Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 3.0

Obsah											              strana
1 Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
2 Základné definície a pojmy
3 Subjekty a ich zodpovednosti
3.1  Centrálny koordinačný orgán
3.2  Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
3.3  Certifikačný orgán
3.4 Platobné jednotky
3.5 Monitorovacie výbory
3.6 Orgán auditu
3.7 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.8 Odbor ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii
4 Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 Podpora zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
4.4 Záväzky a platby z ES
4.4.1 Záväzky
4.4.2 Platby z Európskej komisie
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán - platobná jednotka
4.5.4 Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov od prijímateľa
4.6 Odhad očakávaných výdavkov
4.7 Systém účtov
4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky
4.8.1 Systém predfinancovania
4.8.2 Systém zálohových platieb
4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
4.8.4 Systém refundácie
4.8.5 Systém refundácie Operačného programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika
4.8.6 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
4.9 Systém certifikácie
4.10 Nezrovnalosti
4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov
4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci ES
4.11 Účtovníctvo
4.11.1 Účtovníctvo prijímateľa
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
5 Monitorovanie a elektronická výmena informácií

1 Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013 je vypracovaný v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii, 1993
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4. 10. 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003 

b)	Základné právne predpisy ES
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie  Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, a ktorým sa zrušuje nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999
•	Nariadenie Európskej komisie č. (ES) 1828/2006, ktorým sa stanovujú vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja 
Nariadenia upravujúce všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1248/2006, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1995/2006, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet ES
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou s cieľom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
Nariadenia upravujúce fondy 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1783/1999
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 o Európskom sociálnom fonde, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1784/1999
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1084/2006, ktorým sa zriaďuje Kohézny fond a zrušuje nariadenie č. 1164/1994 
c)	Základné záväzné právne predpisy SR
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 583/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách územnej samosprávy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a o zmene a doplnení niektorých zákonov
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku Európskej únie v znení zákona č. 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 678/2006 Z. z.

2 Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa rozumie: 
a)	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
b)	Centrálny koordinačný orgán – hlavný orgán zodpovedný za účinné riadenie a čerpanie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu s cieľom zabezpečiť koordináciu procesov riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v Slovenskej republike. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy centrálneho koordinačného orgánu Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR.
c)	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
d)	Certifikačný orgán - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikovania výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii. V podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb. Úlohy certifikačného orgánu plní Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
e)	Cieľ Konvergencia (ďalej len „cieľ 1“) - cieľ ES umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za roky 2000 – 2002 je menšia ako 75 % priemeru EÚ 25. 
f)	Cieľ Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť (ďalej len „cieľ 2“) - cieľ ES umožňujúci podporu regiónov z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny s výnimkou najmenej rozvinutých regiónov. 
g)	Cieľ Európska územná spolupráca (ďalej len „cieľ 3“) - cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja zameranú na cezhraničnú, nadnárodnú a medziregionálnu spoluprácu.
h)	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na základe ktorého sa preplácajú zdroje EÚ. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. 
i)	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej len „ERDF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie a územnej spolupráce.
j)	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky ES napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
k)	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF“) - inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nezákonným aktivitám. 
l)	Finančné inžinierstvo (inovatívne finančné nástroje) - aktivity definované čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorými sa môže prispievať predovšetkým na podporu malých a stredných podnikateľov, ako sú napr. fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy, a na fondy mestského rozvoja, ako sú napr. investície do verejno-súkromných partnerstiev a iných projektov vrátane integrovaného plánu pre udržateľný mestský rozvoj. 
m)	Globálny grant – operačný program, alebo jeho časť implementácia ktorého je delegovaná na miestne orgány, orgány regionálneho rozvoja alebo mimovládne organizácie v závislosti od dohody SR s príslušným orgánom. Takéto delegovanie sa nedotýka finančnej zodpovednosti riadiaceho orgánu, resp. SR.
n)	Informačný systém účtovníctva fondov (ďalej len „ISUF“) – samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov štrukturálnych fondov (certifikačný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom systému ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb na úrovni certifikačného orgánu a platobných jednotiek. 
o)	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) – informačný systém, spravovaný a vyvíjaný centrálnym koordinačným orgánom v spolupráci s riadiacimi orgánmi, certifikačným orgánom a orgánom auditu, ktorý zabezpečí evidenciu údajov o NSRR, všetkých operačných programoch, projektoch, overeniach, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC2007 Európskej komisie, monitorovacími systémami okolitých členských krajín, ako aj prijímateľmi. Poskytuje prepojenia s ISUF.
p)	Kohézny fond - finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HND na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za roky 2001 – 2003 je menšia ako 90 % priemeru EÚ 25. V podmienkach SR podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
q)	Konečný užívateľ - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej prijímateľ realizujúci národný projekt financovaný zo štrukturálnych fondov poskytuje finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe podmienok určených zmluvou v rámci ESF.
r)	Medzinárodne uznávané audítorské štandardy – v zmysle usmernení Komisie a nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 ide o audítorské štandardy IFAC/ISA (International Federation of Accountants), IIA (Institute of Internal Auditors) a INTOSAI (International Organization of Supreme Audit Institutions) .
s)	Memorandum o porozumení pre operačné programy cieľa 3 - medzinárodná zmluva podpísaná medzi Slovenskou republikou a partnerským štátom pre jednotlivé operačné programy cieľa 3 zamerané na cezhraničnú spoluprácu, ktorá podrobne stanovuje úlohy, právomoci a zodpovednosti jednotlivých orgánov zapojených do riadenia a implementácie spoločného programu. 
t)	Monitorovací výbor pre operačný program - orgán zriadený riadiacim orgánom pre operačný program po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe a za schvaľovanie zmien v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Na základe vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť monitorovacieho výboru sa zasadnutí monitorovacieho výboru môže zúčastniť aj zástupca Európskej komisie v pozícii poradcu. Zasadnutí výboru sa v pozícii poradcu môže zúčastniť aj zástupca EIB a Európskeho investičného fondu v prípade, ak tieto inštitúcie prispievajú na operačný program. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
u)	Národný monitorovací výbor - orgán zriadený centrálnym koordinačným orgánom po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených NSRR. Je zložený zo zástupcov jednotlivých riadiacich orgánov, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca centrálneho koordinačného orgánu.
v)	Národný projekt - projekt nespadajúci do kategórie veľkých projektov, realizovaný vopred určeným subjektom s výsledkami využívanými na celom území cieľa Konvergencia, resp. na území celého Slovenska. Národné projekty majú investičný a neinvestičný charakter.
w)	Národný strategický referenčný rámec (ďalej len „NSRR“) - programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na ciele uvedené v nariadení Rady (ES) č. 1083/2006 a priority pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov. Tvorí referenčný nástroj na prípravu programovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre ciele 1 a 2, prípadne aj pre cieľ 3, ak sa tak členský štát rozhodne. V podmienkach SR sa NSRR vzťahuje na cieľ 1 a 2.
x)	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie legislatívy Európskych spoločenstiev vyplývajúce z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskych spoločenstiev alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskych spoločenstiev alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Spoločenstva. 
y)	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná prioritná os operačného programu, tvorený skupinami tématicky príbuzných aktivít, a ktorý umožňuje financovanie projektov. 
z)	Operácia (aktivita) - projekt alebo súbor projektov vybraných riadiacim orgánom príslušného operačného programu, alebo na jeho zodpovednosť podľa kritérii ustanovených monitorovacím výborom, ktorého vykonávanie jedným alebo viacerými prijímateľmi umožňuje dosiahnutie cieľov prioritnej osi, na ktoré sa vzťahuje.
aa)	Operačný program - dokument predložený členským štátom a schválený Európskou komisiou, ktorý určuje stratégiu rozvoja pomocou jednotného súboru priorít, ktorá sa má realizovať s pomocou fondu, alebo v prípade cieľa 1 z Kohézneho fondu a ERDF. 
bb)	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené počas obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov alebo výdavkov prijímateľa, a ktoré boli vynaložené na operácie vybrané na podporu v rámci operačných programov v súlade s kritériami výberu a obmedzeniami stanovenými nariadením Rady (ES) č. 1083/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 a nariadením Rady (ES) č. 1084/2006. Oprávnené výdavky pre projekty generujúce príjem upravuje čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. V podmienkach SR za stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov zodpovedá Centrálny koordinačný orgán.
cc)	Orgán auditu - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu, určený členským štátom pre každý operačný program a zodpovedný za overenie riadneho fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu Ministerstvo financií SR.
dd)	Orgán zúčastnený na vykonávaní vládneho auditu - organizačný útvar ústredného orgánu štátnej správy, správy finančnej kontroly vykonávajúci vládny audit, funkčne nezávislý od systému riadenia a kontroly Centrálneho koordinačného orgánu, riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky, certifikačného orgánu, resp. od orgánov/útvarov vykonávajúcich riadiace, monitorovacie a iné implementačné funkcie, s ktorým MF SR uzavrelo dohodu o pravidlách spolupráce pri výkone auditov (výnimkou je správa finančnej kontroly).
ee)	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov - doklad, ktorý pozostáva z formulára a príloh, na ktorého základe prijímateľ potvrdzuje vrátenie finančných prostriedkov v príslušnom pomere na stanovené účty.
ff)	Partner projektu – prijímateľ realizujúci projekt v rámci Cieľa 3 cezhraničnej spolupráce vykonávajúci operácie na základe dohody s vedúcim partnerom projektu a ostatnými partnermi projektu.
gg)	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov zo štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou prijímateľovi. Platobnú jednotku určuje vláda v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
hh)	Pomoc „de minimis“ – pomoc poskytnutá akémukoľvek podniku, ktorá neprekročí súhrnne v prepočte 200 000 EUR v priebehu akéhokoľvek obdobia troch fiškálnych rokov a jej poskytnutie je v súlade s právnym predpisom spoločenstva o poskytnutí pomoci „de minimis“. Celková pomoc „de minimis“ poskytnutá akémukoľvek podniku pôsobiacemu v sektore cestnej dopravy nesmie prekročiť 100 000 EUR v priebehu troch fiškálnych rokov.
ii)	Poskytnutie zálohovej platby prijímateľovi - poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu prijímateľovi z verejnej správy, mimovládnej organizácii v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia a prijímateľom – združeniam právnických osôb z verejnej správy, súkromnej základnej a strednej škole (vrátane cirkevnej), formou zálohovej platby pre projekty financované z ESF, resp. pre všetky projekty zo všetkých fondov, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia, do výšky 40 % (50 % pre prijímateľa z verejného sektora v rámci Operačného programu Vzdelávanie) z relevantnej časti rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po podpise zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a preukázaní prijímateľa o začatí realizácie projektu. 
jj)	Predfinancovanie - poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi z verejnej správy (okrem štátnych rozpočtových organizácií) a prijímateľom - združeniam právnických osôb z verejnej správy, súkromnej základnej a strednej škole (vrátane cirkevnej) pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu, z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroje ERDF, Kohézneho fondu a spolufinancovania štátneho rozpočtu na uhrádzanie záväzkov voči dodávateľovi/zhotoviteľovi na základe predloženia neuhradených účtovných dokladov vystavených dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré prijímateľ predloží v lehote splatnosti. 
kk)	Prijímateľ (Beneficiary) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu. V prípade nástrojov finančného inžinierstva sú prijímateľmi subjekty spravujúce fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy.
ll)	Prioritná os - jedna z priorít stratégie v operačnom programe, ktorá sa skladá zo skupiny navzájom súvisiacich operácií (aktivít) s konkrétnymi, merateľnými cieľmi.
mm)	Prizvaná osoba – zamestnanci útvaru Správy finančnej kontroly Bratislava, Správy finančnej kontroly Zvolen, Správy finančnej kontroly Košice vykonávajúci následnú finančnú kontrolu, iná fyzická osoba alebo zamestnanci právnickej osoby funkčne nezávislé od systému riadenia a kontroly auditovaného subjektu vykonávajúci vládny audit v zmysle týchto postupov. Dohody o spolupráci orgánu auditu s prizvanými osobami budú uzatvárané so štatutárnymi zástupcami prizvaných osôb (okrem fyzických osôb).
nn)	Programový manuál - dokument na národnej úrovni vypracovaný riadiacim orgánom pre každý operačný program cieľa 1 a cieľa 2, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrení.
oo)	Refundácia – poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi zo súkromného sektora a prijímateľovi z verejného sektora na základe dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom za zdroje štátneho rozpočtu a EÚ na základe žiadosti o platbu, ktorej súčasťou sú účtovné doklady, ktoré prijímateľ uhradil najskôr z vlastných zdrojov.
pp)	Riadiaci orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo súkromný orgán určený členským štátom, ktorý je zodpovedný za riadenie operačného programu. Riadiaci orgán je menovaný pre každý operačný program. V podmienkach SR určuje jednotlivé riadiace orgány vláda SR. 
qq)	Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci “de minimis“ - dokumenty, ktoré presne stanovujú pravidlá a podmienky, na základe ktorých môžu poskytovatelia pomoci poskytnúť štátnu pomoc a pomoc „de minimis“ jednotlivým prijímateľom.
rr)	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán.
ss)	Správa o zistenej nezrovnalosti - dokument vyplnený riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom alebo orgánom auditu alebo orgánom vydávajúcim rozhodnutie v správnom konaní, na základe ktorého je oficiálne zdokumentovaná zistená nezrovnalosť.
tt)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - verejný alebo súkromný orgán konajúci v zodpovednosti riadiaceho orgánu, alebo vykonávajúci úlohy v mene riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia o delegovaní právomocí. 
uu)	Strategické usmernenia Spoločenstva o Kohézii (Community Strategic Guidelines on Cohesion - ďalej len „CSG“) – strategický dokument na úrovni ES schválený Radou EÚ, ktorý pri zohľadnení ostatných príslušných politík ES vymedzuje rámec pre používanie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre každý z cieľov.
vv)	Strešný projekt (umbrella project) – projekt realizovaný regionálnym subjektom v rámci priority Fond mikroprojektov operačných programov cehraničnej spolupráce. 
ww)	Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu - komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, prostredníctvom ktorých sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, používanie, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, sledovanie finančných tokov, kontrola a overovanie pri realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
xx)	Štátna pokladnica - orgán štátnej správy zriadený v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému Štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
yy)	Štátna pomoc - akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Spoločenstva.
zz)	Štrukturálne fondy - nástroje štrukturálnej politiky EÚ využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja a Európsky sociálny fond.
aaa)	Účtovný doklad - doklad definovaný v § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Pre účely predkladania žiadostí prijímateľa o platbu a žiadostí prijímateľa o zúčtovanie zálohovej platby sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v ods. 1 písm. a), b), c), d) a f) predmetného zákona, pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje vyhlásenie prijímateľa v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné vyhlásenie v znení „Ďalej prehlasujem, že originály dokumentácie tejto platby, definované na priloženom zozname, sú v držbe tohto subjektu, náležite opečiatkované, podpísané, prístupné na konzultovanie pre účely kontroly a sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve prijímateľa v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
bbb)	Vedúci partner (Lead Partner) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka vystupujúca v mene projektového partnerstva pri projekte operačných programov cieľa 3, a ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky ERDF.
ccc)	Veľký projekt – projekt financovaný z ERDF alebo Kohézneho fondu definovaný v čl. 39 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorého celkové náklady presahujú 25 mil. EUR v sektore životného prostredia a 50 mil. EUR v ostatných sektoroch. Schválenie veľkého projektu si vyžaduje samostatné rozhodnutie Európskej komisie.
ddd)	Verejné výdavky - všetky verejné príspevky na financovanie operácií, ktoré pochádzajú z rozpočtu štátu, regionálnych a miestnych orgánov a Európskych spoločenstiev v súvislosti so štrukturálnymi fondmi a Kohéznym fondom, a akékoľvek podobné výdavky. Za podobný výdavok sa považuje každý príspevok na financovanie operácií pochádzajúci z rozpočtu verejnoprávnych subjektov alebo združení jedného alebo viacerých regionálnych alebo miestnych orgánov, alebo verejnoprávnych subjektov konajúcich v súlade so smernicou Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 18/2004 z 31. marca 2004 o koordinácii postupov zadávania verejných zákaziek na práce, verejných zákaziek na dodávku tovaru a verejných zákaziek na služby
eee)	Vládny audit – vládnym auditom sa rozumie nezávislá, objektívna, overovacia, hodnotiaca a uisťovacia činnosť, ktorá je zameraná najmä na:
-	overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly operačného programu, ktoré sa vykonáva najmä ako systémový audit, 
-	overenie deklarovaných výdavkov Európskej komisii na vhodnej vzorke operácií, ktoré sa vykonáva ako audit operácií
fff)	Vlastné zdroje prijímateľa - finančné prostriedky, ktorými sa podieľa prijímateľ na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie prostriedky, ktoré prijímateľ získal z iného zdroja (okrem zdroja štátneho rozpočtu a zdroja EÚ), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby. 
ggg)	Vyhlásenie o overení - dokument vyplnený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom potvrdzujúci, že čiastky deklarované prijímateľom sú oprávnené a boli riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
hhh)	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci oprávnené výdavky uskutočnené v priebehu stanoveného obdobia oprávnenosti za príslušný operačný program podľa jednotlivých zdrojov a rokov. Výkaz je vypracovaný certifikačným orgánom a tvorí prílohu k žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie.
iii)	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku - podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu uzatvorená medzi riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia pomoci, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.
jjj)	Žiadosť o platbu - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a povinných príloh, na základe ktorého sú prijímateľovi uhrádzané prostriedky štrukturálnych fondov/Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v príslušnom pomere.
kkk)	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a príloh, na základe ktorého má prijímateľ povinnosť vrátiť finančné prostriedky v príslušnom pomere na stanovené účty.

