Obsah

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
2. Základné definície a pojmy
3. Subjekty a ich zodpovednosti
3.1 Riadiaci orgán
3.2 Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
3.3 Platobný orgán
3.4 Platobná jednotka
3.5 Monitorovací výbor pre Kohézny fond
3.6 Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci
3.7 Sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR
3.8 Útvary kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu Kohézneho fondu
3.9 Správy finančnej kontroly
3.10 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.11 Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu KF
3.12 Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
4. Financovanie z Kohézneho fondu
4.1 Podpora z Kohézneho fondu
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov z Kohézneho fondu
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a rozpočtové záväzky EÚ
4.4 Platby z Európskej komisie
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán - platobná jednotka
4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - konečný prijímateľ
4.5.4 Platby vo vzťahu konečný prijímateľ - zhotoviteľ/dodávateľ
4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov konečným prijímateľom
4.6 Odhad očakávaných výdavkov
4.7 Systém účtov
4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.8.1 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch z verejnej správy
4.8.2 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
4.9 Certifikácia
4.10 Nezrovnalosti
4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov
4.10.3 Vylúčenie z financovania pomoci EÚ
4.11 Účtovníctvo
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
5. Monitorovanie a elektronická výmena informácií
6. kontrola a audit
6.1 Vládny audit
6.2 Ukončenie pomoci
6.3 Externý audit
7. prílohy

Koncepcia systému finančného riadenia Kohézneho fondu

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Koncepcia systému finančného riadenia Kohézneho fondu je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev, Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Rámcová dohoda medzi EK a vládou SR o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, ktoré vyplývajú z Nariadenia Rady č. 3906/89/EHS z 18.12.1989 ako aj jeho dodatku Nariadenia Rady 1764/93/EHS
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi ES a ich členskými štátmi na jednej strane a SR na strane druhej podpísaná dňa 4.10.1993
•	Proces rozširovania a podmienky prijatia nových členov sú upravené v základných dokumentoch EÚ ako Agenda 2000, Biela kniha (Whitepaper) a Partnerstvo pre vstup
b)	Základné právne predpisy EÚ
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1164/1994 zo 16.mája 1994 ustanovujúce KF
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1264/1999, ktoré mení a dopĺňa Nariadenie Rady (ES) č. 1164/1994 z 21. júna 1999
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1265/1999, ktoré mení a dopĺňa prílohu II Nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994 z 21. júna 1999
•	Rozhodnutie EK (ES) č. 455/1996 z 25. júna 1996 týkajúce sa opatrení pre informovanie a zverejňovanie, ktoré budú musieť vykonávať členské štáty a EK v súvislosti s aktivitami KF podľa Nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1386/2002 ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci KF a postupy pre vykonávanie finančných opráv
•	Nariadenie EK (ES) č. 1831/1994 o nezrovnalostiach a spätnom získavaní súm neoprávnene vyplatených v súvislosti s financovaním KF a organizácie informačného systému v tejto oblasti z 26. júla 1994
•	Nariadenie EK (ES) č. 2168/2005, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Komisie (ES) č. 1831/1994 o nezrovnalostiach a spätnom získaní súm neoprávnene vyplatených v súvislosti s financovaním Kohézneho fondu a o organizácii informačného systému v tejto oblasti
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2988/1995 o ochrane finančných záujmov ES z 18. decembra 1995
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných EK za účelom ochrany finančných záujmov ES pred spreneverou a inými podvodmi
Nariadenia upravujúce oprávnenosť výdavkov
•	Nariadenie EK (ES) č. 16/2003, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie Nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994 ohľadne oprávnenosti výdavkov v kontexte opatrení čiastočne financovaných z KF
Nariadenia upravujúce všeobecný rozpočet EÚ
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 z 25. júna 2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Komisie (ES) č. 2342/2002 z 23. decembra 2002 ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet ES
c)	Základné právne predpisy SR
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 523/2003 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene zákona č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona 606/2004 Z. z
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov

2. Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia Kohézneho fondu sa rozumie:
1.	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci z KF na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
2.	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly KF.
3.	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný projekt podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí neoddeliteľnú prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu.
4.	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti –Fraud office, ďalej len „OLAF“) – inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov EÚ, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nezákonným aktivitám.
5.	Kohézny fond - finančný nástroj EÚ určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 90 % priemeru EÚ 25. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
6.	Konečný prijímateľ - orgán, organizácia, právnická osoba alebo administratívna jednotka, ktorá má prospech z projektu KF.
7.	Monitorovací výbor pre Kohézny fond – orgán zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii jednotlivých projektov KF, ktorý je zložený zo zástupcov EK, riadiaceho orgánu, platobného orgánu, implementačných orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, medzinárodných finančných a úverových inštitúcií a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca menovaný riadiacim orgánom.
8.	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva.
9.	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov a výdavkov konečného prijímateľa v súlade s právnymi predpismi Európskeho spoločenstva a SR, a ktoré boli vynaložené v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám EÚ (Nariadenie Komisie (ES) č. 16/2003, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie Nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994 ohľadne oprávnenosti výdavkov súvisiacich s opatreniami spolufinancovanými z KF).
10.	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci z Kohézneho fondu - nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci z KF, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu EK. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci z KF Najvyšší kontrolný úrad SR.
11.	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy zodpovedná za prevod prostriedkov z KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou konečnému prijímateľovi. Platobnú jednotku určuje vláda SR v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
12.	Platobný orgán - orgán menovaný členským štátom pre účely vypracovania a predkladania žiadostí o platby a prijímanie platieb od EK. Platobný orgán zodpovedá za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby Európskej komisie. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy platobného orgánu Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
13.	Prehlásenie o overení - dokument vypracovaný sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom potvrdzujúci, že čiastky deklarované konečným prijímateľom sú oprávnené.
14.	Riadiaci orgán - orgán zodpovedný za všeobecné riadenie a koordináciu operácií KF na národnej úrovni. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy riadiaceho orgánu Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR.
15.	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
16.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - orgán zriadený ako samostatný útvar na vecne príslušnom ministerstve (Ministerstvo životného prostredia SR a Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR), ktorý zodpovedá za riadenie  KF za príslušnú oblasť (doprava alebo životné prostredie) a vykonáva určité úlohy delegované z riadiaceho orgánu. Zodpovedá za posudzovanie, hodnotenie, výber a predkladanie projektov životného prostredia, resp. dopravnej infraštruktúry a vypracovanie finančných plánov pre projekty KF. Rozsah a definovanie delegovaných úloh je v kompetencii riadiaceho orgánu.
17.	Systém finančného riadenia - komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, prostredníctvom ktorých sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, používanie pomoci, účtovanie, výkazníctvo, platby konečným prijímateľom, sledovanie finančných tokov, kontrola a overovanie pri realizácii pomoci z Kohézneho fondu.
18.	Štátna pokladnica - orgán štátnej správy zriadený v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov.
19.	Vládny audit – nezávislá, objektívna, overovacia, hodnotiaca a uisťovacia činnosť, ktorá je zameraná najmä na:
a.	overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly programov realizovaných v rámci KF, ktoré sa vykonáva ako systémový audit,
b.	overenie deklarovaných výdavkov EK na vhodnej vzorke operácií, ktoré sa vykonáva ako audit operácií.
20.	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn oprávnených výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný platobným orgánom a tvorí prílohu k  žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK.
21.	Účtovný doklad - doklad definovaný v  § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve  v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí konečného prijímateľa o platbu a žiadostí konečného prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v ods. 1 písm. a), b), c), d) a f).
22.	Zmluva s KP - zmluva o podpore projektu financovaného z KF a štátneho rozpočtu. Uzatvárajú sa tri typy zmlúv:
-	Zmluva o poskytnutí finančného príspevku a implementácii projektu KF v rámci sektora životného prostredia. Zmluva sa uzatvára medzi MŽP SR  a konečným prijímateľom,
-	Zmluva o implementácii a financovaní projektu železničnej infraštruktúry. Zmluva sa uzatvára medzi MDPT SR a konečným prijímateľom (ŽSR),
-	Zmluva o implementácii a financovaní projektu cestnej infraštruktúry. Zmluva sa uzatvára medzi MDPT SR a konečným prijímateľom (NDS).
23.	Žiadosť o platbu KP – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a povinných príloh, na základe ktorého sú konečnému prijímateľovi uhrádzané prostriedky Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v príslušnom pomere. V prípade výdavkov nad rámec záväzku EK definovaného vo finančnom memorande, v rozhodnutí EK, resp. v prípade projektov Kohézneho fondu v sektore životného prostredia nad rámec garantovaného výmenného kurzu 38 SKK/EUR je pre platobný orgán relevantným dokumentom na zaradenie výdavkov do žiadosti o záverečnú platbu zoznam faktúr.

3. Subjekty a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia projektov KF sú zapojené nasledovné subjekty:
-	riadiaci orgán,
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	platobný orgán,
-	platobné jednotky,
-	monitorovací výbor.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
-	orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci,
-	sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR (ďalej len „sekcia auditu a kontroly“),
-	kontrolné útvary ministerstiev,
-	Správy finančnej kontroly (SFK),
-	útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky,
-	orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov KF je náležité oddelenie riadiacej funkcie, platobnej a kontrolnej funkcie.

Inštitucionálne usporiadanie riadiaceho orgánu a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pre KF
RIADIACI ORGÁN	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Sekcia stratégie rozvoja regiónov
Odbor riadenia programov
Samostatné oddelenie kontroly riadenia programov	
SPROSTREDKOVATEĽSKÝ ORGÁN POD RIADIACIM ORGÁNOM	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Sekcia riadenia projektov	Ministerstvo životného prostredia SR
Sekcia environmentálnych programov a projektov	

3.1 Riadiaci orgán
Za riadiaci orgán pre Kohézny fond bolo uznesením vlády SR č. 678/2002 určené Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky. 
Riadiaci orgán  vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:
•	vypracovanie strategického programového dokumentu pre KF vrátane finančného plánu pre obdobie 2004 – 2006 a indikatívneho zoznamu projektov;
•	koordináciu súladu pomoci z KF s politikami EÚ a pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie pre projekty KF;
•	programovanie, posudzovanie žiadostí o podporu z KF a výber projektov KF na základe Stratégie Slovenskej republiky pre KF 2004 – 2006;
•	uzatvorenie Splnomocnenia o delegovaní právomocí medzi riadiacim orgánom a sprostredkovateľským orgán pod riadiacim orgánom a jeho predloženie platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	overovanie výkonu úloh delegovaných riadiacim orgánom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom v splnomocnení o delegovaní právomocí;
•	dodatočne overiť verejné obstarávanie projektov KF v procese ukončovania a zaslať správu zo spätného overenia verejného obstarávania týchto prostriedkov platobnému orgánu a Najvyššiemu kontrolnému úradu do 30.04., resp. 31.10. príslušného roka;
•	metodické riadenie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom;
•	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu a sekcii auditu a kontroly v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovedného vedúceho, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;
•	vykonávanie činností sekretariátu Monitorovacieho výboru pre KF a predsedanie jeho rokovaniam;
•	monitorovanie implementácie projektov KF a vykonávanie ostatných činností v súvislosti s monitorovaním;
•	zabezpečovanie aktualizácie a vývoja ITMS podľa aktuálnych potrieb v oblasti programovania; v oblasti finančného riadenia v spolupráci s MF SR;
•	predkladanie správ o realizácii projektu KF k 30.06. a 31.12. Európskej komisii po ich schválení Monitorovacím výborom pre KF;
•	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10.1 vrátane aktualizácie údajov o zistenej nezrovnalosti v ITMS;
•	riešenie zistených nezrovnalostí a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo väzbe na vrátenie finančných prostriedkov s konečným prijímateľom alebo systémové nezrovnalosti);
•	oznamovanie Európskej komisii v osobitnej správe prípady nezrovnalostí, u ktorých nie je možné sumu vo výške nezrovnalosti vymôcť, ani nemožno predpokladať, že suma vo výške nezrovnalosti bude vrátená, najmä o výške sumy a o dôležitých skutočnostiach nariadenia Komisie (ES) č. 1831/1994 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 2168/2005. O zaslaní osobitnej správy Európskej komisii riadiaci orgán informuje bezodkladne platobný orgán;
•	informovanie platobného orgánu k 31. januáru kalendárneho roka o všetkých prípadoch nezrovnalostí podľa nariadenia Komisie (ES) č. 1831/1994 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 2168/2005, ktoré boli riadiacim orgánom zaslané Európskej komisii alebo o skutočnosti, že neeviduje žiadne takéto prípady;
•	vykonávanie finančných opráv na projekty;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS;
•	predkladanie správ o výsledku vládneho auditu riadiaceho orgánu a správ o  výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu na každej úrovni riadenia KF;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a kontrolu pomoci EÚ minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi;
•	na základe podkladov prijatých od sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom predkladanie návrhov na realokáciu zdrojov štátneho rozpočtu medzi jednotlivými projektmi KF vláde SR.
Riadiaci orgán splnomocní na výkon niektorých svojich funkcií sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom. Rozsah týchto úloh je stanovený v  splnomocnení o delegovaní právomocí medzi týmito orgánmi. Celková zodpovednosť za zabezpečenie výkonu operácií a ich správnosti v rámci projektov KF zostáva na riadiacom orgáne.

