfinancovania v ITMS.
11.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a výpis z bankového účtu. Po uskutočnení overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  žiadosť o zúčtovanie predfinancovania schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia predloží túto žiadosť o zúčtovanie predfinancovania  spolu s prehlásením o overení (príloha 10a), prípade inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie predfinancovania v ITMS. 
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 11), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha 12) v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu. 
13.	Platobný orgán vykoná kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
14.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza finančné prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
15.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 14. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. 
Etapa refundácie
16.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
17.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu  (originálmi, resp. kópiami overenými pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
18.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3 .- 6. 
19.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bode 7. a v prípade schválenia zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov programu v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predloží platobnému orgánu. 
20.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 13. a 14.
21.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Poskytnutie každého predfinancovania si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza finančné prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) finančných prostriedkov z každého predfinancovania konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom.
Presun finančných prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme predfinancovania zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o predfinancovanie. Pri refundácii záverečných minimálne 5 % platobná jednotka presúva finančné prostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu, zaradenej do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenej platobným orgánom. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v predchádzajúcich žiadostiach o platbu. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu.
Schéma obehu informačných a finančných tokov podľa jednotlivých programov je uvedená v prílohe 13.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originál žiadosti konečného prijímateľa o platbu, originál alebo kópiu výpisu z bankového účtu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to následovne:
1.	konečný prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností na iný subjekt;
2.	konečný prijímateľ vystaví žiadosť o poskytnutie predfinancovania pre všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vzniknú pred prechodom práv a povinností na iný subjekt, a to v zmysle bodu 1 tejto časti materiálu;
3.	riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zabezpečí poskytnutie predfinancovania v zmysle bodov 4 – 6 tejto časti materiálu;
4.	po poskytnutí predfinancovania konečný prijímateľ vykoná úhradu dodávateľovi/zhotoviteľovi a predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o zúčtovanie predfinancovania v zmysle bodu 8 a 9 tejto časti materiálu;
5.	v prípade, ak konečný prijímateľ nezúčtuje celú výšku poskytnutého predfinancovania, prevedie jeho zostatok na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.5 tohto materiálu;
6.	konečný prijímateľ následne vypracuje Oznámenie o vrátení finančných prostriedkov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Po zúčtovaní/vrátení nezúčtovanej časti poskytnutého predfinancovania, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup.

4.8.2 	Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch z verejnej správy pre ESF a mimovládnych organizácií pri projektoch CIP EQUAL
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ESF a mimovládnych organizácií pri projektoch CIP EQUAL sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.3), a to v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). 
V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý podľa časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Konečný prijímateľ – štátna rozpočtová organizácia realizujúci národný projekt môže tieto finančné prostriedky poskytovať konečným užívateľom na základe zmluvy v súlade s § 20, ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú konečnému prijímateľovi poskytované do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu, pri zohľadnení podmienok záverečnej platby na projekt (viď bod 16. tejto časti).
Zálohové platby sú konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe prehlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohy. 
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie konečného prijímateľa uskutočňuje v dvoch etapách - etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Konečný prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom podľa zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu z finančných prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu projektu zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu prvého roka projektu zodpovedajúcemu  podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška  zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4 x	[		+ 	(12 -		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku 
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a – 3b) aj prehlásenie o začatí realizácie projektu podľa podmienok definovaných v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade s usmernením RO CSF č. 16/2004 ku  kontrole fyzickej realizácie projektov. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci vecnej kontroly overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky konečného prijímateľa. 
6.	Po uskutočnení kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť konečného prijímateľa o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10b) na platobnú jednotku v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených  riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná kontrolu formálnej správnosti zahrňujúcu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky a najneskôr do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti konečného prijímateľa zadá platobné príkazy na úhradu konečnému prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. 
8.	Konečný prijímateľ po poskytnutí zálohovej platby je povinný túto zálohovú platbu priebežne minimálne jedenkrát za dva mesiace zúčtovávať (RO môže stanoviť aj iný interval zúčtovávania), pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte konečného prijímateľa je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nedodržania tejto podmienky je konečný prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto čiastku zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Konečný prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohovej platby (žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 6a a 6b) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis  originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, ak povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ predkladá kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) potvrdzujúci uhradenie účtovných dokladov. V prípade, ak konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutárny orgán v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu. V prípade, ak za príslušné obdobie konečný prijímateľ nečerpal žiadne finančné prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá oznámenie o nulovom čerpaní poskytnutej zálohovej platby formou listu.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 3 a 4.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční kontrolu vecnej správnosti žiadosti o platbu v súlade s článkom 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 a usmernením RO CSF č. 16/2004 ku kontrole fyzickej realizácie projektu - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či zúčtovaná čiastka zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, poskytnutých službách a uskutočnených prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočného dodania tovarov, uskutočnenia prác alebo poskytnutia služieb. Po uskutočnení overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť konečného prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby.
11.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu. 
12.	Platobný orgán vykoná kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
13.	Platobný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte pre program prevádza finančné prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
14.	Konečný prijímateľ je po vyčerpaní a schválení minimálnej výšky 40 % zálohovej platby platobným orgánom oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným finančným prostriedkom z prvej zálohovej platby. V prípade, ak prvá zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, konečný prijímateľ môže po vyčerpaní a schválení minimálnej výšky 40 % prvej zálohovej platby platobným orgánom požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu platobným orgánom schválených finančných prostriedkov navýšenú o sumu rovnajúcu sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a prvej poskytnutej zálohovej platby.
15.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom podľa bodu 8., t.  z. že konečný prijímateľ je povinný priebežne, minimálne jedenkrát za dva mesiace zúčtovávať poskytnuté finančné prostriedky na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohovej platby), pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte konečného prijímateľa je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby.. 
16.	Zálohové platby sa týmto spôsobom uvedeným v krokoch 1. – 14. poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
Etapa refundácie
17.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených nákladov na projekt, aj za podiel finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
18.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu (originálom alebo kópiou overenou pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
19.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3., 4. a 10. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu. 
20.	Platobná jednotka postupuje v súlade s bodom 7 . V prípade schválenia zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží platobnému orgánu. 
21.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bodoch 12 a 13. 
22.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza finančné prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) finančných prostriedkov zo zálohových platieb konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby. Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia konečnému prijímateľovi.
Presun finančných prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme zálohových platieb zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o zálohovú platbu. Pri refundácii záverečných minimálne 5 % platobná jednotka presúva finančnéprostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu, zaradenej do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenej platobným orgánom. 
Zálohové platby konečnému prijímateľovi - štátnej rozpočtovej organizácii poskytuje platobná jednotka z podpoložky ekonomickej klasifikácie 637 033. Po schválení žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby platobná jednotka prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Ostatným oprávneným konečným prijímateľom poskytuje platobná jednotka zálohové platby na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba konečným prijímateľom aj zúčtuje. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v predchádzajúcich žiadostiach o platbu. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a konečný prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste.
Schéma obehu informačných a finančných tokov podľa jednotlivých programov je uvedená v prílohe 13.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, originál prehlásenia o začatí realizácie projektu, výpis z účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa), jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópiu žiadosti konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to následovne:
1.	konečný prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt;
2.	konečný prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, ktorú predloží na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom podľa bodu 1 a 2 tejto časti materiálu;
3.	konečný prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.5;
4.	konečný prijímateľ následne vypracuje Oznámenie o vrátení finančných prostriedkov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Po zúčtovaní/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup.