3 Subjekty a ich zodpovednosti
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	centrálny koordinačný orgán,
-	riadiace orgány, 
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	certifikačný orgán,
-	platobné jednotky,
-	monitorovacie výbory.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
-	orgán auditu,
-	orgán zúčastnený na vykonávaní vládneho auditu,
-	príslušné orgány vydávajúce rozhodnutie v správnom konaní,
-	odbor ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je náležité oddelenie funkcií riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a orgánu auditu. 
3.1 Centrálny koordinačný orgán
Funkcie centrálneho koordinačného orgánu v zmysle uznesenia vlády SR č. 832/2006 zo 08.10.2006 vykonáva pre všetky operačné programy s výnimkou operačných programov Cieľa 3 Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR.
Centrálny koordinačný orgán vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
a)	vypracovanie NSRR;
a)	negociovanie s Európskou komisiou o NSRR;
b)	koordináciu prípravy operačných programov a NSRR;
c)	koordináciu implementácie NSRR a ostatných operačných programov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu; 
d)	stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov;
e)	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi pre oblasť programovania, monitorovania a hodnotenia;
f)	vydávanie a aktualizáciu Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, metodických pokynov Centrálneho koordinačného orgánu a výkladov Centrálneho koordinačného orgánu k Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013;
g)	vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie ITMS pre štrukturálne fondy a Kohézny fond;
h)	v spolupráci s riadiacimi orgánmi navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na vyjadrenie Ministerstvu financií SR, na schválenie vláde SR a na schválenie Národnému monitorovaciemu výboru;
i)	vypracovanie vnútorného manuálu centrálneho koordinačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
j)	predloženie vnútorného manuálu centrálneho koordinačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti certifikačnému orgánu a orgánu auditu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný ministrom výstavby a regionálneho rozvoja, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim;
k)	činnosť sekretariátu Národného monitorovacieho výboru pre NSRR.
3.2 Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom
Rozhodnutie o zriadení príslušných riadiacich a sprostredkovateľských orgánov vydáva vláda SR v nadväznosti na rozhodnutie o štruktúre operačných programov pre jednotlivé ciele. Každý riadiaci orgán môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ale celkovú zodpovednosť za riadenie programov nie je možné delegovať. Delegovanie právomocí musí byť upravené splnomocnením o delegovaní právomocí, ktoré riadiaci orgán poskytne certifikačnému orgánu na informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje certifikačný orgán o dodatkoch k splnomocneniu o delegovaní právomocí. Splnomocnenie môže byť uzavreté len so subjektami, ktoré majú právnu subjektivitu. 
Jednotlivé riadiace orgány vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
a)	vypracovanie operačného programu, vrátane finančného plánu;
b)	vypracovanie programového manuálu k operačnému programu;
c)	v relevantných prípadoch vypracovanie schém štátnej pomoci a schém „de minimis“;
d)	vytvorenie vhodného systému implementácie operačného programu;
e)	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a jeho zavedenie ako organizačnej smernice organizácie;
f)	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti certifikačnému orgánu a orgánu auditu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim; 
g)	predkladanie výročnej správy o vykonávaní programu certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 10 pracovných dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 67 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
h)	v relevantných prípadoch uzatvorenie splnomocnenia o delegovaní právomocí na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a jeho predloženie certifikačnému orgánu, vrátane prípadných dodatkov, pre informáciu v termíne do 10 pracovných dní od podpisu zodpovedným vedúcim;
i)	v relevantných prípadoch kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
j)	spolufinancovanie operačného programu zo štátneho rozpočtu;
k)	podrobnejšiu úpravu pravidiel finančného riadenia vo vzťahu k prijímateľom v súlade s týmto materiálom; 
l)	prijímanie, hodnotenie a schvaľovanie žiadostí prijímateľov o poskytnutie nenávratného finančného príspevku; 
m)	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a jej dodatkov, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia zmluvných podmienok;
n)	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
o)	zaregistrovanie žiadosti o platbu v ITMS do 3 pracovných dní odo dňa prijatia jej písomnej verzie;
p)	overovanie žiadosti o platbu v rámci jednotlivých zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, súčasťou ktorého je aj predbežná finančná kontrola, chronologicky podľa dátumu ich zaregistrovania riadiacim orgánom. Toto overenie zahrňuje:
-	administratívne overenie každej žiadosti o platbu, 
-	overenie na mieste v zmysle zásad definovaných v Systéme riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 2.0;
q)	v rámci administratívneho overenia žiadosti o platbu:
-	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti o platbu;
-	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje: 
i)	overenie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	preukázateľné matematické overenie výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (overenie uplatňovaných položiek na základe účtovného dokladu, prípadne účtovného podkladu a ich porovnanie s rozpočtom projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, overenie na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	overenie súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	overenie súladu s legislatívou SR a legislatívou ES týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí, publicity a pod.;
r)	v rámci overenia na mieste overenie najmä:
-	skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác a poskytnutých služieb; 
-	správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o ERDF, ESF a Kohéznom fonde;
-	zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve prijímateľa;
-	zabezpečenia publicity a pod.;
s)	overenie na mieste podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, pri ktorom sa môžu overiť aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
t)	schvaľovanie a predloženie žiadosti o platbu vrátane vyhlásenia o overení platobnej jednotke; 
u)	schvaľovanie a predkladanie žiadosti o platbu vedúceho partnera vrátane vyhlásenia o overení certifikačnému orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 minimálne jedenkrát ročne a maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR;
v)	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa v rozsahu prílohy č. 17;
w)	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“ do 30 pracovných dní od 31. 12. roku „n“ certifikačnému orgánu (príloha č. 18);
x)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10.1 vrátane aktualizácie údajov o zistenej nezrovnalosti v ITMS;
y)	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo väzbe na vysporiadanie finančných vzťahov s prijímateľom alebo systémové nezrovnalosti);
z)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS;
aa)	navrhovanie realokácie prostriedkov v rámci operačného programu, ich predloženie certifikačnému orgánu na posúdenie a následne ich predkladanie monitorovaciemu výboru na schválenie;
bb)	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov certifikačnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka v termíne do 10. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca v spolupráci s platobnou jednotkou;
cc)	predkladanie správ z vládnych auditov a protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich prerokovania;
dd)	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na riadiacom orgáne/sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu prostredníctvom riadiaceho orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
ee)	vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným Európskou komisiou, vnútorným, resp. externým auditom (aj auditom Európskej komisie) a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu. V prípade, ak je to relevantné riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s platobnou jednotkou;
ff)	informovanie certifikačného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber žiadostí o poskytnutie NFP najneskôr 5 pracovných dní pred zasadnutím;
gg)	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber žiadostí o poskytnutie NFP certifikačnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu;
hh)	dodržiavanie usmernení certifikačného orgánu k finančnému riadeniu;
ii)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 15 pracovných dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
jj)	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
kk)	v relevantných prípadoch uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
ll)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci ES minimálne do      31. 12. 2021. 
3.3  Certifikačný orgán 
Funkcie certifikačného orgánu v zmysle uznesenia vlády č. 832/2006 z 08.10.2006 vykonáva pre všetky operačné programy sekcia európskych a medzinárodných záležitostí Ministerstva financií SR. 
Certifikačný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu certifikačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
b)	koordináciu systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
c)	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu;
d)	metodické usmerňovanie platobných jednotiek, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom v oblasti finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
e)	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
f)	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
g)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisie na základe jej písomnej žiadosti do 15 pracovných dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
h)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach poradných výborov Európskej komisie - Výboru pre koordináciu fondov a Výboru podľa čl. 147 Zmluvy v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
i)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach monitorovacích výborov v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
j)	vypracovanie zmien v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 a ich predkladanie ministrovi financií SR na schválenie. V prípade zásadných zmien bude Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 predložený na schválenie vláde SR; 
k)	poskytovanie výnimiek zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí orgánov zapojených do finančného riadenia adresovaných ministrovi financií. Pri posudzovaní každej z výnimiek certifikačný orgán dôsledne zváži ich dopad;
l)	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby a o záverečnú platbu Európskej komisii pre všetky operačné programy;
m)	koordináciu pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
n)	overenie súhrnnej žiadosti o platbu, súčasťou ktorého je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje:
-	administratívne overenie:
o	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu,
o	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
o)	overenie žiadostí o platbu v rámci Operačného programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR;
p)	certifikačné overenie na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky uhrádzané počas obdobia oprávnenosti, 
-	boli vykonané overenia dodania spolufinacovaných tovarov, služieb a prác,
-	realizované výdavky sú reálne, 
-	sa postupovalo v súlade so záväznými právnymi predpismi ES a SR a ostatnými záväznými dokumentmi, 
-	existuje overiteľná podporná dokumentácia, 
-	sa uchováva a dodržiava audit trail.
V prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalostí s finančným dopadom na každej z certifikovaných úrovní, okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný projekt, vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti a informovanie Centrálneho kontaktného útvaru pre OLAF v SR, resp. aj orgánu auditu. Dané informácie orgán auditu využije pri plánovaní a výbere doplnkovej vzorky na audit operácií. 
V prípade zistenia závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenia na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti pozastavenie platieb pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informovanie riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky pre príslušný operačný program;
q)	certifikáciu výkazu výdavkov Európskej komisii;
r)	zostavenie a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii na základe čiastkových výkazov výdavkov a schválených súhrnných žiadostí o platbu predložených platobnými jednotkami a overenia vybraných vyhlásení o overení vypracovaných riadiacimi orgánmi alebo sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
s)	informovanie príslušnej platobnej jednotky o zaslanej žiadosti o platbu Európskej komisii do 10 pracovných dní od jej odoslania Európskej komisii;
t)	zriadenie osobitných mimorozpočtových účtov pre prostriedky EÚ v Štátnej pokladnici za každý operačný program;
u)	príjem prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty MF SR;
v)	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na účet príslušného ministerstva ako platobnej jednotky na základe súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
w)	prevod finančných prostriedkov ERDF z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na účet vedúceho partnera v rámci Operačného programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR v mene EUR;
x)	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky;
y)	zostavenie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov/sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom každý rok do konca apríla;
z)	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
aa)	zriadenie mimorozpočtových účtov v Štátnej pokladnici slúžiacich na vyrovnávanie kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov;
bb)	vedenie knihy dlžníkov;
cc)	zostavenie a predloženie Európskej komisii do 31. marca výkazu prostriedkov k 31. decembru predchádzajúceho roka, ktoré boli vrátené, majú byť vrátené, resp. boli vylúčené z výkazu výdavkov v členení podľa rokov začatia konania v súlade s prílohou č. 11 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006; 
dd)	koordináciu finančných tokov v oblasti vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
ee)	finančné opravy prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na základe požiadaviek Európskej komisie;
ff)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici pre príjem prostriedkov EÚ od prijímateľov z titulu finančného vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
gg)	vrátenie neoprávnene použitých alebo nevyužitých prostriedkov Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
hh)	vypracovanie a predkladanie odboru ochrany finančných záujmov EÚ na Úrade vlády SR podkladov k štvrťročným správam o nezrovnalostiach (výkaz vrátených neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov čakajúcich na vymoženie a výkaz neoprávnene použitých alebo zadržaných prostriedkov, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť) a správ o zistených nezrovnalostiach;
ii)	spracovanie relevantných častí výročných správ o vykonávaní programu týkajúcich sa čerpania prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
jj)	vedenie jednotného systému postupov účtovania pre certifikačný orgán a platobné jednotky vrátane zabezpečenia jednotného informačného systému pre účtovníctvo pre platobné jednotky (Informačného systému účtovania fondov ISUF);
kk)	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu systémov ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému prostredníctvom sekcie správy majetku a služieb;
ll)	vedenie účtovníctva a finančného výkazníctva;
mm)	 uschovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci ES minimálne do 31.12.2021;
nn)	sledovanie, či riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky vykonali nápravné opatrenia v nadväznosti na vykonané externé audity, vnútorné audity a kontroly týchto orgánov;
oo)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa.
V rámci cieľa 3 plní Ministerstvo financií SR funkciu certifikačného orgánu pre program cezhraničnej spolupráce SR - Česká republika. V prípade ostatných programov cezhraničnej, nadnárodnej a medziregionálnej spolupráce vystupuje ako certifikačný orgán partnerský štát. 
3.4 Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je zabezpečiť prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu prijímateľovi v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy). 
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva/agentúry;
b)	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti certifikačnému orgánu a orgánu auditu v elektronickej forme a v písomnej forme, zviazaný a podpísaný zodpovedným vedúcim, a to najneskôr do 10 pracovných dní od schválenia zodpovedným vedúcim; 
c)	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
d)	rozpočtovanie prostriedkov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v štátnom rozpočte pre príslušný rok;
e)	predbežná finančná kontrola žiadostí o platbu, ktorá zahŕňa overenie formálnej správnosti dokumentov predložených riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, overenie súladu žiadostí s rozpočtom projektu a s rozpočtovým limitom pre danú prioritnú os a opatrenie;
f)	prevod prostriedkov EÚ v súlade s čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy; 
g)	prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. hlavným projektovým partnerom v rámci Operačného programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR;
h)	vyplnenie a predkladanie súhrnných žiadostí o platbu a čiastkových výkazov výdavkov certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov osobitne za každý fond;
i)	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
j)	vedenie výkazníctva a uschovávanie dokladov;
k)	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov;
l)	predkladanie zoznamu vykonaných platieb certifikačnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 11a a 11b) za príslušný mesiac najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca. K uvedenému zoznamu prikladá platobná jednotka výpis z výdavkového účtu, resp. kópie realizovaných rozpočtových opatrení. V stanovenom termíne zašle platobná jednotka informáciu na certifikačný orgán aj v prípade, ak za príslušný mesiac nevykonala žiadne platby; 
m)	predkladanie prehľadu realizovaných platieb platobnou jednotkou (príloha 13) certifikačnému orgánu za príslušný štvrťrok najneskôr do 5. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného štvrťroku;
n)	predkladanie podpisových vzorov zamestnancov platobnej jednotky splnomocnených schvaľovať a vyhotovovať súhrnné žiadosti o platbu certifikačnému orgánu do 10 pracovných dní od ich zmeny;
o)	vypracovanie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov za operačné programy cieľa 3 okrem Operačného programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika certifikačnému orgánu pre potreby prípravy a aktualizácie rozpočtu verejnej správy;
p)	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom najneskôr do 5 pracovných dní od jej zistenia;
q)	predkladanie správ z vládnych auditov a protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich prerokovania;
r)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky certifikačnému orgánu do 5 pracovných dní od ich podpisu;
s)	predkladanie opatrení k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na platobnej jednotke a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu v termíne do 10 pracovných dní od ich prijatia;
t)	vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným Európskou komisiou, vnútorným, resp. externým auditom (aj auditom Európskej komisie) a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu. V prípade, ak je to relevantné platobná jednotka spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom;
u)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS a ISUF;
v)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci ES minimálne do 31. 12. 2021. 
3.5 Monitorovacie výbory
Monitorovacie výbory sa zriaďujú pre každý operačný program najneskôr tri mesiace od dátumu oznámenia rozhodnutia Európskej komisie o schválení operačného programu. 
Monitorovacie výbory pre operačné programy sú vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zodpovedné za nasledovné úlohy:
a)	prerokovanie a schvaľovanie hodnotiacich a výberových kritérií pre výber projektov, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po rozhodnutí Európskej komisie o schválení operačného programu, ako aj schvaľovanie zmien týchto kritérií;
b)	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov operačného programu na základe dokumentov predložených riadiacim orgánom;
c)	monitorovanie výsledkov vykonávania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, najmä dosiahnutia cieľov stanovených pre každú prioritnú os a v rámci priebežného hodnotenia;
d)	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečnej správy o vykonávaní programu, ktoré sú predložené Európskej komisii;
e)	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu operačného programu vrátane presunov finančných prostriedkov medzi prioritnými osami;
f)	navrhovanie akejkoľvek úpravy alebo preskúmania operačného programu;
g)	schvaľovanie finančného plánu.
V podmienkach SR sa zároveň zriaďuje Národný monitorovací výbor pre NSRR, ktorého zodpovednosťou je z pohľadu finančného riadenia predovšetkým schvaľovanie zmien v NSRR spadajúcich do jeho právomocí vrátane presunov finančných prostriedkov medzi operačnými programami cieľa 1, resp. cieľa 2.
3.6 Orgán auditu
V súlade s čl. 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je členský štát povinný pre každý operačný program zriadiť orgán auditu. Tento orgán ako aj orgány zúčastnené na výkone vládneho auditu a prizvané osoby musia byť funkčne nezávislé od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, certifikačného orgánu a platobnej jednotky. Orgán auditu musí rovnako zabezpečiť, aby sa v rámci výkonu vládnych auditov zohľadňovali medzinárodne uznávané audítorské štandardy. Orgán auditu koordinuje centrálne plánovanie, výkon a monitorovanie výsledkov z vládnych auditov. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu v zmysle uznesenia vlády SR č. 457/2006 zo 17. 05. 2006 sekcia auditu a kontroly Ministerstva financií SR. 
Orgán auditu zodpovedá najmä za:
a)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával s cieľom overiť účinnosť fungovania systémov riadenia a kontroly operačného programu; 
b)	zabezpečenie, aby sa audity operácií vykonávali na vhodnej vzorke, aby sa preverili výdavky deklarované Európskej komisii;
c)	vykonávanie vládneho auditu;
d)	vypracovanie ročného plánu vládnych auditov na príslušný kalendárny rok;
e)	zabezpečenie metodického dohľadu nad orgánmi zúčastnenými na vykonávaní vládneho auditu a prizvanými osobami;
f)	zabezpečenie kvalifikovaných zamestnancov na vykonávanie vládneho auditu;
g)	zabezpečenie, aby sa v rámci vládneho auditu zohľadňovali vybrané medzinárodne uznávané audítorské štandardy;
h)	zabezpečenie vzdelávania zamestnancov vykonávajúcich vládny audit;
i)	monitorovanie výsledkov z vládnych auditov;
j)	spoluprácu pri výkone auditu externými subjektami, napr. Európskou komisiou, Európskym dvorom audítorov;
k)	predloženie Európskej komisii stratégie auditu do deviatich mesiacov od schválenia operačného programu, ktorá sa zaoberá subjektami vykonávajúcimi vládny audit, použitou metódou, popisom výkonu dohľadu nad orgánmi zúčastnenými na vykonávaní vládneho auditu, metódou výberu vzorky na vládny audit a orientačným plánom vládnych auditov s cieľom zabezpečiť, aby sa vládnym auditom podrobili hlavné subjekty, a aby boli vládne audity celého programového obdobia rozvrhnuté rovnomerne.
l)	do 31. decembra každého roku od roku 2008 do 2015 za:
-	predloženie Európskej komisii výročnej kontrolnej správy za operačný program, ktorá obsahuje zistenia z vládnych auditov vykonaných počas predchádzajúceho 12-mesačného obdobia, ktoré sa končí 30. júna dotknutého roku, v súlade so stratégiou auditu operačného programu a uvádza nedostatky zistené v systémoch riadenia a kontroly programu. Prvá správa, ktorá sa predloží do 31. decembra 2008, sa vzťahuje na obdobie od 1. januára 2007 do 30. júna 2008. Informácie týkajúce sa overovaní vykonaných po 1. júli 2015 sa zahrnú do záverečnej správy, ktorá je podkladom pre vyhlásenie o ukončení uvedené v písmene e) čl. 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
-	na základe vládnych auditov, ktoré sa vykonali pod jeho vedením, vydanie stanoviska o tom, či systém riadenia a kontroly operačného programu funguje dostatočne účinne na to, aby poskytol primeranú záruku, že výkazy výdavkov, ktoré sa predkladajú Európskej komisii, sú správne a na základe toho primeranú záruku, že príslušné transakcie sú zákonné a správne;
-	predloženie v prípadoch stanovených v čl. 88 všeobecného nariadenia, vyhlásenia o čiastočnom ukončení operačného programu, ktorým sa posudzuje zákonnosť a správnosť príslušných výdavkov;
Ďalej je orgán zodpovedný za:
m)	predloženie Európskej komisii najneskôr do 31. marca 2017 vyhlásenia o ukončení operačného programu, ktoré posudzuje platnosť žiadosti o záverečnú platbu a zákonnosť a správnosť príslušných transakcií zahrnutých do záverečného výkazu výdavkov, ktorý je doložený záverečnou kontrolnou správou;
n)	spoluprácu s certifikačným orgánom a odborom ochrany finančných záujmov EÚ a boja proti korupcii Úradu vlády SR v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov ES;
o)	predkladanie správ zo všetkých vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí vykonaných orgánom auditu, resp. orgánmi zúčastnenými na vykonávaní vládneho auditu a prizvanými osobami (v elektronickej forme) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny certifikačnému orgánu, príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom bezodkladne;
p)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnymi auditmi a zistenými nezrovnalosťami v ITMS a CEDIS.
q)	vypracovanie správy o výsledku posudzovania riadiacich a kontrolných systémov a stanovísk k ich súladu s čl. 58 – 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 pre všetky operačné programy cieľa 1 a 2;
r)	predkladanie ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 53b (3) nariadenia (ES, Euratom) č. 1605 /2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev.
Orgán auditu a orgán zúčastnený na vykonávaní vládneho auditu má právo vyžiadať od subjektov zapojených do finančného riadenia, aby v ním určenej primeranej lehote zabezpečili priame pripojenie a prístup orgánu auditu do informačných systémov nimi prevádzkovaných v celom rozsahu uplatňovania pôsobnosti orgánu auditu. 
Subjekty zapojené do procesu implementácie, overovania a orgány zúčastnené na vykonávaní vládneho auditu sú povinné poskytnúť orgánu auditu potrebnú súčinnosť, poskytovať informácie, predkladať doklady, dávať vysvetlenia súvisiace s plnením úloh orgánu auditu v ním určenej lehote a rozsahu. Zároveň sú povinné spolupracovať s orgánom auditu, najmä vykonať na vyžiadanie orgánu auditu vládny audit a predkladať výsledné materiály z vykonaného vládneho auditu.
Orgán auditu, orgány zúčastnené na vykonávaní vládneho auditu a prizvané osoby v prerokovaných správach z vládnych auditov vrátane podpísaných správ o zistených nezrovnalostiach pre projekty štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a zároveň zaevidujú príslušné údaje o zisteniach a nezrovnalostiach do ITMS a CEDIS.
Správy finančnej kontroly vo vzťahu k vydaným rozhodnutiam v správnom konaní plnia najmä nasledovné úlohy:
a)	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu;
b)	aktualizovanie údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami prijímateľov v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
c)	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa splatnosti pohľadávky certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.
3.7 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR, ktoré nepatrí pod orgán auditu, ale je v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho služobného úradu, je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správy finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe vykonaných vládnych auditov zameraných na hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými kontrolnými orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov aktualizuje údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
3.8 Odbor ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii 

