Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013

Obsah	strana

1 Legislatíva európskej Únie a slovenskej republiky
2 Základné definície a pojmy
3 Subjekty a ich zodpovednosť
3.1 Centrálny koordinačný orgán
3.2 Riadiace orgány
3.3 Certifikačný orgán
3.4 Platobné jednotky
3.5 Monitorovacie výbory
3.6 Orgán auditu
3.7 Orgány vydávajuce rozhodnutia v správnom konaní
3.7.1 Správy finančnej kontroly
3.7.2 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.8 Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
4 Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 Podpora zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
4.4 Záväzky a platby z EÚ
4.4.1 Záväzky
4.4.2 Platby z Európskej komisie
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
4.5.3 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – prijímateľ
4.5.4 Platby vo vzťahu platobná jednotka - prijímateľ
4.5.5 Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
4.5.6 Vysporiadanie finančných vzťahov
4.6 Odhad očakávaných výdavkov
4.7 Systém účtov
4.8 Systém informačných a finančných tokov na národnej úrovni
4.8.1 Systém predfinancovania
4.8.2 Systém zálohových platieb
4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
4.8.4 Systém refundácie
4.8.5 Systém refundácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR
4.8.6 Systém prevodu tranže prijímateľovi – holdingovému fondu
4.8.7 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
4.9 Systém certifikácie
4.10 Nezrovnalosti
4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov
4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci EÚ
4.11 Účtovníctvo
4.11.1 Účtovníctvo prijímateľa a partnera
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
5 Monitorovanie a elektronická výmena informácií
6 Zoznam príloh

1 Legislatíva európskej Únie a slovenskej republiky
Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013 je vypracovaný v súlade s právnymi predpismi Európskych únie (ďalej aj „ES“ alebo „EÚ“) a Slovenskej republiky a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii, 1993
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4. 10. 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na ktorého základe budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003
•	Zmluva o fungovaní Európskej únie
b)	Základné právne predpisy EÚ
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, a ktorým sa zrušuje nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999 v znení neskorších predpisov (ďalej len „Nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006“)
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1989/2006, ktorým sa mení a dopĺňa príloha III k nariadeniu (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde a ktorým sa zrušuje nariadenie (ES) č. 1260/1999
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1341/2008, ktorým sa v súvislosti s určitými projektmi generujúcimi príjmy mení a dopĺňa nariadenie (ES) č. 1083/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 85/2009, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, pokiaľ ide o určité ustanovenia týkajúce sa finančného riadenia 
•	Nariadenie Rady (ES) č. 284/2009, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, pokiaľ ide o určité ustanovenia týkajúce sa finančného riadenia
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 539/2010, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, pokiaľ ide o určité ustanovenia týkajúce sa finančného riadenia
•	Nariadenie Komisie (EÚ) č. 832/2010, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES) č. 1828/2006, ktorým sa stanovujú vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja
•	Nariadenie Komisie č. (ES) 1828/2006, ktorým sa stanovujú vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja v znení neskorších predpisov v znení neskorších zmien a doplnení (ďalej len „Nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006“)
•	Nariadenie Komisie (ES) č. 846/2009 z 1. septembra 2009, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie č. (ES) 1828/2006, ktorým sa stanovujú vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja 
Nariadenia upravujúce rozpočet EÚ
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev v znení neskorších zmien a doplnení
•	Nariadenie Komisie (ES, Euratom) č. 1261/2005, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES, Euratom) č. 2342/2002, ktorým sa ustanovujú podrobné pravidlá na vykonávanie nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie (ES) č. 1248/2006, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Európskej komisie (ES) č. 2342/2002 stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady (ES) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1995/2006, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady (ES) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet ES
•	Nariadenie Komisie (ES, Euratom) č. 478/2007, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES, Euratom) č. 2342/2002, ktorým sa ustanovujú podrobné pravidlá na vykonávanie nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou s cieľom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
Nariadenia upravujúce fondy 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1783/1999
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 397/2009, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja, pokiaľ ide o oprávnenosť investícií do energetickej efektívnosti a energie z obnoviteľných zdrojov energie v oblasti bývania
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 o Európskom sociálnom fonde, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1784/1999
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 396/2009, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie (ES) č. 1081/2006 o Európskom sociálnom fonde s cieľom rozšíriť typy nákladov oprávnených na príspevok z ESF
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1084/2006, ktorým sa zriaďuje Kohézny fond a zrušuje nariadenie č. 1164/1994
c)	Základné záväzné právne predpisy SR
•	Zákon č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov 

Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 583/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách územnej samosprávy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana osobných údajov, podpora regionálneho rozvoja, informačný systém, Úradný vestník EÚ
•	Zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 539/2008 o podpore regionálneho rozvoja a ktorým sa ruší zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja v znení zákona č. 351/2004 Z. z.
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku Európskej únie v znení zákona č. 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
2 Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa rozumie:
1.	Audit trail - podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
2.	Centrálny elektronický databázový informačný systém (ďalej len „CEDIS“) - informačný systém orgánu auditu, slúži na evidenciu plánov, monitorovanie a reporting výsledkov z vládnych auditov prostriedkov Európskej únie a prostriedkov ostatných nástrojov finančnej pomoci zo zahraničia poskytovaných Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv a dohôd.
3.	Centrálny koordinačný orgán - ústredný orgán štátnej správy určený v Národnom strategickom referenčnom rámci zodpovedný za efektívnu a účinnú koordináciu riadenia pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v rámci Národného strategického referenčného rámca Slovenskej republiky pre ciele Konvergencia a Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť v programovom období 2007 - 2013. V podmienkach Slovenskej republiky plnilo  úlohy centrálneho koordinačného orgánu Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR a od 01.07.2010 Úrad vlády SR.
4.	Certifikácia - potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
5.	Certifikačný orgán - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikácie výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii. Zákon č. 528/2008 Z. z o pomoci a podpore poskytovanej z fondov EÚ v znení neskorších predpisov stanovuje, že v podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za koordináciu a usmerňovanie subjektov zapojených do systému finančného riadenia, vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb, pričom certifikačným orgánom je ministerstvo určené zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, a teda Ministerstvo financií SR. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
6.	Cieľ Konvergencia (ďalej len „cieľ 1“) - cieľ EÚ umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za roky 2000 – 2002 je menšia ako 75 % priemeru EÚ 25.
7.	Cieľ Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť (ďalej len „cieľ 2“) - cieľ EÚ umožňujúci podporu regiónov z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny s výnimkou najmenej rozvinutých regiónov.
8.	Cieľ Európska územná spolupráca (ďalej len „cieľ 3“) - cieľ EÚ umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja zameranú na cezhraničnú, nadnárodnú a medziregionálnu spoluprácu.
9.	Čiastkový výkaz výdavkov - dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na ktorého základe sa preplácajú zdroje Európskej únie. Výkaz je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci implementácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR je čiastkový výkaz výdavkov vypracovaný riadiacim orgánom a tvorí prílohu k technickej súhrnnej žiadosti o platbu.
10.	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej aj „ERDF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie a územnej spolupráce.
11.	Európska investičná banka (ďalej len „EIB“) - medzinárodná finančná a úverová inštitúcia poskytujúca úvery určené na spolufinancovanie projektov, resp. programových dokumentov.
12.	Európsky investičný fond (ďalej len „EIF“) - organizácia, ktorá poskytuje rizikový kapitál malým a stredným podnikom. V rámci implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike podpisuje zmluvu o financovaní s riadiacim orgánom a vystupuje v pozícii manažéra holdingového fondu.
13.	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
14.	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF“) - inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nezákonným aktivitám.
15.	Finančné inžinierstvo - aktivity definované čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorými sa môže prispievať predovšetkým na podporu malých a stredných podnikateľov, ako sú napr. fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy, a na fondy mestského rozvoja, ako sú napr. investície do verejno-súkromných partnerstiev a iných projektov vrátane integrovaného plánu pre udržateľný mestský rozvoj. V podmienkach SR sa aktivity finančného inžinierstva realizujú prostredníctvom prijímateľa – holdingového fondu v rámci iniciatívy JEREMIE v súlade s materiálom Návrh na výber alternatívy implementácie holdingového fondu na základe rozpracovaných alternatív implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike v programovom období 2007 – 2013 a návrh implementačných dokumentov k iniciatíve JEREMIE.
16.	Finančný sprostredkovateľ - orgán, organizácia, právnická osoba z verejného alebo súkromného sektora, ktorá implementuje nástroje finančného inžinierstva, v rámci ktorej uzatvára investičné zmluvy s malými a strednými podnikateľmi.
17.	Globálny grant - operačný program alebo jeho časť, implementácia ktorého je delegovaná na miestne orgány, orgány regionálneho rozvoja alebo mimovládne organizácie v závislosti od dohody Slovenskej republiky s príslušným orgánom. Takéto delegovanie sa nedotýka finančnej zodpovednosti riadiaceho orgánu, resp. SR.
18.	Holdingový fond - znamená samostatný blok aktív a práv vytvorený v rámci SPV z prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vložených do základného imania SPV, ktorý má v mene SPV spravovať a/alebo investovať EIF. Na zabezpečenie splnenia cieľov iniciatívy JEREMIE sa EIF vo svojej pôsobnosti spoločníka SPV zaväzuje vykonávať v mene SPV činnosti v súlade s podmienkami operačných programov Konkurencieschopnosť a hospodársky rast, Bratislavský kraj, Životné prostredie a Výskum a vývoj. V podmienkach Slovenskej republiky je holdingový fond prijímateľom zabezpečujúcim implementáciu aktivít finančného inžinierstva.
19.	Informačný systém účtovníctva fondov (ďalej len „ISUF“) - samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov štrukturálnych fondov (certifikačný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb na úrovni certifikačného orgánu a platobných jednotiek.
20.	Iniciatíva Joint European REsources for MIcro to medium Enterprises (ďalej len „JEREMIE“) – jeden z nástrojov Európskej komisie, ktorý slúži na vyplácanie prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na podporu malých a stredných podnikov prostredníctvom fondov rizikového kapitálu, záručných a pôžičkových fondov.
21.	Investičná zmluva - zmluva uzatvorená medzi finančným sprostredkovateľom a malým, resp. stredným podnikom za účelom splnenia investičnej stratégie holdingového fondu. Investičná zmluva vychádza z podmienok definovaných v operačnej zmluve, zmluve o financovaní a rámcovej zmluve.
22.	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) - informačný systém, spravovaný a vyvíjaný centrálnym koordinačným orgánom v spolupráci s riadiacimi orgánmi, certifikačným orgánom a orgánom auditu, ktorý zabezpečí evidenciu údajov o NSRR, všetkých operačných programoch, projektoch, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC2007 Európskej komisie, monitorovacími systémami okolitých členských krajín, ako aj žiadateľmi a prijímateľmi. Poskytuje prepojenia s ISUF.
23.	Kohézny fond - finančný nástroj EÚ určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HND na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za roky 2001 – 2003 je menšia ako 90 % priemeru EÚ 25. V podmienkach SR podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
24.	Konečný užívateľ - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej prijímateľ realizujúci národný projekt, poskytuje finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe podmienok určených zmluvou v rámci ESF.
25.	Lehota - ak nie je v tomto dokumente, uvedené inak, za dni sa považujú kalendárne dni. Do plynutia lehoty sa nezapočítava deň, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Lehoty určené podľa týždňov, mesiacov alebo rokov sa končia uplynutím toho dňa, ktorý sa svojím označením zhoduje s dňom, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Ak taký deň v mesiaci nie je, lehota sa končí posledným dňom mesiaca. Ak koniec lehoty pripadne na sobotu, nedeľu alebo na deň pracovného pokoja, je posledným dňom lehoty najbližší nasledujúci pracovný deň. Lehota je zachovaná, ak sa posledný deň lehoty podanie podá na RO, alebo ak sa podanie odovzdá na poštovú prepravu, ak nie je v tomto dokumente uvedené inak.
