Koncepcia systému finančného riadenia
Kohézneho fondu

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky

Koncepcia systému finančného riadenia Kohézneho fondu je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Rámcová dohoda medzi EK a vládou SR o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, ktoré vyplývajú z Nariadenia Rady č. 3906/89/EHS z 18.12.1989 ako aj jeho dodatku Nariadenia Rady 1764/93/EHS;
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi ES a ich členskými štátmi na jednej strane a SR na strane druhej podpísaná dňa 4.10.1993;
•	Proces rozširovania a podmienky prijatia nových členov sú upravené v základných dokumentoch EÚ ako Agenda 2000, Biela kniha (Whitepaper) a Partnerstvo pre vstup.

b)	Základné právne predpisy ES
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie Rady  94/1164/ES zo 16.mája 1994 ustanovujúce KF;
•	Nariadenie Rady 99/1264/ES, ktoré mení a dopĺňa Nariadenie Rady 94/1164/ES z 21.júna 1999;
•	Nariadenie Rady 99/1265/ES, ktoré mení a dopĺňa prílohu II Nariadenia Rady 94/1164/ES z 21.júna 1999;
•	Rozhodnutie EK 96/455/ES z 25.júna 1996, týkajúce sa opatrení pre informovanie a zverejňovanie, ktoré budú musieť vykonávať členské štáty a EK v súvislosti s aktivitami KF podľa Nariadenia Rady (ER) 1164/94.
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady 2002/1386/ES ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci KF a postupy pre vykonávanie finančných opráv;
•	Nariadenie EK 94/1831/ES týkajúce sa porušenia predpisov a vrátenia súm neoprávnene vyplatených v súvislosti s financovaním KF a organizácie informačného systému v tejto oblasti z 26.júla 1994;
•	Nariadenie EK 2005/2168/ES, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Komisie (ES) č. 1831/94 o nezrovnalostiach a spätnom získaní súm neoprávnene vyplatených v súvislosti s financovaním Kohézneho fondu a o organizácii informačného systému v tejto oblasti;
•	Nariadenie Rady 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov ES z 18.decembra 1995;
•	Nariadenie Rady 96/2185/ES o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných EK za účelom ochrany finančných záujmov ES pred spreneverou a inými podvodmi.
Nariadenia upravujúce oprávnenosť výdavkov
•	Nariadenie EK 2003/16/ES, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie Nariadenia Rady 94/1164/ES ohľadne oprávnenosti výdavkov v kontexte opatrení čiastočne financovaných z KF.
Nariadenia upravujúce všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Rady 2002/1605/ES z 25. júna 2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet ES; 
•	Nariadenie Komisie 2002/2342/ES z 23. decembra 2002 ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady 2002/1605/ES o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet ES.

c)	Základné právne predpisy SR

Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov;
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z.;
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov; 
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol v znení vyhlášky Ministerstva financií SR č. 738/2004 Z. z., ktorou sa mení a dopĺňa vyhláška Ministerstva financií SR č. 517/2001 Z. z. o obsahu ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol;
•	Vyhláška Ministerstva financií SR č. 286/2002 Z. z., ktorou sa ustanovujú podrobnosti o obsahu ročnej  správy o činnosti vnútorného audítora a o vykonávaní vnútorného auditu.
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov;
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov;
•	Zákon č. 523/2003 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene zákona č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov;
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov;
•	Zákon NR SR č. 282/2006 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 576/2007 Z. z. o zdravotnej starostlivosti, službách súvisiacich s poskytovaním zdravotnej starostlivosti a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov; 
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona 606/2004 Z. z.;
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov;
•	Zákon NR SR č.254/1998 Z. z. o verejných prácach;
•	Zákon č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov v znení neskorších predpisov;
•	Zákon č. 18/1996 Z. z. o cenách v znení neskorších predpisov.

2. Základné definície a pojmy

Pre účely systému finančného riadenia Kohézneho fondu (KF) sa rozumie:
a)	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci z KF na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
b)	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly KF.
c)	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný projekt podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje ES. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí neoddeliteľnú prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu.
d)	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti –Fraud office, ďalej len „OLAF“) – inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov EÚ, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nesprávnym aktivitám, vrátane úradnej moci v rámci inštitúcií EÚ. V podmienkach SR úlohu  kontaktného bodu pre OLAF  plní Úrad vlády SR, sekcia kontroly, odbor Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR (ďalej len „ CKÚ OLAF pre SR“).
e)	Kohézny fond (ďalej len KF) - finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 90 % priemeru EÚ 25. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
f)	Konečný prijímateľ - orgán, organizácia, právnická osoba alebo administratívna jednotka, ktorá má prospech z projektu KF.. 
g)	Monitorovací výbor pre Kohézny fond – orgán zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii jednotlivých projektov KF, ktorý je zložený zo zástupcov EK, riadiaceho orgánu, platobného orgánu, implementačných orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, medzinárodných finančných a úverových inštitúcií a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca menovaný riadiacim orgánom.
h)	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia konania hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva.
i)	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov a výdavkov konečného prijímateľa v súlade s právnymi predpismi Európskeho spoločenstva a SR, a ktoré boli vynaložené v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám ES (Nariadenie Komisie (ES) č. 16/2003, ktorým sa stanovujú podrobné pravidlá realizácie Nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994 ohľadne oprávnenosti výdavkov súvisiacich s opatreniami spolufinancovanými z KF).
j)	Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci z Kohézneho fondu - nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci z KF, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci z KF Najvyšší kontrolný úrad SR.
k)	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy zodpovedná za prevod prostriedkov z KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou konečnému prijímateľovi. Platobnú jednotku určuje vláda v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
l)	Platobný orgán - orgán menovaný členským štátom pre účely vypracovania a predkladania žiadostí o platby a prijímanie platieb od EK. Platobný orgán zodpovedá za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby z Európskej komisie. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy platobného orgánu Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
m)	Prehlásenie o overení - dokument vypracovaný sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom potvrdzujúci, že čiastky deklarované konečným prijímateľom sú oprávnené.
n)	Riadiaci orgán - orgán zodpovedný za všeobecné riadenie a koordináciu operácií KF na národnej úrovni. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy riadiaceho orgánu Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR.
o)	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
p)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - orgán zriadený ako samostatný útvar na vecne príslušnom ministerstve (Ministerstvo životného prostredia SR a Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR), ktorý zodpovedá za riadenie  KF za príslušnú oblasť (doprava alebo životné prostredie) a vykonáva určité úlohy delegované z riadiaceho orgánu. Zodpovedá za posudzovanie, hodnotenie, výber a predkladanie projektov životného prostredia, resp. dopravnej infraštruktúry a vypracovanie finančných plánov pre projekty KF. Rozsah a definovanie delegovaných úloh je v kompetencii riadiaceho orgánu.
q)	Systém finančného riadenia - komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, prostredníctvom ktorých sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, platba na EK, sledovanie finančných tokov a overovanie pri realizácii pomoci z Kohézneho fondu.
r)	Štátna pokladnica - orgán štátnej správy zriadený v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
s)	Štrukturálne fondy - nástroje štrukturálnej politiky ES využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja, Európsky sociálny fond, Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond - usmerňovacia sekcia a Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu.
t)	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn oprávnených výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný platobným orgánom a tvorí prílohu k  žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK.
u)	Účtovný doklad - doklad definovaný v  § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve  v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí konečného prijímateľa o platbu a žiadostí konečného prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v ods. 1 písm. a), b), c), d) a f).
v)	Zmluva s KP - zmluva o podpore projektu financovaného z KF a štátneho rozpočtu (ďalej len Zmluva s KP). Uzatvárajú sa tri typy zmlúv:
-	Zmluva o poskytnutí finančného príspevku a implementácii projektu KF  v rámci sektora životného prostredia. Zmluva sa uzatvára medzi MŽP SR  a konečným prijímateľom,
-	Zmluva o implementácii a financovaní projektu železničnej infraštruktúry. Zmluva sa uzatvára medzi MDPT SR a konečným prijímateľom (ŽSR),
-	Zmluva o implementácii a financovaní projektu cestnej infraštruktúry. Zmluva sa uzatvára medzi MDPT SR a konečným prijímateľom (NDS).
w)	Žiadosť o platbu KP –  doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a povinných príloh, na základe ktorého sú konečnému prijímateľovi uhrádzané prostriedky Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v príslušnom pomere.

3. Subjekty a ich zodpovednosti 
Do systému finančného riadenia projektov KF sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	riadiaci orgán 
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
-	platobný orgán 
-	platobné jednotky 
-	monitorovací výbor 
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektami:
-	orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci
-	sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov Ministerstva financií SR
-	sekcia kontroly Ministerstva financií SR
-	kontrolné útvary ministerstiev
-	Správy finančnej kontroly (SFK)
-	útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky
-	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov KF je náležité oddelenie riadiacej funkcie, platobnej funkcie a funkcie následnej finančnej kontroly. 

Inštitucionálne usporiadanie RO a SORO pre KF

RIADIACI ORGÁN	
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR	
Sekcia stratégie rozvoja regiónov
Odbor riadenia programov
Oddelenie OPZI a KF	
SPROSTREDKOVATEĽSKÝ ORGÁN	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Sekcia riadenia projektov	Ministerstvo životného prostredia SR
Sekcia environmentálnych programov a projektov	

Organizačná zložka zodpovedná za implementáciu projektov je na Ministerstve životného prostredia SR odbor implementácie projektov – oddelenie implementácie veľkých investičných projektov.

3.1 Riadiaci orgán 
Za riadiaci orgán pre Kohézny fond bolo uznesením vlády SR č. 678/2002 určené Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky. 
Riadiaci orgán  vo vzťahu k finančnému riadeniu zabezpečuje:  
•	vypracovanie strategického programového dokumentu pre KF vrátane finančného plánu pre obdobie 2004 – 2006 a indikatívneho zoznamu projektov; 
•	koordináciu súladu pomoci z KF s politikami ES a pomoci zo štrukturálnych fondov;
•	vytvorenie vhodného systému implementácie pre projekty KF;
•	programovanie, posudzovanie žiadostí o podporu z KF a výber projektov KF na základe Stratégie Slovenskej republiky pre KF 2004-2006;
•	uzatvorenie Splnomocnenia o delegovaní právomocí medzi riadiacim orgánom a sprostredkovateľským orgán pod riadiacim orgánom a jeho predloženie platobnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od podpisu;
•	overovanie výkonu úloh delegovaných riadiacim orgánom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom v splnomocnení o delegovaní právomocí;
•	metodické riadenie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom;
•	vypracovanie a predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr maximálne do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	predkladanie aktualizovaného finančného plánu pre projekty KF a odhadu výdavkov na projekty KF na bežný a nasledujúci rok maximálne do 30. marca na platobný orgán za účelom stanovenia výšky ročných záväzkov zo strany EK;
•	vykonávanie činností sekretariátu Monitorovacieho výboru pre KF a predsedanie jeho rokovaniam; 
•	monitorovanie implementácie projektov KF a vykonávanie ostatných činností v súvislosti s monitorovaním;
•	zabezpečovanie aktualizácie a vývoja ITMS podľa aktuálnych potrieb v oblasti programovania; v oblasti finančného riadenia v spolupráci s MF SR;
•	predkladanie ročných správ o realizácii projektu KF na EK po ich schválení Monitorovacím výborom pre KF;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti vrátane jej aktualizácií platobnému orgánu a v kópii platobnej jednotke najneskôr do 5 pracovných dní od jej zistenia ;
•	evidencia identifikovaných nezrovnalostí do monitorovacieho systému;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o  výsledku externého auditu riadiaceho orgánu platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu na každej úrovni riadenia KF;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi. 
Riadiaci orgán deleguje výkon niektorých svojich funkcií na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom. Rozsah týchto úloh je stanovený v  splnomocnení o delegovaní právomocí medzi týmito orgánmi. Celková zodpovednosť za zabezpečenie výkonu operácií a ich správnosti v rámci projektov KF zostáva na riadiacom orgáne.