Funkciu koordinačného útvaru boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva odbor ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii, ktorý je organizačným útvarom Sekcie kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR.
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
a)	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov EÚ v SR v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov ES v SR;
b)	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí OLAF-u (Európska komisia);
c)	vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od certifikačného orgánu a jej predkladanie OLAF-u (Európska komisia) prostredníctvom informačného systému AFIS. Túto správu zasiela v písomnej forme certifikačnému orgánu;
d)	v prípade zistenia nezrovnalosti alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti bezodkladné informovanie certifikačného orgánu a subjektu, ktorého sa nezrovnalosť týka (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a orgán auditu) v správe o zistenej nezrovnalosti.

4 Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 Podpora zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov v rámci cieľa 1 a 2 má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy ES. V zmysle uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:
Tabuľka č. 1:
Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky ES
Cieľ	Región NUTS II	Územie	
1	Západné Slovensko	Trnavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj	
	Stredné Slovensko 	Žilinský samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj	
	Východné Slovensko	Prešovský samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj	
2	Bratislavský kraj	Bratislavský samosprávny kraj	
Možnosť získať prostriedky z Kohézneho fondu má celý región NUTS I, tzn. celé územie Slovenskej republiky.
Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu realizované v rámci operačných programov na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou, s výnimkou veľkých projektov. 
Možnosť získať prostriedky z ERDF v rámci cieľa 3 majú regióny NUTS III, tzn. vyšších územných celkov.
Pomoc Európskych spoločenstiev sa poskytuje prostredníctvom nasledovných fondov:
-	ERDF,
-	ESF, 
-	Kohézny fond. 
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3, ESF k dosiahnutiu cieľov 1 a 2 a Kohézny fond k dosiahnutiu cieľa 1. 
Finančné rozdelenie pre cieľ 1 vychádza z kritérií stanovených v čl. 19 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, národná prosperita a miera nezamestnanosti.
Finančná alokácia čiastok rozdelených v rámci cieľa 2 je založená na kritériách stanovených v čl. 20 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, miera nezamestnanosti, miera zamestnanosti a hustota obyvateľstva. 
Pri cieli 3 finančné rozdelenie vychádza z kritérií uvedených v čl. 21 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo. 
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa jednotlivých cieľov, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými fondmi a operačnými programami je vo výlučnej kompetencii SR. 
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v programovom období 2007 - 2013 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty pre prijímateľov, vrátane veľkých projektov, je ohraničené odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, od 1. januára 2007 najneskôr do 31. decembra 2015. Akékoľvek výdavky realizované prijímateľmi pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. Projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu nesmú byť ukončené pred začatím obdobia oprávnenosti;
•	jednotlivé operačné programy môžu byť financované len z jedného fondu s výnimkou ERDF a Kohézneho fondu, ktoré musia byť súčasťou spoločných operačných programov dopravnej infraštruktúry a životného prostredia, vrátane veľkých projektov;
•	operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu obsahujú samostatnú prioritnú os pre každý z fondov;
•	financovanie z ERDF a ESF sa môže dopĺňať do výšky 10 % (15 % pre projekty financované z ESF v rámci sociálnej inklúzie) každej prioritnej osi operačného programu, pri činnostiach patriacich do rozsahu pôsobnosti pomoci z iného fondu za predpokladu, že tieto činnosti sú potrebné na uspokojivú realizáciu operácie/projektu a sú s ňou priamo spojené.
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci prijíma Európska komisia pre NSRR a operačné programy. Rozhodnutie k NSRR, ktoré prijíma Európska komisia súbežne alebo po schválení operačných programov, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na operačné programy. Rozhodnutie na operačný program, ktoré prijíma Európska komisia najneskôr do 4 mesiacov od predloženia akceptovateľného operačného programu členským štátom, nie však pred 1. januárom 2007, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na prioritné osi.
Rozhodnutia k veľkým projektom prijíma Európska komisia v súlade s čl. 41 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 jednotlivo, a to najneskôr do 3 mesiacov od predloženia akceptovateľnej žiadosti zo strany riadiaceho orgánu. 
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritnými osami operačného programu má dopad na finančný plán a vyžaduje si nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušným monitorovacím výborom. Nové rozhodnutie prijme Európska komisia po dohode s členským štátom najneskôr do troch mesiacov od formálneho predloženia žiadosti členského štátu. 
Akékoľvek presuny v rámci operačných programov, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun v rámci jednej prioritnej osi z roku 2007 do roku 2008) nie sú možné. 
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 majú rovnako dopad na finančné plány a vyžadujú si nové rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušnými monitorovacími výbormi. 
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov príslušných operačných programov za jednotlivé roky, sú možné len za predpokladu, že akékoľvek zvýšenie v rámci operačného programu za určitý rok musí byť kompenzované adekvátnym znížením v inom operačnom programe za ten istý rok, keďže celkový rozpočtový záväzok daného roka za príslušný cieľ nemôže byť znížený. 
Výška celkových rozpočtových záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná, preto akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné. 
Presuny medzi prioritnými osami operačného programu alebo operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 možno realizovať len za príslušný rok alebo na budúce roky. To znamená, že takéto presuny nemožno realizovať retroaktívne. 
Akékoľvek presuny medzi prioritnými osami operačného programu možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. decembra roku aktuálneho záväzku.
Akékoľvek presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. septembra roku aktuálneho záväzku. 
Zmeny, resp. nové rozhodnutie k operačným programom si nevyžaduje nové rozhodnutie k NSRR.
Akékoľvek presuny medzi opatreniami prioritných osí sú možné, vrátane retroaktívnych presunov za predpokladu, že sa nezmení celková výška národných verejných zdrojov pre danú prioritnú os. Takéto presuny podliehajú schváleniu monitorovaciemu výboru. Príslušné riadiace orgány sú povinné predkladať všetky návrhy na realokáciu finančných prostriedkov ešte pred ich schvaľovacím procesom v rámci monitorovacieho výboru certifikačnému orgánu na posúdenie.
4.4 Záväzky a platby z ES 
4.4.1 Záväzky 
4.4.1.1 Záväzky vo vzťahu k operačným programom 
Príspevok ES poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období, sú prijímané každoročne pre každý cieľ a operačný program. Pre operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu sa prijíma záväzok za každý fond jednotlivo. Prvý záväzok sa prijme pred tým, ako Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci k príslušnému operačnému programu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov na roky 2007 - 2010 pre všetky operačné programy Slovenskej republiky je možné podľa pravidla n+3 do troch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.4.2) do konca tretieho roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov na roky 2011 - 2013 pre všetky operačné programy Slovenskej republiky je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.4.2) do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti záväzku pre  rok n na daný operačný program:
-	je potrebné, aby certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“;
-	výkaz výdavkov predkladaný Európskej komisii musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným zo strany prijímateľov, tzn. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu, vrátane certifikačného orgánu. 
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu záväzku je rozpočtový záväzok roku 2007, ktorý je znížený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou a rozpočtový záväzok pre rok 2013, na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 31. marca 2017 formou žiadosti o záverečnú platbu. 
Automatické zrušenie sa nevzťahuje na:
-	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Takéto prípady najčastejšie zahrňujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi prijímateľom a dodávateľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a prijímateľom ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku „n+3“, resp. „n+2“. Certifikačný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+3“, resp. „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola prijímateľom v období „n+3“, resp. „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu; 
-	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že certifikačný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej Európskej komisii do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF Európskej komisii; 
-	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorý predložil certifikačný orgán žiadosť o platbu, no ktorej úhradu Európska komisia prerušila alebo pozastavila 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ v súlade s čl. 91 a 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. Ak sa vyriešil problém, ktorý viedol k prerušeniu alebo pozastaveniu, pravidlo automatického zrušenia sa uplatní na tú časť rozpočtového záväzku, ktorá sa považuje za použitú nenáležite; 
-	tú časť rozpočtového záväzku, na ktorú bola predložená žiadosť o platbu, ale ktorej úhrada bola obmedzená, najmä z nedostatku rozpočtových zdrojov;
-	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorú nebolo možné predložiť prijateľnú žiadosť o platbu z dôvodov vyššej moci, ktorá závažným spôsobom ovplyvňuje plnenie operačného programu. Národné orgány, ktoré vyhlásili pôsobenie vyššej moci, musia dokázať jej priame následky na plnenie celého operačného programu alebo jeho časti.
Určitú výnimku vo vzťahu k automatickému zrušeniu záväzku tvoria aj veľké projekty a schémy štátnej pomoci. Čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie v čase prijatia rozhodnutia Európskej komisie k veľkému projektu alebo schéme štátnej pomoci, bude znížená o ročné sumy zodpovedajúce danému veľkému projektu alebo schéme štátnej pomoci. Lehota na automatické zrušenie záväzku pre veľké projekty a schémy štátnej pomoci sa začína až odo dňa rozhodnutia Európskej komisie k uvedenému projektu, resp. schéme štátnej pomoci. 
V prípade existencie rizika uplatnenia automatického zrušenia záväzku podľa čl. 91 a 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 Európska komisia informuje členský štát a dotknuté orgány o výške sumy automatického zrušenia záväzku. Odo dňa prijatia tejto informácie má členský štát dvojmesačnú lehotu na odsúhlasenie stanovenej sumy, resp. na predloženie pripomienok. O čiastku automatického zrušenia záväzku je znížený príspevok z EÚ na príslušný rok. Členský štát v termíne do dvoch mesiacov od zrušenia zostaví revidovaný finančný plán, v ktorom odzrkadlí zníženú sumu na relevantné prioritné osi operačného programu. Ak tak neurobí, Európska komisia pomerne zníži sumy pridelené pre každú prioritnú os operačného programu.

