Systém finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013

Obsah												  strana
1	Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky
2	Základné definície a pojmy
3	Subjekty a ich zodpovednosti
3.1	Riadiaci orgán
3.2	Certifikačný orgán
3.3	Platobná jednotka
3.4	Monitorovací výbor
3.5	Orgán auditu
3.6	Orgány vydávajúce rozhodnutia v správnom konaní
3.6.1	Správy finančnej kontroly
3.6.2	Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.7	Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
4	Financovanie z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
4.1	Pomoc z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
4.2	Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
4.3	Záväzky a platby z EÚ
4.3.1	Záväzky
4.3.1.1	Záväzky vo vzťahu k operačnému programu
4.3.1.2	Záväzky vo vzťahu k projektom
4.3.2	Platby z Európskej komisie
4.3.2.1	Zálohová platba z Európskej komisie
4.3.2.2	Priebežné platby z Európskej komisie
4.3.2.3	Záverečná platba z Európskej komisie
4.4	Platby na národnej úrovni
4.4.1	Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.4.1.1	Programové rozpočtovanie
4.4.2	Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
4.4.3	Platby vo vzťahu platobná jednotka – prijímateľ
4.4.4	Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
4.4.5	Vysporiadanie finančných vzťahov
4.5	Odhad očakávaných výdavkov
4.6	Systém účtov
4.6.1	Účty certifikačného orgánu
4.6.2	Účty platobnej jednotky
4.6.3	Účty prijímateľa – štátna rozpočtová organizácia
4.6.4	Účty prijímateľa – súkromný sektor
4.7	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.7.1	Systém zálohových platieb
4.7.2	Systém refundácie
4.7.3	Špecifiká operačného programu v systéme informačných a finančných tokov
4.8	Systém certifikácie
4.9	Nezrovnalosti
4.9.1	Oznamovanie nezrovnalostí
4.9.2	Finančné opravy a vrátenie finančných prostriedkov
4.9.3	Vylúčenie projektu z financovania  pomoci EÚ
4.10	Účtovníctvo
4.10.1	Účtovníctvo prijímateľa
4.11	Finančné výkazníctvo a archivácia
4.12	Používanie mien a kurzové rozdiely
5	Monitorovanie a elektronická výmena informácií
6	Zoznam príloh

1	Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky
Systém finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 je vypracovaný v súlade s právnymi predpismi Európskej únie (ďalej aj „ES“ alebo „EÚ“), Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä: 
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii a Zmluva o fungovaní Európskej únie
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej, podpísaná dňa 4. októbra 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na ktorého základe budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003
b)	Základné právne predpisy EÚ
Nariadenia upravujúce Európsky fond pre rybné hospodárstvo
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1198/2006 z 27. júla 2006 o Európskom fonde pre rybné hospodárstvo v platnom znení (ďalej aj „nariadenie Rady (ES) č. 1198/2006“)
•	Nariadenie Komisie (ES) č. 498/2007 z 26. marca 2007, ktorým sa stanovujú podrobné vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o Európskom fonde pre rybné hospodárstvo v platnom znení (ďalej aj „nariadenie Komisie (ES) č. 498/2007“)
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2371/2002 o ochrane a trvalo udržateľnom využívaní zdrojov rybného hospodárstva v rámci spoločnej politiky v oblasti rybolovu
•	Nariadenie Rady (ES) č. 744/2008 z 24. júla 2008, ktorým sa ustanovuje dočasné osobitné opatrenie na podporu reštrukturalizácie rybárskych flotíl Európskeho spoločenstva postihnutých hospodárskou krízou (ďalej aj „nariadenie Rady (ES) č. 744/2008“)
Nariadenia upravujúce rozpočet EÚ
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 v platnom znení
•	Delegované nariadenie Komisie (EÚ) č. 1268/2012 o pravidlách uplatňovania nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou s cieľom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi
Rozhodnutia Európskej komisie
•	Rozhodnutie Európskej komisie č. C(2013) 4879 z 1. augusta 2013 o schválení usmernení k ukončeniu operačných programov prijatých na účely využívania pomoci z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo (2007 – 2013)
c)	Základné všeobecne záväzné právne predpisy SR
•	Zákon č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 40/1964 Zb. Občiansky zákonník v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 543/2007 Z. z. o pôsobnosti orgánov štátnej správy pri poskytovaní podpory v pôdohospodárstve a rozvoji vidieka 
•	Zákon č. 513/1991 Zb. Obchodný zákonník v znení neskorších predpisov
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 122/2013 Z. z. o ochrane osobných údajov a o zmene a doplnení niektorých zákonov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 539/2008 o podpore regionálneho rozvoja a ktorým sa ruší zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja v znení zákona č. 351/2004 Z. z.
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku EÚ v znení zákona č. 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
2	Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo sa rozumie: 
1.	Audit trail – podrobný popis riadenia a realizácie pomoci z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
2.	Centrálny elektronický databázový informačný systém (ďalej len „CEDIS“) – informačný systém orgánu auditu, slúži na evidenciu plánov, monitorovanie a reporting výsledkov z vládnych auditov prostriedkov Európskej únie a prostriedkov ostatných nástrojov finančnej pomoci zo zahraničia poskytovaných Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv a dohôd.
3.	Certifikácia – potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo.
4.	Certifikačný orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikácie výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii. Zákon č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov stanovuje, že v podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za koordináciu a usmerňovanie subjektov zapojených do systému finančného riadenia, vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb, pričom certifikačným orgánom je Ministerstvo financií SR určené zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
5.	Cieľ Konvergencia – cieľ akcie pre najmenej rozvinuté členské štáty a regióny podľa nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 z 11. júla 2006, t. j. cieľ EÚ umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za roky 2000 – 2002 je menšia ako 75 % priemeru EÚ 25. 
6.	Čiastkový výkaz výdavkov – dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na ktorého základe sa preplácajú zdroje Európskej únie. Čiastkový výkaz výdavkov je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu.
7.	Európsky fond pre rybné hospodárstvo (ďalej len „EFF“) – nástroj Spoločnej politiky rybného hospodárstva napomáhajúci dosiahnutie cieľov prostredníctvom pomoci EÚ pre trvalo udržateľný rozvoj odvetvia rybného hospodárstva, rybolovných oblastí a vnútrozemského rybolovu.
8.	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti–Fraud Office, ďalej len „OLAF EK“) – inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nezákonným aktivitám.
9.	Finančný záväzok – právny záväzok na poskytnutie finančných prostriedkov za predpokladu, že sú splnené určité podmienky. Je určený na čerpanie počas viacerých finančných rokov.
10.	Informačný systém účtovníctva fondov (ďalej len „ISUF“) – samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov EFF (certifikačný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb certifikačného orgánu a platobnej jednotky. 
11.	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) – informačný systém spravovaný a vyvíjaný Úradom vlády SR v spolupráci s riadiacimi orgánmi, certifikačným orgánom a orgánom auditu, ktorý zabezpečuje evidenciu údajov o všetkých operačných programoch, projektoch, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a EFF. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC2007 Európskej komisie, monitorovacími systémami okolitých členských krajín, ako aj žiadateľmi a prijímateľmi. Poskytuje prepojenia s ISUF.
12.	Lehota – ak nie je v tomto dokumente, uvedené inak, za dni sa považujú kalendárne dni. Do uplynutia lehoty sa nezapočítava deň, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Lehoty určené podľa týždňov, mesiacov alebo rokov sa končia uplynutím toho dňa, ktorý sa svojím označením zhoduje s dňom, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Ak taký deň v mesiaci nie je, lehota sa končí posledným dňom mesiaca. Ak koniec lehoty pripadne na sobotu, nedeľu alebo na deň pracovného pokoja, je posledným dňom lehoty najbližší nasledujúci pracovný deň. Lehota je zachovaná, ak sa posledný deň lehoty podanie podá na riadiaci orgán, alebo ak sa podanie odovzdá na poštovú prepravu, ak nie je v tomto dokumente uvedené inak.
13.	Metodická príručka – dokument na národnej úrovni vypracovaný riadiacim orgánom pre operačný program, ktorého prostredníctvom sa realizuje stratégia a priority podpory, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrení.
14.	Monitorovací výbor pre operačný program – orgán zriadený riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe a za schvaľovanie zmien v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Na zasadnutiach monitorovacieho výboru sa zúčastňuje aj zástupca Európskej komisie v pozícii poradcu. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
15.	Národný strategický plán rybného hospodárstva 2007 – 2013 (ďalej len „NSP RH“) – strategický dokument, ktorý vytyčuje priority a ciele, ktoré chce Slovenská republika v sektore rybného hospodárstva v programovom období 2007 – 2013 dosiahnuť. 
16.	Nezrovnalosť – akékoľvek porušenie legislatívy Európskej únie vyplývajúce z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskej únie alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskej únie alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Európskej únie.
17.	Oblasť mimo cieľa Konvergencie – cieľ, ktorý sa vzťahuje na členské štáty a regióny, ktoré nie sú oprávnené v rámci cieľa Konvergencia, umožňujúci podporu územia pokrývajúceho členské štáty a regióny nespadajúce do cieľa Konvergencia definovaného v bode 5.
18.	Opatrenie – súbor operácií zameraných na vykonávanie prioritnej osi. 
19.	Operácia – projekt vybraný podľa kritérií stanovených monitorovacím výborom a vykonávaný jedným alebo viacerými prijímateľmi, ktorý umožňuje dosiahnutie cieľov prioritnej osi, s ktorou súvisí.
20.	Operačný program – samostatný dokument vypracovaný členským štátom a schválený Európskou komisiou, ktorý obsahuje súvislý súbor prioritných osí, ktoré sa dosahujú podporou z EFF. Pre implementáciu EFF v SR v programovom období 2007– 2013 je vypracovaný Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013.
21.	Oprávnené výdavky – výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené počas obdobia stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok vo forme nákladov a výdavkov prijímateľa, a ktoré boli vynaložené na operácie vybrané na podporu v rámci operačného programu v súlade s kritériami výberu a obmedzeniami stanovenými nariadením Rady (ES) č. 1198/2006. V podmienkach Slovenskej republiky za stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov zodpovedá riadiaci orgán.
22.	Orgán auditu – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu určený členským štátom pre operačný program a zodpovedný za overenie riadneho fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu Ministerstvo financií SR.
23.	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov – doklad, ktorý pozostáva z formulára oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov a príloh, na ktorého základe prijímateľ potvrdzuje vrátenie finančných prostriedkov v príslušnom pomere na stanovené účty. 
24.	Platobná jednotka – organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly formulára žiadosti o platbu a záznamu z administratívnej kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky je platobnou jednotkou Pôdohospodárska platobná agentúra. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice, ktorým je Pôdohospodárska platobná agentúra.
25.	Poskytnutie zálohovej platby prijímateľovi – poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – štátnej rozpočtovej organizácii formou zálohovej platby do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu po nadobudnutí účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a začatí realizácie projektu.
26.	Prijímateľ – orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a prostriedky z EFF. 
27.	Prioritná os – jedna z priorít v operačnom programe, ktorá sa skladá zo skupiny navzájom súvisiacich opatrení s konkrétnymi, merateľnými cieľmi.
28.	Prizvaná osoba – zamestnanec iného orgánu verejnej správy ako auditujúceho orgánu podľa osobitného predpisu (§ 2 ods. 2 písm. g) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov, okrem zamestnancov Najvyššieho kontrolného úradu SR, so súhlasom vedúceho tohto orgánu, zamestnanec právnickej osoby alebo fyzickej osoby s ich súhlasom, ak je to na dosiahnutie účelu a cieľa vládneho auditu vzhľadom na zložitosť a odborné zameranie auditovanej činnosti nevyhnutné, prizvaný na základe žiadosti vedúceho auditujúceho orgánu. Prizvaná osoba musí byť funkčne nezávislá od prijímateľa, riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky.
29.	Refundácia – poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok za zdroje Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a na základe žiadosti o platbu, ktorej súčasťou sú účtovné doklady, ktoré prijímateľ uhradil najskôr z vlastných zdrojov.
30.	Riadiaci orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo súkromný orgán určený členským štátom, ktorý je zodpovedný za riadenie operačného programu. V podmienkach Slovenskej republiky je riadiacim orgánom Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR. Pre účely tohto materiálu sa úlohy riadiaceho orgánu vzťahujú aj na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ak je to relevantné.
31.	Rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok – rozhodnutie, ktoré vydáva štatutárny orgán riadiaceho orgánu v prípade poskytnutia pomoci na realizáciu projektov. 
32.	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – poverenie, ktorým Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR, ako riadiaci orgán poveruje Pôdohospodársku platobnú agentúru, ako sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, plnením úloh riadiaceho orgánu súvisiacich s implementáciou Operačného programu Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 vymedzených v splnomocnení a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom toto poverenie prijíma. Splnomocnenie okrem vymedzených úloh obsahuje aj právomoci a zodpovednosti účastníkov splnomocnenia.
33.	Spolupracujúci orgán – auditujúci orgán podľa osobitného predpisu (§ 2 ods. 2 písm. g) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, okrem Ministerstva financií SR, ktorý vykonáva úlohy podľa osobitného predpisu (čl. 61 nariadenia (ES) č. 1198/2006), pod vedením orgánu auditu alebo vykonáva vládny audit s predchádzajúcim písomným súhlasom Ministerstva financií SR alebo podľa požiadavky Ministerstva financií SR.
34.	Správa o zistenej nezrovnalosti – dokument vyplnený riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu alebo príslušným orgánom vydávajúcim rozhodnutie v správnom konaní, na ktorého základe je oficiálne zdokumentované podozrenie z nezrovnalosti alebo zistená nezrovnalosť. 
35.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – je ministerstvo, ostatný ústredný orgán štátnej správy, samosprávny kraj alebo iná právnická osoba, ktorá má odborné, personálne a materiálne predpoklady na plnenie úloh riadiaceho orgánu určených v splnomocnení riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia, pričom sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom koná v mene a na zodpovednosť riadiaceho orgánu. Funkciu sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 plnia príslušné organizačné útvary Pôdohospodárskej platobnej agentúry a regionálne pracoviská v zmysle organizačného poriadku Pôdohospodárskej platobnej agentúry. 
36.	Súhrnná žiadosť o platbu – doklad, na ktorého základe sú prevádzané prostriedky Európskej únie platobnej jednotke v príslušnom pomere. 
37.	Systém finančného riadenia EFF – komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, ktorých prostredníctvom sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, používanie pomoci, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, sledovanie finančných tokov, kontrola a overovanie pri realizácii pomoci z EFF. 
38.	Štátna pokladnica – orgán štátnej správy zriadený podľa zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov, zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému Štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
39.	Štátna pomoc – akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Európskej únie.
40.	Účtovný doklad – doklad definovaný v § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí o platbu (refundácia - priebežná platba / záverečná platba, zúčtovanie zálohovej platby) sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v § 10 ods. 1 písm. a) až f) predmetného zákona, pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje vyhlásenie prijímateľa v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné vyhlásenie v znení „Ako prijímateľ čestne vyhlasujem, že nárokovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v účtovných dokladoch, je matematicky správna a vychádza z účtovníctva, oprávnené výdavky boli skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti (v prípade zálohovej platby sa začala realizácia projektu), nárokovaná suma je v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pravidlá štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia a rovnosti príležitostí boli dodržané, fyzický a finančný pokrok podlieha monitorovaniu vrátane kontroly na mieste, požiadavky na informovanie verejnosti boli dodržané v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, originály dokumentácie k platbe, definované v zozname príloh sú v našej držbe, náležite opečiatkované, podpísané a prístupné na konzultovanie pre účely kontroly. Sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Som si vedomý skutočnosti, že v prípade nesplnenia podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v prípade nesprávne nárokovaných finančných prostriedkov v tejto žiadosti o platbu je možné, že príspevok nebude vyplatený, bude upravený alebo bude vyžiadané vrátenie neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov.“ V súvislosti s postúpením pohľadávky sa z pohľadu splnenia požiadaviek nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 za účtovný doklad, ktorého dôkazná hodnota je rovnocenná faktúram, považuje aj doklad preukazujúci vykonanie započítania.
41.	Úhrada účtovného dokladu – predstavuje úhradu záväzku alebo pohľadávky prijímateľa/riadiaceho orgánu/platobnej jednotky/certifikačného orgánu. V súvislosti so vzájomným započítaním pohľadávky a záväzku, záväzok prijímateľa (napr. z titulu nezrovnalosti) vysporiadaný formou vzájomného započítania pohľadávky a záväzku sa považuje za uhradený momentom schválenia zníženej pohľadávky prijímateľa z poskytnutého nenávratného finančného príspevku v súhrnnej žiadosti o platbu.