4.8.3 	Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch a príjemcoch pomoci zo súkromného sektora a verejného sektora pre všetky štrukturálne fondy
Pri systéme refundácie sa finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, t. z. že konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci z finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet schváleného na projekt. 
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci rovnako pri všetkých programoch. 
1.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a, resp. 4a) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpis z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva konečný prijímateľ/príjemca pomoci. V prípade, ak povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá ním overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci. V prípade, ak konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutárny orgán v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu žiadosti o platbu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste, a to v súlade s usmernením RO CSF č. 16/2004 ku kontrole fyzickej realizácie projektu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční kontrolu vecnej správnosti - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, poskytnutých službách a uskutočnených prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočného dodania tovarov, uskutočnenia prác alebo poskytnutia služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty žiadosť konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu v ITMS.
8.	Platobná jednotka po schválení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly v termíne do 10 pracovných dní odo dňa prijatia žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. Platobná jednotka vykoná kontrolu formálnej správnosti zahrňujúcu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. V prípade schválenia žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu platobná jednotka zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá platobnému orgánu.
9.	Platobný orgán vykoná kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
10.	Platobný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza finančné prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu konečnému prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie pri využití systému refundácie, platobná jednotka realizuje presun finančných prostriedkov na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou v predchádzajúcich žiadostiach o platbu. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný umožniť jej výkon. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste.
Schéma obehu informačných a finančných tokov podľa jednotlivých programov je uvedená v prílohe 13.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originál žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, výpis z účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci), jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópiu žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to následovne:
1.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán o pripravovanom prechode práv a povinností konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na iný subjekt;
2.	konečný prijímateľ/príjemca pomoci vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží žiadosť o priebežnú platbu podľa bodov uvedených v tejto časti materiálu;
Po predložení žiadosti o priebežnú platbu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom môže dôjsť k prechodu práv a povinností konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup.

4.8.4 Špecifiká jednotlivých programových dokumentov v systéme informačných a finančných tokov
Sektorový operačný program Priemysel a služby 
-	v prípade príjemcov pomoci je možné aplikovať rôzne intenzity štátnej pomoci v rámci jedného projektu pre nasledovné opatrenia:
1.1 Podpora rozvoja nových a existujúcich podnikov a služieb
1.3 Podpora podnikania, inovácií a aplikovaného výskumu
1.4 Podpora úspor energie a využitia obnoviteľných zdrojov energie
1.5 Rozvoj zahraničnej spolupráce a image SR
2.2 Podpora podnikateľských aktivít cestovného ruchu
Rôzne intenzity je možné uplatňovať len pri dodržaní všetkých z nasledovných podmienok:
•	projekt je v ITMS potrebné rozdeliť na dva podprojekty, 
•	každý podprojekt musí mať stanovený len jeden pomer financovania,
•	každá žiadosť o platbu musí byť predkladaná v jednom stanovenom pomere financovania a samostatne pre každý podprojekt,
•	súčasťou zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku musia byť vo vzťahu k jednotlivým podprojektom jednoznačne identifikované aktivity, objem finančných prostriedkov a pomery financovania,
•	je potrebné dodržiavať pravidlá a postupy verejného obstarávania v súlade so zákonom č. 523/2003 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov.
-	jednotlivé sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom vykonávajú kontrolu žiadostí o platbu a žiadostí o zúčtovanie predfinancovania. Záznam z kontroly zasielajú riadiacemu orgánu;
-	za schválenie žiadosti o platbu,  žiadosti o zúčtovanie predfinancovania a vypracovanie prehlásenia o overení zodpovedá sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zasielajú žiadosť o platbu, žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a prehlásenie o overení platobnej jednotke prostredníctvom riadiaceho orgánu vrátane stanoviska riadiaceho orgánu k vecnej časti žiadosti o platbu a žiadosti o zúčtovanie predfinancovania; 
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom archivujú originál žiadosti o platbu, žiadosti o zúčtovanie predfinancovania a priložených dokladov (faktúr alebo dokladov rovnocennej dôkaznej hodnoty);
-	riadiaci orgán archivuje kópiu žiadosti o platbu, žiadosti o zúčtovanie predfinancovania a priložených účtovných dokladov.

Operačný program Základná infraštruktúra
-	v rámci priorít Dopravná infraštruktúra a Environmentálna infraštruktúra, za ktoré sú zodpovedné Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR a Ministerstvo životného prostredia SR ako sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, si projekty v súlade s delegovanými právomocami nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť riadiaceho orgánu;
-	v rámci priority Lokálna infraštruktúra, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán, si projekty nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, a preto vyššie uvedené úlohy plní samotný riadiaci orgán;
-	v rámci priority Lokálna infraštruktúra, za ktorú je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán, zabezpečuje matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu platobná jednotka.

Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
-	v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka v súlade s delegovanými právomocami projekty nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť riadiaceho orgánu, keďže tieto funkcie zabezpečuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
-	platobná jednotka predkladá súhrnné žiadosti o platbu platobnému orgánu za každý fond (EAGGF, resp. FIFG) jednotlivo;
-	lehota na spracovanie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v súlade s podmienkami stanovenými v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku;
-	platobná jednotka archivuje celú zložku žiadosti o platbu spolu s prílohami predloženú sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2
-	pre JPD NUTS II Bratislava cieľ 2 nebol zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, preto funkcie v systéme informačných a finančných tokov zabezpečuje samotný riadiaci orgán;
-	overenie podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 zabezpečuje odbor kontroly programov EÚ v rámci sekcie kontroly;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu zabezpečuje platobná jednotka.

Sektorový operačný program Ľudské zdroje a Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3
-	pri projektoch, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR ako riadiaci orgán, si tieto projekty nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, a preto vyššie uvedené úlohy plní samotný riadiaci orgán;
-	za nasledovné typy výdavkov predkladá konečný prijímateľ/príjemca pomoci spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantoch)
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
-	pri tzv. národných projektoch predkladá konečný prijímateľ Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny SR spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len formulár „zoznam výdavkov“ stanovený riadiacim orgánom. 
Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA
Program Iniciatívy ES Slovenská republika - Česká republika
-	pre CIP Slovenská republika - Česká republika nebol zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, preto funkcie v systéme informačných a finančných tokov na území Slovenskej republiky zabezpečuje samotný riadiaci orgán;
-	overenie podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 zabezpečuje odbor kontroly programov EÚ v rámci sekcie kontroly;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu zabezpečuje platobná jednotka;
-	za nasledovné typy výdavkov predkladá konečný prijímateľ/príjemca pomoci spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie predfinancovania len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantoch),
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu,
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov).

Program Iniciatívy ES Poľsko - Slovenská republika
-	aplikuje sa rovnaký postup ako pri CIP Slovenská republika - Česká republika s výnimkou, že ako riadiaci orgán v SR vystupuje národný orgán;
-	overenie podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 zabezpečuje odbor kontroly programov EÚ v rámci sekcie kontroly;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu zabezpečuje platobná jednotka;
-	za nasledovné typy výdavkov predkladá konečný prijímateľ/príjemca pomoci spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie predfinancovania len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantoch),
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu,
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov).

Program Iniciatívy ES Rakúsko - Slovenská republika a  Program susedstva  Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina
-	aplikuje sa rovnaký postup ako pri CIP Slovenská republika - Česká republika s výnimkou, že ako riadiaci orgán v SR vystupuje národný orgán;
-	overenie podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č.  438/2001 zabezpečuje odbor kontroly programov EÚ v rámci sekcie kontroly;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu zabezpečuje platobná jednotka;
-	za nasledovné typy výdavkov predkladá konečný prijímateľ/príjemca pomoci spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie predfinancovania len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantoch),
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu,
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
-	v prípade projektových partnerstiev, ktorých účastníkmi sú partneri SR z regiónov cieľa 1 aj cieľa 2, je možné aplikovať rôzne intenzity pomoci v rámci jedného projektu. Rôzne intenzity je možné uplatňovať len pri dodržaní všetkých z nasledovných podmienok:
•	projekt je potrebné rozdeliť na podprojekty s jednoznačne identifikovanými partnermi, aktivitami, objemom finančných prostriedkov a pomermi financovania,
•	každý podprojekt musí mať stanovený len jeden pomer financovania,
•	každá žiadosť o platbu musí byť predkladaná v jednom stanovenom pomere financovania a samostatne pre každý podprojekt.