4.4.1.2 Záväzky vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2007 - 2013 nestanovujú konečný termín na uzavretie záväzkov s prijímateľmi, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2014 a 2015. Prijímateľ je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2015, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.  
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2007 - 2013 rovnako nestanovujú pravidlo n+2, resp. n+3 na jednotlivé projekty, tzn. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva, resp. tri roky. 
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES pre programové obdobie 2007 - 2013 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného rozpočtového záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy rozpočtových záväzkov na daný operačný program. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných rozpočtových záväzkov ES na príslušný operačný program platí, že tieto záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného rozpočtového záväzku (napr. v roku 2008 je možné čerpať z rozpočtových záväzkov z rokov 2007 a 2008, nie však z roku 2009).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých rozpočtových záväzkov pre operačný program, za predpokladu rešpektovania pravidla n+3, resp. n+2, tzn. že finančné prostriedky zo záväzku roku „n“ je možné dočerpať do roku „n+3“, resp. „n+2“. V praxi to znamená, že na: 
-	projekt schválený v roku 2007 možno čerpať zo záväzku roku 2007, aj zo záväzku rokov 2008 – 2013;
-	projekt schválený v roku 2008 možno čerpať zo záväzku roku 2007 (v prípade, ak nie je dočerpaný), 2008 – 2013;
-	projekt schválený v roku 2009 možno čerpať zo záväzku rokov 2007, 2008 (v prípade, ak nie je dočerpaný), 2009 – 2013;
-	projekt schválený v roku 2010 možno čerpať zo záväzku rokov 2007, 2008 a 2009 (v prípade, ak nie je záväzok za príslušný rok dočerpaný) a rokov 2010 – 2013 atď.
Oprávnené obdobie pre výdavky na projekty plynie odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, najneskôr od 1. januára 2007 do 31. decembra 2015. V podmienkach SR je oprávnené obdobie od 01. 01. 2007 vzhľadom na skutočnosť, že žiaden operačný program nebol predložený na Európsku komisiu pred týmto dátumom. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva ES nestanovuje, či oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. V prípade poskytovania štátnej pomoci upravuje oprávnené obdobie pre výdavky čl. 3, ods. 3.4. usmernení uverejnených v Úradnom vestníku EÚ pod číslom C 229 dňa 14.09.2004. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci operačného programu je v právomoci riadiaceho orgánu. 

4.4.2 Platby z Európskej komisie 
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom účte MF SR pridelí certifikačný orgán na ten istý účel pomoci v zmysle čl. 83 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. V zmysle tohto čl. sú získané úroky považované za zdroje Slovenskej republiky ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje certifikačný orgán Európskej komisii v rámci žiadosti o záverečnú platbu. 
Platby z Európskej komisie realizované pre každý programový dokument jednotlivo môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich s príslušným operačným programom. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku. 
Priebežné platby a záverečnú platbu realizuje Európska komisia podľa pomeru stanoveného v príslušnom rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre daný operačný program na úrovni prioritných osí k celkovým oprávneným verejným výdavkom uvedeným v predloženom výkaze výdavkov v zmysle čl. 53 ods. 1 písmena b) nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. 
Akákoľvek komunikácia medzi certifikačným orgánom a Európskou komisiou týkajúca sa platieb sa uskutočňuje elektronickými prostriedkami. V prípade vyššej moci, a najmä ak nastane porucha spoločného počítačového systému alebo ak nie je trvalé spojenie, certifikačný orgán môže zaslať výkaz výdavkov a žiadosť o platbu v písomnej forme.
Zálohová platba z Európskej komisie 
Pri prijatí rozhodnutia o poskytnutí pomoci na operačný program prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami zo strany prijímateľov až do podania žiadosti o záverečnú platbu Európskej komisií, dokedy musí byť najneskôr v celej sume zúčtovaná. 
V čl. 82 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 sa uvádza, že zálohová platba zo štrukturálnych fondov poskytnutá členským štátom predstavuje 7 % z celkových záväzkov ES vyčlenených na daný operačný program. Zálohová platba z Kohézneho fondu predstavuje 10,5 % z celkových záväzkov ES vyčlenených na daný operačný program.
Zálohová platba na operačný program je rozdelená na tri rozpočtové roky:
-	2 % z príspevku štrukturálneho fondu v roku 2007, 3 % v roku 2008 a 2 % v roku 2009;
-	2,5 % z príspevku Kohézneho fondu v roku 2007, 4 % v roku 2008 a 4 % v roku 2009.
Táto zálohová platba predstavuje počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci výdavky na rozbehnutie operačných programov.
Ak certifikačný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 24 mesiacov od poskytnutia prvej časti zálohovej platby, musí certifikačný orgán vrátiť Európskej komisii celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z Európskej komisie
Certifikačný orgán na základe predložených a schválených súhrnných žiadostí o platbu od platobných jednotiek predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 
Prvú priebežnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu splnenia podmienok stanovených čl. 71 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, tzn., že výrok audítora v rámci správy k opisu riadiacich a kontrolných systémov neobsahuje výhrady a Európska komisia k uvedeným dokumentom nemala pripomienky. V prípade, ak výrok audítora obsahuje výhrady, Európska komisia prevedie prvú priebežnú platbu až potom, ako boli výhrady stiahnuté a potvrdené Európskej komisii. 
Každú priebežnú platbu ako aj záverečnú platbu prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany prijímateľov, ktoré boli alebo majú byť preplatené z nenávratného finančného príspevku. Tieto výdavky musia byť podložené faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. Čo sa týka projektov realizovaných v rámci schém štátnej pomoci alebo schém de minimis, deklarované výdavky zodpovedajúce nenávratnému finančnému príspevku musia byť v čase predloženia žiadosti o platbu Európskej komisii aj preplatené prijímateľom. 
Z vyššie uvedeného vyplýva, že každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným žiadostiam o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
-	schváleným súhrnným žiadostiam platobnej jednotky o platbu certifikačným orgánom.
Preto najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu zo strany certifikačného orgánu.
Výdavky na veľké projekty definované čl. 39 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 môžu byť zahrnuté do výkazu výdavkov len za predpokladu, že tieto projekty boli schválené rozhodnutím Európskej komisie. 
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva (nepriame formy pomoci) podľa čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a konkrétne o fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy, výdavky zahrnuté do žiadosti o priebežnú platbu Európskej komisii zodpovedajú výdavkom zaplateným pri založení takýchto fondov alebo príspevkom do nich, tzn. zodpovedajú platbám vykonaných platobnou jednotkou v prospech prijímateľov spravujúcich fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy.
Úroky získané v rámci operačných programov z platieb na aktivity finančného inžinierstva budú použité na financovanie projektov mestského rozvoja v prípade fondov mestského rozvoja alebo pre malé a stredné podniky v ostatných prípadoch. Zdroje vrátené do operácie z investovania alebo tie, ktoré zostali po zaplatení všetkých záruk, sa opätovne využijú pre rozvoj malých a stredných podnikov alebo v prospech projektov mestského rozvoja.
Európska komisia prevedie priebežnú platbu za splnenia nasledovných podmienok:
a)	certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu a výkaz výdavkov;
b)	riadiaci orgán zaslal Európskej komisii najnovšiu výročnú správu o vykonávaní programu schválenú monitorovacím výborom; 
c)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorej alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné účty MF SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov, ktoré predkladá certifikačný orgán. 
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkovej alokácie ES na príslušný operačný program. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva certifikačný orgán. Keď sa dosiahne tento limit, certifikačný orgán naďalej zasiela Európskej komisii všetky certifikované výkazy výdavkov k 31. decembru roku „n“, ako aj súm vrátených počas roka za každý z fondov, najneskôr do konca februára roku „n+1“.
Záverečná platba z Európskej komisie
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že 
a)	Európskej komisii boli do 31. marca 2017 predložené nasledovné dokumenty:
-	žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov certifikačným orgánom;
-	záverečnú správu o vykonávaní operačného programu riadiacim orgánom;
-	vyhlásenie o ukončení pomoci orgánom auditu. 
b)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
V prípade nezaslania ktoréhokoľvek z vyššie uvedených dokumentov v riadnom termíne, Európska komisia zruší časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu výške záverečnej platby.
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva sa oprávnené výdavky deklarované v rámci žiadosti o záverečnú platbu na rozdiel od výdavkov deklarovaných v rámci žiadostí o priebežnú platbu určia na základe:
-	skutočne vyplatených platieb z mestských rozvojových fondov na investície do verejno-súkromných partnerstiev alebo na iné projekty v rámci integrovaného plánu mestského rozvoja;
-	platieb na investície do malých a stredných podnikov z príslušných fondov;
-	alebo poskytnutých záruk z príslušných fondov rizikového kapitálu, záručných fondov a pôžičkových fondov spolu; 
-	alebo sumy oprávnených nákladov na riadenie. 
V súlade s tým sa upravia zodpovedajúce výkazy výdavkov. 
Európska komisia v závislosti od dostupnosti finančných prostriedkov prevedie záverečnú platbu v termíne do 45 kalendárnych dní odo dňa akceptovania záverečnej správy o implementácii a vyhlásenia o ukončení pomoci. V prípade, ak uvedené dokumenty boli predložené v rôznych termínoch, lehota 45 kalendárnych dní platí pre ten z nich, ktorý bol predložený neskôr. Uvedené dokumenty sú považované za akceptované, pokiaľ Európska komisia nepredložila svoje pripomienky do 5 mesiacov odo dňa ich predloženia.
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby certifikačný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná.
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu 
Finančné prostriedky EÚ, okrem prostriedkov poskytnutých v rámci Cieľa 3, sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek. 
Na použitie účelovo určených prostriedkov rozpočtu Európskych spoločenstiev poskytnutých Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom rozpočte v dotknutých ministerstvách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z.z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú prijímateľovi prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v zmysle § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Všetky subjekty, ktoré sú zapojené do systému finančného riadenia a realizácie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú povinné dodržiavať finančnú disciplínu v súlade so zákonom 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V súlade § 8 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Správca kapitoly je povinný oznámiť ministerstvu financií výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku v termíne do 15. decembra bežného rozpočtového roka (termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov Európskej únie a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, ktoré kapitola použije v nasledujúcom rozpočtovom roku je 20. 11. a do 15. 12. doručuje potvrdenia oznámenia z 20. 11. Po doručení tohto oznámenia ministerstvo financií viaže tieto prostriedky v príslušnej kapitole a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.

Programové rozpočtovanie
Finančné prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol. 
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam, resp. podopatreniam operačných programov je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s ITMS pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a Informačným systémom účtovania fondov (ISUF). Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný samostatným usmernením MF SR.
Presuny finančných prostriedkov v štruktúre programov možno vykonať v súlade so zákonom č. 523/2004 o rozpočtových pravidlách verejnej správy a platným metodickým pokynom MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov schválených v programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, resp. častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.

Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Certifikačný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, nakoľko prostriedky EÚ sú na osobitnom účte MF SR považované za mimorozpočtové prostriedky. Za prostriedky štátneho rozpočtu sú považované až po ich prevode na príjmové účty príslušných ministerstiev ako platobných jednotiek. Certifikačný orgán realizuje výdavky zo zdrojov EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, pričom prostriedky EÚ sú považované za rozpočtové zdroje po ich pripísaní na príjmovom účte platobnej jednotky. Platobné jednotky realizujú výdavky zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom Štátnej pokladnice.

