Systém finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 6.0

Obsah											            strana
1	Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky
2	Základné definície a pojmy
3	Subjekty a ich zodpovednosti
3.1	Riadiaci orgán a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
3.2	Certifikačný orgán
3.3	Platobná jednotka
3.4	Monitorovací výbor
3.5	Orgán auditu
3.6	Orgány vydávajúce rozhodnutia v správnom konaní
3.6.1	Správy finančnej kontroly
3.6.2	Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.7	Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
4	Financovanie z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
4.1	Podpora z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
4.2	Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí podpory a presuny finančných prostriedkov
4.3	Záväzky a platby z EÚ
4.3.1	Záväzky
4.3.1.1	Záväzky vo vzťahu k operačnému programu
4.3.1.2	Záväzky vo vzťahu k projektom
4.3.2	Platby z Európskej komisie
4.3.2.1	Zálohová platba z Európskej komisie
4.3.2.2	Priebežné platby z Európskej komisie
4.3.2.3	Záverečná platba z Európskej komisie
4.4	Platby na národnej úrovni
4.4.1	Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.4.1.1	Programové rozpočtovanie
4.4.2	Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
4.4.3	Platby vo vzťahu platobná jednotka – prijímateľ
4.4.4	Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
4.4.5	Vysporiadanie finančných vzťahov
4.5	Odhad očakávaných výdavkov
4.6	Systém účtov
4.6.1	Účty certifikačného orgánu
4.6.2	Účty platobnej jednotky
4.6.3	Účty prijímateľa – štátna rozpočtová organizácia
4.6.4	Účty prijímateľa – súkromný sektor
4.7	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.7.1	Systém zálohových platieb
4.7.2	Systém refundácie
4.7.3	Systém paušálnych platieb
4.7.4	Špecifiká operačného programu v systéme informačných a finančných tokov
4.8	Systém certifikácie
4.9	Nezrovnalosti
4.9.1	Oznamovanie nezrovnalostí
4.9.2	Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov
4.9.3	Vylúčenie projektu z financovania podpory EÚ
4.10	Účtovníctvo
4.10.1	Účtovníctvo prijímateľa
4.11	Finančné výkazníctvo a archivácia
4.12	Používanie mien a kurzové rozdiely
5	Monitorovanie a elektronická výmena informácií
6	Zoznam príloh

1	Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky
Systém finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 je vypracovaný v súlade s právnymi predpismi Európskej únie (ďalej aj „EÚ“), Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii a Zmluva o založení Európskeho spoločenstva
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej, podpísaná dňa 4. 10. 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na ktorého základe budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii 2003, Akt o podmienkach pristúpenia
•	Zmluva o fungovaní Európskej únie 
b)	Základné právne predpisy EÚ
Nariadenia upravujúce Európsky fond pre rybné hospodárstvo
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1198/2006 z 27. júla 2006 o Európskom fonde pre rybné hospodárstvo
•	Nariadenie Komisie (ES) č. 498/2007 z 26. marca 2007, ktorým sa stanovujú podrobné vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o Európskom fonde pre rybné hospodárstvo v znení nariadenia Komisie (EÚ) č. 1249/2010, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES) č. 498/2007, ktorým sa stanovujú podrobné vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o Európskom fonde pre rybné hospodárstvo (ďalej aj „Nariadenie Komisie (ES) č. 498/2007“
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2371/2002 o ochrane a trvalo udržateľnom využívaní zdrojov rybného hospodárstva v rámci spoločnej politiky v oblasti rybolovu
•	Nariadenie Rady (ES)  č. 744/2008 z 24. júla 2008, ktorým sa ustanovuje dočasné osobitné opatrenie na podporu reštrukturalizácie rybárskych flotíl Európskeho spoločenstva postihnutých hospodárskou krízou
Nariadenia upravujúce rozpočet EÚ
•	Nariadenie Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev v znení neskorších zmien a doplnení
•	Nariadenie Komisie (ES, Euratom) č. 1261/2005, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES, Euratom) č. 2342/2002, ktorým sa ustanovujú podrobné pravidlá na vykonávanie nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1248/2006, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1995/2006, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Komisie (ES, Euratom) č. 478/2007, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES, Euratom) č. 2342/2002, ktorým sa ustanovujú podrobné pravidlá na vykonávanie nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou s cieľom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
c)	Základné záväzné právne predpisy SR
•	Zákon č. 528/2008 Z. z.  o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov  
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 539/2008 o podpore regionálneho rozvoja a ktorým sa ruší zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja v znení zákona č. 351/2004 Z. z.
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona č. 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení  neskorších predpisov.
2	Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo sa rozumie: 
1.	Audit trail – podrobný popis riadenia a realizácie podpory z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
2.	Centrálny elektronický databázový informačný systém (ďalej len „CEDIS“) - informačný systém orgánu auditu, slúži na evidenciu plánov, monitorovanie a reporting výsledkov z vládnych auditov prostriedkov Európskej únie a prostriedkov ostatných nástrojov finančnej pomoci zo zahraničia poskytovaných Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv a dohôd.
3.	Certifikácia – potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo.
4.	Certifikačný orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikácie výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii. Zákon č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov EÚ v znení neskorších predpisov stanovuje, že v podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za koordináciu a usmerňovanie subjektov zapojených do systému finančného riadenia, vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb, pričom certifikačným orgánom je ministerstvo určené zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, a teda Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
5.	Cieľ Konvergencia – cieľ akcie pre najmenej rozvinuté členské štáty a regióny podľa nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 z 11. júla 2006, t. j. cieľ EÚ umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za roky 2000 – 2002 je menšia ako 75 % priemeru EÚ 25. 
6.	Čiastkový výkaz výdavkov – dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na ktorého základe sa preplácajú zdroje Európskej únie. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu.
7.	Európsky fond pre rybné hospodárstvo (ďalej aj „EFF“) – nástroj Spoločnej politiky rybného hospodárstva napomáhajúci dosiahnutie cieľov prostredníctvom podpory Spoločenstva pre trvalo udržateľný rozvoj odvetvia rybného hospodárstva, rybolovných oblastí a vnútrozemského rybolovu.
8.	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti–Fraud Office, ďalej len „OLAF“) – inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nezákonným aktivitám. 
9.	Finančné inžinierstvo (inovatívne finančné nástroje) – aktivity definované čl. 34 – 37 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorými sa môže prispievať predovšetkým na podporu malých a stredných podnikateľov vrátane mikropodnikov, ako sú napr. rizikové investičné fondy, záručné fondy a pôžičkové fondy.
10.	Informačný systém účtovníctva fondov (ďalej len „ISUF“) – samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov EFF (certifikačný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom systému ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb na úrovni certifikačného orgánu a platobnej jednotky. 
11.	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) – informačný systém spravovaný a vyvíjaný MDVRR SR v spolupráci s riadiacimi orgánmi, certifikačným orgánom a orgánom auditu, ktorý zabezpečí evidenciu údajov o všetkých operačných programoch, projektoch, overeniach, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a EFF. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC2007 Európskej komisie, monitorovacími systémami okolitých členských krajín, ako aj žiadateľmi a prijímateľmi. Poskytuje prepojenia s ISUF.
12.	Lehota – ak nie je v tomto dokumente, uvedené inak, za dni sa považujú kalendárne dni. Do uplynutia lehoty sa nezapočítava deň, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Lehoty určené podľa týždňov, mesiacov alebo rokov sa končia uplynutím  toho dňa, ktorý sa svojím označením zhoduje s dňom, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Ak taký deň v mesiaci nie je, lehota sa končí posledným dňom mesiaca. Ak koniec lehoty pripadne na sobotu, nedeľu alebo na deň pracovného pokoja, je posledným dňom lehoty najbližší nasledujúci pracovný deň. Lehota je zachovaná, ak sa posledný deň lehoty podanie podá na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, alebo ak sa podanie odovzdá na poštovú prepravu, ak nie je v tomto dokumente uvedené inak.
13.	Metodická príručka – dokument na národnej úrovni vypracovaný riadiacim orgánom pre operačný program, ktorého prostredníctvom sa realizuje stratégia a priority podpory, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrení.
14.	Monitorovací výbor pre operačný program – orgán zriadený riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii cieľov stanovených v operačnom programe a za schvaľovanie zmien v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Na zasadnutiach monitorovacieho výboru sa zúčastňuje aj zástupca Európskej komisie v pozícii poradcu. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
15.	Národný strategický plán rybného hospodárstva 2007 – 2013 (ďalej len „NSP RH“) – strategický dokument, ktorý vytyčuje priority a ciele, ktoré chce Slovenská republika v sektore rybného hospodárstva v programovom období 2007 – 2013 dosiahnuť. 
16.	Nezrovnalosť – akékoľvek porušenie legislatívy Európskej únie vyplývajúce z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskej únie alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskej únie alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Európskej únie.
17.	Oblasť mimo cieľa Konvergencie – cieľ, ktorý sa vzťahuje na členské štáty a regióny, ktoré nie sú oprávnené v rámci cieľa Konvergencia, umožňujúci podporu územia pokrývajúceho členské štáty a regióny nespadajúce do cieľa Konvergencia definovaného v bode 4.
18.	Opatrenie – súbor operácií zameraných na vykonávanie prioritnej osi. 
19.	Operácia – projekt vybraný podľa kritérií stanovených monitorovacím výborom a vykonávaný jedným alebo viacerými prijímateľmi, ktorý umožňuje dosiahnutie cieľov prioritnej osi, s ktorou súvisí.
20.	Operačný program – samostatný dokument vypracovaný členským štátom a schválený Európskou komisiou, ktorý obsahuje súvislý súbor prioritných osí, ktoré sa dosahujú podporou z EFF. Pre implementáciu EFF v SR v programovom období 2007– 2013 je vypracovaný Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013.
21.	Oprávnené výdavky – výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené počas obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí podpory vo forme nákladov a výdavkov prijímateľa, a ktoré boli vynaložené na operácie vybrané na podporu v rámci operačného programu v súlade s kritériami výberu a obmedzeniami stanovenými nariadením Rady (ES) č. 1198/2006. V podmienkach SR za stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov zodpovedá riadiaci orgán.
22.	Organizácia výrobcov – podľa nariadenia Rady (ES) č. 104/2000 zo 17. decembra 1999 o spoločnej organizácii trhov s výrobkami rybolovu a akvakultúry - organizácie výrobcov sú uznávané MPRV SR na základe žiadosti o uznanie. Ide o organizácie súkromného sektora, pričom žiadateľ je právnickou osobou v zmysle zákona č. 513/1999 Zb. – Obchodný zákonník, iné právne formy sa neuznávajú. 
23.	Orgán auditu – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu určený členským štátom pre operačný program a zodpovedný za overenie riadneho fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu Ministerstvo financií SR.
24.	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov – doklad, ktorý pozostáva z formulára a príloh, na ktorého základe prijímateľ potvrdzuje vrátenie finančných prostriedkov v príslušnom pomere na stanovené účty. 
25.	Platobná jednotka – organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou prijímateľovi. V podmienkach SR je platobnou jednotkou Pôdohospodárska platobná agentúra. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice, ktorým je Pôdohospodárska platobná agentúra.
26.	Poskytnutie zálohovej platby prijímateľovi – poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – štátnej rozpočtovej organizácii formou zálohovej platby do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu po podpise zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a preukázaní prijímateľa o začatí realizácie projektu.
27.	Prijímateľ (Beneficiary) – orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a prostriedky z EÚ. 
28.	Prioritná os – jedna z priorít v operačnom programe, ktorá sa skladá zo skupiny navzájom súvisiacich opatrení s konkrétnymi, merateľnými cieľmi.
29.	Prizvaná osoba – zamestnanec iného orgánu verejnej správy, okrem zamestnancov NKÚ SR, so súhlasom vedúceho tohto orgánu, zamestnanec právnickej osoby alebo fyzickej osoby s ich súhlasom, ak je to na dosiahnutie účelu a cieľa vládneho auditu vzhľadom na zložitosť a odborné zameranie auditovanej činnosti nevyhnutné, prizvaný na základe žiadosti vedúceho auditujúceho orgánu. Prizvaná osoba musí byť funkčne nezávislá od prijímateľa, riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky.
30.	Refundácia – poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi zo súkromného sektora a prijímateľovi z verejného sektora na základe dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe žiadosti o platbu, ktorej súčasťou sú účtovné doklady, ktoré prijímateľ uhradil najskôr z vlastných zdrojov.
31.	Riadiaci orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo súkromný orgán určený členským štátom, ktorý je zodpovedný za riadenie operačného programu. V podmienkach SR je riadiacim orgánom Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR.
32.	Rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok – rozhodnutie, ktoré vydáva štatutárny orgán riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v konaní o žiadosti podľa § 14 zákona č. 528/2008 Z. z. v znení neskorších predpisov a v prípade technickej pomoci v konaní na základe písomného vyzvania podľa § 20 zákona č. 528/2008 Z. z. v znení neskorších predpisov. 
33.	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu (ďalej len „Splnomocnenie“) – poverenie, ktorým Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR, ako riadiaci orgán, poveruje Pôdohospodársku platobnú agentúru, ako sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, plnením úloh riadiaceho orgánu súvisiacich s implementáciou Operačného programu Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 vymedzených v splnomocnení a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom toto poverenie prijíma. Splnomocnenie okrem vymedzených úloh obsahuje aj právomoci a zodpovednosti účastníkov splnomocnenia.
34.	Spolupracujúci orgán - auditujúci orgán podľa osobitného predpisu (§ 2 ods. 2  písm. g) zákona č. 502/2001 Z. z.), okrem Ministerstva financií Slovenskej republiky, ktoré vykonávajú úlohy podľa osobitného predpisu (čl. 61 nariadenia (ES) č. 1198/2006).
35.	Správa o zistenej nezrovnalosti – dokument vyplnený riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom alebo orgánom auditu alebo orgánom vydávajúcim rozhodnutie v správnom konaní, na ktorého základe je oficiálne zdokumentovaná zistená nezrovnalosť. 
36.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – je ministerstvo, ostatný ústredný orgán štátnej správy, samosprávny kraj alebo iná právnická osoba, ktorá má odborné, personálne a materiálne predpoklady na plnenie úloh riadiaceho orgánu určených  v  splnomocnení o delegovaní právomocí. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť  splnomocnenia o delegovaní právomocí, pričom sprostredkovateľský orgán koná v mene a na zodpovednosť riadiaceho orgánu. Pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 je sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom Pôdohospodárska platobná agentúra a v rámci nej príslušné útvary sekcie projektových podpôr a štátnej pomoci (odbor autorizácie podpôr, odbor hodnotenia projektov), sekcie kontroly na mieste (odbor kontroly projektových podpôr), platobnej sekcie (odbor správy nezrovnalostí a dlhov, odbor monitoringu) a regionálnych pracovísk v zmysle organizačného poriadku Pôdohospodárskej platobnej agentúry.. 