3.2 Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú útvary zriadené v rámci organizačnej štruktúry Ministerstva životného prostredia SR za sektor životného prostredia a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR za sektor dopravy. Za Ministerstvo životného prostredia SR vykonáva túto funkciu sekcia environmentálnych programov a projektov. Funkciu sprostredkovateľského orgánu v rámci Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR zabezpečuje sekcia riadenia projektov.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je zodpovedný za plnenie úloh, ktoré mu boli stanovené splnomocnením o delegovaní právomocí. Vzhľadom k tomu, že sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom sa svojou mierou podieľa na finančnom riadení projektov KF, úlohy a aktivity sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, ktoré nie sú uvedené v splnomocnení o delegovaní právomocí, a to najmä z oblasti finančného riadenia, vykonáva sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom tak, ako mu ukladá táto Koncepcia a v súlade s usmerneniami vydanými platobným orgánom.
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú vo vzťahu k finančnému riadeniu zodpovedné najmä za:
•	vypracovanie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnú smernicu ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu, riadiacemu orgánu a sekcii auditu a kontroly v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovedného vedúceho, a to do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;
•	prijímanie a schvaľovanie projektov konečných prijímateľov;
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	overovanie podľa čl. 4 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola žiadosti o platbu, ktorá zahrňuje:
a)	administratívnu kontrolu,
b)	kontrolu na mieste podľa potreby;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti o platbu:
a)	formálnu kontrolu, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti o platbu;
b)	vecnú kontrolu, ktorá zahrňuje: 
i.	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov,
ii.	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu(kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek,
iii.	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou EÚ týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
a)	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb,
b)	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa,
c)	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK č. 2002/1386/ES, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t.j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	zasielanie kópie Zmlúv so zhotoviteľom a dodávateľom na platobnú jednotku;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa o platbu;
•	vystavenie prehlásenia o overení a predloženie spolu so žiadosťou o platbu platobnej jednotke ;
•	predkladanie žiadostí o zmenu alebo doplnenie rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci z KF na platobný orgán a následne na riadiaci orgán;
•	predkladanie žiadostí o realokáciu zdrojov štátneho rozpočtu medzi jednotlivými projektmi KF v sektore životného prostredia na platobný orgán a následne na riadiaci orgán. Ide o finančné prostriedky nepoužité na financovanie výdavkov konečného prijímateľa nad rámec rozhodnutia EK v EUR, ale v rámci rozhodnutia EK v EUR prepočítaného kurzom 38 SKK / EUR;
•	vypracovanie stanoviska sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania a jeho predloženie platobnej jednotke za účelom zaslania stanoviska platobnému orgánu v lehote stanovenej platobnou jednotkou;
•	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenej v časti 4.10.1 vrátane aktualizácie údajov o zistenej nezrovnalosti v ITMS;
•	predkladanie kópií dokumentov identifikujúcich vrátenie finančných prostriedkov na mimorozpočtový účet MF SR platobnému orgánu (žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov);
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných finančných kontrol,  sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo vládneho auditu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu implementačného orgánu platobnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy s konečným prijímateľom za účelom zachovania povahy projektov a maximálne 5 rokov od prijatia záverečnej platby z EK;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a kontrolu pomoci EÚ minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi;
•	účasť na rokovaniach Monitorovacieho výboru pre KF.

3.3 Platobný orgán
Funkciou platobného orgánu bolo v zmysle uznesenia vlády SR č.133 z 13. februára 2002 poverené Ministerstvo financií SR. V rámci MF SR zabezpečuje túto funkciu sekcia európskych a medzinárodných záležitostí.
Platobný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu KF zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sekcii auditu a kontroly vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovedného vedúceho, a to do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;
•	koordináciu systému finančného riadenia KF;
•	koordináciu platobných jednotiek, riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom v oblasti finančného riadenia KF;
•	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu;
•	metodické usmerňovanie platobných jednotiek, riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pri finančnom riadení KF;
•	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením a kontrolou KF na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
•	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie;
•	vypracovanie zmien v Koncepcii systému finančného riadenia KF a  ich predkladanie ministrovi financií, príp. vláde SR na schválenie;
•	poskytovanie výnimiek z Koncepcie systému finančného riadenia KF na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí riadiaceho orgánu/sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom zapojených do finančného riadenia KF adresovaných ministrovi financií;
•	zriadenie a spravovanie mimorozpočtových účtov pre príjem a prevod prostriedkov EÚ v Štátnej pokladnici;
•	zostavenie a zaslanie žiadostí o zálohovú, priebežnú a záverečnú platbu spolu s výkazom výdavkov Európskej komisii na základe čiastkových výkazov výdavkov predložených platobnými jednotkami;
•	koordináciu pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	predbežnú finančnú kontrolu súhrnnej žiadosti o platbu, ktorá zahrňuje:
a)	administratívnu kontrolu,
b)	priebežné certifikačné overovanie;
•	v rámci administratívnej kontroly:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
-	vecnú kontrolu, ktorá zahrňuje kontrolu správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
•	certifikačné overenie na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti,
-	boli vykonané kontroly dodania spolufinancovaných tovarov, služieb a prác,
-	nárokované výdavky sú reálne,
-	sa postupovalo v súlade so záväznými právnymi predpismi EÚ a SR a ostatnými záväznými dokumentmi,
-	existuje overiteľná podporná dokumentácia,
-	sa uchováva a dodržiava audit trail;
•	v prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti s finančným dopadom na každej z overovaných úrovní má platobný orgán oprávnenie pozastavenia platieb prostriedkov EÚ pre príslušný projekt KF;
•	vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi. Platobný orgán oznámi nezrovnalosť orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov a v kópii sekcii auditu a kontroly v rámci štvrťročného hlásenia nezrovnalostí OLAF EK;
•	zostavenie, certifikácia a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii ako súčasť žiadosti o priebežnú, záverečnú platbu na základe čiastkových výkazov výdavkov a schválených súhrnných žiadostí o platbu predložených platobnými jednotkami;
•	príjem prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty Ministerstva financií SR;
•	prevod finančných prostriedkov KF z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmový účet príslušného ministerstva na základe schválenej súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
•	prevod finančných prostriedkov KF konečnému prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky;
•	zostavenie a predloženie odhadu čerpania očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom každý rok do 30. apríla;
•	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov KF pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
•	finančné opravy prostriedkov KF na základe požiadaviek Európskej komisie;
•	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	vypracovanie a predkladanie orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov/Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR na Úrade vlády SR podkladov k štvrťročným správam o nezrovnalostiach (správy o zistených nezrovnalostiach);
•	vypracovanie a predkladanie Európskej komisii vždy do 31. marca ročný výkaz vrátených neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov čakajúcich na vymoženie a výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť;
•	zavedenie jednotného systému účtovníctva pre platobný orgán a platobné jednotky (Informačného systému pre účtovanie fondov – ISUF), vrátane zabezpečenia jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jednotky;
•	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu systémov ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému prostredníctvom odboru integrovanej podpory MF SR;
•	vedenie účtovníctva a výkazníctva;
•	vedenie knihy dlžníkov v súlade s článkom 7 Nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002;
•	sledovanie, či riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky vykonali nápravné opatrenia v nadväznosti na vykonané externé audity, vnútorné audity, vládne audity a kontroly týchto orgánov;
•	účasť na rokovaniach Monitorovacieho výboru pre KF;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a kontrolu pomoci EÚ minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi.

3.4 Platobná jednotka
Základnou úlohou platobných jednotiek je v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly.
Funkciu platobných jednotiek vykonávajú samostatné útvary v rámci rezortných ministerstiev – Ministerstva životného prostredia SR a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR.
inštitúcia	Organizačná zložka	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	sekcia rozpočtu a vnútornej správy - odbor rozpočtu a financovania	
Ministerstvo životného prostredia SR	sekcia environmentálnych programov a projektov – odbor financovania a platieb projektov	
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu KF zabezpečujú:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu a sekcii auditu a kontroly v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovedného vedúceho, a to do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;
•	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
•	vykonávanie predbežnej finančnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa kontrolu formálnej správnosti dokumentov predložených sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, kontrolu súladu žiadostí o platbu s finančným plánom projektu a s rozpočtovým limitom pre daný projekt;
•	prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie  konečným prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov systémom predfinancovania alebo refundácie;
•	vypracovanie stanoviska platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania súhrnnej žiadosti o platbutýkajúcich sa platobnej jednotky;
•	písomné predkladanie stanovísk sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania v lehote stanovenej platobným orgánom;
•	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov platobnému orgánu v stanovených termínoch;
•	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a platieb spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	vedenie výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti vrátane jej aktualizácií platobnému orgánu konečnému prijímateľovi4, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom3 v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10.1 a oznámenie príslušnému útvaru následnej finančnej kontroly;
•	predkladanie kópií dokumentov identifikujúcich vrátenie finančných prostriedkov na účet MF SR na platobný orgán (žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov);
•	predkladanie správ o výsledkoch vykonaných kontrol platobnej jednotky subjektmi, okrem tých, ktoré vykonávajú vzorkovú kontrolu, platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na platobnej jednotke a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a kontrolu pomoci EÚ minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi.

3.5 Monitorovací výbor pre Kohézny fond
Monitorovací výbor pre Kohézny fond (ďalej len „výbor“) je orgán monitorovania implementácie projektov spolufinancovaných z Kohézneho fondu, zriadený v súlade s článkom F Prílohy II nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994, ktorým sa zakladá Kohézny fond v platnom znení. Týmto, v zmysle princípu partnerstva, prostredníctvom svojich členov, prezentuje verejný záujem na sociálno-ekonomickej súdržnosti v rámci Slovenskej republiky.
Monitorovací výbor zasadá minimálne dvakrát ročne.
Monitorovací výbor pre KF je zodpovedný predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	monitoruje projekty podľa pravidiel stanovených v rozhodnutí Európskej komisie o poskytnutí pomoci,
•	prejednáva a schvaľuje návrhy na zmenu obsahu Rozhodnutia komisie o poskytnutí pomoci z KF,
•	prerokúva a schvaľuje správu o realizácii projektu, ktorá sa vypracováva k 30.06. a 31.12., pred jej predložením Komisii,
•	skúma efektívnosť využívania prostriedkov KF a navrhuje príslušné opatrenia,
•	informuje médiá v súlade s čl. 10 a 11 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 621/2004,
•	posudzuje a schvaľuje záverečnú správu o ukončení projektu pred jej predložením Komisii,
•	schvaľuje Rokovací poriadok Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond.

3.6 Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci
Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci z KF pre jednotlivé projekty, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na obdržanie záverečnej platby z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobných jednotiek a platobného orgánu.
Najvyšší kontrolný úrad SR v pozícii orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení pomoci vykonáva kontroly podľa medzinárodne akceptovaných kontrolných štandardov ISAs (IFAC) a INTOSAI.