3.2 Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú útvary zriadené v rámci organizačnej štruktúry Ministerstva životného prostredia SR za sektor životného prostredia a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR za sektor dopravy. Za Ministerstvo životného prostredia SR vykonáva túto funkciu sekcia environmentálnych programov a projektov. Funkciu sprostredkovateľského orgánu v rámci Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR zabezpečuje sekcia riadenia projektov.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je zodpovedný za plnenie  úloh, ktoré mu boli stanovené splnomocnením o delegovaní právomocí. Vzhľadom k tomu, že SORO sa svojou mierou podieľa na finančnom riadení projektov KF, úlohy a aktivity SORO, ktoré nie sú uvedené v splnomocnení o delegovaní právomocí, a to najmä z oblasti finančného riadenia, vykonáva SORO tak, ako mu ukladá táto Koncepcia a v súlade s usmerneniami vydanými platobným orgánom.
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú vo vzťahu k finančnému riadeniu zodpovedné najmä za:
•	vypracovanie a predloženie vnútorného manuálu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu, riadiacemu orgánu a sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	prijímanie a schvaľovanie projektov od konečných prijímateľov; 
•	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	overovanie podľa čl. 4 nariadenia EK č. 2002/1386/ES, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola žiadosti konečného prijímateľa o platbu, ktorá zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu, 
-	kontrolu na mieste podľa potreby;
•	v rámci administratívnej kontroly žiadosti konečného prijímateľa o platbu:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti;
-	vecnú kontrolu, ktorá zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola položiek tvoriacich účtovný doklad a ich porovnanie s finančným plánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, kontrola na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek,
iii)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
•	v rámci kontroly na mieste overenie najmä:
-	dodávky spolufinancovaných tovarov, prác a služieb, 
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve konečného prijímateľa,
-	zabezpečenia publicity a pod.;
•	kontrolu na mieste podľa čl. 4 nariadenia EK č. 2002/1386/ES, pri ktorej sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t.j. aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
•	zasielanie kópie Zmlúv so zhotoviteľom a dodávateľom na platobnú jednotku;
•	schvaľovanie a predloženie žiadosti konečného prijímateľa o platbu;
•	vystavenie prehlásenia o overení a predloženie spolu so žiadosťou o platbu platobnej jednotke; 
•	predkladanie žiadostí o zmenu alebo doplnenie rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci z KF na platobný orgán a následne na riadiaci orgán;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti vrátane jej aktualizácií platobnému orgánu a v kópii platobnej jednotke najneskôr do 5 pracovných dní od jej zistenia;
•	predkladanie kópií dokumentov identifikujúcich vrátenie finančných prostriedkov na účet MF SR na platobný orgán (žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov);
•	predkladanie materiálov (správ, protokolov, záznamov) o výsledkoch  následných kontrol sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykonaných mimo rámec minimálnej 15 % kontroly, platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a správ o výsledku externého auditu implementačného orgánu platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	dodržiavanie usmernení platobného orgánu k finančnému riadeniu;
•	monitorovanie projektov minimálne po dobu 5 rokov od nadobudnutia účinnosti zmluvy s KP  za účelom zachovania povahy projektov;
•	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi;
•	účasť na rokovaniach Monitorovacieho výboru pre KF.

3.3 Platobný orgán
Funkciou platobného orgánu bolo v zmysle uznesenia vlády SR č.133 z 13. februára 2002 poverené Ministerstvo financií SR. V rámci MF SR zabezpečuje túto funkciu sekcia európskych a medzinárodných záležitostí.
Platobný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu KF zabezpečuje:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;
•	koordináciu systému finančného riadenia KF;
•	koordináciu platobných jednotiek, riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom v oblasti finančného riadenia KF;
•	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu;
•	metodické usmerňovanie platobných jednotiek, riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom pri finančnom riadení KF;
•	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením a kontrolou KF na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
•	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie;
•	vypracovanie zmien v Koncepcii systému finančného riadenia KF a  ich predkladanie ministrovi financií, príp. vláde SR na schválenie; 
•	poskytovanie výnimiek z Koncepcie systému finančného riadenia KF na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí príslušných orgánov adresovaných ministrovi financií;
•	zriadenie a spravovanie mimorozpočtových účtov pre príjem a výdaj prostriedkov EÚ v Štátnej pokladnici;
•	zostavenie a zaslanie žiadostí o zálohovú, priebežnú a záverečnú platbu a spolu s výkazom výdavkov Európskej komisii na základe  čiastkových výkazov výdavkov predložených platobnými jednotkami;
•	koordináciu pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	predbežnú finančnú kontrolu súhrnnej žiadosti o platbu, ktorá zahrňuje:
a)	administratívnu kontrolu,
b)	na základe analýzy rizík kontrolu na mieste na jednotlivých úrovniach riadenia (priebežná certifikácia);
•	v rámci administratívnej kontroly:
-	formálnu kontrolu, ktorá zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
-	vecnú kontrolu, ktorá zahrňuje kontrolu správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
•	v rámci kontroly na mieste (priebežnej certifikácie) vykonávanie kontrol na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti, 
-	boli vykonané kontroly dodania spolufinancovaných tovarov, služieb a prác,
-	nárokované výdavky sú reálne, 
-	sa postupovalo v súlade s právnymi predpismi ES a SR a ostatnými záväznými dokumentmi, 
-	existuje podporná dokumentácia, 
-	sa uchováva a dodržiava audit trail.
V prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalostí okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný projekt KF a informovanie Centrálneho kontaktného útvaru  OLAF pre  SR, resp. aj sekcie auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR v prípade, že platobný orgán požiada sekciu auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR o vykonanie následnej finančnej kontroly.
•	certifikáciu výkazu výdavkov na EK (podrobnejšie k certifikácii v časti 4.9);
•	príjem prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty MF SR;
•	prevod finančných prostriedkov KF z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmový účet príslušného ministerstva na základe schválenej súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
•	prevod finančných prostriedkov KF konečnému prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky;
•	zostavenie a predloženie odhadu čerpania očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiaceho orgánu každý rok do 30. apríla;
•	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov KF pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
•	finančné opravy prostriedkov KF na základe požiadaviek Európskej komisie;
•	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	vypracovanie a predkladanie Centrálnemu kontaktnému útvaru OLAF pre SR na Úrade vlády SR podkladov k štvrťročným správam o nezrovnalostiach (správy o zistených nezrovnalostiach);
•	vypracovanie a predkladanie Európskej komisii vždy do 31. marca ročný výkaz vrátených neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov čakajúcich na vymoženie a výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť;
•	zavedenie jednotného systému účtovníctva pre platobný orgán a platobné jednotky (Informačného systému pre účtovanie fondov – ISUF), vrátane zabezpečenia jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jednotky;
•	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu systémov ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému prostredníctvom odboru integrovanej podpory MF SR;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie knihy dlžníkov v súlade s článkom 7 Nariadenia EK 1386/2002/ES;
•	sledovanie, či riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky vykonali nápravné opatrenia v nadväznosti na vykonané externé audity, vnútorné audity a kontroly týchto orgánov;
•	účasť na rokovaniach Monitorovacieho výboru pre KF.
3.4 Platobná jednotka
Základnou úlohou platobných jednotiek je v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečnému prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly. 
Funkciu platobných jednotiek vykonávajú samostatné útvary v rámci rezortných ministerstiev – Ministerstva životného prostredia SR a Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR. 

inštitúcia	Organizačná zložka	
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR	sekcia rozpočtu a vnútornej správy - odbor rozpočtu a financovania	
Ministerstvo životného prostredia SR	Sekcia environmentálnych programov a projektov – odbor financovania a platieb projektov	

Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu KF zabezpečujú:
•	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
•	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti platobnému orgánu a sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;  
•	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
•	vykonávanie predbežnej finančnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa formálnu kontrolu dokumentov predložených sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, kontrolu súladu žiadostí s finančným plánom projektu a s rozpočtovým limitom pre daný projekt;
•	prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie  konečným prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov systémom predfinancovania alebo refundácie;  
•	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov platobnému orgánu v stanovených termínoch;
•	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a platieb spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	vedenie výkazníctva a uschovávanie dokladov;
•	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov;
•	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti vrátane jej aktualizácií platobnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od jej zistenia a oznámenie príslušnému útvaru následnej finančnej kontroly;
•	predkladanie kópií dokumentov identifikujúcich vrátenie finančných prostriedkov na účet MF SR na platobný orgán (žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov);
•	predkladanie správ o výsledkoch vykonaných kontrol platobnej jednotky subjektami, okrem tých, ktoré vykonávajú minimálnu 15 % kontrolu, platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky platobnému orgánu maximálne do 5 pracovných dní od ich podpisu;
•	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na platobnej jednotke a odpočty ich plnenia platobnému orgánu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
•	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi.

3.5 Monitorovací výbor pre Kohézny fond
Monitorovací výbor pre Kohézny fond (ďalej len „výbor“) je orgán monitorovania implementácie projektov spolufinancovaných z Kohézneho fondu, zriadený v súlade s článkom F Prílohy II nariadenia Rady (ES) č. 1164/1994, ktorým sa zakladá Kohézny fond v platnom znení. Týmto, v zmysle princípu partnerstva, prostredníctvom svojich členov, prezentuje verejný záujem na sociálno-ekonomickej súdržnosti v rámci Slovenskej republiky. 
Monitorovací výbor zasadá minimálne dvakrát ročne.
Monitorovací výbor pre KF je zodpovedný predovšetkým za nasledovné úlohy:
a)	monitoruje projekty podľa pravidiel stanovených v rozhodnutí Európskej komisie o poskytnutí pomoci,
b)	prejednáva a schvaľuje návrhy na zmenu obsahu Rozhodnutia komisie o poskytnutí pomoci z KF,
c)	prerokúva a schvaľuje výročnú správu o realizácii projektu pred jej predložením Komisii,
d)	posudzuje a schvaľuje záverečnú správu o ukončení projektu pred jej predložením Komisii,
e)	skúma efektívnosť využívania prostriedkov KF a navrhuje príslušné opatrenia,
f)	informuje médiá v súlade s čl. 10 a 11 nariadenia Európskej komisie č. 621/2004,
g)	schvaľuje Rokovací poriadok Monitorovacieho výboru pre Kohézny fond.	
3.6 Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci 
Orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci z KF pre jednotlivé projekty, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na obdržanie záverečnej platby z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu,, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a PJ a od osôb vykonávajúcich certifikáciu v rámci platobného orgánu. 
Najvyšší kontrolný úrad SR v pozícii orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení pomoci vykonáva kontroly podľa medzinárodne akceptovaných kontrolných štandardov ISAs (IFAC) a INTOSAI.