37.	Súhrnná žiadosť o platbu – doklad, na ktorého základe sú prevádzané prostriedky EÚ platobnej jednotke v príslušnom pomere. 
38.	Systém finančného riadenia EFF – komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, ktorých prostredníctvom sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, používanie podpory, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, sledovanie finančných tokov, kontrola a overovanie pri realizácii podpory z EFF. 
39.	Štátna pokladnica – orgán štátnej správy zriadený podľa zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov, zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému Štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
40.	Štátna pomoc – akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Európskej únie.
41.	Účtovný doklad – doklad definovaný v § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení zákona č. 198/2007 Z. z. Pre účely predkladania žiadostí o platbu (priebežná platba, záverečná platba, refundácia, zúčtovanie zálohovej platby, paušálna platba) sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v § 10 ods. 1 písm. a) až f) predmetného zákona, pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje vyhlásenie prijímateľa v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné vyhlásenie v znení „Ako prijímateľ čestne vyhlasujem, že nárokovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v účtovných dokladoch, je matematicky správna a vychádza z účtovníctva, oprávnené výdavky boli skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti (v prípade zálohovej platby sa začala realizácia projektu), nárokovaná suma je v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pravidlá štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia a rovnosti príležitostí boli dodržané, fyzický a finančný pokrok podlieha monitorovaniu vrátane overenia na mieste, požiadavky na informovanie verejnosti boli dodržané v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, originály dokumentácie k platbe, definované v zozname príloh sú v našej držbe, náležite opečiatkované, podpísané a prístupné na konzultovanie pre účely overenia. Sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Som si vedomý skutočnosti, že v prípade nesplnenia podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v prípade nesprávne nárokovaných finančných prostriedkov v tejto žiadosti o platbu je možné, že príspevok nebude vyplatený, bude upravený alebo bude vyžiadané vrátenie neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov.“.
42.	Verejné výdavky – všetky verejné príspevky na financovanie operácií, ktoré pochádzajú z rozpočtu štátu, regionálnych a miestnych orgánov a Európskej únie v súvislosti s EFF a akékoľvek podobné výdavky. Za podobný výdavok sa považuje každý príspevok na financovanie operácií pochádzajúci z rozpočtu verejnoprávnych subjektov alebo združení jedného alebo viacerých regionálnych alebo miestnych orgánov, alebo verejnoprávnych subjektov konajúcich v súlade so smernicou Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 18/2004 z 31. marca 2004 o koordinácii postupov zadávania verejných zákaziek na práce, verejných zákaziek na dodávku tovaru a verejných zákaziek na služby.
43.	Vládny audit – nezávislá, objektívna, overovacia, hodnotiaca a uisťovacia činnosť, ktorá je zameraná najmä na:
•	overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly operačného programu, ktoré sa vykonáva najmä ako systémový audit,
•	overenie deklarovaných výdavkov Európskej komisii na vhodnej vzorke operácií, ktoré sa vykonáva ako audit operácií.
44.	Vlastné zdroje prijímateľa – finančné prostriedky, ktorými sa podieľa prijímateľ na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie finančné prostriedky, ktoré prijímateľ získal z iného zdroja (okrem zdroja štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a zdroja EÚ), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby.
45.	Výkaz výdavkov – dokument obsahujúci oprávnené výdavky uskutočnené v priebehu stanoveného obdobia oprávnenosti za operačný program podľa jednotlivých rokov. Výkaz je vypracovaný certifikačným orgánom a tvorí prílohu k žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie.
46.	Záznam z administratívnej kontroly - dokument vypracovaný z administratívnej kontroly riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom podľa § 24e zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Záznam z administratívnej kontroly sa vyhotovuje v dvoch exemplároch. Prvý exemplár sa poskytuje platobnej jednotke. Druhý exemplár uchováva subjekt, ktorý záznam z administratívnej kontroly vypracoval. V prípade zistenia nedostatkov a porušenia podmienok zakotvených vo všeobecne záväzných právnych predpisoch a zmluvných dokumentoch je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom oprávnený pozastaviť financovanie projektu, zamietnuť žiadosť o platbu, alebo znížiť výšku požadovaných výdavkov, alebo posúdiť  výdavky požadované v žiadosti o platbu ako neoprávnené alebo postupovať podľa ďalších relevantných ustanovení tohto zákona, napríklad odstúpiť od zmluvy. Ak  má správa finančnej kontroly / Ministerstvo financií SR začať na základe záverov vykonanej administratívnej kontroly riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom správne konanie vo veci porušenia finančnej disciplíny, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom si od kontrolovaného subjektu vyžiada písomné vyjadrenie k záverom administratívnej kontroly a prílohou záznamu sú všetky doklady týkajúce sa predmetu vykonanej administratívnej kontroly. Na základe takéhoto záznamu z administratívnej kontroly je správa finančnej kontroly / Ministerstvo financií SR oprávnené priamo začať správne konanie a to bez duplicitného výkonu vládneho auditu.
47.	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku – podrobná zmluva o podpore projektu financovaného z EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie uzatvorená medzi riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia podpory, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán. Pre potreby tohto materiálu sa pod zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku rozumie aj v relevantných prípadoch „Rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok“, definované v bode 32.
48.	Žiadosť o nenávratný finančný príspevok – dokument, ktorý pozostáva z formulára žiadosti a povinných príloh, na základe ktorej žiadateľ žiada o nenávratný finančný príspevok z prostriedkov EÚ a zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v pomernej výške.
49.	Žiadosť o platbu – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti o platbu a povinných príloh, na ktorého základe sú prijímateľovi uhrádzané prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v príslušnom pomere.
50.	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a príloh, na ktorého základe má prijímateľ povinnosť vrátiť finančné prostriedky v príslušnom pomere na stanovené účely.
3	Subjekty a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia EFF sú zapojené nasledovné subjekty: 
•	riadiaci orgán;
•	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
•	certifikačný orgán;
•	platobná jednotka;
•	monitorovací výbor.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
•	orgán auditu;
•	spolupracujúci orgán;
•	príslušné orgány vydávajúce rozhodnutie v správnom konaní;
•	orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov EFF je náležité oddelenie funkcií riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a orgánu auditu. 
3.1	Riadiaci orgán a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
Rozhodnutie o zriadení riadiaceho orgánu a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vydáva vláda SR. Riadiaci orgán môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ale celkovú zodpovednosť za riadenie programu nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené  splnomocnením o delegovaní právomocí, ktoré riadiaci orgán poskytne certifikačnému orgánu na informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje certifikačný orgán o dodatkoch k  splnomocneniu o delegovaní právomocí. Splnomocnenie môže byť uzavreté len so subjektmi, ktoré majú právnu subjektivitu. 
Funkcie riadiaceho orgánu plní Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR a funkciu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom Pôdohospodárska platobná agentúra a v rámci nej sekcia projektových podpôr, sekcia kontroly a regionálne pracoviská.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zabezpečuje:
a)	vypracovanie Národného strategického plánu rybného hospodárstva 2007 – 2013 (ďalej len „NSP RH“);
b)	negociovanie s Európskou komisiou o NSP RH;
c)	koordináciu implementácie NSP RH a operačného programu s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania podpory z EFF;
d)	predkladanie podkladov na vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie ITMS za oblasť EFF;
e)	vypracovanie operačného programu vrátane finančného plánu;
f)	vypracovanie metodickej príručky k operačnému programu/Metodickej príručky pre žiadateľa o poskytnutie nenávratného finančného príspevku z OP RH vrátane príloh a jej aktualizácií;
g)	vytvorenie vhodného systému implementácie operačného programu;
h)	informovanie prijímateľov o aktuálnych metodických usmerneniach, poskytovanie výkladov a konzultácií v prípade potreby;
i)	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice organizácie;
j)	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti v elektronickej forme, s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu (CO_manual@mfsr.sk) a orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach;
k)	zriadenie monitorovacieho výboru operačného programu v súlade s čl. 63 – 66 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a usmerňovanie jeho činnosti, pričom mu poskytuje dokumenty potrebné na monitorovanie kvality vykonávania operačného programu;
l)	vypracovanie predbežného a priebežného hodnotenia operačného programu a zhromaždenie informácií potrebných na vykonanie následného hodnotenia v zmysle čl. 48 a 49 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006;
m)	vypracovanie a priebežná aktualizácia opisu riadiacich a kontrolných systémov pre operačný program v súlade s čl. 71 nariadenia (ES) č. 1198/2006;
n)	predkladanie výročných správ (každoročne do 30. júna) a záverečnej správy (do 31. marca 2017) o vykonávaní programu certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 14 kalendárnych dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 67 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006;
o)	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí a jeho predloženie certifikačnému orgánu vrátane prípadných dodatkov pre informáciu do 14 kalendárnych dní od podpisu zodpovednými osobami;
p)	kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
q)	spolufinancovanie operačného programu zo štátneho rozpočtu;
r)	podrobnejšiu úpravu pravidiel finančného riadenia vo vzťahu k prijímateľom v súlade s týmto materiálom vrátane vydania verejne dostupných metodických usmernení (príručiek) k finančnému riadeniu operačného programu pre prijímateľov v súlade s týmto materiálom;
s)	vypracovanie a zverejnenie výzvy na predkladanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok spolu s príslušnými dokumentmi na internetovej stránke sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a uverejnenie oznámenia o pozastavení/zrušení výzvy, resp. ukončení priebežnej výzvy s uvedením dôvodu na internetovej stránke sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, nevzťahuje sa na opatrenie 5.1 „Technická pomoc“;
t)	vpracovanie návrhu žiadosti o nenávratný finančný príspevok pre všetky opatrenia;
u)	vypracovanie návrhov zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku z operačného programu pre opatrenia 2.1, 2.2, 3.1 a 5.1 a ich zaslanie certifikačnému orgánu na posúdenie;
v)	prijímanie, hodnotenie a schvaľovanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok;
w)	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a jej dodatkov vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia zmluvných podmienok a v relevantných prípadoch vydávanie rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok;
x)	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
y)	zaregistrovanie žiadosti o platbu v ITMS do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia jej písomnej verzie;
z)	kontrolu žiadosti o platbu v rámci jednotlivých uzavretých zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorej súčasťou je aj predbežná finančná kontrola, chronologicky podľa dátumu ich zaregistrovania riadiacim orgánom. Táto kontrola zahrňuje:
•	administratívnu kontrolu každej žiadosti o platbu, 
•	kontrolu na mieste podľa potreby;
aa)	v rámci administratívnej kontroly žiadosti o platbu:
•	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti o platbu,
•	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje:
i)	kontrolu reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	preukázateľnú matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrolu uplatňovaných položiek na základe účtovného dokladu, prípadne účtovného dokladu a ich porovnanie s rozpočtom projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, overenie na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek,
iii)	kontrolu súladu s legislatívou SR a legislatívou EÚ týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, štátnej pomoci a pomoci de minimis;
bb)	v rámci kontroly na mieste sa kontroluje najmä:
•	skutočné dodanie spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác a poskytnutých služieb, 
•	správnosť vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006,
•	zaúčtovanie dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve prijímateľa,
•	zabezpečenie publicity a pod.;
cc)	kontrolu na mieste podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, pri ktorej sa môžu skontrolovať aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
dd)	vypracovanie a predkladanie informácií  o vykonaných kontrolách na mieste podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 certifikačnému orgánu v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisií;
ee)	riadiaci orgán je oprávnený pozastaviť, zamietnuť alebo upraviť výšku platby pre projekt, alebo jeho časť, ak zistí nedostatky v postupe prijímateľa pri realizácii podpory;
ff)	schvaľovanie a predloženie žiadosti o platbu vrátane  záznamu z administratívnej kontroly platobnej jednotke;
gg)	sledovania poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa v rozsahu prílohy 17;
hh)	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku "n" do 5. februára  roku "n+1" v elektronickej forme certifikačnému orgánu (príloha 18);
ii)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.9.1 vrátane aktualizácie údajov o zistenej nezrovnalosti v ITMS;
jj)	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo vzťahu k vysporiadaniu finančných vzťahov s prijímateľom alebo systémové nezrovnalosti);
kk)	vypracovanie a predkladanie zoznamu prípadov za predchádzajúci rok (príloha 19) v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené v súlade s požiadavkou článku 57 odsek 2 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady;
ll)	vykonávanie finančných opráv na projekty;
mm)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním podpory v ITMS;
nn)	navrhovanie realokácie prostriedkov v rámci operačného programu, ich predloženie certifikačnému orgánu na posúdenie a následne ich predkladanie monitorovaciemu výboru na schválenie, ak je relevantné;
oo)	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov certifikačnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka do 7. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca v spolupráci s platobnou jednotkou;
pp)	predkladanie správ z externých auditov, auditov Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov, protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokolov z kontrol Úradu pre verejné obstarávanie certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich prerokovania;
qq)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich podpisu;
rr)	vypracovanie stanoviska riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania a jeho predloženie platobnej jednotke za účelom zaslania stanoviska certifikačnému orgánu v lehote stanovenej platobnou jednotkou; 
ss)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne/sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočtov ich plnenia certifikačnému orgánu a aj orgánu auditu, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
tt)	vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu. V prípade, ak je to relevantné riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s platobnou jednotkou;
uu)	predkladanie zoznamu schválených projektov certifikačnému orgánu do 7 kalendárnych dní od schválenia žiadostí o nenávratný finančný príspevok;
vv)	dodržiavanie usmernení certifikačného orgánu k finančnému riadeniu;
ww)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 21 kalendárnych dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehote;
xx)	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu vrátane audit trailu na každej úrovni riadenia;
yy)	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
zz)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie podpory EÚ minimálne do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností;
aaa)	zabezpečenie dodržiavania požiadaviek publicity v súlade s čl. 51 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006.
3.2	Certifikačný orgán
Funkcie certifikačného orgánu v súlade s organizačným poriadkom Ministerstva financií SR vykonáva sekcia európskych a medzinárodných záležitostí Ministerstva financií SR (ďalej len „MF SR“). 