3.7 Sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR
Sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR je vo vzťahu ku KF zodpovedná najmä za:
•	vypracovávanie  návrhov všeobecne záväzných právnych predpisov pre oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu a vládneho auditu v súlade s platnou legislatívou EÚ, vypracovávanie metodických  predpisov pre oblasť finančnej kontroly, vnútorného auditu a vládneho auditu;
•	vypracovanie ročného plánu vládnych auditov na príslušný kalendárny rok;
•	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával s cieľom overiť:
o	účinnosť fungovania systémov riadenia a kontroly projektov Kohézneho fondu (systémový audit).
o	 výdavky deklarované EK na vhodnej vzorke operácií (audit operácií);
•	vyhodnocovanie ročných správ o výsledkoch následných finančných kontrol, vnútorných auditov a vládnych auditov a vypracovanie súhrnnej správy o výsledkoch následných finančných kontrol, vnútorných auditov a vládnych auditov v termíne podľa osobitného predpisu, ktorá sa predkladá vláde SR a orgánom EK;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy zamestnancov ministerstva a ostatných orgánov verejnej správy v oblasti finančnej kontroly, vnútorného auditu a vládneho auditu podľa osobitného predpisu;
•	notifikáciu všeobecne záväzných právnych predpisov preberajúcich právne akty EÚ za oblasť finančnej kontroly, vnútorného  a vládneho auditu;
•	vypracovanie stratégie auditu prostriedkov KF v Slovenskej republike;
•	spracovanie a vyhodnotenie výsledkov ukončených vládnych auditov, ktoré sú predmetom koordinácie využitím údajov od všetkých koordinovaných kontrolných orgánov a ich predkladanie v stanovených termínoch na ďalšie využitie určeným príjemcom vrátane platobného orgánu;
•	zabezpečenie prípravy podkladov pre relevantné inštitúcie v oblasti IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond pre modul kontrola a audit;
•	vypracovanie a predkladanie správy Európskej komisii podľa článku 12 nariadenia EK (ES) č. 1386/2002, ktorá zahrňuje informáciu o overení účinnosti uplatňovaných riadiacich a kontrolných systémov a o vykonaných vládnych auditoch za projekty KF, a to najneskôr do 30. júna za predchádzajúci rok. Správa rovnako zahrňuje informáciu o prípadných zmenách opisu riadiacich a kontrolných systémov predložených EK podľa článku 5 nariadenia EK (ES) č. 1386/2002;
•	uchovávanie a zabezpečenie archivácie obdržaných výsledných materiálov z následných finančných kontrol, vnútorných a vládnych auditov a ostatných relevantných dokumentov;
•	výkon metodického dohľadu nad orgánmi podieľajúcimi sa na vykonávaní vládneho auditu;
•	riadenie vládnych auditov, poskytovanie konzultačnej  a poradenskej činnosti pri výkone vládnych auditov;
•	plnenie úloh vyplývajúcich z Administratívnych dohôd uzavretých medzi SR a EK a z Homologickej skupiny pre finančnú kontrolu;
•	spoluprácu v rozsahu svojich kompetencií so správami finančnej kontroly, kontrolnými útvarmi príslušných ministerstiev, Najvyšším kontrolným úradom, externými audítormi, so zástupcami EK, Európskym dvorom audítorov a OLAF pri EK a s ostatnými národnými a nadnárodnými orgánmi v záležitostiach finančnej kontroly a ochrany finančných záujmov EÚ;
•	plnenie povinností podľa čl. 9 nariadenia EK (ES) č. 1386/2002, t. j. zabezpečenie vykonávania vládnych auditov celkových oprávnených výdavkov príslušného projektu pred ukončením pomoci a zabezpečenie vykonávania systémového auditu prostriedkov KF zameraných na overovanie efektívnosti účinnosti, fungovania systémov riadenia a kontroly pre projekty v spolupráci s relevantnými orgánmi SR a EK;
•	informovanie platobného orgánu o  vládnych auditoch a kontrolách nad rámec plánu vládnych auditov vykonaných správami finančnej kontroly;
•	spoluprácu s platobným orgánom a orgánom zabezpečujúcim ochranu finančných záujmov EÚ v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov EÚ;
•	predkladanie správ zo všetkých vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí vykonaných orgánom auditu, resp. orgánmi zúčastnenými na vykonávaní vládneho auditu a prizvanými osobami (v elektronickej forme) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny platobnému orgánu, riadiacemu orgánu bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia čiastkovej správy z auditu/ správy z vládneho auditu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnymi auditmi a zistenými nezrovnalosťami v ITMS a CEDIS;
•	v prípade, ak výsledok vládneho auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov odovzdá kontrolór/audítor správu o výsledku vládneho auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	informovanie platobného orgánu o kontrolných zisteniach a identifikovaných nezrovnalostiach z vykonaných vládnych auditov a auditov mimo plánu vládnych auditov vykonaných správami finančnej kontroly v dohodnutej štruktúre k poslednému dňu v mesiaci;
•	evidovanie právoplatných rozhodnutí v správnom konaní, informácií o povinnostiach odvodov prostriedkov, penále a pokutách uložených na základe zistení a identifikovaných nezrovnalostí z vládnych auditov a vrátených prostriedkoch do dňa ukončenia vládnych auditov, ktoré sú predmetom koordinácie. Tieto dokumenty a prehľady zasiela v zmysle dohodnutého postupu v stanovených termínoch a štruktúre sekcii európskych a medzinárodných záležitostí.

3.8 Útvary kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu Kohézneho fondu
Útvary kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky, zabezpečujú:
•	výkon vládneho auditu celkových oprávnených výdavkov projektov KF pred ukončením pomoci v súlade s plánom vládnych auditov schváleným sekciou auditu a kontroly MF SR;
•	v prípade, ak výsledok vládneho auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov odovzdá kontrolór/audítor správu o výsledku vládneho auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	v prípade potreby členstvo v audítorských skupinách a na vládnych auditoch vedených zamestnancami sekcie auditu a kontroly MF SR;
•	predkladanie správ zo všetkých  vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí vykonaných útvarmi kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu Kohézneho fondu (v elektronickej forme) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny platobnému orgánu, riadiacemu orgánu/ sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia správy z vládneho auditu;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnym auditom a zistenými nezrovnalosťami v systéme ITMS a CEDIS.
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo životného prostredia SR a Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR.

3.9 Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly - rozpočtové organizácie MF SR so sídlom v Bratislave, vo Zvolene a Košiciach zriadené podľa zákona č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov.
Správy finančnej kontroly vo vzťahu ku KF plnia najmä nasledovné úlohy:
•	vykonávanie vládnych auditov celkových oprávnených výdavkov príslušného projektu pred ukončením pomoci v súlade s plánom vládnych auditov schváleným sekciou auditu a kontroly MF SR;
•	pri výkone vládneho auditu oprávnených výdavkov príslušného projektu KF postupujú podľa platného znenia Postupov pre vládny audit štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo;
•	v prípade, ak výsledok vládneho auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov odovzdá kontrolór/audítor správu o výsledku vládneho auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	v prípade potreby členstvo v audítorských skupinách vedených zamestnancami sekcie auditu a kontroly MF SR, resp. útvarmi následnej finančnej kontroly ostatných ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu KF;
•	predkladanie správ z vykonaných vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí (na základe predloženej správy o zistenej nezrovnalosti) sekcii auditu a kontroly MF SR, platobnému orgánu, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní;
•	predkladanie správ o auditoch vykonaných nad rámec plánu vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí (na základe predloženej správy o zistenej nezrovnalosti) sekcii auditu a kontroly MF SR, platobnému orgánu, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní;
•	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnym auditom a zistenými nezrovnalosťami v systéme ITMS a CEDIS;
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k vydaným rozhodnutiam v správnom konaní plnia najmä nasledovné úlohy:
•	ukladanie a vymáhanie odvodov, penále a pokút za porušenie finančnej disciplíny pri použití prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom;
•	aktualizovanie údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami konečných prijímateľov v systéme ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
•	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa splatnosti pohľadávky platobnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.

3.10 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR, ktoré nepatrí pod sekciu auditu a kontroly, ale je v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho služobného úradu, je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správy finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe vykonaných vládnych auditov zameraných na hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými auditujúcimi orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia príslušnej správe finančnej kontroly vypracuje a predloží správu o zistenej nezrovnalosti a kópiu právoplatného II. stupňového rozhodnutia platobnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.

3.11 Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu KF
Útvary vnútorného auditu ministerstiev sú zriadené na príslušných ministerstvách, v  ktorých sa nachádza riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Tieto útvary sa nachádzajú na Ministerstve výstavby a regionálneho rozvoja SR, Ministerstve dopravy, pôšt a telekomunikáciách SR a Ministerstve životného prostredia SR
Útvary vnútorného auditu vo vzťahu ku KF zodpovedajú najmä za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vypracovanie ročného plánu svojej činnosti na základe objektívneho hodnotenia rizík vyplývajúcich z činnosti auditovaných subjektov s prihliadnutím na návrhy príslušného ministra a jeho sekcii auditu a kontroly MF SR;
•	vykonávanie systémového auditu ako súčasť plnenia povinností v zmysle čl. 9 nariadenia EK (ES) č. 1386/2002;
•	vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu po vykonaní vnútorného auditu, ktorá obsahuje najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom, odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov a možné dôsledky nezohľadnenia odporúčaní;
•	odovzdanie správ o výsledku vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a príslušnému ministrovi;
•	v prípade, ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov odovzdá vnútorný audítor správu o výsledku vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	vypracovanie hodnotenia rizík ministerstva;
•	vypracovanie ročnej správy o svojej činnosti a jej zasielanie sekcii auditu a kontroly MF SR.
Útvar vnútorného auditu (vnútorný audítor) je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy, rovnako aj od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek. V rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly.

3.12 Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
Funkciu koordinačného útvaru boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov, ktorý je organizačným útvarom sekcie kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR.
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
•	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov Európskej únie v Slovenskej republike v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev v Slovenskej republike;
•	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí OLAF-u (Európska komisia);
•	vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od platobného orgánu a jej predkladanie OLAF-u (Európska komisia) prostredníctvom informačného systému AFIS. Túto správu zasiela v písomnej forme platobnému orgánu;
•	v prípade zistenia nezrovnalosti alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti informovanie platobného orgánu a subjektu, ktorého sa nezrovnalosť týka (napr. riadiaci orgán a sekcia auditu a kontroly) bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní v správe o zistenej nezrovnalosti.

4. Financovanie z Kohézneho fondu

4.1 Podpora z Kohézneho fondu
Podpora z KF zahŕňa projekty KF, etapy projektu KF, ktoré sú technicky a finančne nezávislé, skupiny projektov alebo schémy projektov životného prostredia a dopravnej infraštruktúry. Podpora zahŕňa projekty KF, ktoré sledujú dosiahnutie cieľov stanovených v Zmluve o Európskej únii pre oblasť životného prostredia a transeurópskych dopravných infraštrukturálnych sietí v členských štátoch s HDP na obyvateľa nižším ako 90% priemeru EÚ. Z KF sa môžu financovať aj predbežné a technické štúdie, štúdie uskutočniteľnosti projektu KF a projekty odbornej pomoci.
Podpora sa poskytuje pre:
•	projekty životného prostredia umožňujúce dosiahnuť súlad s požiadavkami právnych predpisov EÚ v oblasti životného prostredia a prioritami určenými pre politiku ochrany životného prostredia EÚ v oblasti životného prostredia a trvalo udržateľného rozvoja;
•	projekty dopravnej infraštruktúry všeobecného záujmu, ktoré presadzujú trvalo udržateľné spôsoby mobility, najmä tie, ktoré spadajú do rámca pokynov prijatých v Rozhodnutí EK (ES) č. 1692/1996 o rozvoji transeurópskej dopravnej siete.
Podpora môže byť poskytnutá aj pre:
•	predbežné štúdie súvisiace s vhodnými projektmi KF, vrátane tých, ktoré sú nevyhnutné na ich implementáciu;
•	opatrenia technickej pomoci, vrátane propagačných a informačných akcií, najmä:
-	horizontálne projekty ako komparatívne štúdie na hodnotenie vplyvov pomoci EÚ;
-	projekty a štúdie, ktoré prispievajú k posudzovaniu, monitorovaniu, dozoru a hodnoteniu alebo kontrole projektov KF a k posilneniu a zabezpečeniu koordinácie a súladu s Partnerstvom pre vstup;
-	projekty a štúdie na zabezpečenie efektívneho riadenia a implementácie projektov KF a na prijatie potrebných úprav.
Indikatívna alokácia z celkových zdrojov KF pre jednotlivé členské štáty sa stanovuje na základe presných a objektívnych kritérií, najmä počtu obyvateľov, HDP na obyvateľa a s ohľadom na zvýšenie národnej prosperity, ktorá sa dosiahla v predchádzajúcom období, ako aj s ohľadom na rozlohu. Pritom je potrebné vziať do úvahy aj ďalšie socio-ekonomické ukazovatele, ako napr. nedostatočnú dopravnú infraštruktúru.

4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov z Kohézneho fondu
Pri financovaní z Kohézneho fondu v skrátenom programovom období 2004 - 2006 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu vyjadrené v rozpočtových záväzkoch by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	výdavky EÚ vynaložené z Kohézneho fondu v rámci programového obdobia sú  indexované deflátorom 2 % ročne (článok 15 Medziinštitucionálnej dohody EP, EK a Rady - Interinstitutional Agreement of 6 May 1999 between the European Parliament, the Council and the Commission on budgetary discipline and improvement of the budgetary procedure); 
•	celkové náklady každého projektu KF nemajú byť nižšie ako 10 mil. EUR. V riadne zdôvodnených prípadoch, berúc do úvahy osobitné okolnosti, môžu byť celkové náklady na projekty KF nižšie ako 10 mil. EUR;
•	celková národná alokácia z KF musí byť rovnomerne rozdelená medzi rezorty životného prostredia a dopravy;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy EÚ a Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom záručnej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu a KF;
•	podpora pre opatrenia odbornej pomoci nesmie prekročiť 0,5 % z príspevku KF;
•	súčet kombinovanej pomoci z KF a inej pomoci EÚ (okrem štrukturálnych fondov, iniciatív EÚ a záručnej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu) poskytnutej pre projekt nesmú presiahnuť 90 % celkových výdavkov na projekt.