Program Iniciatívy ES EQUAL
-	systém platieb pre rozvojové partnerstvo sa určuje podľa vedúceho partnera. V prípade, ak je vedúcim partnerom subjekt verejnej správy alebo mimovládna organizácia, možno uplatňovať systém zálohových platieb. Vedúci partner ďalej poskytuje príslušný podiel zálohových platieb len oprávneným partnerom, t. j. subjektom verejnej správy alebo mimovládnym organizáciám. V prípade, ak vedúcim partnerom je príjemca pomoci, rozvojové partnerstvo realizuje projekt len systémom refundácie; 
-	v prípade rozvojových partnerstiev, ktorých účastníkmi sú partneri z regiónov cieľa 1 aj cieľa 3, resp. účastníkom partnerstva je príjemca pomoci, pre ktorého platia špecifické podmienky, je možné aplikovať rôzne intenzity pomoci v rámci jedného projektu. Rôzne intenzity je možné uplatňovať len pri dodržaní všetkých z nasledovných podmienok:
•	projekt je potrebné v ITMS rozdeliť na podprojekty,
•	každý podprojekt musí mať stanovený len jeden pomer financovania,
•	každá žiadosť o platbu musí byť predkladaná v jednom stanovenom pomere financovania a samostatne pre každý podprojekt,
•	súčasťou zmluvných vzťahov v rámci rozvojových partnerstiev musia byť vo vzťahu k jednotlivým podprojektom jednoznačne identifikované aktivity, objem finančných prostriedkov a pomery financovania.
-	pre CIP EQUAL nebol zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, preto funkcie v systéme informačných a finančných tokov zabezpečuje samotný riadiaci orgán s výnimkou kontroly formálnej a vecnej správnosti  žiadostí o platbu a žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, ktorú vykonáva Národná podporná štruktúra v rámci delegovaných právomocí z riadiaceho orgánu, ktoré priebežne spolu s priloženými účtovnými dokladmi zasiela riadiacemu orgánu. Národná podporná štruktúra vykonáva 100 %-nú administratívnu kontrolu žiadosti o platbu. Z vykonanej kontroly vypracuje kontrolný list, ktorý spolu s originálom žiadosti o platbu a podpornou dokumentáciou postupuje na riadiaci orgán. Riadiaci orgán vykonáva vzorkovú kontrolu výdavkov žiadosti o platbu a podpornej dokumentácie prijatú od Národnej podpornej štruktúry;
-	za schválenie žiadosti o platbu, resp. žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby a vypracovanie prehlásenia o overení zodpovedá riadiaci orgán;
-	Národná podporná štruktúra archivuje kópiu žiadosti o platbu, resp. žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby a priložených dokladov (faktúr alebo dokladov rovnocennej dôkaznej hodnoty);
-	za nasledovné typy výdavkov predkladá konečný prijímateľ/príjemca pomoci spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantoch),
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu,
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
-	riadiaci orgán archivuje originály uvedených dokumentov.

4.9.	Certifikácia
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje odbor certifikácie, ktorý je funkčne nezávislý od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. Výkon certifikácie nie je možné delegovať na iné subjekty. 
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu na EK (certifikácia výkazu výdavkov na EK). Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý platobný orgán vypracuje podľa čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov na EK vykoná platobný orgán certifikáciu vybranej vzorky projektov na úrovni riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, prípadne konečných prijímateľov/príjemcov pomoci, ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu. 
Na základe kombinácie rizikovej analýzy a náhodného výberu je platobný orgán oprávnený uskutočniť certifikáciu výdavkov pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežnú certifikáciu uskutočňuje platobný orgán v prípade, ak z rizikovej analýzy predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu vyplynie rozhodnutie o jej výkone. Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. Ak z výsledku rizikovej analýzy nevyplynie požiadavka na priebežnú certifikáciu, v takom prípade sú výdavky v predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu zahrnuté do výberu vzorky pred certifikáciou výkazu výdavkov na EK.
Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov na EK musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č.  1260/1999, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a prijaté finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa zásad vhodnej správy finančných prostriedkov,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie podľa článku 28 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného podľa nariadenia EK (ES) č. 448/2004 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky na základe žiadosti o platbu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v prípade systému refundácie a v prípade systému predfinancovania a zálohových platieb na základe žiadosti o zúčtovanie konečného prijímateľa;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 9 nariadenia  EK (ES) č. 438/2001 platobný orgán overuje postupy riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	súlad postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	využíva správy  z kontrolných akcií vykonaných inými kontrolnými orgánmi;
3.	využíva správy  z vykonaného vnútorného alebo externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje kontroly na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov na EK a priebežnej certifikácie;
5.	je informovaný o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov;
6.	je oprávnený sa zúčastňovať zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa. 

k bodu 1.
Riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky a Národná podporná štruktúra pre CIP EQUAL sú povinné zasielať platobnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade nedostatkov platobný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. Cieľom je posúdenie súladu týchto manuálov s právnymi predpismi ES a SR.
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikátorov posúdenie súladu činnosti riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.
 k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre platobný orgán aj materiály (správy, protokoly, záznamy) z kontrolných akcií a ostatných kontrol, ktoré sa nezapočítavajú do kontrol vzoriek operácií podľa čl. 10 od. 1 nariadenia EK (ES) č. 438/2001, vykonaných  inými kontrolnými subjektami. Kontrolné subjekty sú povinné zasielať správy z kontrolných akcií sekcii auditu a kontroly MF SR, platobnému orgánu riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Kontrolované subjekty (riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky) sú povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.
k bodu 3. 
Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva EK, platobnému orgánu. Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu. Správy o výsledku vnútorného auditu týchto orgánov sú platobnému orgánu zasielané zo strany príslušného útvaru vnútorného auditu. 

k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je platobný orgán v rámci svojich kompetencií kedykoľvek (v etape prípravy žiadosti o platbu na EK a na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu v etape pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu) na základe písomného oznámenia dotknutým subjektom oprávnený uskutočniť kontrolu súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom, platobných jednotkách a u konečných prijímateľov/príjemcov pomoci. Táto kontrola je realizovaná na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného programového dokumentu. Súčasťou takejto kontroly je overenie, či: 
-	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
-	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi, 
-	výdavky zahrnujú len oprávnené položky,
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach konečných prijímateľov/príjemcov pomoci o platbu, resp. žiadostiach o zúčtovanie predfinancovania a žiadostiach o zúčtovanie zálohovej platby,
-	k príslušným žiadostiam konečných prijímateľov/príjemcov pomoci o platbu, resp. žiadostiam o zúčtovanie predfinancovanie a žiadostiam o zúčtovanie zálohovej platby existuje výpis z bankového účtu,
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou,
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s výberovými kritériami.

k bodu 5.
Platobný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu na EK pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. Pri systémových nezrovnalostiach bude preskúmaný vplyv nezrovnalosti na všetky projekty, ktorých sa systémová nezrovnalosť mohla dotknúť. 

k bodu 6.
Platobný orgán je oprávnený zúčastňovať sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa s cieľom overenia, že jednotlivé projekty boli vybrané v súlade s kritériami uvedenými v programovom doplnku a postupmi riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. Certifikátori sú oprávnení počas zasadnutí komisií upozorniť na prípadné porušenie postupov. Uvedené zistenia sú zohľadňované pri výkone certifikácie.   
Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, zodpovedné za organizovanie zasadnutí komisií na výber projektov, povinné vopred o nich informovať platobný orgán, a to písomne minimálne 5 pracovných dní pred zasadnutím komisie na výber projektov. Riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú následne povinné predkladať zápisnice zo zasadnutí týchto  komisií platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu.
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom výdavkov platobný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov na EK o neoprávnenú sumu. 
V prípade zistenia alebo podozrenia výskytu závažných systémových nezrovnalostí alebo nezrovnalostí s finančným dopadom platobný orgán okamžite pozastaví platby finančných prostriedkov EÚ pre príslušný programový dokument. O vzniknutej situácii  informuje Centrálny kontaktný útvar pre OLAF v SR a sekciu auditu a kontroly MF SR v prípade, ak platobný orgán predoží podnet na vykonanie kontroly.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 