3.7  Sekcia  kontroly Ministerstva  financií SR 
Odbor metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu v rámci tejto sekcie vykonáva funkcie centrálnej harmonizačnej jednotky pre finančnú kontrolu a vnútorný audit.
Odbor metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Sekcie kontroly Ministerstva financií SR je vo vzťahu ku KF zodpovedný najmä za:
•	vypracovávanie koncepcie verejnej vnútornej finančnej kontroly (PIFC), vypracovávanie  návrhov všeobecne záväzných právnych predpisov pre oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu v súlade s platnou legislatívou EÚ, vypracovávanie metodických  predpisov pre oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	hodnotenie a monitorovanie úrovne (kvalita a zhoda) vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu, ktoré sú orgány verejnej správy povinné vykonávať podľa osobitného predpisu;
•	vyhodnocovanie ročných správ o výsledkoch následných finančných kontrol a vnútorných auditov a vypracovanie súhrnnej správy o výsledkoch následných finančných kontrol a vnútorných auditov v termíne podľa osobitného predpisu, ktorá sa predkladá vláde SR a orgánom EK;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy zamestnancov ministerstva a ostatných orgánov verejnej správy v oblasti finančnej kontroly (predbežnej, priebežnej a následnej) a vnútorného auditu podľa osobitného predpisu;
•	notifikáciu všeobecne záväzných právnych predpisov preberajúcich právne akty EÚ za oblasť finančnej kontroly a vnútorného auditu.

3.8.  Sekcia  auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov Ministerstva  financií SR 
Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov Ministerstva financií SR je vo vzťahu ku KF zodpovedná najmä za:
•	zabezpečenie prípravy Konsolidovaného  plánu kontrol/systémových auditov SR a EK zameraných na overenie účinného fungovania systémov riadenia a kontroly a na overenie deklarovaných výdavkov na vzorke minimálne 15 % celkových oprávnených výdavkov na programový dokument; 
•	vypracovanie strednodobého plánu kontrol/systémových auditov prostriedkov KF;
•	vypracovanie stratégie auditu prostriedkov KF v Slovenskej republike;
•	spracovanie a vyhodnotenie výsledkov ukončených minimálne 15 % kontrol a systémových auditov, ktoré sú predmetom koordinácie využitím údajov od všetkých koordinovaných kontrolných orgánov a ich predkladanie  v stanovených termínoch na ďalšie využitie určeným príjemcom vrátane platobného orgánu;
•	zabezpečenie prípravy podkladov pre relevantné inštitúcie v oblasti IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond pre modul kontrola a audit;
•	zabezpečenie úloh súvisiacich s aktualizáciou údajov v IT monitorovacom systéme pre štrukturálne fondy a Kohézny fond; 
•	vypracovanie a predkladanie správy Európskej komisii podľa článku 12 nariadenia EK 2002/1386/ES, ktorá zahrňuje informáciu o overení účinnosti uplatňovaných riadiacich a kontrolných systémov a o vykonaných minimálnych 15 % kontrolách za projekty KF, a to najneskôr do 30. júna za predchádzajúci rok. Správa rovnako zahrňuje informáciu o prípadných zmenách opisu riadiacich a kontrolných systémov predložených EK podľa článku 5 nariadenia 2002/1386/ES;
•	uchovávanie a zabezpečenie archivácie obdržaných výsledných materiálov z následných finančných kontrol, systémových auditov  a ostatných relevantných dokumentov;
•	výkon metodického dohľadu nad koordinovanými subjektami;
•	riadenie kontrolných akcií, poskytovanie konzultačnej  a poradenskej činnosti pri výkone následnej finančnej kontroly;
•	plnenie úloh vyplývajúcich z Administratívnych dohôd uzavretých medzi SR a EK a z Homologickej skupiny pre finančnú kontrolu;
•	spoluprácu v rozsahu svojich kompetencií so správami finančnej kontroly, kontrolnými útvarmi príslušných ministerstiev, Najvyšším kontrolným úradom, externými audítormi, so zástupcami EK, Európskym dvorom audítorov a OLAF pri EK a s ostatnými národnými a nadnárodnými orgánmi v záležitostiach finančnej kontroly a ochrany finančných záujmov EÚ;
•	plnenie povinností podľa čl. 9 nariadenia EK č. 2002/1386/ES, t. j. zabezpečenie vykonávania minimálne 15 %  vzorkových kontrol celkových oprávnených výdavkov príslušného projektu pred ukončením pomoci a zabezpečenie vykonávania systémového auditu prostriedkov KF zameraných na overovanie efektívnosti účinnosti, fungovania systémov riadenia a kontroly pre projekty v spolupráci s relevantnými orgánmi SR a EK;
•	informovanie platobného orgánu o  minimálnych 15 % kontrolách a kontrolách nad rámec plánu minimálnych 15 % kontrol vykonaných správami finančnej kontroly;
•	informovanie platobného orgánu o kontrolných zisteniach a identifikovaných nezrovnalostiach z vykonaných minimálnych 15 % kontrol a kontrol mimo plánu minimálnych 15 % kontrol vykonaných správami finančnej kontroly v dohodnutej štruktúre k poslednému dňu v mesiaci;
•	evidovanie právoplatných rozhodnutí v správnom konaní, informácií o povinnostiach odvodov prostriedkov, penále a pokutách uložených na základe zistení a identifikovaných nezrovnalostí z kontrol a vrátených prostriedkoch do dňa ukončenia kontrol, ktoré sú predmetom koordinácie. Tieto dokumenty a prehľady zasiela v zmysle dohodnutého postupu v stanovených termínoch a štruktúre sekcii európskych a medzinárodných záležitostí.

3.9 Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú orgány zodpovedné za implementáciu Kohézneho fondu 
Útvary následnej finančnej kontroly ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky, zabezpečujú:
•	výkon minimálne 15 % kontroly celkových oprávnených výdavkov projektov KF pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych 15 % kontrol schváleným sekciou auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR;
•	v prípade potreby členstvo v kontrolných skupinách a na kontrolných akciách vedených zamestnancami sekcie auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR;
•	predkladanie správ z vykonaných minimálnych 15% kontrol sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR.
Tieto útvary sa nachádzajú na nasledovných ministerstvách - Ministerstvo životného prostredia SR a Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR.

3.10   Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly - rozpočtové organizácie MF SR so sídlom v Bratislave, vo Zvolene a Košiciach zriadené podľa zákona č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov. 
Správy finančnej kontroly vo vzťahu ku KF  plnia najmä nasledovné úlohy:
•	vykonávanie minimálne 15 % kontroly celkových oprávnených výdavkov príslušného projektu pred ukončením pomoci v súlade s plánom minimálnych 15 % kontrol schváleným sekciou auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR;
•	v prípade potreby členstvo v kontrolných skupinách vedených zamestnancami sekcie auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR;
•	predkladanie správ z vykonaných minimálnych 15% kontrol sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR;
•	evidencia kontrolných zistení charakteru nezrovnalosti do monitorovacieho systému ITMS;
•	predkladanie správ o kontrolách vykonaných nad rámec plánu minimálnych 15 % kontrol sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR;
•	rozhodovanie v správnom konaní vo veciach porušenia finančnej disciplíny na základe vykonaných následných finančných kontrol;
•	ukladanie a vymáhanie odvodov, penále a pokút za porušenie finančnej disciplíny pri použití prostriedkov KF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.11	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  orgány zodpovedné za implementáciu KF 
Útvary vnútorného auditu ministerstiev sú zriadené na príslušných ministerstvách, v  ktorých sa nachádza riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. 
Útvary vnútorného auditu  vo vzťahu ku KF zodpovedajú najmä za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vypracovanie ročného plánu svojej činnosti na základe objektívneho hodnotenia rizík vyplývajúcich z činnosti auditovaných subjektov s prihliadnutím na návrhy príslušného ministra a jeho zaslanie odboru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu MF SR;
•	vykonávanie systémového auditu ako súčasť plnenia povinností v zmysle čl. 9 nariadenia EK č. 2002/1386/ES;
•	vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu po vykonaní vnútorného auditu, ktorá obsahuje najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom,  odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov a možné dôsledky nezohľadnenia odporúčaní;
•	odovzdanie správ o výsledku vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a príslušnému ministrovi. Ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti, alebo ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá vnútorný audítor správu o výsledku vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov;
•	vypracovanie hodnotenia rizík ministerstva;
•	vypracovanie ročnej správy o svojej činnosti a jej zasielanie odboru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu MF SR.
Útvar vnútorného auditu (vnútorný audítor) je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy, rovnako aj od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek. V rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly. Postavenie útvaru vnútorného auditu (vnútorného audítora) je nezávislé, pretože pri výkone svojej činnosti je viazaný len ústavou, zákonmi a všeobecne záväznými právnymi predpismi. 

3.12 	Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR 
Funkcie Centrálneho kontaktného útvaru OLAF pre SR plní sekcia kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR. Tento orgán je zodpovedný najmä za vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od platobného orgánu a jej predkladanie OLAF-u pri Európskej komisii prostredníctvom Informačného systému AFIS (Anti Fraud Information System). Túto správu zasiela v kópii na platobný orgán. V prípade zistenia nezrovnalosti alebo podozrenia zo vzniku nezrovnalosti Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR bezodkladne informuje platobný orgán.