4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a rozpočtové záväzky EÚ
Zodpovednosť za konečný výber projektov Kohézneho fondu a stanovenie výšky jeho financovania prislúcha Európskej komisii, ktorá každý projekt schvaľuje prijatím samostatného rozhodnutia.
Záväzok EÚ alokovať prostriedky pre projekt KF vzniká dňom nadobudnutia účinnosti rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci pre projekt KF, ktorým je deň podpisu Rozhodnutia Komisie zo strany Európskej komisie.
Prostriedky určené pre financovanie projektu KF sú alokované Európskou komisiou vo výške špecifikovanej v rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre projekt KF.
Rozpočtové záväzky EÚ sa vzťahujú na už schválený projekt KF, na ktorý boli alokované prostriedky KF. Dĺžka platnosti záväzku sa stanoví podľa povahy projektu KF a konkrétnych podmienok jeho realizácie.
Záväzky k projektu KF, ktorého realizácia má prebiehať najmenej 2 roky, sa prijímajú v ročných splátkach. Záväzok týkajúci sa prvej ročnej splátky je prijatý po prijatí rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci. Výšku ďalších ročných záväzkov stanovuje Európska komisia každý rok do 30.apríla na základe aktualizovaného finančného plánu pre projekt KF a odhadu očakávaných výdavkov na projekt KF na bežný a nasledujúci rok. Platobný orgán je zodpovedný za predloženie tohto odhadu Európskej komisii do uvedeného termínu. Za účelom vypracovania odhadu výdavkov na projekt KF na bežný a nasledujúci rok predloží riadiaci orgán  platobnému orgánu plánované čerpanie finančných prostriedkov KF v príslušnom a nasledujúcom roku, a to najneskôr do 30. marca bežného roku. Riadiaci orgán vypracuje potrebné podklady na základe informácií od sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
Záväzky k projektu KF, ktorého realizácia má prebiehať v období kratšom ako 2 roky, alebo v prípade, ak pomoc EÚ predstavuje menej ako 50 mil. EUR, možno po prijatí rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci stanoviť ihneď až do výšky 80 % z celkovej výšky podpory EÚ na projekt KF. Na zostatok prostriedkov KF alokovaných na projekt KF sa príjmu záväzky neskôr podľa skutočného vývoja realizácie projektu KF.
Okrem riadne odôvodnených prípadov môže EK zrušiť pomoc alokovanú na už schválený projekt KF, s ktorého realizáciou sa nezačne od dátumu uvedeného v Rozhodnutí EK o poskytnutí pomoci.

4.4 Platby z Európskej komisie
Prostriedky KF prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci. Získané úroky sú považované za zdroje členského štátu ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje členský štát Európskej komisii v rámci záverečnej správy o implementácii.
Platby z Európskej komisie realizované pre každý projekt jednotlivo môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich s projektmi KF.
Zálohová platba
Výška zálohovej platby predstavuje 20 % z celkovej hodnoty príspevku EÚ na projekt. Európska komisia môže vo svojom rozhodnutí o poskytnutí pomoci stanoviť aj vyššie percento zálohovej platby.
Európska komisia prevedie zálohovú platbu na osobitný účet platobného orgánu v termíne uvedenom v rozhodnutí Európskej komisie o poskytnutí pomoci. Európska komisia môže pred prevedením zálohovej platby na účet platobného orgánu požadovať, aby boli podpísané kontrakty so zhotoviteľom/dodávateľom, ktoré podliehajú pravidlám pre verejné obstarávanie týkajúcich sa projektu KF. Platobný orgán požaduje ako podklad ku zálohovej platbe od platobnej jednotky zaslanie podpísaných kontraktov so zhotoviteľmi/dodávateľmi.
Ak platobný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 12 mesiacov od prijatia zálohovej platby, musí platobný orgán vrátiť EK celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z EK
Platobný orgán na základe podkladov od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov KF na osobitnom účte Ministerstva financií SR.
Priebežné platby prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov konečných prijímateľov podložených faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty.
Preto každá priebežná žiadosť o platbu a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	žiadostiam konečných prijímateľov o platbu schváleným sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a platobnou jednotkou;
-	súhrnným žiadostiam o platbu schváleným platobným orgánom.
Z vyššie uvedeného vyplýva, že najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom.
Žiadosti o platbu musia ďalej spĺňať nasledovné podmienky:
-	Európskej komisii bola zaslaná posledná aktuálna ročná správa o realizácii projektu, vrátane informácií o súlade s pravidlami pre verejné obstarávanie vypracovaná sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a schválená monitorovacím výborom;
-	k žiadosti o priebežnú platbu je platobným orgánom priložená aktualizovaná správa o priebehu realizácie projektu KF s údajmi relevantnými pre termín predloženia žiadosti a preukazujúca súlad s rozhodnutím Európskej komisie o poskytnutí pomoci;
-	odporúčania kontrolných úradov zo SR a Európskej komisie boli zohľadnené, najmä pokiaľ ide o opravy zistených alebo predpokladaných nezrovnalostí;
-	boli uvedené hlavné technické, finančné i právne problémy, ktoré sa objavili počas realizácie projektu KF, ako aj opatrenia na ich odstránenie;
-	boli analyzované prípadné odchýlky od pôvodného finančného plánu;
-	boli popísané opatrenia prijaté v oblasti publicity projektu KF.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu. 
Celkový súčet zálohovej platby a priebežných platieb z Európskej komisie nesmie prekročiť 80 % z celkovej pomoci EÚ pre daný projekt KF. Tento podiel možno pri dôležitých projektoch KF v odôvodnených prípadoch zvýšiť až na 90 %. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva platobný orgán.
Záverečná platba z EK
Záverečná žiadosť o platbu a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	žiadostiam konečných prijímateľov o platbu schváleným sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a platobnou jednotkou;
-	súhrnným žiadostiam o platbu schváleným platobným orgánom;
-	zoznamom faktúr v prípade výdavkov nad rámec záväzku EK definovaného vo finančnom memorande, v rozhodnutí EK, resp. v prípade projektov Kohézneho fondu v sektore životného prostredia nad rámec garantovaného výmenného kurzu 38 SKK/EUR vypracovaným sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a schváleným platobnou jednotkou.

Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
-	riadiaci orgán predložil Európskej komisii záverečnú správu o realizácii projektu KF najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov, a EK ju schváli;
-	platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov, a to do šiestich mesiacov od konečného termínu pre dokončenie prác a pre výdavky ustanovené v Rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre projekt;
-	Slovenská republika, v zastúpení Najvyššieho kontrolného úradu SR, predložila Európskej komisii vyhlásenie o ukončení pomoci pre projekt najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov;
-	projekt KF bol realizovaný v súlade so stanovenými cieľmi;
-	platobný orgán potvrdí, že informácie uvedené v žiadosti o záverečnú platbu sú správne;
-	odporúčania kontrolných orgánov zo SR a Európskej komisie boli zohľadnené, najmä pokiaľ ide o opravy zistených alebo predpokladaných nezrovnalostí;
-	boli uvedené hlavné technické, finančné i právne problémy, ktoré sa objavili počas realizácie projektu KF, ako aj opatrenia na ich odstránenie;
-	boli analyzované prípadné odchýlky od pôvodného finančného plánu;
-	boli popísané opatrenia prijaté v oblasti publicity projektu KF.
Pokiaľ nie je Európskej komisii odoslaná záverečná správa o implementácii pomoci do 18 mesiacov od konečného termínu pre dokončenie prác a pre platby podľa rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci, Európska komisia zruší tú časť pomoci, ktorá predstavuje výšku záverečnej platby pre príslušný projekt KF.

4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
Finančné prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek. 
Na použitie účelovo určených prostriedkov rozpočtu Európskych spoločenstiev poskytnutých Slovenskej republike a zaradených do príjmov štátneho rozpočtu sa v štátnom rozpočte v dotknutých kapitolách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tieto výdavky sa poskytujú konečnému prijímateľovi prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve s konečným prijímateľom.
Všetky subjekty, ktoré sú zapojené do systému finančného riadenia a realizácie projektov Kohézneho fondu sú povinné dodržiavať finančnú disciplínu v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
V zmysle § 8 ods. 6 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie KF použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť ministerstvu financií výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka (termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov Európskej únie a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, ktoré kapitola použije v nasledujúcom rozpočtovom roku je 20.11. a do 15.12. doručuje potvrdenia oznámenia z 20.11.). Po doručení tohto oznámenia ministerstvo financií viaže tieto prostriedky v príslušnej kapitole a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.
Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu  sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol.
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Prostriedky EÚ a prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré sú v programových štruktúrach príslušných kapitol zaradené ako samostatné časti programov, majú priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačným systémom účtovania fondov. Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný usmernením č. 9/2004/ŠF a spravuje ho sekcia európskych a medzinárodných záležitostí MF SR.
Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Platobný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Platobný orgán realizuje výdavky zo zdrojov EÚ prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte platobnej jednotky. Platobné jednotky realizujú výdavky zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.

4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán - platobná jednotka
Platobný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu predloženej platobnou jednotkou (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.8).
Na základe čiastkových výkazov výdavkov, z ktorých sa skladá schválená súhrnná žiadosť o platbu, prevedie platobný orgán prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Zabezpečenie prostriedkov EÚ z účtov iných projektov KF v prípade nedostatku prostriedkov EÚ na účte projektu KF (kríženie zdrojov EÚ).
Platobný orgán v spolupráci s platobnou jednotkou príslušného rezortu posúdi, či pri krížení zdrojov presun neohrozí realizáciu projektu.
V prípade potreby finančných prostriedkov EÚ a pri stave ich dočasného nedostatku pre určitý projekt KF je možné zabezpečiť finančné krytie zo zdrojov EÚ poukázaných na iný projekt za predpokladu, že uvedené zdroje neohrozia realizáciu projektu poskytujúceho finančné zdroje.
Projekt KF vykazujúci dočasný nedostatok zdrojov EÚ bude pre potreby kríženia zdrojov EÚ nazývaný „cieľovým projektom“. Projekt KF vykazujúci dočasný prebytok zdrojov EÚ bude pre potreby kríženia zdrojov EÚ nazývaný „zdrojovým projektom“.
V prípade potreby finančných prostriedkov EÚ a pri stave ich dočasného nedostatku pre určitý projekt KF je potrebné previesť sumu potrebných prostriedkov z osobitného mimorozpočtového účtu platobného orgánu pre zdrojový projekt KF na osobitný mimorozpočtový účet platobného orgánu pre cieľový projekt KF. Určenie zdrojového projektu je realizované na základe porovnania disponibilného zostatku na účte prípadného zdrojového projektu voči predpokladanému čerpaniu pre tento projekt.
Prostriedky prevedené na cieľový projekt sa použijú ako prostriedky EÚ určené pre cieľový projekt. V zmysle uvedeného je možné z týchto finančných zdrojov uhrádzať podiel EÚ pri úhrade platieb, a rovnako je možné tieto prostriedky použiť na prípadné vrátenie už predtým predplatených prostriedkov EÚ zo štátneho rozpočtu. Následne po prijatí prostriedkov EÚ z Európskej komisie na cieľový projekt sa suma vráti na zdrojový projekt a to vo výške, ktorá bola predtým prevedená zo zdrojového projektu na cieľový projekt.

4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - konečný prijímateľ
Koneční prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi konečných prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
1.	subjekty ústrednej správy:
•	štátne rozpočtové organizácie,
•	štátne príspevkové organizácie,
•	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení zákona č. 215/2004 Z. z.
2.	subjekty územnej samosprávy:
•	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie,
•	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi konečných prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
-	iné právnické osoby,
-	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú konečným prijímateľom poskytované systémom predfinancovania alebo refundácie.
Okrem systému refundácie koneční prijímatelia zo sektora verejnej správy môžu využiť systém predfinancovania.
Koneční prijímatelia zo súkromného sektora môžu uplatniť iba systém refundácie.
V prípade, ak konečný prijímateľ zo súkromného sektora mal umožnené predfinancovanie v zmysle predošlých pravidiel, zostávajú tieto v platnosti a sú v zmysle tejto koncepcie chápané ako výnimka z koncepcie, ktorá nemusí byť osobitne upravovaná. Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom môže pristúpiť k zrušeniu systému predfinancovania v prípade opakovaného porušovania zmluvy  konečným prijímateľom.
Každá platba konečnému prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, tzn., platba musí byť doplnená zdrojmi konečného prijímateľa v jednotnom pomere schválenom na projekt.
Poskytnutie finančných prostriedkov v prípade systému predfinancovania nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu platobného orgánu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet konečného prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Platobná jednotka poskytuje finančné prostriedky konečným prijímateľom na realizáciu projektov z výdavkového účtu formou transferu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa konečnému prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu (príloha 3a a 3b). Každú žiadosť o platbuvyhotovuje konečný prijímateľ v dvoch origináloch, pričom jeden originál zostáva u konečného prijímateľa a druhý predkladá sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V prípade, ak konečný prijímateľ prijal účtovný doklad do 31.12.2008 v Sk, bude postupovať v súlade s usmernením MF SR č. 15/2008 k postupu financovania projektov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v súvislosti s ukončením rozpočtového roka 2008 a zavedením meny euro v Slovenskej republike v rámci programového obdobia 2004 – 2006 a programového obdobia 2007 – 2013.
V prípade výdavkov nad rámec záväzku EK stanoveného vo finančnom memorande, rozhodnutia EK, resp. v prípade projektov Kohézneho fondu v sektore životného prostredia nad rámec garantovaného výmenného kurzu 38 SKK/EUR zúčtovaných prostredníctvom zoznamu faktúr sa postupuje v súlade s usmernením MF SR č. 01/2008-U k ukončeniu pomoci z Kohézneho fondu a ISPA/Kohézneho fondu na programové obdobie 2004 – 2006.