4.10.	Nezrovnalosti

V súlade s nariadením Rady (ES) č. 2988/1995 o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev a nariadením EK (ES) č. 2035/2005, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie EK (ES) č. 1681/1994 o nezrovnalostiach a získavaní neoprávnene vyplatených súm späť v súvislosti s financovaním štrukturálnych politík a o organizácii informačného systému v tejto oblasti (ďalej len „nariadenie“) sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia konania hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva“.
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia štrukturálnych fondov, t. z. vrátane úrovne konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, pokiaľ neboli dodržané pravidlá a podmienky poskytnutia alebo použitia finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov ES alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov ES alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy ES.  
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie finančnej  disciplíny podľa § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti.
Pri hospodárení s finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní konečným prijímateľom/príjemcom pomoci najmä podľa § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 

4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením EK (ES) č. 2035/2005 oznamovať Európskej komisii:
-	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého administratívneho alebo súdneho zistenia;
-	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu;
-	nezrovnalosti, u ktorých boli zistené alebo sa predpokladajú následky mimo územia SR;
-	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky spáchania podvodu (nové praktiky, nový spôsob páchania, ktoré sa doposiaľ vo všeobecnosti neobjavili a nie sú upravené v kódovníku OLAF EK);
-	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR.
Štruktúra kódov OLAF EK pre nezrovnalosti je uvedená v prílohe 1. 
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, platobný orgán, kontrolný orgán a vnútorný audítor. 
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie ako aj orgány Európskej komisie a Európsky dvor audítorov v rámci výkonu svojich kompetencií. 

Nezrovnalosť môže zistiť samotný konečný prijímateľ/príjemca pomoci alebo tretí subjekt, ktorí bezodkladne oznámia zistenú nezrovnalosť a predložia dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a to bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti a zároveň údaje zaevidovať do ITMS.

Subjekty zapojené do implementácie štrukturálnych fondov na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Za riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, že riadiaci orgán deleguje zodpovednosť za riešenie nezrovnalosti na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zodpovednosť riadiaceho orgánu týmto nie je dotknutá.

Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie najmä:
-	oficiálne zdokumentovanie zistenej nezrovnalosti v správe o zistenej nezrovnalosti a zmeny stavu nezrovnalosti v aktualizovanej správe o zistenej nezrovnalosti;
-	oznámenie zistenej nezrovnalosti;
-	monitorovanie vývoja a stavu zistenej nezrovnalosti;
-	prijatie účinných nápravných opatrení na odstránenie vzniknutej nezrovnalosti a predchádzanie vzniku ďalších nezrovnalostí;
-	zabezpečenie bezodkladného finančného vysporiadania podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a príslušných právnych predpisov, tzn. riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v lehote do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti predkladá konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci spolu so správou o zistenej nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov;
-	zaevidovanie údajov o zistenej nezrovnalosti, zmene stavu nezrovnalosti, finančnom vysporiadaní nezrovnalosti a prijatých nápravných opatreniach v systéme ITMS.

V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny, orgán oprávnený na výkon kontroly podľa osobitného predpisu je povinný v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie územne príslušnej správe finančnej kontroly. 

Za moment zistenia nezrovnalosti sa považuje podpísanie oficiálneho dokumentu alebo prerokovanie, resp. doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly alebo auditu. Zistenie nezrovnalosti sa formálne zdokumentuje najmä na základe: 

1)	Podpísania správy o zistenej nezrovnalosti;
2)	Prerokovania správ z kontrolnej akcie vrátane správy o zistenej nezrovnalosti 
3)	Prerokovania správy z vykonaného vnútorného auditu vrátane správy o zistenej nezrovnalosti;
4)	Právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní vrátane aktualizovania správy o zistenej nezrovnalosti;
5)	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR vrátane správy o zistenej nezrovnalosti;
6)	Doručenia správy z auditu EK, resp. Európskeho dvora audítorov;
7)	Prerokovania protokolu z kontroly ÚVO vrátane správy o zistenej nezrovnalosti;
8)	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej podľa zákona č. 10/1996 Z. z. o kontrole v štátnej správe v znení neskorších predpisov vrátane správy o zistenej nezrovnalosti.

V prípade zistenia nezrovnalosti na základe dokumentov podľa bodov 5) až 8) správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti riadiaci orgán, ktorý ju bezodkladne zašle platobnému orgánu, konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci a platobnej jednotke. Zároveň je povinný riadiaci orgán zistenú nezrovnalosť zaevidovať do ITMS.

Ad 1) Podpísanie správy o zistenej nezrovnalosti
Do 5 pracovných dní odo dňa zistenia nezrovnalosti:
-	riadiaci orgán predloží správu o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke  a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci;
-	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží správu o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, riadiacemu orgánu, platobnej jednotke  a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci;
-	platobný orgán predloží správu o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke  a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci;
-	platobná jednotka predloží správu o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom  a konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci;
V prípade, že zistená nezrovnalosť má finančný dopad, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predkladá spolu so správou o zistenej nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov do 5 pracovných dní odo dňa zistenia nezrovnalosti. Zároveň sú riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka a platobný orgán povinní údaje o zistenej nezrovnalosti, žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a oznámení o vrátení finančných prostriedkov zaevidovať bezodkladne, resp. v lehote do 5 pracovných dní do systému ITMS. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti, číslo žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a číslo oznámenia o vrátení finančných prostriedkov predstavujú jedinečné alfa-numerické kódy ITMS. 
Správa o zistenej nezrovnalosti (príloha č.2) obsahuje najmä tieto základné údaje:
1)	Kód nezrovnalosti ITMS;
2)	Popis nezrovnalosti;
3)	Typ nezrovnalosti podľa kódovníka EK;
4)	Označenie ustanovení právnych predpisov, ktoré boli porušené;
5)	Obdobie alebo dátum vzniku nezrovnalosti;
6)	Dátum zistenia  nezrovnalosti;
7)	Označenie osoby, ktorá nezrovnalosť spôsobila;
8)	Finančné vyčíslenie nezrovnalosti podľa zdrojov financovania;
9)	Popis stavu riešenia nezrovnalosti.

V súlade s čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 1681/1994 o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených súm a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky je členský štát povinný bezodkladne oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia SR a/alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, kontrolný orgán alebo orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie v súlade s článkom 5 nariadenia EK (ES) č. 1681/1994 o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených súm a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti do 5 pracovných dní najmä o informácie:
•	o zavedených postupoch, opatreniach a vyplývajúcich dôležitých zmenách;
•	o sumách, ktoré boli alebo sa predpokladá, že budú vrátené;
•	o všetkých priebežných opatreniach, ktoré zaviedol členský štát na zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených súm;
•	o zavedených súdnych a správnych postupoch so zámerom vymôcť neoprávnene vyplatené sumy a uložiť sankcie;
•	o dôvodoch upustenia od postupov vymáhania;
•	o upustení od trestného stíhania.

 Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, kontrolný orgán alebo orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči platobnému orgánu, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.

V prípade, že riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predpokladá, že sumu nie je možné vymôcť, ani nemožno predpokladať, že bude vrátená, informuje bezodkladne platobný orgán v osobitnej správe o zistenej nezrovnalosti, najmä o výške sumy a o dôležitých skutočnostiach podľa čl. 5 odsek 2 nariadenia EK (ES) č. 1681/1994 v znení nariadenia EK (ES) č. 2035/2005. K 31. januáru kalendárneho roka riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom informuje platobný orgán o všetkých prípadoch podľa čl. 5 odsek 2 nariadenia EK (ES) č. 1681/1994 v znení nariadenia EK (ES) č. 2035/2005 alebo o skutočnosti, že neeviduje žiadne takéto prípady. 