42.	Verejné výdavky – všetky verejné príspevky na financovanie operácií, ktoré pochádzajú z rozpočtu štátu, regionálnych a miestnych orgánov a Európskej únie v súvislosti s EFF a akékoľvek podobné výdavky. Za podobný výdavok sa považuje každý príspevok na financovanie operácií pochádzajúci z rozpočtu verejnoprávnych subjektov alebo združení jedného alebo viacerých regionálnych alebo miestnych orgánov, alebo verejnoprávnych subjektov konajúcich v súlade so smernicou Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 18/2004 z 31. marca 2004 o koordinácii postupov zadávania verejných zákaziek na práce, verejných zákaziek na dodávku tovaru a verejných zákaziek na služby.
43.	Vládny audit – nezávislá, objektívna, overovacia, hodnotiaca a uisťovacia činnosť, ktorá je zameraná najmä na:
-	overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly operačného programu, ktoré sa vykonáva najmä ako systémový audit,
-	overenie deklarovaných výdavkov Európskej komisii na vhodnej vzorke operácií, ktoré sa vykonáva ako audit operácií.
44.	Vlastné zdroje prijímateľa – finančné prostriedky, ktorými sa podieľa prijímateľ na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie finančné prostriedky, ktoré prijímateľ získal z iného zdroja (okrem zdroja nenávratného finančného príspevku - štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a zdroja EÚ), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby.
45.	Výkaz výdavkov – dokument obsahujúci oprávnené výdavky uskutočnené v priebehu stanoveného obdobia oprávnenosti za operačný program podľa jednotlivých rokov. Výkaz výdavkov je vypracovaný certifikačným orgánom a tvorí prílohu k žiadosti o platbu (priebežnú a záverečnú platbu) na Európsku komisiu.
46.	Záznam z administratívnej kontroly – dokument vypracovaný riadiacim orgánom z administratívnej kontroly podľa § 24e zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Originál uchováva riadiaci orgán a v závislosti od dohody riadiaceho orgánu a platobnej jednotky poskytuje riadiaci orgán platobnej jednotke rovnopis, resp. kópiu záznamu z administratívnej kontroly. V prípade zistenia nedostatkov a porušenia podmienok zakotvených vo všeobecne záväzných právnych predpisoch a zmluvných dokumentoch je riadiaci orgán oprávnený pozastaviť financovanie projektu, zamietnuť žiadosť o platbu, alebo znížiť výšku požadovaných výdavkov, alebo posúdiť výdavky požadované v žiadosti o platbu ako neoprávnené alebo postupovať podľa ďalších relevantných ustanovení tohto zákona, napríklad odstúpiť od zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Ak má správa finančnej kontroly/Ministerstvo financií SR začať na základe záverov vykonanej administratívnej kontroly riadiacim orgánom správne konanie vo veci porušenia finančnej disciplíny, riadiaci orgán si od kontrolovaného subjektu vyžiada písomné vyjadrenie k záverom administratívnej kontroly a prílohou záznamu sú všetky doklady týkajúce sa predmetu vykonanej administratívnej kontroly. Na základe takéhoto záznamu z administratívnej kontroly je správa finančnej kontroly/Ministerstvo financií SR oprávnené priamo začať správne konanie a to bez duplicitného výkonu vládneho auditu.
47.	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku – podrobná zmluva o podpore projektu financovaného z EFF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie uzatvorená medzi riadiacim orgánom a prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia pomoci, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán. Pre potreby tohto materiálu sa pod zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku rozumie aj v relevantných prípadoch „Rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok“, definované v bode 31.
48.	Zúčtovanie zálohovej platby – predloženie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) prijímateľom riadiacemu orgánu v zmysle podmienok uvedených v časti 4.7.1.
49.	Žiadosť o platbu – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti o platbu a povinných príloh, na ktorého základe sú prijímateľovi uhrádzané prostriedky EFF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v príslušnom pomere. Originál uchováva riadiaci orgán a v závislosti od dohody riadiaceho orgánu a platobnej jednotky poskytuje riadiaci orgán platobnej jednotke rovnopis, resp. kópiu formulára žiadosti o platbu.
50.	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a príloh, na ktorého základe má prijímateľ povinnosť vrátiť finančné prostriedky v príslušnom pomere na stanovené účty.
3	Subjekty a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia EFF sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	riadiaci orgán;
-	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom;
-	certifikačný orgán;
-	platobná jednotka;
-	monitorovací výbor.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
-	orgán auditu;
-	spolupracujúce orgány;
-	príslušné orgány vydávajúce rozhodnutie v správnom konaní;
-	orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov EFF je náležité oddelenie funkcií riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a orgánu auditu. 
3.1	Riadiaci orgán
Funkcie riadiaceho orgánu plní Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR. Riadiaci orgán splnomocnil vykonávaním niektorých svojich kompetencií vládou SR určený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Celková zodpovednosť za riadenie programu, ako aj za plnenie úloh vykonávaných sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom však ostáva riadiacemu orgánu. Pre účely tohto materiálu sa úlohy riadiaceho orgánu vzťahujú aj na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ak je to relevantné.
Riadiaci orgán vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zabezpečuje:
a)	vypracovanie a koordináciu implementácie Národného strategického plánu rybného hospodárstva 2007 – 2013 (ďalej len „NSP RH“) a operačného programu s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania podpory z EFF;
b)	predkladanie podkladov na vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie ITMS za oblasť EFF;
c)	vypracovanie a aktualizácie operačného programu vrátane finančného plánu;
d)	vypracovanie a aktualizácie Metodickej príručky pre žiadateľa o poskytnutie nenávratného finančného príspevku z Operačného programu Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 vrátane príloh;
e)	vytvorenie vhodného systému implementácie operačného programu;
f)	informovanie prijímateľov o aktuálnych metodických usmerneniach, poskytovanie výkladov a konzultácií v prípade potreby;
g)	vypracovanie a aktualizácie vnútorného manuálu procedúr riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice organizácie;
h)	predkladanie vnútorného manuálu procedúr riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu CO_manual@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál procedúr je rozsiahlejší, je potrebné ho rozdeliť a zaslať po častiach;
i)	predkladanie interných pokynov (postupov, príručiek atď.), ktoré všeobecne dopĺňajú postupy riadiaceho orgánu, elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu CO_manual@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak sú odosielané interné pokyny rozsiahlejšie, je potrebné ich rozdeliť a zaslať po častiach;
j)	uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí a jeho predloženie certifikačnému orgánu vrátane akýchkoľvek zmien  pre informáciu do 14 kalendárnych dní od právoplatnosti splnomocnenia, resp. jeho zmeny;
k)	kontrolu plnenia úloh vyplývajúcich zo splnomocnenia o delegovaní právomocí vykonávaných sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom;
l)	spolufinancovanie operačného programu zo štátneho rozpočtu;
m)	podrobnejšiu úpravu pravidiel finančného riadenia vo vzťahu k prijímateľom v súlade s týmto materiálom vrátane vydania verejne dostupných metodických usmernení (príručiek) k finančnému riadeniu operačného programu pre prijímateľov v súlade s týmto materiálom;
n)	vypracovanie návrhov zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku z operačného programu a ich zaslanie certifikačnému orgánu na posúdenie;
o)	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a jej dodatkov, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia zmluvných podmienok a v relevantných prípadoch vydávanie rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok;
p)	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov z vlastných zdrojov prijímateľa;
q)	zaregistrovanie žiadosti o platbu v ITMS do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia jej písomnej verzie;
r)	kontrolu žiadosti o platbu v rámci jednotlivých uzavretých zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorej súčasťou je aj predbežná finančná kontrola, chronologicky podľa dátumu ich zaregistrovania riadiacim orgánom. Táto kontrola zahrňuje:
•	administratívnu kontrolu každej žiadosti o platbu, 
•	kontrolu na mieste podľa potreby;
s)	v rámci administratívnej kontroly žiadosti o platbu:
•	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti o platbu,
•	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje:
i)	kontrolu reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov, 
ii)	preukázateľnú matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrolu uplatňovaných položiek na základe účtovného dokladu, prípadne účtovného podkladu a ich porovnanie s rozpočtom projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, ako aj s rozpočtom vyplývajúcim z výsledku verejného obstarávania/obchodnej verejnej súťaže, kontrola sa vykonáva na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek,
iii)	kontrolu súladu s legislatívou Slovenskej republiky a legislatívou EÚ týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, štátnej pomoci a pomoci "de minimis", publicity a pod.;
t)	v rámci kontroly na mieste najmä:
•	kontrolu skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác a poskytnutých služieb, 
•	kontrolu správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006,
•	kontrolu zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve prijímateľa,
•	kontrolu zabezpečenia publicity a pod.;
u)	kontrolu na mieste podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, pri ktorej sa môžu skontrolovať aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
v)	pozastavenie, zamietnutie alebo úpravu výšky platby pre projekt, alebo jeho časť, v prípade zistenia nedostatkov v postupe prijímateľa pri realizácii pomoci;
w)	schvaľovanie žiadosti o platbu a predloženie formulára žiadosti o platbu vrátane záznamu z administratívnej kontroly platobnej jednotke;
x)	sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) najneskôr do 6 mesiacov a zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby (osobitne za každú poskytnutú tranžu zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia a evidovanie sledovania poskytnutej a zúčtovanej zálohovej platby v rámci projektu samostatne v štruktúre stanovenej riadiacim orgánom. Riadiaci orgán priebežne aktualizuje a ukladá prehľad v ním stanovenej štruktúre ako elektronickú prílohu do ITMS do časti prílohy v rámci žiadosti o platbu;
y)	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie kalendárneho roka "n" do 5. februára nasledujúceho kalendárneho roka "n+1" v elektronickej forme certifikačnému orgánu (príloha 18);
z)	riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo väzbe na vysporiadanie finančných vzťahov s prijímateľom alebo systémové nedostatky);
aa)	predkladanie Vyhlásenia riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom k oprávnenosti výdavkov a ich súladu s právnymi predpismi EÚ a SR certifikačnému orgánu v súlade s prílohou 20 v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť;
bb)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.9.1 vrátane aktualizácie údajov o zistenej nezrovnalosti v ITMS;
cc)	vypracovanie a predkladanie informácií o vykonaných kontrolách na mieste podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 certifikačnému orgánu v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť;
dd)	predkladanie správ o výsledku externého auditu (audit Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov a iný audit), protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov, všetkých protokolov z kontrol, vrátane protokolov z kontrol vykonaných Úradom pre verejné obstarávanie (zahŕňajúc aj tie, kde kontrola u prijímateľa nebola začatá na podnet riadiaceho orgánu) a predkladanie rozhodnutí v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk  do 7 kalendárnych dní od ich doručenia riadiacemu orgánu;
ee)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu a následnej finančnej kontroly vykonaných na riadiacom orgáne v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na emailovú adresu spravy@mfsr.sk do 7 kalendárnych dní od ich ukončenia podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
ff)	predkladanie správ z vyšetrovania OLAF EK elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk;
gg)	vypracovanie a predkladanie zoznamu prípadov za predchádzajúci rok (príloha 19) v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené v súlade s požiadavkou čl. 57, ods. 2 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady;
hh)	stanovovanie a vykonávanie finančných opráv;
ii)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS;
jj)	vykonanie sumárnej kontroly presnosti, správnosti a úplnosti evidovania údajov o nezrovnalostiach a vysporiadaných finančných vzťahoch a prípadnej opravy nekorektných/neaktuálnych údajov v ITMS štvrťročne;
kk)	navrhovanie realokácie prostriedkov v rámci operačného programu vrátane presunov medzi opatreniami v rámci prioritnej osi, ich predkladanie certifikačnému orgánu na posúdenie a následne ich predkladanie monitorovaciemu výboru na schválenie, ak je relevantné;
ll)	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu odhady@mfsr.sk mesačne do 6 kalendárnych dní nasledujúceho mesiaca v spolupráci s platobnou jednotkou. Odhady očakávaných výdavkov vypracovávané k 30. júnu predkladá riadiaci orgán do 30. júna (ak tento deň pripadá na deň pracovného pokoja tak najbližší pracovný deň pred týmto termínom) prípadne v iný deň predchádzajúci tomu dňu na základe požiadavky certifikačného orgánu;
mm)	vypracovanie stanoviska riadiaceho orgánu k zisteniam a odporúčaniam z overovania certifikačného orgánu a jeho predloženie platobnej jednotke (v termíne stanovenom platobnou jednotkou) za účelom zaslania stanoviska certifikačnému orgánu v lehote stanovenej certifikačným orgánom; 
nn)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy riadiaceho orgánu a odpočtov ich plnenia certifikačnému orgánu a aj orgánu auditu v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
oo)	v relevantných prípadoch vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu. V prípade, ak je to relevantné riadiaci orgán spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s platobnou jednotkou; 
pp)	predkladanie zoznamu schválených projektov certifikačnému orgánu do 7 kalendárnych dní od schválenia žiadostí o nenávratný finančný príspevok;
qq)	dodržiavanie usmernení certifikačného orgánu k finančnému riadeniu;
rr)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 15 pracovných dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
ss)	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu procedúr, vrátane audit trailu na každej úrovni riadenia;
tt)	uchovávanie výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
uu)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.2	Certifikačný orgán
Funkcie certifikačného orgánu v zmysle uznesenia vlády SR č. 225 zo dňa 7. marca 2007 vykonáva Ministerstvo financií SR. 