26.	Memorandum o porozumení pre operačné programy cieľa 3 - medzinárodná zmluva podpísaná medzi Slovenskou republikou a partnerským štátom pre jednotlivé operačné programy cieľa 3 zamerané na cezhraničnú spoluprácu, ktorá podrobne stanovuje úlohy, právomoci a zodpovednosti jednotlivých orgánov zapojených do riadenia a implementácie spoločného programu. 
27.	Miera finančnej medzery - podiel diskontovaných nákladov počiatočnej investície, ktorý nie je pokrytý diskontovaným čistým výnosom projektu. V súlade s článkom 55 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 oprávnené výdavky projektu nemôžu prekročiť súčasnú hodnotu investičných nákladov očistenú o súčasnú hodnotu čistého výnosu z investície počas osobitného referenčného obdobia zodpovedajúceho príslušnej kategórii investície. V prípade projektov generujúcich príjmy finančná medzera predstavuje hodnotu celkových oprávnených výdavkov, na ktorú sa uplatňuje miera financovania stanovená Stratégiou financovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
28.	Monitorovací výbor pre operačný program - orgán zriadený riadiacim orgánom pre operačný program po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe a za schvaľovanie zmien v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Na zasadnutí monitorovacieho výboru sa zúčastňuje aj zástupca Európskej komisie v pozícii poradcu. Zasadnutí výboru sa v pozícii poradcu môže zúčastniť aj zástupca EIB a Európskeho investičného fondu v prípade, ak tieto inštitúcie prispievajú na operačný program. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
29.	Národný monitorovací výbor - orgán zriadený centrálnym koordinačným orgánom po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených NSRR, schvaľovanie zmien v NSRR spadajúcich do jeho právomoci vrátane presunov finančných prostriedkov medzi operačnými programami cieľa 1 resp. cieľa 2. Je zložený zo zástupcov jednotlivých riadiacich orgánov, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca centrálneho koordinačného orgánu.
30.	Národný projekt - individuálny projekt investičného alebo neinvestičného charakteru, ktorý realizuje vopred určený subjekt vzhľadom na jeho jedinečné postavenie a funkcie (napr. osoba podľa osobitného predpisu alebo osoba určená štatutárnym orgánom riadiaceho orgánu). Národný projekt je založený na realizácii aktivít a činností, ktoré vychádzajú z jasne stanovených regionálnych alebo národných politík alebo ktoré tieto politiky dopĺňajú. Národný projekt je viazaný na stratégiu definovanú v rámci príslušného operačného programu a realizovaný najmä s dôrazom na odstraňovanie regionálnych disparít, pričom rešpektuje územné a odvetvové aspekty rozvoja daného územia. 
31.	Národný strategický referenčný rámec (ďalej len „NSRR“) - programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na ciele uvedené v nariadení Rady (ES) č. 1083/2006 a priority pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov. Tvorí referenčný nástroj na prípravu programovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre ciele 1 a 2, prípadne aj pre cieľ 3, ak sa tak členský štát rozhodne. V podmienkach SR sa NSRR vzťahuje na cieľ 1 a 2.
32.	Nezrovnalosť - akékoľvek porušenie legislatívy Európskej únie vyplývajúce z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskej únie alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskej únie alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Európskej únie.
33.	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná prioritná os operačného programu, tvorený skupinami tématicky príbuzných aktivít, a ktorý umožňuje financovanie projektov. V prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR je opatrenie nahradené oblasťou podpory.
34.	Operácia - projekt alebo súbor projektov vybraných riadiacim orgánom príslušného operačného programu, alebo na jeho zodpovednosť podľa kritérií ustanovených monitorovacím výborom, ktorého vykonávanie jedným alebo viacerými prijímateľmi umožňuje dosiahnutie cieľov prioritnej osi, na ktoré sa vzťahuje.
35.	Operačná zmluva - zmluva uzatvorená medzi EIF v mene SPV a finančným sprostredkovateľom pre jednotlivé nástroje finančného inžinierstva. Operačná zmluva vychádza z podmienok definovaných v zmluve o financovaní a rámcovej zmluve.
36.	Operačný program - dokument predložený členským štátom a schválený Európskou komisiou, ktorý určuje stratégiu rozvoja pomocou jednotného súboru priorít, ktorá sa má realizovať s pomocou fondu, alebo v prípade cieľa 1 z Kohézneho fondu a ERDF.
37.	Oprávnené výdavky - výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené počas obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme nákladov alebo výdavkov prijímateľa, v relevantných prípadoch partnera, a ktoré boli vynaložené na operácie vybrané na podporu v rámci operačných programov v súlade s kritériami výberu a obmedzeniami stanovenými nariadením Rady (ES) č. 1083/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 a nariadením Rady (ES) č. 1084/2006. Oprávnené výdavky pre projekty generujúce príjem upravuje čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. V podmienkach SR za stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov zodpovedá Centrálny koordinačný orgán.
38.	Orgán auditu - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu, určený členským štátom pre každý operačný program a zodpovedný za overenie riadneho fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu MF SR.
39.	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov - doklad, ktorý pozostáva z formulára a príloh, na ktorého základe prijímateľ potvrdzuje vrátenie finančných prostriedkov v príslušnom pomere na stanovené účty.
40.	Partner projektu - subjekt, ktorý sa podieľa na realizácii projektu predovšetkým v rámci cieľa 3 cezhraničnej spolupráce vykonávajúci operácie na základe dohody o spolupráci s vedúcim partnerom projektu a ostatnými partnermi projektu.
41.	Platobná jednotka - organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov zo štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly pred platbou prijímateľovi. Platobnú jednotku určuje vláda v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
42.	Pomoc „de minimis“ - pomoc poskytnutá akémukoľvek podniku, ktorá neprekročí súhrnne v prepočte 200 000 EUR v priebehu akéhokoľvek obdobia troch fiškálnych rokov a jej poskytnutie je v súlade s právnym predpisom EÚ o poskytnutí pomoci „de minimis“. Celková pomoc „de minimis“ poskytnutá akémukoľvek podniku pôsobiacemu v sektore cestnej dopravy nesmie prekročiť 100 000 EUR v priebehu troch fiškálnych rokov.
43.	Poskytnutie zálohovej platby prijímateľovi - poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a spolufinancovania štátneho rozpočtu prijímateľovi formou zálohovej platby pre projekty financované z ESF, resp. prijímateľovi - štátnej rozpočtovej organizácii pre projekty financované z ESF, ERDF a Kohézneho fondu do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu po podpise zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a preukázaní prijímateľa o začatí realizácie projektu.
44.	Predfinancovanie - poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi (okrem štátnej rozpočtovej organizácie) pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu, z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroje ERDF, Kohézneho fondu a spolufinancovania štátneho rozpočtu na uhrádzanie záväzkov voči dodávateľovi/zhotoviteľovi na základe predloženia neuhradených účtovných dokladov vystavených dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré prijímateľ predloží v lehote splatnosti. 
45.	Prevod tranže prijímateľovi - holdingovému fondu – poskytnutie finančných prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – holdingovému fondu v rámci implementácie projektov finančného inžinierstva na základe žiadosti o platbu.
46.	Prijímateľ - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu.
47.	Prioritná os - jedna z priorít stratégie v operačnom programe, ktorá sa skladá zo skupiny navzájom súvisiacich operácií (aktivít) s konkrétnymi, merateľnými cieľmi.
48.	Prizvaná osoba - zamestnanec iného orgánu verejnej správy, okrem zamestnancov NKÚ SR, so súhlasom vedúceho tohto orgánu, zamestnanec právnickej osoby alebo fyzickej osoby s ich súhlasom, ak je to na dosiahnutie účelu a cieľa vládneho auditu vzhľadom na zložitosť a odborné zameranie auditovanej činnosti nevyhnutné, prizvaný na základe žiadosti vedúceho auditujúceho orgánu. Prizvaná osoba musí byť funkčne nezávislá od prijímateľa, riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky. 
49.	Programový manuál - dokument na národnej úrovni vypracovaný riadiacim orgánom pre každý operačný program cieľa 1 a cieľa 2, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrení.
50.	Rámcová zmluva - zmluva medzi EIF a Slovenskou republikou stanovujúca základné zásady, podľa ktorých sa bude v Slovenskej republike implementovať iniciatíva JEREMIE s pomocou EIF vo forme holdingového fondu.
51.	Refundácia - poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi zo súkromného sektora a prijímateľovi z verejného sektora na základe dohody s riadiacim orgánom za zdroje Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a na základe žiadosti o platbu, ktorej súčasťou sú účtovné doklady, ktoré prijímateľ uhradil najskôr z vlastných zdrojov.
52.	Riadiaci orgán - národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo súkromný orgán určený členským štátom, ktorý je zodpovedný za riadenie operačného programu. Riadiaci orgán je menovaný pre každý operačný program. V podmienkach SR určuje jednotlivé riadiace orgány vláda SR. Pre účely tohto materiálu sa úlohy riadiaceho orgánu vzťahujú aj na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ak je to relevantné.
53.	Rozhodnutie o schválení nenávratného finančného príspevku – rozhodnutie, ktoré vydáva štatutárny orgán riadiaceho orgánu v prípade poskytnutia pomoci na realizáciu projektov technickej pomoci, ak je prijímateľ a riadiaci orgán tá istá osoba.
54.	Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci “de minimis“ - dokumenty, ktoré presne stanovujú pravidlá a podmienky, na základe ktorých môžu poskytovatelia pomoci poskytnúť štátnu pomoc a pomoc „de minimis“ jednotlivým prijímateľom.
55.	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - poverenie, ktorým riadiaci orgán poveruje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom plnením úloh riadiaceho orgánu vymedzených v splnomocnení a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom toto poverenie prijíma. Splnomocnenie okrem vymedzených úloh obsahuje aj právomoci a zodpovednosti účastníkov splnomocnenia.
56.	Special Purpose Vehicle (ďalej len „SPV“) - spoločnosť s ručením obmedzeným zriadená na osobitný účel, ktorá je neoddeliteľnou súčasťou štruktúry holdingového fondu. Jej hlavnou úlohou je zriadenie holdingového fondu, ktorého správcom je EIF.
57.	Spolupracujúci orgán - auditujúci orgán podľa osobitného predpisu (§ 2 ods. 2  písm. g) zákona č. 502/2001 Z. z.), okrem Ministerstva financií Slovenskej republiky, ktoré vykonávajú úlohy podľa osobitného predpisu (čl. 62 nariadenia (ES) 1083/2006).
58.	Správa o zistenej nezrovnalosti - dokument vyplnený riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom alebo orgánom auditu alebo orgánom vydávajúcim rozhodnutie v správnom konaní, na ktorého základe je oficiálne zdokumentovaná zistená nezrovnalosť.
59.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - je ministerstvo, ostatný ústredný orgán štátnej správy, samosprávny kraj alebo iná právnická osoba, ktorá má odborné, personálne a materiálne predpoklady na plnenie úloh riadiaceho orgánu určených v splnomocnení riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia, pričom sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom koná v mene a na zodpovednosť riadiaceho orgánu.
60.	Strategické usmernenia Spoločenstva o kohézii (Community Strategic Guidelines on Cohesion - ďalej len „CSG“) – strategický dokument na úrovni EÚ schválený Radou EÚ, ktorý pri zohľadnení ostatných príslušných politík EÚ vymedzuje rámec pre používanie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre každý z cieľov.