4.5.4 Platby vo vzťahu konečný prijímateľ - zhotoviteľ/dodávateľ
Konečný prijímateľ uhrádza účtovné doklady zhotoviteľovi/dodávateľovi súvisiace s realizáciou projektu v zmysle časti 4.8. V prípade, ak zhotoviteľ/dodávateľ postúpil pohľadávky voči konečnému prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 – 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), konečný prijímateľ uhrádza účtovné doklady faktoringovej spoločnosti.

4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov konečným prijímateľom
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, ktoré platobná jednotka poskytla konečnému prijímateľovi sa uskutočňuje v prípadoch:
•	konečný prijímateľ nevyčerpal finančné prostriedky za zdroj EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania;
•	konečnému prijímateľovi boli poskytnuté finančné prostriedky za zdroj EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z titulu mylnej platby;
•	konečný prijímateľ porušil také povinnosti stanovené v zmluve s riadiacim orgánom (najmä porušenie finančnej disciplíny a vznik nezrovnalosti), ktoré zakladajú povinnosť vrátiť poskytnuté finančné prostriedky - v zmysle časti  4.10;
•	a iných.
V jednotlivých prípadoch vrátenia finančných prostriedkov riadiaci orgán v spolupráci s platobnou jednotkou zašle konečnému prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v zmysle zmluvy s konečným prijímateľom. Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 13a a 13b.
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje konečný prijímateľ sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu. Konečný prijímateľ zasiela oznámenie o vrátení finančných prostriedkov maximálne do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady finančných prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu. Formulár oznámenia o vrátení finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 14a a 14b. Prílohou oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je výpis z bankového účtu.
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil konečný prijímateľ – štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formulára oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je vytlačený aktivovaný ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgán postúpi maximálne do 10 kalendárnych dní kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov od momentu prijatia oznámenia subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky (napr. platobná jednotka, platobný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
Ak oznámenie o vrátení finančných prostriedkov nie je doručené konečným prijímateľom v stanovenej lehote, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov vystaví sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vrátení finančných prostriedkov platobný orgán vždy k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci a platobná jednotka k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci predkladajú sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu je sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgán povinný dožiadať od konečného prijímateľa chýbajúce oznámenie o vrátení finančných prostriedkov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vrátení finančných prostriedkov v ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgán zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 10 kalendárnych dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený platobným orgánom a platobnou jednotkou.
Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia Kohézneho fondu a typy účtov, na ktoré konečný prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia, je uvedená v prílohe 15a a 15b.

4.6 Odhad očakávaných výdavkov
Odhad očakávaných výdavkov z Kohézneho fondu sa predkladá s cieľom:
•	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ na Európsku komisiu v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1164/1994;
•	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady (ES) č. 1164/1994 stanovuje požiadavku pre členský štát zostaviť a predložiť odhad očakávaných výdavkov za každý projekt. Uvedený odhad sa Európskej komisii  zasiela  každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok („n“) a pre rok nasledujúci („n+1“), pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov z Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
•	finančného plánu Rozhodnutia Európskej komisie;
•	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
•	finančných plánov už schválených projektov (v zmluve s konečným prijímateľom) po zohľadnení určeného počtu dní na vyplatenie nenávratného finančného príspevku;
•	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
•	v ďalších rokoch skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiaci orgán/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu projektov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
•	nemožno presiahnuť rámec príslušných ročných záväzkov na úrovni projektov; príslušné záväzky na úrovni projektu musia byť dodržané podľa posledného Rozhodnutia schváleného Európskou komisiou;
•	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých projektov;
•	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok. A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
•	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok („n+1“).
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly.
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov. Vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 12a) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. 
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 12a) predloží platobnému orgánu v termíne najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca, t. j. apríla.
4.	V prípade, ak pre príslušný projekt je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. 
5.	Platobný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých projektov. V prípade nesúladu má platobný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohe 12a aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (príloha 12b) a k 30.9. (príloha 12c) roku „n“. Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom prílohy 12b a 12c spracúvajú obdobným postupom ako prílohu 12a v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladajú príslušnú prílohu 12b, resp. 12c platobnému orgánu v uvedených termínoch.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohe 12c  aktualizujú k 31.12. roku „n“ (príloha 12d). Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom spracúvajú prílohu 12d obdobným postupom a následne predkladajú prílohu 12d platobnému orgánu v uvedenom termíne.

4.7 Systém účtov
Pri finančnom riadení KF sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty platobného orgánu
•	osobitné mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	prevody prostriedkov EÚ zabezpečuje Štátna pokladnica;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre platobný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý projekt KF;
•	účty sú vedené v EUR;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci platobného orgánu;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije v súlade s usmernením MF SR č. 01/2008-U k ukončeniu pomoci z Kohézneho fondu a ISPA/Kohézneho fondu na programové obdobie 2004 – 2006;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a dane z úrokov sú hradené z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky hradené z vyrovnávacieho účtu vedenom v EUR;
•	tieto účty slúžia najmä na prijatie finančných prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba z Európskej komisie) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom);
•	v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, slúži účet na prevod prostriedkov na účet Európskej komisie;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR rovnako otvára pre platobný orgán vyrovnávací účet vedený v EUR. Tento účet slúži na úhradu nákladov na vyrovnávanie vzniknutých kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.

2. Účty platobnej jednotky
•	rozpočtové účty pre prostriedky EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	pre čerpanie prostriedkov KF a spolufinancovania štátneho rozpočtu sa využívajú rozpočtové účty platobných jednotiek - Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR a Ministerstva životného prostredia SR;
•	účty sú vedené v EUR;
•	príjmové účty slúžia na príjem:
-	prostriedkov KF z účtu platobného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu,
-	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky,
-	výnosov z prostriedkov poskytnutých systémom predfinancovania na účty konečných prijímateľov,
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky zodpovedajúcich príjmu vytvoreného z projektu,
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky a v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	výdavkový účet slúži na úhradu prostriedkov KF a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami KF a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a výdavky na úhradu nákladov (napr. bankové poplatky) sú odpisované z účtu príslušnej rozpočtovej kapitoly;
•	všetky platby pre projekty financované z KF musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a  štátneho rozpočtu na spolufinancovanie), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt.

3. Účet konečného prijímateľa
•	konečný prijímateľ, ktorý nie je klientom Štátnej pokladnice si môže otvoriť účet pre prostriedky KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke;
•	v prípade využitia systému predfinancovania a za podmienky, že účet konečného prijímateľa je úročený, je konečný prijímateľ povinný otvoriť si osobitný účet pre prostriedky KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté úroky z prostriedkov štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet;
•	účet/účty sú vedené v EUR. V prípade úhrad v inej mene ako EUR môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených konečným prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov KF a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch KP príjmom konečného prijímateľa;
•	poplatky za transakcie z účtu/účtov znáša konečný prijímateľ.

4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.8.1 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch z verejnej správy
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.2), a to v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy financovania v závislosti od rozhodnutia sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve s konečným prijímateľom. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní.
Systém predfinancovania konečných prijímateľov z verejnej správy sa zaviedol z dôvodu, že tieto subjekty zvyčajne nedisponujú potrebnou hotovosťou tak, aby boli schopné vopred vykryť výdavky za zdroje KF a štátneho rozpočtu. Predfinancovanie navrhovaným spôsobom umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní záväzkov zhotoviteľovi/dodávateľovi.
Predfinancovanie je konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe nezaplatených účtovných dokladov predložených konečným prijímateľom.
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov.
Etapa predfinancovania
1.	Konečný prijímateľ v  stanovených termínoch môže predkladať sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu v EUR.
2.	Konečný prijímateľ v lehote splatnosti záväzku dodávateľovi/zhotoviteľovi predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady – minimálne faktúru (jeden rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa), prípadne doklad rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich prijatí od zhotoviteľa/dodávateľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, ak súčasťou výdavkov konečného prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, konečný prijímateľ zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (predfinancovanie). Spolu so žiadosťou o platbu predloží účtovné doklady (rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa), ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok).
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 1386/2002, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na mieste. Táto kontrola sa vykonáva v súlade s Usmernením č. 11 Riadiaceho orgánu pre Kohézny fond k výkonu delegovanej právomoci kontroly fyzickej realizácie projektov. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia formulára žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť o platbu zamietne.
5.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční kontrolu vecnej správnosti - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve s KP. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou EÚ (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
6.	Po uskutočnení overenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s prehlásením o overení (príloha 8b), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne maximálne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti konečného prijímateľa o platbu sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu žiadosti o platbu vrátane predbežnej finančnej kontroly v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti o platbu, ktorá zahrňuje kontrolu dokladov predložených sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná kontrolu formálnej správnosti obsahujúcu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť o platbu. 
8.	Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu finančných prostriedkov pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z rozpočtovaných výdavkov konečnému prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice (z výdavkového účtu). 
9.	Konečný prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa pripísania finančných prostriedkov na jeho účte, previesť finančné prostriedky zhotoviteľovi/dodávateľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči zhotoviteľovi/dodávateľovi samotný konečný prijímateľ.
10.	Po poskytnutí predfinancovania je konečný prijímateľ povinný celú sumu následne (najneskôr do 15 pracovných dní odo dňa pripísania týchto finančných prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. Sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár žiadosti o zúčtovanie predfinancovania (príloha 4a). Spolu s formulárom predkladá výpis z účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov zhotoviteľovi/dodávateľovi a výpis z účtu preukazujúci príjem prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. V rámci žiadosti o zúčtovanie predfinancovania konečný prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (predfinancovanie), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu. Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o zúčtovanie predfinancovania, zaregistruje túto žiadosť o zúčtovanie predfinancovania v ITMS.
11.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a výpis z bankového účtu. Po uskutočnení overenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o zúčtovanie predfinancovania schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia predloží túto žiadosť o zúčtovanie predfinancovania spolu s prehlásením o overení (príloha 8a), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie predfinancovania v ITMS.
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 9), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za projekt (príloha 10) v intervale jedenkrát do mesiaca podľa  termínov na základe písomného oznámenia platobného orgánu po odsúhlasení s platobnou jednotkou predkladá platobnému orgánu.
13.	Platobný orgán vykoná kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu.
14.	Platobný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky KF prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
15.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 15. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt definovanými v Rozhodnutí Európskej komisie k príslušnému projektu.
Etapa refundácie (časť 4.8.2.)
16.	Po vyčerpaní maximálne 95 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt definovaných v Rozhodnutí Európskej komisie k príslušnému projektu je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
17.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu (rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.
18.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3, 4, 5 a 6. 
19.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bode 13.
20.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 14 a 15. 
21.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Poskytnutie každého predfinancovania si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza finančné prostriedky KF platobnej jednotke na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbua schválených platobným orgánom.
Presun finančných prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme predfinancovania zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o predfinancovanie. Pri refundácii záverečných minimálne 5 % platobná jednotka presúva finančné prostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu zaradenú do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenú platobným orgánom.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy s konečným prijímateľom. Z tohto dôvodu je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Po úhrade žiadosti o záverečnú platbu, ktorou dôjde k vyčerpaniu celkových oprávnených výdavkov v súlade s Rozhodnutím Európskej komisie k príslušnému projektu, bude platobný orgán pri schvaľovaní súhrnných žiadostí o platbu postupovať v súlade s usmernením MF SR č. 01/2008-U k ukončeniu pomoci z Kohézneho fondu a ISPA/Kohézneho fondu na programové obdobie 2004 – 2006, resp. iného usmernenia platobného orgánu.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originál žiadosti o platbu, výpis z bankového účtu (rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) účtovné doklady (rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) a originál prehlásenia o overení.
Platobná jednotka archivuje originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál čiastkového výkazu výdavkov, originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt je sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to následne:
1.	konečný prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností na iný subjekt;
2.	konečný prijímateľ vystaví žiadosť o poskytnutie predfinancovania pre všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vzniknú pred prechodom práv a povinností na iný subjekt, a to v zmysle bodu 1 tejto časti materiálu;
3.	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zabezpečí poskytnutie predfinancovania v zmysle bodov 3 – 6 tejto časti materiálu;
4.	po poskytnutí predfinancovania konečný prijímateľ vykoná úhradu dodávateľovi/zhotoviteľovi a predloží sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o zúčtovanie predfinancovania v zmysle bodu 9 a 10 tejto časti materiálu;
5.	v prípade, ak konečný prijímateľ nezúčtuje celú výšku poskytnutého predfinancovania, prevedie jeho zostatok na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.5 tohto materiálu;
6.	konečný prijímateľ následne vypracuje Oznámenie o vrátení finančných prostriedkov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.
Po zúčtovaní/vrátení nezúčtovanej časti poskytnutého predfinancovania, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup.