4. Financovanie z Kohézneho fondu
4.1 	Podpora z Kohézneho fondu 
Podpora z KF zahŕňa projekty KF, etapy projektu KF, ktoré sú technicky a finančne nezávislé, skupiny projektov alebo schémy projektov životného prostredia a dopravnej infraštruktúry. Podpora zahŕňa projekty KF, ktoré sledujú dosiahnutie cieľov stanovených v Zmluve o Európskej únii pre oblasť životného prostredia a transeurópskych dopravných infraštrukturálnych sietí v členských štátoch s HDP na obyvateľa nižším ako 90% priemeru ES. Z KF sa môžu financovať aj predbežné a technické štúdie, štúdie uskutočniteľnosti projektu KF a projekty odbornej pomoci.
Podpora sa poskytuje pre:
•	projekty životného prostredia umožňujúce dosiahnuť súlad s požiadavkami právnych predpisov ES v oblasti životného prostredia a prioritami určenými pre politiku ochrany životného prostredia ES v oblasti životného prostredia a trvalo udržateľného rozvoja;
•	projekty dopravnej infraštruktúry všeobecného záujmu, ktoré presadzujú trvalo udržateľné spôsoby mobility, najmä tie, ktoré spadajú do rámca pokynov prijatých v Rozhodnutí EK 1692/96/ES o rozvoji transeurópskej dopravnej siete.
Podpora môže byť poskytnutá aj pre:
•	predbežné štúdie súvisiace s vhodnými projektmi KF, vrátane tých, ktoré sú nevyhnutné na ich implementáciu;
•	opatrenia technickej pomoci, vrátane propagačných a informačných akcií, najmä:
-	horizontálne projekty ako komparatívne štúdie na hodnotenie vplyvov pomoci ES;
-	projekty a štúdie, ktoré prispievajú k posudzovaniu, monitorovaniu, dozoru a hodnoteniu alebo kontrole projektov KF a k posilneniu a zabezpečeniu koordinácie a súladu s Partnerstvom pre vstup;
-	projekty a štúdie na zabezpečenie efektívneho riadenia a implementácie projektov KF a na prijatie potrebných úprav.
Indikatívna alokácia z celkových zdrojov KF pre jednotlivé členské štáty sa stanovuje na základe presných a objektívnych kritérií, najmä počtu obyvateľov, HDP na obyvateľa a s ohľadom na zvýšenie národnej prosperity, ktorá sa dosiahla v predchádzajúcom období, ako aj s ohľadom na rozlohu. Pritom je potrebné vziať do úvahy aj ďalšie socio-ekonomické ukazovatele, ako napr. nedostatočnú dopravnú infraštruktúru.
4.2     Obmedzenia pre využívanie prostriedkov z Kohézneho fondu
Pri financovaní z Kohézneho fondu v skrátenom programovom období 2004 - 2006 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu vyjadrené v rozpočtových záväzkoch by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	výdavky ES vynaložené z Kohézneho fondu v rámci programového obdobia sú  indexované deflátorom 2 % ročne (článok 15  Medziinštitucionálnej dohody EP, EK a Rady - Interinstitutional Agreement of 6 May 1999 between the European Parliament, the Council and the Commission on budgetary discipline and improvement of the budgetary procedure); 
•	celkové náklady každého projektu KF nemajú byť nižšie ako 10 mil. EUR. V riadne zdôvodnených prípadoch, berúc do úvahy osobitné okolnosti, môžu byť celkové náklady na projekty KF nižšie ako 10 mil. EUR;
•	celková národná alokácia z KF musí byť rovnomerne rozdelená medzi rezorty životného prostredia a dopravy; 
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom záručnej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu a KF;
•	podpora pre opatrenia odbornej pomoci nesmie prekročiť 0,5% z príspevku KF;
•	súčet kombinovanej pomoci z KF a inej pomoci ES (okrem štrukturálnych fondov, iniciatív ES a záručnej sekcie Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu) poskytnutej pre projekt nesmú presiahnuť 90% celkových výdavkov na projekt.
4.3  Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a rozpočtové záväzky ES
Zodpovednosť za konečný výber projektov Kohézneho fondu a stanovenie výšky jeho financovania prislúcha Európskej komisii, ktorá každý projekt schvaľuje prijatím samostatného rozhodnutia.
Záväzok ES alokovať prostriedky pre projekt KF vzniká dňom nadobudnutia účinnosti rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci pre projekt KF, ktorým je deň podpisu Rozhodnutia Komisie zo strany Európskej komisie.
Prostriedky určené pre financovanie projektu KF sú alokované EK vo výške špecifikovanej v rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre projekt KF.
Rozpočtové záväzky ES sa vzťahujú na už schválený projekt KF, na ktorý boli alokované prostriedky KF. Dĺžka platnosti záväzku sa stanoví podľa povahy projektu KF a konkrétnych podmienok jeho realizácie. 
Záväzky k projektu KF, ktorého realizácia má prebiehať najmenej 2 roky, sa prijímajú v ročných splátkach. Záväzok týkajúci sa prvej ročnej splátky je prijatý po prijatí rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci. Výšku ďalších ročných záväzkov stanovuje EK každý rok do 30.apríla na základe aktualizovaného finančného plánu pre projekt KF a odhadu očakávaných výdavkov na projekt KF na bežný a nasledujúci rok. PO musí preto tento odhad do uvedeného termínu predložiť na EK. Za účelom vypracovania odhadu výdavkov na projekt KF na bežný a nasledujúci rok predloží riadiaci orgán na platobný orgán plánované čerpanie finančných prostriedkov KF v príslušnom a nasledujúcom roku, a to najneskôr do 30. marca bežného roku. Riadiaci orgán vypracuje potrebné podklady na základe informácií od sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
Záväzky k projektu KF, ktorého realizácia má prebiehať v období kratšom ako 2 roky, alebo v prípade, že pomoc ES predstavuje menej ako 50 mil. EUR, možno po prijatí rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci stanoviť ihneď až do výšky 80% z celkovej výšky podpory ES na projekt KF. Na zostatok prostriedkov KF alokovaných na projekt KF sa príjmu záväzky neskôr podľa skutočného vývoja realizácie projektu KF. 
Okrem riadne odôvodnených prípadov môže EK zrušiť pomoc alokovanú na už schválený projekt KF, s ktorého realizáciou sa nezačne od dátumu uvedeného v Rozhodnutí EK o poskytnutí pomoci. 

4.4 Platby z Európskej komisie  
Prostriedky KF prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci. Získané úroky sú považované za zdroje členského štátu ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje členský štát Európskej komisii v rámci záverečnej správy o implementácii.
Platby z EK realizované pre každý projekt jednotlivo môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich s projektmi KF. 
Zálohová platba
Výška zálohovej platby predstavuje 20% z celkovej hodnoty príspevku ES na projekt.  EK môže vo svojom rozhodnutí o poskytnutí pomoci stanoviť aj vyššie percento zálohovej platby.
EK prevedie zálohovú platbu na osobitný účet platobného orgánu v termíne uvedenom v rozhodnutí EK o poskytnutí pomoci. EK môže pred prevedením zálohovej platby na účet platobného orgánu požadovať, aby boli podpísané kontrakty so zhotoviteľom/dodávateľom, ktoré podliehajú pravidlám pre verejné obstarávanie týkajúcich sa projektu KF. Platobný orgán požaduje ako podklad ku zálohovej platbe od platobnej jednotky zaslanie podpísaných kontraktov so zhotoviteľmi/dodávateľmi.
Ak platobný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 12 mesiacov od prijatia  zálohovej platby, musí platobný orgán vrátiť EK celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z EK
Platobný orgán na základe podkladov od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov KF na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 
Priebežné platby prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečných prijímateľov podložených faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. 
Preto každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným žiadostiam konečných prijímateľov o platbu zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
-	schváleným súhrnným žiadostiam platobnej jednotky o platbu zo strany platobného orgánu.
Na základe vyššie uvedeného vyplýva, že najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu zo strany platobného orgánu.
Žiadosti o platbu musia ďalej spĺňať nasledovné podmienky:
-	Európskej komisii bola zaslaná posledná aktuálna ročná správa o realizácii projektu, vrátane informácií o súlade s pravidlami pre verejné obstarávanie vypracovaná sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a schválená monitorovacím výborom;  
-	k žiadosti o priebežnú platbu je platobným orgánom priložená správa o priebehu realizácie projektu KF preukazujúca súlad s rozhodnutím EK o poskytnutí pomoci;
-	odporúčania kontrolných úradov zo SR a EK boli zohľadnené, najmä pokiaľ ide o opravy zistených alebo predpokladaných nezrovnalostí;
-	boli uvedené hlavné technické, finančné i právne problémy, ktoré sa objavili počas realizácie projektu KF, ako aj opatrenia na ich odstránenie;
-	boli analyzované prípadné odchýlky od pôvodného finančného plánu;
-	boli popísané opatrenia prijaté v oblasti publicity projektu KF.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu. 
Celkový súčet zálohovej platby a priebežných platieb z EK nesmie prekročiť 80% z celkovej pomoci ES pre daný projekt KF. Tento podiel možno pri dôležitých projektoch KF v odôvodnených prípadoch zvýšiť až na 90%. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva platobný orgán.
Záverečná platba z EK
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
-	riadiaci orgán predložil Európskej komisii záverečnú správu o realizácii projektu KF najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov, a EK ju schváli;
-	platobný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov, a to do šiestich mesiacov od konečného termínu pre dokončenie prác a pre výdavky ustanovené v Rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre projekt;
-	Slovenská republika, v zastúpení Najvyšším kontrolným orgánom SR, predložila Európskej komisii vyhlásenie o ukončení pomoci pre projekt najneskôr do termínu, aký bol stanovený na predloženie žiadosti o záverečnú platbu s výkazom výdavkov;
-	projekt KF bol realizovaný v súlade so stanovenými cieľmi;
-	platobný orgán potvrdí, že informácie uvedené v žiadosti o záverečnú platbu sú správne;
-	odporúčania kontrolných orgánov zo SR a EK boli zohľadnené, najmä pokiaľ ide o opravy zistených alebo predpokladaných nezrovnalostí;
-	boli uvedené hlavné technické, finančné i právne problémy, ktoré sa objavili počas realizácie projektu KF, ako aj opatrenia na ich odstránenie;
-	boli analyzované prípadné odchýlky od pôvodného finančného plánu;
-	boli popísané opatrenia prijaté v oblasti publicity projektu KF.
Pokiaľ nie je EK odoslaná záverečná správa o implementácii pomoci do 18 mesiacov od konečného termínu pre dokončenie prác a pre platby podľa rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci, EK zruší tú časť pomoci, ktorá predstavuje výšku záverečnej platby pre príslušný projekt KF.

4.5  Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
Finančné prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek. 
Na použitie účelovo určených prostriedkov rozpočtu Európskych spoločenstiev poskytnutých   Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom rozpočte v dotknutých kapitolách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tieto výdavky sa poskytujú konečnému prijímateľovi prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve s konečným prijímateľom.
Všetky subjekty, ktoré sú zapojené do systému finančného riadenia a realizácie projektov Kohézneho fondu sú povinné dodržiavať finančnú disciplínu v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
V zmysle § 8 ods. 6 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie KF použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť ministerstvu financií výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka (termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov Európskej únie a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, ktoré kapitola použije v nasledujúcom rozpočtovom roku je 20.11. a do 15.12. doručuje potvrdenia oznámenia z 20.11.).. Po doručení tohto oznámenia ministerstvo financií viaže tieto prostriedky v príslušnej kapitole a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.

Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu  sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré sú v programových štruktúrach príslušných kapitol zaradené ako samostatné časti programov, majú priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s IT monitorovacím systémom pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačným systémom účtovania fondov (ISUF). Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný usmernením č. 9/2004/ŠF a spravuje ho sekcia európskych a medzinárodných záležitostí MF SR.

Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Platobný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Platobný orgán realizuje výdavky zo zdrojov EÚ prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte platobnej jednotky. Platobné jednotky realizujú výdavky zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom informačného systému Štátnej pokladnice.

4.5.2 Platby vo vzťahu platobný orgán - platobná jednotka
Platobný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu, predloženej platobnou jednotkou (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.8)
Na základe čiastkových výkazov výdavkov, z ktorých sa skladá schválená súhrnná žiadosť o platbu, prevedie PO prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.  
Zabezpečenie prostriedkov EÚ z účtov iných projektov KF v prípade nedostatku prostriedkov ES na účte projektu KF (kríženie zdrojov EÚ).
Platobný orgán v spolupráci s platobnou jednotkou príslušného rezortu posúdi, či pri krížení zdrojov presun neohrozí realizáciu projektu.
V prípade potreby finančných prostriedkov EÚ a pri stave ich dočasného nedostatku pre určitý projekt KF je možné zabezpečiť finančné krytie zo zdrojov EÚ poukázaných na iný projekt za predpokladu, že uvedené zdroje neohrozia realizáciu projektu poskytujúceho finančné zdroje.
Projekt KF vykazujúci dočasný nedostatok zdrojov EÚ bude pre potreby kríženia zdrojov EÚ nazývaný „cieľovým projektom“. Projekt KF vykazujúci dočasný prebytok zdrojov EÚ bude pre potreby kríženia zdrojov ES nazývaný „zdrojovým projektom“.
V prípade potreby finančných prostriedkov EÚ a pri stave ich dočasného nedostatku pre určitý projekt KF je potrebné previesť sumu potrebných prostriedkov z osobitného mimorozpočtového účtu platobného orgánu pre zdrojový projekt KF na osobitný mimorozpočtový účet platobného orgánu pre cieľový projekt KF. Určenie zdrojového projektu je realizované na základe porovnania disponibilného zostatku na účte prípadného zdrojového projektu voči predpokladanému čerpaniu pre tento projekt.
Prostriedky prevedené na cieľový projekt sa použijú ako prostriedky EÚ určené pre cieľový projekt. V zmysle uvedeného je možné z týchto finančných zdrojov uhrádzať podiel EÚ pri úhrade platieb, a rovnako je možné tieto prostriedky použiť na prípadné vrátenie už predtým predplatených prostriedkov EÚ zo štátneho rozpočtu. Následne po prevode prostriedkov EÚ na cieľový projekt sa vráti suma, ktorá bola predtým prevedená zo zdrojového projektu na cieľový projekt.