61.	Strešný projekt (umbrella project) – projekt realizovaný regionálnym subjektom v rámci oblasti podpory Fond mikroprojektov OP cezhraničnej spolupráce SR – ČR.
62.	Sumarizačný hárok - doklad slúžiaci na deklarovanie výdavkov prijímateľa za oblasť pracovno-právnych vzťahov a cestovných náhrad.
63.	Súhrnná žiadosť o platbu - doklad, na ktorého základe sú prevádzané finančné prostriedky Európskej únie platobnej jednotke v príslušnom pomere.
64.	Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu - komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, prostredníctvom ktorých sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, používanie pomoci, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, sledovanie finančných tokov, kontrola a overovanie pri realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
65.	Štátna pokladnica - orgán štátnej správy zriadený v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému Štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov.
66.	Štátna pomoc - akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podnikateľovi, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Európskej únie.
67.	Štrukturálne fondy - nástroje štrukturálnej politiky EÚ využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja a Európsky sociálny fond.
68.	Technická súhrnná žiadosť o platbu – doklad, na ktorého základe certifikačný orgán prevádza prostriedky ERDF vedúcemu partnerovi v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR v príslušnom pomere.
69.	Účtovný doklad - doklad definovaný v § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení zákona č. 198/2007 Z.z. Pre účely predkladania žiadostí o platbu (priebežná platba, záverečná platba, zúčtovanie zálohovej platby) sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v § 10 ods. 1 písm. a) až f) predmetného zákona, pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje vyhlásenie prijímateľa v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné vyhlásenie v znení „Ako prijímateľ čestne vyhlasujem, že nárokovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v účtovných dokladoch, je matematicky správna a vychádza z účtovníctva, oprávnené výdavky boli skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti (v prípade zálohovej platby sa začala realizácia projektu), nárokovaná suma je v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pravidlá štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia a rovnosti príležitostí boli dodržané, fyzický a finančný pokrok podlieha monitorovaniu vrátane kontroly na mieste, požiadavky na informovanie verejnosti boli dodržané v súlade s ustanoveniami zmluvy, originály dokumentácie k platbe, definované v zozname príloh sú v našej držbe, náležite opečiatkované, podpísané a prístupné na konzultovanie pre účely overenia. Sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Som si vedomý skutočnosti, že v prípade nesplnenia podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v prípade nesprávne nárokovaných finančných prostriedkov v tejto žiadosti o platbu je možné, že príspevok nebude vyplatený, bude upravený alebo bude vyžiadané vrátenie neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov.“.
70.	Úhrada účtovného dokladu – predstavuje úhradu záväzku alebo pohľadávky prijímateľa/riadiaceho orgánu/platobnej jednotky/certifikačného orgánu.
71.	Vedúci partner (Lead Partner) - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka vystupujúca v mene projektového partnerstva pri projekte operačných programov cieľa 3, a ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu určené na spolufinancovanie (v prípade, ak je vedúci partner zo Slovenskej republiky) a prostriedky ERDF.
72.	Veľký projekt - projekt financovaný z ERDF alebo Kohézneho fondu podľa čl. 39 všeobecného nariadenia, ktorého celkové náklady presahujú 50 mil. EUR. Schválenie veľkého projektu si vyžaduje samostatné rozhodnutie Európskej komisie.
73.	Verejné výdavky - všetky verejné príspevky na financovanie operácií, ktoré pochádzajú z rozpočtu štátu, regionálnych a miestnych orgánov a Európskej únie v súvislosti so štrukturálnymi fondmi a Kohéznym fondom, a akékoľvek podobné výdavky. Za podobný výdavok sa považuje každý príspevok na financovanie operácií pochádzajúci z rozpočtu verejnoprávnych subjektov alebo združení jedného alebo viacerých regionálnych alebo miestnych orgánov, alebo verejnoprávnych subjektov konajúcich v súlade so smernicou Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 18/2004 z 31. marca 2004 o koordinácii postupov zadávania verejných zákaziek na práce, verejných zákaziek na dodávku tovaru a verejných zákaziek na služby.
74.	Vládny audit - vládnym auditom sa rozumie nezávislá, objektívna, overovacia, hodnotiaca a uisťovacia činnosť, ktorá je zameraná najmä na:
-	overenie účinného fungovania systému riadenia a kontroly operačného programu, ktoré sa vykonáva najmä ako systémový audit,
-	overenie deklarovaných výdavkov Európskej komisii na vhodnej vzorke operácií, ktoré sa vykonáva ako audit operácií.
75.	Vlastné zdroje prijímateľa - finančné prostriedky, ktorými sa podieľa prijímateľ na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie prostriedky, ktoré prijímateľ získal z iného zdroja (okrem zdroja NFP - štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a zdroja EÚ), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby.
76.	Výkaz výdavkov - dokument obsahujúci oprávnené výdavky uskutočnené v priebehu stanoveného obdobia oprávnenosti za príslušný operačný program podľa jednotlivých rokov. Výkaz je vypracovaný certifikačným orgánom a tvorí prílohu k žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie.
77.	Záznam z administratívnej kontroly - dokument vypracovaný z administratívnej kontroly riadiacim orgánom podľa § 24e zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Záznam z administratívnej kontroly sa vyhotovuje v dvoch rovnopisoch. Prvý rovnopis sa poskytuje platobnej jednotke. Druhý rovnopis uchováva subjekt, ktorý záznam z administratívnej kontroly vypracoval. V prípade zistenia nedostatkov a porušenia podmienok zakotvených vo všeobecne záväzných právnych predpisoch a zmluvných dokumentoch je riadiaci orgán oprávnený pozastaviť financovanie projektu, zamietnuť žiadosť o platbu, alebo znížiť výšku požadovaných výdavkov, alebo posúdiť  výdavky požadované v žiadosti o platbu ako neoprávnené alebo postupovať podľa ďalších relevantných ustanovení tohto zákona, napríklad odstúpiť od zmluvy. Ak má správa finančnej kontroly / Ministerstvo financií SR začať na základe záverov vykonanej administratívnej kontroly riadiacim orgánom správne konanie vo veci porušenia finančnej disciplíny, riadiaci orgán si od kontrolovaného subjektu vyžiada písomné vyjadrenie k záverom administratívnej kontroly a prílohou záznamu sú všetky doklady týkajúce sa predmetu vykonanej administratívnej kontroly. Na základe takéhoto záznamu z administratívnej kontroly je správa finančnej kontroly / Ministerstvo financií SR oprávnené priamo začať správne konanie a to bez duplicitného výkonu vládneho auditu. V prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR je záznam z administratívnej kontroly vypracovávaný v jednom origináli národným kontrolórom pri vypracovávaní schváleného zoznamu výdavkov a projektovým manažérom pri administratívnej kontrole žiadosti o platbu. V tomto prípade je originál záznamu z administratívnej kontroly uchovávaný riadiacim orgánom. 
78.	Zmluva o financovaní – zmluva uzatvorená medzi prijímateľom – holdingovým fondom a príslušným riadiacim orgánom, na základe ktorej príslušný riadiaci orgán ustanoví prijímateľa – holdingový fond za komisionára Slovenskej republiky a prevedie na neho za podmienok uvedených v tejto zmluve prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za účelom ich vloženia do SPV a vykonávania činnosti holdingového fondu. Zmluvu za holdingový fond podpisuje EIF.
79.	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku - podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie uzatvorená medzi riadiacim orgánom a prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia pomoci, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán. Pre potreby tohto materiálu sa pod zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku rozumie aj v relevantných prípadoch „Rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok“.
80.	Zoznam výdavkov - doklad predkladaný Ústredím práce, sociálnych vecí a rodiny ako prijímateľom v rámci OP Zamestnanosť a sociálna inklúzia, ktorým deklaruje všetky realizované výdavky za príslušné obdobie.
81.	Žiadosť o platbu - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti o platbu a povinných príloh, na ktorého základe sú prijímateľovi uhrádzané prostriedky štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v príslušnom pomere.
82.	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov - doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti a príloh, na ktorého základe má prijímateľ povinnosť vrátiť finančné prostriedky v príslušnom pomere na stanovené účty.
3 Subjekty a ich zodpovednosť
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú zapojené nasledovné subjekty:
-	centrálny koordinačný orgán,
-	riadiace orgány,
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	certifikačný orgán,
-	platobné jednotky,
-	monitorovacie výbory.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektami:
-	orgán auditu,
-	spolupracujúce orgány,
-	príslušné orgány vydávajúce rozhodnutie v správnom konaní,
-	orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je náležité oddelenie funkcií riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a orgánu auditu.
3.1 Centrálny koordinačný orgán
Funkcie centrálneho koordinačného orgánu v zmysle uznesenia vlády SR č. 832/2006 zo 08.10.2006 vykonávalo do 30.06.2010 pre všetky operačné programy s výnimkou operačných programov cieľa 3 Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR. Od 01.07.2010 v zmysle zákona č. 37/2010 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov, funkcie centrálneho koordinačného orgánu vykonáva Úrad vlády SR.
Centrálny koordinačný orgán vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
a)	vypracovanie NSRR;
b)	negociovanie s Európskou komisiou o NSRR;
c)	koordináciu prípravy operačných programov a NSRR;
d)	koordináciu implementácie NSRR a operačných programov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
e)	stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov na národnej úrovni;
f)	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi pre oblasť programovania, monitorovania a hodnotenia;
g)	vydávanie a aktualizáciu Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, metodických pokynov Centrálneho koordinačného orgánu a výkladov Centrálneho koordinačného orgánu k Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013;
h)	vybudovanie, zavedenie a riadenie aktualizácie ITMS pre štrukturálne fondy a Kohézny fond;
i)	v spolupráci s riadiacimi orgánmi navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na vyjadrenie Ministerstvu financií SR, na schválenie vláde SR a na schválenie Národnému monitorovaciemu výboru;
j)	vypracovanie vnútorného manuálu centrálneho koordinačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ústredného orgánu štátnej správy/organizácie;
k)	vypracovanie vzoru zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku;
l)	predloženie vnútorného manuálu centrálneho koordinačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti, v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu (CO_manual@mfsr.sk) a orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach.
3.2 Riadiace orgány
Rozhodnutie o zriadení príslušných riadiacich orgánov vydáva vláda SR v nadväznosti na rozhodnutie o štruktúre operačných programov. Každý riadiaci orgán môže splnomocniť vykonávaním niektorých svojich kompetencií sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ale celková zodpovednosť za riadenie programov ako aj za plnenie úloh vykonávaných sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom ostáva na riadiacom orgáne. Splnomocnenie, na ktorého základe sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykonáva niektoré kompetencie riadiaceho orgánu poskytne certifikačnému orgánu pre informáciu. Riadiaci orgán zároveň informuje certifikačný orgán o akýchkoľvek zmenách splnomocnenia.
