Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov
1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii, 1993
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4. 10. 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003 

b)	Základné právne predpisy ES
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie Rady č. 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch 
•	Nariadenie Rady č. 2001/1447/ES, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné ustanovenia o štrukturálnych fondoch
•	Nariadenie Rady č. 2003/1105/ES, ktorým sa mení nariadenie Rady č. 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch 
Nariadenia upravujúce všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Rady č. 2002/1605/ES o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2002/2342/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 2002/1605/ES o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2001/438/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2002/2355/ES , ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie č. 2001/438/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Európskej komisie č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2001/448/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o opravy financovania pomoci poskytovanej zo štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev 
•	Nariadenie  Rady č. 96/2185/ES o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou za účelom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
Nariadenia upravujúce oprávnenosť výdavkov
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2004/448/ES, ktorým sa mení nariadenie Európskej komisie č. 2000/1685/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 99/1260/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov a ktoré ruší nariadenie Európskej komisie č. 2003/1145/ES
Nariadenia upravujúce štrukturálne fondy 
•	Nariadenie Rady č. 99/1257/ES o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu 
•	Nariadenie Rady č. 99/1263/ES k Finančnému nástroju na usmerňovanie rybolovu 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady č. 99/1783/ES o Európskom fonde regionálneho rozvoja
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady č. 99/1784/ES o Európskom sociálnom fonde 
•	Nariadenie Rady č. 99/2792/ES ustanovujúce presné predpisy a opatrenia týkajúce sa štrukturálnej pomoci ES v sektore rybného hospodárstva
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2002/445/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1257/ES o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu
Nariadenia upravujúce používanie EURO
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2000/643/ES o opatreniach pre používanie EURO pre účely rozpočtového riadenia štrukturálnych fondov 
  
c)	Základné právne predpisy SR
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z.
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol v znení vyhlášky Ministerstva financií SR č. 738/2004 Z. z., ktorou sa mení a dopĺňa vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 286/2002 Z. z ktorou sa ustanovujú podrobnosti o obsahu ročnej  správy o činnosti vnútorného audítora a o vykonávaní vnútorného auditu
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 523/2003 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona 606/2004 Z. z.

2. Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sa rozumie: 
a)	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov na všetkých úrovniach zahrnujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
b)	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti  výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov.
c)	Cieľ 1 - cieľ ES umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov  pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 75 % priemeru Európskych spoločenstiev. 
d)	Cieľ 2 - cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny vážne postihnuté úpadkom priemyslu, a ktoré čelia štrukturálnym ťažkostiam.  
e)	Cieľ 3 - cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho sociálneho fondu pre rozvoj ľudských zdrojov, modernizáciu a prispôsobovanie politík a systémov vzdelávania, školenia a zamestnanosti.
f)	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný programový dokument podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje ES. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. 
g)	Dohoda o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou - správna dohoda uzavretá medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou, ktorá definuje úlohy a zodpovednosti platobného orgánu a platobnej jednotky pri finančnom riadení, správe a kontrole prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu určených na spolufinancovanie a stanovuje zásady spolupráce pri plnení týchto úloh.
h)	Doplnok programu - dokument, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci z ES, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrenia, ako ich uvádza čl. 18 ods. 3 nariadenia Rady 99/1260/ES, ktorý vypracuje členský štát alebo riadiaci orgán a ktorý bude v nevyhnutných prípadoch prehodnotený podľa čl. 34 ods. 3 nariadenia Rady 99/1260/ES. Zasiela sa Európskej komisii pre informáciu.
i)	Európska investičná banka (ďalej len „EIB“) - medzinárodná finančná a úverová inštitúcia poskytujúca úvery určené na spolufinancovanie projektov, resp. programových dokumentov.
j)	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej len „ERDF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie.
k)	Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond - usmerňovacia sekcia (ďalej len „EAGGF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES podporujúci adaptáciu poľnohospodárskych štruktúr na dlhodobé štrukturálne zmeny v poľnohospodárstve, rozvoj poľnohospodárskej infraštruktúry, rozvoj a obnovu vidieka, vidieckeho dedičstva a lesov.
l)	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
m)	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF“) - inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nesprávnym aktivitám, vrátane zneužitia úradnej moci v rámci inštitúcií EÚ. 
n)	Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu (ďalej len „FIFG“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je zabezpečiť vyrovnaný, harmonický rozvoj rybárskeho priemyslu.
o)	Iniciatívy ES - forma pomoci ES zo štrukturálnych fondov, ktorá sa týka cezhraničnej (INTERREG IIIA), transnacionálnej (INTERREG IIIB) a  interregionálnej spolupráce (INTERREG IIIC), hospodárskej a spoločenskej obnovy zaostalých  miest a mestských oblastí (URBAN), rozvoja vidieka (LEADER) alebo medzištátnej spolupráce na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce (EQUAL).
p)	Jednotný programový dokument (Single Programming Document - ďalej len „SPD“) - programový dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok zo štrukturálnych fondov a ostatné finančné prostriedky.
q)	Kohézny fond - finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 90 % priemeru Európskych spoločenstiev. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
r)	Konečný prijímateľ (Final Beneficiary) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie  projektu poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov mimo schém štátnej pomoci a schém de minimis. 
s)	Memorandum o porozumení pre programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA - medzinárodná zmluva podpísaná medzi Slovenskou republikou a partnerským štátom pre jednotlivé programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA, ktorá podrobne stanovuje úlohy právomoci a zodpovednosti jednotlivých orgánov zapojených do riadenia a implementácie spoločného programu. Zmluvu za Slovenskú republiku podpisuje poverený zástupca riadiaceho/národného orgánu Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR a platobného orgánu Ministerstva financií SR. 
t)	Monitorovací výbor pre program Iniciatívy ES - orgán zriadený členským štátom (členskými štátmi v prípade INTERREG III) po dohode s riadiacim orgánom pre CIP a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v programe. Je zložený zo zástupcov  príslušného riadiaceho orgánu pre program Iniciatívy ES (vrátane národných riadiacich orgánov pre INTERREG III), platobného orgánu (vrátane národných platobných orgánov pre INTERREG III) a ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK, ktorý sa podieľa na práci výboru v pozícii poradcu. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre CIP.
u)	Monitorovací výbor pre jednotný programový dokument - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre SPD a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v SPD. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre SPD, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK a tam, kde je to vhodné, zástupca EIB, ktorí sa podieľajú na práci výboru v pozícii poradcov. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre SPD.
v)	Monitorovací výbor pre operačný program - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, riadiaceho orgánu pre CSF, platobného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK a tam, kde je to vhodné, zástupca EIB, ktorí sa podieľajú na práci výboru v pozícii poradcov. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
w)	Národná podporná štruktúra pre Program Iniciatívy ES EQUAL - subjekt zriadený v súlade s Príručkou Európskej komisie pre implementáciu EQUAL za účelom poskytovania technickej asistencie riadiacemu orgánu. Aktivity Národnej podpornej štruktúry sú financované z prostriedkov technickej asistencie CIP EQUAL. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy Národnej podpornej štruktúry Fond sociálneho rozvoja, rozpočtová organizácia Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny SR. Vzťah medzi riadiacim orgánom a Fondom sociálneho rozvoja ako Národnou podpornou štruktúrou podrobne upravuje Zmluva o zabezpečovaní funkcií Národnej podpornej štruktúry pre Riadiaci orgán Iniciatívy Spoločenstva EQUAL uzavretá medzi týmito subjektami. 
x)	Národný monitorovací výbor - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre Rámec podpory Spoločenstva a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených Rámcom podpory Spoločenstva. Je zložený zo zástupcov  jednotlivých riadiacich orgánov, platobného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Zasadnutí monitorovacieho výboru sa účastní aj zástupca EK a tam, kde je to vhodné, zástupca EIB, ktorí sa podieľajú na práci výboru v pozícii poradcov. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre Rámec podpory Spoločenstva.
y)	Národný orgán (National Authority) - orgán menovaný členským štátom pre účely riadenia podpory z INTERREG III na národnej úrovni v prípade, že príslušný členský štát nie je riadiacim orgánom pre program Iniciatívy ES. 
z)	Národný rozvojový plán (National Development Plan, ďalej len „NDP“) - programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na ciele uvedené v článku 1 nariadenia Rady č. 99/1260/ES a prioritné potreby pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov.
aa)	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie ustanovenia práva Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo nedbalosti hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov spravovaných Európskymi spoločenstvami, a to buď znížením alebo stratou príjmov z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych  spoločenstiev alebo formou neoprávneného výdavku.
bb)	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná priorita programového dokumentu a ktorý umožňuje financovanie projektov. 
cc)	Operácia - projekt alebo činnosť vykonávaná konečným prijímateľom/príjemcom pomoci.
dd)	Operačný program - programový dokument schválený Európskou komisiou pre realizáciu Rámca podpory Spoločenstva, obsahujúci súvislý súbor priorít zahrnujúcich viacročné opatrenia, ktorý môže byť realizovaný využitím pomoci jedného alebo viacerých fondov, jedného alebo viacerých iných existujúcich finančných nástrojov a EIB. 
ee)	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov a výdavkov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súlade s nariadením Európskej komisie 2004/448/ES týkajúci sa oprávnenosti, a ktoré boli vynaložené v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám ES.
ff)	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov (Winding-up Body) - nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov Najvyšší kontrolný úrad SR.
gg)	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. Platobnú jednotku určuje vláda v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva, resp. Pôdohospodárskej platobnej jednotky ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
hh)	Platobný orgán - orgán menovaný členským štátom pre účely vypracovania a predkladania žiadostí o platby a prijímanie platieb od EK. Platobný orgán zodpovedá za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby z Európskej komisie. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy platobného orgánu organizačná zložka Ministerstva financií SR - odbor platobného orgánu pre štrukturálne fondy. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
ii)	Pomoc „de minimis“ - pomoc, ktorá u podnikateľa neprekročí súhrnne v prepočte 100 000 EUR v priebehu troch po sebe nasledujúcich kalendárnych rokov a jej poskytnutie je v súlade s právnym predpisom spoločenstva o poskytnutí pomoci „de minimis“.
jj)	Poskytnutie zálohovej platby konečnému prijímateľovi - poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj ESF a spolufinancovania štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi z verejnej správy do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po podpise zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a preukázaní konečného prijímateľa o začatí realizácie projektu financovaného z ESF formou zálohovej platby.
kk)	Predfinancovanie - poskytnutie finančných prostriedkov konečnému prijímateľovi z verejnej správy z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroje ERDF, EAGGF-u, FIFG a spolufinancovania štátneho rozpočtu na uhrádzanie záväzkov voči dodávateľovi v lehote splatnosti na základe predloženia účtovných dokladov vystavených dodávateľom. 
ll)	Prehlásenie o overení - dokument vypracovaný sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, riadiacim orgánom alebo národným orgánom potvrdzujúci, že čiastky deklarované konečným prijímateľom/príjemcom pomoci sú oprávnené;
mm)	Príjemca pomoci (Individual Recipient) - orgán, organizácia, právnická osoba alebo fyzická osoba, ktorej sú za účelom realizácie projektu poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov od poskytovateľa pomoci podľa schém štátnej pomoci a schém de minimis.
nn)	Priorita - jeden z hlavných zámerov stratégie Rámca podpory Spoločenstva alebo programového dokumentu. Každej priorite je pridelený príspevok zo štrukturálnych fondov a iných finančných nástrojov, príslušné finančné prostriedky členského štátu a súbor bližšie určených konkrétnych cieľov.
oo)	Program Iniciatívy ES (Community Initiative Program - ďalej len „CIP“) - programový dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované z Iniciatívy ES a zo zdrojov členského štátu (členských štátov v prípade INTERREG III), ich špecifické ciele, príspevok z Iniciatívy ES a ostatné finančné prostriedky.
pp)	Rámec podpory Spoločenstva (Community Support Framework - ďalej len „CSF“) - dokument schválený Európskou komisiou po dohode s príslušným členským štátom, ktorý vyplýva z hodnotenia Národného rozvojového plánu predloženého členským štátom. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok fondov a ostatné finančné prostriedky.      Realizuje sa prostredníctvom jedného alebo viacerých operačných programov. 
qq)	Riadiaci orgán - orgán určený vládou pre účely riadenia podpory zo štrukturálnych fondov. Riadiaci orgán je menovaný pre Rámec podpory Spoločenstva, každý operačný program,  jednotný programový dokument a program iniciatívy ES.
rr)	Rozvojové partnerstvo - predstavuje spojenie širokého okruhu účastníkov s príslušnou kompetenciou - partnerov na realizáciu projektov v súlade s princípmi iniciatívy EQUAL a je vymedzený v zmysle oznámenia Komisie č. 853/2000. Vzťahy a povinnosti partnerov sú upravené v dohode o rozvojovom partnerstve, ktorú uzatvárajú všetci partneri, pričom jeden z nich vystupuje ako vedúci partner. 
ss)	Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci “de minimis“ - dokumenty, ktoré presne stanovujú pravidlá a podmienky, na základe ktorých môžu poskytovatelia pomoci poskytnúť štátnu pomoc a pomoc „de minimis“ jednotlivým príjemcom pomoci.
tt)	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
uu)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - verejný alebo súkromný orgán konajúci v zodpovednosti riadiaceho orgánu, alebo vykonávajúci úlohy v mene riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia o delegovaní právomocí. 
vv)	Štátna pokladnica - inštitúcia zabezpečujúca centralizáciu príjmov a realizáciu výdavkov štátneho a verejného rozpočtu a dennú likviditu štátneho rozpočtu. 
ww)	Štátna pomoc - akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Spoločenstva.
xx)	Štrukturálne fondy - nástroje štrukturálnej politiky ES využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja, Európsky sociálny fond, Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond - usmerňovacia sekcia a Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu.
yy)	Účtovný doklad - doklad definovaný v ods. 1 § 10 zákona č. 431/2002 Z. z. v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu a žiadostí konečného prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v ods. 1 písm. a), b), c), d) a f).
zz)	Vedúci partner (Lead Partner) - organizácia, vystupujúca v mene rozvojového partnerstva alebo projektového partnerstva pri programoch Iniciatív ES.
aaa)	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn oprávnených výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia za príslušný programový dokument podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný platobným orgánom a tvorí prílohu k  žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK.
bbb)	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku - podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu uzatvorená medzi riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom (v prípade, že je táto úloha delegovaná z riadiaceho orgánu) a konečným prijímateľom/príjemcom pomoci určujúca podmienky poskytnutia podpory, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.

3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	Riadiace orgány, 
-	Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	Národné orgány,
-	Platobný orgán,
-	Platobné jednotky,
-	Monitorovacie výbory,
-	Orgán vydávajúci vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov,
-	Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR,
-	Kontrolné útvary ministerstiev, resp. Pôdohospodárskej platobnej agentúry, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky,
-	Správy finančnej kontroly,
-	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR;
-	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, platobný orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky,
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov je náležité oddelenie riadiacej funkcie, platobnej funkcie a funkcie následnej finančnej kontroly. 
3.1 	Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
Vláda SR uznesením č. 133/2002 z 13. februára 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre regióny spadajúce pod cieľ 1 formou Rámca podpory Spoločenstva. Vláda SR týmto uznesením zároveň rozhodla o štruktúre NDP, ako aj o zriadení príslušných riadiacich orgánov vzhľadom na štruktúru Národného rozvojového plánu. Na základe pripomienok EK Slovenská republika pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 vypracovala 4 operačné programy pre cieľ 1: 
·        Sektorový operačný program Priemysel a služby, 
·        Operačný program Základná infraštruktúra,
·        Sektorový operačný program Ľudské zdroje,
·        Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka.
Tabuľka č. 1: 
Geografické vymedzenie programových dokumentov pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006:

	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	ÚZEMNÁ JEDNOTKA SR	
Cieľ 1	Národný rozvojový plán (Rámec podpory Spoločenstva)	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Priemysel a služby	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	OP Základná infraštruktúra	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Ľudské zdroje	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	západné Slovensko, stredné Slovensko, východné Slovensko	
Cieľ 2	SPD NUTS II Bratislava cieľ 2	príslušné zóny Bratislavského samosprávneho kraja	
Cieľ 3	SPD NUTS II Bratislava cieľ 3	Bratislavský samosprávny kraj	
INTERREG IIIA	CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika	Trnavský samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj, Žilinský samosprávny kraj 	
	CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR	Žilinský samosprávny kraj, Prešovský samosprávny kraj	
	Program susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina	Bratislavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj, Trnavský samosprávny kraj, Prešovský samosprávny kraj	
	CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR	Bratislavský samosprávny kraj, Trnavský samosprávny kraj	
EQUAL	CIP EQUAL	Slovenská republika	
Vláda SR uznesením č. 317/2002 zo dňa  27. marca 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre región vylúčený z podpory podľa cieľa 1, spadajúci pod cieľ 2 a cieľ 3 podpory ES, formou jednotného programového dokumentu a o zriadení riadiacich orgánov pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 a SPD NUTS II Bratislava cieľ 3.
Za riadiace orgány pre operačné programy, jednotné programové dokumenty a programy iniciatívy ES v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 boli určené príslušné ministerstvá podľa tabuľky č. 2. Úlohy riadiacich orgánov v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 plnia organizačné útvary v rámci príslušných ministerstiev. 
Tabuľka č. 2: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov pre operačné programy a jednotné programové dokumenty v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Riadiaci orgán	Ministerstvo	Organizačná zložka	
Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	sekcia stratégie rozvoja regiónov - odbor riadenia programov – oddelenie CSF	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Priemysel a služby	Ministerstvo hospodárstva SR	sekcia pre európske záležitosti - odbor riadenia SOP 
sekcia  výrobných a sieťových odvetví - odbor štrukturálnych  programov
sekcia  podnikania a cestovného ruchu – odbor podnikateľského prostredia, odbor cestovného ruchu
sekcia obchodu a ochrany spotrebiteľa - odbor medzinárodného obchodu	
Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	sekcia stratégie rozvoja regiónov - odbor riadenia programov - oddelenie OP ZI
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor realizácie programov RR, odbor manažmentu regionálneho rozvoja	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF - odbor riadiaceho orgánu pre SOP ĽZ 	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	Ministerstvo pôdohospodárstva SR	sekcia medzinárodných záležitostí - odbor  štrukturálnej politiky	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava cieľ 2	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor  riadenia pre Jednotný programový dokument cieľ 2	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava cieľ 3	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF - odbor riadiaceho orgánu pre Jednotný programový dokument cieľ 3 	
Vláda SR uznesením č. 359/2002 zo dňa 10. apríla 2002 schválila účasť SR v Iniciatíve Spoločenstva INTERREG III a poverila funkciou riadiacich orgánov, resp. národných orgánov, jednotlivé ministerstvá.
V rámci programov Iniciatívy ES INTERREG III platia špecifické pravidlá, nakoľko ide o nadnárodné programy. Slovenská republika ani pri jednom z nich (okrem CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika) nevystupuje ako riadiaci, resp. platobný orgán. V týchto prípadoch bude ako riadiaci, platobný orgán, voči Európskej komisii vystupovať partnerská krajina.
Pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR je riadiacim orgánom Ministerstvo hospodárstva, práce a sociálnych vecí Poľska, pre Program susedstva INTERREG IIIA Maďarsko - SR - Ukrajina Úrad pre teritoriálny a regionálny rozvoj Maďarska a pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR Úrad spolkového kancelára Rakúskej republiky. Pre všetky programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA podpisuje riadiaci orgán s národným orgánom medzinárodnú dohodu v mene partnerských krajín, ktorej obsahom sú podrobnosti k implementácii programu. 
Za riadiaci orgán pre Iniciatívy ES EQUAL bolo poverené Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR. 
Tabuľka č. 3: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov, resp. národných orgánov, pre programy Iniciatív ES v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Riadiaci/národný orgán	Ministerstvo	Organizačná zložka	
Riadiaci orgán pre CIP INTERREG IIIA SR - Česká republika

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Maďarsko - SR - Ukrajina

Národný orgán pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR
	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor realizácie programov cezhraničnej spolupráce
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor realizácie programov cezhraničnej spolupráce
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor realizácie programov cezhraničnej spolupráce
Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor realizácie programov cezhraničnej spolupráce 	
Riadiaci orgán pre Equal	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	sekcia riadenia ESF - odbor riadiaceho orgánu Iniciatívy EQUAL	

Riadiaci orgán (okrem riadiaceho orgánu pre CSF) môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ale celkovú zodpovednosť za riadenie programov nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené splnomocnením o delegovaní právomocí, ktoré riadiaci orgán poskytne platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF na informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje platobný orgán a riadiaci orgán pre CSF o dodatkoch k splnomocneniu o delegovaní právomocí. Splnomocnenie môže byť uzavreté len so subjektmi, ktoré majú právnu subjektivitu. 
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi, na ktoré boli delegované určité právomoci, sú uvedené v tabuľke č. 4.
Riadiaci orgán pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2  nedeleguje žiadne právomoci na sprostredkovateľské orgány.
Riadiace a národné orgány pre Iniciatívy ES rovnako nedelegujú svoje právomoci na nižšie úrovne. V prípade Programu Iniciatívy ES EQUAL stanovené úlohy vo vzťahu k finančnému riadeniu plní Národná podporná štruktúra v súlade so zmluvou medzi riadiacim orgánom a Národnou podpornou štruktúrou.
Tabuľka č. 4: 
Inštitucionálne usporiadanie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi pre operačné programy a jednotné programové dokumenty v SR pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Sprostredkovateľský orgán pod Riadiacim orgánom (SO/RO)	Ministerstvo/ Organizácia	Organizačná zložka 	
SO/RO pre Sektorový operačný program Priemysel a služby	Slovenská agentúra pre rozvoj investícií a obchodu (SARIO)
Národná agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania (NARMSP)
Slovenská energetická agentúra (SEA)

Slovenská agentúra pre cestovný ruch (SACR)	divízia štrukturálnych fondov EÚ

odbor štrukturálnych fondov

sekcia agentúrnych činností - odbor implementácie štrukturálnych fondov EÚ -
implementačný odbor
sekcia štrukturálnych fondov	
SO/RO pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje	Ministerstvo školstva SR

	sekcia európskej integrácie - odbor pre ESF
	
SO/RO pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	Pôdohospodárska platobná agentúra 	sekcia projektových podpôr, odbor kontroly projektových podpôr	
SO/RO pre Operačný program Základná infraštruktúra	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Ministerstvo životného prostredia SR	Koordinačný výbor

sekcia zahraničnej pomoci a záležitostí EÚ - odbor prípravy projektov, odbor riadenia programov, odbor Implementačná agentúra environmentálnych investičných projektov - oddelenie implementácie štrukturálnych fondov a PHARE	
SO/RO pre Jednotný programový dokument - NUTS II Bratislava cieľ 3	Ministerstvo školstva SR

	sekcia európskej integrácie - odbor pre ESF
	
3.1.1 Rámec podpory Spoločenstva
Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva  v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie NDP, vrátane finančného plánu a koordinovanie vypracovania operačných programov a programových doplnkov;
•	negociovanie s Európskou komisiou o NDP a CSF;
•	koordináciu implementácie NDP a ostatných programových dokumentov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov; 
•	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi pre oblasť programovania a monitorovania;
•	vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond;
•	v spolupráci s riadiacimi orgánmi navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na vyjadrenie Ministerstvu financií SR, na schválenie vláde SR a na schválenie Národnému monitorovaciemu výboru;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim.  

3.1.2 Sektorový operačný program Priemysel a služby

Riadiaci orgán	Ministerstvo hospodárstva SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Slovenská agentúra pre rozvoj investícií a obchodu	
	Národná agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania	
	Slovenská energetická agentúra	
	Slovenská agentúra pre cestovný ruch	
		
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Priemysel a služby vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie sektorového operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Priemysel a služby;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SOP Priemysel a služby (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Priemysel a služby a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Priemysel a služby na schválenie;
•	spolufinancovanie SOP Priemysel a služby zo štátneho rozpočtu;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v spolupráci s platobnou jednotkou a sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a rozpočtovým útvarom kapitoly v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru kontroly MH SR;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o  výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach hodnotiacich komisií k predloženým projektom najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí hodnotiacich komisií platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Priemysel a služby vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu prostredníctvom riadiaceho orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	prijímanie a schvaľovanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok; 
•	uzatváranie zmlúv s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overovanie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;  
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení riadiacemu orgánu; 
•	vypracovanie a predloženie platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF správy o zistenej nezrovnalosti v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu prostredníctvom riadiaceho orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach hodnotiacich komisií k predloženým projektom najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí hodnotiacich komisií platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy  o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES ;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov agentúry;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.3 Operačný program Základná infraštruktúra

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
	
	Ministerstvo životného prostredia SR	
Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu, v spolupráci so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie OP Základná infraštruktúra;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre OP Základná infraštruktúra (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, príp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci OP Základná infraštruktúra a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre OP Základná infraštruktúra na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov pre prioritu Lokálna infraštruktúra v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov za prioritu Lokálna infraštruktúra najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov za prioritu Lokálna infraštruktúra platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

Riadiaci orgán pre Operačný program Základná infraštruktúra  pri projektoch v rámci priority Lokálna infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie OP Základná infraštruktúra zo štátneho rozpočtu pre prioritu Lokálna infraštruktúra;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru následnej kontroly MVRR SR.

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Operačný program Základná infraštruktúra vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie príslušnej časti operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“ (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR);
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie OP Základná infraštruktúra zo štátneho rozpočtu pre príslušnú prioritu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“ (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR);
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru rezortnej kontroly MŽP SR, resp. odboru kontroly, štátneho dozoru a dohľadu MDPT SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci OP Základná infraštruktúra a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre OP Základná infraštruktúra;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za príslušné priority v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“ (platí len pre Ministerstvo životného prostredia SR), výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.4 Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka

Riadiaci orgán	Ministerstvo pôdohospodárstva SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Pôdohospodárska platobná agentúra 	

Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie sektorového operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	spolufinancovanie SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka zo štátneho rozpočtu;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;    
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, príp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka na schválenie;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva. 

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb;
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru vnútornej kontroly PPA;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vo vzťahu k usmerňovacej sekcii EAGGF a FIFG vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu vo vzťahu k usmerňovacej sekcii EAGGF a FIFG do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vo vzťahu k usmerňovacej sekcii EAGGF a FIFG a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov agentúry;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.5 Sektorový operačný program Ľudské zdroje

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo školstva SR	
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje vo vzťahu k finančnému 
riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie sektorového operačného programu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SOP Ľudské zdroje;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jeho predloženie riadiacemu orgánu pre CSF a platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SOP Ľudské zdroje (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, príp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SOP Ľudské zdroje na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje  pri  projektoch  spadajúcich pod Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny  vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné priority/opatrenia/podopatrenia;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru kontroly MPSVR SR.

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje pri projektoch spadajúcich pod Ministerstvo školstva SR  zabezpečuje:
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie SOP Ľudské zdroje zo štátneho rozpočtu pre príslušné priority/opatrenia/podopatrenia;
•	prijímanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu a riadiacemu orgánu pre CSF v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru kontroly MŠ SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SOP Ľudské zdroje a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SOP Ľudské zdroje;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.6 Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2 vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie jednotného programového dokumentu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SPD NUTS II Bratislava cieľ 2;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 zo štátneho rozpočtu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru následnej kontroly MVRR SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.7 Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom	Ministerstvo školstva SR	
Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3 vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie jednotného programového dokumentu a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie SPD NUTS II Bratislava cieľ 3;
•	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a jeho predloženie platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu, príp. sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Riadiaci orgán pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3 pri projektoch  spadajúcich pod Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny vo vzťahu k finančnému riadeniu okrem vyššie uvedených úloh zabezpečuje:
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie a schvaľovanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu,
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru kontroly MPSVR SR.

Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pre Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3 pri projektoch spadajúcich pod Ministerstvo školstva SR zabezpečuje:
•	vypracovanie schém štátnej pomoci, resp. schém „de minimis“;
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	spolufinancovanie SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 zo štátneho rozpočtu pre príslušné opatrenia;
•	prijímanie príslušných projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis;
iv)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v  kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie oddeleniu kontroly MŠ SR.
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci SPD NUTS II Bratislava cieľ 3 a ich predkladanie riadiacemu orgánu pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 3;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka na základe vlastných podkladov v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

3.1.8 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA
3.1.8.1 Program Iniciatívy ES INTERREG  IIIA Slovenská republika - Česká republika

Riadiaci orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Riadiaci orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s českým národným orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s českým národným orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru následnej kontroly MVRR SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.8.2 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 

Riadiaci orgán	Ministerstvo hospodárstva, práce a sociálnych vecí Poľska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika;
•	vypracovanie vnútorného manuálu národného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu národného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu SR v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov;
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru následnej kontroly MVRR SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol národného orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu národného orgánu a správ o výsledku externého auditu národného orgánu platobnému orgánu SR do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom národného orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu SR v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu SR o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu SR k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.8.3 Program susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina

Riadiaci orgán	Úrad pre teritoriálny a regionálny rozvoj Maďarska	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program susedstva INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre Program susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie Program susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina;
•	vypracovanie vnútorného manuálu národného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu národného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu SR v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie  Programu susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu; 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru následnej kontroly MVRR SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci Programu susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre Programu susedstva Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol národného orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu národného orgánu a správ o výsledku externého auditu národného orgánu platobnému orgánu SR do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom národného orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu SR v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu SR o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu SR k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 

3.1.8.4 Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 

Riadiaci orgán	Úrad spolkového kancelára Rakúskej republiky	
Národný orgán	Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Národný orgán pre Program Iniciatívy ES INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika za Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom vytvorenie vhodného systému implementácie CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika;
•	vypracovanie vnútorného manuálu národného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu národného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu SR v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	predkladanie návrhov na prispôsobenie doplnku programu bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	spolufinancovanie CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika zo štátneho rozpočtu za slovenskú stranu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov zo SR; 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s konečnými prijímateľmi zo SR, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa zo SR a z ostatných národných zdrojov;
•	formálnu kontrolu žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu;
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii); matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa zo SR o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru následnej kontroly MVRR SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka za časť programu týkajúcu sa SR v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol národného orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu národného orgánu a správ o výsledku externého auditu národného orgánu platobnému orgánu SR do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom národného orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu SR v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu SR o pripravovaných zasadnutiach riadiaceho výboru na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí riadiaceho výboru platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu SR k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 
3.1.9 Program Iniciatívy ES EQUAL

Riadiaci orgán	Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	
Riadiaci orgán pre Program Iniciatívy ES EQUAL vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie programu Iniciatívy ES a programového doplnku, vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie schém „de minimis“;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie CIP EQUAL;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	po schválení Monitorovacím výborom pre CIP EQUAL (a to buď na základe vlastnej iniciatívy riadiaceho orgánu alebo na žiadosť samotného monitorovacieho výboru) prispôsobenie doplnku programu  bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele, a informovanie Európskej komisie o týchto úpravách najneskôr do 1 mesiaca od schválenia monitorovacím výborom; 
•	predkladanie Výročnej správy o implementácii pomoci platobnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 37 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
•	spolufinancovanie CIP EQUAL zo štátneho rozpočtu;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci (rozvojových partnerstiev); 
•	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a z ostatných národných zdrojov;
•	kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES, ktorá zahrnuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, že na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iii)	overenie súladu so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita);
•	v rámci kontroly na mieste podľa čl. 4 nariadenia 2001/438/ES overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb;
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 34 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúceho všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu vrátane prehlásenia o overení platobnej jednotke; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie odboru kontroly MPSVR SR;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi prioritami a opatreniami v rámci CIP EQUAL a ich predkladanie Monitorovaciemu výboru pre CIP EQUAL na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov platobnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca;
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol riadiaceho orgánu vykonaných mimo rámec minimálnej 5 % kontroly, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom riadiaceho orgánu a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	informovanie platobného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber projektov najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
•	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber projektov platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za účelom zachovania povahy projektov v súlade s čl. 30 všeobecného nariadenia Rady 99/1260/ES;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
•	uchovávanie schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