4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - konečný prijímateľ
Koneční prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi konečných prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
•	subjekty ústrednej správy:
-	štátne rozpočtové organizácie,
-	štátne príspevkové organizácie,
-	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení zákona č. 215/2004 Z.z..
•	subjekty územnej samosprávy:
-	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie,
-	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi konečných prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
-	iné právnické osoby,
-	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú konečným prijímateľom poskytované systémom predfinancovania alebo refundácie. 
Okrem systému refundácie koneční prijímatelia zo sektora verejnej správy môžu využiť systém predfinancovania. 
Systém refundácie sa uplatňuje v prípade konečných prijímateľov zo súkromného sektora.  
V prípade, ak konečný prijímateľ zo súkromného sektora mal umožnené predfinancovanie v zmysle predošlých pravidiel, zostávajú tieto v platnosti a sú v zmysle tejto koncepcie chápané ako výnimka z koncepcie, ktorá nemusí byť osobitne upravovaná. SORO môže pristúpiť k zrušeniu systému predfinancovania u tohto subjektu v prípade opakovaného porušovania zmluvy o NFP.
Každá platba konečnému prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, t. z., že musí byť doplnená zdrojmi konečného prijímateľa v jednotnom pomere schválenom na projekt. 
Prevod prostriedkov systémom predfinancovania a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pri refundácii nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu platobného orgánu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet konečného prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici  a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre konečných prijímateľov platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa konečnému prijímateľovi vyplácajú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje konečný prijímateľ v dvoch origináloch, pričom jeden originál zostáva u konečného prijímateľa a druhý predkladá sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Formulár žiadosti konečného prijímateľa o platbu spolu s pokynmi na vyplnenie sú uvedené v prílohách 3a a 3b.

4.5.4 Platby vo vzťahu konečný prijímateľ - zhotoviteľ/dodávateľ
Konečný prijímateľ uhrádza účtovné doklady zhotoviteľovi/dodávateľovi súvisiace s realizáciou projektu v zmysle časti 4.8. V prípade, že zhotoviteľ/dodávateľ postúpil pohľadávky voči konečnému prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 – 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), konečný prijímateľ uhrádza účtovné doklady faktoringovej spoločnosti.  
4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov od konečného prijímateľa 
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, ktoré platobná jednotka poskytla konečnému prijímateľovi sa uskutočňuje v prípadoch: 
•	konečný prijímateľ nevyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu,
•	konečnému prijímateľovi boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z titulu mylnej platby,
•	konečný prijímateľ porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (najmä porušenie finančnej disciplíny a vznik nezrovnalosti), na základe ktorých mu vyplýva povinnosť vrátiť poskytnuté finančné prostriedky - v zmysle časti  4.10,   
•	a iných.
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v spolupráci s platobnou jednotkou zašle konečnému prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v zmysle zmluvy s konečným prijímateľom. Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 13a a 13b. 
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje konečný prijímateľ príslušnému sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu. Konečný prijímateľ zasiela oznámenie o vrátení finančných prostriedkov maximálne do 7 pracovných dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu. Formulár oznámenia o vrátení finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 14a a 14b. Prílohou oznámenia o vrátení finančných prostriedkov je výpis z bankového účtu. 
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi maximálne do 5 pracovných dní kópiu oznámenia o vrátení finančných prostriedkov od momentu prijatia oznámenia subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky (napr. platobná jednotka, platobný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
V prípade, že oznámenie o vrátení finančných prostriedkov nie je doručené maximálne do 30 kalendárnych dní od úhrady dlžnej čiastky na účet subjektu zapojeného do implementácie, oznámenie o vrátení finančných prostriedkov vystaví subjekt, ktorému boli prostriedky pripísané na účet, resp. bol upravený rozpočet a zašle ho sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
Špecifikácia účtov, na ktoré konečný prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia je uvedený v prílohe 15a a 15b.  

4.6 Odhad očakávaných výdavkov 
Odhad očakávaných výdavkov z Kohézneho fondu sa predkladá s cieľom:
­	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ na Európsku komisiu v súlade s nariadením Rady  94/1164/ES zo 16.mája 1994 ustanovujúce KF;
­	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady č. 94/1164/ES zo 16.mája 1994 ustanovujúce KF stanovuje požiadavku pre členský štát zostaviť a predložiť odhad očakávaných výdavkov za každý projekt. Uvedený odhad sa Európskej komisii  zasiela  každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok („n“) a pre rok nasledujúci („n+1“), pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov z Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
­	finančného plánu Rozhodnutia EK;
­	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
­	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení (v zmluve s KP) určeného počtu dní na vyplatenie nenávratného finančného príspevku;
­	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
­	v ďalších rokoch skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiaci orgán/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu projektov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
­	nemožno presiahnuť rámec príslušných ročných záväzkov na úrovni projektov; príslušné záväzky na úrovni projektu musia byť dodržané podľa posledného schváleného Rozhodnutia EK Európskou komisiou;
­	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých projektov;
­	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať  Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok.  A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
­	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok („n+1“).
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov. Vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 12a) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. 
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 12a) predloží platobnému orgánu v termíne najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca, t. j. apríla.
4.	V prípade, že pre príslušný projekt je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. 
5.	Platobný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých projektov. V prípade nesúladu má platobný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohe 12a aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (príloha 12b) a k 30.9. (príloha 12c) roku „n“. Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom prílohy 12b a 12c spracúvajú obdobným postupom ako prílohu 12a v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladajú príslušnú prílohu 12b, resp. 12c platobnému orgánu v uvedených termínoch.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohe 12c  aktualizujú k 31.12. roku „n“ (príloha 12d). Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom spracúvajú prílohu 12d obdobným postupom a následne predkladajú prílohu 12d platobnému orgánu v uvedenom termíne.

4.7 Systém účtov  
Pri finančnom riadení KF sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty platobného orgánu 
•	osobitné mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	prevody prostriedkov EÚ zabezpečuje Štátna pokladnica; 
•	Ministerstvo financií SR otvára pre platobný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý projekt KF;
•	účty sú vedené v EUR;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci platobného orgánu;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekt, pre ktorý je daný účet otvorený;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a dane z úrokov sú hradené z rezervy zo štátneho rozpočtu v kapitole VPS určenej na špecifické výdavky hradené z vyrovnávacieho účtu vedenom v SKK;
•	tieto účty slúžia najmä na prijatie finančných prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba z EK) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom); 
•	v prípade, že suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu na EK, slúži účet na prevod prostriedkov na účet EK;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Ministerstvo financií SR rovnako otvára pre platobný orgán vyrovnávací účet vedený v SKK. Tento účet slúži na úhradu nákladov na vyrovnávanie vzniknutých kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.   

2. Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtové účty pre prostriedky EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	pre čerpanie prostriedkov KF a spolufinancovania štátneho rozpočtu sa využívajú rozpočtové účty platobných jednotiek - Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR a Ministerstva životného prostredia SR;
•	účty sú vedené v SKK;
•	príjmové účty slúžia na príjem:
-	prostriedkov KF z účtu platobného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu,
-	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky,
-	výnosov z účtov konečných prijímateľov,
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky zodpovedajúcich príjmu vytvoreného z projektu,
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky  a v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	výdavkový účet slúži na úhradu prostriedkov KF a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami KF a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a výdavky na úhradu nákladov (napr. bankové poplatky) sú odpisované z účtu  príslušnej rozpočtovej kapitoly; 
•	všetky platby pre projekty financované z KF musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo ŠR), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt. 

3. Účet konečného prijímateľa 
•	v prípade využitia systému predfinancovania je konečný prijímateľ povinný otvoriť si osobitný účet na projekt pre príjem a výdavky z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výdavky na projekt z vlastných zdrojov konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet;
•	účet/účty sú vedené v SKK. V prípade úhrad v inej mene ako SKK môže byť tento účet/účty vedený v cudzej mene;
•	v prípade využitia systému refundácie môže konečný prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie si konečný prijímateľ, ktorý nie je klientom Štátnej pokladnice môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt spolufinancovaný z KF; v prípade, že konečný prijímateľ je klientom Štátnej pokladnice, musí mať tento účet, v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, vedený v Štátnej pokladnici.
•	poplatky za transakcie z účtu/účtov znáša konečný prijímateľ;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch KP príjmom konečného prijímateľa;
•	v prípade, že prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania sú úročené, konečný prijímateľ je povinný si otvoriť osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje konečného prijímateľa môžu, resp. nemusia prechádzať cez tento osobitný účet. Konečný prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy z prostriedkov štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky, a to jedenkrát ročne.
4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej   republiky