Certifikačný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu certifikačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
b)	predloženie vnútorného manuálu certifikačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti, v elektronickej forme, s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	koordináciu systému finančného riadenia EFF;
d)	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu EFF;
e)	metodické usmerňovanie platobnej jednotky, riadiaceho orgánu a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v oblasti finančného riadenia EFF;
f)	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením EFF na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
g)	vybudovanie kontaktov a komunikácia s relevantnými útvarmi Generálneho riaditeľstva Európskej komisie pre rybolov a námorné záležitosti v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
h)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 21 kalendárnych dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehote;
i)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach Výboru pre Európsky fond pre rybné hospodárstvo v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
j)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach monitorovacieho výboru pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
k)	vypracovanie zmien v Systéme finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 vrátane predloženia zmien na pripomienkové konanie všetkým relevantným subjektom (okrem dodatkov k materiálu) a ich predkladanie ministrovi financií na schválenie. V prípade zásadných zmien bude Systém finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 predložený na schválenie vláde SR;
l)	poskytovanie výnimiek zo Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí orgánov zapojených do finančného riadenia adresovaných ministrovi financií. Pri posudzovaní každej z výnimiek certifikačný orgán dôsledne zváži ich dosah. Minister financií nebude poskytovať výnimky zo Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 týkajúce sa nedodržiavania podmienok pre zúčtovanie zálohovej platby;
m)	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby a o záverečnú platbu Európskej komisii;
n)	zostavenie, certifikácia a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii ako súčasť žiadosti o priebežnú, záverečnú platbu na základe čiastkových výkazov výdavkov a schválených súhrnných žiadostí o platbu predložených platobnou jednotkou a overenia vybraných  záznamov z administratívnej kontroly vypracovaných riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom;
o)	administratívne overenie súhrnnej žiadosti o platbu, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje:
•	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
•	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch; 
p)	certifikačné overenie na všetkých úrovniach finančného riadenia vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
•	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky uhrádzané počas obdobia oprávnenosti, 
•	boli vykonané overenia dodania spolufinancovaných tovarov, služieb a prác,
•	realizované výdavky sú reálne, 
•	sa postupovalo v súlade so záväznými právnymi predpismi EÚ a SR a ostatnými záväznými dokumentmi, 
•	existuje overiteľná podporná dokumentácia, 
•	sa uchováva a dodržiava audit trail; 
q)	v prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalostí s finančným dopadom na každej z certifikovaných úrovní okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný projekt, vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Certifikačný orgán oznámi nezrovnalosť orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov a v kópii orgánu auditu v rámci štvrťročného hlásenia nezrovnalosti OLAF EK;
r)	v prípade zistenia závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenia na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti pozastavenie platieb pre operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informovanie orgánu auditu, riadiaceho orgánu a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky pre operačný program;
s)	informovanie platobnej jednotky o zaslanej žiadosti o platbu Európskej komisii do 14 kalendárnych dní od jej odoslania Európskej komisii;
t)	zriadenie osobitného mimorozpočtového účtu pre prostriedky EÚ v Štátnej pokladnici pre operačný program;
u)	príjem prostriedkov EÚ na osobitný mimorozpočtový účet MF SR;
v)	prevod finančných prostriedkov EÚ z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na účet platobnej jednotky na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu platobnej jednotky;
w)	prevod finančných prostriedkov EÚ prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky;
x)	zostavenie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom každý rok do 30. apríla;
y)	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pre platobnú jednotku pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
z)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici slúžiaceho na úhradu bankových poplatkov a daní z úrokov;
aa)	vedenie a predkladanie knihy dlžníkov, resp. mesačného výkazu nezrovnalostí a vratiek k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci v písomnej forme riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke. Orgánu auditu sa tieto dokumenty predkladajú elektronicky na e-mailovú adresu reporting@mfsr.sk;
bb)	zostavenie a predkladanie ročných výkazov Európskej komisii do 31. marca v súlade s článkom 46 (ods. 2, 2a) a prílohou č. 10 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, t.j. výkazu prostriedkov k 31. decembru predchádzajúceho roka, ktoré boli stiahnuté z výkazu výdavkov, boli vrátené a odpočítané z výkazu výdavkov, majú byť vrátené, resp. sa neočakáva, že budú vrátené v členení podľa prioritných osí a rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov;
cc)	koordináciu finančných tokov v oblasti vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
dd)	finančné opravy prostriedkov EÚ na základe požiadaviek Európskej komisie;
ee)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici pre príjem prostriedkov EÚ od prijímateľov z titulu finančného vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
ff)	vrátenie prostriedkov Európskej únie v súlade s § 20 ods. 7 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, a to vrátane úrokov z omeškania v súlade s § 20 ods. 8 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
gg)	vypracovanie a predkladanie súhrnného prehľadu správ o zistenej nezrovnalosti štvrťročne orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov. V súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti sa uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 55, 57 a 63 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007;
hh)	spracovanie relevantných častí výročných správ a záverečnej správy o vykonávaní programu týkajúcich sa čerpania prostriedkov EÚ a ich predloženie riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom;
ii)	vypracovanie podkladov do ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 53b (3) nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskej únie a ich predloženie orgánu auditu;
jj)	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému;
kk)	metodické riadenie a koordinácia postupov účtovania certifikačného orgánu a platobnej jednotky v rámci jednotného informačného systému účtovania fondov EU (ISUF) a koordinácia postupu  poskytovania údajov účtovnej závierky a finančných výkazov;
ll)	vedenie účtovníctva certifikačného orgánu vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy, vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov podľa osobitných predpisov za certifikačný orgán a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
mm)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 21 kalendárnych dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
nn)	uschovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie podpory EÚ minimálne do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností.
3.3	Platobná jednotka
Základnou úlohou platobnej jednotky je zabezpečiť prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy). 
Funkcie platobnej jednotky vykonáva platobná sekcia Pôdohospodárskej platobnej agentúry. 
Platobná jednotka vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice Pôdohospodárskej platobnej agentúry;
b)	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti, v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu (CO_manual@mfsr.sk) a orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
d)	rozpočtovanie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v štátnom rozpočte pre príslušný rok;
e)	predbežnú finančnú kontrolu žiadostí o platbu, ktorá zahŕňa overenie formálnej správnosti dokumentov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, overenie súladu deklarovanej sumy v žiadosti o platbu so schváleným rozpočtom platobnej jednotky;
f)	prevod prostriedkov EÚ v súlade s čl. 20 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
g)	zostavenie a zaslanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov. V prípade, ak súčasťou súhrnnej žiadosti o platbu je žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) plniaca úlohu záverečnej žiadosti o platbu, je platobná jednotka povinná takúto žiadosť o platbu identifikovať v sprievodnom liste o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu;
h)	zostavenie a zaslanie čiastkových výkazov výdavkov generovaných z ITMS certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov. V prípade nefunkčnosti ITMS môžu byť čiastkové výkazy výdavkov vypracované manuálne a predložené certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov;
i)	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy za platobnú jednotku;
j)	usmerňovanie prijímateľov v oblasti odvodu výnosov z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnutých systémom zálohovej platby tak, aby prijímateľ v zmysle § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy odviedol k 31. januáru nasledujúceho roka do príjmov štátneho rozpočtu skutočný výnos, ktorý vznikol z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, t. j. po odpočítaní alikvotnej časti poplatkov za vedenie účtov, prípadne celého poplatku, ak ich vedie na osobitnom účte;
k)	vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov  podľa osobitných predpisov za platobnú jednotku a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
l)	vedenie a predkladanie čiastkovej knihy dlžníkov, resp. čiastkového výkazu nezrovnalostí a vratiek k  20. kalendárnemu dňu v mesiaci riadiacemu orgánu, ak nastala zmena v danom mesiaci;
m)	predkladanie zoznamu vykonaných platieb certifikačnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 11a až 11c) za príslušný mesiac najneskôr do 6. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca v písomnej aj elektronickej podobe. K uvedenému zoznamu prikladá platobná jednotka výpis z výdavkového účtu, resp. kópie realizovaných rozpočtových opatrení. V stanovenom termíne zašle platobná jednotka informáciu certifikačnému orgánu aj v prípade, ak za príslušný mesiac nevykonala žiadne platby;
n)	predkladanie prehľadu realizovaných platieb platobnou jednotkou (príloha 13) certifikačnému orgánu za príslušný štvrťrok najneskôr do 6. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného štvrťroku v písomnej aj elektronickej podobe;
o)	predkladanie podpisových vzorov zamestnancov platobnej jednotky splnomocnených schvaľovať a zostavovať súhrnné žiadosti o platbu certifikačnému orgánu do 7 kalendárnych dní od ich zmeny;
p)	vypracovanie stanoviska platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania týkajúcich sa platobnej jednotky;
q)	písomné predkladanie stanovísk riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania certifikačnému orgánu v lehote stanovenej certifikačným orgánom;
r)	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi a riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.9.1;
s)	predkladanie správ z externých auditov, auditov Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov, protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov protokolov z kontrol Úradu pre verejné obstarávanie týkajúcich sa platobnej jednotky certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich prerokovania;
t)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich podpisu;
u)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy platobnej jednotky a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu a aj orgánu auditu v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to v termíne do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
v)	vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie,a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu. V prípade, ak je to relevantné platobná jednotka spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom;
w)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním podpory v ITMS a ISUF;
x)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie podpory EÚ minimálne do 31.08.2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností.
3.4	Monitorovací výbor
Riadiaci orgán zriadi Monitorovací výbor pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 najneskôr tri mesiace od dátumu oznámenia rozhodnutia Európskej komisie o schválení operačného programu. 
Monitorovací výbor pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 je vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zodpovedný za nasledovné úlohy:
a)	prerokovanie a schvaľovanie kritérií výberu financovaných operácií do šiestich mesiacov od schválenia operačného programu a  schvaľovanie každej zmeny týchto kritérií v súlade s potrebami programovania;
b)	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho pri dosahovaní špecifických cieľov operačného programu na základe dokumentov predložených riadiacim orgánom;
c)	monitorovanie výsledkov vykonávania podpory z EFF, najmä dosahovania cieľov stanovených pre každú prioritnú os a priebežné hodnotenie;
d)	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečnej správy o vykonávaní programu pred ich zaslaním Európskej komisii;
e)	oboznámenie sa s výročnou správou a so všetkými relevantnými pripomienkami, ktoré Európska komisia vznesie pri preskúmaní tejto správy;
f)	oboznámenie sa s písomnou informáciou o pokroku vo vykonávaní Národného strategického plánu rybného hospodárstva 2007 – 2013, ktorá sa predkladá Európskej komisii;
g)	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu operačného programu vrátane presunov finančných prostriedkov medzi prioritnými osami (rozhodnutia Európskej komisie o príspevku z EFF).
3.5	Orgán auditu
V súlade s čl. 58 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 je členský štát povinný pre operačný program zriadiť orgán auditu. Tento orgán, ako aj spolupracujúce orgány a prizvané osoby musia byť funkčne nezávislé od riadiaceho orgánu a sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, certifikačného orgánu a platobnej jednotky. Orgán auditu musí rovnako zabezpečiť, aby sa v rámci výkonu vládnych auditov zohľadňovali medzinárodne uznávané audítorské štandardy. Orgán auditu koordinuje centrálne plánovanie, výkon a monitorovanie výsledkov z vládnych auditov.
V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu v zmysle uznesenia vlády SR č. 225/2007 sekcia auditu a kontroly MF SR. 
Orgán auditu zodpovedá najmä za:
a)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával s cieľom overiť účinnosť fungovania systémov riadenia a kontroly operačného programu;
b)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával na vhodnej vzorke operácií, aby sa preverili výdavky deklarované Európskej komisii;
c)	vypracovanie ročného plánu vládnych auditov na príslušný kalendárny rok;
d)	zabezpečenie metodického dohľadu nad spolupracujúcimi orgánmi;
e)	zabezpečenie kvalifikovaných zamestnancov na vykonávanie vládneho auditu;
f)	zabezpečenie, aby sa v rámci vládneho auditu zohľadňovali vybrané medzinárodne uznávané audítorské štandardy;
g)	zabezpečenie vzdelávania zamestnancov vykonávajúcich vládny audit;
h)	monitorovanie výsledkov z vládnych auditov;
i)	spoluprácu pri výkone auditu externými subjektmi, napr. Európskou komisiou, Európskym dvorom audítorov;
j)	predloženie Európskej komisii stratégie auditu do deviatich mesiacov od schválenia operačného programu, ktorá sa zaoberá subjektmi vykonávajúcimi vládny audit, použitou metódou, popisom výkonu dohľadu nad spolupracujúcimi orgánmi, metódou výberu vzorky na vládny audit a orientačným plánom vládnych auditov s cieľom zabezpečiť, aby sa vládnym auditom podrobili hlavné subjekty, a aby boli vládne audity celého programového obdobia rozvrhnuté rovnomerne;
k)	do 31. decembra každého roku od roku 2008 do 2015 za:
•	predloženie výročnej kontrolnej správy Európskej komisii za operačný program, ktorá obsahuje zistené skutočnosti z vládnych auditov vykonaných počas predchádzajúceho 12–mesačného obdobia, ktoré sa končí 30. júna dotknutého roku a uvádza nedostatky zistené v systémoch riadenia a kontroly programu. Prvá správa, ktorá sa predloží do 31. decembra 2008, sa vzťahuje na obdobie od 1. januára 2007 do 30. júna 2008. Informácie týkajúce sa overovaní vykonaných po 1. júli 2015 sa zahrnú do záverečnej správy, ktorá je podkladom pre vyhlásenie o ukončení uvedené v písmene f) čl. 61 nariadenia rady (ES) č. 1198/2006;
•	na základe vládnych auditov, ktoré sa vykonali pod jeho vedením, vydanie stanoviska o tom, či systém riadenia a kontroly operačného programu funguje dostatočne účinne na to, aby poskytol primeranú záruku, že výkazy výdavkov, ktoré sa predkladajú Európskej komisii, sú správne, a na základe toho primeranú záruku, že príslušné transakcie sú zákonné a správne;
•	predloženie v prípadoch stanovených v čl. 85 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 vyhlásenia o čiastočnom ukončení operačného programu, ktorým sa posudzuje zákonnosť a správnosť príslušných výdavkov;
l)	predloženie Európskej komisii najneskôr do 31. marca 2017 vyhlásenia o ukončení operačného programu, ktoré posudzuje platnosť žiadosti o záverečnú platbu a zákonnosť a správnosť príslušných transakcií zahrnutých do záverečného výkazu výdavkov, ktorý je doložený záverečnou kontrolnou správou;
m)	spoluprácu s certifikačným orgánom a orgánom zabezpečujúcim ochranu finančných záujmov v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov EÚ;
n)	predkladanie správ zo všetkých vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí vykonaných orgánom auditu, resp. spolupracujúcimi orgánmi (v elektronickej forme na e-mail CO_spravyVLA@mfsr.sk) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny certifikačnému orgánu a riadiacemu orgánu najneskôr do 15. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
o)	vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti na základe vykonaného vládneho auditu a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti v písomnej forme riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu najneskôr do 15 kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
p)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnymi auditmi a zistenými nezrovnalosťami v ITMS a CEDIS;
q)	vypracovanie správy o výsledku posudzovania riadiacich a kontrolných systémov a stanovísk k ich súladu s čl. 57 – 61 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 pre operačný program v zmysle čl. 71 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006;
r)	predkladanie ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 53b (3) nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskej únie;
s)	predkladanie nasledovných informácií certifikačnému orgánu bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od ich doručenia orgánu auditu v elektronickej forme na e-mail CO_spravyVLA@mfsr.sk:
•	písomnej informácie prijatej od auditovanej osoby (prijímateľa) o zohľadnení odporúčaní uvedených v predbežnej správe/predbežnej čiastkovej správe z vládneho auditu prijatím opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, alebo s uvedením dôvodov, pre ktoré neboli tieto odporúčania zohľadnené,
•	písomnej informácie o opatreniach prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, ku ktorým nie sú v čiastkovej správe z vládneho auditu uvedené odporúčania,
•	písomných správ prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) o splnení opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a odstránení príčin ich vzniku a o zohľadnení odporúčaní.