Ad 2) Prerokovanie správ z kontrolnej akcie vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
Kontrolný orgán v správach z kontrolných akcií a v správach o zistených nezrovnalostiach popíše a zdokumentuje zistenú nezrovnalosť a zároveň zaeviduje zistenia, nezrovnalosti, finančné výsledky a iné relevantné údaje súvisiace s vykonanými kontrolnými akciami v informačných systémoch CEDIS (Centrálny evidenčný databázový informačný systém) a ITMS. Výsledné materiály z kontrolných akcií - správa o výsledku následnej finančnej kontroly v rámci kontrolnej akcie / resp. správa o výsledku následnej finančnej kontroly v rámci kontrolnej akcie u konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a správy o zistených nezrovnalostiach predkladá kontrolný orgán Sekcii auditu a kontroly MF SR, platobnému orgánu, príslušnému riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom bezodkladne.
V prípade, že konečný prijímateľ/príjemca pomoci vráti finančné prostriedky do dňa skončenia kontroly podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov prílohou správy z kontrolnej akcie je okrem správy o zistenej nezrovnalosti aj oznámenie o vrátení finančných prostriedkov a bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov. 

Ad 3) Prerokovanie správy z vnútorného auditu vrátane správy o zistenej nezrovnalosti

Útvar auditu ministerstva alebo PPA na základe prerokovanej správy z vnútorného auditu a správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne eviduje výsledky vnútorného auditu a zistenú nezrovnalosť v informačných systémoch CEDIS a ITMS. Výsledné materiály z vnútorného auditu - správa o výsledku  vnútorného auditu a správa o zistenej nezrovnalosti predkladá útvar auditu Sekcii auditu a kontroly MF SR  a platobnému orgánu bezodkladne. 
Ad 4) Právoplatné rozhodnutie vydané v správnom konaní vrátane aktualizovania správy o zistenej nezrovnalosti

Správa finančnej kontroly zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach konečných prijímateľov/príjemcov pomoci aktualizuje údaje v systéme ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v prvostupňovom správnom konaní.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach konečných prijímateľov/príjemcov pomoci aktualizuje údaje v systéme ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
 
Ad 5) a 7) Prerokovanie protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR alebo ÚVO 

V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonanej kontroly Najvyšším kontrolným úradom SR alebo ÚVO správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti zašle platobnému orgánu, konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať do ITMS.

Ad 6) Doručenie správy z auditu EK, resp. z auditu Európskeho dvora audítorov;

Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka predkladajú správy o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov alebo príslušným generálnym riaditeľstvom EK platobnému orgánu.

V prípade zistenia nezrovnalosti alebo na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie, resp. auditu Európskeho dvora audítorov správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne zašle platobnému orgánu, konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať do ITMS.

V súvislosti s ďalším riešením nezrovnalosti zistenej na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uplatňuje postup uvedený v čl. 5 nariadenia EK (ES) č. 448/2001 a v lehote do dvoch mesiacov od predloženia správy z auditu EK zabezpečí predloženie pripomienok členského štátu Európskej komisii a v kópii platobnému orgánu a Sekcii auditu a kontroly. 

Ak po predložení pripomienok riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom Európska komisia navrhne finančnú opravu,  sekcia auditu a kontroly v odôvodnených prípadoch v lehote ďalších dvoch mesiacov v zmysle čl. 5 nariadenia EK (ES) č. 448/2001 zabezpečí vykonanie nezávislého preverenia zistenej nezrovnalosti. V prípade, ak výsledky preverovania Sekcie auditu a kontroly budú v rozpore so zistením EK, Slovenská republika využije možnosť podľa čl. 39 odseku 2 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999.

Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach platobný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne (k 15. máju, k 15. augustu, k 15. novembru a k 15. februáru) ich zasiela odboru ochrany finančných záujmov EÚ a boja proti korupcii na Úrade vlády SR a v súhrnnom prehľade Sekcii auditu a kontroly. 

O zistených nezrovnalostiach informuje Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR, boj proti korupcii, ktorý je organizačným útvarom Úradu vlády SR, v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF na Európskej komisii (v prípade, že suma nezrovnalosti prevyšuje 10 000 EUR) v súlade s nariadením EK (ES) č. 1681/1994 a č. 2035/2005. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR, boj proti korupcii OLAF-u na Európskej komisii výlučne na jeho žiadosť.

4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov

Opravy financovania v zmysle čl. 39 nariadenia Rady (ES) č. 1260/99 vykonáva Slovenská republika alebo EK. Opravy financovania spočívajú v zrušení celého príspevku v rámci štrukturálnych fondov alebo jeho časti. 

a) Opravy financovania vykonané členským štátom, resp. po dohode s EK
V prípade vykonania finančnej opravy v nadväznosti na zistenú nezrovnalosť zo strany Slovenskej republiky, alebo ak nezrovnalosť zistí EK a následne došlo k dohode medzi SR a EK a náprave zo strany SR, vrátené/vymožené finančné prostriedky nepredstavujú stratu pre SR a možno ich opätovne využiť na program. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa tieto finančné prostriedky znovu použijú na operácie, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. 
V súlade s článkom 39 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 a nariadením EK (ES) č. 448/2001 realokáciu finančných prostriedkov EÚ v rámci priority, ktoré sa týmto spôsobom uvoľnili, navrhne riadiaci orgán pre príslušný programový dokument v spolupráci s platobným orgánom a následne ju schváli monitorovací výbor pre daný programový dokument.   
Slovenská republika je povinná informovať Európsku komisiu o navrhovanej realokácii finančných prostriedkov. Realokáciu finančných prostriedkov EÚ medzi prioritami v rámci programu, ktoré sa týmto spôsobom uvoľnili, navrhne riadiaci orgán pre príslušný programový dokument v spolupráci s platobným orgánom a následne ju schváli monitorovací výbor pre daný programový dokument a Európska komisia.

V zmysle čl. 2 ods. 3 nariadenia EK (ES) č. 448/2001 Slovenská republika informuje EK v rámci prílohy 
4. štvrťročnej správy o nezrovnalostiach o zrušených príspevkoch. Pre tieto účely zasiela platobný orgán EK a v kópii Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR, boj proti korupcii údaje za predchádzajúci rok k 31.12. vrátane nasledovných údajov o nezrovnalostiach:
-	vrátené sumy, ktoré boli odpočítané z výkazov výdavkov vrátane úrokov z omeškania,
-	výkaz súm, ktoré mali byť vrátené k 31.12. predchádzajúceho roka zoradené podľa rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vymáhanie, resp. právoplatné rozhodnutia vydané v správnom konaní, 
Opravy financovania vrátane prípadov vrátených čiastok za nezrovnalosti, ktorých výsledkom nebola finančná oprava, teda vykonáva  platobný orgán formou odpočítania finančných prostriedkov EÚ v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu EK. Ak nie je možné odpočítanie finančných prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu na EK (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční platobný orgán spätným prevodom Európskej komisii.

b) Opravy financovania vykonané Európskou komisiou 
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku zo štrukturálnych fondov.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v ods. a) platobný orgán neodpočítava predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na EK, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov a zodpovedajúcej sume vo výške porušenia finančnej disciplíny podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah finančných dôsledkov zistenej nezrovnalosti.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho/správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym/správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne/správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.

c) Vrátenie finančných prostriedkov za nezrovnalosti  na národnej úrovni 
Odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu a s finančnými prostriedkami EÚ ukladá a vymáha príslušná správa finančnej kontroly, príp. Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou a popisom schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia ŠF v prílohe  21a a 21b.