Certifikačný orgán v podmienkach Slovenskej republiky vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu procedúr certifikačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
b)	predloženie vnútorného manuálu procedúr certifikačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál procedúr je rozsiahlejší, je potrebné ho rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	koordináciu systému finančného riadenia EFF;
d)	koordináciu finančných tokov v oblasti vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
e)	vypracovanie zmien v Systéme finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, vrátane predloženia zmien na pripomienkové konanie všetkým relevantným subjektom (okrem dodatkov k materiálu) a ich predkladanie ministrovi financií na schválenie. V prípade zásadných zmien bude Systém finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 predložený na schválenie vláde SR;
f)	poskytovanie výnimiek zo Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí orgánov zapojených do finančného riadenia adresovaných ministrovi financií. Pri posudzovaní každej z výnimiek certifikačný orgán dôsledne zváži ich dosah. Minister financií neposkytuje výnimky zo Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 týkajúce sa nedodržiavania podmienok pre zúčtovanie zálohovej platby. Subjekt, ktorému bola poskytnutá výnimka je povinný zabezpečiť dodržiavanie všetkých stanovených podmienok, pričom v prípade ich porušenia udelená výnimka stráca platnosť;
g)	vydávanie usmernení a manuálov k finančnému riadeniu EFF, vydávanie vykonávacích usmernení vo forme metodických pokynov alebo metodických výkladov, ktoré sú v závislosti na ich charaktere záväzné alebo odporúčajúce (popisujúce správnu prax), pričom záväznosť týchto usmernení/výkladov je definovaná osobitne v jednotlivých metodických usmerneniach/pokynoch, resp. metodických výkladoch;
h)	metodické usmerňovanie platobnej jednotky a riadiaceho orgánu v oblasti finančného riadenia EFF. V oblasti metodického usmerňovania sa pre subjekty zapojené do finančného riadenia využíva e-mailová adresa co@mfsr.sk;
i)	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému;
j)	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením EFF na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
k)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach Výboru pre Európsky fond pre rybné hospodárstvo v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
l)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach monitorovacieho výboru pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
m)	zriadenie osobitného mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR pre prostriedky EÚ v Štátnej pokladnici pre operačný program;
n)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici pre príjem prostriedkov EÚ od prijímateľov z titulu finančného vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
o)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici slúžiaceho na úhradu bankových poplatkov a daní z úrokov;
p)	administratívne overenie súhrnnej žiadosti o platbu, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje:
-	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
-	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch; 
q)	certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke, s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu a platobnej jednotky, či sú splnené nasledovné podmienky:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky uhrádzané počas obdobia oprávnenosti, 
-	boli vykonané kontroly dodania spolufinancovaných tovarov, služieb a prác,
-	realizované výdavky sú reálne, 
-	postupovalo sa v súlade so záväznými právnymi predpismi EÚ a Slovenskej republiky a ostatnými všeobecne záväznými dokumentmi, 
-	existuje overiteľná podporná dokumentácia, 
-	uchováva a dodržiava sa audit trail; 
r)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.9.1;
s)	v prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom zníženie výšky deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu;
t)	v oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, pozastavenie platieb pre operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu, až do doby, kým dôvody pozastavenia nepominú a informovanie orgánu auditu, riadiaceho orgánu a platobnej jednotky operačného programu;
u)	pozastavenie platieb pre operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu v prípade rozhodnutia Európskej komisie o prerušení lehoty pre platby, prípadne rozhodnutia o pozastavení platieb, až do doby, kým dôvody prerušenia/pozastavenia nepominú a informovanie orgánu auditu, riadiaceho orgánu a platobnej jednotky operačného programu;
v)	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby a o záverečnú platbu Európskej komisii;
w)	zostavenie, certifikáciu a zaslanie výkazu výdavkov Európskej komisii ako súčasť žiadosti o priebežnú platbu/záverečnú platbu na základe čiastkových výkazov výdavkov a schválených súhrnných žiadostí o platbu predložených platobnou jednotkou;
x)	príjem prostriedkov EÚ na osobitný mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR;
y)	prevod finančných prostriedkov EFF z osobitného mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na účet platobnej jednotky na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
z)	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pre platobnú jednotku pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
aa)	koordinovanie procesu spracovania a schvaľovania návrhu zabezpečenia a použitia prostriedkov rezervy na štrukturálne operácie v kapitole Všeobecná pokladničná správa;
bb)	posudzovanie návrhov riadiaceho orgánu na realokáciu finančných prostriedkov v rámci operačného programu pred ich predložením na schválenie monitorovaciemu výboru, ak je relevantné;
cc)	zostavenie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiaceho orgánu každý rok do 30. apríla;
dd)	zostavenie a predkladanie ročných výkazov Európskej komisii do 31. marca v súlade s čl. 46 (ods. 2, 2a) a prílohou č. 10 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, t. j. výkazu prostriedkov k 31. decembru predchádzajúceho roka, ktoré boli stiahnuté z výkazu výdavkov, boli vrátené a odpočítané z výkazu výdavkov, majú byť vrátené, resp. sa neočakáva, že budú vrátené v členení podľa prioritných osí a rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov;
ee)	vedenie a predkladanie knihy dlžníkov, resp. mesačného výkazu nezrovnalostí a vratiek k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci  elektronicky riadiacemu orgánu a orgánu auditu na e-mailovú adresu reporting@mfsr.sk a v písomnej forme platobnej jednotke;
ff)	vrátenie prostriedkov Európskej únie v súlade s § 20 ods. 7 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, a to vrátane úrokov z omeškania v súlade s § 20 ods. 8 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov formou vykonania finančných opráv prostriedkov EFF;
gg)	vypracovanie a predkladanie súhrnného prehľadu správ o zistenej nezrovnalosti štvrťročne orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov. V súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti sa uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 55, 57 a 63 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007;
hh)	spracovanie relevantných častí výročných správ a záverečnej správy o vykonávaní programu týkajúcich sa čerpania prostriedkov EFF a ich predloženie riadiacemu orgánu;
ii)	vypracovanie podkladov do ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 59 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie, a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 v platnom znení a ich predloženie orgánu auditu;
jj)	metodické riadenie a koordinácia postupov účtovania certifikačného orgánu a platobnej jednotky v rámci ISUF a koordinácia postupu poskytovania údajov účtovnej závierky a finančných výkazov;
kk)	vedenie účtovníctva certifikačného orgánu vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy, vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov podľa osobitných predpisov za certifikačný orgán a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
ll)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 15 kalendárnych dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty; 
mm)	uschovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.3	Platobná jednotka
Základnou úlohou platobnej jednotky je zabezpečiť prevod prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy“). 
Funkciu platobnej jednotky vykonáva Pôdohospodárska platobná agentúra. 
Platobná jednotka vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu procedúr platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice Pôdohospodárskej platobnej agentúry;
b)	predloženie vnútorného manuálu procedúr platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu CO_manual@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál procedúr je rozsiahlejší, je potrebné ho rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
d)	rozpočtovanie prostriedkov EFF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v štátnom rozpočte pre príslušný rok;
e)	predbežnú finančnú kontrolu formuláru žiadosti o platbu vrátane záznamu z administratívnej kontroly, ktorá zahŕňa kontrolu formálnej správnosti týchto dokumentov, overenie súladu žiadosti o platbu so schváleným rozpočtom platobnej jednotky;
f)	zostavenie súhrnnej žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov v ITMS a zaslanie oznámenia o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu platby@mfsr.sk a prostredníctvom ITMS, v stanovených termínoch. Platobná jednotka osobitne vloží v položke „Prílohy“ do ITMS elektronickú verziu vygenerovaného formuláru súhrnnej žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov z ITMS (xls.súbor) a osobitne elektronické verzie všetkých príloh, ktoré uviedla v zozname príloh v oznámení o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu. Podpísanú verziu čiastkového výkazu výdavkov ako aj súhrnnej žiadosti o platbu a prípadných ďalších dokumentov uchováva platobná jednotka. V prípade nefunkčnosti ITMS môžu byť súhrnná žiadosť o platbu a čiastkový výkaz výdavkov vypracované manuálne a ich naskenované verzie predložené elektronicky certifikačnému orgánu v stanovených termínoch. Po sfunkčnení ITMS platobná jednotka zostaví súhrnnú žiadosť o platbu v ITMS a osobitne vloží do ITMS naskenovanú verziu podpísaného čiastkového výkazu výdavkov ako prílohu súhrnnej žiadosti o platbu;
g)	prevod prostriedkov EÚ v súlade s čl. 20 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
h)	informovanie prijímateľa o prevode prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, pričom forma a spôsob informovania prijímateľa je na rozhodnutí platobnej jednotky;
i)	usmerňovanie prijímateľov v oblasti odvodu výnosov z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnutých systémom zálohovej platby tak, aby prijímateľ v zmysle § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy odviedol k 31. januáru nasledujúceho roka do príjmov štátneho rozpočtu skutočný výnos, ktorý vznikol z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, t. j. po odpočítaní alikvotnej časti poplatkov za vedenie účtov, prípadne celého poplatku, ak ich vedie na osobitnom účte;
j)	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy za platobnú jednotku;
k)	vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov podľa osobitných predpisov za platobnú jednotku a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
l)	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov, resp. čiastkového výkazu nezrovnalostí a vratiek a jej predkladanie elektronicky k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci riadiacemu orgánu;
m)	písomné predkladanie stanovísk riadiaceho orgánu a platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z overovania certifikačnému orgánu v lehote stanovenej certifikačným orgánom;
n)	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi a riadiacemu orgánu v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.9.1;
o)	predkladanie správ o výsledku z externého auditu (audit Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov a iný audit), protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov týkajúcich sa platobnej jednotky elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk do 7 kalendárnych dní od ich doručenia;
p)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu a následnej finančnej kontroly vykonanej na platobnej jednotke v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu mailovú adresu spravy@mfsr.sk do 7 kalendárnych dní od ich ukončenia podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
q)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy platobnej jednotky a odpočty ich plnenia elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a aj orgánu auditu mailovú adresu spravy@mfsr.sk v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to v termíne do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
r)	v relevantných prípadoch vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu;
s)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS a ISUF;
t)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.4	Monitorovací výbor
Riadiaci orgán zriaďuje Monitorovací výbor pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 najneskôr tri mesiace od dátumu oznámenia rozhodnutia Európskej komisie o schválení operačného programu. 
Monitorovací výbor pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 je vo vzťahu k finančnému riadeniu EFF zodpovedný za nasledovné úlohy:
a)	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečnej správy o vykonávaní operačného programu, ktoré sú predložené Európskej komisii;
b)	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na revíziu operačného programu vrátane presunov finančných prostriedkov medzi prioritnými osami.
3.5	Orgán auditu
V súlade s čl. 58 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 je členský štát povinný pre operačný program zriadiť orgán auditu. Tento orgán, ako aj spolupracujúce orgány a prizvané osoby musia byť funkčne nezávislé od riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky. Orgán auditu musí rovnako zabezpečiť, aby sa v rámci výkonu vládnych auditov zohľadňovali medzinárodne uznávané audítorské štandardy. Orgán auditu koordinuje centrálne plánovanie, výkon a monitorovanie výsledkov z vládnych auditov. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu v zmysle uznesenia vlády SR č. 225/2007 zo 7. marca 2007 a § 3 písm. e) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov Ministerstvo financií SR.
Orgán auditu zodpovedá najmä za:
a)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával s cieľom overiť účinnosť fungovania systémov riadenia a kontroly operačného programu;
b)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával na vhodnej vzorke operácií, aby sa preverili výdavky deklarované Európskej komisii;
c)	do 31. decembra každého roku od roku 2008 do 2015 za:
-	predloženie výročnej kontrolnej správy Európskej komisii za operačný program, ktorá obsahuje zistené skutočnosti z vládnych auditov vykonaných počas predchádzajúceho 12–mesačného obdobia, ktoré sa končí 30. júna dotknutého roku a uvádza nedostatky zistené v systémoch riadenia a kontroly programu. Prvá správa, ktorá sa predloží do 31. decembra 2008, sa vzťahuje na obdobie od 1. januára 2007 do 30. júna 2008. Informácie týkajúce sa overovaní vykonaných po 1. júli 2015 sa zahrnú do záverečnej správy, ktorá je podkladom pre vyhlásenie o ukončení uvedené v písmene f) čl. 61 nariadenia rady (ES) č. 1198/2006;
-	na základe vládnych auditov, ktoré sa vykonali pod jeho vedením, vydanie stanoviska o tom, či systém riadenia a kontroly operačného programu funguje dostatočne účinne na to, aby poskytol primeranú záruku, že výkazy výdavkov, ktoré sa predkladajú Európskej komisii, sú správne, a na základe toho primeranú záruku, že príslušné transakcie sú zákonné a správne;
-	predloženie v prípadoch stanovených v čl. 85 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 vyhlásenia o čiastočnom ukončení operačného programu, ktorým sa posudzuje zákonnosť a správnosť príslušných výdavkov;
d)	predloženie Európskej komisii najneskôr do 31. marca 2017 vyhlásenia o ukončení operačného programu, ktoré posudzuje platnosť žiadosti o záverečnú platbu a zákonnosť a správnosť príslušných transakcií zahrnutých do záverečného výkazu výdavkov, ktorý je doložený záverečnou kontrolnou správou;
e)	spoluprácu s certifikačným orgánom a orgánom zabezpečujúcim ochranu finančných záujmov v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov EÚ;
f)	vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti na základe vykonaného vládneho auditu a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti v písomnej forme riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu najneskôr do 15. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
g)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnymi auditmi a zistenými nezrovnalosťami v ITMS a CEDIS;
h)	vypracovanie správy o výsledku posudzovania riadiacich a kontrolných systémov a stanovísk k ich súladu s čl. 57 – 61 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 pre operačný program v zmysle čl. 71 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a ich predkladanie certifikačnému orgánu;
i)	predkladanie správy z vládneho auditu prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny elektronicky riadiacemu orgánu, sekcii auditu a kontroly Ministerstva financií SR, spolupracujúcemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotke najneskôr do 15. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
j)	predkladanie ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 59, ods. 5, písm. b) nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie, a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 v platnom znení;
k)	zabezpečenie včasného uloženia v CEDIS v súlade s lehotou uvedenou v aktuálnom znení Metodického usmernenia sekcie auditu a kontroly Ministerstva financií SR č. 7/2012 k vypracovaniu spisu z vládneho auditu:
-	písomnej informácie prijatej od auditovanej osoby (prijímateľa) o zohľadnení odporúčaní uvedených v  správe/ čiastkovej správe z vládneho auditu prijatím opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, ,
-	písomnej informácie o opatreniach prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, ku ktorým nie sú v správe/čiastkovej správe z vládneho auditu uvedené odporúčania,
-	písomných správ prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) o splnení opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a odstránení príčin ich vzniku a o zohľadnení odporúčaní.
Orgán auditu a spolupracujúci orgán má právo vyžiadať od subjektov zapojených do finančného riadenia, aby v ním určenej primeranej lehote zabezpečili priame pripojenie a prístup orgánu auditu do informačných systémov nimi prevádzkovaných v celom rozsahu uplatňovania pôsobnosti orgánu auditu.
Subjekty zapojené do procesu implementácie, overovania a spolupracujúce orgány sú povinné poskytnúť orgánu auditu potrebnú súčinnosť, poskytovať informácie, predkladať doklady, dávať vysvetlenia súvisiace s plnením úloh orgánu auditu v ním určenej lehote a rozsahu. Zároveň sú povinné spolupracovať s orgánom auditu, najmä vykonať na vyžiadanie orgánu auditu vládny audit a predkladať výsledné materiály z vykonaného vládneho auditu.
Orgán auditu a spolupracujúce orgány v prerokovaných správach z vládnych auditov vrátane schválených správ o zistených nezrovnalostiach pre projekty EFF zdokumentujú zistené nezrovnalosti a zároveň zaevidujú príslušné údaje o zisteniach a nezrovnalostiach do ITMS a CEDIS.
3.6	Orgány vydávajúce rozhodnutia v správnom konaní
3.6.1	Správy finančnej kontroly
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k vydaným rozhodnutiam v správnom konaní podľa zákona č. 71/1967 Zb. o správnom konaní v znení neskorších predpisov plnia najmä nasledovné úlohy:
a)	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti I. stupňového rozhodnutia/ odo dňa doručenia II. stupňového rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a orgánu auditu;
b)	aktualizovanie údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami prijímateľov v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
c)	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa splatnosti pohľadávky certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu;
d)	predkladanie výkazu o stave vyrovnania pohľadávok z titulu uložených odvodov rozhodnutiami uloženými v správnom konaní certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu a orgánu auditu, a to do 20. kalendárneho dňa v mesiaci.
3.6.2	Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR 
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR, ktoré nepatrí pod orgán auditu, ale je v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho služobného úradu, je odvolacím a preskumavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správ finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe vykonaných vládnych auditov zameraných na hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými kontrolnými orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia príslušnej správe finančnej kontroly aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti a spolu s kópiou právoplatného II. stupňového rozhodnutia ju predloží certifikačnému orgánu a v kópii riadiacemu orgánu. 
3.7	Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov 
Funkciu koordinačného útvaru boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov, ktorým je v zmysle zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov odbor Centrálny kontaktný útvar OLAF (OCKÚ OLAF), ktorý je organizačným útvarom sekcie kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR.
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
a)	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov Európskej únie v Slovenskej republike v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev v Slovenskej republike;
b)	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí OLAF EK prostredníctvom informačného systému AFIS;
c)	poskytnutie písomnej informácie o nezrovnalostiach štvrťročne, ktoré boli predmetom pravidelného hlásenia OLAF-u certifikačnému orgánu a relevantným inštitúciám vrátane orgánu auditu;
d)	v prípade zistenia nezrovnalosti na základe kontroly vykonanej podľa zákona č. 10/1996 Z. z. o kontrole v štátnej správe v znení neskorších predpisov, OCKÚ OLAF informuje riadiaci orgán o zistenej nezrovnalosti a riadiaci orgán zaeviduje údaje o nezrovnalosti do ITMS a predloží správu o zistenej nezrovnalosti do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti certifikačnému orgánu.
4	Financovanie z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
4.1	Pomoc z Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo
Možnosť získať prostriedky EÚ z EFF sa uplatňuje v regióne NUTS I v zmysle vyhlášky Štatistického úradu SR č. 438 z 19. júla 2004, tzn. na celom území Slovenskej republiky. Iný postup sa uplatňuje pre opatrenia na trvalo udržateľný rozvoj a zlepšovanie kvality života v oprávnených rybolovných oblastiach. Oprávnené oblasti, ktoré sú spravidla menšie ako úroveň NUTS III, sa definujú na základe kritérií ustanovených v čl. 43 ods. 3 a 4 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. 
Finančné rozdelenie prostriedkov EÚ z EFF pre členské štáty vychádza z kritérií stanovených v čl. 13 a 14 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, a to predovšetkým veľkosť odvetvia rybného hospodárstva, rozsah potrebnej úpravy rybolovného úsilia a úroveň zamestnanosti v odvetví rybného hospodárstva. Európska komisia zároveň vyčlení podiel prispievajúci k cieľu Konvergencia. 
Projekty EFF na národnej úrovni sú realizované v rámci operačného programu na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou.
Obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty pre prijímateľov je ohraničené odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu Európskej komisii, od 1. januára 2007 najneskôr do 31. decembra 2015. Akékoľvek výdavky realizované prijímateľmi pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. Projekty financované z EFF nesmú byť ukončené pred začatím obdobia oprávnenosti.
Projekty financované v rámci operačného programu nemôžu byť spolufinancované z iného finančného nástroja EÚ.