4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán - platobná jednotka
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ (okrem cieľa 3) platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou (podrobnejšie o finančných tokoch v časti 4.8). 
Prostriedky EÚ z osobitného účtu MF SR sú prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa realizujú operácie v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 

4.5.3 Platby vo vzťahu platobná jednotka - prijímateľ
Prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy patria:
•	subjekty ústrednej správy:
-	štátne rozpočtové organizácie;
-	štátne príspevkové organizácie;
-	verejné vysoké školy;
-	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení neskorších predpisov;
•	subjekty územnej samosprávy:
-	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie;
-	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
-	iné právnické osoby;
-	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú prijímateľom poskytované systémom predfinancovania, zálohových platieb alebo refundácie.
Pre prijímateľov zo súkromného sektora sa uplatňuje systém refundácie (časť 4.8.4). Pre prijímateľov zo sektora verejnej správy sa systém refundácie uplatňuje v prípade rozhodnutia riadiaceho orgánu po dohode s prijímateľom a v prípade záverečných platieb pri uplatnených systémoch predfinancovania, resp. zálohových platieb (s výnimkou systému zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie).
Systém predfinancovania sú oprávnení využiť prijímatelia zo sektora verejnej správy (okrem štátnych rozpočtových organizácii) a prijímatelia – združenia právnických osôb z verejnej správy, súkromné základné a stredné školy (vrátane cirkevných), pre projekty financované z ERDF a Kohézneho fondu (časť 4.8.1).
Systém zálohových platieb sú oprávnení využiť pre projekty financované z ESF prijímatelia zo sektora verejnej správy a prijímatelia združenia právnických osôb z verejnej správy, súkromné základné a stredné školy (vrátane cirkevných) (časť 4.8.2) a prijímateľ – mimovládna organizácia v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia, ale iba v prípade, ak riadiaci orgán predloží aktualizovaný vnútorný manuál so zapracovanými kritériami pre poskytnutie zálohovej platby. Pre projekty prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie sa využíva pre všetky fondy systém zálohových platieb (časť 4.8.3).
Prijímatelia v rámci Operačného programu Cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika na programové obdobie 2007 – 2013 sú oprávnení využívať výlučne systém refundácie (časť 4.8.5).
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje prijímateľ v dvoch origináloch, pričom jeden originál zostáva u prijímateľa a druhý predkladá riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Formulár žiadosti prijímateľa o platbu spolu s pokynmi na ich vyplnenie je uvedený v prílohe 3a a 3b. Súčasťou každej žiadosti o platbu je podporná dokumentácia, rozsah ktorej stanovuje príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Prevod prostriedkov systémom refundácie podlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu. Prevod prostriedkov systémom predfinancovania a zálohových platieb nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu.
Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v SKK len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet. V prípade, ak má prijímateľ povinnosť použiť vlastné zdroje, každá platba musí byť doplnená zdrojmi prijímateľa v pomere schválenom na projekt. 
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Pre prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa. 
Pre prijímateľov – ostatné subjekty verejnej správy (štátna príspevková organizácia, VÚC, obec, rozpočtová alebo príspevková organizácia VÚC alebo obce, iná organizácia verejnej správy) a subjekty súkromného sektora (nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) zabezpečuje platobná jednotka prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu. 
Pre prijímateľov spravujúcich fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy sa prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu platobnou jednotkou vyplácajú pri zriaďovaní týchto fondov po splnení náležitých podmienok definovaných čl. 43 - 46 nariadenia Komisie (ES) č.1828/2006 na základe žiadosti o platbu.

4.5.4 Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
Prijímateľ uhrádza účtovné doklady súvisiace s realizáciou projektu dodávateľovi/zhotoviteľovi v zmysle časti 4.8. V prípade, ak dodávateľ/zhotoviteľ postúpil pohľadávky voči prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 - 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), prijímateľ uhrádza účtovné doklady faktoringovej spoločnosti, a to v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. 

4.5.5 Vrátenie finančných prostriedkov od prijímateľa 
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré platobná jednotka poskytla prijímateľovi sa uskutočňuje v nasledovných prípadoch: 
•	prijímateľ nevyčerpal prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu poskytnuté zálohovou platbou alebo predfinancovaním;
•	prijímateľovi boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z titulu mylnej platby;
•	prijímateľ porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (najmä porušenie finančnej disciplíny alebo vznik nezrovnalosti), na základe ktorých mu vyplýva povinnosť vrátiť poskytnuté finančné prostriedky - v zmysle časti 4.10; 
•	a iných (napr. prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu).
Štruktúra kódov pre nezrovnalosti a finančné vysporiadanie je uvedená v prílohe 1. 
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, v kópii certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 14a - 14b. 
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje prijímateľ príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ zasiela oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 7 pracovných dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 15a - 15b. Prílohou oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je výpis z bankového účtu. 
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formuláru oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je vytlačený aktivovaný ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi do 5 pracovných dní kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, certifikačný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
Ak oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov nie je doručené od prijímateľa v stanovenej lehote, oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov vystaví riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov certifikačný orgán vždy k 10. pracovnému dňu v mesiaci a platobná jednotka k 15. pracovnému dňu v mesiaci prekladajú riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný dožiadať od prijímateľa chýbajúce oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov v systéme ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 5 pracovných dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený certifikačným orgánom a platobnou jednotkou.
V prípade, ak prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu, alikvótny podiel prostriedkov za zdroj EÚ je podľa čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 príjmom osobitného účtu Ministerstva financií SR a tieto prostriedky je možné využiť na ďalšie financovanie programu. Alikvótny podiel prostriedkov za zdroj štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vráti prijímateľ v súlade § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy na účet platobnej jednotky, pričom finančné prostriedky platobná jednotka odvedie do príjmov štátneho rozpočtu. 
Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a typy účtov, na ktoré prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia, je uvedená v prílohe 16a - 16b. 
Pre finančné prostriedky s označením kódu zdroja pro-rata sa uplatní postup pre vrátenie finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie primerane.
Pravidlá pre vrátenie finančných prostriedkov započítaním pohľadávok a záväzkov prostredníctvom žiadosti o platbu prijímateľa a ostatných dotknutých dokumentov budú upravené na základe osobitného predpisu a metodického usmernenia certifikačného orgánu.
4.6 Odhad očakávaných výdavkov 
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa predkladá s cieľom:
­	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ Európskej komisii v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúcim všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde;
­	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde v čl. 76 stanovuje požiadavku pre členský štát zostaviť a predložiť odhad očakávaných výdavkov za každý operačný program. Uvedený odhad sa Európskej komisii zasiela každý rok do konca apríla pre daný rozpočtový rok „n“ a pre rok nasledujúci „n+1“, pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
­	finančných plánov operačných programov;
­	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
­	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení času potrebného na kolobeh žiadosti o platbu do momentu jej úhrady;
­	predpokladaného objemu finančných prostriedkov v projektoch, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
­	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
­	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
­	skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu operačných programov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
­	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni prioritných osí uvedených v operačnom programe (napr. odhad pre rok 2008 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2008 + zbytok nevyčerpaného záväzku pre rok 2007);
­	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých prioritných osí, opatrení, príp. podopatrení v súlade so Stratégiou financovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013;
­	odhad pre posledný rok „n+2“ čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok „n“ v rámci pravidla n+2 by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok „n“ a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov „n“ a „n+1“ s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
­	vo vzťahu k odhadom očakávaných výdavkov na Európsku komisiu je certifikačný orgán povinný vychádzať z celkového objemu finančných prostriedkov zahrnutých do žiadosti o platbu na Európsku komisiu v období medzi 1. novembrom roku „n-1“ a momentom predloženia odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii, ktoré je potrebné v predkladanom odhade zahrnúť pre rok „n“ (akékoľvek výdavky zahrnuté v žiadostiach o platbu predložených Európskej komisii po 31. októbri sa zahrňujú do odhadov pre nasledovný rok);
­	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok. A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
­	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok „n+1“.
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý riadiaci/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou, útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly ako aj prijímateľmi. 
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov opatrení operačného programu. Vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 10a, 10b a 10c) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. Príloha 10a sa vyplňuje na úrovni projektov a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa už schválených projektov. Príloha 10b sa vyplňuje na úrovni prioritných osí a opatrení a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 10c tvorí súčet predchádzajúcich dvoch príloh 10a a 10b, aj v členení podľa jednotlivých zdrojov financovania. Údaje na roky „n“ a „n+1“ sú členené podľa jednotlivých štvrťrokov.
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 10c) certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 10. pracovného dňa nasledujúceho mesiaca po skončení kalendárneho štvrťroku, t. j. v tomto prípade v mesiaci apríl. Vyplnené prílohy 10a a 10b si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
4.	V prípade, ak pre príslušný operačný program je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. 
5.	Certifikačný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a prioritných osí. V prípade nesúladu má certifikačný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Certifikačný orgán rovnako zohľadní žiadosti o platbu predložené Európskej komisii v období medzi 1. novembrom roku „n-1“ a momentom predloženia odhadov očakávaných výdavkov Európskej komisii. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii vo forme stanovenej v prílohe XVII nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 v termíne najneskôr do 30. apríla.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohách 10a, 10b a 10c aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (prílohy 10d, 10e a 10f) a k 30.9. (prílohy 10g, 10h, 10i) roku „n“. Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom tieto spracúvajú obdobným postupom ako 10a, 10b a 10c v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladajú príslušnú prílohu 10f, resp. 10i certifikačnému orgánu v uvedených termínoch. Vyplnené prílohy 10d a 10e, resp. 10g a 10h si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohách 10g, 10h a 10i aktualizujú k 31.12. roku „n“ (prílohy 10j, 10k a 10l). Riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom spracúvajú prílohy 10j – 10l obdobným postupom a následne predkladajú prílohu 10l certifikačnému orgánu v uvedenom termíne. Vyplnené prílohy 10j a 10k si ponecháva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 
Odhad očakávaných výdavkov pre operačné programy cieľa 3 okrem Operačného programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika pre potreby prípravy a aktualizácie rozpočtu verejnej správy pre roky „n+1“, „n+2“ a „n+3“ predkladá platobná jednotka v spolupráci s národným orgánom a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly. Vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 10m) predkladá platobná jednotka certifikačnému orgánu v termíne do 10. pracovného dňa v mesiaci január. V prípade, ak platobná jednotka aktualizuje údaje predložené v mesiaci január, zašle platobná jednotka certifikačnému orgánu aktualizovanú tabuľku v termíne do 1. pracovného dňa v mesiaci jún daného roka. 
4.7 Systém účtov 
Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty certifikačného orgánu 
•	osobitné mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre certifikačný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý operačný program, pre programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu otvára samostatné účty pre každý z fondov;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci certifikačného orgánu;
•	tieto účty slúžia najmä na:
o	prijatie finančných prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe certifikačným orgánom schválenej súhrnnej žiadosti o platbu); 
o	prevod prostriedkov EÚ na účet Európskej komisie v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu Európskej komisii;
•	účty sú vedené v EUR;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty operačných programov;
•	bankové poplatky, náklady na vyrovnávanie kurzových rozdielov a dane z úrokov sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu pre príslušný fond;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán otvára osobitný mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vedený v SKK. Tento účet slúži na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od prijímateľov vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom orgánu auditu a orgánov zúčastňujúcich sa na vykonávaní vládneho auditu. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov ŠF nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán rovnako otvára vyrovnávacie účty pre jednotlivé fondy vedené v SKK. Tieto účty slúžia najmä na úhradu nákladov na vyrovnávanie vzniknutých kurzových rozdielov, bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.  

2. Účty platobnej jednotky 
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorých sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účty sú vedené v SKK a slúžia na úhradu prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu prijímateľom;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové príjmové účty vedené v Štátnej pokladnici, ktoré sa využívajú na príjem:
o	prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu z účtu certifikačného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
o	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky od prijímateľov;
o	výnosov z účtov prijímateľov;
o	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky zodpovedajúcich príjmu vytvoreného z projektu;
o	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky pri porušení finančnej disciplíny a v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a úhrada nákladov (napr. bankové poplatky) je zabezpečovaná príslušnou rozpočtovou kapitolou; 
•	všetky platby pre projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt. 

3. Účet (účty) prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia
•	rozpočtový výdavkový účet, ktorý používa pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet slúži na poskytnutie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou rozpočtového opatrenia;
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu (osobitný účet) vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na refundáciu realizovaných výdavkov pri uplatnení systému refundácie a následný prevod formou rozpočtového opatrenia na rozpočtový výdavkový účet, z ktorého boli prostriedky pôvodne vynaložené;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných rozpočtových účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	účet/účty nie sú úročené a sú vedené v SKK.

4. Účet (účty) prijímateľa - štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento bežný účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou transféru z platobnej jednotky. V prípade iných subjektov verejnej správy si môže tento prijímateľ otvoriť účet aj v komerčnej banke; 
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku doložiť výpis z iného bežného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu prijímateľa na iný účet otvorený prijímateľom a následným prevodom prostriedkov EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet je vedený v SKK.

5. Účet (účty) prijímateľa - VÚC
•	bežný účet pre príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 9a zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov; 
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov12 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu prijímateľa na iný účet otvorený prijímateľom a následným prevodom prostriedkov EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet je vedený v SKK.

6. Účet prijímateľa - obec
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu realizuje prostredníctvom rozpočtu; 
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov12 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu prijímateľa na iný účet otvorený prijímateľom a následným prevodom prostriedkov EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet/účty sú vedené v SKK.

7. Účet prijímateľa - rozpočtová a príspevková organizácia v zriaďovacej pôsobnosti VÚC a obce
Základným pravidlom pri realizácii výdavkov financovaných z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu v pôsobnosti obcí a VÚC a ich rozpočtových organizácií je povinnosť realizácie prostredníctvom rozpočtu obce a rozpočtu VÚC. Ak sú prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnuté priamo rozpočtovej organizácii v pôsobnosti obce alebo VÚC, tieto môžu byť použité len prostredníctvom rozpočtu zriaďovateľa, t. j. rozpočtu obce alebo VÚC.
a)	rozpočtová organizácia:
•	v prípade, ak zriaďovateľ (VÚC/obec) uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP, bežný účet na presun prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo ŠR, ktoré následne presúva na výdavkové účty rozpočtovej organizácie;
•	v prípade, ak rozpočtová organizácia uzatvára zmluvu o poskytnutí NFP, mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pred ich použitím prevedie do 3 pracovných dní do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na rozpočtový výdavkový účet prijímateľa;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný rozpočtový účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom rozpočtovom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov12 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu prijímateľa na iný účet otvorený prijímateľom a následným prevodom prostriedkov EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet/účty sú vedené v SKK.

b)	príspevková organizácia:
•	v prípade, ak príspevková organizácia nepožaduje príspevok od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade, ak príspevková organizácia požaduje príspevok od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pred ich použitím prevedie do 3 pracovných dní do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na bežný účet prijímateľa;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľa pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade využitia systému refundácie sú úroky vzniknuté na účte/účtoch príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické typy výdavkov12 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu prijímateľa na iný účet otvorený prijímateľom a následným prevodom prostriedkov EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa dodávateľovi/zhotoviteľovi.
•	účet/účty sú vedené v SKK.