4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci ES

V prípade, že v rámci projektu financovaného z pomoci Európskych spoločenstiev bola zistená nezrovnalosť a platobný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES, platobný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov od prijímateľa, resp. prijatia nápravných opatrení. Platobný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom rozhodne, že projekt bude vylúčený zo spolufinancovania zo zdrojov ES a financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly. V rámci procesu riadenia finančnej alokácie pre operačný program riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom musí v rámci ďalších postupov zohľadniť, že daný projekt nebude financovaný zo zdrojov ES napriek skutočnosti, že bola uzatvorená zmluva o poskytnutí NFP s prijímateľom.
  
V prípade, že výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutej zálohovej platby alebo poskytnutého predfinancovania na účet prijímateľa), riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom po posúdení vylúči projekt z financovania pomoci ES a po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Zároveň riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí NFP za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky.

V prípade, že výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, platobný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci ES. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na EK a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí NFP za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly.

V prípade, že výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na EK, platobný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci ES. V tomto prípade dotknuté výdavky platobný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na EK a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí NFP za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly.

4.11.	Účtovníctvo
Podľa čl. 34 ods. 1 písm. e) nariadenia Rady (ES) č. 1260/99  je potrebné, aby subjekty, ktoré sa zúčastňujú na riadení a implementovaní pomoci, viedli samostatný účtovný systém, alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa pomoci. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je platobný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a implementácii štrukturálnych fondov predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 10 pracovných dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektami, ktoré účtujú o použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú  platobný  orgán a platobné jednotky.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie operácií súvisiacich s finančnými prostriedkami ES a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva.
Vedenie účtovníctva platobného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov (ďalej iba „systém ISUF“). Systém ISUF je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom modulov:
•	PS - systém riadenia projektov
(založenie projektu, evidencia údajov o projekte, aktualizácia projektu, aktualizácia rozpočtu projektu, kontrola disponibility rozpočtu projektu - finančného plánu projektu, zmeny rozpočtu projektu, evidencia dokumentov projektu, evidencia štatistických ukazovateľov, vyhodnocovanie realizácie projektu a finančných ukazovateľov projektu)
•	MM - materiálové hospodárstvo 
(založenie zmlúv, evidencia zmlúv, kmeňové údaje o dodávateľoch, kmeňové údaje o odberateľoch, založenie žiadostí o platbu, evidencia žiadostí o platbu,  predbežná finančná kontrola žiadostí o platbu vrátane kontroly dostupnosti zdrojov rozpočtu projektu a zdrojov štátneho rozpočtu, údržba dokumentu)
•	IM - investičný manažment 
(založenie programovej štruktúry, aktualizácia programovej štruktúry, vypracovanie rozpočtu programu, pridelenie rozpočtu programu na projekty, zmeny rozpočtu programu, rozpočtovanie a sledovanie výdavkov na projektoch, sledovanie projektov priradených k programovej štruktúre, vyhodnotenie rozpočtu programu, sledovanie rozpočtu oproti skutočnému čerpaniu prostriedkov)
•	FI - finančné účtovníctvo
(otvorenie a uzavretie účtovných období, kmeňové záznamy k účtovej osnove, účtom, odberateľom (platobná jednotka), dodávateľom (platobný orgán), účtovanie žiadostí o platbu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, účtovanie súhrnnej žiadosti o platbu, účtovanie žiadostí o platbu na Európsku komisiu, spracovanie platobných príkazov, spracovanie bankového výpisu, spracovanie účtovných operácií vo vzťahu k nezrovnalostiam, účtovanie úrokov, dane z prijatých úrokov, aktualizácia kurzovej tabuľky, denná, mesačná, štvrťročná a ročná uzávierka, spracovanie finančných a účtovných výkazov)
•	FM - riadenie rozpočtu
(rozpis schváleného rozpočtu, údržba kmeňových dát ekonomickej a funkčnej klasifikácie, rozpočtovanie, viazanie, rezervácie a uvoľňovanie finančných prostriedkov vo vzťahu k prostriedkom schváleného a upraveného štátneho rozpočtu, presuny prostriedkov na základe spracovávania rozpočtových opatrení / platobných príkazov, kontrola na rozpočet v rámci účtovného dokladu vo vzťahu k predpokladanému výdavku – kontrola disponibility na objektoch rozpočtu, finančné výkazníctvo a reporting v tlačovej  a elektronickej forme, statické a dynamické výkazy)
Spracovanie účtovných operácií a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä podľa zákona č. zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) súvisiacich s  finančným tokom prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje systém ISUF a  je špecifikované v dokumentácii používateľov informačného systému účtovníctva fondov ISUF.  
Každá úroveň programovej štruktúry (program, priorita, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje konečného prijímateľa/príjemcu pomoci. Systém ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, IT Monitorovací systém pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačný systém Štátnej pokladnice. 
Platobný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva alebo rozpočtovej organizácie, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Platobný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo správne, úplne, preukázateľne, zrozumiteľne a spôsobom zaručujúcim trvalosť účtovných záznamov. Účtovná dokumentácia ako súhrn všetkých účtovných záznamov (účtovné doklady, účtovné zápisy, účtovné knihy, účtový rozvrh  a účtovná závierka) je vedená v elektronickej a písomnej forme a to spôsobom, ktorý zabezpečí trvalosť po celú dobu spracovania a úschovy účtovnej dokumentácie, t. j. musí byť dostatočne chránená pred jej možnou stratou, odcudzením, zneužitím, poškodením alebo zničením, vrátane elektronických nosičov dát a ich pravidelného zálohovania.
Finančné prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve platobného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov EÚ na mimorozpočtových účtoch pre príslušné programy platobného orgánu na základe zálohovej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky. 
Povinnosť osobitného (analytického) zaznamenávania operácií týkajúcich sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu u konečného prijímateľa/príjemcu pomoci zabezpečuje riadiaci orgán v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Koneční prijímatelia/príjemcovia pomoci vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Platby vykonané konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci sa dokladujú účtovnými dokladmi. Koneční prijímatelia/príjemcovia pomoci vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.

4.12.	Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) a nariadeniami ES sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa rozpočtového programovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Platobný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z finančných prostriedkov EÚ  a z finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu na Európsku komisiu.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Článok 38 ods. 6 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každú pomoc za obdobie 3 rokov nasledujúcich po záverečnej platbe Európskej komisie, pokiaľ nie je dohodnuté inak v bilaterálnej administratívnej dohode. Platobný orgán, riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky a koneční prijímatelia/príjemcovia pomoci uchovávajú účtovnú a podpornú dokumentáciu k projektom po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci.
V súlade s nariadením EK (ES) č. 2355/2002doplňujúcim nariadenie EK (ES) č. 438/2001, ktoré upravuje problematiku uchovávania podporných dokumentov platí, že: 
a) Podporné dokumenty týkajúce sa výdavkov a kontrol podľa článku 38 ods. 6 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 zahrnujú:
-	dokumenty týkajúce sa vzniknutých a deklarovaných výdavkov a realizovaných platieb v rámci pomoci, a ktoré sú požadované pre adekvátny audit trail vrátane dokumentov, ktoré dokazujú skutočné dodanie tovarov a služieb v rámci spolufinancovaných operácií; 
-	správy a dokumenty ku kontrolám vykonaných na základe článkov 4, 9, 10 a 15 nariadenia EK (ES) č. 438/2001.
b) Dokumenty musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:	
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk); 
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.

Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu. V prípade, ak existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade s národnými predpismi a sú dôveryhodné pre účely auditu.  
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov vyhotovuje príslušný doklad v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu. 
Účtovné doklady vyhotovuje dodávateľ minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden archivuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci a ďalší sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp. riadiaci orgán v prípade, ak ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. V prípade, ak povaha účtovného dokladu umožňuje vyhotoviť len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva konečný prijímateľ/príjemca pomoci a fotokópiu originálu účtovného dokladu uchováva sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp. riadiaci orgán v prípade, ak ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.