4.8.2 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora
Pri systéme refundácie sa prostriedky KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov konečným prijímateľom, tzn., že konečný prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba konečnému prijímateľovi z prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru KF + štátny rozpočet schváleného na projekt.
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ rovnako pri všetkých projektoch. 
1.	Konečný prijímateľ uhradí výdavky zhotoviteľovi/dodávateľovi z vlastných zdrojov.
2.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v EUR sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbuaj účtovné doklady – minimálne faktúru (jeden rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa), prípadne doklad rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpis z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty si ponecháva konečný prijímateľ.
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 4 nariadenia EK (ES) č. 1386/2002, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Táto kontrola sa vykonáva v súlade s Usmernením č. 11 Riadiaceho orgánu pre Kohézny fond k výkonu delegovanej právomoci kontroly fyzickej realizácie projektov. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade závažných nedostatkov alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť o platbu zamietne.
5.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční kontrolu vecnej správnosti - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu, zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve s konečným prijímateľom. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou EÚ (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
6.	Po uskutočnení overenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s prehlásením o overení (príloha 8a), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu žiadosti o platbu vrátane predbežnej finančnej kontroly v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti o platbu, ktorá zahrňuje kontrolu dokladov predložených sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná kontrolu formálnej správnosti obsahujúcu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne žiadosť o platbu schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov).
8.	,Platobná jednotka v prípade schválenia žiadosti o platbu zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za projekt v intervale jedenkrát do mesiaca podľa termínov na základe písomného oznámenia platobného orgánu po odsúhlasení s platobnou jednotkou predkladá platobnému orgánu.
9.	Platobný orgán vykoná kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu.
10.	Platobný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky KF prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní od prijatia informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu finančných prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy s konečným prijímateľom. Z tohto dôvodu je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Po úhrade žiadosti o záverečnú platbu, ktorou dôjde k vyčerpaniu celkových oprávnených výdavkov v súlade sRozhodnutím Európskej komisie k príslušnému projektu, bude platobný orgán pri schvaľovaní súhrnných žiadostí o platbu postupovať v súlade s usmernením MF SR č. 01/2008-U k ukončeniu pomoci z Kohézneho fondu a ISPA/Kohézneho fondu na programové obdobie 2004 – 2006, resp. iného usmernenia platobného orgánu.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originál žiadosti o platbu, výpis z bankového účtu (rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) účtovné doklady (rovnopis originálu alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa) a originál prehlásenia o overení.
Platobná jednotka archivuje originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál čiastkového výkazu výdavkov, originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt je sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to následne:
1.	Konečný prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt;
2.	konečný prijímateľ vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží žiadosť o platbu podľa bodov uvedených v tejto časti materiálu.
Po predložení žiadosti o platbu sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom môže dôjsť k prechodu práv a povinností konečného prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup.

4.9 Certifikácia
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme v zmysle nariadenia EK (ES) č. 1386/2002 je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje odbor certifikácie v rámci sekcie európskych a medzinárodných záležitostí MF SR, ktorý je funkčne nezávislý od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. Výkon certifikácie nie je možné delegovať na iné subjekty.
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu na Európsku komisiu (certifikácia výkazu výdavkov na Európsku komisiu). Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý platobný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu.
Platobný orgán je oprávnený uskutočniť certifikáciu výdavkov pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). . Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. 
Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov na Európsku komisiu musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi Európskeho spoločenstva a prijaté finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa zásad správneho finančného riadenia,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi Európskeho spoločenstva, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 10 nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle nariadenia EK (ES) č. 448/2004 a doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky na základe žiadosti o platbu konečného prijímateľa v prípade systému refundácie a v prípade systému predfinancovania na základe žiadosti o zúčtovanie predfinancovania.
•	vzťahujúce sa na práce, ktoré neboli realizované v čase podania žiadosti o poskytnutie nenávratného finančného príspevku.
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 8 nariadenia  EK (ES) č. 1386/2002 platobný orgán overuje postupy riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	súlad postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	využíva správy o kontrolách vykonaných inými kontrolnými subjektmi;
3.	využíva správy o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje overovania na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných;
5.	je informovaný o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov.
k bodu 1.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú povinné zasielať platobnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade nedostatkov platobný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. 
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikátorov posúdenie súladu činnosti riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre platobný orgán aj materiály (správy, protokoly, záznamy) z kontrolných akcií a ostatných kontrolách vykonaných inými kontrolnými subjektmi. Kontrolné subjekty sú povinné zasielať správy z kontrolných akcií sekcii auditu a kontroly MF SR, ktorá následne informuje platobný orgán. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky) sú povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.
k bodu 3.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku vnútorného a externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie, platobnému orgánu. Riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.
k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je platobný orgán v rámci svojich kompetencií kedykoľvek oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom, platobných jednotkách a u konečných prijímateľov. Súčasťou takejto kontroly je overenie, či:
•	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
•	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi,
•	výdavky zahrňujú len oprávnené položky,
•	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach o platbu, resp. žiadostiach o zúčtovanie predfinancovania,
•	k príslušným žiadostiam o platbu, resp. žiadostiam o zúčtovanie predfinancovania existuje výpis z bankového účtu,
•	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s výberovými kritériami.
k bodu 5.
Platobný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu na EK pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. Pri systémových nezrovnalostiach bude preskúmaný vplyv nezrovnalosti na všetky projekty, ktorých sa systémová nezrovnalosť mohla dotknúť.
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom výdavkov platobný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov na EK o neoprávnenú sumu.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.

4.10 Nezrovnalosti
V súlade s nariadením Rady (ES) č. 2988/1995 o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev a nariadením EK (ES) č. 1831/1994 sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia konania hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva“.
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia KF, tzn. vrátane úrovne konečného prijímateľa, pokiaľ neboli dodržané pravidlá a podmienky poskytnutia alebo použitia finančných prostriedkov z KF.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov EÚ alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, , úmyselného alebo spôsobeného nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov EÚ alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy EÚ.
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie finančnej  disciplíny v zmysle § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti.
Pri hospodárení s finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní konečným prijímateľom, najmä v zmysle § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 

4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Európskej komisie (ES) č. 1831/1994 oznamovať Európskej komisii:
-	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého správneho a/alebo súdneho konania,
-	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu,
-	nezrovnalosti, u ktorých sa predpokladajú následky mimo územia SR,
-	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu,
-	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR.
Štruktúra kódov OLAF EK pre nezrovnalosti je uvedená v prílohe 1. 
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, platobný orgán, kontrolný orgán vykonávajúci následnú finančnú kontrolu, orgán vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002, orgán zúčastnený na vykonávaní vládneho auditu, prizvaná osoba a vnútorný audítor.
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie, ako aj orgány Európskej komisie, Európsky dvor audítorov a OLAF EK v rámci výkonu svojich kompetencií.
Nezrovnalosť môže zistiť samotný konečný prijímateľ alebo tretí subjekt, ktorý bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu9. Zároveň je riadiaci orgán povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a to bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti a zároveň údaje zaevidovať v ITMS.
Subjekty zapojené do implementácie Kohézneho fondu na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu. Za riešenie nezrovnalostí je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, ak riadiaci orgán splnomocní sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom na riešenie nezrovnalosti, zodpovednosť riadiaceho orgánu týmto nie je dotknutá.
Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie najmä:
-	oficiálne zdokumentovanie nezrovnalosti v správe o zistenej nezrovnalosti vrátane evidovania údajov v ITMS; 
-	oznámenie nezrovnalosti;
-	monitorovanie vývoja a stavu nezrovnalosti;
-	zaznamenanie zmien stavu nezrovnalosti v aktualizovanej správe o zistenej nezrovnalosti;
-	preverenie možného dopadu na systém riadenia, resp. nastavené postupy riadenia a kontroly pre Kohézny fond; 
-	prijatie účinných nápravných opatrení na odstránenie vzniknutej nezrovnalosti a predchádzanie vzniku ďalších nezrovnalostí;
-	zabezpečenie bezodkladného finančného vysporiadania podľa podmienok zmluvy s konečným prijímateľom a príslušných právnych predpisov;
-	zaevidovanie údajov o zmene stavu nezrovnalosti, finančnom vysporiadaní nezrovnalosti a prijatých nápravných opatreniach v systéme ITMS;
-	v prípade systémovej nezrovnalosti rozšírenie šetrenia riadiaceho orgánu na všetky projekty, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené a bezodkladné prijatie účinných nápravných opatrení v uplatňovaných postupoch riadenia a kontroly; 
-	v prípade systémovej nezrovnalosti identifikovanej Európskou komisiou, prijatie v určenej lehote účinných nápravných opatrení, ktoré sú akceptované Európskou komisiou ako dostatočné a zabránia vykonaniu finančných opráv Európskou komisiou.
-	finančné prostriedky uvoľnené z nezrovnalosti s finančným dopadom na rozpočet EÚ môže riadiaci orgán opätovne použiť na príslušný projekt tak, že tieto uvoľnené finančné prostriedky nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom finančnej opravy uskutočnenej platobným orgánom vo vzťahu k Európskej komisii formou odpočítania prostriedkov v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, a v prípade, ak sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce projekty v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla..
V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny a protiprávny stav nie je odstránený podľa tohto zákona alebo podľa osobitného zákona, orgán oprávnený na výkon kontroly alebo vládneho auditu podľa osobitného predpisu, je povinný v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie územne príslušnej správe finančnej kontroly.
Za dátum (moment) zistenia nezrovnalosti sa považuje schválenie správy o zistenej nezrovnalosti v nadväznosti na podpísanie/ prerokovanie/doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly/auditu/overenia, resp. nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní.
Zistenie nezrovnalosti sa formálne zdokumentuje najmä na základe:
I.	Schválenia správy o zistenej nezrovnalosti;
II.	Doručenia čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
III.	Doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe, v prípade ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu, vrátane podpísanej správy o zistenej nezrovnalosti; 
IV.	Právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
V.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VI.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej UVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VII.	Právoplatného rozhodnutia UVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VIII.	Doručenia správy z auditu EK, resp. Európskeho dvora audítorov vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
IX.	Doručenia správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
X.	Doručenia uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe dokumentov podľa bodov V. až X. správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne zašle platobnému orgánu, konečnému prijímateľovi4 a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad I. Schválenie správy o zistenej nezrovnalosti
Do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti:
•	riadiaci orgán predloží správu o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi. Konečnému prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám konečný prijímateľ a/alebo ak konečný prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží správu o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi. Konečnému prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a/alebo ak konečný prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	platobný orgán predloží správu o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a konečnému prijímateľovi. Konečnému prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám konečný prijímateľ a/alebo ak konečný prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	platobná jednotka predloží správu o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a konečnému prijímateľovi. Konečnému prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a/alebo ak konečný prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
V prípade, ak má zistená nezrovnalosť finančný dopad, riadiaci orgán spolu so správou o zistenej nezrovnalosti predkladá do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov. Riadiaci orgán žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov zaeviduje v ITMS a bezodkladne zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky na účet, t.j. platobnému orgánu a platobnej jednotke. V prípade, ak ide o nezrovnalosť s finančným dopadom zistenú platobným orgánom alebo platobnou jednotkou, riadiaci orgán zaeviduje žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v ITMS do 10 kalendárnych dní odo dňa doručenia správy o zistenej nezrovnalosti a v uvedenej lehote ju zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky, t.j. platobnému orgánu a platobnej jednotke. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti, číslo žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a číslo oznámenia o vrátení finančných prostriedkov predstavujú jedinečné alfa-numerické kódy ITMS.
Správa o zistenej nezrovnalosti (príloha 2) obsahuje najmä tieto základné údaje:
1)	Kód nezrovnalosti ITMS;
2)	Popis nezrovnalosti;
3)	Typ nezrovnalosti podľa kódovníka OLAF Európskej komisie;
4)	Označenie ustanovení právnych predpisov, ktoré boli porušené;
5)	Obdobie alebo dátum vzniku nezrovnalosti;
6)	Dátum zistenia nezrovnalosti;
7)	Označenie subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil;
8)	Finančné vyčíslenie nezrovnalosti podľa zdrojov financovania;
9)	Popis stavu riešenia nezrovnalosti;
10)	Finančný a administratívny stav nezrovnalosti.
V súlade s čl. 4 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1831/1994 je členský štát povinný bezodkladne oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia SR a/alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, orgán vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002 alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie v súlade s článkom 5 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1831/1994, týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, do 15 kalendárnych dní od zistenia takýchto informácií aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti najmä o informácie týkajúce sa:
•	začatia, skončenia alebo prerušenia akéhokoľvek konania na účely uloženia správnych alebo trestných sankcií vo vzťahu k oznámeným nezrovnalostiam, ako aj výsledku takéhoto konania; 
•	podrobností nezrovnalostí s uloženou sankciou, najmä:
•	charakter sankcie (sankcia uložená v správnom alebo súdnom konaní);
•	charakter porušenia právneho predpisu (sankcia uložená z dôvodu porušenia právneho predpisu EÚ alebo z dôvodu porušenia právneho predpisu SR);
•	ustanovenie právneho predpisu, na ktorého základe bola sankcia uložená;
•	či bol preukázaný podvod.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, orgán vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002 alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči platobnému orgánu a riadiacemu orgánu.
V prípade, ak riadiaci orgán v rámci finančného riadenia KF predpokladá, že sumu nie je možné vymôcť, ani nemožno predpokladať, že bude vrátená, riadiaci orgán je povinný oznámiť Európskej komisii v osobitnej správe prípady nezrovnalostí, u ktorých nie je možné sumu vo výške nezrovnalosti vymôcť, ani nemožno predpokladať, že suma vo výške nezrovnalosti bude vrátená, najmä o výške sumy a o dôležitých skutočnostiach nariadenia Európskej Komisie (ES) č. 1831/1994 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 2168/2005. O zaslaní osobitnej správy Európskej komisii riadiaci orgán informuje bezodkladne platobný orgán. 
K 31. januáru kalendárneho roka riadiaci orgán informuje platobný orgán o všetkých prípadoch podľa nariadenia Komisie (ES) č. 1831/1994 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 2168/2005, ktoré boli riadiacim orgánom zaslané Európskej komisii alebo o skutočnosti, že neeviduje žiadne takéto prípady.
Ad II. – III. Doručenie čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe, resp. doručenie správy z vládneho auditu auditovanej osobe v prípade, ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu, vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Orgán vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002, orgány zúčastnené na vykonávaní vládneho auditu a prizvané osoby vo vypracovanej čiastkovej správe z vládneho auditu, resp. správe z vládneho auditu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a doručia čiastkovú správu z vládneho auditu, resp. správu z vládneho auditu auditovanej osobe a bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa po doručení čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe, resp. správy z vládneho auditu vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti.
Výsledné materiály z vládneho auditu – čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu vrátane podpísaných správ o zistených nezrovnalostiach sú predložené bezodkladne, t.j. najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia čiastkovej správy z auditu/ správy z vládneho auditu auditovanej osobe4, orgánu vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002, platobnému orgánu, príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a príslušnej platobnej jednotke. Zároveň sú orgán vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002, orgány zúčastnené na vykonávaní vládneho auditu a prizvané osoby povinní zistenú nezrovnalosť zaevidovať v  ITMS.
V prípade, ak konečný prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia vládneho auditu podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou správy z vládneho auditu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vrátení finančných prostriedkov. Člen audítorskej skupiny oboznámi konečného prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu oznámenie o vrátení finančných prostriedkov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu. Na účely preukázania vrátenia finančných prostriedkov členovia audítorskej skupiny vyžiadajú od konečného prijímateľa, okrem výpisu z bankového účtu aj kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov, ktorú po prijatí od konečného prijímateľa, zašlú spolu so správou o zistenej nezrovnalosti platobnému orgánu. 
Ad VIII. - IX Doručenie správy z auditu Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov alebo správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
Riadiaci orgán predkladá správu o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov, príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie alebo správu z vyšetrovania OLAF EK platobnému orgánu.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie, Európskym dvorom audítorov alebo vykonaného vyšetrovania OLAF EK, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle platobnému orgánu, konečnému prijímateľovi4 a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v systéme ITMS.
V súvislosti s ďalším riešením nezrovnalosti zistenej na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie riadiaci orgán uplatňuje postup uvedený v čl. 18 nariadenia Rady (ES) č. 1386/2002 a v lehote do dvoch mesiacov od predloženia správy z auditu Európskej komisie zabezpečí predloženie pripomienok členského štátu Európskej komisii, v kópii platobnému orgánu a orgánu vykonávajúci kontrolu podľa čl. 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 1386/2002.