4.2	Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci pre operačný program prijíma Európska komisia. Rozhodnutie o schválení operačného programu, ktoré Európska komisia prijíma najneskôr do 4 mesiacov od predloženia akceptovateľného operačného programu členským štátom, nie však pred 1. januárom 2007, obsahuje finančný plán s finančnými záväzkami na jednotlivé roky 2007 – 2013 v členení na prioritné osi.
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritnými osami operačného programu má dosah na finančný plán a vyžaduje si nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení monitorovacím výborom pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013. Nové rozhodnutie prijme Európska komisia po dohode s členským štátom najneskôr do dvoch mesiacov od formálneho predloženia žiadosti členského štátu. 
Akékoľvek presuny v rámci operačného programu, ktoré by mali dosah na výšku finančných záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun prostriedkov z roku 2007 do roku 2008) nie sú možné. 
Výška celkových finančných záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná, preto akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné. 
Akékoľvek presuny medzi opatreniami v rámci prioritnej osi a medzi prioritnými osami sú možné, za predpokladu, že sa nezmení celková výška národných verejných zdrojov pre danú prioritnú os, prípadne operačný program. Na prípadnú zmenu (zvýšenie) celkovej výšky národných verejných zdrojov pre operačný program z dôvodu technickej úpravy finančného plánu je potrebný súhlas Ministerstva financií SR. 
Riadiaci orgán je povinný predkladať všetky návrhy na presuny finančných prostriedkov vrátane presunov medzi opatreniami v rámci prioritnej osi ešte pred ich schválením certifikačnému orgánu na posúdenie.
4.3	Záväzky a platby z EÚ 
4.3.1	Záväzky 
4.3.1.1	Záväzky vo vzťahu k operačnému programu 
Príspevok EÚ poskytovaný v rámci EFF sa stanovuje ako viacročný finančný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre členský štát.
Finančné záväzky týkajúce sa pomoci sú prijímané každoročne oddelene pre cieľ Konvergencia a pre oblasť mimo cieľa Konvergencia. Prvý finančný záväzok sa prijme pred tým, ako Európska komisia prijme rozhodnutie o schválení operačného programu. Následné finančné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Čerpanie finančných prostriedkov finančných záväzkov operačného programu na roky 2007 – 2013 je možné podľa pravidla "n+2" do dvoch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť finančného záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na ktorý neprijala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.3.2) do 31. decembra druhého roku, ktorý nasleduje po roku prijatia finančného záväzku. 
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti finančného záväzku pre rok "n" na daný operačný program:
•	je potrebné, aby certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku "n+2";
•	výkaz výdavkov predkladaný Európskej komisii musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným prijímateľmi, tzn. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.7 tohto materiálu vrátane certifikačného orgánu. 
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu finančného záväzku je finančný záväzok roku 2007, ktorý je znížený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou a finančný  záväzok pre rok 2013 (zvýšený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou), na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 31. marca 2017 formou žiadosti o záverečnú platbu.
Automatické zrušenie finančného záväzku sa nevzťahuje na:
•	časť finančného záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku "n+2". Takéto prípady najčastejšie zahrnujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi prijímateľom a dodávateľom/zhotoviteľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a prijímateľom ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku "n+2". Certifikačný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia "n+2" povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola prijímateľom v období "n+2" vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu; 
•	časť finančného záväzku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že certifikačný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej Európskej komisii do 31. decembra roku "n+2" a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF EK; 
•	tú časť finančného záväzku, pre ktorý predložil certifikačný orgán žiadosť o platbu, ale ktorej úhradu Európska komisia prerušila alebo pozastavila do 31. decembra roku "n+2" v súlade s čl. 88 a 89 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. Ak sa vyriešil problém, ktorý viedol k prerušeniu alebo pozastaveniu, pravidlo automatického zrušenia sa uplatní na tú časť finančného záväzku, ktorá sa považuje za použitú nenáležite; 
•	tú časť finančného záväzku, na ktorú bola predložená žiadosť o platbu, ale ktorej úhrada bola obmedzená, najmä z nedostatku rozpočtových zdrojov;
•	tú časť finančného záväzku, pre ktorú nebolo možné predložiť prijateľnú žiadosť o platbu z dôvodov vyššej moci, ktorá závažným spôsobom ovplyvňuje plnenie operačného programu. Národné orgány, ktoré vyhlásili pôsobenie vyššej moci, musia dokázať jej priame následky na plnenie celého operačného programu alebo jeho časti.
Určitú výnimku vo vzťahu k automatickému zrušeniu finančného záväzku tvoria schémy štátnej pomoci. 
Čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie finančného záväzku v čase prijatia rozhodnutia Európskej komisie k schéme štátnej pomoci, bude znížená o ročné sumy zodpovedajúce danej schéme štátnej pomoci. 
Lehota na automatické zrušenie finančného záväzku pre schémy štátnej pomoci sa začína až odo dňa rozhodnutia Európskej komisie k schéme štátnej pomoci v súlade s príslušnými nariadeniami o skupinovej výnimke.
V prípade existencie rizika uplatnenia automatického zrušenia finančného záväzku podľa čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 Európska komisia informuje členský štát a dotknuté orgány o výške sumy automatického zrušenia finančného záväzku. Odo dňa prijatia tejto informácie má členský štát dvojmesačnú lehotu na odsúhlasenie stanovenej sumy, resp. na predloženie pripomienok. O čiastku automatického zrušenia finančného záväzku je znížený príspevok (finančný záväzok) EÚ na príslušný rok. Členský štát v termíne do dvoch mesiacov od zrušenia zostaví revidovaný finančný plán, v ktorom odzrkadlí zníženú sumu na relevantné prioritné osi operačného programu. Ak tak neurobí, Európska komisia pomerne zníži sumy pridelené pre každú prioritnú os operačného programu.
4.3.1.2	Záväzky vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 nestanovujú konečný termín na uzavretie finančných záväzkov s prijímateľmi, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2014 a 2015, s dodržaním podmienok stanovených v schémach štátnej pomoci a schémach pomoci "de minimis" v ich platnom znení. Prijímateľ je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2015, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené. 
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 rovnako nestanovujú pravidlo "n+2" na jednotlivé projekty, tzn. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva roky. 
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného finančného záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy finančných záväzkov na operačný program. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných finančných záväzkov EÚ na operačný program platí, že tieto finančné záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného finančného záväzku (napr. v roku 2008 je možné čerpať z finančných záväzkov z rokov 2007 a 2008, nie však z roku 2009).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých finančných záväzkov pre operačný program, za predpokladu rešpektovania pravidla "n+2", tzn. že finančné prostriedky zo záväzku roku "n" je možné dočerpať do roku "n+2". V praxi to znamená, že na: 
•	projekt schválený v roku 2007 možno čerpať z finančného záväzku roku 2007, aj z finančného záväzku rokov 2008 – 2013,
•	projekt schválený v roku 2008 možno čerpať z finančného záväzku roku 2007 (v prípade, ak nie je dočerpaný), aj z finančného záväzku rokov 2008 – 2013,
•	projekt schválený v roku 2009 možno čerpať z finančného záväzku rokov 2007, 2008 (v prípade, ak nie je záväzok za príslušný rok dočerpaný), aj z finančného záväzku rokov 2009 – 2013,
•	projekt schválený v roku 2010 možno čerpať z finančného záväzku rokov 2008 a 2009 (v prípade, ak nie je záväzok za príslušný rok dočerpaný), aj z finančného záväzku rokov 2010 – 2013.
4.3.2	Platby z Európskej komisie 
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom mimorozpočtovom účte Ministerstva financií SR pridelí certifikačný orgán na ten istý účel pomoci v zmysle čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. V zmysle tohto článku sú získané úroky považované za zdroje Slovenskej republiky ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje certifikačný orgán Európskej komisii v rámci žiadosti o záverečnú platbu. 
Platby z Európskej komisie realizované pre operačný program majú formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov v rámci operačného programu. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému finančnému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku. 
Priebežné platby a záverečnú platbu realizuje Európska komisia podľa pomeru stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre operačný program na úrovni prioritných osí a jednotlivých cieľov k celkovým verejným výdavkom uvedeným v predloženom výkaze výdavkov v zmysle čl. 53 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006. 
Akákoľvek komunikácia medzi certifikačným orgánom a Európskou komisiou, týkajúca sa platieb sa uskutočňuje elektronickými prostriedkami. V prípade vyššej moci, a najmä ak nastane porucha spoločného počítačového systému, alebo ak nie je trvalé spojenie, certifikačný orgán môže zaslať výkaz výdavkov a žiadosť o platbu v písomnej forme.
4.3.2.1	Zálohová platba z Európskej komisie 
Pri prijatí rozhodnutia o poskytnutí pomoci na operačný program prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému finančnému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami zo strany prijímateľov až do podania žiadosti o záverečnú platbu Európskej komisii, dokedy musí byť najneskôr v celej sume zúčtovaná. 
V čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 sa uvádza, že zálohová platba poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov EÚ vyčlenených na operačný program. Zálohová platba na operačný program môže byť rozdelená na dva rozpočtové roky. Táto zálohová platba predstavuje počiatočný finančný kapitál pokrývajúci výdavky na rozbehnutie operačných programov.
V nadväznosti na čl. 20 ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 744/2008, ktorým sa ustanovuje dočasné osobitné opatrenie na podporu reštrukturalizácie rybárskych flotíl Európskeho spoločenstva postihnutých hospodárskou krízou Slovenská republika požiadala o druhú sumu zálohovej platby vo výške 7 % príspevku z EFF na operačný program na programové obdobie rokov 2007 – 2013.
Ak certifikačný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o platbu (priebežnú) do 24 mesiacov od vyplatenia druhej časti zálohovej platby, musí certifikačný orgán vrátiť Európskej komisii celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci. 
4.3.2.2	Priebežné platby z Európskej komisie
Certifikačný orgán na základe predložených a schválených súhrnných žiadostí o platbu od platobnej jednotky predkladá Európskej komisii spravidla 3-krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia prostriedkov EÚ na osobitnom mimorozpočtovom účte Ministerstva financií SR. 
Prvú priebežnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu splnenia podmienok stanovených čl. 71 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, tzn. že výrok orgánu auditu v rámci správy k opisu riadiacich a kontrolných systémov neobsahuje výhrady a Európska komisia k uvedeným dokumentom nemala pripomienky. V prípade, ak výrok orgánu auditu obsahuje výhrady, Európska komisia prevedie prvú priebežnú platbu až potom, ako boli výhrady stiahnuté a potvrdené Európskej komisii. 
Každú priebežnú platbu ako aj záverečnú platbu prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľov, ktoré boli alebo majú byť preplatené z nenávratného finančného príspevku. Tieto výdavky musia byť podložené faktúrami alebo účtovnými dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. Čo sa týka projektov realizovaných v rámci schém štátnej pomoci alebo schém "de minimis", deklarované výdavky zodpovedajúce nenávratnému finančnému príspevku musia byť v čase predloženia žiadosti o platbu (priebežná alebo záverečná) Európskej komisii aj preplatené prijímateľom. 
Z vyššie uvedeného vyplýva, že každá žiadosť o platbu (priebežná alebo záverečná) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
•	schváleným žiadostiam o platbu riadiacim orgánom a platobnou jednotkou;
•	schváleným súhrnným žiadostiam o platbu certifikačným orgánom.
Preto najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom.
Európska komisia prevedie priebežnú platbu za splnenia nasledovných podmienok:
a)	certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu a certifikovaný výkaz výdavkov;
b)	riadiaci orgán zaslal Európskej komisii najnovšiu výročnú správu o vykonávaní programu schválenú monitorovacím výborom;
c)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 258 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorej alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitný mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikovaného výkazu výdavkov.
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkového záväzku EÚ na operačný program. Keď sa dosiahne tento limit, certifikačný orgán naďalej zasiela Európskej komisii všetky certifikované výkazy výdavkov k 31. decembru roku "n", ako aj súm vrátených počas roka za EFF, najneskôr do konca februára roku "n+1".
4.3.2.3	Záverečná platba z Európskej komisie
Záverečnú platbu, t. j. minimálne 5 % z alokácie na operačný program, pričom záverečná žiadosť o platbu Európskej komisii môže byť zaslaná certifikačným orgánom v nižšej sume, prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
a)	Európskej komisii boli do 31. marca 2017 predložené nasledovné dokumenty:
-	žiadosť o záverečnú platbu a certifikovaný výkaz výdavkov;
-	záverečná správa o vykonávaní operačného programu;
-	vyhlásenie o ukončení pomoci orgánom auditu. 
b)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 258 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
V prípade nezaslania ktoréhokoľvek z vyššie uvedených dokumentov v riadnom termíne, Európska komisia zruší časť finančného záväzku zodpovedajúcu výške záverečnej platby.
Európska komisia v závislosti od dostupnosti finančných prostriedkov prevedie záverečnú platbu do 45 kalendárnych dní odo dňa akceptovania záverečnej správy o vykonávaní a vyhlásenia o ukončení pomoci. V prípade, ak uvedené dokumenty boli predložené v rôznych termínoch, lehota 45 kalendárnych dní platí pre ten z nich, ktorý bol predložený neskôr. Uvedené dokumenty sú považované za akceptované, pokiaľ Európska komisia nepredložila svoje pripomienky do 5 mesiacov odo dňa ich predloženia.
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby certifikačný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná. Zostatok finančného záväzku operačného programu sa ruší 12 mesiacov po vykonaní záverečnej platby.
4.4	Platby na národnej úrovni
4.4.1	Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu 
Prostriedky EÚ sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na príjmový účet platobnej jednotky. 
Na použitie účelovo určených prostriedkov EÚ poskytnutých Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom rozpočte v kapitole MPRV SR rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v zmysle § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V súlade s § 8 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Vláda môže zmeniť účel použitia výdavkov, ktoré možno použiť v nasledujúcich rozpočtových rokoch. Pri zmene účelu použitia na bežné výdavky je tieto možné použiť len do konca rozpočtového roka, v ktorom bol zmenený účel použitia výdavkov. Správca kapitoly je povinný oznámiť Ministerstvu financií SR výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka. Termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré sa použijú v nasledujúcom rozpočtovom roku je 20. november a do 15. decembra doručuje potvrdenia oznámenia z 20. novembra. Po doručení tohto oznámenia Ministerstvu financií SR viaže tieto prostriedky a o sumu viazaných prostriedkov môže povoliť prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.
4.4.1.1	Programové rozpočtovanie
Prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne Ministerstva financií SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam operačného programu je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7–miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na spoločné programy Slovenskej republiky a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s ITMS a ISUF. Číselník kódov pre prostriedky EÚ a pre prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je vydaný samostatným usmernením Ministerstva financií SR.
Presuny finančných prostriedkov v štruktúre programov možno vykonať v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z o rozpočtových pravidlách verejnej správy a platným metodickým pokynom Ministerstva financií SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov v schválených programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, resp. častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.
Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Certifikačný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Platobná jednotka postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
4.4.2	Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.7). 
Prostriedky EÚ z osobitného mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR sú prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici. 
4.4.3	Platby vo vzťahu platobná jednotka – prijímateľ
Prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. V rámci Operačného programu Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 medzi prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy patria len:
•	štátne rozpočtové organizácie; 
Medzi prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
•	iné právnické osoby;
•	fyzické osoby;
•	združenia právnických osôb v prípade, ak minimálne jeden člen združenia je zo súkromného sektora.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú prijímateľom poskytované systémom zálohových platieb a/alebo refundácie.
Pre prijímateľov zo súkromného sektora sa uplatňuje systém refundácie (časť 4.7.2). 
Pre projekty prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa využíva systém zálohových platieb (časť 4.7.1) alebo systém refundácie (časť 4.7.2) v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje prijímateľ v dvoch rovnopisoch, pričom jeden rovnopis zostáva u prijímateľa a druhý predkladá riadiacemu orgánu. Formulár žiadosti o platbu spolu s pokynmi na jej vyplnenie je uvedený v prílohe 3a a 3b.
Riadiaci orgán môže rozhodnúť o predkladaní viacerých rovnopisov žiadosti o platbu. Súčasťou žiadosti o platbu je faktúra alebo iný účtovný doklad rovnocennej dôkaznej hodnoty (originál alebo kópia označená pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) a iná podporná dokumentácia, ktorej rozsah stanovuje riadiaci orgán. Účtovné doklady nie sú predkladané v prípade poskytnutia zálohovej platby. 