Národná podporná štruktúra pre Program Iniciatívy ES EQUAL vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	formálnu kontrolu žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu;
•	v rámci vecnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných  priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek.
3.2 	Platobný orgán
V zmysle uznesenia vlády SR č. 617 z 5. júna 2002 bolo Ministerstvo financií SR určené ako jediný platobný orgán pre štrukturálne fondy. Funkciu platobného orgánu vykonáva odbor platobného orgánu pre štrukturálne fondy v rámci sekcie európskych záležitostí.
Platobný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	koordináciu systému finančného riadenia štrukturálnych fondov;
•	koordináciu platobných jednotiek, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pri finančnom riadení štrukturálnych fondov;
•	metodické usmerňovanie platobných jednotiek, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pri finančnom riadení štrukturálnych fondov;
•	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením a kontrolou štrukturálnych fondov na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
•	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie;
•	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach poradných výborov Európskej komisie – Výboru pre rozvoj a konverziu regiónov, Výboru podľa článku 147 Zmluvy, Výboru pre poľnohospodárske štruktúry a rozvoj vidieka a Výboru pre štruktúry rybolovu a akvakultúru;
•	podpisovanie memoránd o porozumení medzi SR a partnerskými štátmi pre programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA za Ministerstvo financií SR;
•	vypracovanie zmien v Koncepcii systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a  ich predkladanie ministrovi financií, príp. vláde SR na schválenie; 
•	poskytovanie výnimiek z Koncepcie systému finančného riadenia štrukturálnych fondov na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí príslušných orgánov;
•	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby na Európsku komisiu (v prípade programov financovaných z Iniciatívy ES INTERREG IIIA, pri ktorých SR nie je platobným orgánom, na platobný orgán v partnerskom štáte) pre všetky programy financované zo štrukturálnych fondov;
•	zostavenie a zaslanie žiadosti o záverečnú platbu na Európsku komisiu (v prípade programov financovaných z Iniciatívy ES INTERREG IIIA, pri ktorých SR nie je platobným orgánom, na platobný orgán v partnerskom štáte) pre všetky programy financované zo štrukturálnych fondov;
•	koordináciu pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	predbežnú finančnú kontrolu súhrnnej žiadosti o platbu, ktorá zahrnuje:
-	administratívnu kontrolu,
-	na základe analýzy rizík kontrolu na mieste na jednotlivých úrovniach riadenia (priebežná certifikácia),
•	v rámci administratívnej kontroly:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrnuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
-	vecnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
•	v rámci kontroly na mieste (priebežnej certifikácie) vykonávanie kontrol na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti (nariadenie Európskej komisie č. 2004/448/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 99/1260/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov), 
-	boli vykonané kontroly dodania spolufinacovaných tovarov, služieb a prác,
-	nárokované výdavky sú reálne, 
-	sa postupovalo v súlade s právnymi predpismi ES a SR a ostatnými záväznými dokumentmi, 
-	existuje podporná dokumentácia, 
-	sa uchováva a dodržiava audit trail,
V prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalostí okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný programový dokument a informovanie Centrálneho kontaktného útvaru pre OLAF v SR, resp. aj sekcie systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR v prípade, že platobný orgán požiada sekciu systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR o vykonanie následnej finančnej kontroly.
•	certifikáciu výkazu výdavkov na EK (podrobnejšie k certifikácii v časti 4.9);
•	zostavenie a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii (v prípade programov financovaných z Iniciatívy ES INTERREG IIIA, pri ktorých SR nie je platobným orgánom, platobnému orgánu v partnerskom štáte) na základe  čiastkových výkazov výdavkov a mesačných zoznamov vykonaných platieb predložených platobnými jednotkami a overenia vybraných prehlásení o overení vypracovaných riadiacimi orgánmi alebo sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
•	príjem prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty MF SR;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmový účet príslušného ministerstva na základe súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
•	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci prostredníctvom platobnej jednotky;
•	zostavenie a predloženie odhadu čerpania očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov každý rok do 30. apríla;
•	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov štrukturálnych fondov pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
•	finančné opravy prostriedkov štrukturálnych fondov na základe požiadaviek Európskej komisie;
•	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	vypracovanie a predkladanie Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR na Úrade vlády SR podkladov k štvrťročným správam o nezrovnalostiach (výkaz vrátených neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov čakajúcich na vymoženie a výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť) a správ o zistených nezrovnalostiach;
•	zavedenie jednotného systému účtovníctva pre platobný orgán a platobné jednotky (Informačného systému pre účtovanie fondov – ISUF), vrátane zabezpečenia jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jednotky, prostredníctvom odboru Národného fondu v rámci sekcie európskych záležitostí;
•	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu systémov ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému prostredníctvom odboru integrovanej podpory MF SR;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctva a uschovávanie dokladov prostredníctvom odboru Národného fondu v rámci sekcie európskych záležitostí;
•	vedenie knihy dlžníkov v zmysle článku 8 nariadenia EK č. 2001/438/ES ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov;
•	sledovanie, či riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky vykonali nápravné opatrenia v nadväznosti na vykonané externé audity, vnútorné audity a kontroly týchto orgánov;
•	účasť svojho zástupcu na výberových konaniach na projekty v úlohe pozorovateľa.
V prípade programov Iniciatívy ES INTERREG IIIA (Poľsko - SR, Rakúsko - SR) a Programu susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina vystupuje ako platobný orgán partnerský štát. V  prípadoch programov Iniciatívy ES INTERREG IIIA a Programu susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina predkladá platobný orgán SR Európskej komisii dokumenty prostredníctvom platobného orgánu pre program v partnerskom štáte. 

3.3	Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly. 
Zoznam platobných jednotiek je uvedený v nasledujúcej tabuľke.
Tabuľka č. 5: 
Inštitucionálne usporiadanie platobných jednotiek pre štrukturálne fondy pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

inštitúcia	Organizačná zložka	FOND	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	
Ministerstvo hospodárstva SR
	sekcia organizácie, riadenia a financovania - odbor rozpočtu a projektov EÚ	ERDF
	SOP Priemysel a služby
	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	Agentúra na podporu regionálneho rozvoja - odbor finančného riadenia	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
SPD NUTS II Bratislava cieľ 2
4 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	sekcia rozpočtu a vnútornej ekonomiky - odbor rozpočtu a financovania	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo životného prostredia SR 	sekcia zahraničnej pomoci a medzinárodných vzťahov - odbor Implementačná agentúra environmentálnych investičných projektov - finančné a platobné oddelenie, odbor rozpočtu a financovania	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	odbor finančný 	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
CIP EQUAL	
Ministerstvo školstva SR	sekcia európskej integrácie - oddelenie finančného riadenia pre ESF a program PHARE	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
	
Pôdohospodárska platobná agentúra 	odbor usmerňovacej sekcie EAGGF, FIFG a SAPARD	EAGGF
FIFG	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka 	
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zabezpečujú:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva/agentúry;
•	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	zriadenie a spravovanie príjmových a výdavkových účtov v Štátnej pokladnici;
•	vykonávanie predbežnej finančnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa formálnu kontrolu dokumentov predložených riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, kontrolu súladu žiadostí s finančným plánom projektu a s rozpočtovým limitom pre danú prioritu a opatrenie;
•	prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie  konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy systémom predfinancovania (v prípade konečných prijímateľov z verejnej správy okrem ESF), systémom zálohovej platby (v prípade konečných prijímateľov z verejnej správy pri programoch financovaných z ESF a mimovládnych organizácií pre CIP EQUAL) alebo refundácie;  
•	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov platobnému orgánu podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou;
•	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a platieb spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	vedenie výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov;
•	predkladanie zoznamu vykonaných platieb platobnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 16a - 16b) za príslušný mesiac najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca. K uvedenému zoznamu prikladá platobná jednotka výpis z výdavkového účtu, resp. kópie realizovaných rozpočtových opatrení. V stanovenom termíne zašle platobná jednotka informáciu na platobný orgán aj v prípade, že za príslušný mesiac nevykonala žiadne platby; 
•	predkladanie prehľadu realizovaných platieb platobnou jednotkou (príloha 18) platobnému orgánu za príslušný štvrťrok najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného štvrťroku;
•	predkladanie zoznamu vrátených prostriedkov od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci platobnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 16c) najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca; 
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu v prípade jej zistenia na základe predbežnej kontroly najneskôr do 5 pracovných dní a oznámenie príslušnému útvaru následnej finančnej kontroly;
•	predkladanie správ o výsledkoch vykonaných kontrol platobnej jednotky subjektami, okrem tých, ktoré vykonávajú minimálnu 5 % kontrolu, platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom platobnej jednotky a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 

     3.4 	Monitorovacie výbory
Monitorovacie výbory sa zriaďujú pre Rámec podpory Spoločenstva, operačný program, Jednotný programový dokument a program Iniciatívy Spoločenstva po dohode príslušného riadiaceho orgánu a partnermi najneskôr tri mesiace po rozhodnutí o príspevku z fondov. 
Monitorovacie výbory pre CSF a programové dokumenty sú vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov zodpovedné za nasledovné úlohy:
•	schválenie, potvrdenie alebo úpravu doplnku programu, vrátane fyzických a finančných ukazovateľov, ktoré sa používajú na monitorovanie pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	prerokovanie a schvaľovanie kritérií pre výber projektov, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po schválení pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	monitorovanie výsledkov vykonávania pomoci zo štrukturálnych fondov, najmä dosiahnutia cieľov stanovených v rámci priebežného hodnotenia pre rôzne opatrenia;
•	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečných správ o realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré sú predložené Európskej komisii;
•	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu obsahu rozhodnutia Európskej komisie o príspevku zo štrukturálnych fondov;
•	navrhovanie akejkoľvek úpravy alebo preskúmania pomoci riadiacemu orgánu;
•	schvaľovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci operačného programu (monitorovacie výbory pre operačné programy), SDP (monitorovacie výbory pre SPD)  a CIP (monitorovacie výbory pre CIP) a medzi operačnými programami (Národný monitorovací výbor). 

Tabuľka č. 6: 
Zoznam monitorovacích výborov podľa jednotlivých programových dokumentov pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

Programový dokument	Monitorovací výbor (MV)	
Rámec podpory Spoločenstva	Národný monitorovací výbor	
SOP Priemysel a služby	MV pre  SOP Priemysel a služby	
OP Základná infraštruktúra	MV pre  OP Základná infraštruktúra	
SOP Ľudské zdroje	MV pre  SOP Ľudské zdroje	
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	MV pre  SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	
SPD Bratislava  cieľ 2	MV pre  SPD NUTS II Bratislava cieľ 2	
SPD Bratislava  cieľ 3	MV pre  SPD NUTS II Bratislava cieľ 3	
CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika	MV pre  CIP INTERREG IIIA Slovenská republika - Česká republika	
CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 	MV pre  CIP INTERREG IIIA Poľsko - Slovenská republika 	
CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina	MV pre  CIP INTERREG IIIA Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina	
CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 	MV pre  CIP INTERREG IIIA Rakúsko - Slovenská republika 	
CIP EQUAL	MV pre  CIP EQUAL	
3.5 	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov
Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom alebo platobných jednotiek a od osôb vykonávajúcich certifikáciu v rámci platobného orgánu. 
Najvyšší kontrolný úrad SR v pozícii orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov vykonáva kontroly podľa medzinárodne akceptovaných kontrolných štandardov ISAs (IFAC) a INTOSAI.

3.6 	Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR 
Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR je subjektom zodpovedným za koordináciu plánovania a výkonu kontroly vzoriek operácií (minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov programu). Sekcia vykonáva funkcie centrálnej harmonizačnej jednotky pre finančnú kontrolu a vnútorný audit.
Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR je vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedná najmä za:
•	vypracovávanie koncepcie verejnej vnútornej finančnej kontroly (PIFC), vypracovávanie  legislatívy a metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu v súlade s platnou legislatívou EÚ a všeobecne záväznými právnymi predpismi SR;
•	metodické usmerňovanie a harmonizovanie vykonávania finančnej kontroly (predbežnej,           priebežnej, následnej) a vnútorného auditu
•	hodnotenie a monitorovanie úrovne (kvalita a zhoda) vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu, ktoré sú orgány verejnej správy povinné vykonávať podľa osobitného predpisu;
•	vyhodnocovanie ročných správ o výsledkoch následných finančných kontrol a vnútorných auditov a vypracovanie súhrnnej správy o výsledkoch následných finančných kontrol a vnútorných auditov v termíne podľa osobitného predpisu, ktorá sa predkladá vláde SR a orgánom EK;
•	plnenie úloh vyplývajúcich z Dohody o administratívnej spolupráci medzi ministerstvom a Európskou komisiou vrátane požiadaviek vyplývajúcich zo zastúpenia SR v Homologickej skupine európskych organizácií pre finančnú kontrolu a z pravidelných stretnutí CHU;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy zamestnancov ministerstva a ostatných orgánov verejnej správy v oblasti finančnej kontroly (predbežnej, priebežnej a následnej) a vnútorného auditu podľa osobitného predpisu;
•	notifikáciu všeobecne záväzných právnych predpisov preberajúcich právne akty EÚ za oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	poradenskú a konzultačnú činnosť v oblasti finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	v spolupráci s platobným orgánom vypracovanie a predkladanie správy Európskej komisii podľa článku 13 nariadenia EK 2001/438/ES, ktorá zahrnuje informáciu o overení účinnosti uplatňovaných riadiacich a kontrolných systémov a o vykonaných minimálnych 5 % kontrolách za programový dokument, a to najneskôr do 30. júna za predchádzajúci rok. Správa rovnako zahrnuje informáciu o prípadných zmenách opisu riadiacich a kontrolných systémov predložených EK podľa článku 5 nariadenia EK 2001/438/ES.
Odbor finančnej kontroly prostriedkov EÚ v rámci sekcie systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR je vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedný najmä za:
•	zabezpečenie centrálneho plánovania na základe vykonanej analýzy rizík a koordináciu následných finančných kontrol, výsledky ktorých zhromažďuje a predkladá platobnému orgánu pre štrukturálne fondy ;
•	vypracovanie plánu minimálne 5 % vzorkových kontrol celkových oprávnených výdavkov pre každý programový dokument a ich predkladanie platobnému orgánu a Európskej komisii;
•	plnenie povinností podľa čl. 10 Nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001, t. j. zabezpečenie vykonávania minimálne 5 %  vzorkových kontrol celkových oprávnených výdavkov príslušného programového dokumentu pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálne  5 % vzorkových kontrol operácií, ktorý podľa objektívnych potrieb  aktualizuje, 
•	informovanie platobného orgánu platobnému orgánu o  minimálnych 5 % kontrolách a kontrolách mimo plánu minimálnych 5 % kontrol vykonaných správami finančnej kontroly;
•	rozhodovanie v správnom konaní vo veciach porušenia finančnej disciplíny na základe vykonaných následných finančných kontrol, vrátane kontrol vykonaných správami finančnej kontroly, a predkladanie prehľadu o vydaných právoplatných rozhodnutiach v správnom konaní platobnému orgánu;
•	ukladanie a vymáhanie odvodov, penále a pokút za porušenie finančnej disciplíny pri použití prostriedkov štrukturálnych fondov  a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.

Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR vydáva rozhodnutia a zabezpečuje činnosti súvisiace s rozhodovaním v správnom konaní na I. stupni vo veciach porušenia finančnej disciplíny na základe ňou vykonaných následných finančných kontrol prostriedkov EÚ. Vykonáva činnosti súvisiace s vymáhaním uložených sankcií. Prehľad o vydaných rozhodnutiach v správnom konaní vrátane rozhodnutí vydaných správami finančnej kontroly predkladá platobnému orgánu.
Zároveň je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní proti prvostupňovým rozhodnutiam správ finančnej kontroly, na základe následných finančných kontrol hospodárenia s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými  kontrolnými orgánmi, vo veciach porušenia finančnej disciplíny.
3.7 	Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov 
Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, resp. Pôdohospodárskej platobnej agentúry, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, národné orgány  a platobné jednotky, zabezpečujú:
•	výkon minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov príslušného programového dokumentu pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych   5 % kontrol schváleným sekciou systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR;
•	v prípade potreby členstvo v kontrolných skupinách a na kontrolných akciách vedených zamestnancami sekcie systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR;
•	predkladanie správ z vykonaných minimálnych 5% kontrol sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR.
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR a Ministerstvo školstva SR a na Pôdohospodárskej platobnej agentúre.
Tabuľka č. 7: 
Inštitucionálne usporiadanie útvarov následnej finančnej kontroly ministerstiev, resp. rozpočtových organizácií, zodpovedných za vykonávanie minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006: 

inštitúcia	Organizačná zložka	FOND	PROGRAMOVÝ DOKUMENT	
Ministerstvo hospodárstva SR	odbor kontroly	ERDF
	SOP Priemysel a služby
	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	odbor následnej kontroly	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
SPD NUTS II Bratislava cieľ 2
4 Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	odbor kontroly, štátneho dozoru a dohľadu 	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo životného prostredia SR 	odbor rezortnej kontroly	ERDF
	OP Základná infraštruktúra
	
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR	odbor kontroly	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
CIP EQUAL	
Ministerstvo školstva SR	odbor kontroly	ESF	SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3	
Pôdohospodárska platobná agentúra 	odbor vnútornej kontroly 	EAGGF
FIFG	SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	

3.8     Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly - rozpočtové organizácie MF SR so sídlom v Bratislave, Zvolene a Košiciach zriadené podľa zákona č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov. 
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k štrukturálnym fondom plnia najmä nasledovné úlohy:
•	vykonávanie minimálnej 5 % kontroly celkových oprávnených výdavkov príslušného programového dokumentu pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych 5 % kontrol schváleným sekciou systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR;
•	v prípade potreby členstvo v kontrolných skupinách vedených zamestnancami sekcie systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR;
•	predkladanie správ z vykonaných minimálnych 5% kontrol sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR;
•	predkladanie správ o kontrolách vykonaných mimo plánu minimálnych 5 % kontrol sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR;
•	rozhodovanie v správnom konaní vo veciach porušenia finančnej disciplíny na základe vykonaných následných finančných kontrol;
•	ukladanie a vymáhanie odvodov, penále a pokút za porušenie finančnej disciplíny pri použití prostriedkov štrukturálnych fondov  a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. 
3.9 	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR 
Funkcie Centrálneho kontaktného útvaru OLAF pre SR plní sekcia kontroly Úradu vlády SR. Tento orgán je zodpovedný najmä za vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od platobného orgánu a jej predkladanie OLAF-u v Európskej komisii prostredníctvom Informačného systému AFIS (Anti Fraud Information System). Túto správu zasiela v kópii na platobný orgán.
3.10 	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  orgány zodpovedné za implementáciu štrukturálnych fondov 
Útvary vnútorného auditu ministerstiev a PPA a samostatné oddelenie vnútorného auditu prostriedkov EÚ sekcie systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR sú zriadené na príslušných ministerstvách a PPA, v  ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobný orgán a platobné jednotky v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. 
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR, Ministerstvo školstva SR, Ministerstvo pôdohospodárstva SR (zodpovedá za vnútorný audit riadiaceho orgánu pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka) a PPA (zodpovedá za vnútorný audit sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom pre SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka) a Ministerstvo financií SR.
Samostatné oddelenie vnútorného auditu prostriedkov EÚ v rámci sekcie systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR je vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedná najmä za:
•	vykonávanie auditov zameraných na overovanie efektívnosti a účinnosti uplatňovaných systémov riadenia a kontroly vo všetkých orgánoch a organizáciách zabezpečujúcich a podieľajúcich sa na implementácii prostriedkov štrukturálnych fondov v súlade so zákonom č. 502/2001 Z.z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z.z. a v spojitosti s čl. 10 Nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001;
•	koordináciu prípravy ročných a strategických plánov vnútorných auditov a výkon jednotlivých audítorských akcií v kompetencii ministerstva;
•	spracovávanie podkladov do ročnej správy pre EK, predkladanej podľa čl. 13 nariadenia EK 2001/438/ES; 
•	poskytovanie poradenskej a konzultačnej činnosti v oblasti plánovania, koordinácie, analýzy rizík a výkonu audítorských akcií v rámci koordinácie výkonu auditov;
•	koordináciu výkonu spoločných vnútorných auditov.
Útvary vnútorného auditu ministerstiev a PPA, v  ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobný orgán a platobné jednotky,  vo vzťahu k štrukturálnym fondom zodpovedajú najmä za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vypracovanie ročného plánu svojej činnosti na základe objektívneho hodnotenia rizík vyplývajúcich z činnosti auditovaných subjektov s prihliadnutím na návrhy príslušného ministra a jeho zaslanie odboru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu MF SR;
•	vykonávanie vnútorného auditu všetkých činností auditovaného subjektu, najmä tých, s ktorými sú vzhľadom na ich charakter, rozsah a spôsob realizácie spojené riziká; 
•	plnenie  povinností podľa čl. 10 Nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001 týkajúcich sa   vykonávania systémového auditu
•	vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu po vykonaní vnútorného auditu, ktorá obsahuje najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom,  odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov a možné dôsledky nezohľadnenia odporúčaní;
•	odovzdanie správ o výsledku vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a príslušnému ministrovi. Ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá vnútorný audítor správu o výsledku vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	vypracovanie hodnotenia rizík ministerstva;
•	vypracovanie ročnej správy o svojej činnosti a jej zasielanie odboru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu MF SR.
Útvar vnútorného auditu (vnútorný audítor) je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy, rovnako aj od riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek. V rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly. Postavenie útvaru vnútorného auditu (vnútorného audítora) je nezávislé, pretože pri výkone svojej činnosti je viazaný len ústavou, zákonmi a všeobecne záväznými právnymi predpismi. Útvar vnútorného auditu (vnútorný audítor) je v priamej riadiacej pôsobnosti príslušného ministra, resp. vedúceho ústredného orgánu štátnej správy. 