4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov
Opravy financovania spočívajú v zrušení celého príspevku v rámci KF alebo jeho časti. 
Opravy financovania vrátane prípadov vrátených čiastok za nezrovnalosti, ktorých výsledkom nebola finančná oprava, teda vykonáva  platobný orgán formou odpočítania finančných prostriedkov EÚ v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Ak nie je možné odpočítanie finančných prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu na Európsku komisiu (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční platobný orgán spätným prevodom Európskej komisii.
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku zo KF.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v predchádzajúcich odsekoch platobný orgán neodpočítava predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov a zodpovedajúcej sume vo výške porušenia finančnej disciplíny podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel EÚ a rozsah finančných dôsledkov zistenej nezrovnalosti.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho/správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym/správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne/správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.
Vrátenie finančných prostriedkov za nezrovnalosti  na národnej úrovni 
Odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu a s finančnými prostriedkami EÚ ukladá a vymáha príslušná správa finančnej kontroly, príp. Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou a popisom schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia KF v prílohe 15a a 15b.

4.10.3 Vylúčenie z financovania pomoci EÚ
V prípade, ak v rámci projektu financovaného z pomoci EÚ bola zistená nezrovnalosť, ktorej dôsledkom je povinnosť konečného prijímateľa alebo RO/SORO vrátiť finančné prostriedky, resp. prijať nápravné opatrenia a platobný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ, platobný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov od konečného prijímateľa, resp. prijatia nápravných opatrení. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie týchto výdavkov projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutého predfinancovania na účet konečného prijímateľa), riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom po posúdení vylúči neoprávnené výdavky projektu z financovania pomoci EÚ. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie týchto výdavkov projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy s konečným prijímateľom za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od konečného prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky..
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, platobný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia neoprávnené výdavky projektu z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na Európsku komisiu.  Financovanie takýchto výdavkov môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy s konečným prijímateľom za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od konečného prijímateľa na príslušné účty platobného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na Európsku komisiu, platobný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia neoprávnené výdavky projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky platobný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu.  Financovanie takýchto výdavkov môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy s konečným prijímateľom za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od konečného prijímateľa na príslušné účty platobného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu.

4.11 Účtovníctvo 
Subjekty, ktoré sa zúčastňujú na riadení a implementovaní pomoci, vedú samostatný účtovný systém, alebo používajú vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa pomoci. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je platobný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a implementácii KF predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 10 pracovných dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektmi, ktoré účtujú o použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú  platobný  orgán a platobné jednotky.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie operácií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva.
Vedenie účtovníctva platobného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov (ďalej iba „systém ISUF“). Systém ISUF je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom modulov:
•	PS - systém riadenia projektov
(založenie projektu, evidencia údajov o projekte, aktualizácia projektu, aktualizácia rozpočtu projektu, kontrola disponibility rozpočtu projektu - finančného plánu projektu, zmeny rozpočtu projektu, evidencia dokumentov projektu, evidencia štatistických ukazovateľov, vyhodnocovanie realizácie projektu a finančných ukazovateľov projektu)
•	MM - materiálové hospodárstvo 
(založenie zmlúv, evidencia zmlúv, kmeňové údaje o zhotoviteľ/dodávateľoch, kmeňové údaje o odberateľoch, založenie žiadostí o platbu, evidencia žiadostí o platbu,  predbežná finančná kontrola žiadostí o platbu vrátane kontroly dostupnosti zdrojov rozpočtu projektu a zdrojov štátneho rozpočtu, údržba dokumentu)
•	IM - investičný manažment 
(založenie programovej štruktúry, aktualizácia programovej štruktúry, vypracovanie rozpočtu programu, pridelenie rozpočtu programu na projekty, zmeny rozpočtu programu, rozpočtovanie a sledovanie výdavkov na projektoch, sledovanie projektov priradených k programovej štruktúre, vyhodnotenie rozpočtu programu, sledovanie rozpočtu oproti skutočnému čerpaniu prostriedkov)
•	FI - finančné účtovníctvo
(otvorenie a uzavretie účtovných období, kmeňové záznamy k účtovej osnove, účtom, odberateľom (platobná jednotka), zhotoviteľ/dodávateľom (platobný orgán), účtovanie žiadostí o platbu konečného prijímateľa, účtovanie súhrnnej žiadosti o platbu, zaznamenávanie  žiadostí o platbu na Európsku komisiu, spracovanie platobných príkazov, spracovanie bankového výpisu, spracovanie účtovných operácií vo vzťahu k nezrovnalostiam, účtovanie úrokov, dane z prijatých úrokov, aktualizácia kurzovej tabuľky, denná, mesačná, štvrťročná a ročná uzávierka, spracovanie finančných a účtovných výkazov)
•	FM - riadenie rozpočtu
(rozpis schváleného rozpočtu, údržba kmeňových dát ekonomickej a funkčnej klasifikácie, rozpočtovanie, viazanie, rezervácie a uvoľňovanie prostriedkov vo vzťahu k prostriedkom schváleného a upraveného štátneho rozpočtu, presuny prostriedkov na základe spracovávania rozpočtových opatrení / platobných príkazov, kontrola na rozpočet v rámci účtovného dokladu vo vzťahu k predpokladanému výdavku – kontrola disponibility na objektoch rozpočtu, finančné výkazníctvo a reporting v tlačovej a elektronickej forme, statické a dynamické výkazy)
Spracovanie účtovných operácií a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä podľa. zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) súvisiacich s  finančným tokom prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje systém ISUF a je špecifikované v dokumentácii používateľov informačného systému účtovníctva fondov ISUF.  
Každá úroveň programovej štruktúry je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje konečného prijímateľa. Systém ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, IT Monitorovací systém pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačný systém Štátnej pokladnice. 
Platobný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva alebo rozpočtovej organizácie, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Platobný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo správne, úplne, preukázateľne, zrozumiteľne a spôsobom zaručujúcim trvalosť účtovných záznamov. Účtovná dokumentácia ako súhrn všetkých účtovných záznamov (najmä účtovné doklady, účtovné zápisy, účtovné knihy, účtový rozvrh a účtovná závierka) je vedená v elektronickej a písomnej forme a to spôsobom, ktorý zabezpečí trvalosť po celú dobu spracovania a úschovy účtovnej dokumentácie, t. j. musí byť dostatočne chránená pred jej možnou stratou, odcudzením, zneužitím, poškodením alebo zničením, vrátane elektronických nosičov dát a ich pravidelného zálohovania.
Finančné prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve platobného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov EÚ na mimorozpočtových účtoch pre príslušné projekty platobného orgánu na základe zálohovej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky. 
Povinnosť osobitného (analytického) zaznamenávania operácií týkajúcich sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu u konečného prijímateľa zabezpečuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v zmluve s KP. 
Koneční prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Platby vykonané konečnými prijímateľmi sa dokladujú účtovnými dokladmi. Koneční prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.

4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) a nariadeniami EÚ (Nariadenie Rady č. 1386/2002 ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci KF a postupy pre vykonávanie finančných opráv) sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa rozpočtového programovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky KF a prostriedky zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Platobný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov KFa z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu na Európsku komisiu.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou s konečným prijímateľom bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Platobný orgán, riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky a koneční prijímatelia uchovávajú účtovnú a podpornú dokumentáciu k projektom po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia KF vyhotovuje príslušný doklad minimálne v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu.
Prijímateľ zabezpečí, aby dodávateľ/zhotoviteľ vyhotovoval účtovné doklady minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden archivuje konečný prijímateľ, ďalší sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ich overenú kópiu platobná jednotka. V prípade, ak má konečný prijímateľ k dispozícii len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva konečný prijímateľ a kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu konečného prijímateľa uchováva sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.