Riadiaci orgán je oprávnený zvýšiť alebo znížiť výšku žiadosti o platbu z technických dôvodov na strane riadiaceho orgánu maximálne do výšky 1 EUR v rámci jednej žiadosti o platbu, pričom celková suma poskytnutého nenávratného finančného príspevku môže byť prekročená maximálne o 1 EUR.
Prevod prostriedkov systémom refundácie podlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu. Prevod prostriedkov systémom zálohových platieb nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu.
Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v EUR len do výšky súčtu pomeru zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z oprávnených výdavkov projektu. V prípade, ak má prijímateľ povinnosť použiť vlastné zdroje, každá platba musí byť doplnená zdrojmi prijímateľa v pomere schválenom na projekt. 
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a zvýšením limitov výdavkov prijímateľa. 
Pre prijímateľov – subjekty súkromného sektora (nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
4.4.4	Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
Prijímateľ uhrádza účtovné doklady súvisiace s realizáciou projektu dodávateľovi/zhotoviteľovi v zmysle časti 4.7. V prípade, ak dodávateľ/zhotoviteľ postúpil pohľadávky voči prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 – 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), prijímateľ uhrádza účtovné doklady postupníkovi, a to v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
Účtovné doklady súvisiace s realizáciou projektu môže dodávateľom projektu uhrádzať leasingová spoločnosť, resp. iná finančná inštitúcia, ktorá poskytla prijímateľovi úver na financovanie projektu. 
4.4.5	Vysporiadanie finančných vzťahov 
Vysporiadanie finančných vzťahov sa vo všeobecnosti vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, alebo vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti.
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré platobná jednotka poskytla prijímateľovi na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok, ak prijímateľ a poskytovateľ je tá istá osoba, sa uskutočňuje v nasledovných prípadoch: 
•	prijímateľ nevyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	prijímateľovi boli poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z titulu mylnej platby;
•	prijímateľ porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok (najmä porušenie finančnej disciplíny alebo vznik nezrovnalosti) a porušenie týchto povinností, resp. nesplnenie týchto povinností je spojené s povinnosťou vrátenia finančných prostriedkov;
•	a iných (napr. ak vznikol výnos).
V súlade s § 24 ods. 1 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES je prijímateľ povinný vrátiť nenávratný finančný príspevok alebo jeho časť za podmienok a spôsobom uvedenými v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Ak suma nenávratného finančného príspevku alebo jeho časti, ktorá sa má vrátiť, nepresiahne 40 EUR a súčasne nedošlo k porušeniu finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 písm. a) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, tento nenávratný finančný príspevok alebo jeho časť riadiaci orgán nevymáha.
Riadiaci orgán sa môže rozhodnúť podľa charakteru projektu alebo typu prijímateľa, či priebežne kumuluje nezúčtovaný nenávratný finančný príspevok vrátane súm do 40 EUR a súčasne ho aj priebežne vymáha v momente prekročenia sumy 40 EUR alebo uplatní a vymáha úhrnnú sumu takto nezúčtovaného nenávratného finančného príspevku po prekročení sumy 40 EUR pri poslednom zúčtovaní zálohovej platby.
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov riadiaci orgán zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, v kópii certifikačnému orgánu a platobnej jednotke (okrem prípadov, keď sa nezrovnalosť identifikuje v rámci výkonu vládneho auditu). Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom k jeho vyplneniu je uvedený v prílohe 14a – 14b. 
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje prijímateľ riadiacemu orgánu, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ zasiela oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov spolu s pokynom k jeho vyplneniu je uvedený v prílohe 15a – 15b. Prílohou oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je výpis z bankového účtu. 
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil prijímateľ – štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formuláru oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je vytlačený aktivovaný ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán postúpi do 10 kalendárnych dní kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, certifikačný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
Ak oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov nie je doručené prijímateľom v stanovenej lehote, oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov vystaví riadiaci orgán. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov certifikačný orgán vždy k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci a platobná jednotka k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci prekladajú riadiacemu orgánu knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu nezrovnalostí a vratiek je riadiaci orgán povinný dožiadať od prijímateľa chýbajúce oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov v ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov riadiaci orgán zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 10 kalendárnych dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený certifikačným orgánom a platobnou jednotkou. 
Odvod výnosu 
V prípade vzniku povinnosti odvodu výnosu je prijímateľ povinný odviesť výnos15 do 31. januára roku nasledujúceho po roku, v ktorom vznikol výnos. V prípade odvodu výnosu riadiaci orgán neeviduje údaje na základe žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov do ITMS, ale platobná jednotka účtuje predmetné skutočnosti na základe dokladov v ISUF.
Prijímateľ je povinný bezodkladne (od kedy sa o tejto skutočnosti dozvedel) požiadať riadiaci orgán o informáciu k podrobnostiam odvodu výnosu (napr. číslo účtu, variabilný symbol). Riadiaci orgán zašle túto informáciu prijímateľovi bezodkladne v písomnej forme. V prípade, ak prijímateľ výnos riadne a včas nevráti, resp. neodvedie, riadiaci orgán postupuje prostredníctvom žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov. 
Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia EFF a typy účtov, na ktoré prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia, je uvedená v prílohe 16a – 16b.
Vysporiadanie finančných vzťahov vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je možné uplatniť v súlade s § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov v rámci systému refundácie, ak je to relevantné. 
Vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku / a záväzkov sa považuje za spôsob plnenia záväzku a nejde o peňažný tok. Dokladom, na základe ktorého možno vyhotoviť účtovný doklad je dohoda o započítaní, resp. jednostranný započítací prejav. Je v kompetencii riadiaceho orgánu overiť, či boli aktivity na základe uvedených faktúr zrealizované v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, či boli dodržané ustanovenia Obchodného zákonníka, Občianskeho zákonníka a zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Týmto sa nevylučuje vzájomné započítanie pohľadávok medzi prijímateľom a dodávateľom.
Vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti nie je možné vykonať, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia. 
4.5	Odhad očakávaných výdavkov 
Odhad očakávaných výdavkov z EFF sa predkladá s cieľom:
-	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky "n" a "n+1" Európskej komisii v súlade nariadením Rady (ES) č. 1198/2006;
-	prípravy a aktualizácie odhadov plnenia štátneho rozpočtu pre roky "n", "n+1", "n+2" a "n+3".
Odhad očakávaných výdavkov zasiela Európskej komisii certifikačný orgán každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok "n" a pre rok nasledujúci "n+1", pričom odhad na rok "n+1" sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
-	finančného plánu operačného programu;
-	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok "n";
-	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení času potrebného na kolobeh žiadosti o platbu do momentu jej úhrady;
-	predpokladaného objemu finančných prostriedkov v projektoch, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
-	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
-	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
-	skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitoruje riadiaci orgán zodpovedný za schvaľovanie projektov a implementáciu operačného programu. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá riadiaci orgán.
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
-	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni prioritných osí uvedených v operačnom programe (napr. odhad pre rok 2008 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2008 + zostatok nevyčerpaného záväzku pre rok 2007);
-	je potrebné dodržiavať výšku podielu medzi zdrojmi EFF a národnými verejnými zdrojmi v rámci celkových oprávnených výdavkov v súlade so Stratégiou financovania EFF na programové obdobie 2007 – 2013;
-	odhad pre posledný rok "n+2" čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok "n" v rámci pravidla "n+2" by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok "n" a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov "n" a "n+1" s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
-	certifikačný orgán zahŕňa do odhadov očakávaných výdavkov na Európsku komisiu pre rok "n" žiadosti o platbu, ktoré predkladá do 31. októbra a od 1. novembra do 31. decembra roku "n" v súlade s metodikou Európskej komisie. Certifikačný orgán môže upraviť odhady riadiaceho orgánu pred predložením odhadov Európskej komisii;
-	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. Slovenská republika môže v príslušnom roku požiadať Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok a naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre Slovenskú republiku;

Odhad pre rok "n+1" je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok "n+1" s výhľadom na roky "n+2" a "n+3".
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí riadiaci orgán úzko spolupracovať s platobnou jednotkou, útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly, ako aj prijímateľmi. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán spracuje odhad očakávaných výdavkov na úrovni schválených projektov a predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 10a a 10b má odporúčací charakter a riadiaci orgán ju môže upraviť, prípadne si zvoliť iný účinný mechanizmus vypracovania odhadu očakávaných výdavkov. Prílohy 10a a 10b tvoria podklad pre spracovanie tabuľky 10c. Prílohu 10c riadiaci orgán predkladá certifikačnému orgánu. V prípade, ak pre operačný program je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie.
2.	Vyplnenú tabuľku 10c predloží riadiaci orgán platobnej jednotke. Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok "n" predložený riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na roky "n+1", „n+2“ a „n+3“ pri príprave  štátneho rozpočtu pre rok "n+1". Platobná jednotka pre potreby riadiaceho orgánu vyčísli odhad očakávaných výdavkov, presahujúci úroveň schváleného rozpočtu na rok "n".  Po schválení na svojej úrovni postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán.
3.	Riadiaci orgán predloží vyplnenú tabuľku iba elektronicky na e-mailovú adresu odhady@mfsr.sk v stanovenej forme (príloha 10c) certifikačnému orgánu najneskôr do 6. kalendárnych dní nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného mesiaca, ku ktorému sa odhad vypracováva. Riadiaci orgán v odhade predkladanom certifikačnému orgánu odôvodní odhad očakávaných výdavkov nad úroveň schváleného rozpočtu. Vyplnené prílohy 10a a 10b si ponecháva riadiaci orgán. Odhad očakávaných výdavkov, ktorý vypracováva riadiaci orgán v spolupráci s platobnou jednotkou podľa údajov k 30. júnu bežného roka predkladá certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 30. júna (ak tento deň pripadá na deň pracovného pokoja, tak najbližší pracovný deň pred týmto termínom).
4.	Certifikačný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov, predložený riadiacim orgánom, z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a prioritných osí v nadväznosti na aktuálny finančný plán operačného programu. Podkladom pre potreby vypracovania návrhu štátneho rozpočtu je odhad k 31. januáru, k 31. máju a k 30. júnu. Odhady sú vypracované na mesačnej báze s cieľom dôsledného monitorovania plnenia štátneho rozpočtu počas celého roka. Podkladom pre odhad očakávaných výdavkov predkladaný Európskej komisii je odhad k 31. marcu.
4.6	Systém účtov 
Pri finančnom riadení EFF sa používa nasledovný systém účtov:
4.6.1	Účty certifikačného orgánu 
•	osobitný mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ je vedený v Štátnej pokladnici a operácie na ňom sa vykonávajú na základe § 10 zákona 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre certifikačný orgán osobitný mimorozpočtový účet pre operačný program;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami tohto účtu majú poverení zamestnanci certifikačného orgánu;
•	tento účet slúži najmä na:
-	prijatie prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba) a na ich prevod na príslušný príjmový účet Pôdohospodárskej platobnej agentúry (na základe certifikačným orgánom schválenej súhrnnej žiadosti o platbu),
-	prevod prostriedkov EÚ na účet Európskej komisie v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu Európskej komisii;
•	účet je vedený v EUR;
•	účet pre prostriedky EÚ je úročený a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty operačného programu;
•	bankové poplatky a dane z úrokov sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu pre operačný program. 
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán otvára osobitný mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov EÚ vedený v EUR. Tento účet slúži na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od prijímateľov vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom Ministerstva financií SR a orgánov zúčastňujúcich sa na vykonávaní vládneho auditu. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov slúži na prevod vrátených, resp. vymožených finančných prostriedkov na príslušné účty operačného programu. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov EÚ nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán rovnako otvára vyrovnávací účet pre operačný program EFF vedený v EUR. Tento účet slúži najmä na úhradu vzniknutých bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
4.6.2	Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účet je vedený v EUR a slúži na úhradu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom;
•	rozpočtový príjmový účet vedený v Štátnej pokladnici, ktorý sa využíva na príjem:
-	prostriedkov EÚ z účtu certifikačného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu,
-	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky od prijímateľov,
-	výnosov z účtov prijímateľov,
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky pri porušení finančnej disciplíny a v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, len v prípade, ak ide o vysporiadanie finančných vzťahov mimo správneho konania;
•	oprávnenie disponovať s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie tohto účtu majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobnej jednotky nie sú úročené a úhrada nákladov (napr. bankové poplatky) je zabezpečovaná z prevádzkového rozpočtu Pôdohospodárskej platobnej agentúry;
•	všetky platby pre projekty financované z EFF musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt.
4.6.3	Účty prijímateľa – štátna rozpočtová organizácia
•	výdavkový účet, ktorý používa pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet môže byť používaný aj na poskytnutie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou zálohovej platby na základe rozpočtového opatrenia;
•	výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na prijatie zálohovej platby formou rozpočtového opatrenia a na refundáciu realizovaných výdavkov formou rozpočtového opatrenia pri uplatnení systému refundácie a následný prevod formou rozpočtového opatrenia na rozpočtový výdavkový účet, z ktorého boli prostriedky vynaložené. Tento účet môže byť prijímateľom použitý aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	v prípade, ak je výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie využívaný aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu z poskytnutej zálohovej platby, môžu byť špecifické výdavky realizované z rozpočtového výdavkového účtu prijímateľa. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu). V tomto prípade prijímateľ po pripísaní zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na výdavkový účet a následne, najneskôr do 7 kalendárnych dní realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z výdavkového účtu potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	v rámci kalendárneho mesiaca (v decembri najneskôr do 30. decembra daného rozpočtového roka) prevedie prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na výdavkový účet, z ktorého priebežne v danom kalendárnom mesiaci realizuje úhrady špecifických výdavkov;
•	účet/účty nie sú úročené a sú vedené v EUR.
V prípade, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia a projekt realizuje subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa, úhrada oprávnených výdavkov môže byť realizovaná aj z účtov tohto subjektu pri dodržaní podmienky existencie účtu prijímateľa určeného na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Zároveň subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa je povinný realizovať oprávnené výdavky prostredníctvom rozpočtu. Prijímateľ je povinný bezodkladne písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu účtov, z ktorých realizuje úhradu oprávnených výdavkov za podmienky dodržania pravidiel vzťahujúcich sa na špecifické výdavky a úroky.
4.6.4	Účty prijímateľa – súkromný sektor
•	prijímateľ je povinný prijímať prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určené na financovanie projektu na jeden účet vedený v komerčnej banke; 
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu;
•	v prípade, ak prijímateľ využíva systém refundácie, môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	prijímateľ môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	účet je vedený v EUR.
4.7	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.7.1	Systém zálohových platieb 
Vyplácanie prijímateľa – štátnej rozpočtovej organizácie pri projektoch financovaných z EFF sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.7.2) v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Riadiaci orgán môže stanoviť prísnejšie pravidlá pre poskytnutie zálohovej platby a zúčtovanie zálohovej platby ako tie, ktoré sú definované v Systéme finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, verzia 7.0. 
Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.4.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky maximálne 40 % relevantnej časti rozpočtu projektu na základe postupov riadiaceho orgánu zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál procedúr a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky maximálne 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu (v danom prípade sa pri výpočte zálohovej platby za prvý ročný rozpočet projektu považuje rozpočet projektu na rok, v ktorom prijímateľ požiadal o danú zálohovú platbu). 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po nadobudnutí účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby. 
Pri systéme zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa postupuje nasledovným spôsobom: 
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v EUR riadiacemu orgánu v zmysle podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, a to maximálne do výšky 40 % oprávnených výdavkov projektu z prvých 12 mesiacov realizácie projektu (relevantnej časti rozpočtu projektu) z prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
V prípade kombinácie systému zálohových platieb a systému refundácie sa výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
	A.	Prvý ročný rozpočet projektu je známy
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % oprávnených výdavkov projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % oprávnených výdavkov prvého roka projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	
=	
0,4*	

x		prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie	

+		
12	
-	počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku	

x	nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
								počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku				
B.	Prvý ročný rozpočet projektu nie je známy, je nulový, alebo veľmi nízky
Výška maximálnej zálohovej platby sa vypočíta nasledovne:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % oprávnených výdavkov projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje podiel celkovej sumy nenávratného finančného príspevku a počtu mesiacov realizácie projektu pripadajúci na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie (t. j. prvých 12 mesiacov realizácie projektu).
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	=	0,4*	x	celková suma NFP	x	12	
				celkový počet mesiacov realizácie			
2. 	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a).
3. 	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS. 
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán kontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
6.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
7. 	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom – záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a formulári žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne v stanovenej lehote schváli, alebo neschváli žiadosť o platbu.
8. 	Platobná jednotka najneskôr do 4 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zabezpečí žiadosť o prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa.