4.13.	Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení ES a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2004 – 2006 vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného programového dokumentu je uvedený v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK sa predkladajú na EK v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z EK musí byť vypracovaný v EUR;
•	zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku sa uzatvárajú v SKK, platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci sa realizujú v SKK;
•	platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci sa realizujú v mene SKK;
•	konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže uhrádzať výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK,  príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Kurzové rozdiely vznikajú pri konverzii z meny EUR na menu SKK a naopak a z dôvodu existencie dvoch výmenných kurzov používaných pri prepočte jednotlivých súm. Pre účely výkazníctva pre Európsku komisiu v súlade s nariadením Európskej komisie č. 2000/643/ES platobný orgán používa kurz Európskej centrálnej banky (ďalej iba „kurz ECB“) platný v predposledný pracovný deň Európskej komisie v mesiaci, ktorý predchádzal mesiacu, počas ktorého bol výdavok zaznamenaný v účtovníctve platobného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu platobného orgánu. Pre prepočet súm z meny EUR na menu SKK a naopak v momente ich prevodu Štátna pokladnica používa príslušné kurzy Štátnej pokladnice platné v deň prevodu.
V rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely na viacerých úrovniach a v rôznych špecifických prípadoch. Legislatíva ES stanovuje použitie kurzu pre účely  kurzových prepočtov v rámci ustanovenia nariadenia EK č. 2000/643/ES o opatreniach pre používanie EUR pre účely rozpočtového riadenia štrukturálnych fondov, ktoré na národnej úrovni zodpovedajú kurzovým prepočtom realizovaným na úrovni platobného orgánu.
1. Kurzová strata/zisk pri prevode finančných prostriedkov z účtu platobného orgánu na účet platobnej jednotky 
Platobná jednotka predkladá dvakrát mesačne platobnému orgánu súhrnnú žiadosť o platbu na schválenie. Po schválení súhrnnej žiadosti o platbu platobný orgán prevedie zo svojho mimorozpočtového účtu vedeného v mene EUR finančné prostriedky na účet platobnej jednotky formou platobného príkazu vystaveného v SKK s použitím príslušného mesačného kurzu ECB. Zároveň však v súlade Štátna pokladnica vyjadrí čiastku uvedenú na platobnom príkaze v mene EUR podľa aktuálneho kurzu Štátnej pokladnice platného v deň prevodu.
Kurzové rozdiely, ktoré vznikli pri úhrade súhrnných žiadostí o platbu v dôsledku rozdielu medzi kurzom ECB a kurzom Štátnej pokladnice platnými v deň prevodu, sú vyrovnávané priebežne v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu pre príslušný štrukturálny fond zo štátneho rozpočtu. Kurzové rozdiely eviduje platobný orgán v informačnom systéme účtovníctva fondov ISUF.
2. Kurzová strata/zisk pri prevode neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci 
V súlade s článkom 12 (1) a (2) nariadenia EK (ES) č. 2035/2005  je SR povinná v rámci pravidelných štvrťročných správ o nezrovnalostiach predkladaných na OLAF na Európsku komisiu hlásiť nezrovnalosti, ktorých dopad na rozpočet Európskych spoločenstiev je vyšší ako 10 000 EUR. Zároveň je SR povinná zohľadniť  zistené nezrovnalosti s finančným dopadom v žiadosti o platbu na EK. Členské štáty, ktoré ku dňu zistenia nezrovnalosti neprijali EUR ako menu, musia konvertovať čiastky dotknutých výdavkov z národnej meny na euro. Táto čiastka bude konvertovaná na EUR s použitím mesačného kurzu ECB v mesiaci, v ktorom bol alebo by bol výdavok zaevidovaný v účtovníctve platobného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu platobného orgánu.      
3. Kurzová strata/zisk pri prevode finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci
V prípade, ak konečný prijímateľ/príjemca pomoci uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK. Prípadné kurzové rozdiely vzniknuté v dôsledku prevodu z tohto účtu znáša konečný prijímateľ/príjemca pomoci.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ/príjemca pomoci:
•	pri prevode finančných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu,
•	pri prevode finančných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.
K problematike uplatňovania kurzovej straty na úrovni konečných prijímateľov/príjemcov pomoci Ministerstvo financií SR v spolupráci s Ministerstvom výstavby a regionálneho rozvoja SR vydalo pre platobný orgán, riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky, útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev a PPA, útvary vnútorného auditu a NKÚ usmernenie č. 9/2006-SOMF ku kurzovým rozdielom na úrovni konečných prijímateľov/príjemcov pomoci v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, ktoré bližšie vysvetľuje bod 3. Kurzová strata/zisk pri prevode finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci ako aj príslušné ustanovenie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v článku 6 Účet prijímateľa/príjemcu. 

5.	Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov je vybudovanie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond, ktorý bude slúžiť na sledovanie stavu čerpania finančných prostriedkov na úrovni jednotlivých štrukturálnych fondov, programových dokumentov, priorít, opatrení a projektov.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov zabezpečuje v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci ES vrátane čerpania finančných prostriedkov ES a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré jednotlivé subjekty zodpovedajú.
IT monitorovací systém zahŕňa procesy programovania, monitorovania, finančného riadenia, následnej finančnej kontroly a vnútorného auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
-	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov ISUF;
-	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismi ES a SR (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999, nariadenie EK (ES) č. 438/2001, zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov);
-	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
-	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
-	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno - technologickej infraštruktúry.

6.	Kontrola a audit
V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. Ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu a vnútorný audit metodicky usmerňuje a koordinuje výkon finančnej kontroly vo verejnej správe, vrátane kontroly finančných prostriedkov štrukturálnych fondov poskytnutých Slovenskej republike.
Povinnosť a spôsob vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu štrukturálnych fondov vyplýva z legislatívy SR a legislatívy EÚ. Pri vykonávaní finančnej kontroly a vnútorného auditu sa zohľadňujú poznatky získané od iných členských štátov a doporučenia príslušných generálnych riaditeľstiev EK. Náležitosti vykonávania finančnej kontroly operácií štrukturálnych fondov (následnej) sú stanovené v  Postupoch pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu – 3. verzia.
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov ES.
6.1.	Kontrola fyzickej realizácie projektu
Kontrola fyzickej realizácie projektu vykonávaná riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom podľa článku 4 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 je súčasťou úkonov predbežnej finančnej kontroly podľa § 9 zákona č. 502/2001 Z. z. v znení zákona č. 618/2004 Z. z., pričom kontrolu na mieste je možné vykonávať aj za výdavky schválené a uhradené platobnou jednotkou. 
Pri kontrole fyzickej realizácie projektu sa overuje oprávnenosť nárokovaných výdavkov a skutočné dodanie tovarov, služieb a prác na mieste.
Kontrola fyzickej realizácie projektu  zahŕňa administratívnu kontrolu a kontrolu na mieste. 
Konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný pred vykonaním platby za dodané výrobky a služby dodávateľovi vykonať vecnú a formálnu kontrolu každého účtovného dokladu (podľa zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov).
6.2.	Následná finančná kontrola
Následná finančná kontrola operácií štrukturálnych fondov sa vykonáva podľa všeobecne záväzných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv.