4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení EÚ a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2004 – 2006 vo vzťahu k finančnému riadeniu KF tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného projektu v rozhodnutí EK je uvedený v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK sa predkladajú na EK v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z EK musí byť vypracovaný v EUR;
•	sumy vajadredné v záverečnej správe o implementácii projektu musia byť vyjadrené v EUR;
•	zmluvy s konečným prijímateľom sa uzatvárajú v EUR;
•	platby konečnému prijímateľovi sa realizujú v mene EUR;
•	zmluvy s zhotoviteľ/dodávateľom uzatvára konečný prijímateľ v EUR (do 31.12.2008 v SKK).
Výdavky predložené certifikačnému orgánu v súhrnných žiadostiach o platbu do 31.12.2008 sú Európskej komisií deklarované v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1164/1994 kurzom Európskej centrálnej banky platným v predposledný pracovný deň v mesiaci, ktorý predchádzal mesiacu, počas ktorého bol výdavok zaznamenaný v účtovníctve platobného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu platobného orgánu (bola schválená súhrnná žiadosť o platbu v prípade nedostatku zdrojov na mimorozpočtovom účte platobného orgánu). Tento kurz (SKK/EUR) za obdobie do 31.12.2008 Európska komisia zverejňovala elektronicky každý mesiac.
Od 01.01.2009 v rámci finančného riadenia KF môžu vznikať kurzové rozdiely len na úrovni konečného prijímateľa.
Používanie mien pri prevode finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa
Pre sektor dopravy znáša akékoľvek kurzové straty vzniknuté z titulu rozdielu medzi sumou uvedenou v zmluve s konečným prijímateľom a reálnym čerpaním vyjadreným v EUR samotný konečný prijímateľ. Tzn., že v prípade, ak konečný prijímateľ vyčerpá alokáciu vyjadrenú v EUR v rámci zmluvy v zmysle nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994, pričom zmluvné záväzky voči zhotoviteľovi/dodávateľovi nebudú vysporiadané, rozdiel hradí konečný prijímateľ z vlastných zdrojov. 
Pre sektor životného prostredia je preplácanie nenávratného finančného príspevku pre všetky projekty zabezpečené do úrovne 100 % podľa kurzu 38 SKK/EUR, a to za prostriedky Kohézneho fondu aj za spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Tzn., že z prostriedkov Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu sú uhrádzané výdavky konečnému prijímateľovi do dosiahnutia úrovne stanovenej v EUR v príslušnom rozhodnutí pri použití aktuálneho výmenného kurzu SKK/EUR v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1164/1994. Výdavky nad rámec tejto úrovne až do výšky sumy stanovenej v EUR v príslušnom rozhodnutí prepočítanej výmenným kurzom 38 SKK/EUR sú konečným prijímateľom hradené z prostriedkov štátneho rozpočtu. Výdavky nad rámec úrovne 100 % prepočítanej sumy stanovenej v EUR v príslušnom rozhodnutí podľa kurzu 38 SKK/EUR hradí samotný konečný prijímateľ. 
V prípade, ak konečný prijímateľ v oboch sektoroch nedočerpá alokáciu vyjadrenú v EUR v rámci zmluvy, pričom zmluvné záväzky voči zhotoviteľovi/dodávateľovi budú vysporiadané, nevyčerpané prostriedky v EUR nad úroveň stanovenú v príslušnom rozhodnutí EK pre projekt KF, môže konečný prijímateľ použiť prostredníctvom rozhodnutia Komisie, prípadne sa použijú na iné projekty KF, na základe schválenia vládou SR.
V prípade, ak konečný prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v EUR. Prípadné rozdiely z dôvodu použitia rôznych mien znáša konečný prijímateľ.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných konečným prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným konečný prijímateľ:
•	pri prevode finančných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v EUR na účet dodávateľa/zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundáciu);
•	pri prevode finančných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa/zhotoviteľa v rovnakej cudzej mene použije referenčný výmenný kurz určený a vyhlásený Európskou centrálnou bankou v deň predchádzajúci dňu uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundáciu).

5. Monitorovanie a elektronická výmena informácií
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie KF je vybudovanie IT monitorovacieho systému, ktorý bude slúžiť na sledovanie stavu čerpania prostriedkov na úrovni jednotlivých projektov KF.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia KF zabezpečuje v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci EÚ vrátane čerpania prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré jednotlivé subjekty zodpovedajú.
IT monitorovací systém zahŕňa procesy programovania, monitorovania, finančného riadenia, následnej finančnej kontroly a vnútorného auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
•	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov ISUF;
•	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismi EÚ a SR (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1164/1994, nariadenie EK (ES) č. 1386/2002, zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov);
•	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie KF prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
•	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
•	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno - technologickej infraštruktúry.

6. kontrola a audit
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou  na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov EÚ.
 V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 502/2001 Z. z.“)  Ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu, vnútorný audit a vládny audit koordinuje plánovanie a vykonávanie následnej finančnej kontroly a vládneho auditu, metodicky usmerňuje vykonávanie finančnej kontroly a vládneho auditu, vrátane vládneho auditu prostriedkov KF poskytnutých Slovenskej republike. V rámci koordinácie je oprávnené požiadať o vykonanie vládneho auditu iný auditujúci orgán.
Povinnosť a spôsob vykonávania vládneho auditu KF ako prostriedkov EÚ vyplýva z legislatívy SR a legislatívy EÚ. Pri vykonávaní vládneho auditu sa zohľadňujú poznatky získané od iných členských štátov a odporúčania príslušných generálnych riaditeľstiev EK. Náležitosti vykonávania vládneho auditu projektov KF sú stanovené v Postupoch pre vládny audit štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo.

6.1 Vládny audit
Vládny audit operácií KF sa vykonáva v zmysle všeobecne záväzných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv. 
Vládny audit je nezávislá, objektívna, overovacia, hodnotiaca a uisťovacia činnosť, ktorá je zameraná najmä na:
a)	overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly KF, ktoré sa vykonáva ako systémový audit,
b)	overenie deklarovaných výdavkov EK na vhodnej vzorke operácií, ktoré sa vykonáva ako audit operácií.
Sekcia auditu a kontroly MF SR je v zmysle ustanovenia § 3 písm. a) zákona č. 502/2001    Z. z. zodpovedná za koordináciu plánovania a výkonu vládnych auditov projektov KF.
Sekcia auditu a kontroly vypracováva ročný plán vládnych auditov na príslušný kalendárny rok v spolupráci s príslušnými orgánmi podieľajúcimi sa na vykonávaní vládneho auditu. Sekcia auditu a kontroly vykonáva vládny audit v spolupráci s útvarmi kontroly a útvarmi auditu príslušných ministerstiev a so správami finančnej kontroly.   
Útvary podieľajúce sa na vykonávaní vládneho auditu musia byť organizačne a funkčne oddelené od RO, SORO, PJ a PO a ďalších orgánov podieľajúcich sa na riadení a implementácii KF. 
Pri vykonávaní vládneho auditu auditujúce orgány sú povinné postupovať v súlade s ustanoveniami § 35b až 35f zákona č. 502/2001 Z. z.. V prípade potreby sú povinné spolupracovať so zástupcami orgánov Európskej únie v zmysle § 7 uvedeného zákona.
Čiastkové správy z vládnych auditov a správy z vládnych auditov predkladajú auditujúce orgány bezodkladne po ukončení vládneho auditu sekcii auditu a kontroly. 
Ročné správy o výsledkoch vládnych auditov zahŕňajúce aj prostriedky spolufinancovania z KF predkladajú auditujúce orgány sekcii auditu a kontroly. 
Ostatné náležitosti vykonávania vládneho auditu sú uvedené v Postupoch pre vládny audit štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo.“

6.2 Ukončenie pomoci
Vystavenie vyhlásenia o ukončení pomoci pre projekt KF a jeho postúpenie na EK je jednou z nevyhnutných podmienok pre prijatie záverečnej platby na daný projekt KF z EK. Vyhlásenie o ukončení pomoci sa vystavuje po ukončení projektu KF. Orgánom povereným vydávaním vyhlásenia o ukončení pomoci je na základe uznesenia vlády SR č.1029/2002 Najvyšší kontrolný úrad SR.
Vystavovanie vyhlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním vyhlásenia o ukončení pomoci musí byť pri jeho vystavovaní nezávislý od riadiaceho orgánu, platobnej jednotky a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom;
2.	orgán poverený vydávaním vyhlásenia o ukončení pomoci vykoná preverenia potrebné pre jeho vystavenie v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardami;
3.	riadiaci orgán, platobný orgán, platobná jednotka a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom poskytujú orgánu vydávajúcemu vyhlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci;
4.	orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny, že príslušné transakcie sú zákonné a správne, že projekt KF bol realizovaný v súlade s podmienkami rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci a že ciele projektu KF podľa uvedeného rozhodnutia boli dosiahnuté;
5.	vyhlásenie o ukončení pomoci je vystavené vo forme podľa prílohy III Nariadenia EK (ES) č. 1386/2002;
6.	vyhlásenie o ukončení pomoci je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby,
d)	záverečnej správy o projekte KF;
7.	súčasťou vyhlásenia o ukončení pomoci je správa obsahujúca všetky zodpovedajúce údaje, z ktorých vyhlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nálezov všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým mal orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci prístup;
8.	v prípade existencie závažných nedostatkov, v riadení alebo kontrole alebo značného výskytu zistených nezrovnalostí, alebo v prípade pochybností o tom, či bol projekt KF realizovaný správne, ktoré neumožnia poskytnúť celkovú pozitívnu záruku ohľadne platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného výkazu výdavkov, vo vyhlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
9.	vyhlásenie o ukončení pomoci zasiela orgán poverený jeho vydávaním priamo na Európsku komisiu a na platobný orgán a riadiaci orgán pre informáciu;
10.	v prípade, ak existujú vážne prekážky pri vypracovaní vyhlásenia o ukončení pomoci, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR; informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení; ak je vyhlásenie o ukončení pomoci následne zaslané EK, obsahuje už opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.
Podrobné ustanovenia týkajúce sa povinnosti subjektov zapojených do finančného riadenia KF vo väzbe k ukončeniu projektov v rámci programového obdobia 2004 – 2006 stanovuje usmernenie MF SR č. 01/2008-U k ukončeniu pomoci z Kohézneho fondu a ISPA/Kohézneho fondu na programové obdobie 2004 – 2006.

6.3 Externý audit
Keďže do riadenia a implementácie KF je zapojené pomerne veľké množstvo subjektov, výkon auditu môžu zabezpečovať viaceré orgány, ktoré zahrnujú:
-	Európsky dvor audítorov (externý audit Európskej komisie),
-	audit príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie,
-	súkromné audítorské firmy.
Európsky dvor audítorov je nezávislou inštitúciou, ktorej úlohou je podporovať Európsky parlament a Radu Európskej únie pri vykonávaní ich právomocí v oblasti kontroly realizácie rozpočtu. V rámci svojej činnosti Dvor vo vzťahu ku KF vykonáva systémový a finančný audit v inštitúciách Európskej komisie, ako aj v členských štátoch na orgánoch zodpovedných za realizáciu pomoci z EÚ.
K najdôležitejším úlohám Európskeho dvoru audítorov patrí preverenie:
a)	účtov všetkých príjmov a výdavkov EÚ,
b)	či výdavky boli prijaté a realizované zákonným spôsobom,
c)	či finančné riadenie je správne.
Generálne riaditeľstvo Európskej komisie pre regionálnu politiku je zodpovedné za riadenie KF, pričom má zriadený útvar auditu. Hlavným cieľom auditov realizovaných útvarom auditu je určiť:
a)	do akej miery má členský štát vytvorené vhodné riadiace a kontrolné systémy a do akej miery tieto systémy spĺňajú požiadavky na správnosť a zákonnosť operácií,
b)	správnosť deklarovaných výdavkov Európskej komisii,
c)	výšku neoprávnených výdavkov v prípadoch, keď sa dokázalo, že riadiace a kontrolné systémy členského štátu sú nevhodné.
Za účelom vykonania externého auditu môže ktorýkoľvek subjekt zúčastňujúci sa finančného riadenia KF, vrátane konečného prijímateľa, uzatvoriť zmluvu so súkromnou audítorskou firmou. Externý audit týchto subjektov môže vykonať súkromná audítorská firma zo SR alebo zo zahraničia. 

7. prílohy

Príloha 1	Štruktúra kódov pre nezrovnalosti (kódy OLAF EK) a finančné vysporiadanie	
Príloha 2	Správa o zistenej nezrovnalosti	
Príloha 3a – 3b	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu	
Príloha 4a – 4b	Žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a Pokyny k vyplneniu žiadosti o predfinancovanie	
Príloha 5	Finančné toky prostriedkov Kohézneho fondu	
Príloha 6	Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu	
Príloha 7	Finančné toky prostriedkov Kohézneho fondu pri vrátení neoprávnene použitých finančných prostriedkov Európskej komisii	
Príloha 8a – 8b	Prehlásenie o overení	
Príloha 9	Súhrnná žiadosť o platbu	
Príloha 10a – 10b	Čiastkový výkaz výdavkov	
Príloha 11	Schéma obehu informačných tokov	
Príloha 12a – 12d	Odhad očakávaných výdavkov pre projekty Kohézneho fondu	
Príloha 13a – 13b	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov	
Príloha 14a – 14b	Oznámenie o vrátení finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov	
Príloha 15	Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia Kohézneho fondu