9.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia je povinný zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu minimálne do výšky 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) a zároveň je povinný zúčtovať 100 % z poskytnutej zálohovej platby (sumy každej poskytnutej tranže zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) uvedie nárokovanú sumu podľa rozpočtovej klasifikácie. Riadiacemu orgánu spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis alebo kópiu13 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovného dokladu prijímateľom, musí byť kópia označená pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Ak je prijímateľ zároveň aj riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu EFF, štatutárny orgán v takom prípade môže byť zastúpený určeným zamestnancom príslušného subjektu. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo kópiu13 označenú pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. 
10. 	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3 a 4.
11. 	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti  kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácie, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi Slovenskej republiky a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc a pomoc "de minimis", publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
12. 	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) schváli, neschváli, pozastaví23 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
13. 	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia žiadosti o platbu zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu. 
14.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom. 
15.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
16.	Prijímateľ je oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu najskôr súčasne s podaním žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Riadiaci orgán prostredníctvom platobnej jednotky zabezpečí úhradu finančných prostriedkov na základe žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až po schválení predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v rámci súhrnnej žiadosti o platbu. Riadiaci orgán v úzkej spolupráci s platobnou jednotkou zodpovedá za stanovenie postupu, ktorý má zabrániť neoprávnenému vyplateniu zálohovej platby prijímateľovi. V tomto prípade riadiaci orgán pozastaví schvaľovanie žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až do času schválenia žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu. Uvedené sa nevzťahuje na prípady definované v bode 17.
17.	V prípade, ak predchádzajúca zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, prijímateľ môže požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu certifikačným orgánom schválených prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a sumy rovnajúcej sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a predchádzajúcej poskytnutej zálohovej platby. Súčet týchto prostriedkov, a teda výška poskytnutej zálohovej platby je maximálne 40 % relevantnej časti rozpočtu projektu.
18. 	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodov 2 – 15. Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do dosiahnutia 100 % aktuálnej výšky oprávnených výdavkov projektu. Ak riadiacim orgánom dôjde k zníženiu (napr. identifikovanie neoprávnených výdavkov) predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) uvedené má dopad na reálne zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby a zmenu zostatku nezúčtovanej zálohovej platby. Aktuálny zostatok nezúčtovanej zálohovej platby je prijímateľ povinný zohľadniť pri zúčtovávaní poskytnutej zálohovej platby. Po poskytnutí poslednej zálohovej platby na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať24 celý zostatok nenávratného finančného príspevku. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a poslednú žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
Na konci rozpočtového roka môže riadiaci orgán po dohode s prijímateľom rozhodnúť o poskytnutí nižšej zálohovej platby, a to len do výšky potrebnej na realizáciu projektových aktivít do konca príslušného roka. V nasledujúcom rozpočtovom roku môže riadiaci orgán poskytnúť ďalšiu zálohovú platbu bez povinnosti schválenia akejkoľvek časti predchádzajúcej zálohovej platby certifikačným orgánom, ale maximálne do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu.
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je v ITMS automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v maximálnej výške 40 % z relevantnej časti rozpočtu.
Povinnosti pre zúčtovávanie 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) sa vzťahujú na sumu poslednej poskytnutej zálohovej platby, ku ktorej je pripísaný nezúčtovaný zostatok predchádzajúcej zálohovej platby. 
Povinnosti pre zúčtovanie 100 % z poskytnutej zálohovej platby sa vzťahujú osobitne na každú poskytnutú tranžu zálohovej platby. V danom prípade priraďovanie zúčtovaní zálohových platieb (žiadosť o platbu – zúčtovanie zálohovej platby) k poskytnutej zálohovej platbe (každá tranža evidovaná samostatne) je potrebné sledovať v časovej súslednosti. Zúčtovanie zálohovej platby je potrebné v časovom slede priraďovať k poskytnutým zálohovým platbám od najstaršieho dátumu poskytnutia. Uvedená povinnosť sledovania zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby sa vzťahuje na poskytnutú zálohovú platbu (každú tranžu samostatne), poskytnutú po dátume účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, a nachádzajúcu sa v stave nezúčtovaná zálohová platba.
Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať, pričom:
A.	povinnosť pre zúčtovanie výšky 50 % z poskytnutej zálohovej platby do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia sa vzťahuje na sumu poslednej poskytnutej zálohovej platby, ku ktorej je pripísaný nezúčtovaný zostatok predchádzajúcej (predchádzajúcich) zálohovej platby (tzv. kumulatív); 
B.	povinnosť pre zúčtovanie výšky 100 % z poskytnutej zálohovej platby (t. j. sumy každej poskytnutej tranže zálohovej platby) do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia sa vzťahuje osobitne na každú poskytnutú tranžu zálohovej platby.
V prípade nedodržania týchto podmienok je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu.

Pri plnení povinností zúčtovávania poskytnutej zálohovej platby môže dochádzať k nasledovným prípadom:
A.	Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi po dátume účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0
Riadiaci orgán sleduje napĺňanie percentuálneho stavu zúčtovávania poskytnutých zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa. Riadiaci orgán aktívne s prijímateľom komunikuje a zároveň s cieľom maximalizovania návratnosti finančných prostriedkov poskytnutých systémom zálohových platieb a minimalizovania rizika nezúčtovávania poskytnutej zálohovej platby ako i znižovania nenávratného finančného príspevku prijímateľa upozorňuje na hraničné termíny pre splnenie povinností stanovených v Systéme finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzii 7.0.
Riadiaci orgán je povinný sledovať a evidovať poskytovanie a zúčtovávanie zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa (dodržiavanie povinnosti prijímateľa týkajúce sa zúčtovania24 poskytnutej zálohovej platby) v samostatnom prehľade, pričom rozsah štruktúry sledovania poskytovania a zúčtovávania zálohových platieb je v jeho kompetencii.
Sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia v rámci projektu zabezpečuje riadiaci orgán v samostatnej štruktúre aj s využitím funkcionalít ITMS.
Sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby (osobitne za každú poskytnutú tranžu zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia v rámci projektu riadiacemu orgánu ITMS neumožňuje. Riadiaci orgán sleduje plnenie predmetnej povinnosti v samostatnej štruktúre.
Prijímateľ dodržiava povinnosti stanovené pre poskytnutie a zúčtovanie zálohovej platby, cielene napĺňa a sleduje percentuálny stav zúčtovávania poskytnutých zálohových platieb v rámci projektu a aktívne komunikuje s riadiacim orgánom. Zároveň s cieľom minimalizovania rizika nezúčtovávania zálohovej platby ako i znižovania nenávratného finančného príspevku dodržiava hraničné termíny pre splnenie povinností stanovených v Systéme finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzii 7.0.
Riadiaci orgán priebežne aktualizuje a ukladá prehľady plnenia povinnosti zúčtovať 50 % (tzv. kumulatív) do 6 mesiacov, resp. 100 % najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia v štruktúre stanovenej riadiacim orgánom, ako elektronickú prílohu do ITMS (v časti prílohy) v rámci každej predloženej žiadosti o platbu.
1.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby zistí, že vzhľadom na rôzne opodstatnené okolnosti (napr. priebeh verejného obstarávania), nedodrží podmienky stanovené na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby, bezodkladne o uvedenej skutočnosti ako i dôvodoch nedodržania stanovených podmienok informuje riadiaci orgán. Zároveň najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke.
1.1.	V prípade, ak prijímateľ informuje riadiaci orgán a vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke vo vyššie uvedenej lehote (7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby), prijímateľovi sa neznižuje nenávratný finančný príspevok. Uvedené sa vzťahuje aj na prípad, ak prijímateľ neinformuje riadiaci orgán, ale vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v uvedenej lehote.
1.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby, o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. V tomto prípade riadiaci orgán bezodkladne o tejto skutočnosti (t. j. prijímateľ nedodržal stanovenú povinnosť a nevrátil sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke) prijímateľa upozorní. Zároveň najneskôr nasledujúci kalendárny deň od zistenia mu riadiaci orgán zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a postupuje v zmysle časti 4.4.5.
2.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), avšak riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 50% / 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty na zúčtovanie24 poskytnutej zálohovej platby a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.4.5). 
2.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.4.5), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
2.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.4.5), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
B.	Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybne hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0 
Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0 je prijímateľ povinný zúčtovať vo výške 100 % v lehote najneskôr do 12 mesiacov odo dňa účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, resp. vrátiť sumu nezúčtovaného rozdielu najneskôr však do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov platobnej jednotke. 
1.	V prípade, ak prijímateľ, najneskôr do skončenia vyššie uvedenej lehoty na zúčtovanie všetkých finančných prostriedkov poskytnutých prostredníctvom zálohovej platby pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, zistí, vzhľadom na rôzne opodstatnené okolnosti (napr. priebeh verejného obstarávania), že nedodrží podmienky stanovené na zúčtovanie, bezodkladne o uvedenej skutočnosti ako i dôvodoch nedodržania stanovených podmienok informuje riadiaci orgán. Zároveň najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke.
1.1.	V prípade, ak prijímateľ informuje riadiaci orgán a vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke vo vyššie uvedenej lehote (7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov), prijímateľovi sa neznižuje nenávratný finančný príspevok. Uvedené sa vzťahuje aj na prípad, ak prijímateľ neinformuje riadiaci orgán, ale vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v uvedenej lehote.
1.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov, o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. V tomto prípade riadiaci orgán bezodkladne o tejto skutočnosti (t. j. prijímateľ nedodržal stanovenú povinnosť a nevrátil sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke) prijímateľa upozorní. Zároveň najneskôr nasledujúci kalendárny deň od zistenia mu riadiaci orgán zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a postupuje v zmysle časti 4.4.5.
2.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), avšak riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.4.5). 
2.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.4.5), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
2.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.4.5), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. 
Riadiaci orgán je povinný sledovať poskytovanie a zúčtovávanie zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa v prehľade odlíšenom od sledovania poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb v rámci projektu po účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0. Riadiaci orgán sleduje splnenie povinnosti prijímateľa zúčtovať 100 % z poskytnutej (poskytnutých) zálohovej platby pred účinnosťou Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, a to v lehote najneskôr do 12 mesiacov odo dňa účinnosti Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0. Rozsah štruktúry sledovania poskytovania a zúčtovávania zálohových platieb je v kompetencii riadiaceho orgánu.
C.	Všeobecné informácie 
Riadiaci orgán v zmysle podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v spolupráci s prijímateľom prijme potrebné opatrenia pre zabezpečenie návratnosti poskytnutých finančných prostriedkov štátneho rozpočtu prostredníctvom zálohovej platby.
Ak dôjde k nedodržaniu podmienok stanovených pre zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby, resp. pre vrátenie sumy nezúčtovaného rozdielu poskytnutej zálohovej platby, výnimky zo Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybne hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013 nebudú poskytované.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Presun prostriedkov prijímateľom sa realizuje prostredníctvom platobnej jednotky, ktorá zabezpečí žiadosť o úpravu limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o platbu (zálohovú platbu). 
Po schválení žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) platobná jednotka prostredníctvom ISUF upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu13 účtovných dokladov označené pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu podľa bodu 9 tejto časti;
c)	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.4.5;
d)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu.
Po zúčtovaní (schválení certifikačným orgánom)/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.7.2	Systém refundácie 
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľom, tzn. že prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie schváleného na projekt. 
Postup prijímateľa pri predkladaní žiadosti o platbu: 
1.	Prijímateľ uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v EUR riadiacemu orgánu. V rámci formulára žiadosti o platbu uvedie čerpanie rozpočtu projektu podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis alebo kópiu13 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpisu z bankového účtu (rovnopis alebo kópiu13 označenú pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovných dokladov prijímateľom, musí byť kópia označená pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
4.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a čl. 39 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán kontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov22, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote čase, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti – kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne25 kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje sa súlad s právnymi predpismi Slovenskej republiky a EÚ (najmä štátna pomoc, verejné obstarávanie, pomoc "de minimis", publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä skontrolovanie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán do stanovenej lehoty žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví23 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
8.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom – záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a formulári žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne v stanovenej lehote schváli, alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu. 
9.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní27 od predloženia28 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom. 
10.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 4 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu13 účtovných dokladov označené pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. 
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly. 
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží žiadosť o platbu (refundáciu) podľa bodu 2 tejto časti materiálu.
Po predložení žiadosti o platbu (refundácia) riadiacemu orgánu a jej schválení certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu môže dôjsť k prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.7.3	Špecifiká operačného programu v systéme informačných a finančných tokov
V prípade realizácie projektov, ktorých cieľom je financovanie miezd zamestnancov zapojených do implementácie pomoci z EFF, a ktoré sú financované prostredníctvom technickej pomoci, nemá prijímateľ povinnosť predkladať výpis z bankového účtu spolu so žiadosťou o platbu. Týmto nie je dotknutá povinnosť prijímateľa týkajúca sa jeho uchovávania v zmysle lehoty stanovenej v časti 4.11.
4.8	Systém certifikácie 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. IX nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu vykonávajú zamestnanci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich s výkonom platieb. Výkon certifikácie nie je delegovaný na iné subjekty. 
Certifikácia výdavkov Európskej komisii sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii. Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zostavených platobnou jednotkou ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. 
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí ubezpečiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiaci orgán a platobná jednotka splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade s právnymi predpismi EÚ a prijaté prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia;
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi EÚ, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach;
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby;
•	sa dodržali rozhodnutia Európskej komisie v zmysle čl. 17 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov zostavené platobnou jednotkou zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom EÚ počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiaceho orgánu a platobnej jednotky, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	overenia súladu postupov s vnútornými manuálmi procedúr týchto orgánov;
2.	zohľadnenia správ z vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, protokolov z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokolov z kontrol a rozhodnutí v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie, správ o výsledku vnútorných auditov a informácií k následným finančným kontrolám na účely certifikácie;
3.	zohľadnenia správ o výsledkoch externého auditu riadiaceho orgánu a platobnej jednotky;
4.	overovania na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke, s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	využívania informácií zo správ o zistených nezrovnalostiach;
k bodu 1.
Riadiaci orgán a platobná jednotka sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály procedúr a interné pokyny, ktoré všeobecne dopĺňajú postupy riadiaceho orgánu vrátane ich akýchkoľvek zmien elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným zamestnancom. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli procedúr certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému.
V rámci certifikačného overovania (bod 4) certifikačný orgán posudzuje súlad činnosti riadiaceho orgánu a platobnej jednotky so schválenými vnútornými manuálmi procedúr. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli procedúr certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému.
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán správy z vládnych auditov. protokoly z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokoly z kontrol a rozhodnutia v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie. O správach z vládnych auditov je certifikačný orgán informovaný prostredníctvom CEDIS. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán a platobná jednotka) sú zároveň povinné predkladať certifikačnému orgánu protokoly z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov, protokoly z kontrol Úradu pre verejné obstarávanie vykonávaných podľa zákona č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, rozhodnutia v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie a správy o výsledku vnútorných auditov a následných finančných kontrolách vykonaných podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
k bodu 3. 
Riadiaci orgán a platobná jednotka predkladajú správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu a platobnej jednotky vykonaného externým audítorom vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie certifikačnému orgánu. Riadiaci orgán a platobná jednotka sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia aj certifikačnému orgánu.
k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnou jednotkou s príslušnými dokumentmi na riadiacom orgáne, platobnej jednotke a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej vzorke a súčasťou overenia je, či: 
•	záznam z administratívnej kontroly a údaje v ňom uvedené sú pravdivé;
•	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi;
•	výdavky zahrňujú len oprávnené položky;
•	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach o platbu; 
•	k príslušným žiadostiam o platbu existuje výpis z bankového účtu;
•	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou;
•	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.
Certifikačné overovanie môže byť vykonané k súhrnnej žiadosti o platbu v ktoromkoľvek momente pred zaslaním žiadosti o platbu a výkazu výdavkov na Európsku komisiu, do ktorých bude predmetná súhrnná žiadosť o platbu zaradená. Na základe toho sa rozlišuje výkon certifikačného overovania k súhrnnej žiadosti o platbu pred jej schválením certifikačným orgánom a po jej schválení certifikačným orgánom. Z hľadiska rozsahu môže byť certifikačné overovanie vykonané aj so zameraním na tematické okruhy problémov, napr. výber žiadosti o nenávratný finančný príspevok, verejné obstarávanie, štátnu pomoc, oprávnenosť, publicitu, dodržiavanie postupov stanovených vo vnútornom manuáli procedúr a podobne.