Kontrola vzoriek operácií štrukturálnych fondov
Následné finančné kontroly projektov štrukturálnych fondov sa vykonávajú ako kontrolné akcie v súlade s platným znením Postupov pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu..
Sekcia auditu a kontroly MF SR  je  podľa ustanovenia § 3 písm. a) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. zodpovedná  za koordináciu plánovania a výkonu kontrolných akcií štrukturálnych fondov.
Sekcia auditu a kontroly zostavuje zameranie a plán následných finančných kontrol projektov spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov v spolupráci s príslušnými kontrolnými útvarmi zapojenými do následnej finančnej kontroly štrukturálnych fondov. Sekcia auditu a kontroly vykonáva kontrolné akcie v spolupráci s útvarmi následnej finančnej kontroly príslušných ministerstiev, resp. PPA a so správami finančnej kontroly. Sekcia systému auditu a kontroly môže v rámci právomoci koordinácie plánovania a výkonu kontrolných akcií a podľa ustanovenia § 23 zákona vytvárať kontrolné skupiny, členmi ktorých sú zamestnanci iných zainteresovaných rezortov a správ finančnej kontroly. V prípade vytvorenia takejto zmiešanej kontrolnej skupiny sú všetci členovia kontrolnej akcie povinní riadiť sa pokynmi vedúceho kontrolnej akcie. 
Útvary vykonávajúce kontrolné akcie musia byť organizačne a funkčne oddelené od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky a  platobného orgánu.
Pri vykonávaní kontrolných akcií sú kontrolné orgány povinné postupovať v súlade s nariadením EK (ES) 438/2001,  zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. v súlade s platným znením Postupov pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
Ostatné náležitosti vykonávania kontrolných akcií sú uvedené v platnom znení Postupov pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
6.3.	Vnútorný audit
Podľa čl. 10 nariadenia EK (ES) č. 438/2001 je členský štát povinný vykonávať overovanie a hodnotenie systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov (systémový audit).
Sekcia auditu a kontroly je zodpovedná za koordináciu plánovania a výkonu audítorských akcií (vrátane systémového auditu) štrukturálnych fondov, ktoré vykonáva v spolupráci s útvarmi vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých je zriadený riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, platobný orgán, a v spolupráci s útvarom vnútorného auditu PPA.
Vnútorný audit finančných prostriedkov a systémov štrukturálnych fondov sa vykonáva podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z., príslušných  metodických predpisov publikovaných vo Finančnom spravodajcovi MF SR, medzinárodných štandardov pre profesionálnu prax vnútorného auditu a manuálu EK auditu riadiacich a kontrolných systémov pre štrukturálne fondy.
Správy o výsledkoch vnútorného auditu predkladá audítor štatutárnemu orgánu auditovaného subjektu, príslušnému vedúcemu ústredného orgánu štátnej správy a sekcii auditu a  kontroly MF SR, ktoré  predkladá  platobnému orgánu  prehľad vykonaných auditov týkajúcich sa štrukturálnych fondov a na vyžiadanie správy o vykonaných systémových auditoch.
Ročné správy o činnosti útvaru vnútorného auditu, resp. o činnosti audítora za predchádzajúci kalendárny rok, zahŕňajúce aj informácie o vykonaných vnútorných auditoch systémov štrukturálnych fondov sú útvary vnútorného auditu, resp. vnútorní audítori povinní predložiť v stanovenom termíne sekcii auditu a kontroly MF SR.

6.4.	Ukončenie pomoci zo štrukturálnych fondov
Za vydanie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov príslušného programového dokumentu zodpovedá Najvyšší kontrolný úrad SR.  
Vydanie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov je nutnou podmienkou pre zaslanie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Toto vyhlásenie sa vystavuje pri ukončení programového obdobia a následne predkladá Európskej komisii do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu.
Vydávanie vyhlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním tohto vyhlásenia realizuje svoju činnosť v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardmi;
2.	riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány poskytujú orgánu vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci;
3.	vyhlásenie je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby;
2.	orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny a príslušné transakcie sú zákonné a správne;
3.	súčasťou vyhlásenia je správa obsahujúca všetky odpovedajúce údaje, z ktorých prehlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nedostatkov zistených na základe všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým má orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci prístup;
4.	v prípade existencie závažných nedostatkov v riadení alebo kontrole alebo značný výskyt zistených nezrovnalostí neumožnia poskytnúť celkovú záruku platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného overenia výdavkov, vo vyhlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
5.	v prípade, ak existujú vážne prekážky pri vypracovaní vyhlásenia, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR. Informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení;
6.	ak je následne EK vyhlásenie zaslané, obsahuje opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.
Detailné postupy kontrolnej činnosti počas trvania programu a vydávania vyhlásení o ukončení pomoci sú rozpracované v interných metodických dokumentoch NKÚ SR. 
Všetky povinnosti a postupy subjektov zapojených do finančného riadenia v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 – 2006 sú uvedené v usmernení platobného orgánu č. 11/2007 k ukončeniu pomoci zo štrukturálnych fondov v programovom období 2004 – 2006.

6.5.	Externý audit
Nakoľko zapojenie do riadenia štrukturálnych fondov zahŕňa veľké množstvo subjektov, výkon auditu môžu zabezpečovať viaceré orgány, ktoré zahrnujú:
-	Európsky dvor audítorov (externý audit Európskej komisie),
-	audit príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie,
-	súkromné audítorské firmy.
Európsky dvor audítorov je nezávislou inštitúciou, ktorej úlohou je podporovať Európsky parlament a Radu Európskej únie pri vykonávaní ich právomocí v oblasti kontroly realizácie rozpočtu. V rámci svojej činnosti Dvor vo vzťahu k štrukturálnym fondom vykonáva systémový a finančný audit v inštitúciách Európskej komisie, ako aj v členských štátoch na orgánoch zodpovedných za realizáciu pomoci z ES.  
K najdôležitejším úlohám Európskeho dvoru audítorov patrí preverenie:
a)	účtov všetkých príjmov a výdavkov ES;
b)	či výdavky boli prijaté a realizované zákonným spôsobom;
c)	či finančné riadenie je správne.
Každé z generálnych riaditeľstiev Európskej komisie zodpovedné za riadenie štrukturálnych fondov má zriadený útvar auditu. Hlavným cieľom auditov realizovaných útvarmi auditu generálnych riaditeľstiev Európskej komisie je určiť:
a)	do akej miery má členský štát vytvorené vhodné riadiace a kontrolné systémy a do akej miery tieto systémy spĺňajú požiadavky na správnosť a zákonnosť operácií;
b)	správnosť deklarovaných výdavkov Európskej komisii;
c)	výšku neoprávnených výdavkov v prípadoch, keď sa dokázalo, že riadiace a kontrolné systémy členského štátu sú nevhodné.
Za účelom vykonania externého auditu môže ktorýkoľvek subjekt zúčastňujúci sa finančného riadenia štrukturálnych fondov, vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, uzatvoriť zmluvu so súkromnou audítorskou firmou. Externý audit týchto subjektov môže vykonať súkromná audítorská firma zo SR alebo zo zahraničia. 

oznam skratiek

CSF	Rámec podpory spoločenstva	
EAGGF	Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond – záručná sekcia	
EK	Európska komisia	
ERDF	Európsky fond regionálneho rozvoja	
ES	Európske spoločenstvá	
ESF	Európsky sociálny fond	
EÚ	Európska únia	
FIFG	Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu	
FSR	Fond sociálneho rozvoja	
HDP	Hrubý domáci produkt	
ISUF	Informačný systém účtovníctva fondov	
ITMS	Informačno-technologický monitorovací systém	
MDPT SR	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií Slovenskej republiky	
MF SR	Ministerstvo financií Slovenskej republiky	
MH SR	Ministerstvo hospodárstva Slovenskej republiky	
MPSVR SR	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny Slovenskej republiky	
MŠ SR	Ministerstvo školstva Slovenskej republiky	
MVRR SR	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky	
MZV SR	Ministerstvo zahraničných vecí Slovenskej republiky	
MŽP SR	Ministerstvo životného prostredia Slovenskej republiky	
NDP	Národný rozvojový plán	
NPŠ	Národná podporná štruktúra	
OP	Operačný program	
SOP	Sektorový operačný program	
SORO	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	
SPD	Jednotný programový dokument	
SR	Slovenská republika	
ŠF	Štrukturálne fondy	
ŠR	Štátny rozpočet	
PPA	Poľnohospodárska platobná agentúra	
VÚC	Vyšší územný celok	
Z. z.	Zbierka zákonov