4. Financovanie zo štrukturálnych fondov
4.1 	Podpora zo štrukturálnych fondov 
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy ES. V zmysle uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:
Tabuľka č. 8:
Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky ES

Cieľ	Región NUTS II	Územie	
1	Západné Slovensko	Trnavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj	
	Stredné Slovensko 	Žilinský samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj	
	Východné Slovensko	Prešovský samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj	
2	Bratislavský kraj	okresy Bratislavského samosprávneho kraja - Malacky, Pezinok a Senec
mestské časti Bratislavy - Vajnory, Záhorská Bystrica, Jarovce, Rusovce a Čunovo	
3	Bratislavský kraj	Bratislavský samosprávny kraj	
Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov realizované na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou. 
Pomoc Európskych spoločenstiev sa vykonáva prostredníctvom nasledovných štrukturálnych fondov:
-	ERDF - podporujúci produktívne investície vytvárajúce nové pracovné miesta, infraštruktúru a rozvoj malých a stredných podnikov;
-	ESF - podporujúci opatrenia pre zvyšovanie zamestnanosti, vrátane vzdelávania;
-	EAGGF - usmerňovacia sekcia - podporujúci opatrenia v oblasti poľnohospodárstva a rozvoja vidieka;
-	FIFG - podporujúci opatrenia v oblasti rybárskeho priemyslu.
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1 a 2, ESF k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3 a EAGGF -usmerňovacia sekcia a FIFG k dosiahnutiu cieľa 1. Medzi štrukturálne fondy nie je zaradená záručná sekcia EAGGF. 
Štrukturálne fondy prispievajú rovnako k financovaniu iniciatív ES, ktoré zahŕňajú:
-	INTERREG - podporujúci cezhraničnú (INTERREG A), transnacionálnu (INTERREG B) a interregionálnu  (INTERREG C) spoluprácu zameranú na posilnenie harmonického, vyváženého a trvalo udržateľného rozvoja celej oblasti ES;
-	URBAN - podporujúci hospodársku a spoločenskú obnovu miest a mestských okrajových oblastí postihnutých krízou za účelom presadzovania trvalo udržateľného rozvoja miest;
-	LEADER - podporujúci rozvoj vidieka;
-	EQUAL - podporujúci transnacionálnu spoluprácu na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce.
Finančné rozdelenie pre cieľ 1 vychádza z kritérií stanovených v článku 7, odseku 3 nariadenia Rady 99/1260/ES, ako sú oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, národná prosperita a relatívna závažnosť štrukturálnych problémov (najmä úroveň nezamestnanosti).
Finančná alokácia čiastok rozdelených v rámci cieľa 2 je založená na podiele oprávneného obyvateľstva v súlade s prístupom aplikovaným v 15 členských krajinách a s článkom 7, odsek 4 všeobecného nariadenia. 
Pri cieli 3 finančné rozdelenie vychádza z kritérií uvedených vo všeobecnom nariadení ako situácia v zamestnanosti, vzdelanostná úroveň a účasť žien na pracovnom trhu. 
V skrátenom programovom období 2004 - 2006 bude ES podporovať v nových členských krajinách iba dve iniciatívy ES - INTERREG a EQUAL. Alokácia prostriedkov z iniciatívy INTERREG vychádza z kritéria celkového počtu obyvateľov a obyvateľov v prihraničných regiónoch. Kritériá v rámci iniciatívy EQUAL sú rovnaké ako pri cieli 3.
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov podľa jednotlivých cieľov a iniciatív ES, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými fondmi je vo výlučnej kompetencii SR.  
4.2     Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov v skrátenom programovom období 2004 - 2006 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu vyjadrené v rozpočtových záväzkoch by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	výdavky ES vynaložené zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia sú  indexované deflátorom 2 % ročne (článok 15  Medziinštitucionálnej dohody EP, EK a Rady - Interinstitutional Agreement of 6 May 1999 between the European Parliament, the Council and the Commission on budgetary discipline and improvement of the budgetary procedure); 
•	obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci v skrátenom programovom období 2004 - 2006 je ohraničené od  1. januára 2004 do 31. decembra 2008. Akékoľvek výdavky realizované konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. 
•	pri projektoch realizovaných v rámci schém štátnej pomoci plynie oprávnené obdobie na výdavky odo dňa podania žiadosti o nenávratný finančný príspevok v rámci schválenej schémy štátnej pomoci (najskôr však od 1. januára 2004), do 31. decembra 2008;
•	konečný termín na úhradu platieb príjemcom pomoci zo strany poskytovateľov pomoci v rámci schém štátnej pomoci v programovom období 2004 - 2006 je stanovený do 30. apríla 2009;
•	jednotlivé opatrenia programových dokumentov, okrem programov Iniciatív ES, musia korešpondovať len s jedným z troch cieľov ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a iniciatívy ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a zo záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z vnútorných politík ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z prechodných finančných nástrojov;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a vnútorných politík ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a prechodných finančných nástrojov;
•	pre roky 2004 - 2006 nové členské krajiny môžu čerpať prostriedky iba z dvoch iniciatív ES - INTERREG a EQUAL.
4.3  Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci prijíma Európska komisia pre jednotlivé ciele a programové dokumenty. Každé rozhodnutie, ktoré prijíma Európska komisia na programový dokument, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na priority. 
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritami programového dokumentu majú dopad na finančný plán a vyžaduje si  nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušným monitorovacím výborom. Nové rozhodnutie prijme EK po dohode s členským štátom najneskôr do štyroch mesiacov od schválenia monitorovacím výborom.  
Akékoľvek presuny v rámci programových dokumentov, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun v rámci jednej priority z roku 2005 do roku 2006) nie sú možné. 
Presuny medzi programovými dokumentmi v rámci cieľa 1 majú rovnako dopad na finančné plány a vyžadujú si  nové rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušnými monitorovacími výbormi. 
Presuny medzi programovými dokumentmi v rámci cieľa 1, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov príslušných programových dokumentov za jednotlivé roky sú možné len za predpokladu, že akékoľvek zvýšenie v rámci programového dokumentu za určitý rok musí byť kompenzované adekvátnym znížením v inom programovom dokumente za ten istý rok, keďže celkový rozpočtový záväzok daného roka pre cieľ 1 nemôže byť znížený. 
Výška celkových rozpočtových záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná. 
Akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné. 
Presuny medzi prioritami programového dokumentu alebo programovými dokumentmi v rámci cieľa 1 možno realizovať len za príslušný rok alebo na budúce roky. To znamená, že takéto presuny nemožno realizovať retroaktívne. Retroaktívne presuny medzi opatreniami v rámci jednej priority sú možné za predpokladu, že sa nezmení výška jednotlivých zdrojov financovania. 
Akékoľvek presuny (medzi fondmi v rámci programového dokumentu,  programovými dokumentmi v rámci cieľa 1 alebo prioritami programového dokumentu) možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. septembra roku aktuálneho záväzku. 

4.4 Záväzky a platby z ES  
4.4.1 Záväzky 
4.4.1.1 Záväzky  vo vzťahu k programovým dokumentom
Príspevok ES poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období,  sú prijímané každoročne pre každý cieľ a programový dokument. Pre viacfondové programové dokumenty sa prijíma záväzok za každý fond jednotlivo. Prvý záväzok sa prijme po tom, čo Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci k príslušnému cieľu, resp. programovému dokumentu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. Záväzok pre pomoc uskutočňovanú po dobu kratšiu než dva roky prijíma Európska komisia jedenkrát na celý záväzok.
Čerpanie finančných prostriedkov zo schváleného záväzku pre programový dokument na daný rok je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od jeho prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od platobného orgánu (platby z EK sú uvedené v časti 4.4.2) do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti záväzku pre    rok n na daný programový dokument:
-	je potrebné, aby platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+2“;
-	výkaz výdavkov predkladaný na Európsku komisiu musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci, t. z. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu, vrátane platobného orgánu. 
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu záväzku je rozpočtový záväzok pre rok 2006, na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 6 mesiacov od ukončenia obdobia oprávnenosti, t. z. do 30. júna 2009 formou žiadosti o záverečnú platbu. V prípade programových dokumentov, ktoré sa realizujú aj v rámci schém štátnej pomoci, je na rozpočtový záväzok pre rok 2006 potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 6 mesiacov od konečného termínu pre platby príjemcom pomoci zo strany poskytovateľov pomoci, t. z. do 31. októbra 2009 formou žiadosti o záverečnú platbu. 
Automatické zrušenie sa nevzťahuje na časť záväzku zodpovedajúcu  operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Takéto prípady najčastejšie zahrnujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi konečným prijímateľom/príjemcom pomoci a dodávateľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a konečným prijímateľom/príjemcom pomoci ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované  pred 31. decembrom roku „n+2“. Platobný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v období „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu. 
Automatické zrušenie časti záväzku sa rovnako nevzťahuje na čiastku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že platobný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej EK do 31. decembra roku „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF na EK. 

4.4.1.2 Záväzky  vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2000 - 2006 nestanovujú konečný termín na uzavretie záväzkov s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci, t. z. že zmluvy s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2007 a 2008. Konečný prijímateľ/príjemca pomoci je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2008, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.   
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2000 - 2006 rovnako nestanovujú pravidlo n+2 na jednotlivé projekty, t. z. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva roky.  
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2000 - 2006 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, t. z. že zmluvy s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného rozpočtového záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy rozpočtových záväzkov na daný programový dokument. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných rozpočtových záväzkov ES na príslušný programový dokument platí, že tieto záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného rozpočtového záväzku (napr. v roku 2005 je možné čerpať z rozpočtových záväzkov z rokov 2004 a 2005, nie však z roku 2006).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých rozpočtových záväzkov pre programový dokument, t. z. že na:  
-	projekt schválený v roku 2004 možno čerpať aj zo záväzku roku 2005 a 2006,
-	projekt schválený v roku 2005 možno čerpať zo záväzku roku 2004 (v prípade, že nie je dočerpaný), 2005 aj  2006,
-	projekt schválený v roku 2006 možno čerpať zo záväzku roku 2004 (v prípade, že nie je dočerpaný), 2005 aj 2006 za predpokladu rešpektovania pravidla n+2 vo vzťahu k programovému dokumentu.
Oprávnené obdobie pre výdavky na projekty v súlade so Zmluvou o pristúpení k Európskej únii podpísanou dňa 16. apríla 2003 plynie pre skrátené programové obdobie 2004 - 2006 od 1. januára 2004 do 31. decembra 2008. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES nestanovuje, či  oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Legislatíva ES rovnako nestanovuje, že realizácia výdavkov na príslušný projekt v rámci programového dokumentu je podmienená schválením predmetného programového doplnku monitorovacím výborom. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci programového dokumentu je v právomoci riadiaceho orgánu. Pre opatrenia, ktoré spadajú pod schémy štátnej pomoci, plynie oprávnené obdobie na realizáciu projektov najskôr odo dňa podania žiadosti o nenávratný finančný príspevok v rámci schémy štátnej pomoci schválenej zo strany Úradu pre štátnu pomoc (do vstupu SR do EÚ), resp. zo strany Európskej komisie (po vstupe SR do EÚ), najskôr však od 1. januára 2004. 

4.4.2 Platby z Európskej komisie 
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci v zmysle článku 32 ods. 2 nariadenia Rady 99/1260/ES.
Platby z EK realizované pre každý programový dokument jednotlivo môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich so štrukturálnymi fondami. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku. 
Zálohová platba z EK 
Pri prijatí prvého záväzku prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci až do podania žiadosti o záverečnú platbu z EK. 
Zálohová platba môže byť v zásade rozdelená najviac na dva rozpočtové roky podľa toho, aké rozpočtové prostriedky má Európska komisia k dispozícii. V článku 32 všeobecného nariadenia sa uvádza, že zálohová platba poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov ES vyčlenených pre členskú krajinu na celé programové obdobie pre štrukturálne fondy. Podľa záverov prístupových rokovaní sa pre pristupujúce krajiny budú aplikovať odlišné princípy a východiská, ako sa uvádzajú vo všeobecnom nariadení. 
V prípade nových členských štátov sa vzhľadom na skrátené programové obdobie táto percentuálna miera zmení na 16 %. V roku 2004 je zálohová platba vo výške 10 % z celkových záväzkov ES na roky 2004 - 2006 a 6 % v roku 2005. Táto zálohová platba predstavuje počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci náklady na rozbehnutie programov.
Ak platobný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 18 mesiacov od jej rozhodnutia poskytnúť príspevok zo štrukturálnych fondov, musí platobný orgán vrátiť EK celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z EK
Platobný orgán na základe podkladov od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 
Priebežné platby prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci podložených faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. 
Preto každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným žiadostiam konečných prijímateľov/príjemcov pomoci o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
-	schváleným súhrnným žiadostiam platobnej jednotky o platbu zo strany platobného orgánu.
Na základe vyššie uvedeného vyplýva, že najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu zo strany platobného orgánu.
Žiadosti o platbu musia ďalej spĺňať nasledovné podmienky:
a)	Európskej komisii  bol predložený programový doplnok obsahujúci nasledujúce informácie:
-	zoznam opatrení, ktorými sa vykonávajú zodpovedajúce priority v programovom dokumente;
-	predbežné hodnotenie opatrení, ktoré preukazujú ich zhodu s cieľmi príslušných priorít, kvantifikujú ich špecifické ciele a overujú oprávnenosť kritérií pre výber projektu; 
-	príslušné ukazovatele monitorovania, ktoré stanovujú špecifické ciele pre opatrenia a priority, sú vyjadrené kvantitatívne tam, kde sa takáto kvantifikácia ponúka, a je vyjadrený ich vzájomný súlad, dosiahnutý pokrok pri fyzickej realizácii projektov a pokrok pri plnení finančného plánu;
-	určenie typu konečných prijímateľov/príjemcov pomoci;
-	finančný plán, ktorý pre každé opatrenie špecifikuje predpokladané čerpanie finančných prostriedkov ako príspevok z každého štrukturálneho fondu, prípadne  Európskej investičnej banky a ostatných finančných nástrojov ES, a celkovú čiastku oprávnených verejných finančných prostriedkov a predpokladaných súkromných finančných prostriedkov. Finančný plán musí obsahovať presný popis národného spolufinancovania jednotlivých opatrení a popis mechanizmov zabezpečujúcich národné spolufinancovanie pre opatrenia; 
-	opatrenia zamerané na publicitu programového dokumentu v súlade s nariadením 2000/1159/ES;
-	popis mechanizmov dohodnutých tam, kde to je možné, medzi Európskou komisiou a Slovenskou republikou pre elektronickú výmenu údajov potrebných na plnenie požiadaviek stanovených v právnych predpisov ES pre štrukturálne fondy a pre monitorovanie a hodnotenie pomoci.
b)	Európskej komisii bola zaslaná posledná povinná výročná správa o implementácii pomoci vypracovaná riadiacim orgánom a schválená monitorovacím výborom;  
c)	rozhodnutia prijaté riadiacim orgánom a monitorovacím výborom  sú v zhode s celkovým objemom príspevku zo štrukturálnych fondov poskytnutým na príslušné priority;
d)	v prípadoch, kedy odporúčania Európskej komisie majú za cieľ napraviť vážne nedostatky v systéme monitorovania alebo riadenia pomoci, bolo každé odporúčanie v stanovenom období zohľadnené, alebo Slovenská republika oznámila dôvody, prečo nebolo žiadne opatrenie prijaté;  
e)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle článku 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na opatrenie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov, ktoré predkladá platobný orgán. 
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkovej alokácie ES na príslušný programový dokument. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva platobný orgán. 
Záverečná platba z EK
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
a)	platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov, a to do šiestich mesiacov po konečnom termíne oprávnenosti výdavkov na projekty zo strany konečných prijímateľov podľa rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci (t. z. do 30. júna 2009 pre programové dokumenty, pri ktorých sa realizujú projekty mimo schém štátnej pomoci), resp. do šiestich mesiacov po konečnom termíne na platby príjemcom pomoci zo strany poskytovateľov pomoci v rámci schém štátnej pomoci (t. z. do 31. októbra 2009 pre programové dokumenty, pri ktorých sa realizujú projekty v rámci schém štátnej pomoci);
b)	riadiaci orgán predložil Európskej komisii záverečnú správu o implementácii pomoci najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov, a EK ju schváli;
c)	Slovenská republika predložila Európskej komisii vyhlásenie o ukončení programu najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov. 
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby platobný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná.
Pri programoch Iniciatívy ES INTERREG IIIA (okrem CIP  SR - Česká republika, kde SR vystupuje ako platobný orgán) musí platobný orgán SR splniť všetky podmienky vzťahujúce sa na priebežné platby a záverečnú platbu. Prostriedky EÚ alokované pre SR prevádza platobný orgán pre program platobnému orgánu SR v EUR ihneď po ich obdržaní z EK.
V prípade CIP SR - Česká republika bude platobný orgán SR predkladať žiadosti o platbu na základe čiastkových žiadostí platobného orgánu ČR. Osobitný účet MF SR pre tento program je vedený v EUR. Prostriedky EÚ alokované pre ČR prevádza platobný orgán platobnému orgánu ČR v EUR ihneď po ich obdržaní z EK.