Orgán auditu a spolupracujúci orgán má právo vyžiadať od subjektov zapojených do finančného riadenia, aby v ním určenej primeranej lehote zabezpečili priame pripojenie a prístup orgánu auditu do informačných systémov nimi prevádzkovaných v celom rozsahu uplatňovania pôsobnosti orgánu auditu.
Subjekty zapojené do procesu implementácie, overovania a spolupracujúce orgány sú povinné poskytnúť orgánu auditu potrebnú súčinnosť, poskytovať informácie, predkladať doklady, dávať vysvetlenia súvisiace s plnením úloh orgánu auditu v ním určenej lehote a rozsahu. Zároveň sú povinné spolupracovať s orgánom auditu, najmä vykonať na vyžiadanie orgánu auditu vládny audit a predkladať výsledné materiály z vykonaného vládneho auditu.
Orgán auditu a spolupracujúce orgány v prerokovaných správach z vládnych auditov vrátane schválených správ o zistených nezrovnalostiach pre projekty EFF zdokumentujú zistené nezrovnalosti a zároveň zaevidujú príslušné údaje o zisteniach a nezrovnalostiach do ITMS a CEDIS.
3.6	Orgány vydávajúce rozhodnutia v správnom konaní
3.6.1	Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k vydaným rozhodnutiam v správnom konaní plnia najmä nasledovné úlohy:
a)	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti I. stupňového rozhodnutia/ odo dňa doručenia II. stupňového rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu;
b)	aktualizovanie údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami prijímateľov v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
c)	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa splatnosti pohľadávky certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom;
d)	predkladanie výkazu o stave vyrovnania pohľadávok z titulu uložených odvodov rozhodnutiami uloženými v správnom konaní  certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu a orgánu auditu, a to do 20. kalendárneho dňa v mesiaci
3.6.2	Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR 
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR, ktoré nepatrí pod orgán auditu, ale je v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho služobného úradu, je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správ finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe vykonaných vládnych auditov zameraných na hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými kontrolnými orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia príslušnej správe finančnej kontroly vypracuje a predloží správu o zistenej nezrovnalosti a kópiu právoplatného II. stupňového rozhodnutia certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.7	Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov 
Funkciu koordinačného útvaru boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva odbor Centrálny kontaktný útvar OLAF a boj proti korupcii, ktorý je organizačným útvarom sekcie kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR.
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
a)	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov EÚ v SR v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov ES v SR;
b)	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí OLAF-u (Európska komisia);
c)	vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od certifikačného orgánu a jej predkladanie OLAF-u (Európska komisia) prostredníctvom informačného systému AFIS. Túto správu zasiela v písomnej forme certifikačnému orgánu;
d)	v prípade zistenia nezrovnalosti alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti informovanie certifikačného orgánu a subjektu, ktorého sa nezrovnalosť týka (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a orgán auditu) bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní v správe o zistenej nezrovnalosti. 
4	Financovanie z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
4.1	Podpora z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
Možnosť získať prostriedky EÚ z EFF sa uplatňuje v regióne NUTS I v zmysle vyhlášky Štatistického úradu SR č. 438 z 19. júla 2004, tzn. na celom území Slovenskej republiky. Iný postup sa uplatňuje pre opatrenia na trvalo udržateľný rozvoj a zlepšovanie kvality života v oprávnených rybolovných oblastiach. Oprávnené oblasti, ktoré sú spravidla menšie ako úroveň NUTS III, sa definujú na základe kritérií ustanovených v čl. 43 ods. 3 a 4 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. 
Finančné rozdelenie prostriedkov EÚ z EFF pre členské štáty vychádza z kritérií stanovených v čl. 13 a 14 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, a to predovšetkým veľkosť odvetvia rybného hospodárstva, rozsah potrebnej úpravy rybolovného úsilia a úroveň zamestnanosti v odvetví rybného hospodárstva. Európska komisia zároveň vyčlení podiel prispievajúci k cieľu Konvergencia. 
Projekty EFF na národnej úrovni sú realizované v rámci operačného programu na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou.
Obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty pre prijímateľov je ohraničené odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu Európskej komisii, od 1. januára 2007 najneskôr do 31. decembra 2015. Akékoľvek výdavky realizované prijímateľmi pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. Projekty financované z EFF nesmú byť ukončené pred začatím obdobia oprávnenosti.
Projekty financované v rámci operačného programu nemôžu byť spolufinancované z iného finančného nástroja EÚ.
4.2	Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí podpory a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí podpory pre operačný program prijíma Európska komisia. Rozhodnutie o schválení operačného programu, ktoré Európska komisia prijíma najneskôr do 4 mesiacov od predloženia akceptovateľného operačného programu členským štátom, nie však pred 1. januárom 2007, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky v členení na prioritné osi.
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritnými osami operačného programu má dosah na finančný plán a vyžaduje si nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí podpory po schválení vládou SR a monitorovacím výborom pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013. Nové rozhodnutie prijme Európska komisia po dohode s členským štátom najneskôr do dvoch mesiacov od formálneho predloženia žiadosti členského štátu. 
Akékoľvek presuny v rámci operačného programu, ktoré by mali dosah na výšku rozpočtových záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun v rámci jednej prioritnej osi z roku 2007 do roku 2008) nie sú možné. 
Výška celkových rozpočtových záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná, preto akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné. 
Akékoľvek presuny medzi opatreniami v rámci prioritnej osi sú možné, za predpokladu, že sa nezmení celková výška národných verejných zdrojov pre danú prioritnú os. Takéto presuny podliehajú schváleniu riadiaceho orgánu. Riadiaci orgán je povinný predkladať všetky návrhy na presuny finančných prostriedkov ešte pred ich schválením certifikačnému orgánu na posúdenie.
4.3	Záväzky a platby z EÚ 
4.3.1	Záväzky 
4.3.1.1	Záväzky vo vzťahu k operačnému programu 
Príspevok EÚ poskytovaný v rámci EFF sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre členský štát.
Záväzky týkajúce sa podpory sú prijímané každoročne oddelene pre cieľ Konvergencia a pre oblasť mimo cieľa Konvergencia. Prvý záväzok sa prijme pred tým, ako Európska komisia prijme rozhodnutie o schválení operačného programu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov operačného programu na roky 2007 – 2013 je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na ktorý nedostala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.3.2) do 31. decembra druhého roku, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
V praxi to znamená, že s cieľom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti záväzku pre rok „n“ na daný operačný program:
•	je potrebné, aby certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+2“;
•	výkaz výdavkov predkladaný Európskej komisii musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným prijímateľmi, tzn. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.7 tohto materiálu vrátane certifikačného orgánu. 
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu záväzku je rozpočtový záväzok roku 2007, ktorý je znížený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou a rozpočtový záväzok pre rok 2013, na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 31. marca 2017 formou žiadosti o záverečnú platbu.
Automatické zrušenie sa nevzťahuje na:
•	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku „n+2“. Takéto prípady najčastejšie zahrnujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi prijímateľom a dodávateľom/zhotoviteľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a prijímateľom ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku „n+2“. Certifikačný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola prijímateľom v období „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu; 
•	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že certifikačný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej Európskej komisii do 31. decembra roku „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF Európskej komisii; 
•	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorý predložil certifikačný orgán žiadosť o platbu, ale ktorej úhradu Európska komisia prerušila alebo pozastavila 31. decembra roku „n+2“ v súlade s čl. 88 a 89 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. Ak sa vyriešil problém, ktorý viedol k prerušeniu alebo pozastaveniu, pravidlo automatického zrušenia sa uplatní na tú časť rozpočtového záväzku, ktorá sa považuje za použitú nenáležite; 
•	tú časť rozpočtového záväzku, na ktorú bola predložená žiadosť o platbu, ale ktorej úhrada bola obmedzená, najmä z nedostatku rozpočtových zdrojov;
•	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorú nebolo možné predložiť prijateľnú žiadosť o platbu z dôvodov vyššej moci, ktorá závažným spôsobom ovplyvňuje plnenie operačného programu. Národné orgány, ktoré vyhlásili pôsobenie vyššej moci, musia dokázať jej priame následky na plnenie celého operačného programu alebo jeho časti.
Určitú výnimku vo vzťahu k automatickému zrušeniu záväzku tvoria schémy štátnej pomoci. Čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie v čase prijatia rozhodnutia Európskej komisie k schéme štátnej pomoci, bude znížená o ročné sumy zodpovedajúce schéme štátnej pomoci. Lehota na automatické zrušenie záväzku pre schémy štátnej pomoci sa začína až odo dňa rozhodnutia Európskej komisie k schéme štátnej pomoci v súlade s príslušnými nariadeniami o skupinovej výnimke.
V prípade existencie rizika uplatnenia automatického zrušenia záväzku podľa čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 Európska komisia informuje členský štát a dotknuté orgány o výške sumy automatického zrušenia záväzku. Odo dňa prijatia tejto informácie má členský štát dvojmesačnú lehotu na odsúhlasenie stanovenej sumy, resp. na predloženie pripomienok. O čiastku automatického zrušenia záväzku je znížený príspevok z EÚ na príslušný rok. Členský štát v termíne do dvoch mesiacov od zrušenia zostaví revidovaný finančný plán, v ktorom odzrkadlí zníženú sumu na relevantné prioritné osi operačného programu. Ak tak neurobí, Európska komisia pomerne zníži sumy pridelené pre každú prioritnú os operačného programu.
4.3.1.2	Záväzky vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 nestanovujú konečný termín na uzavretie záväzkov s prijímateľmi, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2014 a 2015. Prijímateľ je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2015, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.  
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 rovnako nestanovujú pravidlo „n+2“ na jednotlivé projekty, tzn. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva roky. 
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného rozpočtového záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy rozpočtových záväzkov na operačný program. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných rozpočtových záväzkov EÚ na operačný program platí, že tieto záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného rozpočtového záväzku (napr. v roku 2008 je možné čerpať z rozpočtových záväzkov z rokov 2007 a 2008, nie však z roku 2009).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých rozpočtových záväzkov pre operačný program, za predpokladu rešpektovania pravidla „n+2“, tzn. že finančné prostriedky zo záväzku roku „n“ je možné dočerpať do roku „n+2“. V praxi to znamená, že na: 
•	projekt schválený v roku 2007 možno čerpať zo záväzku roku 2007, aj zo záväzku rokov 2008 – 2013,
•	projekt schválený v roku 2008 možno čerpať zo záväzku roku 2007 (v prípade, ak nie je dočerpaný) a záväzku rokov 2008 – 2013,
•	projekt schválený v roku 2009 možno čerpať zo záväzku rokov 2007, 2008 (v prípade, ak nie je záväzok za príslušný rok dočerpaný) a záväzku rokov 2009 – 2013,
•	projekt schválený v roku 2010 možno čerpať zo záväzku rokov 2008 a 2009 (v prípade, ak nie je záväzok za príslušný rok dočerpaný) a rokov 2010 – 2013 atď.
Oprávnené obdobie pre výdavky na projekty plynie odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, najneskôr od 1. januára 2007 do 31. decembra 2015. V podmienkach SR je oprávnené obdobie od 01. 01. 2007 vzhľadom na skutočnosť, že operačný program nebol predložený Európskej komisii pred týmto dátumom. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ nestanovuje, či oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. V prípade poskytovania štátnej pomoci upravuje oprávnené obdobie pre výdavky čl. 3, ods. 3.4. usmernení uverejnených v Úradnom vestníku EÚ pod číslom C 229 dňa 14. 09. 2004. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci operačného programu je v právomoci riadiaceho orgánu.
4.3.2	Platby z Európskej komisie 
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom mimorozpočtovom účte MF SR pridelí certifikačný orgán na ten istý účel podpory v zmysle čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. V zmysle tohto článku sú získané úroky považované za zdroje Slovenskej republiky ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje certifikačný orgán Európskej komisii v rámci žiadosti o záverečnú platbu. 
Platby z Európskej komisie realizované pre operačný program majú formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov v rámci operačného programu. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku. 
Priebežné platby a záverečnú platbu realizuje Európska komisia podľa pomeru stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí podpory pre operačný program na úrovni prioritných osí a jednotlivých cieľov k celkovým verejným výdavkom uvedeným v predloženom výkaze výdavkov v zmysle článku 53 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. 
Akákoľvek komunikácia medzi certifikačným orgánom a Európskou komisiou, týkajúca sa platieb sa uskutočňuje elektronickými prostriedkami. V prípade vyššej moci, a najmä ak nastane porucha spoločného počítačového systému, alebo ak nie je trvalé spojenie, certifikačný orgán môže zaslať výkaz výdavkov a žiadosť o platbu v písomnej forme.
4.3.2.1	Zálohová platba z Európskej komisie 
Pri prijatí rozhodnutia o poskytnutí podpory na operačný program prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet MF SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami zo strany prijímateľov až do podania žiadosti o záverečnú platbu Európskej komisii, dokedy musí byť najneskôr v celej sume zúčtovaná. 
V čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 sa uvádza, že zálohová platba poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov ES vyčlenených na operačný program. Zálohová platba na operačný program môže byť rozdelená na dva rozpočtové roky. Táto zálohová platba predstavuje počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci výdavky na rozbehnutie operačných programov.
V nadväznosti na čl. 20, ods. 3 nariadenia Rady (ES)  č. 744/2008, ktorým sa ustanovuje dočasné osobitné opatrenie na podporu reštrukturalizácie rybárskych flotíl Európskeho spoločenstva postihnutých hospodárskou krízou Slovenská republika požiadala o druhú sumu zálohovej platby vo výške 7 % príspevku z EFF na operačný program na programové obdobie rokov 2007 – 2013.
Ak certifikačný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 24 mesiacov od vyplatenia druhej časti zálohovej platby, musí certifikačný orgán vrátiť Európskej komisii celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii podpory. V rámci Slovenskej republiky sa pravidlo m+24 aplikuje v roku 2010.