4.8.1 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch z verejnej správy 
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.2), v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve s konečným prijímateľom. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní. 
Systém predfinancovania konečných prijímateľov z verejnej správy sa zaviedol z dôvodu, že tieto subjekty zvyčajne nedisponujú potrebnou hotovosťou, aby boli schopné vopred vykryť výdavky za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu. Predfinancovanie navrhovaným spôsobom umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní záväzkov zhotoviteľovi/dodávateľovi. 
Konečný prijímateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Predfinancovanie je konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe nezaplatených účtovných dokladov predložených konečným prijímateľom.  
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov. 
Etapa predfinancovania
1.	Konečný prijímateľ v  stanovených termínoch môže predkladať žiadosť o platbu v SKK sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich obdržaní od zhotoviteľa/dodávateľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, že súčasťou výdavkov konečného prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (predfinancovanie). Spolu so žiadosťou predloží aj overené kópie príslušných účtovných dokladov s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok). 
3.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie podľa čl. 4 nariadenia EK č. 2002/1386/ES, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci lehoty splatnosti záväzku zhotoviteľovi/dodávateľovi uskutoční vecnú kontrolu - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve s KP. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
5.	Po uskutočnení overenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. V prípade schválenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 8b), príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne maximálne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
6.	PJ po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti prijímateľa o platbu, ktorá zahrňuje kontrolu dokladov predložených od sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. PJ vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, neschváli alebo pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) žiadosť prijímateľa o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti konečného prijímateľa o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.  
7.	Konečný prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od pripísania prostriedkov na jeho účte, previesť prostriedky zhotoviteľovi/dodávateľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči zhotoviteľovi/dodávateľovi samotný konečný prijímateľ.
8.	Po poskytnutí predfinancovania je konečný prijímateľ povinný celú sumu následne (najneskôr do 15 pracovných dní od pripísania týchto prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. Sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár na zúčtovanie predfinancovania (žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 4a a 4b). Spolu s formulárom predkladá výpis z účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov zhotoviteľovi/dodávateľovi a výpis z účtu preukazujúci príjem prostriedkov ES a štátneho rozpočtu. V rámci žiadosti o zúčtovanie predfinancovania konečný prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (predfinancovanie), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu.
9.	SORO overí žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a výpis z bankového účtu. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť a prehlásenie o overení (príloha 8a) platobnej jednotke v termíne maximálne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie predfinancovania. 
10.	PJ vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 9), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za projekt (príloha 10) v intervale jedenkrát do mesiaca podľa  termínov  na základe písomného oznámenia platobného orgánu po odsúhlasení s PJ predkladá platobnému orgánu. 
11.	Platobný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe analýzy rizík. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
12.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
13.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 12. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt. 
Etapa refundácie (časť 4.8.2.)
14.	Po vyčerpaní maximálne 95 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
15.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
16.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3 a 4. V prípade schválenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 8a), príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku. 
17.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bode 6., a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží platobnému orgánu. 
18.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 11. 
19.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 12.
20.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Poskytnutie každého predfinancovania si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy s KP. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.2 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch zo súkromného sektora 
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečného prijímateľa, t. z., že konečný prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov, a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba konečnému prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet schváleného na projekt. 
V prípade, že konečný prijímateľ poskytuje preddavky zhotoviteľovi/dodávateľovi, ktoré sú mu priebežne refundované platobnou jednotkou, riadi sa podmienkami uvedenými v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ rovnako pri všetkých projektoch. 
1.	Konečný prijímateľ uhradí výdavky zhotoviteľovi/dodávateľovi z vlastných zdrojov.
2.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v SKK sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpis z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ predkladá ním overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa. 
4.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie podľa čl. 4 nariadenia EK č. 2002/1386/ES, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
5.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční vecnú kontrolu - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve s KP. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
6.	Po uskutočnení overenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. V prípade schválenia sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 8a), príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne maximálne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná v termíne maximálne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti prijímateľa o platbu predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrňuje kontrolu dokladov predložených od sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. ,Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. V prípade schválenia žiadosti konečného prijímateľa o platbu platobná jednotka zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za projekt v intervale jedenkrát do mesiaca podľa  termínov  na základe písomného oznámenia platobného orgánu po odsúhlasení s PJ predkladá platobnému orgánu.
8.	Platobný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne maximálne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
9.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
10.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi. 
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy s KP. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody so sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.9 	Certifikácia 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme v zmysle nariadenia EK č. 2002/1386/ES je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje odbor certifikácie v rámci sekcie európskych a medzinárodných záležitostí MF SR, ktorý je funkčne nezávislý od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu súvisiacich so schvaľovaním platieb a ich výkonom. Výkon certifikácie nie je možné delegovať na iné subjekty. 
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu na EK (certifikácia výkazu výdavkov na EK). Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý platobný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako prílohu k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov na EK vykoná platobný orgán certifikáciu vybranej vzorky projektov na úrovni  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, príp. konečných prijímateľov, ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu. 
Na základe rizikovej analýzy je platobný orgán oprávnený uskutočniť certifikáciu výdavkov pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežnú certifikáciu uskutočňuje platobný orgán v prípade, ak z rizikovej analýzy predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu vyplynie rozhodnutie o jej výkone. Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. Ak z výsledku rizikovej analýzy nevyplynie požiadavka na priebežnú certifikáciu, v takom prípade sú výdavky v predmetnej súhrnnej žiadosti o platbu zahrnuté do výberu vzorky pred certifikáciou výkazu výdavkov na EK.
Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov na EK musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady 94/1164/ES, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa zásad správneho finančného riadenia,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 10 nariadenia Rady 94/1164/ES.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle nariadenia EK 2004/448/ES a doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky na základe žiadosti o platbu konečného prijímateľa v prípade systému refundácie, a v prípade systému predfinancovania na základe žiadosti o zúčtovanie konečného prijímateľa.
•	vzťahujúce sa na práce, ktoré neboli realizované v čase podania žiadosti o poskytnutie nenávratného finančného príspevku.
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 8 nariadenia  EK č. 2002/1386/ES platobný orgán overuje postupy riadiaceho orgánu,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	súlad postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	využíva správy o kontrolách vykonaných inými kontrolnými subjektami;
3.	využíva správy o výsledkoch vnútorného alebo externého auditu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek;
4.	uskutočňuje kontroly na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane konečného prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek v rámci certifikácie výkazu výdavkov na EK a priebežnej certifikácie;
5.	je informovaný o zistených nezrovnalostiach od príslušných orgánov.

k bodu 1.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú povinné zasielať platobnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade nedostatkov platobný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. Cieľom je posúdenie súladu týchto manuálov s právnymi predpismi ES a SR.
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikátorov posúdenie súladu činnosti riadiaceho orgánu,  sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.

k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre platobný orgán aj materiály (správy, protokoly, záznamy) o minimálnych 15 % kontrolách a ostatných kontrolách, ktoré sa nezapočítavajú do minimálne 15 % kontroly, vykonaných inými kontrolnými subjektami. Kontrolné subjekty sú povinné zasielať správy o minimálnych 15 % kontrolách sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR, ktorá následne informuje platobný orgán. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky) sú povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.

k bodu 3. 
Riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky predkladajú správy o výsledku vnútorného a externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek a správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek vykonaného externým auditom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva EK, platobnému orgánu. Riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia platobnému orgánu.

k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je platobný orgán v rámci svojich kompetencií kedykoľvek (v etape prípravy žiadosti o platbu na EK a na základe analýzy rizík v etape pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu) oprávnený uskutočniť kontrolu súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom,, platobných jednotkách a u konečných prijímateľov. Táto kontrola je realizovaná na vybranej vzorke výdavkov projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného projektu. Súčasťou takejto kontroly je overenie, či: 
-	prehlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
-	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi, 
-	výdavky zahrnujú len oprávnené položky,
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach konečných prijímateľov o platbu, resp. žiadostiach o zúčtovanie predfinancovania,
-	k príslušným žiadostiam konečných prijímateľov o platbu, resp. žiadostiam o zúčtovanie predfinancovania existuje výpis z bankového účtu,
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s výberovými kritériami.

k bodu 5.
Platobný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu na EK pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. Pri systémových nezrovnalostiach bude preskúmaný vplyv nezrovnalosti na všetky projekty, ktorých sa systémová nezrovnalosť mohla dotknúť. 

V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom výdavkov platobný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov na EK o neoprávnenú sumu. 
V prípade zistenia alebo podozrenia výskytu závažných systémových nezrovnalostí alebo nezrovnalostí s finančným dopadom, platobný orgán okamžite pozastaví platby prostriedkov EÚ pre príslušný projekt a informuje Centrálny kontaktný útvar pre OLAF v SR a sekciu auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR a odbor metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu sekcie kontroly MF SR v prípade, že ju platobný orgán požiada o vykonanie následnej finančnej kontroly.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
4.10 	Nezrovnalosti 
V súlade s nariadením Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev a nariadením EK č. 94/1831/ES sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia konania hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva“.
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia KF, t. z. vrátane úrovne konečného prijímateľa, pokiaľ neboli dodržané pravidlá a podmienky poskytnutia alebo použitia finančných prostriedkov z KF.
Podmienkou vzniku nezrovnalosti je porušenie právnych predpisov ES alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov ES alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy ES.  
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie finančnej  disciplíny v zmysle § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti.
Pri hospodárení s finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní konečným prijímateľom, najmä v zmysle § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 

4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Európskej komisie č. 94/1831/ES oznamovať Európskej komisii:
-	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého správneho a/alebo súdneho konania,
-	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu,
-	nezrovnalosti, u ktorých sa predpokladajú následky mimo územia SR,
-	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu,
-	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR
Detailná typológia nezrovnalostí je uvedená v prílohe 1. Problematika riešenia nezrovnalostí na národnej úrovni je bližšie vysvetlená v Usmernení Ministerstva financií SR č. 2/2006-NF k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia predvstupových a povstupových fondov EÚ a ostatných finančných nástrojov.
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, platobný orgán, kontrolný orgán vykonávajúci následnú finančnú kontrolu a vnútorný audítor. 
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť odhaliť Najvyšší kontrolný úrad SR a Európska komisia. 
Za moment zistenia nezrovnalosti sa považuje podpísanie oficiálneho dokumentu alebo prerokovanie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly (viď nižšie).
Zistenie nezrovnalosti sa oficiálne zdokumentuje:
I.	Podpísaním správy o zistenej nezrovnalosti 
II.	Prerokovaním správy o výsledku následnej finančnej kontroly vykonanej kontrolným orgánom
III.	Prerokovaním správy o výsledku systémového auditu vykonaného útvarom vnútorného auditu
IV.	Prerokovaním protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR
V.	Podpísaním správy z auditu EK. 

Ad I. Podpísaním správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka vypracuje správu o zistenej nezrovnalosti a maximálne do 5 pracovných dní odo dňa zistenia nezrovnalosti zašle na platobný orgán. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti predstavuje jedinečný alfa-numerický kód nezrovnalosti ITMS. Správa o zistenej nezrovnalosti obsahuje pridelený jedinečný alfa-numerický kód nezrovnalosti ITMS, kód nezrovnalosti v zmysle typológie nezrovnalostí a kód žiadosti konečného prijímateľa o platbu z ITMS (príloha 2). 
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zasiela 1 kópiu správy o zistenej nezrovnalosti aj platobnej jednotke.  
V súlade s čl. 4 nariadenia Európskej komisie č. 94/1831/ES je členský štát povinný bezodkladne oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia SR a/alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka  získa nové alebo dodatočné informácie v súlade s článkom 5 nariadenia Európskej komisie č. 94/1831/ES týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, zašle aktualizovanú správu o zistenej nezrovnalosti maximálne do 5 pracovných dní na platobný orgán.

Ad II. Prerokovaním správy o výsledku následnej finančnej kontroly vykonanej kontrolným orgánom
Kontrolné orgány v správe o výsledku následnej finančnej kontroly popíšu a zdokumentujú zistenú nezrovnalosť a správu spolu s monitorovacím hárkom predložia sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR. Sekcia MF SR v nadväznosti na prerokované správy o výsledku následnej finančnej kontroly predkladá platobnému orgánu súhrnné informácie o výsledkoch následných finančných kontrol v zmysle typológie nezrovnalostí OLAF EK. V monitorovacom hárku a v súhrnnej informácii je každej nezrovnalosti pridelený jedinečný alfa-numerický kód nezrovnalosti ITMS a kód nezrovnalosti v zmysle typológie nezrovnalostí a kód žiadosti konečného prijímateľa o platbu z ITMS.
Ad III. Prerokovaním správy o výsledku systémového auditu vykonaného útvarom vnútorného auditu
Útvary vnútorného auditu príslušných ústredných orgánov štátnej správy vykonávajúcich systémový audit na základe prerokovanej správy o výsledku systémového auditu vyhotovia monitorovací hárok, predmetom ktorého bude popis a špecifikácia zistenej nezrovnalosti, vrátane priradenia jedinečného alfa-numerického kódu nezrovnalosti ITMS a kódu nezrovnalosti podľa typológie nezrovnalostí, ktorý predložia sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR. Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR následne vypracuje súhrnnú informáciu o výsledkoch auditu v zmysle typológie nezrovnalostí OLAF EK, ktorú predloží platobnému orgánu. V monitorovacom hárku a v súhrnnej informácii je každej nezrovnalosti pridelený jedinečný alfa-numerický kód nezrovnalosti ITMS, kód nezrovnalosti v zmysle typológie nezrovnalostí a kód žiadosti konečného prijímateľa o platbu z ITMS.
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach platobný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne, resp. do 6 týždňov od skončenia štvrťroku, zasiela na Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR na Úrade vlády SR. 
O zistených nezrovnalostiach informuje Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF na Európskej komisii (v prípade, že suma nezrovnalosti prevyšuje 10 000 EUR) v súlade s nariadením Európskej komisie 
č. 94/1831/ES. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá Centrálny kontaktný útvar OLAF pre SR OLAF-u na Európskej komisii výlučne na jeho žiadosť. 