Jednotlivé riadiace orgány vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
a)	vypracovanie operačného programu, vrátane finančného plánu;
b)	vypracovanie programového manuálu k operačnému programu;
c)	v relevantných prípadoch vypracovanie schém štátnej pomoci a schém „de minimis“;
d)	vytvorenie vhodného systému implementácie operačného programu;
e)	vypracovanie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice organizácie;
f)	predloženie vnútorného manuálu riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti, v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu (CO_manual@mfsr.sk) a orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach;
g)	predkladanie výročnej správy o vykonávaní programu certifikačnému orgánu najneskôr do 14 kalendárnych dní od akceptovania Európskou komisiou v zmysle čl. 67 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
h)	v relevantných prípadoch udelenie splnomocnenia sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a jeho predloženie certifikačnému orgánu vrátane akýchkoľvek zmien pre informáciu do 14 kalendárnych dní od právoplatnosti splnomocnenia, resp. jeho zmeny;
i)	v relevantných prípadoch kontrolu vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
j)	spolufinancovanie operačného programu zo štátneho rozpočtu;
k)	podrobnejšiu úpravu pravidiel finančného riadenia vo vzťahu k prijímateľom v súlade s týmto materiálom vrátane vydania verejne dostupných metodických usmernení (príručiek) k finančnému riadeniu príslušného programu pre prijímateľov v súlade s týmto materiálom;
l)	prijímanie, hodnotenie a schvaľovanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok;
m)	predloženie žiadosti o potvrdenie pomoci pre veľké projekty, ktoré generujú príjem na posúdenie certifikačnému orgánu pred jej predložením Európskej komisii;
n)	predloženie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku týkajúcej sa veľkého projektu, ktorý generuje príjem na posúdenie certifikačnému orgánu elektronicky pred jej uzatvorením s prijímateľom;
o)	predloženie uzatvorenej zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku týkajúcej sa veľkého projektu generujúceho príjem certifikačnému orgánu do 14 kalendárnych dní od jej podpisu;
p)	zaslanie rozhodnutia Európskej komisie k veľkému projektu, ktorý generuje príjem certifikačnému orgánu do 14 kalendárnych dní od jeho obdržania;
q)	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a jej dodatkov, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia zmluvných podmienok a v relevantných prípadoch uzatváranie zmlúv o financovaní s prijímateľom – holdingovým fondom;
r)	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov zo zdrojov prijímateľa;
s)	zaregistrovanie žiadosti o platbu v ITMS do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia jej písomnej verzie;
t)	kontrolu žiadosti o platbu v rámci jednotlivých zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvy o financovaní podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, súčasťou ktorej je aj predbežná finančná kontrola, chronologicky podľa dátumu ich zaregistrovania riadiacim orgánom. Táto kontrola zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu každej žiadosti o platbu,
-	kontrolu na mieste v zmysle zásad definovaných v platnom Systéme riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013;
u)	v rámci administratívnej kontroly žiadosti o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti o platbu;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	kontrolu reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov; 
ii)	preukázateľnú matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola uplatňovaných položiek na základe účtovného dokladu, prípadne účtovného podkladu a ich porovnanie s rozpočtom projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, ako aj s rozpočtom vyplývajúcim z výsledku verejného obstarávania/obchodnej verejnej súťaže, kontrola sa vykonáva, kontrolu na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek;
iii)	kontrolu súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci „de minimis“;
iv)	kontrolu súladu s legislatívou SR a legislatívou EÚ týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, štátnej pomoci, pomoci de minimis, publicity a pod.;
v)	v rámci kontroly na mieste sa kontroluje najmä:
-	skutočné dodanie spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác a poskytnutých služieb; 
-	správnosť vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o ERDF, ESF a Kohéznom fonde;
-	zaúčtovanie dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve prijímateľa;
-	zabezpečenie publicity a pod.;
w)	kontrolu na mieste podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, pri ktorej sa môžu skontrolovať aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
x)	riadiaci orgán je oprávnený pozastaviť, zamietnuť alebo upraviť výšku platby pre projekt, alebo jeho časť, ak zistí nedostatky v postupe prijímateľa a partnera pri realizácii pomoci;
y)	schvaľovanie a predloženie žiadosti o platbu vrátane záznamu z administratívnej kontroly platobnej jednotke; 
z)	plnenie úlohy národného kontrolóra podľa čl. 16 nariadenia Rady (ES) č. 1082/2006 v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR;
aa)	schvaľovanie žiadosti o platbu vedúceho partnera v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR;
bb)	zostavenie a zaslanie technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR dvakrát mesačne podľa termínov stanovených certifikačným orgánom;
cc)	informovanie certifikačného orgánu o zrealizovaní úhrady spolufinancovania zo štátneho rozpočtu Českej republiky v prípade schválených žiadostí o platbu s nárokovanými výdavkami partnerov z ČR v elektronickej forme do 10 kalendárnych dní po uplynutí mesiaca zrealizovania úhrady;
dd)	v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR predkladanie podpisových vzorov zamestnancov riadiaceho orgánu splnomocnených schvaľovať a vyhotovovať technické súhrnné žiadosti o platbu certifikačnému orgánu do 14 kalendárnych dní od ich zmeny; 
ee)	sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa v rozsahu prílohy 17;
ff)	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“ do 5. februára roku „n+1“ v elektronickej forme certifikačnému orgánu (príloha 18);
gg)	vypracovanie a predkladanie informácií o vykonaných kontrolách na mieste podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 certifikačnému orgánu v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť;
hh)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10.1 vrátane aktualizácie údajov o zistenej nezrovnalosti v ITMS;
ii)	riešenie zistených nezrovnalostí v rámci operačného programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstrániť nezrovnalosti (najmä vo väzbe na vysporiadanie finančných vzťahov s prijímateľom alebo systémové nezrovnalosti);
jj)	vypracovanie a predkladanie zoznamu prípadov za predchádzajúci rok (príloha 20), v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené v súlade s požiadavkou článku 20 (2d) nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady;
kk)	vykonávanie finančných opráv na projekty;
ll)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS;
mm)	navrhovanie realokácie prostriedkov v rámci operačného programu, ich predloženie certifikačnému orgánu na posúdenie a následne ich predkladanie monitorovaciemu výboru na schválenie, ak je relevantné;
nn)	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov certifikačnému orgánu k 31. marcu, 30. júnu, 30. septembru a 31. decembru príslušného roka do 7 kalendárnych dní nasledujúceho mesiaca v spolupráci s platobnou jednotkou;
oo)	predkladanie správ z externých auditov, auditov Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov, protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokolov z kontrol Úradu pre verejné obstarávanie certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich prerokovania;
pp)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu riadiaceho orgánu a správ o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich podpisu;
qq)	vypracovanie stanoviska riadiaceho orgánu k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania a jeho predloženie platobnej jednotke za účelom zaslania stanoviska certifikačnému orgánu v lehote stanovenej platobnou jednotkou;
rr)	vypracovanie stanoviska riadiaceho orgánu k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania a jeho predloženie certifikačnému orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR;
ss)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy riadiaceho orgánu a odpočtov ich plnenia certifikačnému orgánu a aj orgánu auditu v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
tt)	vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu. V prípade, ak je to relevantné riadiaci orgán spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s platobnou jednotkou;
uu)	informovanie certifikačného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber žiadostí o poskytnutie NFP najneskôr 7 kalendárnych dní pred zasadnutím;
vv)	predkladanie zápisníc zo zasadnutí komisií na výber žiadostí o NFP certifikačnému orgánu najneskôr do 7 kalendárnych dní od ich podpisu;
ww)	dodržiavanie usmernení certifikačného orgánu k finančnému riadeniu;
xx)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 21 kalendárnych dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehote;
yy)	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
zz)	v relevantných prípadoch uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci „de minimis“, výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
aaa)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností.
3.3 Certifikačný orgán
Funkcie certifikačného orgánu v zmysle uznesenia vlády č. 832/2006 zo dňa 08. 10. 2006 vykonáva pre všetky operačné programy v rámci cieľa 1 a cieľa 2 Ministerstvo financií SR. Zároveň organizačný poriadok Ministerstva financií SR stanovuje, že úlohy certifikačného orgánu plní sekcia európskych a medzinárodných záležitostí. V rámci cieľa 3 plní Ministerstvo financií SR funkciu certifikačného orgánu pre Program cezhraničnej spolupráce SR – ČR. V prípade ostatných programov cezhraničnej, nadnárodnej a medziregionálnej spolupráce vystupuje ako certifikačný orgán partnerský štát.
Certifikačný orgán v podmienkach SR vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu certifikačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva,
b)	predloženie vnútorného manuálu certifikačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti, v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	koordináciu systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
d)	koordináciu finančných tokov v oblasti vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
e)	vypracovanie zmien v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, vrátane predloženia zmien na pripomienkové konanie všetkým relevantným subjektom (okrem dodatkov k materiálu) a ich predkladanie ministrovi financií SR na schválenie. V prípade zásadných zmien bude Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 predložený na schválenie vláde SR; 
f)	poskytovanie výnimiek zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí orgánov zapojených do finančného riadenia adresovaných ministrovi financií. Pri posudzovaní každej z výnimiek certifikačný orgán dôsledne zváži ich dopad. Minister financií nebude poskytovať výnimky zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 týkajúce sa nedodržiavania podmienok pre zúčtovanie zálohovej platby/predfinancovania;
g)	vydávanie usmernení k finančnému riadeniu;
h)	metodické usmerňovanie platobných jednotiek a riadiacich orgánov v oblasti finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
i)	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému;
j)	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
k)	styk a vybudovanie kontaktov s relevantnými útvarmi generálnych riaditeľstiev Európskej komisie v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
l)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach poradných výborov Európskej komisie - Výboru pre koordináciu fondov a Výboru podľa čl. 147 Zmluvy v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
m)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach monitorovacích výborov v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
n)	zriadenie osobitných mimorozpočtových účtov Ministerstva financií SR pre prostriedky Európskej únie v Štátnej pokladnici za každý operačný program;
o)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici pre príjem prostriedkov EÚ od prijímateľov z titulu finančného vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
p)	zriadenie mimorozpočtových účtov v Štátnej pokladnici slúžiacich na úhradu bankových poplatkov a daní z úrokov;
q)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach komisií na výber žiadostí o nenávratný finančný príspevok v úlohe pozorovateľa; 
r)	administratívne overenie súhrnnej žiadosti o platbu/technickej súhrnnej žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR - ČR, súčasťou ktorého je aj predbežná finančná kontrola. Toto overenie zahrňuje:
-	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu/technickej súhrnnej žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR - ČR,
-	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch;
s)	certifikačné overenie na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky, že:
-	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky uhrádzané počas obdobia oprávnenosti, 
-	boli vykonané kontroly dodania spolufinancovaných tovarov, služieb a prác,
-	realizované výdavky sú reálne,
-	sa postupovalo v súlade so záväznými právnymi predpismi EÚ a SR a ostatnými záväznými dokumentmi,
-	existuje overiteľná podporná dokumentácia,
-	sa uchováva a dodržiava audit trail;
t)	v prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti s finančným dopadom na každej z certifikovaných úrovní, okamžité pozastavenie platieb prostriedkov EÚ pre príslušný projekt, vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Certifikačný orgán oznámi nezrovnalosť orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov a v kópii orgánu auditu v rámci štvrťročného hlásenia nezrovnalostí OLAF EK;
u)	v prípade zistenia závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenia na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, pozastavenie platieb pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informovanie orgánu auditu, riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky pre príslušný operačný program;
v)	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby a o záverečnú platbu Európskej komisii pre všetky operačné programy;
w)	zostavenie, certifikácia a predloženie výkazu výdavkov Európskej komisii ako súčasť žiadosti o priebežnú, záverečnú platbu na základe čiastkových výkazov výdavkov a schválených súhrnných žiadostí o platbu predložených platobnými jednotkami, resp. technických súhrnných žiadostí o platbu predložených riadiacim orgánom pre Program cezhraničnej spolupráce SR - ČR a overenia vybraných záznamov z administratívnej kontroly  vypracovaných riadiacimi orgánmi;
x)	príjem prostriedkov EÚ na osobitné mimorozpočtové účty Ministerstva financií SR;
y)	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu z osobitného mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na účet príslušného ministerstva ako platobnej jednotky na základe schválenej súhrnnej žiadosti platobnej jednotky o platbu;
z)	prevod finančných prostriedkov ERDF z osobitného mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na účty vedúcich partnerov v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR na základe schválenej technickej súhrnnej žiadosti o platbu;
aa)	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prijímateľovi prostredníctvom platobnej jednotky;
bb)	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
cc)	zostavenie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov každý rok do 30. apríla;
dd)	zostavenie a predkladanie ročných výkazov Európskej komisii do 31. marca v súlade s článkom 20 (2a-2d) nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, t.j. výkazu prostriedkov k 31. decembru predchádzajúceho roka, ktoré boli stiahnuté z výkazu výdavkov, boli vrátené a odpočítané z výkazu výdavkov, majú byť vrátené, resp. sa neočakáva, že budú vrátené v členení podľa prioritných osí a rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov; 
ee)	vedenie a predkladanie knihy dlžníkov, resp. mesačného výkazu nezrovnalostí a vratiek k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci v písomnej forme riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke. Orgánu auditu sa tieto dokumenty predkladajú elektronicky na e-mailovú adresu reporting@mfsr.sk;
ff)	vrátenie prostriedkov Európskej únie v súlade s § 20, odsekom 7 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, a to vrátane úrokov z omeškania v súlade s § 20, odsekom 8 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
gg)	finančné opravy prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na základe požiadaviek Európskej komisie;
hh)	vypracovanie a predkladanie súhrnného prehľadu správ o zistenej nezrovnalosti štvrťročne orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov. V súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti sa uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 28, 30 a 36 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006;
ii)	spracovanie relevantných častí výročných správ a záverečnej správy o vykonávaní programu týkajúcich sa čerpania prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a ich predloženie riadiacemu orgánu;
jj)	vypracovanie podkladov do ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 53b (3) nariadenia (ES, Euratom) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskej únie a ich predloženie orgánu auditu;
kk)	metodické riadenie a koordinácia postupov účtovania certifikačného orgánu a platobných jednotiek v rámci jednotného informačného systému účtovania fondov EU (ISUF) a koordinácia postupu  poskytovania údajov účtovnej závierky a finančných výkazov;
ll)	vedenie účtovníctva certifikačného orgánu vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy, vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov podľa osobitných predpisov za certifikačný orgán a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
mm)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 21 kalendárnych dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
nn)	uschovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností;
3.4 Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je zabezpečiť prevod finančných prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy“).