4.5  Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
Finančné prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek. 
Na  použitie  účelovo   určených  prostriedkov rozpočtu Európskych spoločenstiev poskytnutých   Slovenskej   republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu,  sa v štátnom  rozpočte v dotknutých kapitolách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
Všetky subjekty, ktoré sú zapojené do systému finančného riadenia a realizácie projektov štrukturálnych fondov  sú povinné dodržiavať finančnú disciplínu v súlade so zákonom 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V zmysle § 8 ods. 6 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ  a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie štrukturálnych fondov použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť ministerstvu financií výšku všetkých výdavkov, ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka. Po doručení tohto oznámenia ministerstvo financií viaže tieto prostriedky v príslušnej kapitole a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku.
Nevyčerpané prostriedky štátneho rozpočtu r. 2004 na spolufinancovanie sa presúvajú v  súlade s  § 10 ods. 10 zákona č. 303/1995 o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov na bežný účet dofinancovania programov, zriadený platobnou jednotkou. Tieto prostriedky sa v r. 2005 vyčerpajú prednostne. Na platby konečným prijímateľom sa k týmto prostriedkom v relevantnom pomere priraďujú prostriedky EÚ rozpočtované vo výdavkoch rozpočtu r. 2005.

Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu  sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam, resp. podopatreniam programových dokumentov je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačným systémom účtovania fondov (ISUF). Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný usmernením               č. 9/2004/ŠF a spravuje ho sekcia európskych záležitostí MF SR.
Presuny finančných prostriedkov medzi opatreniami programových dokumentov bez toho, aby bola zmenená celková čiastka príspevku na danú prioritu, môže v zmysle čl. 34 všeobecného nariadenia 99/1260/ES vykonať riadiaci orgán po schválení príslušným monitorovacím výborom v súlade so zákonom o rozpočtových pravidlách a platným metodickým pokynom MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov schválených v programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.

Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Platobný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona               č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Platobný orgán realizuje výdavky zo zdrojov EÚ prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte platobnej jednotky. Platobné jednotky realizujú výdavky zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.

4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán - platobná jednotka
Platobný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.8). 
Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie  v súlade s § 8 zákona NR SR č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.  

4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - konečný prijímateľ/príjemca pomoci
Koneční prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi konečných prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
•	subjekty ústrednej správy:
-	štátne rozpočtové organizácie,
-	štátne príspevkové organizácie,
-	verejné vysoké školy,
-	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení zákona č. 215/2004 Z.z..
•	subjekty územnej samosprávy:
-	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie,
-	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi konečných prijímateľov/príjemcov pomoci zo súkromného sektora patria:
-	iné právnické osoby,
-	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú konečným prijímateľom/príjemcom pomoci poskytované systémom predfinancovania, zálohových platieb alebo refundácie.
Systém refundácie sa uplatňuje v prípade konečných prijímateľov/príjemcov pomoci zo súkromného sektora. 
Okrem systému refundácie koneční prijímatelia zo sektora verejnej správy pre projekty financované z ERDF, EAGGF a FIFG môžu využiť systém predfinancovania. 
Pre projekty financované z ESF môžu koneční prijímatelia zo sektora verejnej správy okrem systému refundácie využiť systém zálohových platieb.  Výnimku tvoria špecifické projekty CIP EQUAL, pri ktorých je účastníkom rozvojového partnerstva mimovládna organizácia (bližšie v časti 4.8.4).
Každá platba konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, t. z., že musí byť doplnená zdrojmi konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v jednom pomere schválenom na projekt. 
V súvislosti s pravidlom jedného pomeru na projekt platia špecifiká uvedené v časti 4.8.4.
Prevod prostriedkov systémom predfinancovania, zálohových platieb a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pri refundácii nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu platobného orgánu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súlade s § 8 zákona  č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici  a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním limitov výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov konečného prijímateľa. 
Pre konečných prijímateľov/príjemcov pomoci - iné právnické osoby alebo fyzické osoby (štátna príspevková organizácia, VÚC, obec, rozpočtová alebo príspevková organizácia VÚC alebo obce, iná organizácia verejného sektora alebo subjekt súkromného sektora - nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci vyplácajú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci v dvoch origináloch, pričom jeden originál zostáva u konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a druhý predkladá riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Formuláre žiadostí konečného prijímateľa a príjemcu pomoci o platbu spolu s pokynmi na ich vyplnenie sú uvedené v prílohách 3a, 3b, 4a a 4b.

4.5.4 Vrátenie finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu, ktoré platobná jednotka poskytla konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci sa uskutočňuje v prípadoch: 
•	konečný prijímateľ nevyčerpal prostriedky poskytnuté systémom zálohovej platby,
•	konečný prijímateľ nevyčerpal prostriedky poskytnuté systémom predfinancovania,
•	konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu  z titulu mylnej platby,
•	konečný prijímateľ porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (najmä porušenie finančnej disciplíny a vznik nezrovnalosti), na základe ktorých mu vyplýva povinnosť vrátiť poskytnuté finančné prostriedky - v zmysle časti  4.10,   
•	a iných (napr. konečný prijímateľ počas realizácie projektu vykázal zisk na projekte).
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Konečný prijímateľ/príjemca pomoci zasiela oznámenie o vrátení finančných prostriedkov do 7 pracovných dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravy rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vrátení finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 20a a 20b. Prílohou oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je výpis z bankového účtu. 
V prípade, že finančné prostriedky vrátil konečný prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly platobnej jednotke, prílohou formuláru oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je vytlačený ELÚR potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi do 5 pracovných dní kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, platobný orgán pre štrukturálne fondy, územne príslušná správa finančnej kontroly).
V prípade, že oznámenie o vrátení finančných prostriedkov nie je doručené do 30 dní od úhrady dlžnej čiastky na účet subjektu zapojeného do implementácie štrukturálnych fondov, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov vystaví subjekt, ktorému boli prostriedky pripísané na účet, resp. bol upravený rozpočet a zašle ho riadiacemu orgánu/ sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
 
4.6 Odhad očakávaných výdavkov 
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov sa predkladá s cieľom:
­	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ na Európsku komisiu v súlade s nariadením Rady 99/1260/ES;
­	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady č. 1999/1260/ES ustanovujúce všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch v článku 32 bod 7 stanovuje požiadavku pre členský štát zostaviť a predložiť odhad očakávaných výdavkov za každý programový dokument. Uvedený odhad sa Európskej komisii  zasiela  každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok („n“) a pre rok nasledujúci („n+1“), pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
­	finančných plánov programových dokumentov a programových doplnkov;
­	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
­	finančných plánov už schválených projektov;
­	predpokladaného objemu projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
­	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
­	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
­	v ďalších rokoch skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu programových dokumentov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné: skutočnosti:
­	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni opatrení, príp. podopatrení uvedených v programovom doplnku (napr. odhad pre rok 2005 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2005 + zbytok nevyčerpaného záväzku pre rok 2004);
­	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých opatrení, príp. podopatrení;
­	odhad pre posledný rok („n+2“) čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok („n“) v rámci pravidla n+2 by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok („n“) a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov („n“ a „n+1“) s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
­	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať  Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok.  A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
­	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok („n+1“).
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý riadiaci/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov opatrení programového dokumentu. Vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 14a, 14b a 14c) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. Príloha 14a sa vyplňuje na úrovni projektov a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa už schválených projektov. Príloha 14b sa vyplňuje na úrovni priorít a opatrení a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 14c tvorí súčet príloh 14a a 14b, aj v členení podľa štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 14a, 14b a 14c) predloží platobnému orgánu pre štrukturálne fondy v termíne najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca, t. j. apríla.
4.	V prípade, že pre príslušný programový dokument je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. 
5.	Platobný orgán pre štrukturálne fondy preverí odhad očakávaných výdavkov predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a priorít. V prípade nesúladu má platobný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii vo forme stanovenej v Pracovnom dokumente EK č. 1 v termíne najneskôr do 30. apríla (príloha 14d). 
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohách 14a, 14b a 14c aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (prílohy 14e, 14f a 14g) a k 30.9. (prílohy 14h, 14i a 14j) roku „n“. Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom prílohy 14e - 14j spracúvajú obdobným postupom ako prílohy 14a, 14b a 14c v spolupráci s platobnou jednotkou a predkladajú ich platobnému orgánu pre štrukturálne fondy v uvedených termínoch. 
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohách 14h, 14i a 14j aktualizujú k 31.12. roku „n“ (prílohy 14k, 14l a 14m). Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom spracúvajú prílohy 14k - 14m obdobným postupom a predkladajú ich platobnému orgánu pre štrukturálne fondy v uvedenom termíne.
Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom v spolupráci s platobnými jednotkami v rovnakých termínoch štvrťročne vyplňujú a predkladajú platobnému orgánu a sekcii európskych záležitostí Úradu vlády SR prílohu 14n, podľa ktorej  bude možné posúdiť stav čerpania ročných záväzkov z ES a predísť riziku ohrozenia zrušenia nevyčerpanej časti príslušného záväzku z ES prostredníctvom realokácie prostriedkov medzi opatreniami.

4.7 Systém účtov  
Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty platobného orgánu 
•	osobitné mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	prevody prostriedkov EÚ zabezpečuje Štátna pokladnica; 
•	Ministerstvo financií SR otvára pre platobný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý programový dokument:
SOP Priemysel a služby
OP Základná infraštruktúra
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
SOP Ľudské zdroje
SPD NUTS II Bratislava cieľ 2
SPD NUTS II Bratislava cieľ 3
CIP INTERREG IIIA SR - ČR 
Program susedstva Maďarsko - SR - Ukrajina 
CIP INTERREG IIIA Poľsko - SR 
CIP INTERREG IIIA Rakúsko - SR
CIP EQUAL			
•	účty sú vedené v EUR;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci platobného orgánu;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty programového dokumentu, pre ktorý je daný účet otvorený;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a dane z úrokov sú hradené z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky;
•	tieto účty slúžia najmä na prijatie finančných prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov (zálohová, priebežná a záverečná platba z EK) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, resp. rozpočtovej organizácie, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom); 
•	ďalej slúžia na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od konečných prijímateľov/príjemcov pomoci vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom správ finančnej kontroly, resp. MF SR; 
•	v prípade, že suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu na EK, slúži účet na prevod prostriedkov na účet EK;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR rovnako otvára pre platobný orgán vyrovnávacie účty pre jednotlivé štrukturálne fondy vedené v SKK. Tieto účty slúžia na úhradu nákladov na vyrovnávanie  vzniknutých kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.   

2. Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtové účty pre prostriedky EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	pre čerpanie prostriedkov štrukturálnych fondov a spolufinancovania štátneho rozpočtu sa využívajú rozpočtové účty platobných jednotiek - Ministerstva hospodárstva SR, Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR, Ministerstva životného prostredia SR, Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny SR, Ministerstva školstva SR  a účet Pôdohospodárskej platobnej agentúry;
•	účty sú vedené v SKK;
•	príjmové účty  slúžia na príjem:
-	prostriedkov štrukturálnych fondov z účtu platobného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
-	vrátených nepoužitých prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby/predfinancovania;
-	výnosov z účtov konečných prijímateľov;
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky  a v súlade s § 31 ods. 8  zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
•	výdavkový účet slúži na úhradu prostriedkov štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom/príjemcom pomoci;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a neviažu sa na ne žiadne poplatky; 
•	všetky platby pre projekty financované zo štrukturálnych fondov musia byť vhodne zaznačené prostredníctvom stanoveného kódovania a musia poskytovať prehľad (v členení štátny rozpočet a finančné prostriedky EÚ zo štrukturálnych fondov), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt; 
•	na použitie prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie nevyčerpaných v r. 2004, ktoré platobná jednotka môže v zmysle § 10 ods. 10 zákona č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách použiť po predchádzajúcom súhlase ministra financií na ten istý účel ešte v r. 2005, si platobná jednotka zriadi osobitný účet dofinancovania programov v Štátnej pokladnici. Tieto prostriedky sú v nasledovnom roku prednostne vyčerpané. Z týchto prostriedkov nie je možné hradiť poplatky za vedenie účtu, za vykonanie platieb a iné, spojené s účtom dofinancovania platobnej jednotky. Platobná jednotka v zmluve so Štátnou pokladnicou určí príslušný účet kapitoly, z ktorého budú hradené všetky poplatky k účtu dofinancovania.

3. Účet (účty) konečného prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia, štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy
•	účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;  
•	účet je vedený v SKK;
•	v prípade štátnej rozpočtovej organizácie je tento účet rozpočtový a slúži na poskytnutie prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou rozpočtového opatrenia;
•	v prípade štátnej príspevkovej organizácie a iného subjektu verejnej správy tento bežný účet (tzv. “dotačný“) slúži na pripísanie prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;

Konečný prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia si zriaďuje okrem vyššie uvedeného primárneho výdavkového účtu/účtov aj samostatný výdavkový účet za účelom sledovania čerpania prostriedkov EÚ a prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu podľa zdrojov vo finančných a účtovných výkazoch v prípade refundácie záverečných 5 % pri systéme predfinancovania/zálohovej platby a pri systéme refundácie. 

V prípade, že konečný prijímateľ hradí výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu konečného prijímateľa, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu v súlade s výpisom z bankového účtu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.  

4. Účet (účty) konečného prijímateľa - VÚC
•	bežný účet (tzv. „dotačný“ pre prostriedky ŠR) pre príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 8 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;  
•	účet v Štátnej pokladnici/komerčnej banke na realizáciu výdavkov prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo ŠR;
•	účet je vedený v SKK;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne;

V prípade, že konečný prijímateľ hradí výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu konečného prijímateľa, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu v súlade s výpisom z bankového účtu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.

5. Účet konečného prijímateľa - obec
•	bežný (tzv. „dotačný“) účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;  
•	účet/účty sú vedené v SKK. V rámci systému refundácie v prípade úhrad v inej mene ako SKK môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt spolufinancovaný zo štrukturálnych fondov;
•	v prípade, že konečný prijímateľ zvolí možnosť osobitného účtu, sú bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu podľa pravidla č. 3 nariadenia Európskej komisie č. 2004/448/ES oprávnenými nákladmi a sú hradené z tohto účtu;
•	poplatky za transakcie z účtu/účtov znáša konečný prijímateľ;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

V prípade, že konečný prijímateľ hradí výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu konečného prijímateľa, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu v súlade s výpisom z bankového účtu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu;
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.

6. Účet konečného prijímateľa - rozpočtová a príspevková organizácia v zriaďovacej pôsobnosti VÚC a obce
Základným pravidlom pri realizácii výdavkov financovaných z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu v pôsobnosti obcí a  VÚC a ich rozpočtových organizácií je povinnosť realizácie prostredníctvom rozpočtu obce a rozpočtu VÚC. Ak sú prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektov štrukturálnych fondov poskytnuté priamo rozpočtovej organizácii v pôsobnosti obce alebo VÚC, tieto môžu byť použité len prostredníctvom rozpočtu zriaďovateľa, t.j. rozpočtu obce alebo VÚC.

a)	rozpočtová organizácia:

•	v prípade, že zriaďovateľ VÚC uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP, bežný účet (tzv. „dotačný“ pre prostriedky ŠR) na presun prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo ŠR, ktoré následne presúva na výdavkové účty rozpočtovej organizácie;
•	v prípade, že rozpočtová organizácia uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP,  mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pre ich použitím prevedie do rozpočtu zriaďovateľa;
•	účet/účty sú vedené v SKK. 
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže otvoriť v Štátnej pokladnici/komerčnej banke osobitný účet pre projekt spolufinancovaný zo štrukturálnych fondov;
•	v prípade, že konečný prijímateľ zvolí možnosť osobitného účtu, sú bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu podľa pravidla č. 3 nariadenia Európskej komisie č. 2004/448/ES oprávnenými nákladmi a sú hradené z tohto účtu;
•	poplatky za transakcie z účtu/účtov znáša konečný prijímateľ;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

V prípade, že konečný prijímateľ hradí výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu konečného prijímateľa, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu v súlade s výpisom z bankového účtu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.

b)	príspevková organizácia:

•	v prípade, že príspevková organizácia nepožaduje príspevok od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade, že príspevková organizácia požaduje príspevok od zriaďovateľa,  bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pre ich použitím prevedie do rozpočtu zriaďovateľa;
•	účet/účty sú vedené v SKK. 
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt spolufinancovaný zo štrukturálnych fondov;
•	v prípade, že konečný prijímateľ zvolí možnosť osobitného účtu, sú bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu podľa pravidla č. 3 nariadenia Európskej komisie č. 2004/448/ES oprávnenými nákladmi a sú hradené z tohto účtu;
•	poplatky za transakcie z účtu/účtov znáša konečný prijímateľ;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.