4.10.2 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov 
Opravy financovania spočívajú  v zrušení celého príspevku v rámci KF alebo jeho časti.
Čiastka podliehajúca oprave financovania sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov a zodpovedajúcej sume vo výške porušenia finančnej disciplíny alebo nezrovnalosti v zmysle proporcionality. 
V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah finančných dôsledkov zistenej nezrovnalosti.
V prípade, ak nezrovnalosti zistí a napraví Slovenská republika, finančné prostriedky zodpovedajúce výške nezrovnalosti nepredstavujú stratu pre SR, ale prostriedky sú použité na iné operácie. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa tieto finančné prostriedky znovu použijú na operácie, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. 
Odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ ukladá a vymáha príslušná správa finančnej kontroly, príp. Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a zaplatiť penále v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie tvorí súčasť usmernenia sekcie európskych a medzinárodných záležitostí MF SR č. 2/2006-NF.
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu v zmysle pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku ES v rámci KF.
Opravy financovania sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu EK. 
Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu na EK (napr. splatná čiastka prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční platobný orgán spätným prevodom Európskej komisii.
Každá vrátená čiastka sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania.
Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym konaním. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, že súdne konanie bolo neúspešné.

4.11	Účtovníctvo 
Subjekty, ktoré sa zúčastňujú na riadení a implementovaní pomoci, vedú samostatný účtovný systém, alebo používajú vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa pomoci. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je platobný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a implementácii KF predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 10 pracovných dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektami, ktoré účtujú o použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú  platobný  orgán a platobné jednotky.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie operácií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva.
Vedenie účtovníctva platobného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov (ďalej iba „systém ISUF“). Systém ISUF je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom modulov:
•	PS - systém riadenia projektov
(založenie projektu, evidencia údajov o projekte, aktualizácia projektu, aktualizácia rozpočtu projektu, kontrola disponibility rozpočtu projektu - finančného plánu projektu, zmeny rozpočtu projektu, evidencia dokumentov projektu, evidencia štatistických ukazovateľov, vyhodnocovanie realizácie projektu a finančných ukazovateľov projektu)
•	MM - materiálové hospodárstvo 
(založenie zmlúv, evidencia zmlúv, kmeňové údaje o zhotoviteľ/dodávateľoch, kmeňové údaje o odberateľoch, založenie žiadostí o platbu, evidencia žiadostí o platbu,  predbežná finančná kontrola žiadostí o platbu vrátane kontroly dostupnosti zdrojov rozpočtu projektu a zdrojov štátneho rozpočtu, údržba dokumentu)
•	IM - investičný manažment 
(založenie programovej štruktúry, aktualizácia programovej štruktúry, vypracovanie rozpočtu programu, pridelenie rozpočtu programu na projekty, zmeny rozpočtu programu, rozpočtovanie a sledovanie výdavkov na projektoch, sledovanie projektov priradených k programovej štruktúre, vyhodnotenie rozpočtu programu, sledovanie rozpočtu oproti skutočnému čerpaniu prostriedkov)
•	FI - finančné účtovníctvo
(otvorenie a uzavretie účtovných období, kmeňové záznamy k účtovej osnove, účtom, odberateľom (platobná jednotka), zhotoviteľ/dodávateľom (platobný orgán), účtovanie žiadostí o platbu konečného prijímateľa, účtovanie súhrnnej žiadosti o platbu, zaznamenávanie  žiadostí o platbu na Európsku komisiu, spracovanie platobných príkazov, spracovanie bankového výpisu, spracovanie účtovných operácií vo vzťahu k nezrovnalostiam, účtovanie úrokov, dane z prijatých úrokov, aktualizácia kurzovej tabuľky, denná, mesačná, štvrťročná a ročná uzávierka, spracovanie finančných a účtovných výkazov)
•	FM - riadenie rozpočtu
(rozpis schváleného rozpočtu, údržba kmeňových dát ekonomickej a funkčnej klasifikácie, rozpočtovanie, viazanie, rezervácie a uvoľňovanie prostriedkov vo vzťahu k prostriedkom schváleného a upraveného štátneho rozpočtu, presuny prostriedkov na základe spracovávania rozpočtových opatrení / platobných príkazov, kontrola na rozpočet v rámci účtovného dokladu vo vzťahu k predpokladanému výdavku – kontrola disponibility na objektoch rozpočtu, finančné výkazníctvo a reporting v tlačovej a elektronickej forme, statické a dynamické výkazy)
Spracovanie účtovných operácií a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä podľa. zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) súvisiacich s  finančným tokom prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje systém ISUF a je špecifikované v dokumentácii používateľov informačného systému účtovníctva fondov ISUF.  
Každá úroveň programovej štruktúry je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje konečného prijímateľa. Systém ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, IT Monitorovací systém pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačný systém Štátnej pokladnice. 
Platobný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva alebo rozpočtovej organizácie, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Platobný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo správne, úplne, preukázateľne, zrozumiteľne a spôsobom zaručujúcim trvalosť účtovných záznamov. Účtovná dokumentácia ako súhrn všetkých účtovných záznamov (najmä účtovné doklady, účtovné zápisy, účtovné knihy, účtový rozvrh a účtovná závierka) je vedená v elektronickej a písomnej forme a to spôsobom, ktorý zabezpečí trvalosť po celú dobu spracovania a úschovy účtovnej dokumentácie, t. j. musí byť dostatočne chránená pred jej možnou stratou, odcudzením, zneužitím, poškodením alebo zničením, vrátane elektronických nosičov dát a ich pravidelného zálohovania.
Finančné prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve platobného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov EÚ na mimorozpočtových účtoch pre príslušné projekty platobného orgánu na základe zálohovej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky. 
Povinnosť osobitného (analytického) zaznamenávania operácií týkajúcich sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu u konečného prijímateľa zabezpečuje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v zmluve s KP. 
Koneční prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Platby vykonané konečnými prijímateľmi sa dokladujú účtovnými dokladmi. Koneční prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.

4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) a nariadeniami ES (Nariadenie Rady 2002/1386/ES ohľadne riadiacich a kontrolných systémov pre pomoc poskytovanú v rámci KF a postupy pre vykonávanie finančných opráv) sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa rozpočtového programovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a prostriedky zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Platobný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu na Európsku komisiu.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade s KP bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Platobný orgán, riadiaci orgán, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, platobné jednotky a koneční prijímatelia uchovávajú účtovnú a podpornú dokumentáciu k projektom po dobu 10 rokov po zrealizovaní záverečnej platby konečnému prijímateľovi.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia KF vyhotovuje príslušný doklad minimálne v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.7 tohto materiálu. 
Účtovné doklady vyhotovuje zhotoviteľ/dodávateľ minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden archivuje konečný prijímateľ, ďalší sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ich overenú kópiu platobná jednotka . V prípade, že povaha účtovného dokladu umožňuje vyhotoviť len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva konečný prijímateľ a overenú fotokópiu originálu účtovného dokladu uchováva platobná jednotka a fotokópiu originálu účtovného dokladu sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.

4.13 	Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení ES a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2004 – 2006 vo vzťahu k finančnému riadeniu KF tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného projektu v rozhodnutí EK je uvedený v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z EK sa predkladajú na EK v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z EK musí byť vypracovaný v EUR;
•	zmluvy s konečným prijímateľom sa uzatvárajú v EUR;
•	platby konečnému prijímateľovi sa realizujú v mene SKK;
•	zmluvy s zhotoviteľ/dodávateľom uzatvára konečný prijímateľ v SKK.
Kurzové rozdiely vznikajú pri konverzii z meny EUR na menu SKK a naopak a z dôvodu existencie dvoch výmenných kurzov používaných pri prepočte jednotlivých súm. Pre účely výkazníctva pre Európsku komisiu v súlade s nariadením Rady č. 94/1164/ES platobný orgán používa kurz Európskej centrálnej banky (ďalej iba „kurz ECB“) platný v predposledný pracovný deň v mesiaci, ktorý predchádzal mesiacu, počas ktorého bol výdavok zaznamenaný v účtovníctve platobného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu platobného orgánu ( bola schválená súhrnná žiadosť o platbu v prípade nedostatku zdrojov na mimorozpočtovom účte PO). Pre prepočet súm z meny EUR na menu SKK a naopak v momente ich prevodu Štátna pokladnica používa príslušné kurzy Štátnej pokladnice platné v deň prevodu.
V rámci finančného riadenia KF podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely na viacerých úrovniach a v rôznych špecifických prípadoch. Legislatíva ES stanovuje použitie kurzu pre účely kurzových prepočtov v rámci ustanovenia nariadenia Rady č. 94/1164/ES, ktoré na národnej úrovni zodpovedajú kurzovým prepočtom realizovaným na úrovni platobného orgánu.
1. Kurzová strata/zisk pri prevode prostriedkov na úrovni platobného orgánu 
Platobná jednotka predkladá jedenkrát mesačne platobnému orgánu súhrnnú žiadosť o platbu na schválenie. Po schválení súhrnnej žiadosti o platbu platobný orgán prevedie zo svojho mimorozpočtového účtu vedeného v mene EUR finančné prostriedky na účet platobnej jednotky formou platobného príkazu vystaveného v SKK s použitím príslušného mesačného kurzu ECB. Zároveň však Štátna pokladnica vyjadrí čiastku uvedenú na platobnom príkaze v mene EUR podľa aktuálneho kurzu Štátnej pokladnice platného v deň prevodu.
Kurzové rozdiely, ktoré vznikli pri úhrade súhrnných žiadostí o platbu v dôsledku rozdielu medzi kurzom ECB a kurzom Štátnej pokladnice platnými v deň prevodu (v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu v prípade nedostatku zdrojov na mimorozpočtovom účte PO), sú vyrovnávané priebežne v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu zo štátneho rozpočtu. Kurzové rozdiely eviduje platobný orgán v informačnom systéme účtovníctva fondov ISUF.
2. Kurzová strata/zisk pri prevode neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov z účtu konečného prijímateľa
V súlade s nariadením Európskej komisie č. 94/1831/ES je SR povinná v rámci pravidelných štvrťročných správ o nezrovnalostiach predkladaných na OLAF na Európsku komisiu hlásiť nezrovnalosti, ktorých dopad na rozpočet Európskych spoločenstiev je vyšší ako 10 000 EUR. Zároveň je SR povinná zohľadniť zistené nezrovnalosti s finančným dopadom v žiadosti o platbu na EK. Členské štáty, ktoré ku dňu zistenia nezrovnalosti neprijali EUR ako menu, musia konvertovať čiastky dotknutých výdavkov z národnej meny na EUR. Táto čiastka bude konvertovaná na EUR s použitím mesačného kurzu ECB v mesiaci, v ktorom bol alebo by bol výdavok zaevidovaný v účtovníctve platobného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku odpísané z účtu platobného orgánu.      
3. Kurzový rozdiel na úrovni konečného prijímateľa medzi zmluvou s KP a reálnym čerpaním

Vzhľadom k tomu, že zmluva s konečným prijímateľom je uzatváraná v EUR, bude napriek platbám v SKK čerpanie na úrovni projektu sledované v EUR v zmysle deklarovaných čiastok v žiadostiach o platbu na Európsku komisiu zo strany platobného orgánu v zmysle bodu 1. 
Pre sektor dopravy znáša akékoľvek kurzové straty vzniknuté z titulu rozdielu medzi sumou uvedenou v zmluve s konečným prijímateľom a reálnym čerpaním vyjadreným v EUR samotný konečný prijímateľ. Tzn., že v prípade, ak konečný prijímateľ vyčerpá alokáciu vyjadrenú v EUR v rámci zmluvy v zmysle nariadenia Rady č. 94/1164/ES, pričom zmluvné záväzky voči zhotoviteľovi/dodávateľovi nebudú vysporiadané, rozdiel hradí konečný prijímateľ z vlastných zdrojov. 
Pre sektor životného prostredia je preplácanie nenávratného finančného príspevku pre všetky projekty zabezpečené do úrovne 100 % podľa kurzu 38 SKK/EUR, a to za prostriedky Kohézneho fondu aj za spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Tzn., že z prostriedkov Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu sú uhrádzané výdavky konečnému prijímateľovi do dosiahnutia úrovne stanovenej v EUR v príslušnom rozhodnutí pri použití aktuálneho výmenného kurzu SKK/EUR v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1164/1994. Výdavky nad rámec tejto úrovne až do výšky sumy stanovenej v EUR v príslušnom rozhodnutí prepočítanej výmenným kurzom 38 SKK/EUR sú konečným prijímateľom hradené z prostriedkov štátneho rozpočtu. Výdavky nad rámec úrovne 100 % prepočítanej sumy stanovenej v EUR v príslušnom rozhodnutí podľa kurzu 38 SKK/EUR hradí samotný konečný prijímateľ. 
V prípade, ak konečný prijímateľ v oboch sektoroch nedočerpá alokáciu vyjadrenú v EUR v rámci zmluvy, pričom zmluvné záväzky voči zhotoviteľovi/dodávateľovi budú vysporiadané, nevyčerpané prostriedky v EUR sa použijú na iné projekty KF, prípadne môže konečný prijímateľ využiť úspory prostredníctvom zmeny rozhodnutia EK. Odpočet záväzku sa bude realizovať kurzom ECB platným v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom.