4.3.2.2	Priebežné platby z Európskej komisie
Certifikačný orgán na základe predložených a schválených súhrnných žiadostí o platbu od platobnej jednotky predkladá Európskej komisii spravidla 3-krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov s cieľom doplnenia prostriedkov EÚ na osobitnom mimorozpočtovom účte MF SR. 
Prvú priebežnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu splnenia podmienok stanovených čl. 71 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, tzn. že výrok orgánu auditu v rámci správy k opisu riadiacich a kontrolných systémov neobsahuje výhrady a Európska komisia k uvedeným dokumentom nemala pripomienky. V prípade, ak výrok orgánu auditu obsahuje výhrady, Európska komisia prevedie prvú priebežnú platbu až potom, ako boli výhrady stiahnuté a potvrdené Európskej komisii. 
Každú priebežnú platbu ako aj záverečnú platbu prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany prijímateľov, ktoré boli alebo majú byť preplatené z nenávratného finančného príspevku. Tieto výdavky musia byť podložené faktúrami alebo účtovnými dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. 
Z vyššie uvedeného vyplýva, že každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
•	schváleným žiadostiam o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
•	schváleným súhrnným žiadostiam o platbu certifikačným orgánom.
Preto najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom.
Európska komisia prevedie priebežnú platbu za splnenia nasledovných podmienok:
a)	certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu a certifikovaný výkaz výdavkov;
b)	riadiaci orgán zaslal Európskej komisii najnovšiu výročnú správu o vykonávaní programu schválenú monitorovacím výborom;
c)	Európska komisia nevyplatila počas celého obdobia na jednotlivé prioritné osi a ciele viac, ako je maximálna čiastka podpory z EFF stanovená vo finančnom pláne;
d)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorej alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitný mimorozpočtový účet MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov.
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkového záväzku EÚ na operačný program. Keď sa dosiahne tento limit, certifikačný orgán naďalej zasiela Európskej komisii všetky certifikované výkazy výdavkov k 31. decembru roku "n", ako aj súm vrátených počas roka za EFF, najneskôr do konca februára roku "n+1".
4.3.2.3	Záverečná platba z Európskej komisie
Záverečnú platbu, t. j. maximálne 5 % z alokácie na operačný program, pričom záverečná žiadosť o platbu Európskej komisii môže byť zaslaná certifikačným orgánom v nižšej sume, prevedie Európska komisia za predpokladu, že 
a)	Európskej komisii boli do 31. marca 2017 predložené nasledovné dokumenty:
-	žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne uhradených výdavkov;
-	záverečnú správu o vykonávaní operačného programu;
-	vyhlásenie o ukončení pomoci orgánom auditu. 
b)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
V prípade nezaslania ktoréhokoľvek z vyššie uvedených dokumentov v riadnom termíne, Európska komisia zruší časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu výške záverečnej platby.
Európska komisia v závislosti od dostupnosti finančných prostriedkov prevedie záverečnú platbu do 45 kalendárnych dní odo dňa akceptovania záverečnej správy o vykonávaní a vyhlásenia o ukončení pomoci. V prípade, ak uvedené dokumenty boli predložené v rôznych termínoch, lehota 45 kalendárnych dní platí pre ten z nich, ktorý bol predložený neskôr. Uvedené dokumenty sú považované za akceptované, pokiaľ Európska komisia nepredložila svoje pripomienky do 5 mesiacov odo dňa ich predloženia.
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby certifikačný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie SR opravovaná. Zostatok rozpočtového záväzku operačného programu sa ruší 12 mesiacov po vykonaní záverečnej platby.
4.4	Platby na národnej úrovni
4.4.1	Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu 
Prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmový účet platobnej jednotky. 
Na použitie účelovo určených prostriedkov EÚ poskytnutých Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom rozpočte v kapitole MPRV SR rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v zmysle § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Ak vznikne nesúlad medzi rozpočtovými príjmami z prostriedkov Európskej únie a skutočnými príjmami z prostriedkov Európskej únie, MF SR môže rozpočtové príjmy z prostriedkov Európskej únie v zmysle § 7 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z.z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy upraviť.
V súlade s § 8 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť MF SR výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka (termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré sa použijú v nasledujúcom rozpočtovom roku je 20. 11. a do 15. 12. doručuje potvrdenia oznámenia z 20. 11). Po doručení tohto oznámenia MF SR viaže tieto prostriedky v kapitole MPRV SR a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.
4.4.1.1	Programové rozpočtovanie
Prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam operačného programu je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7–miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s ITMS a ISUF. Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný samostatným usmernením MF SR.
Presuny finančných prostriedkov v štruktúre programov možno vykonať v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z o rozpočtových pravidlách verejnej správy a platným metodickým pokynom MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov v schválených programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, resp. častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.
Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Certifikačný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Platobná jednotka postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
4.4.2	Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.7). 
Prostriedky EÚ z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici. 
4.4.3	Platby vo vzťahu platobná jednotka – prijímateľ
Prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. V rámci Operačného programu Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 medzi prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy patria len:
•	štátne rozpočtové organizácie;
Medzi prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
•	iné právnické osoby;
•	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu sú prijímateľom poskytované systémom zálohových platieb, refundácie alebo systémom paušálnych platieb.
Pre prijímateľov zo súkromného sektora (okrem prijímateľov – organizácie výrobcov) sa uplatňuje systém refundácie (časť 4.7.2). Pre prijímateľov zo sektora verejnej správy sa systém refundácie uplatňuje v prípade rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom po dohode s prijímateľom.
Pre projekty prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa využíva systém zálohových platieb (časť 4.7.1) alebo systém refundácie (časť 4.7.2).
Pre projekty prijímateľov – organizácie výrobcov sa využíva iba systém paušálnych platieb (časť 4.7.3).
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje prijímateľ v dvoch rovnopisoch, pričom jeden rovnopis zostáva u prijímateľa a druhý predkladá riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Formulár žiadosti o platbu spolu s pokynmi na jej vyplnenie je uvedený v prílohe 3a a 3b. Riadiaci orgán môže rozhodnúť o predkladaní viacerých rovnopisov žiadosti o platbu. Súčasťou každej žiadosti o platbu je faktúra alebo iný účtovný doklad rovnocennej dôkaznej hodnoty (rovnopis alebo kópia overená pečiatkou alebo podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) a iná podporná dokumentácia, ktorej rozsah stanovuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Riadiaci orgán je oprávnený zvýšiť alebo znížiť výšku žiadosti o platbu z technických dôvodov na strane riadiaceho orgánu maximálne do výšky 1 EUR v rámci jednej žiadosti o platbu, pričom celková suma poskytnutého nenávratného finančného príspevku môže byť prekročená maximálne o 1 EUR.
Prevod prostriedkov systémom refundácie a paušálnych platieb podlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu. Prevod prostriedkov systémom zálohových platieb nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu.
Každá platba prijímateľovi zo súkromného sektora (okrem prijímateľa – organizácia výrobcov) z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v EUR len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet, tzn. že musí byť doplnená zdrojmi prijímateľa v pomere schválenom na projekt. 
V prípade prijímateľa zo sektora verejnej správy (štátne rozpočtové organizácie) a prijímateľa zo súkromného sektora (organizácia výrobcov) každá platba z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v EUR len do výšky súčtu pomeru zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a zvýšením limitov výdavkov prijímateľa. 
Pre prijímateľov – subjekty súkromného sektora (nezisková organizácia, podnikateľ, organizácia výrobcov a pod.) platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
4.4.4	Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
Prijímateľ uhrádza účtovné doklady súvisiace s realizáciou projektu dodávateľovi/zhotoviteľovi v zmysle časti 4.7. V prípade, ak dodávateľ/zhotoviteľ postúpil pohľadávky voči prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 – 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), prijímateľ uhrádza účtovné doklady postupníkovi, a to v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
Účtovné doklady súvisiace s  realizáciou projektu môže dodávateľom projektu uhrádzať leasingová spoločnosť, resp. iná finančná inštitúcia, ktorá poskytla prijímateľovi úver na financovanie projektu. 
4.4.5	Vysporiadanie finančných vzťahov 
Vysporiadanie finančných vzťahov sa vo všeobecnosti vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, alebo vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti.
Vrátenie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré platobná jednotka poskytla prijímateľovi na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok, ak prijímateľ a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je tá istá osoba, sa uskutočňuje v nasledovných prípadoch: 
•	prijímateľ nevyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	prijímateľovi boli poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z titulu mylnej platby;
•	prijímateľ porušil podmienky stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (najmä porušenie finančnej disciplíny alebo vznik nezrovnalosti) alebo v rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok a nesplnenie týchto podmienok je spojené s povinnosťou vrátenia finančných prostriedkov;
•	a iných (napr. ak vznikol výnos).
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, v kópii certifikačnému orgánu a platobnej jednotke (okrem prípadov, keď sa nezrovnalosť identifikuje v rámci výkonu vládneho auditu). Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 14a – 14b. 
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje prijímateľ riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ zasiela oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 15a – 15b. Prílohou oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je výpis z bankového účtu. 
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil prijímateľ – štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formuláru oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je vytlačený aktivovaný ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi do 10 kalendárnych dní kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, certifikačný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
Ak oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov nie je doručené od prijímateľa v stanovenej lehote, oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov vystaví riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov certifikačný orgán vždy k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci a platobná jednotka k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci prekladajú riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný dožiadať od prijímateľa chýbajúce oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov v ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 10 kalendárnych dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený certifikačným orgánom a platobnou jednotkou. 
V prípade vzniku povinnosti odvodu výnosu je prijímateľ povinný odviesť výnos do 31. januára roku nasledujúceho po roku, v ktorom vznikol výnos. Prijímateľ je povinný bezodkladne (od kedy sa o tejto skutočnosti dozvedel) požiadať riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim o informáciu k podrobnostiam odvodu výnosu (napr. č. účtu, variabilný symbol). Riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán zašle túto informáciu prijímateľovi bezodkladne v písomnej forme. V prípade, ak prijímateľ výnos riadne a včas neodvedie, riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom bude postupovať prostredníctvom žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov. V prípade odvodu výnosu riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom neeviduje údaje na základe oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov do ITMS, platobná jednotka účtuje predmetné skutočnosti na základe dokladov v ISUF.
Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia EFF a typy účtov, na ktoré prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia, je uvedená v prílohe 16a – 16b.
Vysporiadanie finančných vzťahov vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je možné uplatniť v súlade s § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov v rámci systému refundácie, ak je to relevantné. Vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti nie je možné vykonať, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia.
4.5	Odhad očakávaných výdavkov 
Odhad očakávaných výdavkov z EFF sa predkladá s cieľom:
•	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky "n" a "n+1" Európskej komisii v súlade nariadením Rady (ES) č. 1198/2006;
•	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok "n+1", "n+2" a "n+3".
Nariadenie Rady (ES) č. 1198/2006 v čl. 75 ods. 3 stanovuje povinnosť pre členský štát zostaviť a predložiť Európskej komisii odhad očakávaných výdavkov za operačný program. Uvedený odhad sa zasiela každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok "n" a pre rok nasledujúci "n+1", pričom odhad na rok "n+1" sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
•	finančného plánu operačného programu;
•	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok "n";
•	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení času potrebného na kolobeh žiadosti o platbu do momentu jej úhrady;
•	predpokladaného objemu finančných prostriedkov v projektoch, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
•	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
•	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
•	skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitoruje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zodpovedný za schvaľovanie projektov a implementáciu operačného programu. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
•	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni prioritných osí uvedených v operačnom programe (napr. odhad pre rok 2008 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2008 + zostatok nevyčerpaného záväzku pre rok 2007);
•	je potrebné dodržiavať výšku podielu medzi zdrojmi EFF a národnými verejnými zdrojmi v rámci celkových oprávnených výdavkov v súlade so Stratégiou financovania EFF na programové obdobie 2007 – 2013;
•	odhad pre posledný rok "n+2" čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok "n" v rámci pravidla "n+2" by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok "n" a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov "n" a "n+1" s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
•	vo vzťahu k odhadom očakávaných výdavkov na Európsku komisiu je certifikačný orgán povinný vychádzať z celkového objemu finančných prostriedkov zahrnutých do žiadosti o platbu na Európsku komisiu v období medzi 1. novembrom roku "n–1" a momentom predloženia odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii, ktoré je potrebné v predkladanom odhade zahrnúť pre rok "n" (akékoľvek výdavky zahrnuté v žiadostiach o platbu predložených Európskej komisii po 31. októbri roka n-1 a neuhradené zo strany Európskej komisie na mimorozpočtový účet  pre operačný program Rybné hospodárstvo sa zahrňujú do odhadov pre nasledovný rok);
•	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok. A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
•	odhad pre rok "n+1" je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok "n+1".
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s platobnou jednotkou, útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly, ako aj prijímateľmi. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok "n" a "n+1" na úrovni schválených projektov opatrení operačného programu. Vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 10a, 10b a 10c) predloží platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky "n+2" a "n+3". Príloha 10a sa vyplňuje na úrovni projektov a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa už schválených projektov. Príloha 10b sa vyplňuje na úrovni prioritných osí a opatrení a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 10c tvorí súčet predchádzajúcich dvoch príloh 10a a 10b, aj v členení podľa jednotlivých zdrojov financovania. Údaje na roky "n" a "n+1" sú členené podľa jednotlivých štvrťrokov.