V prípade, že konečný prijímateľ hradí výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu konečného prijímateľa, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu v súlade s výpisom z bankového účtu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu;
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.
 
7. Účet konečného prijímateľa/príjemcu pomoci - súkromný sektor a mimovládna organizácia
•	v prípade využitia systému zálohovej platby je konečný prijímateľ povinný otvoriť si osobitný účet na projekt pre príjem a výdavok z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výdavky na projekt z vlastných zdrojov konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet;
•	účet/účty sú vedené v SKK. V prípade úhrad v inej mene ako SKK môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ/príjemca pomoci  realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si konečný prijímateľ/príjemca pomoci môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt spolufinancovaný zo štrukturálnych fondov;
•	v prípade, že konečný prijímateľ zvolí možnosť osobitného účtu, sú bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu podľa pravidla č. 3 nariadenia Európskej komisie č. 2004/448/ES oprávnenými nákladmi a sú hradené z tohto účtu;
•	v prípade príjemcu pomoci bankové poplatky súvisiace s otváraním a vedením účtu/účtov znáša samotný príjemca pomoci;
•	poplatky za transakcie z účtu/účtov znáša konečný prijímateľ/príjemca pomoci;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom zálohovej platby sú úročené, konečný prijímateľ je povinný otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.
V prípade, že konečný prijímateľ/príjemca pomoci hradí výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ/príjemca pomoci:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v slovenskej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, t. z. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu,
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa zriadeného v cudzej mene použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi, zahrnie do žiadosti o priebežnú platbu.
4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej   republiky

4.8.1 Systém informačných a finančných tokov  pri konečných prijímateľoch z verejnej správy pre ERDF, EAGGF a FIFG
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF, EAGGF a FIFG sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.3), v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní. 
Systém predfinancovania konečných prijímateľov z verejnej správy sa zaviedol z dôvodu, že tieto subjekty zvyčajne nedisponujú potrebnou hotovosťou, aby boli schopné vopred vykryť výdavky za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu. Predfinancovanie navrhovaným spôsobom umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní záväzkov dodávateľovi. 
Konečný prijímateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Predfinancovanie je konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe nezaplatených účtovných dokladov predložených konečným prijímateľom.  
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov. 
Etapa predfinancovania
1.	Konečný prijímateľ v  stanovených termínoch môže predkladať žiadosť o platbu v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich obdržaní od dodávateľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, že súčasťou výdavkov konečného prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (predfinancovanie). Spolu so žiadosťou predloží aj overené kópie príslušných účtovných dokladov s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok). V prípade, že konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom /sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom,  platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci lehoty splatnosti záväzku dodávateľovi uskutoční vecnú kontrolu v súlade s článkom 4 nariadenia 2001/438/ES - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
5.	Po uskutočnení predbežnej kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10b) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
6.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky, a najneskôr do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti konečného prijímateľa prevádza prostredníctvom Štátnej pokladnice prostriedky konečnému prijímateľovi z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.  
7.	Konečný prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od pripísania prostriedkov na jeho účte, previesť prostriedky dodávateľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči dodávateľovi samotný konečný prijímateľ.
8.	Po poskytnutí predfinancovania je konečný prijímateľ povinný celú výšku následne (najneskôr do 15 dní od pripísania týchto prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár na zúčtovanie predfinancovania (žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 5a a 5b). Spolu s formulárom predkladá výpis z účtu potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi. V rámci žiadosti o zúčtovanie predfinancovania konečný prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (predfinancovanie), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a výpis z bankového účtu. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť a prehlásenie o overení (príloha 10a) platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie predfinancovania. 
10.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 11), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha 12) v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu. 
11.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe analýzy rizík. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) súhrnnú žiadosť o platbu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
12.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
13.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 12. sa opakujú až do momentu dosiahnutia 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. 
Etapa refundácie
14.	Po vyčerpaní 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
15.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
16.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3. a 4. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku. 
17.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bode 6. a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží platobnému orgánu. 
18.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 11. 
19.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 12.
20.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Poskytnutie každého predfinancovania si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom.
Presun prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme predfinancovania zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o predfinancovanie. Pri refundácii záverečných 5 % platobná jednotka presúva prostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu, zaradenej do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenej platobným orgánom. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, originály výpisov z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.2 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch z verejnej správy pre ESF a mimovládnych organizácií pri projektoch CIP EQUAL
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ESF a mimovládnych organizácií pri projektoch CIP EQUAL sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.3), v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Konečný prijímateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohovej platby sú konečnému prijímateľovi poskytované do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné).  
Zálohové platby sú konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe prehlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohy. 
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie konečného prijímateľa uskutočňuje v dvoch etapách - etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Konečný prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu nepresahuje  12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu projektu zodpovedajúcemu podielu ES a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu prvého roka projektu zodpovedajúcemu  podielu ES a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška  zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4 x	[		+ 	(12-		)x1/12 	x		]	
												
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj prehlásenie o začatí realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok. 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci vecnej kontroly overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky konečného prijímateľa. 
5.	Po uskutočnení predbežnej kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10b) na platobnú jednotku v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
6.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky, a najneskôr do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti konečného prijímateľa prevádza prostredníctvom Štátnej pokladnice prostriedky konečnému prijímateľovi z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
7.	Konečný prijímateľ po poskytnutí zálohovej platby je povinný túto zálohovú platbu priebežne minimálne v dvojmesačnom intervale zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nezúčtovania tejto čiastky alebo jej časti je konečný prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto čiastku zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Konečný prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy (žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 6a a 6b) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. V prípade, že za príslušné obdobie konečný prijímateľ nečerpal žiadne prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá  žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby s uvedením nulového čerpania. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis  originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ predkladá overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa. V prípade, že konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu. Konečný prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu potvrdzujúci uhradenie účtovných dokladov. 
8.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 3.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční vecnú kontrolu v súlade s článkom 4 nariadenia 2001/438/ES - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či zúčtovaná čiastka zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby.
10.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu. 
11.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe analýzy rizík. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) súhrnnú žiadosť o platbu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
12.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
13.	Konečný prijímateľ je po vyčerpaní a zúčtovaní minimálne 40 % zálohovej platby oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným prostriedkom z prvej zálohovej platby. 
14.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodu 7., t.  z. že konečný prijímateľ je povinný priebežne, minimálne v  dvojmesačnom intervale zúčtovávať poskytnuté prostriedky na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy. 
15.	Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
Etapa refundácie
16.	Po vyčerpaní 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich 5 % z celkových oprávnených nákladov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
17.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
18.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3. a 9. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu. 
19.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu do 10 pracovných dní a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží platobnému orgánu. 
20.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 10. 
21.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 11.
22.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi. 
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby, avšak jedna žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby sa nesmie viazať na poskytnutie viacerých zálohových platieb. Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia konečnému prijímateľovi.
Presun prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme zálohových platieb zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o zálohovú platbu. Pri refundácii záverečných 5 % platobná jednotka presúva prostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu, zaradenej do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenej platobným orgánom. 
Zálohové platby konečnému prijímateľovi - štátnej rozpočtovej organizácii poskytuje platobná jednotka z podpoložky ekonomickej klasifikácie 637 033. Po schválení žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby platobná jednotka prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Ostatným oprávneným konečným prijímateľom poskytuje platobná jednotka zálohové platby na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba konečným prijímateľom aj zúčtuje. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, originál prehlásenia o začatí realizácie projektu, originály výpisov z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.3 Systém informačných a finančných tokov  pri konečných prijímateľoch a príjemcoch pomoci zo súkromného sektora pre všetky štrukturálne fondy    
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, t. z. že konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet schváleného na projekt. 
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci rovnako pri všetkých programoch. 
1.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci uhradí výdavky dodávateľovi z vlastných zdrojov.
2.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a, resp. 4a) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, a originál výpisu z bankového účtu, ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva konečný prijímateľ/príjemca pomoci. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá ním overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa/príjemcu pomoci. V prípade, že konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční vecnú kontrolu v súlade s článkom 4 nariadenia 2001/438/ES - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
6.	Po uskutočnení predbežnej kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu.
7.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná do 10 pracovných dní predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. V prípade schválenia žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu platobní jednotka zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu.
8.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) súhrnnú žiadosť o platbu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
9.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
10.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 
Pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie pri využití systému refundácie, platobná jednotka realizuje presun prostriedkov na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ/príjemca pomoci povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa/príjemcu pomoci.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, originály výpisov z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom/príjemcom pomoci, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.4 Špecifiká jednotlivých programových dokumentov v systéme informačných a finančných tokov 
Sektorový operačný program Priemysel a služby 
-	v prípade príjemcov pomoci je možné aplikovať rôzne intenzity štátnej pomoci v rámci jedného projektu pre nasledovné opatrenia:
1.1 Podpora rozvoja nových a existujúcich podnikov a služieb
1.3 Podpora podnikania, inovácií a aplikovaného výskumu
1.4 Podpora úspor energie a využitia obnoviteľných zdrojov energie
1.5 Rozvoj zahraničnej spolupráce a image SR
2.2 Podpora podnikateľských aktivít cestovného ruchu
Rôzne intenzity je možné uplatňovať len pri dodržaní všetkých z nasledovných podmienok:
•	projekt je v ITMS potrebné rozdeliť na dva podprojekty, 
•	každý podprojekt musí mať stanovený len jeden pomer financovania,
•	každá žiadosť o platbu musí byť predkladaná v jednom stanovenom pomere financovania a samostatne pre každý podprojekt,
•	súčasťou zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku musia byť vo vzťahu k jednotlivým podprojektom jednoznačne identifikované aktivity, objem finančných prostriedkov a pomery financovania,
•	je potrebné dodržiavať pravidlá a postupy verejného obstarávania v súlade so zákonom č. 523/2003 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov.
-	jednotlivé sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom vykonávajú kontrolu žiadostí o platbu a žiadostí o zúčtovanie predfinancovania. Záznam z kontroly zasielajú riadiacemu orgánu;
-	za schválenie žiadostí o platbu,  žiadostí o zúčtovanie predfinancovania a vypracovanie prehlásenia o overení zodpovedá sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zasielajú žiadosť o platbu, žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a prehlásenie o overení platobnej jednotke prostredníctvom riadiaceho orgánu vrátane stanoviska riadiaceho orgánu k vecnej časti žiadosti o platbu a žiadosti o zúčtovanie predfinancovania; 
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom archivujú originály žiadostí o platbu, žiadostí o zúčtovanie predfinancovania a priložených dokladov (faktúr alebo dokladov rovnocennej dôkaznej hodnoty);
-	riadiaci orgán archivuje kópie žiadostí o platbu, žiadostí o zúčtovanie predfinancovania a priložených účtovných dokladov.

Operačný program Základná infraštruktúra
-	pri projektoch v rámci priorít Dopravná infraštruktúra a Environmentálna infraštruktúra, za ktoré sú zodpovedné Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR a Ministerstvo životného prostredia SR ako sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, tieto projekty v súlade s delegovanými právomocami nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť riadiaceho orgánu;
-	pri projektoch v rámci priority Lokálna infraštruktúra, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán, tieto projekty nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, a preto vyššie uvedené úlohy plní samotný riadiaci orgán;
-	pri projektoch v rámci priority Lokálna infraštruktúra, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán, zabezpečuje matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu platobná jednotka.

Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
-	v rámci SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka v súlade s delegovanými právomocami projekty nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť riadiaceho orgánu, nakoľko tieto funkcie zabezpečuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
-	lehota na spracovanie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v súlade s podmienkami stanovenými v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku;
-	platobná jednotka archivuje celú zložku žiadosti o platbu spolu s prílohami predloženú sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 2
-	pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 nebol zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, preto funkcie v systéme informačných a finančných tokov zabezpečuje samotný riadiaci orgán;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu zabezpečuje platobná jednotka.

Sektorový operačný program Ľudské zdroje a Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava cieľ 3
-	pri projektoch, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR ako riadiaci orgán, tieto projekty nevyžadujú v systéme informačných a finančných tokov účasť sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, a preto vyššie uvedené úlohy plní samotný riadiaci orgán;
-	pri tzv. národných projektoch predkladá konečný prijímateľ Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny SR spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len formulár „zoznam výdavkov“ stanovený riadiacim orgánom. 
Programy Iniciatívy ES INTERREG IIIA
Program Iniciatívy ES Slovenská republika - Česká republika
-	pre CIP Slovenská republika - Česká republika nebol zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, preto funkcie v systéme informačných a finančných tokov na území Slovenskej republiky zabezpečuje samotný riadiaci orgán;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu zabezpečuje platobná jednotka.

Program Iniciatívy ES Poľsko - Slovenská republika
-	aplikuje sa rovnaký postup ako pri CIP Slovenská republika - Česká republika s výnimkou, že ako riadiaci orgán v SR vystupuje národný orgán;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu zabezpečuje platobná jednotka.

Program Iniciatívy ES Rakúsko - Slovenská republika a  Program susedstva  Maďarsko - Slovenská republika - Ukrajina
-	aplikuje sa rovnaký postup ako pri CIP Slovenská republika - Česká republika s výnimkou, že ako riadiaci orgán v SR vystupuje národný orgán;
-	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti konečného prijímateľa o platbu zabezpečuje platobná jednotka;
-	v prípade projektových partnerstiev, ktorých účastníkmi sú partneri SR z regiónov cieľa 1 aj cieľa 2, je možné aplikovať rôzne intenzity pomoci v rámci jedného projektu. Rôzne intenzity je možné uplatňovať len pri dodržaní všetkých z nasledovných podmienok
•	projekt je potrebné rozdeliť na podprojekty s jednoznačne identifikovanými partnermi, aktivitami, objemom finančných prostriedkov a pomermi financovania,
•	každý podprojekt musí mať stanovený len jeden pomer financovania,
•	každá žiadosť o platbu musí byť predkladaná v jednom stanovenom pomere financovania a samostatne pre každý podprojekt.

Program Iniciatívy ES EQUAL
-	systém platieb pre rozvojové partnerstvo sa určuje podľa vedúceho partnera. V prípade, že je vedúcim partnerom subjekt verejnej správy alebo mimovládna organizácia, možno uplatňovať systém zálohových platieb. Vedúci partner ďalej poskytuje príslušný podiel zálohových platieb len oprávneným partnerom, t. j. subjektom verejnej správy alebo mimovládnym organizáciám. V prípade, že vedúcim partnerom je príjemca pomoci, rozvojové partnerstvo realizuje projekt len systémom refundácie; 
-	v prípade rozvojových partnerstiev, ktorých účastníkmi sú partneri z regiónov cieľa 1 aj cieľa 3, resp. účastníkom partnerstva je príjemca pomoci, pre ktorého platia špecifické podmienky, je možné aplikovať rôzne intenzity pomoci v rámci jedného projektu. Rôzne intenzity je možné uplatňovať len pri dodržaní všetkých z nasledovných podmienok
•	projekt je potrebné v ITMS rozdeliť na podprojekty,
•	každý podprojekt musí mať stanovený len jeden pomer financovania,
•	každá žiadosť o platbu musí byť predkladaná v jednom stanovenom pomere financovania a samostatne pre každý podprojekt,
•	súčasťou zmluvných vzťahov v rámci rozvojových partnerstiev musia byť vo vzťahu k jednotlivým podprojektom jednoznačne identifikované aktivity, objem finančných prostriedkov a pomery financovania.
-	pre CIP EQUAL  nebol zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, preto funkcie v systéme informačných a finančných tokov zabezpečuje samotný riadiaci orgán s výnimkou formálnej kontroly a matematickej kontroly výpočtu oprávnenej sumy v rámci predbežnej finančnej kontroly žiadostí o platbu a žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby vykonávanej Národnou podpornou štruktúrou, ktoré priebežne spolu s priloženými účtovnými dokladmi zasiela riadiacemu orgánu;
-	za schválenie žiadostí o platbu a žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby a vypracovanie prehlásenia o overení zodpovedá riadiaci orgán;
-	Národná podporná štruktúra archivuje kópie žiadostí o platbu, žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby a priložených dokladov (faktúr alebo dokladov rovnocennej dôkaznej hodnoty);
-	riadiaci orgán archivuje originály uvedených dokumentov.