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva/agentúry;
b)	predloženie vnútorného manuálu platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti, v elektronickej forme s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu (CO_manual@mfsr.sk) a orgánu auditu (manualy@mfsr.sk), a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál je rozsiahlejší, je potrebné vnútorný manuál rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
d)	rozpočtovanie prostriedkov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v štátnom rozpočte pre príslušný rok;
e)	predbežnú finančnú kontrolu žiadostí o platbu, ktorá zahŕňa overenie formálnej správnosti dokumentov predložených riadiacim orgánom, overenie súladu žiadostí o platbu s rozpočtom projektu a s rozpočtovým limitom pre danú prioritnú os a opatrenie;
f)	zostavenie a zaslanie súhrnných žiadostí o platbu certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov osobitne za každý fond;
g)	zostavenie a zaslanie čiastkových výkazov výdavkov generovaných z ITMS certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov osobitne za každý fond. V prípade nefunkčnosti ITMS môžu byť čiastkové výkazy výdavkov vypracované manuálne a predložené certifikačnému orgánu podľa stanovených termínov osobitne za každý fond;
h)	prevod prostriedkov EÚ v súlade s čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
i)	prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. hlavnému cezhraničnému partnerovi zo Slovenskej republiky v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR;
j)	usmerňovanie prijímateľov v oblasti odvodu výnosov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnutých systémom zálohovej platby/predfinancovania tak, aby prijímateľ v zmysle § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy odviedol k 31. januáru nasledujúceho roka do príjmov štátneho rozpočtu skutočný výnos, ktorý vznikol z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, t. j. po odpočítaní alikvotnej časti poplatkov za vedenie účtov, prípadne celý poplatok, ak ich vedie na osobitnom účte;
k)	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy za platobnú jednotku;
l)	vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov  podľa osobitných predpisov za platobnú jednotku a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
m)	vedenie a predkladanie čiastkovej knihy dlžníkov, resp. čiastkového výkazu nezrovnalostí a vratiek k  20. kalendárnemu dňu v mesiaci riadiacemu orgánu, ak nastala zmena v danom mesiaci;
n)	predkladanie zoznamu vykonaných platieb certifikačnému orgánu za príslušný mesiac v členení podľa zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (príloha 11a - 11c) za príslušný mesiac najneskôr do 6. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca v písomnej aj elektronickej podobe. K uvedenému zoznamu prikladá platobná jednotka výpis z výdavkového účtu, resp. kópie realizovaných rozpočtových opatrení. V stanovenom termíne zašle platobná jednotka informáciu certifikačnému orgánu aj v prípade, ak za príslušný mesiac nevykonala žiadne platby; 
o)	predkladanie prehľadu realizovaných platieb platobnou jednotkou (príloha 13) certifikačnému orgánu za príslušný štvrťrok najneskôr do 6. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného štvrťroku v písomnej aj elektronickej podobe;
p)	predkladanie podpisových vzorov zamestnancov platobnej jednotky splnomocnených schvaľovať a zostavovať súhrnné žiadosti o platbu certifikačnému orgánu do 14 kalendárnych dní od ich zmeny;
q)	vypracovanie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov za operačné programy cieľa 3 certifikačnému orgánu pre potreby prípravy a aktualizácie rozpočtu verejnej správy do 7. kalendárneho dňa mesiaca január;
r)	vypracovanie stanoviska platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania súhrnnej žiadosti o platbu týkajúcich sa platobnej jednotky;
s)	písomné predkladanie stanovísk riadiaceho orgánu a platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z certifikačného overovania v lehote stanovenej certifikačným orgánom;
t)	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi, riadiacemu orgánu v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10.1;
u)	predkladanie správ z externých auditov, auditov Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov, protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokolov z kontrol Úradu pre verejné obstarávanie týkajúcich sa platobnej jednotky certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich prerokovania;
v)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu platobnej jednotky a správ o výsledku externého auditu platobnej jednotky certifikačnému orgánu a orgánu auditu do 7 kalendárnych dní od ich podpisu;
w)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy platobnej jednotky a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu a aj orgánu auditu v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
x)	vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu. V prípade, ak je to relevantné platobná jednotka spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s riadiacim orgánom;
y)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS a ISUF;
z)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností.
3.5 Monitorovacie výbory
Riadiace orgány zriaďujú monitorovacie výbory pre každý operačný program najneskôr tri mesiace od dátumu oznámenia rozhodnutia Európskej komisie o schválení operačného programu.
Monitorovacie výbory pre operačné programy sú vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zodpovedné za nasledovné úlohy:
a)	prerokovanie a schvaľovanie hodnotiacich a výberových kritérií pre výber projektov, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po rozhodnutí Európskej komisie o schválení operačného programu, ako aj schvaľovanie zmien týchto kritérií;
b)	pravidelné monitorovanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov operačného programu na základe dokumentov predložených riadiacim orgánom;
c)	monitorovanie výsledkov vykonávania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, najmä dosiahnutia cieľov stanovených pre každú prioritnú os a v rámci priebežného hodnotenia;
d)	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečnej správy o vykonávaní programu, ktoré sú predložené Európskej komisii;
e)	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu operačného programu vrátane presunov finančných prostriedkov medzi prioritnými osami.
V podmienkach SR sa zároveň zriaďuje Národný monitorovací výbor pre NSRR, ktorého zodpovednosťou je z pohľadu finančného riadenia predovšetkým schvaľovanie zmien v NSRR spadajúcich do jeho právomocí vrátane presunov finančných prostriedkov medzi operačnými programami cieľa 1, resp. cieľa 2.
3.6 Orgán auditu
V súlade s čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je členský štát povinný pre každý operačný program zriadiť orgán auditu. Tento orgán ako aj spolupracujúce orgány musia byť funkčne nezávislé od riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky. Orgán auditu musí rovnako zabezpečiť, aby sa v rámci výkonu vládnych auditov zohľadňovali medzinárodne uznávané audítorské štandardy. Orgán auditu koordinuje centrálne plánovanie, výkon a monitorovanie výsledkov z vládnych auditov. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu v zmysle uznesenia vlády SR č. 457/2006 zo dňa 17. 05. 2006 a § 3 písm. e) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov Ministerstvo financií SR. Podľa organizačného poriadku Ministerstva financií SR plní úlohu orgánu auditu sekcia auditu a kontroly.
Orgán auditu zodpovedá najmä za:
a)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával s cieľom overiť účinnosť fungovania systémov riadenia a kontroly operačného programu;
b)	zabezpečenie, aby sa vládny audit vykonával na vhodnej vzorke, aby sa preverili výdavky deklarované Európskej komisii;
c)	vypracovanie ročného plánu vládnych auditov na príslušný kalendárny rok;
d)	zabezpečenie metodického dohľadu nad spolupracujúcimi orgánmi;
e)	zabezpečenie kvalifikovaných zamestnancov na vykonávanie vládneho auditu;
f)	zabezpečenie, aby sa v rámci vládneho auditu zohľadňovali vybrané medzinárodne uznávané audítorské štandardy;
g)	zabezpečenie vzdelávania zamestnancov vykonávajúcich vládny audit;
h)	monitorovanie výsledkov z vládnych auditov;
i)	spoluprácu pri výkone auditu externými subjektmi, napr. Európskou komisiou, Európskym dvorom audítorov;
j)	predloženie Európskej komisii stratégie auditu do deviatich mesiacov od schválenia operačného programu, ktorá sa zaoberá subjektmi vykonávajúcimi vládny audit, použitou metódou, popisom výkonu dohľadu nad spolupracujúcimi orgánmi, metódou výberu vzorky na vládny audit a orientačným plánom vládnych auditov s cieľom zabezpečiť, aby sa vládnym auditom podrobili hlavné subjekty, a aby boli vládne audity celého programového obdobia rozvrhnuté rovnomerne.