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok "n" predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok "n+1" pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok "n+1". Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 10c) certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 7. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po skončení kalendárneho štvrťroku, t. j. v tomto prípade v mesiaci apríl. Vyplnené prílohy 10a a 10b si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
4.	Certifikačný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a prioritných osí. V prípade nesúladu má certifikačný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Certifikačný orgán rovnako zohľadní žiadosti o platbu predložené Európskej komisii v období medzi 1. novembrom roku "n–1" a momentom predloženia odhadov očakávaných výdavkov Európskej komisii. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii vo forme stanovenej v prílohe XIII nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 v termíne najneskôr do 30. apríla.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok "n+1" sa údaje uvedené v prílohách 10a, 10b a 10c aktualizujú štvrťročne vždy k 30. 6. (prílohy 10d, 10e a 10f) a k 30. 9. (prílohy 10g, 10h, 10i) roku "n". Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom tieto spracúva obdobným postupom ako prílohy 10a, 10b a 10c v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladá príslušnú prílohu 10f, resp. 10i certifikačnému orgánu v uvedených termínoch. Vyplnené prílohy 10d a 10e, resp. 10g a 10h si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok "n+2" sa údaje uvedené v prílohách 10g, 10h a 10i aktualizujú k 31. 12. roku "n" (prílohy 10j, 10k a 10l). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracúva prílohy 10j – 10l obdobným postupom a následne predkladá prílohu 10l certifikačnému orgánu v uvedenom termíne. Vyplnené prílohy 10j a 10k si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
4.6	Systém účtov 
Pri finančnom riadení EFF sa používa nasledovný systém účtov
4.6.1	Účty certifikačného orgánu 
•	osobitný mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ je vedený v Štátnej pokladnici a operácie na ňom sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	MF SR otvára pre certifikačný orgán osobitný mimorozpočtový účet pre operačný program;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami tohto účtu majú poverení zamestnanci certifikačného orgánu;
•	tento účet slúži najmä na:
o	prijatie prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba) a na ich prevod na príslušný príjmový účet Pôdohospodárskej platobnej agentúry (na základe certifikačným orgánom schválenej súhrnnej žiadosti o platbu),
o	prevod prostriedkov EÚ na účet Európskej komisie v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu Európskej komisii;
•	účet je vedený v EUR;
•	účet pre prostriedky EÚ je úročený a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty operačného programu;
•	bankové poplatky a dane z úrokov sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu pre operačný program. Vyrovnávací účet sa za prostriedky EÚ schválených v súhrnných žiadostiach o platbu do 31. 12. 2008 používa aj na uhrádzanie kurzových rozdielov;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán otvára osobitný mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie prostriedkov EÚ vedený v EUR. Tento účet slúži na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od prijímateľov vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom MF SR a orgánov zúčastňujúcich sa na vykonávaní vládneho auditu. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie prostriedkov EÚ nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán rovnako otvára vyrovnávací účet pre operačný program EFF vedený v EUR. Tento účet slúži najmä na úhradu vzniknutých bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
4.6.2	Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účet je vedený v EUR a slúži na úhradu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom;
•	rozpočtový príjmový účet vedený v Štátnej pokladnici, ktorý sa využíva na príjem:
o	prostriedkov EÚ z účtu certifikačného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu,
o	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky od prijímateľov,
o	výnosov z účtov prijímateľov,
o	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky pri porušení finančnej disciplíny a v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, len v prípade, ak ide o vysporiadanie finančných vzťahov mimo správneho konania;
•	oprávnenie disponovať s  prostriedkami EÚ a  štátneho rozpočtu na spolufinancovanie tohto účtu majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobnej jednotky nie sú úročené a úhrada nákladov (napr. bankové poplatky) je zabezpečovaná z prevádzkového rozpočtu Pôdohospodárskej platobnej agentúry;
•	všetky platby pre projekty financované z EFF musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt.
4.6.3	Účty prijímateľa – štátna rozpočtová organizácia
•	výdavkový účet, ktorý používa pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet môže byť používaný aj na poskytnutie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou zálohovej platby na základe rozpočtového opatrenia;
•	výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na prijatie zálohovej platby formou rozpočtového opatrenia a na refundáciu realizovaných výdavkov formou rozpočtového opatrenia pri uplatnení systému refundácie a následný prevod na rozpočtový výdavkový účet, z ktorého boli prostriedky vynaložené. Tento účet môže byť prijímateľom použitý aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	v prípade, ak je rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu využívaný aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu z poskytnutej zálohovej platby, môžu byť špecifické výdavky realizované z rozpočtového výdavkového účtu prijímateľa. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/ sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu). V tomto prípade prijímateľ po pripísaní zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na výdavkový účet a následne, najneskôr do 7 kalendárnych dní realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z výdavkového účtu potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	v rámci kalendárneho mesiaca (v decembri najneskôr do 30. 12. daného rozpočtového roka) prevedie prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na výdavkový účet, z ktorého priebežne v danom kalendárnom mesiaci realizuje úhrady špecifických výdavkov;
•	účet/účty nie sú úročené a  sú vedené v EUR.
4.6.4	Účty prijímateľa – súkromný sektor
•	prijímateľ je povinný prijímať prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určené na financovanie projektu na jeden účet vedený v komerčnej banke; 
•	v prípade, ak prijímateľ využíva systém refundácie, môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	prijímateľ môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	úroky vzniknuté na účte sú príjmom prijímateľa;
•	účet je vedený v EUR.
4.7	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.7.1	Systém zálohových platieb 
Vyplácanie prijímateľa – štátnej rozpočtovej organizácie pri projektoch financovaných z EFF sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.7.2), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom môže stanoviť prísnejšie pravidlá pre zúčtovanie zálohových platieb ako tie, ktoré sú definované v Systéme finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) a samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.4.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky maximálne 40 % oprávnených výdavkov projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky maximálne 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu. 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe vyhlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby. 
Pri systéme zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa postupuje nasledovným spôsobom: 
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v EUR riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % oprávnených výdavkov z prvých 12 mesiacov realizácie projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
	A.	Prvý ročný rozpočet projektu je známy
•	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % oprávnených výdavkov projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %  oprávnených výdavkov prvého roka projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie		
	=	0,4 x	[		+ 	(12 -		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku
B.	Prvý ročný rozpočet projektu nie je známy, je nulový, alebo veľmi nízky
•	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % oprávnených výdavkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje celkovú suma nenávratného finančného príspevku/počet mesiacov realizácie projektu pripadajúcu na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie.
0,4   x   celková suma nenávratného finančného príspevku   /   celkový počet mesiacov realizácie   x   12   
2. 	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj vyhlásenie o začatí realizácie projektu s uvedením dátumu začatia realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok stanovených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/ rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok.
3. 	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom skontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
6.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
7. 	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom –  záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v  zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, alebo neschváli žiadosť o platbu.
8. 	Platobná jednotka najneskôr do 7 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zabezpečí žiadosť o prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa.
9.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto čiastku zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis alebo kópiu10 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovného dokladu prijímateľom, musí byť kópia overená pečiatkou11 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Ak je prijímateľ zároveň aj riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu EFF, štatutárny orgán v takom prípade môže byť zastúpený určeným zamestnancom príslušného subjektu. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (rovnopis alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. 
10. 	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3 a 4.
11. 	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu vecnej správnosti  kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácie a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi SR a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc a pomoc de minimis). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
12. 	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)18 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) na platobnú jednotku do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
13. 	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia žiadosti o platbu zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu. 
14.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa, na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)18 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom. 
15.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
16.	Prijímateľ je oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu najskôr súčasne s podaním žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom prostredníctvom platobnej jednotky zabezpečí úhradu finančných prostriedkov na základe žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až po schválení predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v rámci súhrnnej žiadosti o platbu. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v úzkej spolupráci s platobnou jednotkou zodpovedá za stanovenie postupu, ktorý má zabrániť neoprávnenému vyplateniu zálohovej platby prijímateľovi.
17.	V prípade, ak predchádzajúca zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, prijímateľ môže požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu certifikačným orgánom schválených prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a sumy rovnajúcej sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a predchádzajúcej poskytnutej zálohovej platby. Súčet týchto prostriedkov, a teda výška poskytnutej zálohovej platby je maximálne 40 % relevantnej časti rozpočtu projektu.
18. 	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodov 2 – 16. Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu ukončenia realizácie projektu. Po poskytnutí poslednej zálohovej platby na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať celý zostatok nenávratného finančného príspevku, a to najneskôr do 3 kalendárnych mesiacov od ukončenia realizácie projektu. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a poslednú žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovne poskytnutej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami v maximálnej výške 40 % z relevantnej časti rozpočtu.
Na konci rozpočtového roka môže riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom po dohode s prijímateľom rozhodnúť o poskytnutí nižšej zálohovej platby, a to len do výšky potrebnej na realizáciu projektových aktivít do konca príslušného roka. V nasledujúcom rozpočtovom roku môže riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom poskytnúť ďalšiu zálohovú platbu bez povinnosti schválenia 40 % predchádzajúcej zálohovej platby certifikačným orgánom, ale maximálne do výšky 40% z relevantnej časti rozpočtu projektu.
Presun prostriedkov prijímateľom sa realizuje prostredníctvom platobnej jednotky, ktorá zabezpečí žiadosť o úpravy limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o platbu (zálohovú platbu). 
Po schválení žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) platobná jednotka prostredníctvom ISUF upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/ rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva rovnopis žiadosti o platbu, rovnopis  záznamu k administratívnej kontroly, rovnopis vyhlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu10 účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. 
Platobná jednotka uchováva rovnopis súhrnnej žiadosti o platbu, rovnopis  záznamu z administratívnej kontroly, kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom podľa bodu 9 tejto časti;
c)	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.4.5;
d)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
Po zúčtovaní (schválení certifikačným orgánom)/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.7.2	Systém refundácie 
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľom, tzn. že prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie schváleného na projekt. 
Postup prijímateľa pri predkladaní žiadosti o platbu: 
1.	Prijímateľ uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v EUR riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. V rámci formulára žiadosti o platbu uvedie čerpanie rozpočtu projektu podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok.
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis alebo kópiu11 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpisu z bankového účtu (rovnopis alebo kópiu overenú pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovných dokladov prijímateľom, musí byť kópia overená pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom kontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov17, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote čase, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu vecnej správnosti – kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne skontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje sa súlad s právnymi predpismi SR a EÚ (najmä štátna pomoc, verejné obstarávanie, pomoc de minimis a publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä skontrolovanie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)18 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
8.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom –  záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v  zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli, alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov  za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
9.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa, na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)18 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia20 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu.  Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom. 
10.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú platbu) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/ rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva rovnopis žiadostí o platbu, rovnopis  záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu11 účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. 
Platobná jednotka uchováva rovnopis súhrnnej žiadosti o platbu, rovnopis  záznamu z administratívnej kontroly, kópie žiadostí o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží žiadosť o platbu (refundáciu) podľa bodu 2 tejto časti materiálu.
Po predložení žiadosti o platbu (refundáciu) riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a jej schválení certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platu môže dôjsť k prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.7.3	Systém paušálnych platieb 
Systém paušálnych platieb sa využíva iba pre prijímateľov – organizácie výrobcov. Systém poskytovania paušálnej platby závisí od splnenia podmienok prijímateľom a pravidiel daného opatrenia. Finančné prostriedky sa vyplácajú na základe stanovených pravidiel pre výpočet paušálnej platby, podľa ktorých sa vypočíta alebo určí výška paušálnej platby pre prijímateľa. 
Paušálne platby sú nenávratné platby poskytované prijímateľovi po splnení podmienok stanovených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pričom prijímateľ nepredkladá účtovné doklady za účelom preukázania oprávnených výdavkov, ale za účelom overenia realizácie operácie (projektu), prípadne pre výpočet paušálnej platby.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom poskytne nenávratný finančný príspevok formou paušálnej platby najviac počas troch rokov od dátumu uznania prijímateľa ako organizáciu výrobcu. Výška nenávratného finančného príspevku sa stanoví na základe ročných príjmov (tržieb) z produkcie akvakultúry prostredníctvom prijímateľa bez dane z pridanej hodnoty (ďalej len „DPH“) pri dodržaní podmienky predaja vlastnej produkcie prijímateľom minimálne vo výške 80 % a cudzej produkcie v maximálnej výške 20 %. Výška paušálnej platby je v priebehu týchto troch rokov degresívna.
Prijímateľ si môže uplatniť tržby z predaja produkcie odo dňa 1. januára príslušného kalendárneho roka, v ktorom prijímateľ podal riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o nenávratný finančný príspevok, resp. dňom vzniku oprávnenia na výkon podnikateľskej činnosti prijímateľa (ak je tento deň po 1. januári príslušného kalendárneho roka, v ktorom prijímateľ podal riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o nenávratný finančný príspevok). 
Postup prijímateľa pri predkladaní žiadosti o platbu (paušálnu platbu):
1.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v EUR riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.
2.	Prijímateľ predkladá riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu maximálne do výšky uvedenej v písm. a) až c) tohto bodu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška paušálnej platby je nasledovná:
a)	v prvom roku do výšky 5 % z hodnoty realizovaných príjmov (tržieb) bez DPH, pričom výška paušálnej platby predstavuje maximálne 100 000 EUR,
b)	v druhom roku do výšky 4 % z hodnoty realizovaných príjmov (tržieb) bez DPH, pričom výška paušálnej platby predstavuje maximálne 80 000 EUR,
c)	v treťom roku do výšky 3 % z hodnoty realizovaných príjmov (tržieb) bez DPH, pričom výška paušálnej platby predstavuje maximálne 60 000 EUR.
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj povinné prílohy uvedené v Zozname povinných príloh k žiadosti o platbu, ktorý obsahuje Metodická príručka pre žiadateľa o poskytnutie nenávratného finančného príspevku z OP RH SR 2007 – 2013 (ďalej len „metodická príručka“). Prílohy predkladá prijímateľ v čitateľnej kópii. Úradne neoverené kópie všetkých príloh žiadosti o platbu musia súhlasiť s originálmi, ktoré sú v držbe príjemcu, čo prijímateľ potvrdí v čestnom vyhlásení, ktoré je súčasťou žiadosti o platbu. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom skontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov17, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	V rámci kontroly vecnej správnosti je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný skontrolovať reálnosť, správnosť, oprávnenosť a aktuálnosť nárokovanej paušálnej platby. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je taktiež povinný skontrolovať, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch. Kontroluje aj súlad s právnymi predpismi SR a EÚ. V prípade potreby vykoná riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom kontrolu na mieste.
7.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa.
8.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)18 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu so  záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
9.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom –  záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v  zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 3a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
10.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)18 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia20 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom. 
11.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
12.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva rovnopis žiadostí o platbu, rovnopis záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu11 účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva rovnopis súhrnnej žiadosti o platbu, rovnopis  záznamu z administratívnej kontroly, kópie žiadostí o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ prevedie zostatok paušálnej platby na príslušné účty v súlade s prílohou 16a a 16b;
c)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Riadiaci orgán predloží bezodkladne kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov platobnej jednotke a certifikačnému orgánu.
Po vrátení zostatku paušálnej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup.
4.7.4	Špecifiká operačného programu v systéme informačných a finančných tokov
V prípade realizácie projektov, ktorých cieľom je financovanie miezd zamestnancov zapojených do implementácie podpory z EFF, a ktoré sú financované prostredníctvom technickej pomoci, nemá prijímateľ povinnosť predkladať výpis z bankového účtu spolu so žiadosťou o platbu za predpokladu, že riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom určí za dostatočné overenie skutočného uhradenia výdavkov nárokovaných v žiadosti o platbu prostredníctvom kontroly na mieste, ktorá bude ukončená najneskôr do skončenia administratívnej kontroly žiadosti o platbu. V prípade, ak riadiaci orgán rozhodne o tom, že prijímateľ nebude predkladať výpis z bankového účtu, nie je dotknutá povinnosť prijímateľa týkajúca sa jeho uchovávania v zmysle lehoty stanovenej v časti 4.11.