8. Účet prijímateľa - súkromný sektor vrátane mimovládnej organizácie
•	prijímateľ je povinný prijímať prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu určené na financovanie projektu na jeden účet vedený v komerčnej banke; 
•	prijímateľ môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takýchto účtov;
•	prijímateľ si môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté mimovládnej organizácii v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia systémom zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade, ak mimovládna organizácia v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia využije systém zálohovej platby, môžu byť špecifické typy výdavkov12 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom identifikáciu takéhoto účtu. Oprávnený výdavok vzniká prevodom prostriedkov vo výške zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z osobitného účtu prijímateľa na iný účet otvorený prijímateľom a následným prevodom prostriedkov EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa dodávateľovi/zhotoviteľovi;
•	účet je vedený v SKK.
4.8 Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky

4.8.1 Systém predfinancovania
Vyplácanie prijímateľa z verejnej správy (okrem štátnych rozpočtových organizácií) a prijímateľov – združení právnických osôb z verejnej správy súkromnej základnej a strednej školy (vrátane cirkevnej), pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.4), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže prijímateľ kombinovať s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v rámci jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania) a samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní. 
Predfinancovanie je prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe ním predložených nezaplatených účtovných dokladov. 
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF a KF uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov. 
Etapa predfinancovania
1.	Prijímateľ v stanovených termínoch môže predkladať žiadosť o platbu v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
2.	Prijímateľ v lehote splatnosti záväzku dodávateľovi/zhotoviteľovi predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich prijatí od dodávateľa/zhotoviteľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade, ak súčasťou výdavkov prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania). Spolu so žiadosťou o platbu predloží aj kópie príslušných účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok). 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívne overenie a overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie vecnej správnosti - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa preukázateľne overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad s právnymi predpismi SR a ES (najmä verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
6.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7b) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly v termíne do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - vyhlásenia o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov vo vyhlásení o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
8.	Prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa pripísania prostriedkov poskytnutého predfinancovania na jeho účte, previesť prostriedky dodávateľovi/zhotoviteľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči dodávateľovi/zhotoviteľovi samotný prijímateľ. 
9.	Po poskytnutí predfinancovania je prijímateľ povinný celú výšku následne (najneskôr do 15 pracovných dní odo dňa pripísania týchto prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. K jednej žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania) môže prijímateľ predložiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom len jednu žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania). Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania - príloha 3a). Spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá výpis z účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a výpis z účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. V rámci žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) postupuje podobne ako v bode 3 a 4.
11.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania) a výpis z bankového účtu. Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7a), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutého predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu. 
13.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa, na základe analýzy rizík, prípadne náhodného výberu vzorky. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
14.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
15.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 14. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. 
Etapa refundácie
16.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
17.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (záverečnú) spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Nezúčtovaný rozdiel predfinancovania je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a žiadosť o platbu, ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
18.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnú) postupuje obdobne ako v bodoch 3., 4., 5. a 6. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke. 
19.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnú platbu) postupuje obdobne ako v bode 7. a v prípade schválenia zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží certifikačnému orgánu. 
20.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 13 a 14. 
21.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú platbu) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Poskytnutie predfinancovania si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí o platbu, originál vyhlásenia o overení, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov. 
Platobná jednotka uchováva originály vyhlásení o overení, súhrnných žiadostí o platbu a kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to následovne:
1.	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností na iný subjekt;
2.	prijímateľ vystaví žiadosť o platbu typu poskytnutie predfinancovania pre všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vzniknú pred prechodom práv a povinností na iný subjekt, a to v zmysle bodu 1 tejto časti materiálu;
3.	riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zabezpečí poskytnutie predfinancovania v zmysle bodov 4 – 6 tejto časti materiálu;
4.	po poskytnutí predfinancovania prijímateľ vykoná úhradu dodávateľovi/zhotoviteľovi a predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu typu zúčtovanie predfinancovania v zmysle bodu 8 a 9 tejto časti materiálu;
5.	v prípade, ak prijímateľ nezúčtuje celú výšku poskytnutého predfinancovania, prevedie jeho zostatok na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.5 tohto materiálu;
6.	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
Po zúčtovaní/vrátení nezúčtovanej časti poskytnutého predfinancovania, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup , ktorý je uverejnený v ITMS.

4.8.2 Systém zálohových platieb 
Vyplácanie prijímateľa z verejnej správy a prijímateľov – združení právnických osôb z verejnej správy, súkromnej základnej a strednej školy (vrátane cirkevnej), pri projektoch financovaných z ESF okrem štátnych rozpočtových organizácií (časť 4.8.3) sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.4), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Systém zálohových platieb bude umožnený prijímateľovi – mimovládnej organizácií v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia po predložení kritérií pre poskytnutie zálohových platieb mimovládnym organizáciám a kritérií pre špecifikáciu mimovládnych organizácií s nárokom na zálohové platby, ich zapracovaní do vnútorného manuálu a akceptovaní vnútorného manuálu certifikačným orgánom.
Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) a samostatne žiadosť o platbu (refundáciu). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky maximálne 40 %, resp. 50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie z oprávnených výdavkov projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné) a po ich posúdení a schválení certifikačným orgánom. V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky maximálne 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) z relevantnej časti rozpočtu projektu, pri zohľadnení podmienok záverečnej platby na projekt (viď bod 16. tejto časti).
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe vyhlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby. 
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie prijímateľa uskutočňuje v dvoch etapách - etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) oprávnených výdavkov z prvých 12 mesiacov realizácie projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) oprávnených výdavkov zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) oprávnených výdavkov prvého roka projektu zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu** z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4* x	[		+ 	(12-		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku 
* = 50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie
** = v prípade, ak prvý ročný rozpočet nie je známy, tento údaj sa vypočíta z priemerného mesačného rozpočtu projektu (celková suma NFP/počet mesiacov realizácie projektu) pripadajúci na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie.
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj vyhlásenie o začatí realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok definovaných riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie, ktoré zahrňuje administratívne overenie a v prípade potreby overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov15, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci overenia vecnej správnosti overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
6.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7b) platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - vyhlásenia o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov vo vyhlásení o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
8.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu zúčtovávať20 priebežne minimálne jedenkrát za dva mesiace (riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom môže stanoviť aj iný interval zúčtovania zálohovej platby), pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto sumu zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) uvedie čerpanie podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí NFP. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade, ak povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), prijímateľ predkladá kópiu overenú pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a výpis z účtu potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. V prípade, ak za príslušné obdobie prijímateľ nečerpal žiadne prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá oznámenie o nulovom čerpaní poskytnutej zálohovej platby formou listu.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie vecnej správnosti v súlade s čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 – overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácií, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overení matematickej správnosti sa preukázateľne overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad s právnymi predpismi SR a ES (najmä verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb. 
11.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7a) platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu.
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu. 
13.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní predloženia21 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
14.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
15.	Prijímateľ je po vyčerpaní a schválení minimálnej výšky 40 % poskytnutej zálohovej platby certifikačným orgánom oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným prostriedkom z predchádzajúcej zálohovej platby. 
16.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodu 8., tzn. že prijímateľ je povinný priebežne, minimálne jedenkrát za dva mesiace zúčtovávať prostriedky poskytnutej zálohovej platby. 
17.	Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
Etapa refundácie
18.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
19.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (záverečnú) spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a žiadosť o platbu, ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
20.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3., 4. a 10. V prípade schválenia žiadosti o platbu riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7a), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS. 
21.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnej) postupuje obdobne ako v bode 7. a v prípade schválenia zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu. 
22.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 13. a 14. 
23.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú platbu) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby. Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami v maximálnej výške 40 % (50 % pre Operačný program vzdelávania) z relevantnej časti rozpočtu.
Platobná jednotka poskytuje zálohové platby prijímateľom na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba prijímateľom aj zúčtuje. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí o platbu, originál vyhlásenia o overení, originál vyhlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov. 
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, vyhlásenia o overení, kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom podľa bodu 8 tejto časti;
c)	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.5;
d)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
Po zúčtovaní/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
Vyplácanie prijímateľa - štátnej rozpočtovej organizácie pri projektoch financovaných z ERDF, ESF a Kohézneho fondu sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.4), v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) a samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Prijímateľ realizujúci národný projekt môže tieto prostriedky poskytovať konečným užívateľom na základe zmluvy v súlade s § 20, ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky maximálne 40 %, resp. 50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie z oprávnených výdavkov projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe vyhlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby. 
Pri systéme zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa postupuje nasledovným spôsobom: 
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) oprávnených výdavkov z prvých 12 mesiacov realizácie projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) oprávnených výdavkov projektu zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % (50 % v rámci Operačného programu Vzdelávanie) oprávnených výdavkov prvého roka projektu zodpovedajúcemu podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu** z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4* x	[		+ 	(12 -		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie 
** = v prípade, ak prvý ročný rozpočet nie je známy, tento údaj sa vypočíta z priemerného mesačného rozpočtu projektu (celková suma NFP/počet mesiacov realizácie projektu) pripadajúci na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie.
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj vyhlásenie o začatí realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok stanovených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie, ktoré zahrňuje administratívne overenie a overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov15, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci overenia vecnej správnosti overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
6.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7b) platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/ sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - vyhlásenia o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov vo vyhlásení o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. Platobná jednotka najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia žiadosti o platbu zabezpečí žiadosť o prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa.
8.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu zúčtovávať17 priebežne, minimálne jedenkrát za dva mesiace (riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom môže stanoviť aj iný interval zúčtovania zálohovej platby), pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto sumu zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade, ak povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), prijímateľ predkladá kópiu overenú pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Ak je prijímateľ zároveň aj riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, štatutárny orgán v takom prípade môže byť zastúpený určeným zamestnancom príslušného subjektu. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. V prípade, ak za príslušné obdobie prijímateľ nečerpal žiadne prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá oznámenie o nulovom čerpaní poskytnutej zálohovej platby formou listu.
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie vecnej správnosti v súlade s čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácie, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa preukázateľne overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad s právnymi predpismi SR a ES (najmä verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb. 
11.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť o platbu spolu s vyhlásením o overení (príloha 7a) na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu.
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia žiadosti o platbu zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu. 
13.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa, na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
14.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
15.	Prijímateľ je po vyčerpaní a schválení minimálnej výšky 40 % poskytnutej zálohovej platby certifikačným orgánom oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným prostriedkom z predchádzajúcej zálohovej platby. 
16.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodu 8., tzn. že prijímateľ je povinný priebežne, minimálne jedenkrát za dva mesiace zúčtovávať prostriedky poskytnutej zálohovej platby.
17.	Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu ukončenia realizácie projektu. Po poskytnutí poslednej zálohovej platby na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať celý zostatok nenávratného finančného príspevku, a to najneskôr do 3 kalendárnych mesiacov od ukončenia realizácie projektu. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a poslednú žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovne poskytnutej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami v maximálnej výške 40 % (50 % pre Operačný program vzdelávania) z relevantnej časti rozpočtu. 
Presun prostriedkov prijímateľom sa realizuje prostredníctvom platobnej jednotky, ktorá zabezpečí žiadosť o úpravu limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o platbu (zálohovú platbu). 
Po schválení žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) platobná jednotka prostredníctvom ISUF upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí o platbu, originál vyhlásenia o overení, originál vyhlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom prijímateľa, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov. 
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál vyhlásenia o overení, kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom podľa bodu 8 tejto časti;
c)	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.5;
d)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
Po zúčtovaní/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.

4.8.4 Systém refundácie 
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľom, tzn. že prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie schváleného na projekt. 
Pri predkladaní žiadosti o platbu postupuje prijímateľ rovnako pri všetkých programoch. 
1.	Prijímateľ uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpisu z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva prijímateľ. V prípade, ak povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), prijímateľ predkladá ním overenú kópiu pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. 
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívne overenie a overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov15, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná overenie vecnej správnosti - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa preukázateľne overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje sa súlad s právnymi predpismi SR a ES (najmä štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná overenie na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s vyhlásením o overení (príloha 7a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o platbu v ITMS.
8.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom - vyhlásenia o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov vo vyhlásení o overení a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
9.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa, na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
10.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú platbu) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo kedykoľvek vykonať overenie fyzického súladu projektu na mieste. Overenie na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je prijímateľ povinný umožniť výkon overenia na mieste. Z overenia na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uchováva originály žiadostí o platbu, originál vyhlásenia o overení, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov. 
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál vyhlásenia o overení, kópie žiadostí prijímateľa o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
1.	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
2.	prijímateľ vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží žiadosť o platbu (refundáciu) podľa bodu 2 tejto časti materiálu;
Po predložení žiadosti o platbu (refundáciu) riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a jej schválení certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platu môže dôjsť k prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.

4.8.5 Systém refundácie Operačného programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika
Pre projekty projektových partnerstiev v rámci operačných programov cieľa 3 platia špecifiká stanovené nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006. Pre tieto programy je vždy zriadený jediný certifikačný orgán, ktorý zabezpečuje prevod finančných prostriedkov ERDF priamo vedúcim partnerom projektov. Vedúci partneri projektových partnerstiev sú ďalej zodpovední za ďalší prevod prostriedkov ERDF svojim projektovým partnerom (vrátane zahraničných). 
Pre prijímateľov (vedúcich partnerov) v rámci programu cezhraničnej spolupráce SR - Česká republika, pri ktorom ako jedinom vystupuje SR ako riadiaci a certifikačný orgán, platia nasledovné zásady:
Projekty alebo operácie v rámci operačného programu zahrňujú prijímateľov (partnerov) z oboch štátov, ktorí spĺňajú aspoň dve z nasledovných kritérií: spoločná príprava, spoločná realizácia, spoločný personál a spoločné financovanie. Jeden z prijímateľov projektu je určený za vedúceho partnera projektu, ktorý takto v mene celého projektového partnerstva vystupuje a nesie zodpovednosť za celú realizáciu projektu. 
Zmluvy s vedúcimi partnermi uzatvára riadiaci orgán s finančným plnením v EUR. Každá zmluva obsahuje finančný plán projektu v EUR vrátane čiastkových finančných plánov na úrovni jednotlivých partnerov. 
Prostriedky ERDF poskytuje vedúcim partnerom zo SR alebo ČR certifikačný orgán v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany partnerstva, tzn. že jednotliví partneri sú povinní realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie budú vedúcemu partnerovi pri jednotlivých platbách refundované certifikačným orgánom v pomernej výške.
1.	Vedúci partner/partner uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Vedúci partner/partner zo Slovenskej republiky v zmysle čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 predkladá zoznam deklarovaných výdavkov v minimálnej výške 10 000 EUR, resp. minimálne jedenkrát ročne a maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR riadiacemu orgánu na prvostupňovú kontrolu. 
Vedúci partner/partner z Českej republiky v zmysle čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 predkladá zoznam deklarovaných výdavkov v minimálnej výške 10 000 EUR, resp. minimálne jedenkrát ročne a maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR Centru pro regionální rozvoj (ďalej len CRR) na prvostupňovú kontrolu. 
Výnimku tvorí strešný projekt pre Fond mikroprojektov, kde Správca – Vedúci partner je oprávnený predkladať v trojmesačných intervaloch dve žiadosti o platbu, jednu za fond mikroprojektov a jednu za administratívne náklady Správcu – vedúceho partnera a Správcu – partnera, avšak pri zachovaní pravidla minimálnej výšky 10 000 EUR pre obe žiadosti o platbu.
3.	Vedúci partner/partner predkladá spolu so zoznamom deklarovaných výdavkov aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpisu z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú s pečiatkou14 a podpisom štatutárneho orgánu vedúceho partnera/partnera), ktorý potvrdzuje uhradenie deklarovaných výdavkov a výpisy z analytického účtovníctva. Ďalší rovnopis originálu faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva vedúci partner/partner. V prípade, ak povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), vedúci partner/partner predkladá kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu vedúceho partnera/partnera. Spolu so zoznamom deklarovaných výdavkov predkladajú slovenskí partneri na oblasť pacovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny z dohôd a pod.) sumarizačné hárky. Českí partneri predkladajú účtovné doklady v súlade s usmernením CRR a národnou legislatívou.
4.	Riadiaci orgán a CRR vykonajú overenie zoznamov deklarovaných výdavkov podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a č. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívne overenie a v prípade potreby overenie na mieste. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti zoznamu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia zoznamu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve vedúceho partnera/partnera, aby v stanovenom čase doplnil nedostatky. V prípade závažných nedostatkov15, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, zoznam/výdavok zamietne. 
5.	Riadiaci orgán a CRR vykonajú overenie vecnej správnosti - overujú reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overujú, či požadovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri overovaní matematickej správnosti sa overuje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overujú súlad s národnou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Národní kontrolóri v prípade potreby vykonajú overenie na mieste, ktorého cieľom je najmä overenie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
6.	Po vykonaní overenia riadiaci orgán/CRR výdavky deklarované partnerom/vedúcim partnerom schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)19 alebo zníži o relevantnú časť a vystaví v lehote do 60 kalendárnych dní osvedčenie o oprávnenosti výdavkov v 4 origináloch, ktoré zašle partnerovi. Partner 1 originál archivuje a ďalšie 2 bezodkladne zašle vedúcemu partnerovi. V prípade vedúceho partnera/partnera z Českej republiky je štvrtý originál zaslaný kontrolórom na Národný orgán. Prílohu osvedčenia o oprávnenosti výdavkov je zoznam deklarovaných výdavkov potvrdený kontrolórom.
7.	Vedúci partner na základe zoznamov deklarovaných výdavkov od jednotlivých partnerov zostaví žiadosť o platbu v mene EUR (príloha 19a - 19b) a zostavenú žiadosť spolu so zoznamami deklarovaných výdavkov potvrdenými kontrolórmi a s osvedčeniami o oprávnenosti výdavkov predkladá riadiacemu orgánu.
8.	Riadiaci orgán do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť prijímateľa o platbu v ITMS.
9.	Po vykonaní overenia, ktoré pozostáva z overenia, či výdavky boli skontrolované kontrolórom a či výdavky z pohľadu ako celku boli uplatnené v súlade s projektom ako celkom, riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu v stanovenom termíne. Následne riadiaci orgán predloží žiadosť spolu s vyhlásením o overení (príloha 7c), zoznamami deklarovaných výdavkov za jednotlivých partnerov a osvedčeniami o oprávnenosti výdavkov certifikačnému orgánu v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti vedúceho partnera o platbu v ITMS. Súčasne predkladá kópiu žiadosti o platbu, vyhlásenie o overení a likvidačný list na platobnú jednotku.
10.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane vedúceho partnera/partnera zo SR na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. Rovnako overuje žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení. Certifikačný orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)16 alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od predloženia žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. 
11.	Certifikačný orgán najskôr v deň schválenia žiadosti o platbu a najneskôr do 5 pracovných dní od schválenia prevedie prostriedky EÚ z mimorozpočtového účtu pre operačný program vedeného v Štátnej pokladnici v mene EUR priamo na účet vedúceho partnera. Zároveň informuje riadiaci orgán, národný orgán a príslušné platobné jednotky v SR a ČR o schválení žiadosti o platbu.
12.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení žiadosti o platbu, zadať platobný príkaz prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov štátneho rozpočtu v národnej mene na spolufinancovanie z výdavkového účtu vedúcemu partnerovi zo SR. Vedúci partner je zodpovedný za ich ďalší prevod svojim projektovým partnerom zo SR (v prípade ich existencie). V prípade, ak je viac projektových partnerov zo SR a títo majú vedúceho partnera z ČR pri vypĺňaní žiadosti o FP si určia hlavného cezhraničného partnera, s ktorým RO podpisuje zmluvu o spolufinancovaní. Platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie hlavnému cezhraničnému partnerovi a ten ich následne prevedie ostatným partnerom zo SR.
13.	Vedúci partner a hlavný cezhraničný partner sú povinní pri každej nasledujúcej žiadosti o platbu, resp. najneskôr pri záverečnej žiadosti o platbu predložiť výpisy z účtu preukazujúce prevod prostriedkov ERDF a ŠR jednotlivým partnerom projektu.
V prípade, ak vedúci partner, resp. partneri projektu uhrádzajú svoje výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v tejto mene sú certifikačným orgánom preplácané v EUR. Do žiadosti o platbu zahrnie vedúci partner oprávnené výdavky prepočítané na menu EUR mesačným kurzom Európskej komisie platným v tom mesiaci, v ktorom partner zostaví zoznam deklarovaných výdavkov. Tento kurz Európskej komisie elektronicky zverejňuje každý mesiac. 
Prevod finančných prostriedkov ERDF v rámci ostatných operačných programov cieľa 3 zabezpečuje certifikačný orgán partnerskej krajiny priamo vedúcim partnerom bez zapojenia certifikačného orgánu Slovenskej republiky alebo platobnej jednotky. Prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. partnerom zo SR zabezpečuje platobná jednotka na základe dohody s príslušnou partnerskou krajinou.