Ak sú pri výkone certifikačného overovania identifikované závažné nedostatky, ktoré môžu mať priamy dopad na vznik nezrovnalosti, alebo na vznik podozrenia z nezrovnalosti, a to na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia, certifikačný orgán môže požiadať riadiaci orgán o znovu vykonanie administratívnej kontroly a vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti v zmysle usmernenia č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v platnom znení. V prípade zistenia s možným finančným dopadom, môže byť v odôvodnených prípadoch súhrnná žiadosť o platbu schválená v zníženej sume (o sumu zodpovedajúcej problematickej žiadosti o platbu, ktorej certifikačné overovanie má za následok zníženie súhrnnej žiadosti o platbu), alebo môže byť pozastavené financovanie projektu až do odstránenia zistených nedostatkov.

k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. 
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.
4.9	Nezrovnalosti
V súlade s čl. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie akékoľvek porušenie ustanovení práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu EÚ zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkou. 
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia EFF, tzn. vrátane úrovne konania prijímateľa, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia a použitia finančných prostriedkov EFF.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov EÚ alebo Slovenskej republiky, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené z nedbanlivosti. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych predpisov EÚ alebo Slovenskej republiky, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy EÚ. 
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad najmä:
-	porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti;
-	porušenie pravidiel a postupov verejného obstarávania podľa usmernenia Európskej komisie č. EFFC/24/2008 k určeniu finančných opráv vykonateľných k výdavkom spolufinancovaných ŠF, KF a EFF v prípade nesúladu s pravidlami verejného obstarávania, ktoré je potrebné uplatňovať na výdavky spolufinancované z EFF pri nedodržaní pravidiel verejného obstarávania a podľa zákona č. 25/2006 o verejnom obstarávaní. 
Pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní prijímateľom najmä podľa § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V prípade zistenia závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenia na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, môže certifikačný orgán v odôvodnených prípadoch, pozastaviť platby pre operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje orgán auditu, riadiaci orgán a platobnú jednotku.
Ak certifikačný orgán zaregistruje nezrovnalosť s finančným dopadom, oznámi ju orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov a v kópii orgánu auditu v rámci štvrťročného hlásenia nezrovnalostí OLAF EK.
Podrobné postupy pre fázy vývoja nezrovnalostí a súvisiace úlohy a zodpovednosti zapojených subjektov do procesu finančného riadenia EFF sú spracované v usmernení Ministerstva financií SR č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo.
4.9.1	Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 498/2007 oznamovať Európskej komisii:
•	štvrťročne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom, ktorých výdavky za zdroj EÚ schválené v súhrnnej žiadosti o platbu sa rovnajú alebo prevyšujú sumu 10 000 EUR;
•	štvrťročne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom alebo bez finančného dopadu, u ktorých výdavky za zdroj EÚ sa rovnajú alebo prevyšujú sumu 10 000 EUR a súčasne existuje podozrenie z podvodu;
•	bezodkladne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom alebo bez finančného dopadu, u ktorých boli zistené alebo sa predpokladajú následky mimo územia Slovenskej republiky;
•	bezodkladne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom alebo bez finančného dopadu, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky spáchania podvodu (nové praktiky, nový spôsob páchania, ktoré sa doposiaľ vo všeobecnosti neobjavili a nie sú upravené v kódovníku OLAF EK).
Štruktúra kódov OLAF EK pre nezrovnalosti je uvedená v prílohe 1. 
Povinnosť členského štátu oznamovať nezrovnalosti OLAF EK je upravená stanovením výnimiek z oznamovacej povinnosti podľa čl. 55 ods. 2 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 takto:
a)	prípady, keď daná nezrovnalosť spočíva iba v čiastočnom alebo úplnom nevykonaní operácie, zahrnutej do spolufinancovaného operačného programu, v dôsledku bankrotu prijímateľa;
b)	prípady, na ktoré prijímateľ dobrovoľne upozornil riadiaci orgán alebo certifikačný orgán a prv, ako niektorý z nich túto nezrovnalosť zistil, či už pred alebo po zahrnutí príslušných výdavkov do certifikovaného výkazu predloženého Európskej komisii;
c)	prípady, ktoré zistí a nápravu urobí riadiaci orgán alebo certifikačný orgán pred zahrnutím príslušného výdavku do výkazu výdavkov predloženého Európskej komisii.
Nezrovnalosti, ktoré predchádzajú bankrotu, a prípady podozrenia z podvodu sa však musia oznamovať.
Z hľadiska určenia štruktúry orgánov v rámci procesu implementácie, nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, platobná jednotka, certifikačný orgán, kontrolný orgán/auditujúci orgán, orgán auditu alebo spolupracujúci orgán. 
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie ako aj orgány Európskej komisie, Európsky dvor audítorov a OLAF EK v rámci výkonu svojich kompetencií. 
Nezrovnalosť môže zistiť samotný prijímateľ alebo tretí subjekt, ktorý bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu. Zároveň je riadiaci orgán povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a to bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti a zároveň údaje zaevidovať v ITMS.
Subjekty zapojené do implementácie EFF na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu. Za riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, ak riadiaci orgán deleguje zodpovednosť za riešenie nezrovnalosti na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zodpovednosť riadiaceho orgánu týmto nie je dotknutá.
Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie najmä:
•	oficiálne zdokumentovanie nezrovnalosti na základe schválenia správy o zistenej nezrovnalosti vrátane evidovania údajov v ITMS; 
•	oznámenie nezrovnalosti;
•	monitorovanie vývoja a stavu nezrovnalosti;
•	zaznamenanie zmien stavu nezrovnalosti v aktualizovanej správe o zistenej nezrovnalosti;
•	preverenie možného dopadu na systém riadenia a kontroly, resp. nastavené postupy riadenia a kontroly pre operačný program; 
•	prijatie účinných nápravných opatrení na odstránenie vzniknutej nezrovnalosti a predchádzanie vzniku ďalších nezrovnalostí;
•	zabezpečenie bezodkladného finančného vysporiadania podľa podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a príslušných právnych predpisov;
•	zaevidovanie údajov o zmene stavu nezrovnalosti, finančnom vysporiadaní nezrovnalosti a prijatých nápravných opatreniach v ITMS;
•	v prípade systémovej nezrovnalosti rozšírenie šetrenia riadiaceho orgánu na všetky projekty, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené a bezodkladné prijatie účinných nápravných opatrení v uplatňovaných postupoch riadenia a kontroly; 
•	v prípade systémovej nezrovnalosti identifikovanej Európskou komisiou, v určenej lehote prijatie účinných nápravných opatrení, ktoré sú akceptované Európskou komisiou ako dostatočné a zabránia vykonaniu finančných opráv Európskou komisiou;
•	finančné prostriedky uvoľnené z nezrovnalosti s finančným dopadom na rozpočet EÚ môže riadiaci orgán opätovne použiť do 31. decembra 2015 na operačný program tak, že tieto uvoľnené finančné prostriedky nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom finančnej opravy uskutočnenej certifikačným orgánom vo vzťahu k Európskej komisii formou odpočítania prostriedkov v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, a v prípade, že sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce projekty v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla.
V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a protiprávny stav nie je odstránený podľa tohto zákona alebo podľa osobitného zákona, orgán oprávnený na výkon kontroly alebo vládneho auditu podľa osobitného predpisu, je povinný oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie územne príslušnej správe finančnej kontroly.
Za moment oficiálneho zdokumentovania nezrovnalosti sa považuje schválenie správy o zistenej nezrovnalosti v nadväznosti na schválenie/prerokovanie/doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly/auditu/overenia, resp. nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní.
Zistenie nezrovnalosti sa formálne zdokumentuje najmä na základe:
I.	schválenia správy o zistenej nezrovnalosti;
II.	doručenia čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
III.	doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe, v prípade ak neboli nezrovnalosti uvedené 
v čiastkovej správe z vládneho auditu, vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti; 
IV.	právoplatného rozhodnutia správy finančnej kontroly/Ministerstva financií SR vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
V.	vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VI.	prerokovania správy o výsledku vnútornej kontroly/vnútorného auditu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VII.	prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej Najvyšším kontrolným úradom SR vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VIII.	prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej Úradom pre verejné obstarávanie vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
IX.	právoplatného rozhodnutia Úradu pre verejné obstarávanie vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
X.	doručenia správy z auditu Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
XI.	doručenia správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
XII.	doručenia uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe dokumentov podľa bodov V. až XII. správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán a zašle ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní32 od zistenia nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade ak prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad I. Schválenie správy o zistenej nezrovnalosti
Do 15 kalendárnych dní32 odo dňa zistenia nezrovnalosti:
•	riadiaci orgán formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	certifikačný orgán formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
•	platobná jednotka formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu.
V prípade, ak má zistená nezrovnalosť finančný dopad, riadiaci orgán spolu so správou o zistenej nezrovnalosti predkladá do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov. Riadiaci orgán žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov zaeviduje v ITMS a bezodkladne zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky na účet, t. j. certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. V prípade, ak ide o nezrovnalosť s finančným dopadom zistenú certifikačným orgánom alebo platobnou jednotkou, riadiaci orgán zaeviduje žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v ITMS do 10 kalendárnych dní odo dňa doručenia správy o zistenej nezrovnalosti a v uvedenej lehote ju zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky, t. j. certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti, číslo žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a číslo oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov predstavujú jedinečné alfa-numerické kódy vytvorené ITMS.
Správa o zistenej nezrovnalosti (príloha 2) obsahuje najmä tieto základné údaje:
1)	Kód nezrovnalosti ITMS;
2)	Popis nezrovnalosti;
3)	Typ nezrovnalosti podľa kódovníka OLAF EK;
4)	Označenie ustanovení právnych predpisov, ktoré boli porušené;
5)	Obdobie alebo dátum vzniku nezrovnalosti;
6)	Dátum zistenia nezrovnalosti;
7)	Označenie subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil;
8)	Finančné vyčíslenie nezrovnalosti podľa zdrojov financovania;
9)	Popis stavu riešenia nezrovnalosti;
10)	Finančný a administratívny stav nezrovnalosti.
V súlade s čl. 56 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 je členský štát povinný ihneď oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia Slovenskej republiky alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie podľa čl. 55 a 57 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, do 15 kalendárnych dní od zistenia takýchto informácií aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti najmä o informácie týkajúce sa:
•	začatia, skončenia alebo prerušenia akéhokoľvek konania na účely uloženia správnych alebo trestných sankcií vo vzťahu k oznámeným nezrovnalostiam, ako aj výsledku takéhoto konania. Povinnosť vypracovať a predložiť aktualizovanú správu o zistenej nezrovnalosti sa rovnako vzťahuje aj na prípady vysporiadania nezrovnalostí; 
•	podrobností nezrovnalostí s uloženou sankciou, najmä:
•	charakter sankcie (sankcia uložená v správnom alebo súdnom konaní);
•	charakter porušenia právneho predpisu (sankcia uložená z dôvodu porušenia právneho predpisu EÚ alebo z dôvodu porušenia právneho predpisu Slovenskej republiky);
•	ustanovenie právneho predpisu, na ktorého základe bola sankcia uložená;
•	či bol preukázaný podvod.
Riadiaci orgán, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje o nezrovnalosti v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči certifikačnému orgánu a riadiacemu orgánu.
Pre nezrovnalosti, v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené, riadiaci orgán vypracuje zoznam prípadov za predchádzajúci rok (príloha 19) v súlade s požiadavkou čl. 57 (2d) nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 a predloží certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady.
Vo vzťahu k nefinančným nezrovnalostiam nariadenie Komisie (ES) č. 1249/2010 novelizuje čl. 55 ods. 1 písm. n) nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 v znení „v prípade podozrenia z podvodu a ak nebola vykonaná žiadna platba štátneho príspevku osobám alebo subjektom uvedeným v písmene k), sumy, ktoré by boli neoprávnene vyplatené, keby sa nezrovnalosť nezistila“, tzn. členský štát je povinný oznamovať iba prípady zistenia nezrovnalostí vo fáze pred výkonom platby prijímateľovi a súčasne ide o prípady podozrenia z podvodu. Ak ide o podozrenie z podvodu, v nadväznosti na platnú právnu úpravu štátne orgány, vyššie územné celky, obce a iné právnické osoby sú povinné bez meškania oznamovať orgánom činným v trestnom konaní skutočnosti nasvedčujúce tomu, že bol spáchaný trestný čin. Vo všeobecnosti sa pri nefinančných nezrovnalostiach formálne zdokumentujú iba prípady podozrenia z podvodu, systémové nezrovnalosti, nezrovnalosti, ktoré sa týkajú porušenia pravidiel verejného obstarávania, resp. také porušenia právnych predpisov EÚ alebo Slovenskej republiky, ktoré môžu mať za následok sankciu vo forme finančnej opravy alebo finančný dosah na viaceré žiadosti o platbu dovtedy vyplatené prijímateľovi v predmetnom projekte.
Ad II. – III. Doručenie čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe, resp. doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe v prípade, ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Orgán auditu, spolupracujúce orgány vo vypracovanej čiastkovej správe z vládneho auditu, resp. správe z vládneho auditu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a doručia čiastkovú správu z vládneho auditu, resp. správu z vládneho auditu auditovanej osobe. Na základe zistenej nezrovnalosti v rámci vykonaného vládneho auditu vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti a predložia v písomnej forme riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu najneskôr do 15 kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola čiastková správa/správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe.
Čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu je predložená certifikačnému orgánu elektronicky prostredníctvom prístupu do CEDIS. 
Správa z vládneho auditu je predložená prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny elektronicky riadiacemu orgánu, centrálnemu koordinačnému orgánu na e-mailovú adresu metodika.cko@vlada.gov.sk, sekcii auditu a kontroly Ministerstva financií SR na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk, spolupracujúcemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotke najneskôr do 15. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe.
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia vládneho auditu podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou správy/čiastkovej správy z vládneho auditu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov. Člen audítorskej skupiny oboznámi prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Na účely preukázania vysporiadania finančných prostriedkov členovia audítorskej skupiny vyžiadajú od prijímateľa, okrem výpisu z bankového účtu, resp. ELÚR-u potvrdzujúcich vysporiadanie finančných prostriedkov aj kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov, ktorú po prijatí od prijímateľa, zašlú spolu so správou o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu.
Ad IV. Právoplatného rozhodnutia správy finančnej kontroly/Ministerstva financií SR vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Územne príslušná správa finančnej kontroly zasiela právoplatné I. stupňové rozhodnutie vydané v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a orgánu auditu. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov aktualizuje údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v prvostupňovom správnom konaní.
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia, príslušnej správe finančnej kontroly aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti a spolu s kópiou právoplatného II. stupňového rozhodnutia ju predloží certifikačnému orgánu a v kópii riadiacemu orgánu. 
V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach vrátane finančnej identifikácie a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov príslušná správa finančnej kontroly aktualizuje v určenej lehote údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
Ad V. Vyhotovenie záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Riadiaci orgán zdokumentuje zistené nezrovnalosti a doručí záznam z administratívnej kontroly, resp. správu z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu. Bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vypracuje správu o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá ešte nie je zaradená do súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán zaeviduje nezrovnalosť v ITMS najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu a predloží správu o zistenej nezrovnalosti v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu).
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá je zaradená do súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán zaeviduje nezrovnalosť v ITMS najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu a predloží správu o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa doručenia oznámenia o schválení súhrnnej žiadosti o platbu v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu). V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá už bola schválená v súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán predkladá správu o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu, v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu).
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia kontroly podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou záznamu z administratívnej kontroly, resp. správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov. Zamestnanci riadiaceho orgánu oboznámia prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia.
Ad VI. – IX. Prerokovanie správy/protokolu o výsledku kontroly/auditu vykonanej vnútorným útvarom kontroly/auditu, kontroly Najvyššieho kontrolného úradu SR alebo Úradu pre verejné obstarávanie alebo právoplatného rozhodnutia Úradu pre verejné obstarávanie vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe kontroly/auditu vykonanej vnútorným útvarom kontroly/auditu, kontroly Najvyššieho kontrolného úradu SR alebo Úradu pre verejné obstarávanie alebo právoplatného rozhodnutia Úradu pre verejné obstarávanie správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti Najvyšším kontrolným úradom SR alebo Úradom pre verejné obstarávanie zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad X. – XI. Doručenia správy z auditu Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov alebo správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
Riadiaci orgán predkladá správu o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov, príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie alebo správu z vyšetrovania OLAF EK certifikačnému orgánu.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie, Európskym dvorom audítorov alebo vykonaného vyšetrovania OLAF EK, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán, ktorý ju bezodkladne najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
V súvislosti s ďalším riešením nezrovnalosti zistenej na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie riadiaci orgán uplatňuje postup uvedený v čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 a v lehote do dvoch mesiacov od predloženia správy z auditu Európskej komisie zabezpečí predloženie pripomienok členského štátu Európskej komisii, v kópii certifikačnému orgánu a orgánu auditu. 