k)	do 31. decembra každého roku od roku 2008 do 2015 za:
-	predloženie výročnej kontrolnej správy Európskej komisii za operačný program resp. operačné programy, ktorá obsahuje zistené skutočnosti z vládnych auditov vykonaných počas predchádzajúceho 12-mesačného obdobia, ktoré sa končí 30. júna dotknutého roku v súlade so stratégiou auditu operačného programu resp. operačných programov a uvádza nedostatky zistené v systémoch riadenia a kontroly programu. Prvá správa, ktorá sa predloží do 31. decembra 2008, sa vzťahuje na obdobie od 1. januára 2007 do 30. júna 2008. Informácie týkajúce sa overovaní vykonaných po 1. júli 2015 sa zahrnú do záverečnej správy, ktorá je podkladom pre vyhlásenie o ukončení uvedené v písmene e) čl. 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
-	na základe vládnych auditov, ktoré sa vykonali pod jeho vedením, vydanie stanoviska o tom, či systém riadenia a kontroly operačného programu, resp. operačných programov funguje dostatočne účinne na to, aby poskytol primeranú záruku, že výkazy výdavkov, ktoré sa predkladajú Európskej komisii, sú správne a na základe toho primeranú záruku, že príslušné transakcie sú zákonné a správne;
-	predloženie v prípadoch stanovených v čl. 88 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vyhlásenia o čiastočnom ukončení operačného programu, ktorým sa posudzuje zákonnosť a správnosť príslušných výdavkov;
l)	predloženie Európskej komisii najneskôr do 31. marca 2017 vyhlásenia o ukončení operačného programu, resp. operačných programov, ktoré posudzuje platnosť žiadosti o záverečnú platbu a zákonnosť a správnosť príslušných transakcií zahrnutých do záverečného výkazu výdavkov, ktorý je doložený záverečnou kontrolnou správou;
m)	spoluprácu s certifikačným orgánom a orgánom zabezpečujúcim ochranu finančných záujmov EÚ v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov EÚ;
n)	predkladanie správ zo všetkých vládnych auditov vrátane identifikovaných nezrovnalostí vykonaných orgánom auditu, resp. spolupracujúcimi orgánmi (v elektronickej forme na e-mail CO_spravyVLA@mfsr.sk) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny certifikačnému orgánu a riadiacemu orgánu najneskôr do 15. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
o)	vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti na základe vykonaného vládneho auditu a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti v písomnej forme riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu najneskôr do 15 kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
p)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnymi auditmi a zistenými nezrovnalosťami v ITMS a CEDIS;
q)	vypracovanie správy o výsledku posudzovania riadiacich a kontrolných systémov a stanovísk k ich súladu s čl. 58 – 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 pre všetky operačné programy cieľa 1 a 2 a Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR v zmysle čl. 71 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
r)	predkladanie ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 53b (3) nariadenia (ES, Euratom) č. 1605/2002 o finančnom nariadení vzťahujúcom sa na všeobecný rozpočet Európskej únie;
s)	predkladanie nasledovných informácii certifikačnému orgánu bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od ich doručenia orgánu auditu v elektronickej forme na adresu CO správyVLA@mfsr.sk:
-	písomnej informácie prijatej od auditovanej osoby (prijímateľa) o zohľadnení odporúčaní uvedených v predbežnej správe/predbežnej čiastkovej správe z vládneho auditu prijatím opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, alebo s uvedením dôvodov, pre ktoré neboli tieto odporúčania zohľadnené, 
-	písomnej informácie o opatreniach prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, ku ktorým nie sú v čiastkovej správe z vládneho auditu uvedené odporúčania,
-	písomných správ prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) o splnení opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a odstránení príčin ich vzniku a o zohľadnení odporúčaní;
Orgán auditu a spolupracujúci orgán má právo vyžiadať od subjektov zapojených do finančného riadenia, aby v ním určenej primeranej lehote zabezpečili priame pripojenie a prístup orgánu auditu do informačných systémov nimi prevádzkovaných v celom rozsahu uplatňovania pôsobnosti orgánu auditu.
Subjekty zapojené do procesu implementácie, overovania a spolupracujúce orgány sú povinné poskytnúť orgánu auditu potrebnú súčinnosť, poskytovať informácie, predkladať doklady, dávať vysvetlenia súvisiace s plnením úloh orgánu auditu v ním určenej lehote a rozsahu. Zároveň sú povinné spolupracovať s orgánom auditu, najmä vykonať na vyžiadanie orgánu auditu vládny audit a predkladať výsledné materiály z vykonaného vládneho auditu.
Orgán auditu, spolupracujúce orgány v prerokovaných správach z vládnych auditov vrátane schválených správ o zistených nezrovnalostiach pre projekty štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a zároveň zaevidujú príslušné údaje o zisteniach a nezrovnalostiach do ITMS a CEDIS.
3.7 Orgány vydávajuce rozhodnutia v správnom konaní
3.7.1 Správy finančnej kontroly
a)	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti I. stupňového rozhodnutia/ odo dňa doručenia II. stupňového rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu a orgánu auditu;
b)	aktualizovanie údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami prijímateľov v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
c)	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa splatnosti pohľadávky certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu;
d)	predkladanie výkazu o stave vyrovnania pohľadávok z titulu uložených odvodov rozhodnutiami uloženými v správnom konaní  certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu a orgánu auditu, a to do 20. kalendárneho dňa v mesiaci.
3.7.2 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR, ktoré nepatrí pod orgán auditu, ale je v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho služobného úradu, je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam správy finančnej kontroly vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe vykonaných vládnych auditov zameraných na hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými kontrolnými orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia príslušnej správe finančnej kontroly vypracuje a predloží správu o zistenej nezrovnalosti a kópiu právoplatného II. stupňového rozhodnutia certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.8 Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
Funkciu koordinačného útvaru boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov, ktorý je organizačným útvarom sekcie kontroly a boja proti korupcii Úradu vlády SR.
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
a)	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov Európskej únie v Slovenskej republike v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev v Slovenskej republike;
b)	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí OLAF-u (Európska komisia);
c)	vypracovanie štvrťročnej správy o nezrovnalostiach na základe podkladov od certifikačného orgánu a jej predkladanie OLAF-u (Európska komisia) prostredníctvom informačného systému AFIS. Túto správu zasiela v písomnej forme certifikačnému orgánu;
d)	v prípade zistenia nezrovnalosti alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti informovanie certifikačného orgánu a subjektu, ktorého sa nezrovnalosť týka (riadiaci orgán a orgán auditu) bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní v správe o zistenej nezrovnalosti.
4 Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 Podpora zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov v rámci cieľa 1 a 2 má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy EÚ. V zmysle uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:
Tabuľka č. 1: Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky EÚ
Cieľ	Región NUTS II	Územie	
1	Západné Slovensko	Trnavský samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Trenčiansky samosprávny kraj	
	Stredné Slovensko 	Žilinský samosprávny kraj, Banskobystrický samosprávny kraj	
	Východné Slovensko	Prešovský samosprávny kraj, Košický samosprávny kraj	
2	Bratislavský kraj	Bratislavský samosprávny kraj	
Možnosť získať prostriedky z Kohézneho fondu má celý región NUTS I, tzn. celé územie Slovenskej republiky.
Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu realizované v rámci operačných programov na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou, s výnimkou veľkých projektov. 
Možnosť získať prostriedky z ERDF v rámci cieľa 3 majú regióny NUTS III, tzn. vyšších územných celkov.
Pomoc Európskej únie sa poskytuje prostredníctvom nasledovných fondov:
-	ERDF,
-	ESF,
-	Kohézny fond.
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3, ESF k dosiahnutiu cieľov 1 a 2 a Kohézny fond k dosiahnutiu cieľa 1.
Finančné rozdelenie pre cieľ 1 vychádza z kritérií stanovených v čl. 19 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, národná prosperita a miera nezamestnanosti.
Finančná alokácia čiastok rozdelených v rámci cieľa 2 je založená na kritériách stanovených v čl. 20 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo, regionálna prosperita, miera nezamestnanosti, miera zamestnanosti a hustota obyvateľstva. 
Pri cieli 3 finančné rozdelenie vychádza z kritérií uvedených v čl. 21 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, a to oprávnené obyvateľstvo.
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa jednotlivých cieľov, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými fondmi a operačnými programami je vo výlučnej kompetencii SR.
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v programovom období 2007 - 2013 musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty pre prijímateľov, vrátane veľkých projektov, je ohraničené odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, od 1. januára 2007 najneskôr do 31. decembra 2015. Akékoľvek výdavky realizované prijímateľmi pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. Projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu nesmú byť ukončené pred začatím obdobia oprávnenosti;
•	jednotlivé operačné programy môžu byť financované len z jedného fondu s výnimkou ERDF a Kohézneho fondu, ktoré musia byť súčasťou spoločných operačných programov dopravnej infraštruktúry a životného prostredia, vrátane veľkých projektov;
•	operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu obsahujú samostatnú prioritnú os pre každý z fondov;
•	financovanie z ERDF a ESF sa môže dopĺňať do výšky 10 % (15 % pre projekty financované z ESF v rámci sociálnej inklúzie) každej prioritnej osi operačného programu, pri činnostiach patriacich do rozsahu pôsobnosti pomoci z iného fondu za predpokladu, že tieto činnosti sú potrebné na uspokojivú realizáciu operácie/projektu a sú s ňou priamo spojené.
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci prijíma Európska komisia pre NSRR a operačné programy. Rozhodnutie k NSRR, ktoré prijíma Európska komisia súbežne alebo po schválení operačných programov, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na operačné programy. Rozhodnutie na operačný program, ktoré prijíma Európska komisia najneskôr do 4 mesiacov od predloženia akceptovateľného operačného programu členským štátom, nie však pred 1. januárom 2007, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na prioritné osi.
Rozhodnutia k veľkým projektom prijíma Európska komisia v súlade s čl. 41 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 jednotlivo, a to najneskôr do 3 mesiacov od predloženia akceptovateľnej žiadosti riadiaceho orgánu.
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritnými osami operačného programu má dopad na finančný plán a vyžaduje si nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušným monitorovacím výborom. Nové rozhodnutie prijme Európska komisia po dohode s členským štátom najneskôr do troch mesiacov od formálneho predloženia žiadosti členského štátu.
Akékoľvek presuny v rámci operačných programov, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun v rámci jednej prioritnej osi z roku 2007 do roku 2008) nie sú možné.
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 majú rovnako dopad na finančné plány a vyžadujú si nové rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušnými monitorovacími výbormi.
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2, ktoré by mali dopad na výšku rozpočtových záväzkov príslušných operačných programov za jednotlivé roky, sú možné len za predpokladu, že akékoľvek zvýšenie v rámci operačného programu za určitý rok musí byť kompenzované adekvátnym znížením v inom operačnom programe za ten istý rok, keďže celkový rozpočtový záväzok daného roka za príslušný cieľ nemôže byť znížený.
Výška celkových rozpočtových záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná, preto akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné.
Akékoľvek presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 možno realizovať za aktuálne a budúce ročné rozpočtové záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. septembra roku aktuálneho záväzku.
Akékoľvek presuny medzi opatreniami v rámci prioritnej osi sú možné za predpokladu, že sa nezmení celková výška národných verejných zdrojov pre danú prioritnú os. Takéto presuny podliehajú schváleniu monitorovaciemu výboru.
Príslušné riadiace orgány sú povinné predkladať všetky návrhy na presuny finančných prostriedkov ešte pred ich schvaľovacím procesom v rámci monitorovacieho výboru certifikačnému orgánu na posúdenie.
4.4 Záväzky a platby z EÚ
4.4.1 Záväzky
4.4.1.1 Záväzky vo vzťahu k operačným programom
Príspevok EÚ poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období, sú prijímané každoročne pre každý cieľ a operačný program. Pre operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu sa prijíma záväzok za každý fond jednotlivo. Prvý záväzok sa prijme predtým, ako Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci k príslušnému operačnému programu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Rozpočtový záväzok na rok 2007 sa delí na šestiny a každá šestina sa pripočíta ku každému z rozpočtových záväzkov na roky 2008 až 2013. Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov na roky 2008 - 2010 pre všetky operačné programy Slovenskej republiky je možné podľa pravidla n+3 do troch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.4.2) do konca tretieho roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
Čerpanie finančných prostriedkov rozpočtových záväzkov na roky 2011 - 2013 pre všetky operačné programy Slovenskej republiky je možné podľa pravidla n+2 do dvoch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.4.2) do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku. 
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti záväzku pre rok n na daný operačný program:
-	je potrebné, aby certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“;
-	výkaz výdavkov predkladaný Európskej komisii musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným prijímateľmi, tzn. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu, vrátane certifikačného orgánu.
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu záväzku je rozpočtový záväzok roku 2008, ktorý je znížený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou a rozpočtový záväzok pre rok 2013, na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 31. marca 2017 formou žiadosti o záverečnú platbu.