4.9 	Certifikácia 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje oddelenie certifikácie v rámci platobného orgánu, ktoré je funkčne nezávislé od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. Výkon certifikácie nie je možné delegovať na iné subjekty. 
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu na EK (certifikácia výkazu výdavkov na EK). Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý platobný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov na EK vykoná platobný orgán certifikáciu vybranej vzorky projektov na úrovni riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, príp. konečných prijímateľov/príjemcov pomoci. 
Na základe rizikovej analýzy je platobný orgán oprávnený uskutočniť certifikáciu výdavkov pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežnú certifikáciu uskutočňuje platobný orgán v prípade, ak z rizikovej analýzy predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu vyplynie rozhodnutie o jej výkone. Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. Ak z výsledku rizikovej analýzy nevyplynie požiadavka na priebežnú certifikáciu, v takom prípade sú výdavky v predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu zahrnuté do výberu vzorky pred certifikáciou výkazu výdavkov na EK.
Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov na EK musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady 99/1260/ES, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa zásad vhodnej správy finančných prostriedkov,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 28 nariadenia Rady 99/1260/ES.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle nariadenia EK 2004/448/ES doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky na základe žiadosti o platbu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v prípade systému refundácie a v prípade systému predfinancovania a zálohových platieb na základe žiadosti o zúčtovanie konečného prijímateľa/príjemcu pomoci;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 9 nariadenia  2001/438/ES platobný orgán overuje postupy riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	súlad postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	využíva správy o kontrolách vykonaných  inými kontrolnými subjektami;
3.	využíva správy o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje kontroly na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov na EK a priebežnej certifikácie;
5.	je informovaný o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov;
6.	je oprávnený sa zúčastňovať zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa. 

k bodu 1.
Riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky a Národná podporná štruktúra pre CIP EQUAL sú povinné zasielať platobnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade nedostatkov platobný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. Cieľom je posúdenie súladu týchto manuálov s právnymi predpismi ES a SR.
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikátorov posúdenie súladu činnosti riadiacich orgánov,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.
 
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre platobný orgán aj materiály (správy, protokoly, záznamy) o minimálnych 5 % kontrolách a ostatných kontrolách, ktoré sa nezapočítavajú do minimálnej 5 % kontroly, vykonaných  inými kontrolnými subjektami. Kontrolné subjekty sú povinné zasielať správy o minimálnych 5 % kontrolách sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR, ktorá následne informuje platobný orgán. Kontrolované subjekty (riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky) sú povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.

k bodu 3. 
Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku vnútorného a externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva EK, platobnému orgánu. Jednotlivé riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.

k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je platobný orgán v rámci svojich kompetencií kedykoľvek (v etape prípravy žiadosti o platbu na EK a na základe analýzy rizík v etape pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu) oprávnený uskutočniť kontrolu súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom, platobných jednotkách a u konečných prijímateľov/príjemcov pomoci. Táto kontrola je realizovaná na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného programového dokumentu. Súčasťou takejto kontroly je overenie, či: 
-	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
-	výdavky súhlasia so účtovnými dokladmi, 
-	výdavky zahrnujú len oprávnené položky,
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach konečných prijímateľov/príjemcov pomoci o platbu, resp. žiadostiach o zúčtovanie predfinancovania a žiadostiach o zúčtovanie zálohovej platby,
-	k príslušným žiadostiam konečných prijímateľov/príjemcov pomoci o platbu, resp. žiadostiam o zúčtovanie predfinancovanie a žiadostiam o zúčtovanie zálohovej platby existuje výpis z bankového účtu,
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou,
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s výberovými kritériami.

k bodu 5.
Platobný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu na EK pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. Pri systémových nezrovnalostiach bude preskúmaný vplyv nezrovnalosti na všetky projekty, ktorých sa systémová nezrovnalosť mohla dotknúť. 

k bodu 6.
Platobný orgán je oprávnený zúčastňovať sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa s cieľom overenia, že jednotlivé projekty boli vybrané v súlade s kritériami uvedenými v programovom doplnku a postupmi riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. Certifikátori sú oprávnení počas zasadnutí komisií upozorniť na prípadné porušenie postupov. Uvedené zistenia sú zohľadňované pri výkone certifikácie.   
Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, zodpovedné za organizovanie zasadnutí komisií na výber projektov, povinné vopred o nich informovať platobný orgán, a to písomne minimálne 5 pracovných dní pred zasadnutím komisie na výber projektov. Riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú následne povinné predkladať zápisnice zo zasadnutí týchto  komisií platobnému orgánu SR najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu.
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom výdavkov platobný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov na EK o neoprávnenú sumu. 
V prípade zistenia alebo podozrenia výskytu závažných systémových nezrovnalostí alebo nezrovnalostí s finančným dopadom platobný orgán okamžite pozastaví platby prostriedkov EÚ pre príslušný programový dokument a informuje Centrálny kontaktný útvar pre OLAF v SR a sekciu systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR v prípade, že ju platobný orgán požiada o vykonanie následnej finančnej kontroly.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
4.10 	Nezrovnalosti
Pojem nezrovnalosť (irregularity) sa v súvislosti s ochranou finančných záujmov Európskych spoločenstiev definuje v článku 1, ods. 2 nariadenia Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev:
Nezrovnalosťou sa rozumie akékoľvek porušenie ustanovenia práva Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo nedbalosti hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov spravovaných Európskymi spoločenstvami, a to buď znížením alebo stratou príjmov z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych  spoločenstiev alebo formou neoprávneného výdavku.
Pojem hospodársky subjekt definuje článok 1 a článok 7 nariadenia Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev ako fyzické alebo právnické osoby a iné subjekty, ktoré:
-	sa dopustili nezrovnalosti alebo
-	sú v rámci plnenia si svojich povinností zodpovedné za nezrovnalosť alebo
-	sú zodpovedné za zabezpečenie toho, aby k nezrovnalosti nedošlo.
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia štrukturálnych fondov, t. z. vrátane úrovne konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov.
Podmienkou vzniku nezrovnalosti je porušenie právnych predpisov ES alebo SR, ktoré upravujú použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov ES alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy ES.  
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie finančnej  disciplíny v zmysle § 31 ods. 1 zákona. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti.

4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Európskej komisie č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky oznamovať Európskej komisii:
- nezrovnalosti, ktoré boli predmetom administratívneho alebo súdneho konania, 
- nezrovnalosti, u ktorých je preukázaný úmysel podvodu, 
- nezrovnalosti, u ktorých sa predpokladajú následky mimo územia SR, 
- nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu. 
Detailná typológia nezrovnalostí je uvedená v prílohe 1. 
Nezrovnalosť môže odhaliť orgán vykonávajúci predbežnú alebo priebežnú finančnú kontrolu (sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán, platobná jednotka a platobný orgán) a kontrolný orgán vykonávajúci následnú finančnú kontrolu. 
Za moment odhalenia nezrovnalosti sa považuje podpis správy o zistenej nezrovnalosti (príloha 2) alebo podpis  prerokovanej kontrolnej správy o výsledku následnej finančnej kontroly vykonanej kontrolným orgánom. 
V prípade zistenia nezrovnalosti sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán a platobná jednotka vypracuje správu o zistenej nezrovnalosti a do 5 pracovných dní odo dňa zistenia nezrovnalosti zašle na platobný orgán pre štrukturálne fondy. Zároveň príslušný subjekt zaeviduje nezrovnalosť v Monitorovacom systéme pre štrukturálne fondy a Kohézny fond. V prípade zistenia nezrovnalosti platobným orgánom správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje platobný orgán a zaeviduje nezrovnalosť v Monitorovacom systéme pre štrukturálne fondy a Kohézny fond. 
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe následnej finančnej kontroly prerokovanú kontrolnú správu o výsledku následnej finančnej kontroly príslušný kontrolný orgán zašle sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly Ministerstva financií SR, ktorá ju bezodkladne postúpi platobnému orgánu pre štrukturálne fondy.
V prípade zistenej nezrovnalosti s finančným dopadom platobný orgán pre štrukturálne fondy vykoná zápis aj v knihe dlžníkov v účtovnom systéme ISUF v zmysle článku 8 nariadenia EK č. 2001/438/ES ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov.
Ak sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán a platobná jednotka  získa nové alebo dodatočné informácie v súlade s článkom 5.1 a  5.2 nariadenia Európskej komisie č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, zašle aktualizovanú správu o zistenej nezrovnalosti do 5 pracovných dní na platobný orgán pre štrukturálne fondy. Aktualizovanú správu o zistenej nezrovnalosti príslušný subjekt zaeviduje v Monitorovacom systéme pre štrukturálne fondy a Kohézny fond. 
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach platobný orgán pre štrukturálne fondy spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne, resp. do 6 týždňov od skončenia štvrťroku zasiela na Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR na Úrade vlády SR. 
Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR o zistených nezrovnalostiach informuje v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF na Európskej komisii (v prípade, že suma nezrovnalosti prevyšuje 4 000 EUR) v súlade s nariadením Európskej komisie 
č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 4 000 EUR predkladá Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR OLAF-u na Európskej komisii výlučne na jeho žiadosť.  

4.10.2 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov 
Opravy financovania pri zistení nezrovnalosti prostriedkov EÚ vykonáva v podmienkach SR platobný orgán pre štrukturálne fondy v súlade s článkom 39 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúcim všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch a nariadením Európskej komisie č. 2001/448/ES ustanovujúcim podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady 
č. 99/1260/ES pokiaľ ide o opravy financovania pomoci poskytovanej zo štrukturálnych fondov. Opravy financovania spočívajú  v zrušení celého príspevku v rámci štrukturálnych fondov alebo jeho časti.
Čiastka podliehajúca oprave financovania sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov a zodpovedajúcej sume vo výške porušenia finančnej disciplíny v zmysle proporcionality. 
V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah finančných dôsledkov zistenej nezrovnalosti.
V prípade, ak nezrovnalosti zistí a napraví Slovenská republika, finančné prostriedky zodpovedajúce výške nezrovnalosti nepredstavujú stratu pre SR, ale prostriedky sú použité na iné operácie. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa tieto finančné prostriedky znovu použijú na operácie, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. 
Odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ ukladá a vymáha príslušná správa finančnej kontroly, príp. Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a zaplatiť penále v súlade s § 20 a § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Finančné prostriedky EÚ, ktorých sa týka porušenie finančnej disciplíny, sú v zmysle § 20 (6)  zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy príjmom osobitného účtu Ministerstva financií SR. 
Finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktorých sa týka porušenie finančnej disciplíny, vrátane pokút a penále sú v súlade s § 7 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy príjmom príslušného druhu rozpočtu verejnej správy, ktorý ich poskytol. Ak subjekt poruší finančnú disciplínu v súlade s § 31 ods. 1 písm. b), c) a d)  a sám zistí porušenie finančnej disciplíny alebo sa porušenie finančnej disciplíny zistí pri výkone kontroly a nezákonný stav je vysporiadaný do dňa skončenia kontroly v bežnom rozpočtovom roku v súlade s § 31 ods. 4 zákona  č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy (nejedná sa o odvod uložený v správnom konaní), poskytovateľovi - platobnej jednotke sú vrátené finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na výdavkové účty a môžu byť použité ďalej na financovanie programu. Ak nezákonný stav nie je vysporiadaný v tom istom rozpočtovom roku ako došlo k porušeniu finančnej disciplíny, poskytovateľovi - platobnej jednotke sú vrátené finančné prostriedky na príjmový účet, t. j. nemôžu byť ďalej použité na financovanie programu a sú odvedené do príjmov štátneho rozpočtu. Ak subjekt poruší finančnú disciplínu v zmysle  § 31 ods. 8 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy odvod, penále a pokuta za porušenie finančnej disciplíny sú príjmom štátneho rozpočtu. 
V prípade, že riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka alebo platobný orgán vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti, pripravia podklady pre vypracovanie žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a postúpia ich príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. V žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov uvedie akú sumu finančných prostriedkov je konečný prijímateľ/príjemca pomoci povinný vrátiť v členení podľa zdrojov a čísla účtov, na ktoré je konečný prijímateľ/príjemca pomoci povinný odviesť uvedené prostriedky. Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohách 19a a 19b.
V prípade vrátenia finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe žiadosti riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom (nejedná sa o odvod uložený v správnom konaní) v tom istom roku, v ktorom bol výdavok zo štátneho rozpočtu uskutočnený, sa prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vrátia na výdavkový účet platobnej jednotky. Vrátené finančné prostriedky je možné v danom roku použiť na ten istý program. Ak sú vrátené finančné prostriedky za predchádzajúci rok, stanú sa príjmom štátneho rozpočtu.
V prípade vrátenia prostriedkov EÚ poskytnutých platobnou jednotkou z výdavkov štátneho rozpočtu, neschválených platobným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, na základe žiadosti riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom (nejedná sa o odvod uložený v správnom konaní) v tom istom roku, v ktorom bol výdavok zo štátneho rozpočtu uskutočnený, sa prostriedky EÚ poskytnuté z výdavkov štátneho rozpočtu vrátia na výdavkový účet platobnej jednotky. Vrátené finančné prostriedky je možné v danom roku použiť na ten istý program. Ak sú vrátené prostriedky EÚ poskytnuté z výdavkov štátneho rozpočtu v predchádzajúcom roku, stanú sa príjmom štátneho rozpočtu V prípade, že prostriedky EÚ poskytnuté z výdavkov štátneho rozpočtu boli už schválené platobným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, sa tieto prostriedky vrátia na osobitný účet ministerstva financií v súlade s § 20 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.  
V súlade s článkom 39 nariadenia Rady č. 99/1260/ES ustanovujúcim všeobecné pravidlá o štrukturálnych fondoch a nariadením Európskej komisie č. 2001/448/ES ustanovujúcim podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o opravy financovania pomoci poskytovanej zo štrukturálnych fondov realokáciu finančných prostriedkov EÚ v rámci priority, ktoré sa týmto spôsobom uvoľnili, navrhne riadiaci orgán pre príslušný programový dokument v spolupráci s platobným orgánom pre štrukturálne fondy a následne ju schváli Monitorovací výbor pre daný programový dokument.   
Realokáciu finančných prostriedkov EÚ medzi prioritami v rámci programu, ktoré sa týmto spôsobom uvoľnili, navrhne riadiaci orgán pre príslušný programový dokument v spolupráci s platobným orgánom pre štrukturálne fondy a následne ju schváli Monitorovací výbor pre daný programový dokument a Európska komisia.
Realokované finančné prostriedky nie je možné použiť na tie operácie, ktoré boli predmetom finančných opráv. V prípade systémových nezrovnalostí realokované finančné prostriedky nie je možné použiť na tie operácie, v ktorých sa systémové nezrovnalosti vyskytli.
Slovenská republika je povinná informovať Európsku komisiu o navrhovanej realokácii finančných prostriedkov. 
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu v zmysle pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku ES v rámci štrukturálnych fondov.
Opravy financovania sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu EK. 
Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu na EK (napr. splatná čiastka prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční platobný orgán pre štrukturálne fondy spätným prevodom Európskej komisii.
Každá vrátená čiastka sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania.
Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym konaním. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, že súdne konanie bolo neúspešné.

4.11	Účtovníctvo
Podľa čl. 34 ods. 1 písm. e) nariadenia Rady 99/1260/ES  je potrebné, aby subjekty, ktoré sa zúčastňujú na riadení a implementovaní pomoci, viedli samostatný účtovný systém, alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa pomoci. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je platobný orgán pre štrukturálne fondy alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a implementácii štrukturálnych fondov predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 10 pracovných dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ zo štrukturálnych fondov sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektami, ktoré účtujú o použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú  platobný  orgán pre štrukturálne fondy a platobné jednotky.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie operácií súvisiacich s finančnými prostriedkami ES a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva.
Vedenie účtovníctva platobného orgánu pre štrukturálne fondy a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov (ďalej iba „systém ISUF“). Systém ISUF je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom modulov:
•	IM - investičný manažment
(založenie programovej štruktúry, aktualizácia programovej štruktúry, vypracovanie rozpočtu programu, spracovanie rozpočtových opatrení, pridelenie rozpočtu na projekt)
•	PS - riadenie projektov
(založenie projektu, aktualizácia projektu, aktualizácia rozpočtu projektu, evidencia dokumentov, evidencia štatistických ukazovateľov)
•	FI - finančné účtovníctvo
(otvorenie a uzavretie účtovných období, aktualizácia kurzovej tabuľky, kmeňové záznamy k účtovej osnove, účtom, platobnému orgánu pre štrukturálne fondy, platobným jednotkám a konečným prijímateľom/príjemcom pomoci, účtovanie žiadostí o platbu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, účtovanie súhrnnej žiadosti o platbu, účtovanie žiadostí o platbu na Európsku komisiu, spracovanie účtovných operácií vo vzťahu k nezrovnalostiam, účtovanie úrokov, dane z prijatých úrokov, denná, mesačná, štvrťročná a ročná uzávierka, spracovanie finančných a účtovných výkazov)    
•	FM - riadenie rozpočtu
(údržba kmeňových dát ekonomickej a funkčnej klasifikácie, rozpis schváleného rozpočtu, rozpočtové opatrenia)
•	MM - materiálové hospodárstvo
(evidencia zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, založenie žiadostí o platbu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, predbežná finančná kontrola žiadostí o platbu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci vrátane kontroly dostupnosti zdrojov rozpočtu projektu a zdrojov štátneho rozpočtu, údržba dokumentu, údržba výkazov) 
Spracovanie účtovných operácií a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä podľa zákona č. zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) súvisiacich s  finančným tokom prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje systém ISUF a  je špecifikované v dokumentácii koncových užívateľov k informačného systému účtovníctva fondov ISUF.  
Každá úroveň programovej štruktúry (program, priorita, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje. Systém ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, IT Monitorovací systém pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a informačný systém Štátnej pokladnice. 
Platobný orgán pre štrukturálne fondy a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva alebo rozpočtovej organizácie, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Platobný orgán pre štrukturálne fondy a platobné jednotky vedú účtovníctvo správne, úplne, preukázateľne, zrozumiteľne a spôsobom zaručujúcim trvalosť účtovných záznamov. Účtovná dokumentácia ako súhrn všetkých účtovných záznamov (účtovné doklady, účtovné zápisy, účtovné knihy, účtový rozvrh  a účtovná závierka) je vedená v elektronickej a písomnej forme a to spôsobom, ktorý zabezpečí trvalosť po celú dobu spracovania a úschovy účtovnej dokumentácie, t. j. musí byť dostatočne chránená pred jej možnou stratou, odcudzením, zneužitím, poškodením alebo zničením, vrátane elektronických nosičov dát.
Finančné prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve platobného orgánu pre štrukturálne fondy v momente pripísania finančných prostriedkov EÚ na mimorozpočtových účtoch pre príslušné programy platobného orgánu pre štrukturálne fondy na základe zálohovej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky. 
Povinnosť osobitného (analytického) zaznamenávania operácií týkajúcich sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu u konečného prijímateľa/príjemcu pomoci zabezpečuje riadiaci orgán v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Koneční prijímatelia/príjemcovia pomoci vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002    Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Platby vykonané konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci sa dokladujú účtovnými dokladmi. Koneční                          prijímatelia/príjemcovia pomoci vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.