4.8	Systém certifikácie 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. IX nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu vykonávajú pracovníci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich s výkonom platieb. Výkon certifikácie nie je delegovaný na iné subjekty. 
Na základe analýzy rizík alebo náhodného výberu je certifikačný orgán oprávnený uskutočniť certifikačné overovanie pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. 
Certifikácia výdavkov Európskej komisii sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii. Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnou jednotkou ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov Európskej komisii certifikačný orgán zohľadňuje výsledky z priebežného certifikačného overovania, pričom môže vykonať dodatočné certifikačné overovanie vybranej vzorky projektov na úrovni riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, prípadne prijímateľov, ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu. 
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí ubezpečiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, a to najmä, že:
•	podpora je riadená v súlade s právnymi predpismi EÚ a prijaté prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia;
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi EÚ, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach;
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby;
•	sa dodržali rozhodnutia Európskej komisie v zmysle čl. 17 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnou jednotkou zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom EÚ počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	overenia súladu postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	zohľadnenia správ z vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom a prizvanou osobou a protokolov z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov na účely certifikácie;
3.	zohľadnenia správ o výsledkoch externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
4.	overovania na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	využívania informácií zo správ o zistených nezrovnalostiach;
k bodu 1.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému.
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikačného orgánu posúdenie súladu činnosti riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky so schválenými vnútornými manuálmi.
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán správy z vládnych auditov a protokoly z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokoly z kontrol vykonaných Úradom pre verejné obstarávanie. O správach z vládnych auditov orgán auditu informuje certifikačný orgán. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka) sú zároveň povinné predkladať certifikačnému orgánu protokoly z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokoly z kontrol vykonaných Úradom pre verejné obstarávanie. Orgán auditu priebežne, resp. najneskôr k poslednému dňu v mesiaci predkladá správy zo všetkých vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom a prizvanou osobou (v elektronickej forme) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny na účely certifikácie certifikačnému orgánu.
k bodu 3. 
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka predkladajú správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky vykonaného externým audítorom vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie, certifikačnému orgánu. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu.
k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnou jednotkou s príslušnými dokumentmi na riadiacom orgáne, sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci operačného programu. Súčasťou overenia je, či: 
•	záznam z administratívnej kontroly a údaje v ňom uvedené sú pravdivé,
•	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi, 
•	výdavky zahrňujú len oprávnené položky,
•	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach o platbu, 
•	k príslušným žiadostiam o platbu existuje výpis z bankového účtu,
•	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou,
•	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.
k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu Európskej komisii pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. 
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom certifikačný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu. 
V oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, má certifikačný orgán právomoc pozastaviť platby pre celý operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje orgán auditu, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobnú jednotku.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.
4.9	Nezrovnalosti
V súlade s čl. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie ustanovení práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu EÚ zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkou“. 
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia EFF, tzn. vrátane úrovne prijímateľa, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia a použitia prostriedkov z EÚ.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov EÚ alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych predpisov EÚ alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy EÚ. 
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dosah porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti.
Pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní prijímateľom najmä podľa § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
4.9.1	Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 498/2007 oznamovať Európskej komisii:

•	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého administratívneho alebo súdneho zistenia;
•	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu;
•	nezrovnalosti, ktoré predchádzajú bankrotu,
•	nezrovnalosti, u ktorých boli zistené alebo sa predpokladajú následky mimo územia SR;
•	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky spáchania podvodu (nové praktiky, nový spôsob páchania, ktoré sa doposiaľ vo všeobecnosti neobjavili a nie sú upravené v kódovníku OLAF Európskej komisie);
•	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR,
Štruktúra kódov OLAF Európskej komisie pre nezrovnalosti je uvedená v prílohe 1. 
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, certifikačný orgán, kontrolný orgán, orgán auditu alebo spolupracujúci orgán a prizvaná osoba. 
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie (ďalej len „ÚVO“) ako aj orgány Európskej komisie, Európsky dvor audítorov a OLAF EK v rámci výkonu svojich kompetencií. 
Nezrovnalosť môže zistiť samotný prijímateľ alebo tretí subjekt, ktorý bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a to bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti a zároveň údaje zaevidovať v ITMS.
Subjekty zapojené do implementácie EFF na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Za riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, ak riadiaci orgán deleguje zodpovednosť za riešenie nezrovnalosti na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zodpovednosť riadiaceho orgánu týmto nie je dotknutá.
Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie najmä:
-	formálne zdokumentovanie nezrovnalosti  na základe schválenia správy o zistenej nezrovnalosti vrátane evidovania údajov v ITMS; 
-	oznámenie nezrovnalosti;
-	monitorovanie vývoja a stavu nezrovnalosti;
-	zaznamenanie zmien stavu nezrovnalosti v aktualizovanej správe o zistenej nezrovnalosti;
-	preverenie možného dopadu na systém riadenia, resp. nastavené postupy riadenia a kontroly pre operačný program; 
-	prijatie účinných nápravných opatrení na odstránenie vzniknutej nezrovnalosti a predchádzanie vzniku ďalších nezrovnalostí;
-	zabezpečenie bezodkladného finančného vysporiadania podľa podmienok zmluvy a príslušných právnych predpisov;
-	zaevidovanie údajov o zmene stavu nezrovnalosti, finančnom vysporiadaní nezrovnalosti a prijatých nápravných opatreniach v systéme ITMS;
-	v prípade systémovej nezrovnalosti rozšírenie šetrenia riadiaceho orgánu na všetky projekty, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené a bezodkladné prijatie účinných nápravných opatrení v uplatňovaných postupoch riadenia a kontroly; 
-	v prípade systémovej nezrovnalosti identifikovanej Európskou komisiou, prijatie v určenej lehote účinných nápravných opatrení, ktoré sú akceptované Európskou komisiou ako dostatočné a zabránia vykonaniu finančných opráv zo strany Európskej komisie;
-	finančné prostriedky uvoľnené z nezrovnalosti s finančným dopadom na rozpočet EÚ môže riadiaci orgán opätovne použiť do 31. decembra 2015 na príslušný operačný program tak, že tieto uvoľnené finančné prostriedky nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom finančnej opravy uskutočnenej certifikačným orgánom vo vzťahu k Európskej komisii formou odpočítania prostriedkov v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, a v prípade, že sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce projekty v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla.
V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a protiprávny stav nie je odstránený podľa tohto zákona alebo podľa osobitného zákona, orgán oprávnený na výkon kontroly alebo vládneho auditu podľa osobitného predpisu, je povinný oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie územne príslušnej správe finančnej kontroly.
Za moment oficiálneho zistenia nezrovnalosti sa považuje schválenie správy o zistenej nezrovnalosti v nadväznosti na schválenie / prerokovanie / doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly / auditu / overenia, resp. nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní.
Zistenie nezrovnalosti sa formálne zdokumentuje najmä na základe:
I.	Schválenia správy o zistenej nezrovnalosti;
II.	Doručenia čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
III.	Doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe, v prípade ak neboli nezrovnalosti uvedené 
v čiastkovej správe z vládneho auditu, vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti; 
IV.	Právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
V.	Vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VI.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VII.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej UVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VIII.	Právoplatného rozhodnutia UVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
IX.	Doručenia správy z auditu Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
X.	Doručenia správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
XI.	Doručenia uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe dokumentov podľa bodov V. až XI. správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom  a zašle  ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade ak prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je povinný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad I. Schválenie správy o zistenej nezrovnalosti
Do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti:
•	riadiaci orgán formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	certifikačný orgán formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	platobná jednotka formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu.
V prípade, ak má zistená nezrovnalosť finančný dopad, riadiaci orgán spolu so správou o zistenej nezrovnalosti predkladá do 15  kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov. Riadiaci orgán žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov zaeviduje v ITMS a bezodkladne zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky na účet, t. j. certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. V prípade, ak ide o nezrovnalosť s finančným dopadom zistenú certifikačným orgánom alebo platobnou jednotkou, riadiaci orgán zaeviduje žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v ITMS do 10 kalendárnych dní odo dňa doručenia správy o zistenej nezrovnalosti a v uvedenej lehote ju zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky, t. j. certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti, číslo žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a číslo oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov predstavujú jedinečné alfa-numerické kódy ITMS.
Správa o zistenej nezrovnalosti (príloha 2) obsahuje najmä tieto základné údaje:
1)	Kód nezrovnalosti ITMS;
2)	Popis nezrovnalosti;
3)	Typ nezrovnalosti podľa kódovníka OLAF Európskej komisie;
4)	Označenie ustanovení právnych predpisov, ktoré boli porušené;
5)	Obdobie alebo dátum vzniku nezrovnalosti;
6)	Dátum zistenia nezrovnalosti;
7)	Označenie subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil;
8)	Finančné vyčíslenie nezrovnalosti podľa zdrojov financovania;
9)	Popis stavu riešenia nezrovnalosti;
10)	Finančný a administratívny stav nezrovnalosti.
V súlade s čl. 56 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 je členský štát povinný ihneď bezodkladne oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia SR alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie podľa čl. 55 a 57 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, do 15 kalendárnych dní od zistenia takýchto informácií aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti najmä o informácie týkajúce sa:
•	začatia, skončenia alebo prerušenia akéhokoľvek konania na účely uloženia správnych alebo trestných sankcií vo vzťahu k oznámeným nezrovnalostiam, ako aj výsledku takéhoto konania; 
•	podrobností nezrovnalostí s uloženou sankciou, najmä:
•	charakter sankcie (sankcia uložená v správnom alebo súdnom konaní);
•	charakter porušenia právneho predpisu (sankcia uložená z dôvodu porušenia právneho predpisu EÚ alebo z dôvodu porušenia právneho predpisu SR);
•	ustanovenie právneho predpisu, na ktorého základe bola sankcia uložená;
•	či bol preukázaný podvod.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči certifikačnému orgánu a riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.
Pre nezrovnalosti, v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené riadiaci orgán vypracuje zoznam prípadov za predchádzajúci rok (príloha 19) v súlade s požiadavkou článku 57 ods. 2 písm. d) nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 a predloží certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady.
Vo vzťahu k nefinančným nezrovnalostiam nariadenie EK č. 1249/2010 novelizuje čl. 55 ods. 1 písm. n) nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 v znení „v prípade podozrenia z podvodu a ak nebola vykonaná žiadna platba štátneho príspevku osobám alebo subjektom uvedeným v písmene k), sumy, ktoré by boli neoprávnene vyplatené, keby sa nezrovnalosť nezistila“, tzn. členský štát je povinný oznamovať iba prípady zistenia nezrovnalostí vo fáze pred výkonom platby prijímateľovi a súčasne ide o prípady podozrenia z podvodu. Ak ide o podozrenie z podvodu, v nadväznosti na platnú právnu úpravu štátne orgány, vyššie územné celky, obce a iné právnické osoby sú povinné bez meškania oznamovať orgánom činným v trestnom konaní skutočnosti nasvedčujúce tomu, že bol spáchaný trestný čin. Vo všeobecnosti sa pri nefinančných nezrovnalostiach formálne zdokumentujú iba prípady podozrenia z podvodu, systémové nezrovnalosti, nezrovnalosti, ktoré sa týkajú porušenia pravidiel verejného obstarávania, resp. také porušenia právnych predpisov EÚ alebo SR, ktoré môžu mať za následok sankciu vo forme finančnej opravy alebo finančný dosah na viaceré žiadosti o platbu dovtedy vyplatené prijímateľovi v predmetnom projekte.
Ad II. – III. Doručenie čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe, resp. doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe v prípade, ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti  
Orgán auditu a spolupracujúce orgány a prizvané osoby vo vypracovanej čiastkovej správe z vládneho auditu, resp. správe z vládneho auditu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a doručia čiastkovú správu z vládneho auditu, resp. správu z vládneho auditu auditovanej osobe. Na základe zistenej nezrovnalosti v rámci vykonaného vládneho auditu vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti a predložia v písomnej forme riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu.
Výsledné materiály z vládneho auditu – čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu a  podpísané správy o zistenej nezrovnalosti sú predložené auditovanej osobe, orgánu auditu, certifikačnému orgánu, príslušnému riadiacemu orgánu a príslušnej platobnej jednotke najneskôr do 15 kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola doručená správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu auditovanej osobe. Čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu je predložená certifikačnému orgánu v elektronickej forme na e-mail CO_spravyVLA@mfsr.sk a  schválené správy o zistenej nezrovnalosti sú predložené certifikačnému orgánu v písomnej verzii.
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia vládneho auditu podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou správy z vládneho auditu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov. Člen audítorskej skupiny oboznámi prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Na účely preukázania vysporiadania finančných prostriedkov členovia audítorskej skupiny vyžiadajú od prijímateľa, okrem výpisu z bankového účtu, resp. ELÚR-u potvrdzujúcich vysporiadanie finančných prostriedkov aj kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov, ktorú po prijatí od prijímateľa, zašlú spolu so správou o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu.
Ad IV. Právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Územne príslušná správa finančnej kontroly zasiela právoplatné I. stupňové rozhodnutie vydané v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov aktualizuje údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v prvostupňovom správnom konaní.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatého II. stupňového rozhodnutia, príslušnej správe finančnej kontroly vypracuje a predloží správu o zistenej nezrovnalosti a kópiu právoplatného II. stupňového rozhodnutia certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach vrátane finančnej identifikácie a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov príslušná správa finančnej kontroly aktualizuje v určenej lehote údaje v systéme ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
Ad V. Vyhotovenie záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zdokumentuje zistené nezrovnalosti a doručia záznam z administratívnej kontroly, resp. správu z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu. Bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá ešte nie je zaradená do súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán zaeviduje nezrovnalosť v ITMS najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu a predloží správu o zistenej nezrovnalosti v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu).
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá je zaradená do súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán zaeviduje nezrovnalosť v ITMS do stavu „Nová“ najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu a predloží správu o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa doručenia oznámenia o schválení a súhrnnej žiadosti o platbu v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu)V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá už bola schválená v súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán predkladá správu o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu, v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu).
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia kontroly podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou záznamu z administratívnej kontroly, resp. správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom oboznámi prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia.
Ad VI. – VIII. Prerokovanie protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR alebo ÚVO vrátane podpísanej správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonanej kontroly NKÚ SR alebo ÚVO správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti NKÚ SR alebo ÚVO zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad IX. – X. Doručenia správy z auditu Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov alebo správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predkladajú správu o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov alebo príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie alebo správu z vyšetrovania OLAF EK certifikačnému orgánu.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie, resp. Európskym dvorom audítorov alebo vykonaného vyšetrovania OLAF EK správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu)  a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
V súvislosti s ďalším riešením nezrovnalosti zistenej na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uplatňuje postup uvedený v čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a v lehote do dvoch mesiacov od predloženia správy z auditu Európskej komisie zabezpečí predloženie pripomienok členského štátu Európskej komisii, v kópii certifikačnému orgánu a orgánu auditu. 