Automatické zrušenie sa nevzťahuje na:
-	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Takéto prípady najčastejšie zahrňujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi prijímateľom a dodávateľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a prijímateľom ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku „n+3“, resp. „n+2“. Certifikačný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+3“, resp. „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola prijímateľom v období „n+3“, resp. „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu;
-	časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že certifikačný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej Európskej komisii do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF Európskej komisii;
-	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorý predložil certifikačný orgán žiadosť o platbu, no ktorej úhradu Európska komisia prerušila alebo pozastavila 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ v súlade s čl. 91 a 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. Ak sa vyriešil problém, ktorý viedol k prerušeniu alebo pozastaveniu, pravidlo automatického zrušenia sa uplatní na tú časť rozpočtového záväzku, ktorá sa považuje za použitú nenáležite;
-	tú časť rozpočtového záväzku, na ktorú bola predložená žiadosť o platbu, ale ktorej úhrada bola obmedzená, najmä z nedostatku rozpočtových zdrojov;
-	tú časť rozpočtového záväzku, pre ktorú nebolo možné predložiť prijateľnú žiadosť o platbu z dôvodov vyššej moci, ktorá závažným spôsobom ovplyvňuje plnenie operačného programu. Národné orgány, ktoré vyhlásili pôsobenie vyššej moci, musia dokázať jej priame následky na plnenie celého operačného programu alebo jeho časti.
Určitú výnimku vo vzťahu k automatickému zrušeniu záväzku tvoria aj veľké projekty a schémy štátnej pomoci. Čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie v čase prijatia rozhodnutia Európskej komisie k veľkému projektu alebo schéme štátnej pomoci, bude znížená o ročné sumy zodpovedajúce danému veľkému projektu alebo schéme štátnej pomoci. Lehota na automatické zrušenie záväzku pre veľké projekty a schémy štátnej pomoci sa začína až odo dňa rozhodnutia Európskej komisie k uvedenému projektu, resp. schéme štátnej pomoci.
V prípade existencie rizika uplatnenia automatického zrušenia záväzku podľa čl. 91 a 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 Európska komisia informuje členský štát a dotknuté orgány o výške sumy automatického zrušenia záväzku. Odo dňa prijatia tejto informácie má členský štát dvojmesačnú lehotu na odsúhlasenie stanovenej sumy, resp. na predloženie pripomienok. O čiastku automatického zrušenia záväzku je znížený príspevok z EÚ na príslušný rok. Členský štát do dvoch mesiacov od zrušenia zostaví revidovaný finančný plán, v ktorom odzrkadlí zníženú sumu na relevantné prioritné osi operačného programu. Ak tak neurobí, Európska komisia pomerne zníži sumy pridelené pre každú prioritnú os operačného programu.
4.4.1.2 Záväzky vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 - 2013 nestanovujú konečný termín na uzavretie záväzkov s prijímateľmi, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvy o financovaní môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2014 a 2015. Prijímateľ je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2015, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 - 2013 rovnako nestanovujú pravidlo n+2, resp. n+3 na jednotlivé projekty, tzn. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva, resp. tri roky.
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 - 2013 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na uzatvorenie zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvy o financovaní môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného rozpočtového záväzku. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu stanoviť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy rozpočtových záväzkov na daný operačný program. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných rozpočtových záväzkov EÚ na príslušný operačný program platí, že tieto záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného rozpočtového záväzku (napr. v roku 2009 je možné čerpať z rozpočtových záväzkov z rokov 2008 a 2009, nie však z roku 2010).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých rozpočtových záväzkov pre operačný program, za predpokladu rešpektovania pravidla n+3, resp. n+2, tzn. že finančné prostriedky zo záväzku roku „n“ je možné dočerpať do roku „n+3“, resp. „n+2“. V praxi to znamená, že na: 
-	projekt schválený v roku 2007 možno čerpať zo záväzku roku 2007, aj zo záväzku rokov 2008 – 2013;
-	projekt schválený v roku 2008 možno čerpať zo záväzku roku 2007 (v prípade, ak nie je dočerpaný), 2008 – 2013;
-	projekt schválený v roku 2009 možno čerpať zo záväzku rokov 2007, 2008 (v prípade, ak nie je dočerpaný), 2009 – 2013;
-	projekt schválený v roku 2010 možno čerpať zo záväzku rokov 2007, 2008 a 2009 (v prípade, ak nie je záväzok za príslušný rok dočerpaný) a rokov 2010 – 2013 atď.
Oprávnené obdobie pre výdavky na projekty plynie odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, najneskôr od 1. januára 2007 do 31. decembra 2015. V podmienkach SR je oprávnené obdobie od 01. 01. 2007 vzhľadom na skutočnosť, že žiaden operačný program nebol predložený na Európsku komisiu pred týmto dátumom. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ nestanovuje, či oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. V prípade poskytovania štátnej pomoci upravuje oprávnené obdobie pre výdavky čl. 3, ods. 3.4. usmernení uverejnených v Úradnom vestníku EÚ pod číslom C 229 dňa 14. 09. 2004. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci operačného programu je v právomoci riadiaceho orgánu.
4.4.2 Platby z Európskej komisie
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Úroky získané z prostriedkov EÚ na osobitnom mimorozpočtovom účte MF SR pridelí certifikačný orgán na ten istý účel pomoci v zmysle čl. 83 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. V zmysle tohto článku sú získané úroky považované za zdroje Slovenskej republiky ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje certifikačný orgán Európskej komisii v rámci žiadosti o záverečnú platbu. 
Platby z Európskej komisie realizované pre každý operačný program jednotlivo majú formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich s príslušným operačným programom. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku.
Priebežné platby a záverečnú platbu realizuje Európska komisia podľa pomeru stanoveného v príslušnom rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre daný operačný program na úrovni prioritných osí k celkovým oprávneným verejným výdavkom uvedeným v predloženom výkaze výdavkov v zmysle čl. 53 ods. 1 písmena b) nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
Akákoľvek komunikácia medzi certifikačným orgánom a Európskou komisiou týkajúca sa platieb sa uskutočňuje elektronickými prostriedkami. V prípade vyššej moci, a najmä ak nastane porucha spoločného počítačového systému, alebo ak nie je trvalé spojenie, certifikačný orgán môže zaslať výkaz výdavkov a žiadosť o platbu v písomnej forme.
Zálohová platba z Európskej komisie
Pri prijatí rozhodnutia o poskytnutí pomoci na operačný program prevedie Európska komisia zálohovú platbu na osobitný mimorozpočtový účet MF SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami prijímateľov až do podania žiadosti o záverečnú platbu Európskej komisií, dokedy musí byť najneskôr v celej sume zúčtovaná. 
V čl. 82 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 sa uvádza, že zálohová platba zo štrukturálnych fondov poskytnutá členským štátom predstavuje 9 % z celkových záväzkov EÚ vyčlenených na daný operačný program. Zálohová platba z Kohézneho fondu predstavuje 10,5 % z celkových záväzkov EÚ vyčlenených na daný operačný program.
Zálohová platba na operačný program je rozdelená na tri rozpočtové roky:
-	2 % z príspevku štrukturálneho fondu v roku 2007, 3 % v roku 2008 a 4 % v roku 2009;
-	2,5 % z príspevku Kohézneho fondu v roku 2007, 4 % v roku 2008 a 4 % v roku 2009.
Táto zálohová platba predstavuje počiatočný pracovný kapitál pokrývajúci výdavky na rozbehnutie operačných programov.
Ak certifikačný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o priebežnú platbu do 24 mesiacov od vyplatenia prvej časti zálohovej platby, musí certifikačný orgán vrátiť Európskej komisii celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z Európskej komisie
Certifikačný orgán na základe predložených a schválených súhrnných žiadostí o platbu od platobných jednotiek a technických súhrnných žiadostí o platbu od riadiaceho orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR predkladá Európskej komisii spravidla 3 krát ročne žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na osobitnom mimorozpočtovom účte MF SR.
Prvú priebežnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu splnenia podmienok stanovených čl. 71 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, tzn. že výrok orgánu auditu v rámci správy k opisu riadiacich a kontrolných systémov neobsahuje výhrady a Európska komisia k uvedeným dokumentom nemala pripomienky. V prípade, ak výrok orgánu auditu obsahuje výhrady, Európska komisia prevedie prvú priebežnú platbu až potom, ako boli výhrady stiahnuté a potvrdené Európskej komisii.
Každú priebežnú platbu ako aj záverečnú platbu prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľov, ktoré boli alebo majú byť preplatené z nenávratného finančného príspevku. Tieto výdavky musia byť podložené faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. Čo sa týka projektov realizovaných v rámci schém štátnej pomoci alebo schém de minimis, deklarované výdavky zodpovedajúce nenávratnému finančnému príspevku musia byť v čase predloženia žiadosti o platbu Európskej komisii aj preplatené prijímateľom.
Z vyššie uvedeného vyplýva, že každá žiadosť o platbu (vrátane záverečnej) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným žiadostiam o platbu riadiacim orgánom a platobnej jednotky;
-	schváleným súhrnným žiadostiam o platbu/technickým súhrnným žiadostiam o platbu certifikačným orgánom.
Preto najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom.
Výdavky na veľké projekty definované čl. 39 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 môžu byť zahrnuté do výkazu výdavkov aj pred prijatím rozhodnutia Európskou komisiou k danému veľkému projektu.
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva podľa čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 výdavky zahrnuté do žiadosti o priebežnú platbu Európskej komisii zodpovedajú tranžiam prevedeným prijímateľovi – holdingovému fondu.
Úroky získané v rámci operačných programov z platieb na aktivity finančného inžinierstva budú použité na financovanie projektov mestského rozvoja v prípade fondov mestského rozvoja alebo pre malé a stredné podniky v ostatných prípadoch. Zdroje vrátené do operácie z investovania alebo tie, ktoré zostali po zaplatení všetkých záruk, sa opätovne využijú pre rozvoj malých a stredných podnikov alebo v prospech projektov mestského rozvoja.
Európska komisia prevedie priebežnú platbu za splnenia nasledovných podmienok:
a)	certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu a certifikovaný výkaz výdavkov;
b)	riadiaci orgán zaslal Európskej komisii najnovšiu výročnú správu o vykonávaní programu schválenú monitorovacím výborom;
c)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorej alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na osobitné mimorozpočtové účty Ministerstva financií SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikácie uskutočnených výdavkov.
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkového záväzku EÚ na príslušný operačný program. Keď sa dosiahne tento limit, certifikačný orgán naďalej zasiela Európskej komisii všetky certifikované výkazy výdavkov k 31. decembru roku „n“, ako aj súm vrátených počas roka za každý z fondov, najneskôr do konca februára roku „n+1“.
Záverečná platba z Európskej komisie
Záverečnú platbu t.j. maximálne 5 % z alokácie na príslušný operačný program, pričom záverečná žiadosť o platbu Európskej komisii môže byť zaslaná certifikačným orgánom v nižšej sume, prevedie Európska komisia za predpokladu, že
a)	Európskej komisii boli do 31. marca 2017 predložené nasledovné dokumenty:
-	žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne uhradených výdavkov;
-	záverečnú správu o vykonávaní operačného programu;
-	vyhlásenie o ukončení pomoci orgánom auditu.
b)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 226 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
V prípade nezaslania ktoréhokoľvek z vyššie uvedených dokumentov v riadnom termíne, Európska komisia zruší časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu výške záverečnej platby.
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva, oprávnené výdavky deklarované v rámci záverečného výkazu výdavkov sa určia na základe:
-	platieb na investície do malých a stredných podnikov;
-	alebo poskytnutých záruk z príslušných fondov rizikového kapitálu, záručných fondov a pôžičkových fondov spolu;
-	alebo sumy oprávnených výdavkov na riadenie.
V súlade s tým sa upravia zodpovedajúce výkazy výdavkov.