4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon               č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) a nariadeniami ES sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa rozpočtového programovania a členenie podľa číselníka zdrojov pre prostriedky EÚ a prostriedky zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Platobný orgán pre štrukturálne fondy a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ  a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu na Európsku komisiu.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu pre štrukturálne fondy a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán pre štrukturálne fondy a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Článok 38 ods. 6 nariadenia Rady č. 99/1260/ES požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každú pomoc za obdobie 3 rokov nasledujúcich po záverečnej platbe Európskej komisie, pokiaľ nie je dohodnuté inak v bilaterálnej administratívnej dohode. V podmienkach SR uvedené obdobie sa stanovuje na 5 rokov v súlade s § 35 zákona NR SR č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s nariadením EK č. 2002/2355/ES z 27. decembra 2002 doplňujúcim nariadenie EK č. 2001/438/ES, ktoré upravuje problematiku uchovávania podporných dokumentov platí, že: 
a) Podporné dokumenty týkajúce sa výdavkov a kontrol podľa článku 38 ods. 6 nariadenia Rady č. 99/1260/ES zahrnujú
-	dokumenty týkajúce sa vzniknutých a deklarovaných výdavkov a realizovaných platieb v rámci pomoci, a ktoré sú požadované pre adekvátny audit trail vrátane dokumentov, ktoré dokazujú skutočné dodanie tovarov a služieb v rámci spolufinancovaných operácií; 
-	správy a dokumenty ku kontrolám vykonaných na základe článkov 4, 9, 10 a 15 nariadenia EK č. 2001/438/ES.
Platobný orgán pre štrukturálne fondy, riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky a koneční prijímatelia/príjemcovia pomoci uchovávajú účtovnú a podpornú dokumentáciu k projektom po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci.
b) Dokumenty musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:	
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk); 
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.

Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu. V prípade, že existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade s národnými predpismi a sú dôveryhodné pre účely auditu.  
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov vyhotovuje príslušný doklad v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu. 
Účtovné doklady vyhotovuje dodávateľ minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden archivuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci a ďalší sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp riadiaci orgán v prípade, že ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. V prípade, že povaha účtovného dokladu umožňuje vyhotoviť len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva konečný prijímateľ/príjemca pomoci a fotokópiu originálu účtovného dokladu uchováva sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, resp riadiaci orgán v prípade, že ten nedelegoval právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.

4.13 	Používanie mien a kurzové rozdiely
Finančný plán príslušného programu je uvedený v EUR.
Žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK sa predkladajú na EK v EUR.
Výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z EK musí byť vypracovaný v EUR.
Zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku sa uzatvárajú v SKK, platby konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci sa realizujú v SKK.
Kurzové rozdiely vznikajú pri konverzii z meny EUR na menu SKK a naopak a z dôvodu existencie dvoch výmenných kurzov používaných pri prepočte jednotlivých súm. Pre účely výkazníctva pre Európsku komisiu v súlade s nariadením Európskej komisie č. 2000/643/ES platobný orgán pre štrukturálne fondy používa kurz Európskej centrálnej banky (ďalej iba „kurz ECB“) platný v predposledný pracovný deň Európskej komisie v mesiaci, ktorý predchádzal mesiacu, počas ktorého bol výdavok zaznamenaný v informačnom systéme účtovníctva fondov ISUF. Pre prepočet súm z meny EUR na menu SKK a naopak v momente ich prevodu Štátna pokladnica v súlade s § 24 ods. 2 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov používa príslušné kurzy Štátnej pokladnice platné v deň prevodu.
Kurzová strata/zisk vzniká pri prevode prostriedkov z účtu platobného orgánu na účet platobnej jednotky v prípade, že mesačný kurz ECB je vyšší/nižší ako kurz Štátnej pokladnice platný v deň prevodu.
Platobná jednotka predkladá trikrát mesačne platobnému orgánu pre štrukturálne fondy súhrnnú žiadosť o platbu na schválenie. Po schválení súhrnnej žiadosti o platbu platobný orgán pre štrukturálne fondy prevedie zo svojho mimorozpočtového účtu vedeného v mene EUR finančné prostriedky na účet platobnej jednotky formou platobného príkazu vystaveného v SKK s použitím príslušného mesačného kurzu ECB. Zároveň však v súlade s § 24 ods. 2 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov Štátna pokladnica vyjadrí čiastku uvedenú na platobnom príkaze v mene EUR podľa príslušného kurzu Štátnej pokladnice platného v deň prevodu.
Kurzové rozdiely, ktoré vznikli pri úhrade súhrnných žiadostí o platbu sú vyrovnávané priebežne v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu pre príslušný štrukturálny fond. Kurzové rozdiely eviduje platobný orgán pre štrukturálne fondy v informačnom systéme účtovníctva fondov ISUF.
Kurzová strata/zisk vzniká rovnako pri prevode neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v prípade, že mesačný kurz ECB je vyšší/nižší ako kurz Štátnej pokladnice platný v deň prevodu.
Vo vzťahu k nezrovnalostiam vzniká kurzová strata pri prevode prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súlade so zmluvou s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a vyrovnávaní kurzových rozdielov na účet platobného orgánu pre štrukturálne fondy v prípade, keď kurz ECB je nižší ako kurz Štátnej pokladnice devízy predaj platný pre deň prevodu.
Vo vzťahu k nezrovnalostiam vzniká kurzový zisk pri prevode prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súlade so zmluvou s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci o poskytnutí nenávratného finančného príspevku na účet platobného orgánu pre štrukturálne fondy v prípade, keď kurz ECB je vyšší ako kurz Štátnej pokladnice  devízy predaj platný pre deň prevodu.
Kurzové rozdiely, ktoré vznikli pri prevode neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci sú vyrovnávané priebežne v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu pre príslušný štrukturálny fond.
V súlade s článkom 12 (1) a (2) nariadenia Európskej komisie č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky  je SR povinná v rámci pravidelných štvrťročných správ o nezrovnalostiach predkladaných na OLAF na Európsku komisiu hlásiť nezrovnalosti, ktorých dopad na rozpočet Európskych spoločenstiev je vyšší ako 4 000 EUR. Čiastka zodpovedajúca nezrovnalosti sa prepočíta z meny SKK na menu EUR s použitím oficiálneho výmenného kurzu Európskej komisie uverejneného v sérii C Úradného vestníka ES, platného v prvý pracovný deň roka, v ktorom je nezrovnalosť oznámená na  OLAF na Európskej komisii.      

5.  Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov je vybudovanie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy, ktorý bude slúžiť na sledovanie stavu čerpania prostriedkov na úrovni jednotlivých štrukturálnych fondov, programových dokumentov, priorít, opatrení a projektov.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov zabezpečuje v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci ES vrátane čerpania prostriedkov ES a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré jednotlivé subjekty zodpovedajú.
IT monitorovací systém zahŕňa procesy programovania, monitorovania, finančného riadenia, následnej finančnej kontroly a vnútorného auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
-	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov ISUF;
-	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismi ES a SR (a to najmä nariadenie Rady 99/1260/ES, nariadenie EK 2001/438/ES a zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch);
-	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
-	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
-	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno - technologickej infraštruktúry.

6. Kontrola a audit
V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z.. Ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu a vnútorný audit metodicky usmerňuje a koordinuje výkon finančnej kontroly vo verejnej správe, vrátane kontroly prostriedkov štrukturálnych fondov poskytnutých Slovenskej republike.
Povinnosť a spôsob vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu štrukturálnych fondov vyplýva z legislatívy SR a legislatívy EÚ. Pri vykonávaní finančnej kontroly a vnútorného auditu sa zohľadňujú poznatky získané od iných členských štátov a doporučenia príslušných generálnych riaditeľstiev EK. Náležitosti vykonávania finančnej kontroly operácií štrukturálnych fondov (predbežnej, priebežnej a následnej) sú stanovené v Aktualizovaných Postupoch pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov ES.

6.1 	Kontrola fyzickej realizácie projektu
Kontrola fyzickej realizácie projektu vykonávaná riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom podľa článku 4 nariadenia EK č. 2001/438/ES je súčasťou úkonov predbežnej finančnej kontroly podľa § 9 zákona č. 502/2001 Z. z. v znení zákona č. 618/2004 Z. z.
Pri kontrole fyzickej realizácie projektu sa overuje oprávnenosť nárokovaných výdavkov a skutočné dodanie tovarov, služieb a prác na mieste.
Kontrola fyzickej realizácie projektu  zahŕňa administratívnu kontrolu a kontrolu na mieste. 
Konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný pred vykonaním platby za dodané výrobky a služby dodávateľovi vykonať vecnú a formálnu kontrolu každého účtovného dokladu (v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov).

6.2 	Následná finančná kontrola
Následná finančná kontrola operácií štrukturálnych fondov sa vykonáva v zmysle všeobecne záväzných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv.

Minimálne 5 % vzorková kontrola operácií štrukturálnych fondov
Následné finančné kontroly projektov štrukturálnych fondov sa vykonávajú ako minimálne 5% vzorkové kontroly.
Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR  je  v zmysle ustanovenia § 3 písm. a) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. zodpovedná  za koordináciu plánovania a výkonu minimálnej 5% vzorkovej kontroly operácií štrukturálnych fondov.
Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly zostavuje zameranie a plán následných finančných kontrol projektov spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov v spolupráci s príslušnými kontrolnými útvarmi zapojenými do následnej finančnej kontroly štrukturálnych fondov. Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly vykonáva min. 5% vzorkové kontroly v spolupráci s útvarmi následnej finančnej kontroly príslušných ministerstiev, resp. PPA a so správami finančnej kontroly. Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly môže v rámci právomoci koordinácie plánovania a výkonu min. 5% vzorkovej kontroly a v zmysle ustanovenia § 23 zákona vytvárať kontrolné skupiny, členmi ktorých sú zamestnanci iných zainteresovaných rezortov a správ finančnej kontroly. V prípade vytvorenia takejto zmiešanej kontrolnej skupiny sú všetci členovia kontrolnej skupiny povinní riadiť sa pokynmi vedúceho kontrolnej skupiny. V prípade realizovania kontrolnej akcie, pri ktorej sa overujú skutočnosti rovnakého predmetu kontroly vo viacerých kontrolovaných subjektoch súčasne, vykonávajú kontrolnú akciu minimálne dve kontrolné skupiny riadené vedúcimi kontrolných skupín, ktorí sú povinní riadiť sa pokynmi vedúceho kontrolnej akcie. 
Útvary vykonávajúce min. 5% vzorkové kontroly musia byť organizačne a funkčne oddelené od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky a výkonu platieb na platobnom orgáne.
Pri vykonávaní min. 5% vzorkovej kontroly sú kontrolné orgány povinné postupovať v súlade s ustanoveniami § 11 až § 25 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. Kontrolné orgány spolupracujú v prípade potreby v zmysle ustanovenia § 7 ods. (2) uvedeného zákona s oprávnenými zamestnancami Európskej komisie .
Správy a záznamy o výsledku min. 5% vzorkovej kontroly predkladajú kontrolné orgány bezodkladne sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR.
Ročné správy o výsledkoch následných finančných kontrol zahŕňajúce aj prostriedky spolufinancovania zo štrukturálnych fondov predkladajú kontrolné orgány sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR.
Ostatné náležitosti vykonávania minimálnej 5% vzorkovej kontroly sú uvedené v Postupoch pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
6.3 Vnútorný audit	
Podľa čl. 10 nariadenia EK č. 2001/438/ES je členský štát povinný vykonávať overovanie a hodnotenie systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov (systémový audit).
Sekcia systému verejnej vnútornej finančnej kontroly je zodpovedná za koordináciu plánovania a výkonu audítorských akcií (vrátane systémového auditu) štrukturálnych fondov, ktoré vykonáva v spolupráci s útvarmi vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých je zriadený riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, platobný orgán, a v spolupráci s útvarom vnútorného auditu PPA.
Vnútorný audit prostriedkov a systémov štrukturálnych fondov sa vykonáva podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. a príslušných  metodických predpisov publikovaných vo Finančnom spravodajcovi MF SR.
Správy o výsledkoch vnútorného auditu predkladá audítor štatutárnemu orgánu auditovaného subjektu, príslušnému vedúcemu ústredného orgánu štátnej správy a sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR, ktoré  predkladá  platobnému orgánu pre štrukturálne fondy  prehľad vykonaných auditov týkajúcich sa štrukturálnych fondov a na vyžiadanie správy o vykonaných systémových auditoch.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka predkladajú správy o výsledku vnútorného auditu a správy o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov alebo príslušným generálnym riaditeľstvom EK platobnému orgánu pre štrukturálne fondy.
Ročné správy o činnosti útvaru vnútorného auditu, resp. o činnosti audítora za predchádzajúci kalendárny rok, zahŕňajúce aj informácie o vykonaných auditoch prostriedkov a systémov štrukturálnych fondov sú útvary vnútorného auditu, resp. vnútorní audítori povinní predložiť v stanovenom termíne sekcii systému verejnej vnútornej finančnej kontroly MF SR.   
6.4 Ukončenie pomoci zo štrukturálnych fondov
Za vystavenie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov príslušného programového dokumentu zodpovedá Najvyšší kontrolný úrad SR.  
Vystavenie vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov je nutnou podmienkou pre zaslanie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Toto vyhlásenie sa vystavuje pri ukončení programového obdobia a následne predkladá Európskej komisii do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu.
Vystavovanie vyhlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním tohto vyhlásenia realizuje svoju činnosť v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardmi;
2.	riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány poskytujú orgánu vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci;
3.	vyhlásenie je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby;
2.	orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny a príslušné transakcie sú zákonné a správne;
3.	súčasťou vyhlásenia je správa obsahujúca všetky odpovedajúce údaje, z ktorých prehlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nálezov všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým má orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci prístup;
4.	v prípade existencie závažných nedostatkov v riadení alebo kontrole alebo značný výskyt zistených nezrovnalostí neumožnia poskytnúť celkovú záruku platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného overenia výdavkov, vo vyhlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
5.	v prípade, že existujú vážne prekážky pri vypracovaní vyhlásenia, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR. Informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení;
6.	ak je následne EK vyhlásenie zaslané, obsahuje opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.
Detailné postupy kontrolnej činnosti počas trvania programu a vydávania vyhlásení o ukončení pomoci sú rozpracované v interných metodických dokumentoch NKÚ SR.

6.5   Externý audit
Nakoľko zapojenie do riadenia štrukturálnych fondov zahŕňa veľké množstvo subjektov, výkon auditu môžu zabezpečovať viaceré orgány, ktoré zahrnujú:
-	Európsky dvor audítorov (externý audit Európskej komisie),
-	audit príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie,
-	súkromné audítorské firmy.
Európsky dvor audítorov je nezávislou inštitúciou, ktorej úlohou je podporovať Európsky parlament a Radu Európskej únie pri vykonávaní ich právomocí v oblasti kontroly realizácie rozpočtu. V rámci svojej činnosti Dvor vo vzťahu k štrukturálnym fondom vykonáva systémový a finančný audit v inštitúciách Európskej komisie, ako aj v členských štátoch na orgánoch zodpovedných za realizáciu pomoci z ES.  
K najdôležitejším úlohám Európskeho dvoru audítorov patrí preverenie:
a)	účtov všetkých príjmov a výdavkov ES;
b)	či výdavky boli prijaté a realizované zákonným spôsobom;
c)	či finančné riadenie je správne.
Každé z generálnych riaditeľstiev Európskej komisie zodpovedné za riadenie štrukturálnych fondov má zriadený útvar auditu. Hlavným cieľom auditov realizovaných útvarmi auditu generálnych riaditeľstiev Európskej komisie je určiť:
a)	do akej miery má členský štát vytvorené vhodné riadiace a kontrolné systémy a do akej miery tieto systémy spĺňajú požiadavky na správnosť a zákonnosť operácií;
b)	správnosť deklarovaných výdavkov Európskej komisii;
c)	výšku neoprávnených výdavkov v prípadoch, keď sa dokázalo, že riadiace a kontrolné systémy členského štátu sú nevhodné.
Za účelom vykonania externého auditu môže ktorýkoľvek subjekt zúčastňujúci sa finančného riadenia štrukturálnych fondov, vrátane konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, uzatvoriť zmluvu so súkromnou audítorskou firmou. Externý audit týchto subjektov môže vykonať súkromná audítorská firma zo SR alebo zo zahraničia.