4.8.6 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
Za nasledovné typy výdavkov predkladá prijímateľ v rámci programov financovaných z ESF spolu so žiadosťou o platbu (priebežnú platbu, zúčtovanie zálohovej platby) len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, doktorandské štipendiá, náhrady mzdy pre frekventantov);
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov).
Pri tzv. národných projektoch ESF predkladá prijímateľ Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny SR spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len formulár „zoznam výdavkov“ stanovený riadiacim orgánom. 
Pri projektoch v rámci programov, za ktoré je zodpovedné Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR ako riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zabezpečuje matematické overenie výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti prijímateľa o platbu platobná jednotka s výnimkou Operačného programu Cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika.
4.9 Systém certifikácie
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. XII nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu vykonávajú zamestnanci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich s výkonom platieb. Výkon certifikácie nie je delegovaný na iné subjekty.
Na základe analýzy rizík alebo náhodného výberu je certifikačný orgán oprávnený uskutočniť certifikačné overovanie pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. 
Certifikácia výdavkov Európskej komisii sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii. Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov Európskej komisii certifikačný orgán zohľadňuje výsledky z priebežného certifikačného overovania, pričom môže vykonať dodatočné certifikačné overovanie vybranej vzorky projektov na úrovni riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, prípadne prijímateľov, ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu.
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí ubezpečiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č.1083/2006, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade s právnymi predpismi ES a prijaté finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia;
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach;
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby;
•	sa dodržali rozhodnutia Európskej komisie v zmysle čl. 32 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 56 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 61 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	overenia súladu postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	zohľadnenia správ z vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo orgánom zúčastneným na vykonávaní vládneho auditu a prizvanou osobou na účely certifikácie;
3.	zohľadnenia správ o výsledkoch externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
4.	overovania na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	využívania informácií zo správ o zistených nezrovnalostiach;
6.	zúčastňovania sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa. 

k bodu 1.
Riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. 
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikačného orgánu posúdenie súladu činností riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.

k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán správy z vládnych auditov a protokoly z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov. O týchto správach orgán auditu informuje certifikačný orgán. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka) sú zároveň povinné predkladať certifikačnému orgánu správy, protokoly a správy z vládnych auditov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky. Orgán auditu priebežne, resp. najneskôr k poslednému dňu v mesiaci predkladá správy zo všetkých vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo orgánom zúčastneným na vykonávaní vládneho auditu a prizvanou osobou (v elektronickej forme) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny na účely certifikácie certifikačnému orgánu.
k bodu 3. 
 Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka predkladajú správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky vykonaného externým audítorom, vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie, certifikačnému orgánu. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobná jednotka sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu. 

k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, sprostredkovateľských orgánoch pod riadiacim orgánom, platobných jednotkách a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného operačného programu. Súčasťou overenia je, či: 
-	vyhlásenie o overení a údaje v ňom uvedené sú pravdivé;
-	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi;
-	výdavky zahrňujú len oprávnené položky;
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach o platbu;
-	k príslušným žiadostiam o platbu existuje výpis z bankového účtu;
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou;
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.

k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu Európskej komisii pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. 

k bodu 6.
Certifikačný orgán je oprávnený zúčastňovať sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa s cieľom overenia, že jednotlivé projekty boli vybrané v súlade s kritériami uvedenými v operačnom programe a postupmi riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. Zástupcovia certifikačného orgánu sú oprávnení počas zasadnutí komisií upozorniť na prípadné porušenie postupov. Uvedené zistenia sú zohľadňované pri výkone certifikácie. Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, zodpovedné za organizovanie zasadnutí komisií na výber projektov, povinné vopred o nich informovať certifikačný orgán, a to písomne minimálne 5 pracovných dní pred zasadnutím komisie na výber projektov. Riadiace orgány, resp. sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom sú následne povinné predkladať zápisnice zo zasadnutí týchto komisií certifikačnému orgánu najneskôr do 5 pracovných dní od ich podpisu.
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom certifikačný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu. 
V oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, má certifikačný orgán právomoc pozastaviť platby pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje orgán auditu, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a platobnú jednotku príslušného operačného programu.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
4.10 Nezrovnalosti
V súlade s čl. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie ustanovení práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu ES zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkou“. 
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, tzn. vrátane úrovne prijímateľa alebo partnera, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia a použitia finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov ES alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov ES alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy ES. 
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad najmä porušenie finančnej disciplíny v zmysle § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti. 
Pri hospodárení s finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní prijímateľom najmä podľa § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 

4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 1828/2006 ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 oznamovať Európskej komisii:
-	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého administratívneho alebo súdneho zistenia,
-	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu,
-	nezrovnalosti, u ktorých boli zistené alebo sa predpokladajú následky mimo územia SR,
-	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky spáchania podvodu (nové praktiky, nový spôsob páchania, ktoré sa doposiaľ vo všeobecnosti neobjavili a nie sú upravené v kódovníku OLAF EK),
-	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR,
Štruktúra kódov OLAF EK pre nezrovnalosti je uvedená v prílohe 1. 
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, certifikačný orgán, kontrolný orgán, orgán auditu alebo orgán zúčastnený na vykonávaní vládneho auditu a prizvaná osoba.
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie (ďalej aj „ÚVO“) ako aj orgány Európskej komisie a Európsky dvor audítorov v rámci výkonu svojich kompetencií. 
Nezrovnalosť môže zistiť samotný prijímateľ alebo tretí subjekt, ktorý bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a to bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti a zároveň údaje zaevidovať do ITMS.
Subjekty zapojené do implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. Za riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, ak riadiaci orgán deleguje zodpovednosť za riešenie nezrovnalosti na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zodpovednosť riadiaceho orgánu týmto nie je dotknutá.
Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie najmä:
-	oficiálne zdokumentovanie zistenej nezrovnalosti v správe o zistenej nezrovnalosti a zmeny stavu nezrovnalosti v aktualizovanej správe o zistenej nezrovnalosti;
-	oznámenie zistenej nezrovnalosti;
-	monitorovanie vývoja a stavu zistenej nezrovnalosti;
-	preverenie možného dopadu na systém riadenia, resp. nastavené postupy riadenia a kontroly pre operačný program;
-	prijatie účinných nápravných opatrení na odstránenie vzniknutej nezrovnalosti, na odstránenie príčin jej vzniku a predchádzanie vzniku ďalších nezrovnalostí;
-	zabezpečenie bezodkladného finančného vysporiadania podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a príslušných právnych predpisov, tzn. riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v lehote do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti predkladá prijímateľovi spolu so správou o zistenej nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov;
-	zaevidovanie údajov o zistenej nezrovnalosti, zmene stavu nezrovnalosti, finančnom vysporiadaní nezrovnalosti a prijatých nápravných opatreniach v ITMS;
-	v prípade zistenia systémovej nezrovnalosti zo strany Európskej komisie, prijať v určenej lehote účinné nápravné opatrenia, ktoré sú akceptované zo strany Európskej komisie ako dostatočné a zabránia vykonaniu finančných opráv zo strany Európskej komisie;
-	v prípade zistenia systémovej nezrovnalosti, v dôsledku ktorej sú vykonané finančné opravy Európskou komisiou, viazanie rozpočtových prostriedkov v rozpočte kapitoly, ktorú tvorí rozpočet ministerstva ako subjektu, ktorý systémovú nezrovnalosť spôsobil.
V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny, orgán oprávnený na výkon kontroly podľa osobitného predpisu je povinný v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie príslušnej správe finančnej kontroly. 
Za moment zistenia nezrovnalosti sa považuje podpísanie oficiálneho dokumentu alebo prerokovanie, resp. doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly alebo auditu. Zistenie nezrovnalosti sa formálne zdokumentuje najmä na základe: 
I.	Podpísania správy o zistenej nezrovnalosti riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou alebo certifikačným orgánom
II.	Doručenia čiastkovej správy z vládneho auditu, resp. doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe v prípade, ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu
III.	Vydanie právoplatného rozhodnutia v správnom konaní SFK/MF SR vrátane správy o zistenej nezrovnalosti 
IV.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
V.	Prerokovania protokolu z kontroly ÚVO vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
VI.	Doručenia správy z auditu Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
VII.	Doručenia uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe dokumentov podľa bodov IV. až VII. správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi a platobnej jednotke. Zároveň je povinný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad I. Podpísanie správy o zistenej nezrovnalosti
Do 5 pracovných dní odo dňa zistenia nezrovnalosti:
•	riadiaci orgán predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ;
•	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ;
•	certifikačný orgán predloží správu o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ;
•	platobná jednotka predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ;
V prípade, ak zistená nezrovnalosť má finančný dopad, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predkladá spolu so správou o zistenej nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov do 5 pracovných dní odo dňa zistenia nezrovnalosti. Zároveň sú riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka a certifikačný orgán povinní údaje o zistenej nezrovnalosti, žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov zaevidovať bezodkladne, resp. v lehote do 5 pracovných dní v ITMS. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti, číslo žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a číslo oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov predstavujú jedinečné alfa-numerické kódy ITMS. 
Správa o zistenej nezrovnalosti (príloha č.2) obsahuje najmä tieto základné údaje:
1)	Kód nezrovnalosti ITMS;
2)	Popis nezrovnalosti;
3)	Typ nezrovnalosti podľa kódovníka OLAF Európskej komisie;
4)	Označenie ustanovení právnych predpisov, ktoré boli porušené;
5)	Obdobie alebo dátum vzniku nezrovnalosti;
6)	Dátum zistenia nezrovnalosti;
7)	Označenie subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil;
8)	Finančné vyčíslenie nezrovnalosti podľa zdrojov financovania;
9)	Popis stavu riešenia nezrovnalosti.
V súlade s čl. 29 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je členský štát povinný bezodkladne oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia SR alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie podľa čl. 28 a 30 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, do 5 pracovných dní od zistenia takýchto informácií aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti najmä o informácie:
•	o zavedených postupoch, opatreniach a vyplývajúcich dôležitých zmenách;
•	o sumách, ktoré boli alebo sa predpokladá, že budú vrátené;
•	o všetkých priebežných opatreniach, ktoré zaviedol členský štát na zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených súm;
•	o zavedených súdnych a správnych postupoch so zámerom vymôcť neoprávnene vyplatené sumy a uložiť sankcie;
•	o dôvodoch upustenia od postupov vymáhania;
•	o upustení od trestného stíhania.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom.
V prípade, ak riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predpokladá, že sumu nie je možné vymôcť, ani nemožno predpokladať, že bude vrátená, informuje bezodkladne certifikačný orgán v osobitnej správe o zistenej nezrovnalosti, najmä o výške sumy a o dôležitých skutočnostiach podľa čl. 30 ods. 2 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006. K 31. januáru kalendárneho roka riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom informuje certifikačný orgán o všetkých prípadoch podľa čl. 30 ods. 2 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 alebo o skutočnosti, že neeviduje žiadne takéto prípady.
Ad II. Doručenie čiastkovej správy z vládneho auditu resp. doručenie správy z vládneho auditu auditovanej osobe v prípade, ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu 
Orgán auditu, orgány zúčastnené na vykonávaní vládneho auditu a prizvané osoby vo vypracovanej čiastkovej správe z vládneho auditu, resp. správe z vládneho auditu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a doručia čiastkovú správu z vládneho auditu, resp. správu z vládneho auditu auditovanej osobe. Bezodkladne po doručení čiastkovej správy z vládneho auditu, resp. správy z vládneho auditu zaevidujú príslušné údaje do ITMS a vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti.
Výsledné materiály z vládneho auditu – čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu vrátane podpísaných správ o zistených nezrovnalostiach sú predkladané orgánu auditu, certifikačnému orgánu, príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a elektronicky príslušnej platobnej jednotke bezodkladne po doručení príslušným auditovaným osobám.
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia vládneho auditu podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov prílohou správy z vládneho auditu je okrem správy o zistenej nezrovnalosti aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ak bolo prijaté od auditovanej osoby.
Ad III. Vydanie právoplatného rozhodnutia v správnom konaní SFK/MF SR vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
Správa finančnej kontroly zasiela právoplatné rozhodnutie vydané v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov aktualizuje údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v prvostupňovom správnom konaní.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela právoplatné rozhodnutie vydané v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov aktualizuje údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
Ad IV. - V. Prerokovanie protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR alebo ÚVO vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonanej kontroly Najvyšším kontrolným úradom SR alebo ÚVO správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad VI. Doručenia správy z auditu Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov vrátane správy o zistenej nezrovnalosti
Riadiaci orgán, resp. sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predkladajú správu o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov alebo príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie certifikačnému orgánu.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie, resp. Európskym dvorom audítorov správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
V súvislosti s ďalším riešením nezrovnalosti zistenej na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uplatňuje postup uvedený v čl. 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a v lehote do dvoch mesiacov od predloženia správy z auditu Európskej komisie zabezpečí predloženie pripomienok členského štátu Európskej komisii, v kópii certifikačnému orgánu a orgánu auditu. 
Ak po predložení pripomienok riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom Európska komisia navrhne finančnú opravu, orgán auditu v odôvodnených prípadoch v lehote ďalších dvoch mesiacov podľa čl. 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 zabezpečí vykonanie nezávislého preverenia zistenej nezrovnalosti. V prípade, ak výsledky preverovania orgánu auditu budú v rozpore so zistením Európskej komisie, Slovenská republika využije možnosť podľa odseku 3 čl. 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
Ad VII: Doručenie uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane správy o zistenej nezrovnalosti 
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe doručenia právoplatného uznesenia o začatí trestného stíhania riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu nad riadiacim orgánom, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný bezodkladne údaje o zistenej nezrovnalosti zaevidovať v ITMS.
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach certifikačný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne (k 15. máju, k 15. augustu, k 15. novembru a k 15. februáru) ich zasiela Odboru ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii Úradu vlády SR a v súhrnnom prehľade orgánu auditu. 
O zistených nezrovnalostiach informuje Odbor ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii Úradu vlády SR v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF EK (v prípade, ak suma nezrovnalosti prevyšuje 10 000 EUR) v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 1828/2006. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá Odboru ochrany finančných záujmov Európskej únie a boja proti korupcii Úradu vlády SR OLAF EK výlučne na jeho žiadosť.