Ak po predložení pripomienok riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom Európska komisia navrhne finančnú opravu, orgán auditu v odôvodnených prípadoch v lehote ďalších dvoch mesiacov podľa čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 zabezpečí vykonanie nezávislého preverenia zistenej nezrovnalosti. V prípade, ak výsledky preverovania orgánu auditu budú v rozpore so zistením Európskej komisie, Slovenská republika využije možnosť podľa odseku 3 čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006.
Ad XI. Doručenie uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe doručenia právoplatného uznesenia o začatí trestného stíhania riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný bezodkladne údaje o zistenej nezrovnalosti zaevidovať v ITMS.
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach certifikačný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne (k 15. máju, k 15. augustu, k 15. novembru a k 15. februáru) ich v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti zasiela orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov Európskej únie a orgánu auditu. Podľa § 26 ods. 12 sa v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 55, 57 a 63 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007.
O zistených nezrovnalostiach informuje orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov, v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF na Európskej komisii (v prípade, ak suma nezrovnalosti prevyšuje 10 000 EUR) v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 498/2007. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov Európskej komisii výlučne na jej žiadosť.
4.9.2	Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov 
Opravy financovania v súlade s čl. 96 – 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 vykonáva SR alebo Európska komisia. Opravy financovania v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými v projektoch alebo príspevku v rámci EFF pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku v rámci EFF alebo jeho časti. 
a) Opravy financovania vykonané SR, resp. po dohode s Európskou komisiou
Opravy financovania v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými Slovenskou republikou v projektoch pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na Európsky fond pre rybné hospodárstvo alebo jeho časti. Členský štát vezme do úvahy i povahu a závažnosť nezrovnalostí a finančnú stratu spôsobenú fondu. Zdroje z fondu uvoľnené týmto spôsobom môže členský štát opätovne použiť do 31. decembra 2015 na Európsky fond pre rybné hospodárstvo tak, že príspevok nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom národnej finančnej opravy, a v prípade, že sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce operácie v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla. V prípade systémovej nezrovnalosti členský štát rozšíri svoje šetrenie na všetky operácie, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené.

Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ a pomerne všetkých ostatných zdrojov financovania zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu Európskej komisie. Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o platbu Európskej komisie (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční certifikačný orgán spätným prevodom Európskej komisii. 

Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami vykonáva certifikačný orgán dvoma spôsobmi:
•	stiahnutím príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu okamžite, bez ohľadu nato, kedy je ukončený proces vysporiadania/vymáhania a kedy zodpovedajúce neoprávnené výdavky boli vysporiadané v prospech mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu alebo
•	odpočítaním príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu až po ukončení procesu vysporiadania/vymáhania, tzn. následným odpočítaním po ich pripísaní na príslušný mimorozpočtový účet certifikačného orgánu.
Certifikačný orgán vypracováva a predkladá Komisii na základe čl. 46 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007  vždy do 31. marca kalendárneho roka výkaz obsahujúci informácie:
•	sumy odpočítané z výkazov výdavkov predložených v priebehu predchádzajúceho roka následne po celkovom alebo čiastočnom zrušení príspevku na projekt,
•	vrátené sumy, ktoré boli odpočítané z výkazov výdavkov  predložených Európskej komisii počas predchádzajúceho roka,
•	výkaz súm, ktoré mali byť vrátené k 31.12. predchádzajúceho roka zoradené podľa rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov,
b) Opravy financovania vykonané Európskou komisiou 
Európska komisia môže uskutočniť finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zrušením celého príspevku na Európsky fond pre rybné hospodárstvo alebo jeho časti, keď po vykonaní potrebného preskúmania príde k záveru, že:
•	došlo k závažným nedostatkom v systéme riadenia a kontroly programu, ktoré ohrozili príspevok ES už vyplatený v prospech fondu;
•	výdavky v certifikovanom výkaze výdavkov sú neregulárne a členský štát ich pred začatím nápravného konania podľa čl. 97 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 neopravil;
•	členský štát si pred začatím opravného konania podľa čl. 97 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 nesplnil svoje povinnosti podľa článku 98 citovaného nariadenia.
V prípade, ak Európska komisia zistí  individuálne alebo systémové nezrovnalosti a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku z EFF.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v písm. a) certifikačný orgán neodpočíta predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov vo výške porušenia finančnej disciplíny a zodpovedajúcej sume podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Extrapolácia sa používa v rámci homogénnej skupiny projektov zdieľajúcich podobné charakteristiky ako výsledok dôkladného preskúmania reprezentatívnej náhodne vybranej vzorky projektov. Percentuálna paušálna sadzba sa používa, pokiaľ sa vyskytli systémové nezrovnalosti rôznej povahy/typu s rozptýleným účinkom, najmä závažné nedostatky v kľúčových alebo pomocných prvkoch systému riadenia a kontroly požadované ustanoveniami nariadení EÚ.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho/správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže SR nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym/správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne/správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.
V dôsledku finančnej opravy vykonanej Slovenskou republikou alebo Európskou komisiou MF SR rozhodne o viazaní rozpočtových prostriedkov v rozpočte kapitoly, ktorú tvorí rozpočet ministerstva ako subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil alebo ktorý pôvodne poskytol finančné prostriedky dlžníkovi v rámci implementácie operačného programu. Viazanie rozpočtových prostriedkov vykoná MF SR rozpočtovým opatrením v súlade s § 18 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
c) Vysporiadanie finančných vzťahov za individuálne nezrovnalosti na národnej úrovni 
Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva v súlade so zákonom č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, ak sa nevykoná vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti podľa § 28 cit. zákona prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov. Riadiaci orgán môže uzavrieť s prijímateľom dohodu o splátkach podľa postupov a za splnenia podmienok ustanovených v § 28a cit. zákona. Osobitný režim pre riadiaci orgán je stanovený v § 27a citovaného zákona pri zistení porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania.
Ak ide o porušenie finančnej disciplíny, odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ ukladá a vymáha územne príslušná správa finančnej kontroly, prípadne MF SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou a popisom schémy k vráteniu prostriedkov v rámci finančného riadenia EFF v prílohe 16a a 16b.
Vysporiadanie finančných vzťahov za individuálne nezrovnalosti vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je možné vykonať v súlade s § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov, ak je to relevantné.
4.9.3	Vylúčenie projektu z financovania podpory EÚ
V prípade, ak v rámci projektu financovaného z podpory EÚ bola zistená nezrovnalosť a certifikačný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ podľa čl. 96 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, certifikačný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov prijímateľom. Certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom rozhodne, že projekt bude vylúčený zo spolufinancovania EFF a financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly. V rámci procesu riadenia finančnej alokácie pre operačný program riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom musí v rámci ďalších postupov zohľadniť, že daný projekt nebude financovaný zo zdrojov EÚ napriek skutočnosti, že bola uzatvorená zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s prijímateľom.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutej zálohovej platby na účet prijímateľa), riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom po posúdení vylúči projekt z financovania podpory EÚ a po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Zároveň riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania podpory EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na Európsku komisiu, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania podpory EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky certifikačný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly.
4.10	Účtovníctvo
Podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 je potrebné, aby subjekty zabezpečujúce riadenie a implementáciu projektov Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, viedli samostatný účtovný systém alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa projektov pri dodržaní požiadaviek národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je certifikačný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia a implementácie Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v súlade s čl. 40 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 21 kalendárnych dní po prijatí žiadosti, resp. stanovenom Európskou komisiou. 
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektmi, ktoré účtujú o poskytovaní a použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú certifikačný orgán a platobné jednotky.
Certifikačný orgán a platobné jednotky postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o  pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie transakcií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou.
Vedenie účtovníctva certifikačného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom ISUF, ktorý je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom jednotlivých modulov.
Spracovanie účtovných záznamov a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä informácií z účtovníctva a údajov potrebných na účely hodnotenia plnenia rozpočtu verejnej správy podľa § 2b/ ods. 2 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) súvisiacich s poskytovaním prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje ISUF a je špecifikované v dokumentácii jeho používateľov.
Každá úroveň Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje prijímateľa. ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, ITMS a Informačný systém Štátnej pokladnice.
Certifikačný orgán a platobná jednotka vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky transakcie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve certifikačného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov z rozpočtu EÚ na mimorozpočtových účtoch pre Európsky fond pre rybné hospodárstvo certifikačného orgánu na základe zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky.
4.10.1	Účtovníctvo prijímateľa
Prijímatelia postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 30 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
4.11	Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a nariadeniami EÚ sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa programového rozpočtovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a  štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Certifikačný orgán a platobná jednotka v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu Európskej komisii.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Certifikačný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie a Európskeho dvoru audítorov, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každý operačný program za obdobie 3 rokov nasledujúcich po ukončení operačného programu. V podmienkach SR sa doba archivácie dokumentov stanovuje pre všetky projekty/operácie do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností.
Certifikačný orgán a platobná jednotka uchováva účtovníctvo a účtovnú dokumentáciu v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
V súlade s čl. 45 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 platí, že dokumenty musia byť uchovávané buď ako rovnopisy alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk);
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.
Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu a kontroly. V prípade, ak existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade so záväznými právnymi predpismi SR a sú dôveryhodné pre účely auditu a kontroly.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo vyhotovuje príslušný doklad v dvoch rovnopisoch, pričom jeden rovnopis zostáva na tomto subjekte a druhý rovnopis zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.7 tohto materiálu.
Prijímateľ zabezpečí, aby dodávateľ/zhotoviteľ vyhotovoval účtovné doklady minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden uchováva prijímateľ a ďalší riadiaci orgán. V prípade, ak má prijímateľ k dispozícii len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva prijímateľ a kópiu14 originálu účtovného dokladu overenú pečiatkou13 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa uchováva riadiaci orgán.
4.12	Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení EÚ a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2007 - 2013 vo vzťahu k finančnému riadeniu Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného operačného programu je vedený v EUR; 
•	finančný plán programového manuálu je vedený v EUR;
•	rozhodnutia Európskej komisie k jednotlivým operačným programom, ročné rozpočtové záväzky a platby z Európskej komisie sú vyjadrené a realizované v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie sa predkladajú Európskej komisii v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie je vypracovaný v EUR;
•	sumy vyjadrené vo výročnej alebo záverečnej správe o vykonávaní programu musia byť vyjadrené v EUR;
•	zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku sa uzatvárajú v EUR;
•	platby prijímateľovi sa realizujú v EUR;
•	prijímateľ môže uhrádzať výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané v EUR.
Výdavky predložené certifikačnému orgánu v súhrnných žiadostiach o platbu do 31.12.2008 sú Európskej komisií deklarované v zmysle čl. 95 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 mesačným kurzom Európskej komisie platnom v mesiaci, v ktorom certifikačný orgán zaznamenal výdavok v účtovníctve, resp. v ktorom boli finančné prostriedky zodpovedajúceho výdavku schválené v súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom. Tento kurz (SKK/EUR) za obdobie do 31.12.2008 Európska komisia elektronicky zverejňovala každý mesiac.
Od 01.01.2009 v rámci finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely iba na úrovni prijímateľa.
Používanie mien pri prevode prostriedkov z účtu prijímateľa
V prípade, ak prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v EUR, resp. na ich úhradu môže použiť prostriedky poskytnuté zálohovou platbou. Prípadné rozdiely z dôvodu použitia rôznych mien znáša prijímateľ. 
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v EUR na účet dodávateľa/zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu prijímateľa, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby);
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa/zhotoviteľa v rovnakej cudzej mene použije referenčný výmenný kurz určený a vyhlásený Európskou centrálnou bankou v deň predchádzajúci dňu uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby).
5	Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, certifikačný orgán, orgán auditu a spolupracujúci orgán) zúčastňujúci sa riadenia a implementácie EFF je povinný na svojej úrovni zabezpečiť v príslušných informačných systémoch (prostredníctvom ITMS a/alebo iných systémov) evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou podpory EÚ, údajov týkajúcich sa poskytovania prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom a údajov týkajúcich sa vrátenia a spätného vymáhania finančných prostriedkov. 
ITMS je centrálny informačný systém, ktorý slúži na evidenciu, spracovanie, export a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení a výkone audítorských akcií štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a EFF. Skladá sa z dvoch, paralelne pracujúcich subsystémov pre programové obdobia 2004 – 2006 a 2007 – 2013. Subsystémy pre dve programové obdobia úzko spolupracujú, využívajú spoločnú databázu a v nej spoločnú evidenciu objektov.
ITMS zahŕňa procesy programovania, projektového riadenia, finančného riadenia, vládneho auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
•	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov ISUF;
•	súlad jednotlivých modulov s právnymi predpismi EÚ a SR (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006, pre účely EFF nariadenie Rady (ES) č. 1198/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 498/2007, zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov);
•	IT infraštruktúra umožňujúca on–line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a EFF prostredníctvom komunikačno–technologickej infraštruktúry DataCentra;
•	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
•	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa ITMS je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno – technologickej infraštruktúry.
6	Zoznam príloh

Príloha 1:	Štruktúra kódov pre nezrovnalosti (kódy OLAF EK) a finančné vysporiadanie	
Príloha 2:	Správa o zistenej nezrovnalosti	
Prílohy 3a - 3b:	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu	
Príloha 4:	Finančné toky prostriedkov Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo	
Príloha 5:	Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu	
Príloha 6:	Finančné toky prostriedkov Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo pri vrátení neoprávnene použitých prostriedkov Európskej komisii	
Príloha 7a - 7b:	Záznam z administratívnej kontroly	
Príloha 8a – 8b:	Súhrnná žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu súhrnnej žiadosti o platbu 	
Príloha 9:	Čiastkový výkaz výdavkov k súhrnnej žiadosti o platbu platobnej jednotky	
Príloha 10a – 10m:	Tabuľky k odhadom očakávaných výdavkov	
Prílohy 11a -11c:	Zoznam vykonaných platieb platobnou jednotkou	
Príloha 12a – 12g:	Všeobecný audit trail pre finančné riadenie	
Prílohy 13:	Prehľad realizovaných platieb platobnou jednotkou	
Príloha 14a – 14b:	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov	
Príloha 15a - 15b:	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a Pokyny k vyplneniu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov	
Príloha 16a - 16b:	Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo	
Príloha 17	Sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa	
Príloha 18	Analýza poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“	
Príloha 19	Formulár pre zoznam nevymožiteľných pohľadávok