5.  Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie KF je vybudovanie IT monitorovacieho systému, ktorý bude slúžiť na sledovanie stavu čerpania prostriedkov na úrovni jednotlivých projektov KF.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia KF zabezpečuje v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci ES vrátane čerpania prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré jednotlivé subjekty zodpovedajú.
IT monitorovací systém zahŕňa procesy programovania, monitorovania, finančného riadenia, následnej finančnej kontroly a vnútorného auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
-	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov ISUF;
-	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismi ES a SR (a to najmä nariadenie Rady 94/1164/ES, nariadenie EK 2002/1386/ES, zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačnom systéme verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov);
-	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie KF prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
-	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
-	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy a Kohézny fond je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno - technologickej infraštruktúry.

6. Následná finančná kontrola a audit
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov ES.
V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu a vnútorný audit metodicky usmerňuje a koordinuje výkon finančnej kontroly vo verejnej správe, vrátane kontroly prostriedkov KF poskytnutých Slovenskej republike.
Povinnosť a spôsob vykonávania finančnej kontroly a vnútorného auditu KF vyplýva z legislatívy SR a legislatívy EÚ. Pri vykonávaní finančnej kontroly a vnútorného auditu sa zohľadňujú poznatky získané od iných členských štátov a doporučenia príslušných generálnych riaditeľstiev EK. Náležitosti vykonávania finančnej kontroly projektov KF sú stanovené v Aktualizovaných Postupoch pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
6.1 	Následná finančná kontrola
Následná finančná kontrola operácií KF sa vykonáva v zmysle všeobecne záväzných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv.

Minimálne 15 % vzorková kontrola projektov KF
Následné finančné kontroly projektov KF sa vykonávajú ako minimálne 15% vzorkové kontroly.
Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR  je  v zmysle ustanovenia § 3 písm. a) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. zodpovedná  za koordináciu plánovania a výkonu minimálne 15% vzorkovej kontroly projektov KF.
Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov zostavuje zameranie a plán následných finančných kontrol projektov spolufinancovaných z KF v spolupráci s príslušnými kontrolnými útvarmi zapojenými do následnej finančnej kontroly KF. Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov vykonáva minimálne 15% vzorkové kontroly v spolupráci s útvarmi následnej finančnej kontroly príslušných ministerstiev a so správami finančnej kontroly. Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov môže v rámci právomoci koordinácie plánovania a výkonu mininálne 15% vzorkovej kontroly a v zmysle ustanovenia § 23 zákona vytvárať kontrolné skupiny, členmi ktorých sú zamestnanci iných zainteresovaných rezortov a správ finančnej kontroly. V prípade vytvorenia takejto zmiešanej kontrolnej skupiny sú všetci členovia kontrolnej skupiny povinní riadiť sa pokynmi vedúceho kontrolnej skupiny. V prípade realizovania kontrolnej akcie, pri ktorej sa overujú skutočnosti rovnakého predmetu kontroly vo viacerých kontrolovaných subjektoch súčasne, vykonávajú kontrolnú akciu minimálne dve kontrolné skupiny riadené vedúcimi kontrolných skupín, ktorí sú povinní riadiť sa pokynmi vedúceho kontrolnej akcie. 
Útvary vykonávajúce minimálne 15% vzorkové kontroly musia byť organizačne a funkčne oddelené od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky a výkonu platieb na platobnom orgáne.
Pri vykonávaní minimálne 15% vzorkovej kontroly sú kontrolné orgány povinné postupovať v súlade s ustanoveniami § 11 až § 25 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. Kontrolné orgány spolupracujú v prípade potreby v zmysle ustanovenia § 7 ods. (2) uvedeného zákona s oprávnenými zamestnancami Európskej komisie.
Správy a záznamy o výsledku minimálne 15% vzorkovej kontroly predkladajú kontrolné orgány bezodkladne sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov MF SR.
Ročné správy o výsledkoch následných finančných kontrol zahŕňajúce aj prostriedky spolufinancovania z KF predkladajú kontrolné orgány odboru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Sekcie kontroly MF SR.
Ostatné náležitosti vykonávania minimálne 15% vzorkovej kontroly sú uvedené v Aktualizovaných postupoch pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
6.2 Vnútorný audit	
Podľa čl. 9 nariadenia EK č. 2002/1386/ES je členský štát povinný vykonávať overovanie a hodnotenie systémov riadenia a kontroly KF (systémový audit).
Sekcia auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov je zodpovedná za koordináciu plánovania a výkonu audítorských akcií (vrátane systémového auditu) KF, ktoré vykonáva v spolupráci s útvarmi vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých je zriadený riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, platobný orgán.
Vnútorný audit prostriedkov a systémov KF sa vykonáva podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 618/2004 Z. z. a príslušných  metodických predpisov publikovaných vo Finančnom spravodajcovi MF SR.
Správy o výsledkoch audítorskej akcie predkladá audítor štatutárnemu orgánu auditovaného subjektu, príslušnému vedúcemu ústredného orgánu štátnej správy a sekcii auditu a kontroly medzinárodných finančných zdrojov, ktorá  predkladá  platobnému orgánu  prehľad vykonaných auditov týkajúcich sa KF a na vyžiadanie správy o vykonaných systémových auditoch.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka predkladajú správy o výsledku vnútorného auditu a správy o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov alebo príslušným generálnym riaditeľstvom EK platobnému orgánu.
Ročné správy o činnosti útvaru vnútorného auditu, resp. o činnosti audítora za predchádzajúci kalendárny rok, zahŕňajúce aj informácie o vykonaných auditoch prostriedkov a systémov KF sú útvary vnútorného auditu, resp. vnútorní audítori povinní predložiť v stanovenom termíne odboru metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu sekcie kontroly MF SR.   
6.3 Ukončenie pomoci 
Vystavenie vyhlásenia o ukončení pomoci pre projekt KF a jeho postúpenie na EK je jednou z nevyhnutných podmienok pre obdržanie záverečnej platby na daný projekt KF z EK. Vyhlásenie o ukončení pomoci sa vystavuje po ukončení projektu KF. Orgánom povereným vydávaním vyhlásenia o ukončení pomoci je na základe uznesenia vlády SR č.1029/2002 Najvyšší kontrolný úrad SR.
Vystavovanie vyhlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním vyhlásenia o ukončení pomoci musí byť pri jeho vystavovaní nezávislý od riadiaceho orgánu, platobnej jednotky a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom; 
2.	orgán poverený vydávaním vyhlásenia o ukončení pomoci vykoná preverenia potrebné pre jeho vystavenie v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardami;
3.	Riadiaci orgán, platobný orgán, platobná jednotka a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom poskytujú orgánu vydávajúcemu vyhlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie vyhlásenia o ukončení pomoci;
4.	orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny, že príslušné transakcie sú zákonné a správne, že projekt KF bol realizovaný v súlade s podmienkami rozhodnutia EK o poskytnutí pomoci a že ciele projektu KF podľa uvedeného rozhodnutia boli dosiahnuté;
5.	vyhlásenie o ukončení pomoci je vystavené vo forme podľa prílohy III Nariadenia EK 2002/1386/ES;
6.	vyhlásenie o ukončení pomoci je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby,
d)	záverečnej správy o projekte KF;
7.	súčasťou vyhlásenia o ukončení pomoci je správa obsahujúca všetky zodpovedajúce údaje, z ktorých vyhlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nálezov všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým mal orgán vydávajúci vyhlásenie o ukončení pomoci prístup;
8.	v prípade existencie závažných nedostatkov, v riadení alebo kontrole alebo značného výskytu zistených nezrovnalostí, alebo v prípade pochybností o tom, či bol projekt KF realizovaný správne, ktoré neumožnia poskytnúť celkovú pozitívnu záruku ohľadne platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného výkazu výdavkov, vo vyhlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
9.	vyhlásenie o ukončení pomoci zasiela orgán poverený jeho vydávaním priamo na EK a na platobný orgán a riadiaci orgán pre informáciu;
10.	v prípade, že existujú vážne prekážky pri vypracovaní vyhlásenia o ukončení pomoci, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR; informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení; ak je vyhlásenie o ukončení pomoci následne zaslané EK, obsahuje už opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.

6.4   Externý audit
Nakoľko zapojenie do riadenia KF zahŕňa veľké množstvo subjektov, výkon auditu môžu zabezpečovať viaceré orgány, ktoré zahrnujú:
-	Európsky dvor audítorov (externý audit Európskej komisie),
-	audit príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie,
-	súkromné audítorské firmy.
Európsky dvor audítorov je nezávislou inštitúciou, ktorej úlohou je podporovať Európsky parlament a Radu Európskej únie pri vykonávaní ich právomocí v oblasti kontroly realizácie rozpočtu. V rámci svojej činnosti Dvor vo vzťahu ku KF vykonáva systémový a finančný audit v inštitúciách Európskej komisie, ako aj v členských štátoch na orgánoch zodpovedných za realizáciu pomoci z ES.  
K najdôležitejším úlohám Európskeho dvoru audítorov patrí preverenie:
a)	účtov všetkých príjmov a výdavkov ES,
b)	či výdavky boli prijaté a realizované zákonným spôsobom,
c)	či finančné riadenie je správne.
Generálne riaditeľstvo Európskej komisie pre regionálnu politiku je zodpovedné za riadenie KF, pričom má zriadený útvar auditu. Hlavným cieľom auditov realizovaných útvarom auditu je určiť:
a)	do akej miery má členský štát vytvorené vhodné riadiace a kontrolné systémy a do akej miery tieto systémy spĺňajú požiadavky na správnosť a zákonnosť operácií,
b)	správnosť deklarovaných výdavkov Európskej komisii,
c)	výšku neoprávnených výdavkov v prípadoch, keď sa dokázalo, že riadiace a kontrolné systémy členského štátu sú nevhodné.
Za účelom vykonania externého auditu môže ktorýkoľvek subjekt zúčastňujúci sa finančného riadenia KF, vrátane konečného prijímateľa, uzatvoriť zmluvu so súkromnou audítorskou firmou. Externý audit týchto subjektov môže vykonať súkromná audítorská firma zo SR alebo zo zahraničia.