4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov 
Opravy financovania v súlade s čl. 98 - 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vykonáva Slovenská republika alebo Európska komisia. Opravy financovania spočívajú v zrušení celého príspevku v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu alebo jeho časti. 
a) Opravy financovania vykonané Slovenskou republikou, resp. po dohode s Európskou komisiou
V prípade vykonania finančnej opravy v nadväznosti na zistenú nezrovnalosť zo strany Slovenskej republiky, alebo ak nezrovnalosť zistí Európska komisia a následne došlo k dohode medzi SR a Európskou komisiou a náprave zo strany SR, vrátené/vymožené finančné prostriedky nepredstavujú stratu pre SR a možno ich opätovne využiť na program. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa tieto finančné prostriedky znovu použijú na operácie, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. 
Certifikačný orgán vypracováva podľa čl. 20 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 jedenkrát ročne, vždy do 31. marca kalendárneho roka, ročný výkaz o vymožených/vrátených sumách a neukončených prípadoch vymáhania odzrkadľujúci stav k 31. decembru predchádzajúceho roka obsahujúci nasledovné informácie:
•	sumy odpočítané z výkazov výdavkov predložených v priebehu predchádzajúceho roka následne po celkovom alebo čiastočnom zrušení príspevku na projekt,
•	vrátené sumy, ktoré boli odpočítané z výkazov výdavkov vrátane úrokov z omeškania,
•	výkaz súm, ktoré mali byť vrátené k 31.12. predchádzajúceho roka zoradené podľa rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vymáhanie, resp. právoplatné rozhodnutia vydané v správnom konaní, 
Opravy financovania vrátane prípadov vrátených súm za nezrovnalosti, ktorých výsledkom nebola finančná oprava Európskou komisiou, vykonáva certifikačný orgán formou odpočítania finančných prostriedkov EÚ v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu Európsku komisiu. Ak nie je možné odpočítanie finančných prostriedkov EÚ zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o priebežnú platbu na Európsku komisiu (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční certifikačný orgán spätným prevodom Európskej komisii.
b) Opravy financovania vykonané Európskou komisiou 
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v písm. a) certifikačný orgán neodpočítava predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov vo výške porušenia finančnej disciplíny a zodpovedajúcej sume podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Extrapolácia sa používa v rámci homogénnej skupiny projektov zdieľajúcich podobné charakteristiky ako výsledok dôkladného preskúmania reprezentatívnej náhodne vybranej vzorky projektov. Percentuálna paušálna sadzba sa používa, pokiaľ sa vyskytli systémové nezrovnalosti rôznej povahy/typu s rozptýleným účinkom, najmä závažné nedostatky v kľúčových alebo pomocných prvkoch systému riadenia a kontroly požadované ustanoveniami nariadení ES.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho/správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym/správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne/správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.
c) Vrátenie finančných prostriedkov za individuálne nezrovnalosti na národnej úrovni 
Odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu a s finančnými prostriedkami EÚ ukladá a vymáha príslušná správa finančnej kontroly, prípadne Ministerstvo financií SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou a popisom schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v prílohe 16a a 16b.
Pre finančné prostriedky s označením kódu zdroja pro-rata sa uplatní postup pre vrátenie finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie primerane. 
4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci ES
V prípade, ak v rámci projektu financovaného z pomoci Európskych spoločenstiev bola zistená nezrovnalosť a certifikačný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES podľa čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, certifikačný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov od prijímateľa. Certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom rozhodne, že projekt bude vylúčený zo spolufinancovania štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly. V rámci procesu riadenia finančnej alokácie pre príslušný operačný program riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom musí v rámci ďalších postupov zohľadniť, že daný projekt nebude financovaný zo zdrojov ES napriek skutočnosti, že bola uzatvorená zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s prijímateľom. 
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutej zálohovej platby alebo poskytnutého predfinancovania na účet prijímateľa), riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom po posúdení vylúči projekt z financovania pomoci ES a po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Zároveň riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci ES. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj ŠR. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu ES na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na Európsku komisiu, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci ES. V tomto prípade dotknuté výdavky certifikačný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj ŠR. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom so správcom príslušnej kapitoly.
4.11 Účtovníctvo
Podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde je potrebné, aby subjekty zabezpečujúce riadenie a implementáciu projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, viedli samostatný účtovný systém alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa projektov pri dodržaní požiadaviek národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je certifikačný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia a implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v súlade s čl. 14 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 15 pracovných dní po prijatí žiadosti, resp. v termíne stanovenom Európskou komisiou. 
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektami, ktoré účtujú o poskytovaní a použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú certifikačný orgán a platobné jednotky.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie transakcií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva.
Vedenie účtovníctva certifikačného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom ISUF, ktorý je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom jednotlivých modulov.
Spracovanie účtovných záznamov a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä podľa zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) súvisiacich s poskytovaním prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje ISUF a je špecifikované v dokumentácii jeho používateľov. 
Každá úroveň programovej štruktúry (program, prioritná os, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje prijímateľa. ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, ITMS a Informačný systém Štátnej pokladnice. 
Certifikačný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky - ministerstva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky transakcie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Certifikačný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo správne, úplne, preukázateľne, zrozumiteľne a spôsobom zaručujúcim trvalosť účtovných záznamov. Účtovná dokumentácia ako súhrn všetkých účtovných záznamov (najmä účtovné doklady, účtovné zápisy, účtovné knihy, účtový rozvrh a účtovná závierka) je vedená v elektronickej a písomnej forme a to spôsobom, ktorý zabezpečí trvalosť po celú dobu spracovania a úschovy účtovnej dokumentácie, t. j. musí byť dostatočne chránená pred jej možnou stratou, odcudzením, zneužitím, poškodením alebo zničením, vrátane elektronických nosičov dát a ich pravidelného zálohovania.
Prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve certifikačného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov z rozpočtu ES na mimorozpočtových účtoch pre príslušné operačné programy certifikačného orgánu na základe zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky.
 4.11.1 Účtovníctvo prijímateľa 
Prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov a v rámci svojho účtovníctva vedeného v sústave podvojného alebo v sústave jednoduchého účtovníctva osobitne analyticky zaznamenávajú všetky skutočnosti, ktoré sú predmetom účtovníctva, vo vzťahu ku konkrétnemu projektu. Prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme.
Záznamy v účtovníctve a výstupy z účtovníctva musia umožniť monitorovanie pokroku dosiahnutého pri realizácii schváleného projektu, vytvoriť základ pre nárokovanie platieb a uľahčiť proces overovania a kontroly výdavkov zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotky, certifikačného orgánu, orgánu auditu a Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov.
Povinnosť osobitného analytického zaznamenávania transakcií týkajúcich sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu v účtovníctve prijímateľa zabezpečuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) a nariadeniami ES sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa programového rozpočtovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a prostriedky zo štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Certifikačný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu Európskej komisii.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom, certifikačného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Certifikačný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie a Dvor audítorov, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každý operačný program za obdobie 3 rokov nasledujúcich po ukončení operačného programu. V podmienkach SR sa doba archivácie dokumentov stanovuje pre všetky projekty/operácie do 31.12.2021.
V súlade s čl. 18 nariadenia Komisie (ES) č.1828/2006 platí, že dokumenty musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:	
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk); 
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.

Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu a kontroly. V prípade, ak existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade so záväznými právnymi predpismi SR a sú dôveryhodné pre účely auditu a kontroly. 
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vyhotovuje príslušný doklad v dvoch origináloch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu. 
Účtovné doklady vyhotovuje dodávateľ minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden uchováva prijímateľ a ďalší riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. V prípade, ak povaha účtovného dokladu umožňuje vyhotoviť len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva prijímateľ a fotokópiu originálu účtovného dokladu overeného pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa uchováva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom.
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení ES a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2007 - 2013 vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného operačného programu je uvedený v EUR; 
•	finančný plán programového manuálu je uvedený v EUR;
•	rozhodnutia Európskej komisie k jednotlivým operačným programom, ročné rozpočtové záväzky a platby z Európskej komisie sú vyjadrené a realizované v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie sa predkladajú Európskej komisii v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie musí byť vypracovaný v EUR;
•	sumy vyjadrené vo výročnej alebo záverečnej správe o vykonávaní programu musia byť vyjadrené v EUR;
•	zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku sa uzatvárajú v SKK;
•	platby prijímateľovi sa realizujú v mene SKK;
•	platby vedúcemu partnerovi/partnerovi v rámci OP cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika sa realizujú v mene EUR;
•	prijímateľ môže uhrádzať výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK.
Kurzové rozdiely vznikajú pri konverzii z meny EUR na menu SKK a naopak a z dôvodu existencie dvoch výmenných kurzov používaných pri prepočte jednotlivých súm. Pre účely výkazníctva pre Európsku komisiu v súlade s čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán používa mesačný kurz Európskej komisie platný v tom mesiaci, v ktorom certifikačný orgán výdavok zaznamenal v účtovníctve, resp. v ktorom boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku schválené v súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom. Tento kurz Európska komisia elektronicky zverejňuje každý mesiac. Pre prepočet súm z meny EUR na menu SKK a naopak v momente ich prevodu Štátna pokladnica používa príslušné kurzy Štátnej pokladnice platné v deň prevodu.
V rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely na viacerých úrovniach a v rôznych špecifických prípadoch. Legislatíva ES stanovuje použitie kurzu pre účely kurzových prepočtov v rámci ustanovenia čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktoré na národnej úrovni zodpovedajú kurzovým prepočtom realizovaným na úrovni certifikačného orgánu.
1. Kurzová strata/zisk pri prevode prostriedkov z účtu certifikačného orgánu na účet platobnej jednotky
Platobná jednotka predkladá dvakrát mesačne certifikačnému orgánu súhrnnú žiadosť o platbu na schválenie. Po schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačný orgán prevedie z osobitného mimorozpočtového účtu pre operačný program vedeného v mene EUR finančné prostriedky na účet platobnej jednotky formou platobného príkazu vystaveného v SKK s použitím mesačného kurzu Európskej komisie platného v mesiaci, v ktorom bola schválená súhrnná žiadosť o platbu certifikačným orgánom. Zároveň však Štátna pokladnica vyjadrí sumu uvedenú na platobnom príkaze v mene EUR podľa aktuálneho kurzu Štátnej pokladnice platného v deň prevodu.
Kurzové rozdiely, ktoré vznikli pri úhrade súhrnných žiadostí o platbu v dôsledku rozdielu medzi kurzom Európskej komisie platným v mesiaci, v ktorom bola schválená súhrnná žiadosť o platbu certifikačným orgánom a kurzom Štátnej pokladnice, sú vyrovnávané priebežne v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu pre príslušný fond. Kurzové rozdiely eviduje certifikačný orgán v ISUF.
2. Kurzová strata/zisk pri prevode neoprávnene použitých alebo zadržaných finančných prostriedkov z účtu prijímateľa 
V súlade s čl. 36 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je SR povinná v rámci pravidelných štvrťročných správ o nezrovnalostiach predkladaných na OLAF Európskej komisii hlásiť nezrovnalosti, ktorých dopad na rozpočet Európskych spoločenstiev je vyšší ako 10 000 EUR. Zároveň je SR povinná zohľadniť zistené nezrovnalosti s finančným dopadom v žiadosti o platbu Európskej komisii. Členské štáty, ktoré ku dňu zistenia nezrovnalosti neprijali EUR ako menu, musia konvertovať sumy dotknutých výdavkov z národnej meny na EUR. Táto suma bude konvertovaná na EUR s použitím mesačného kurzu Európskej komisie platným v tom mesiaci, v ktorom bol alebo by bol výdavok zaevidovaný v účtovníctve certifikačného orgánu, resp. boli finančné prostriedky zodpovedajúce výdavku schválené v súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom.  
3. Používanie mien pri prevode prostriedkov z účtu prijímateľa
V prípade, ak prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako SKK, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v SKK. Prípadné kurzové rozdiely znáša prijímateľ, pričom účtovný rozdiel v účtovníctve prijímateľa medzi sumou v deň zaúčtovania záväzku voči dodávateľovi/zhotoviteľovi a sumou v deň platby záväzku dodávateľovi/zhotoviteľovi je možné zahrnúť ako súčasť oprávneného výdavku.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v SKK na účet dodávateľa/zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu prijímateľa, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na slovenskú menu, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundáciu);
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa/zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz Národnej banky Slovenska platný v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na SKK, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundáciu).

5 Monitorovanie a elektronická výmena informácií 
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je vybudovanie ITMS, ktorý má slúžiť na evidenciu, spracovanie, export a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení a výkone vládnych auditov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, certifikačný orgán, orgán auditu a orgán zúčastnený na vykonávaní vládneho auditu) zúčastňujúci sa riadenia a implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je povinný na svojej úrovni zabezpečiť v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci EÚ, údajov týkajúcich sa poskytovania prostriedkov ES a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom a údajov týkajúcich sa vrátenia a spätného vymáhania finančných prostriedkov.
ITMS zahŕňa procesy programovania, projektového riadenia, finančného riadenia, vládneho auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
-	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom ISUF;
-	súlad jednotlivých modulov so záväznými právnymi predpismi ES a SR (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006 a zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov);
-	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
-	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
-	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa ITMS je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno - technologickej infraštruktúry.