Ak po predložení pripomienok riadiacim orgánom Európska komisia navrhne finančnú opravu, orgán auditu v odôvodnených prípadoch v lehote ďalších dvoch mesiacov podľa čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 zabezpečí vykonanie nezávislého preverenia zistenej nezrovnalosti. V prípade, ak výsledky preverovania orgánu auditu budú v rozpore so zistením Európskej komisie, Slovenská republika využije možnosť podľa čl. 98, ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006.
Ad XII. Doručenie uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe doručenia právoplatného uznesenia / upovedomenia o začatí trestného stíhania riadiacemu orgánu, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť nespôsobil prijímateľ) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný bezodkladne údaje o zistenej nezrovnalosti vrátane prílohy uznesenia / upovedomenia o začatí trestného stíhania zaevidovať v ITMS.
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach certifikačný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne (k 15. máju, k 15. augustu, k 15. novembru a k 15. februáru) ich v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti zasiela orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov Európskej únie a orgánu auditu. Podľa § 26 ods. 12 sa v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 55, 57 a 63 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007.
O zistených nezrovnalostiach informuje orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF EK v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 498/2007. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov Európskej komisii výlučne na jej žiadosť.
4.9.2	Finančné opravy a vrátenie finančných prostriedkov 
Finančné opravy v súlade s čl. 96 – 98 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 vykonáva Slovenská republika alebo Európska komisia. Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými v projektoch alebo operačnom programe pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na operačný program alebo jeho časti. 
a) Finančné opravy vykonané Slovenskou republikou
Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými Slovenskou republikou v projektoch alebo operačnom programe pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na operačný program alebo jeho časti. Členský štát vezme do úvahy povahu a závažnosť nezrovnalostí a finančnú stratu spôsobenú fondu. Zdroje z fondu uvoľnené týmto spôsobom môže členský štát opätovne použiť do 31. decembra 2015 na operačný program tak, že príspevok nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom národnej finančnej opravy, a v prípade, že sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce operácie v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla. V prípade systémovej nezrovnalosti členský štát rozšíri svoje šetrenie na všetky operácie, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené.
Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ a pomerne všetkých ostatných zdrojov financovania zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov zodpovedajúcich výške finančnej opravy od nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční certifikačný orgán spätným prevodom Európskej komisii. 
V súlade s § 27 ods. 1 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES finančnú opravu môže vykonať riadiaci orgán, certifikačný orgán alebo orgán auditu pred ukončením operačného programu.
Vykonanie finančných opráv v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami v rámci žiadosti o platbu na Európsku komisiu zabezpečuje certifikačný orgán dvoma spôsobmi:
•	stiahnutím príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu okamžite, bez ohľadu nato, kedy je ukončený proces vysporiadania/vymáhania a kedy zodpovedajúce neoprávnené výdavky boli vysporiadané v prospech mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu alebo
•	odpočítaním príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu až po ukončení procesu vysporiadania/vymáhania, tzn. následným odpočítaním po ich pripísaní na príslušný mimorozpočtový účet certifikačného orgánu.
Certifikačný orgán vypracováva a predkladá Komisii na základe čl. 46 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 vždy do 31. marca kalendárneho roka ročný výkaz obsahujúci informácie:
•	sumy odpočítané z výkazov výdavkov predložených v priebehu predchádzajúceho roka následne po celkovom alebo čiastočnom zrušení príspevku na projekt,
•	vrátené sumy, ktoré boli odpočítané z výkazov výdavkov predložených Európskej komisii počas predchádzajúceho roka,
•	výkaz súm, ktoré mali byť vrátené k 31. decembru predchádzajúceho roka zoradené podľa rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov,
•	výkaz prípadov za predchádzajúci rok, pri ktorých sumu nie je možné vymôcť, ani nemožno predpokladať, že bude vrátená.
Na účely správneho zaradenia nezrovnalostí do ročného výkazu podľa požiadaviek čl. 46 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007, ak bola nezrovnalosť zistená na základe auditu Európskej komisie alebo Európskeho dvora audítorov, v správe o zistenej nezrovnalosti riadiaci orgán uvedie Európsku komisiu alebo Európsky dvor audítorov ako inštitúciu (alebo orgán), ktorá zistila nezrovnalosť.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia o nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, v súlade s čl. 96, ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, pristupuje sa k zníženiu nenávratného finančného príspevku, keďže príspevok zrušený v súvislosti s individuálnou/systémovou nezrovnalosťou nemožno opätovne použiť na operáciu (projekt), ktorá bola predmetom opravy (v prípade, ak ide o systémovú nezrovnalosť ani na existujúce operácie v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla).
b) Finančné opravy vykonané Európskou komisiou 
Európska komisia môže uskutočniť finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zrušením celého príspevku na operačný program alebo jeho časti, keď po vykonaní potrebného preskúmania príde k záveru, že:
•	došlo k závažným nedostatkom v systéme riadenia a kontroly programu, ktoré ohrozili príspevok EÚ už vyplatený v prospech programu;
•	výdavky v certifikovanom výkaze výdavkov sú neregulárne a členský štát ich pred začatím nápravného konania podľa čl. 97 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 neopravil;
•	členský štát si pred začatím opravného konania podľa čl. 97 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 nesplnil svoje povinnosti podľa čl. 98 citovaného nariadenia.
V prípade, ak Európska komisia zistí individuálne alebo systémové nezrovnalosti a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k finančným opravám, ktoré predstavujú pre Slovenskú republiku čistú stratu príspevku z EFF.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v písm. a) certifikačný orgán neodpočíta predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov vo výške porušenia finančnej disciplíny a zodpovedajúcej sume podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť finančnú opravu, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Extrapolácia sa používa v rámci homogénnej skupiny projektov zdieľajúcich podobné charakteristiky ako výsledok dôkladného preskúmania reprezentatívnej náhodne vybranej vzorky projektov. Percentuálna paušálna sadzba sa používa, pokiaľ sa vyskytli systémové nezrovnalosti rôznej povahy/typu s rozptýleným účinkom, najmä závažné nedostatky v kľúčových alebo pomocných prvkoch systému riadenia a kontroly požadované ustanoveniami nariadení EÚ.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán Slovenskej republiky o začatí alebo pokračovaní súdneho/správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym/správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne/správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.
V dôsledku finančnej opravy vykonanej Slovenskou republikou alebo Európskou komisiou Ministerstvo financií SR rozhodne o viazaní rozpočtových prostriedkov v rozpočte kapitoly, ktorú tvorí rozpočet ministerstva ako subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil alebo ktorý pôvodne poskytol finančné prostriedky dlžníkovi v rámci implementácie operačného programu. Viazanie rozpočtových prostriedkov vykoná Ministerstvo financií SR rozpočtovým opatrením v súlade s § 18 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov po vykonaní viazania rozpočtových prostriedkov v rozpočte príslušnej kapitoly a typy účtov, na ktoré majú byť vrátené prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je uvedená v prílohe 16a - 16b.
c) Vysporiadanie finančných vzťahov za individuálne nezrovnalosti na národnej úrovni 
Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva v súlade so zákonom č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, ak sa nevykoná vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti podľa § 28 cit. zákona prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov. Riadiaci orgán môže uzavrieť s prijímateľom dohodu o splátkach podľa postupov a za splnenia podmienok ustanovených v § 28a cit. zákona. Osobitný režim vysporiadania finančných vzťahov je pre riadiaci orgán stanovený v § 27a citovaného zákona pri zistení porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania.
Ak ide o porušenie finančnej disciplíny, odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu a s finančnými prostriedkami EÚ ukladá a vymáha územne príslušná správa finančnej kontroly, prípadne Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou a popisom schémy k vráteniu prostriedkov v rámci finančného riadenia EFF v prílohe 16a a 16b.
d)	Uznanie neoprávnených výdavkov za opätovne oprávnené
V prípade, ak prijímateľ vysporiada nezrovnalosť alebo žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov s vplyvom na rozpočet EÚ a následne je preukázané, že neoprávnené výdavky nezrovnalosti alebo ich časť je opätovne oprávnená, prijímateľ má nárok na vrátenie tejto sumy. V takomto prípade môžu byť tieto výdavky opätovne zaradené do nasledujúcej žiadosti o platbu, resp. ďalšej záverečnej žiadosti o platbu. V prípade nesprávne vyčíslenej sumy na vymáhanie/vrátenie a ak k úhrade dlhu zo strany prijímateľa ešte nedošlo, suma na vymáhanie/vrátenie bude opravená v príslušnej nezrovnalosti a žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov.
4.9.3	Vylúčenie projektu z financovania  pomoci EÚ
V prípade, ak v rámci projektu financovaného z podpory Európskej únie bola zistená nezrovnalosť a certifikačný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ podľa čl. 96 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006, certifikačný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov prijímateľom. Certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom rozhodne, že projekt bude vylúčený zo spolufinancovania EFF a financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly. V rámci procesu riadenia finančnej alokácie pre operačný program riadiaci orgán musí v rámci ďalších postupov zohľadniť, že daný projekt nebude financovaný zo zdrojov EÚ napriek skutočnosti, že bola uzatvorená zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s prijímateľom.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutej zálohovej platby na účet prijímateľa), riadiaci orgán po posúdení vylúči projekt z financovania pomoci EÚ a po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Zároveň riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na Európsku komisiu, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky certifikačný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly.
4.10	Účtovníctvo
Podľa čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 je potrebné, aby subjekty zabezpečujúce riadenie a implementáciu projektov Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, viedli samostatný účtovný systém alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa projektov pri dodržaní požiadaviek národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je certifikačný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia a implementácie Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v súlade s čl. 40 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 21 kalendárnych dní po prijatí žiadosti, resp. v termíne stanovenom Európskou komisiou. 
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektmi, ktoré účtujú o poskytovaní a použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú certifikačný orgán a platobná jednotka.
Certifikačný orgán a platobná jednotka postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie transakcií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou.
Vedenie účtovníctva certifikačného orgánu a platobnej jednotky je zabezpečované prostredníctvom ISUF, ktorý je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom jednotlivých modulov.
Spracovanie účtovných záznamov a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä informácií z účtovníctva a údajov potrebných na účely hodnotenia plnenia rozpočtu verejnej správy podľa § 2b/ ods. 2 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) súvisiacich s poskytovaním prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje ISUF a je špecifikované v dokumentácii jeho používateľov.
Každá úroveň programovej štruktúry (program, prioritná os, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedkov EÚ, prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa. ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, ITMS a Informačný systém Štátnej pokladnice.
Certifikačný orgán a platobná jednotka vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky – ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky transakcie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve certifikačného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov z rozpočtu EÚ na mimorozpočtových účtoch certifikačného orgánu pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 na základe zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky.
4.10.1	Účtovníctvo prijímateľa
Prijímatelia postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 30 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
4.11	Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou Slovenskej republiky (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) a nariadeniami EÚ sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa programového rozpočtovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Certifikačný orgán a platobná jednotka v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu Európskej komisii.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Certifikačný orgán a platobná jednotka zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na operačný program za obdobie 3 rokov nasledujúcich po ukončení operačného programu. V podmienkach Slovenskej republiky sa doba archivácie dokumentov stanovuje pre všetky projekty/operácie minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 87 nariadenia Rady (ES) č. 1198/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Certifikačný orgán a platobná jednotka uchováva účtovníctvo a účtovnú dokumentáciu v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
V súlade s čl. 45 nariadenia Komisie (ES) č. 498/2007 platí, že dokumenty musia byť uchovávané buď ako rovnopisy alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:
•	fotokópie originálnych dokumentov;
•	mikrofiše originálnych dokumentov;
•	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk);
•	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.
Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu a kontroly. V prípade, ak existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade so všeobecne záväznými právnymi predpismi Slovenskej republiky a sú dôveryhodné pre účely auditu a kontroly.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo vyhotovuje príslušný doklad v dvoch rovnopisoch, pričom jeden rovnopis zostáva na tomto subjekte a druhý rovnopis zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.7 tohto materiálu.
Prijímateľ zabezpečí, aby dodávateľ/zhotoviteľ vyhotovoval účtovné doklady minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden uchováva prijímateľ a ďalší riadiaci orgán. V prípade, ak má prijímateľ k dispozícii len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva prijímateľ a kópiu13 originálu účtovného dokladu označenú pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa uchováva riadiaci orgán.
4.12	Používanie mien a kurzové rozdiely
V rámci finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely iba na úrovni prijímateľa.
V prípade, ak prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v EUR, resp. na ich úhradu môže použiť prostriedky poskytnuté zálohovou platbou. Prípadné rozdiely z dôvodu použitia rôznych mien znáša prijímateľ. 
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v EUR na účet dodávateľa/zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu prijímateľa, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundácia, zúčtovanie zálohovej platby);
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa/zhotoviteľa v rovnakej cudzej mene použije referenčný výmenný kurz určený a vyhlásený Európskou centrálnou bankou v deň predchádzajúci dňu uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundácia, zúčtovanie zálohovej platby).
5	Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie EFF bolo vybudovanie ITMS, ktorý má slúžiť na evidenciu, spracovanie, export a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení a výkone vládnych auditov EFF.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt (riadiaci orgán, platobná jednotka, certifikačný orgán, orgán auditu a spolupracujúci orgán) zúčastňujúci sa riadenia a implementácie EFF je povinný na svojej úrovni zabezpečiť v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci EÚ, údajov týkajúcich sa poskytovania prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom a údajov týkajúcich sa vrátenia a spätného vymáhania finančných prostriedkov. 
ITMS zahŕňa procesy programovania, projektového riadenia, finančného riadenia a spĺňa nasledovné požiadavky:
•	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom ISUF;
•	súlad jednotlivých modulov so všeobecnými právnymi predpismi EÚ a Slovenskej republiky (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006, pre účely EFF nariadenie Rady (ES) č. 1198/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 498/2007, zákon č. 122/2013 Z. z. o ochrane osobných údajov a o zmene a doplnení niektorých zákonov a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov);
•	IT infraštruktúra umožňujúca on–line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a EFF prostredníctvom komunikačno–technologickej infraštruktúry DataCentra;
•	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
•	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa ITMS je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno – technologickej infraštruktúry.

6	Zoznam príloh

Príloha 1:	Štruktúra kódov pre nezrovnalosti (kódy OLAF EK) a finančné vysporiadanie	
Príloha 2:	Identifikácia hlásenia/správy o zistenej nezrovnalosti	
Prílohy 3a - 3b:	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu	
Príloha 4:	Finančné toky prostriedkov Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo	
Príloha 5:	Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu	
Príloha 6:	Finančné toky prostriedkov Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo pri vrátení neoprávnene použitých prostriedkov Európskej komisii	
Príloha 7a - 7b:	Záznam z administratívnej kontroly	
Príloha 8a – 8b:	Súhrnná žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu súhrnnej žiadosti o platbu 	
Príloha 9:	Čiastkový výkaz výdavkov k súhrnnej žiadosti o platbu platobnej jednotky	
Príloha 10a – 10c:	Tabuľky k odhadom očakávaných výdavkov	
Prílohy 11a – 11b: 	Vydaním Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, verziou 7.0 bola príloha „Zoznam vykonaných platieb platobnou jednotkou“ ZRUŠENÁ	
Prílohy 13:	Vydaním Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, verziou 7.0 bola príloha „Prehľad realizovaných platieb platobnou jednotkou prijímateľom“ ZRUŠENÁ	
Príloha 14a – 14b:	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov	
Príloha 15a - 15b:	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a Pokyny k vyplneniu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov	
Príloha 16a - 16b:	Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo	
Príloha 17:	Vydaním Systému finančného riadenia Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, verziou 7.0 bola príloha v štruktúre vypracovanej certifikačným orgánom ZRUŠENÁ. Štruktúra sledovania poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa je v kompetencii riadiaceho orgánu	
Príloha 18:	Analýza poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie kalendárneho roka „n“	
Príloha 19:	Formulár pre zoznam nevymožiteľných pohľadávok	
Príloha 20:	Vyhlásenie riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom pre Operačný program Rybné hospodárstvo SR 2007 – 2013 k oprávnenosti výdavkov a ich súladu s právnymi predpismi EÚ a SR