Európska komisia v závislosti od dostupnosti finančných prostriedkov prevedie záverečnú platbu do 45 kalendárnych dní odo dňa akceptovania záverečnej správy o vykonávaní a vyhlásenia o ukončení pomoci. V prípade, ak uvedené dokumenty boli predložené v rôznych termínoch, lehota 45 kalendárnych dní platí pre ten z nich, ktorý bol predložený neskôr. Uvedené dokumenty sú považované za akceptované, pokiaľ Európska komisia nepredložila svoje pripomienky do 5 mesiacov odo dňa ich predloženia.
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby certifikačný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná. Zostatok rozpočtového záväzku operačného programu sa ruší 12 mesiacov po vykonaní záverečnej platby.
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
Prostriedky EÚ, okrem prostriedkov poskytnutých v rámci cieľa 3, sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR na príjmové účty ministerstiev ako platobných jednotiek.
Na použitie účelovo určených prostriedkov EÚ poskytnutých Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom rozpočte v dotknutých ministerstvách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú prijímateľovi prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v zmysle § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V súlade § 8 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel. Vláda môže zmeniť účel použitia výdavkov, ktoré možno použiť v nasledujúcich rozpočtových rokoch. Pri zmene účelu použitia na bežné výdavky je tieto možné použiť len do konca rozpočtového roka, v ktorom bol zmenený účel použitia výdavkov. Správca kapitoly je povinný oznámiť MF SR výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku do 15. decembra bežného rozpočtového roka. Termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov Európskej únie a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, ktoré kapitola použije v nasledujúcom rozpočtovom roku, je 20. 11. a do 15. 12. doručuje potvrdenia oznámenia z 20. 11. Po doručení tohto oznámenia MF SR viaže tieto prostriedky a o sumu viazaných prostriedkov povolí prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.
Programové rozpočtovanie
Prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol.
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam, resp. podopatreniam operačných programov je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na spoločné programy SR a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s ITMS pre štrukturálne fondy a Kohézny fond a ISUF. Číselník kódov pre prostriedky EÚ a prostriedky určené na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu je vydaný samostatným usmernením MF SR.
Presuny finančných prostriedkov v štruktúre programov možno vykonať v súlade so zákonom č. 523/2004 o rozpočtových pravidlách verejnej správy a platným metodickým pokynom MF SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov schválených v programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, resp. častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.
Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Certifikačný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ (okrem Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR) platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou (časť 4.8).
Prostriedky EÚ sú z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
4.5.3 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – prijímateľ
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky ERDF vedúcemu partnerovi po schválení technickej súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého riadiacim orgánom v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR (časť 4.8.5) výlučne systémom refundácie.
Prostriedky ERDF sú z osobitného mimorozpočtového účtu MF SR prevedené na príslušný účet vedúceho partnera definovaný v zmluve o poskytnutí finančného príspevku otvoreného v súlade s časťou 4.7.
4.5.4 Platby vo vzťahu platobná jednotka - prijímateľ
Prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy patria:
•	subjekty ústrednej správy:
-	štátne rozpočtové organizácie;
-	štátne príspevkové organizácie;
-	verejné vysoké školy;
-	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení neskorších predpisov;
•	subjekty územnej samosprávy:
-	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie;
-	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie.
Medzi prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
-	iné právnické osoby;
-	fyzické osoby.
Prostriedky EÚ a spolufinancovanie štátneho rozpočtu sú prijímateľom poskytované systémom predfinancovania, zálohových platieb alebo refundácie.
Systém refundácie sa uplatňuje v prípade rozhodnutia riadiaceho orgánu po dohode s prijímateľom a v prípade záverečných platieb pri uplatnených systémoch predfinancovania, resp. zálohových platieb (s výnimkou systému zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie).
Systém predfinancovania sú oprávnení využiť prijímatelia (okrem štátnych rozpočtových organizácii) pre projekty financované z ERDF a Kohézneho fondu (časť 4.8.1).
Systém zálohových platieb sú oprávnení využiť prijímatelia pre projekty financované z ESF. Pre projekty prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie sa využíva v rámci ESF, ERDF a Kohézneho fondu systém zálohových platieb (časť 4.8.3).
Prijímatelia v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR sú oprávnení využívať prostriedky EU a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie výlučne systémom refundácie.
Pre prijímateľa – holdingový fond sa prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu platobnou jednotkou prevádzajú v jednej alebo viacerých tranžiach (časť 4.8.6) po splnení náležitých podmienok definovaných čl. 43 - 46 nariadenia Komisie (ES) č.1828/2006 na základe žiadosti o platbu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje prijímateľ v dvoch rovnopisoch, pričom jeden rovnopis zostáva u prijímateľa a druhý predkladá riadiacemu orgánu. Formulár žiadosti o platbu spolu s pokynmi na jej vyplnenie je uvedený v prílohe 3a a 3b. Prijímateľ, okrem prijímateľa v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR, predkladá žiadosť o platbu prostredníctvom verejného portálu ITMS, pričom za predloženie žiadosti o platbu riadiacemu orgánu sa považuje jej zaslanie cez verejný portál ITMS a zároveň aj písomné doručenie vytlačenej žiadosti o platbu z ITMS potvrdenej pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, pričom riadiaci orgán je povinný zaevidovať žiadosť o platbu v ITMS až po prijatí písomnej verzie žiadosti o platbu. Riadiaci orgán môže v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 v prípade realizácie individuálnych projektov rozhodnúť o spôsobe predloženia žiadosti o platbu prijímateľom.
Riadiaci orgán môže rozhodnúť o predkladaní viacerých rovnopisov žiadosti o platbu. Súčasťou žiadosti o platbu je faktúra alebo iný účtovný doklad rovnocennej dôkaznej hodnoty (originál alebo kópia overená pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) a iná podporná dokumentácia, rozsah ktorej stanovuje príslušný riadiaci orgán. V prípade uplatňovania zjednodušeného vykazovania výdavkov prostredníctvom paušálnej sadzby, jednotkových cien, resp. paušálnej sumy súčasťou žiadosti o platbu za takto vykazované výdavky nie sú žiadne účtovné doklady. Je v kompetencii riadiaceho orgánu rozhodnúť o uplatňovaní paušálnej sadzby, pričom zároveň platí, že ak umožní prijímateľovi využívať paušálnu sadzbu, je riadiaci orgán povinný umožniť uplatňovanie paušálnej sadzby vo všetkých uplatňovaných systémoch financovania.
Riadiaci orgán je oprávnený zvýšiť alebo znížiť výšku žiadosti o platbu z technických dôvodov na strane riadiaceho orgánu maximálne do výšky 1 EUR v rámci jednej žiadosti o platbu, pričom celková suma poskytnutého nenávratného finančného príspevku môže byť prekročená maximálne o 1 EUR.
Prevod prostriedkov systémom refundácie podlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu. Prevod prostriedkov systémom predfinancovania a zálohových platieb nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu.
Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v EUR len do výšky súčtu pomeru zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z oprávnených výdavkov projektu. V prípade, ak má prijímateľ povinnosť použiť vlastné zdroje, každá platba musí byť doplnená zdrojmi prijímateľa v pomere schválenom na projekt vrátane zdrojov za neoprávnené výdavky nad rámec finančnej medzery pre projekty, pri ktorých sa na ich začiatku alebo pri ich schvaľovaní vypočítava čistý príjem z projektu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Prostriedky EÚ v rámci Programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika sú prevádzané z mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu na účet vedúceho partnera v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Prostriedky štátneho rozpočtu SR na spolufinancovanie v rámci Programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika sú prevádzané platobnou jednotkou na účet vedúceho partnera/hlavného cezhraničného partnera v SR bez ohľadu na jeho právnu formu efektívnym tokom peňazí z výdavkového účtu platobnej jednotky.
Pre prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa. 
Pre prijímateľov – ostatné subjekty verejnej správy (štátna príspevková organizácia, VÚC, obec, rozpočtová alebo príspevková organizácia VÚC alebo obce, iná organizácia verejnej správy) a subjekty súkromného sektora (nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) zabezpečuje platobná jednotka prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu.
4.5.5 Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ/zhotoviteľ
Prijímateľ uhrádza účtovné doklady súvisiace s realizáciou projektu dodávateľovi/zhotoviteľovi v zmysle časti 4.8. V prípade, ak dodávateľ/zhotoviteľ postúpil pohľadávky voči prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 - 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), prijímateľ uhrádza účtovné doklady postupníkovi, a to v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu. 
V prípade projektov, ktoré obsahujú aj výdavky neoprávnené nad rámec finančnej medzery, je tieto prijímateľ povinný uhrádzať dodávateľovi/zhotoviteľovi pomerne z každého účtovného dokladu podľa pomeru stanoveného zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pričom vecne neoprávnené výdavky si prijímateľ hradí z vlastných zdrojov.
4.5.6 Vysporiadanie finančných vzťahov
Vysporiadanie finančných vzťahov sa vo všeobecnosti vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, alebo vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti.
Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré boli poskytnuté prijímateľovi na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvy o financovaní alebo rozhodnutia o schválení žiadosti o NFP, ak prijímateľ a poskytovateľ je tá istá osoba, sa uskutočňuje v nasledovných prípadoch:
•	prijímateľ nevyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	prijímateľovi boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z titulu mylnej platby;
•	prijímateľ porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvy o financovaní (najmä porušenie finančnej disciplíny alebo vznik nezrovnalosti) a nesplnenie týchto podmienok je spojené s povinnosťou vrátenia finančných prostriedkov;
•	prijímateľ – holdingový fond nezabezpečil použitie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na účel pomoci definovaný v zmluve o financovaní do 31. 12. 2015 v nadväznosti na požiadavky čl. 78 ods. 6 nariadenia Rady č. 1083/2006;
•	a iných (napr. bol vytvorený príjem z projektu).
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov riadiaci orgán / sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvy o financovaní, v kópii certifikačnému orgánu a platobnej jednotke (okrem prípadov keď sa nezrovnalosť identifikuje v rámci výkonu vládneho auditu). Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 14a – 14d.
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje prijímateľ príslušnému riadiacemu orgánu / sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku/zmluvu o financovaní. Prijímateľ zasiela oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Formulár oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov spolu s pokynom je uvedený v prílohe 15a – 15d. Prílohou oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je výpis z bankového účtu.
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formuláru oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je vytlačený aktivovaný ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán / sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom postúpi do 10 kalendárnych dní kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, certifikačný orgán, územne príslušná správa finančnej kontroly).
Ak oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov nie je doručené od prijímateľa v stanovenej lehote, oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov vystaví riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov certifikačný orgán vždy k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci a platobná jednotka k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci predkladajú riadiacemu orgánu / sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu je riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný dožiadať od prijímateľa chýbajúce oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov v ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 10 kalendárnych dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený certifikačným orgánom a platobnou jednotkou.
Ak bol počas realizácie a v piatich rokoch od ukončenia projektu vytvorený príjem z projektu, prijímateľ je povinný vrátiť pomernú časť príspevku z prostriedkov EÚ podľa čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 na osobitný mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR a tieto prostriedky certifikačný orgán odpočíta z výkazu výdavkov k žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Pomernú časť príspevku z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je povinný vrátiť na príjmový účet platobnej jednotky, pričom tieto finančné prostriedky platobná jednotka odvedie do príjmov štátneho rozpočtu. Prostriedky uvoľnené vrátením príjmu z projektu prijímateľom, je možné opätovne použiť na nové výdavky v rámci operačného programu.
V prípade vzniku povinnosti odvodu výnosu je prijímateľ povinný odviesť výnos do 31. januára roku nasledujúceho po roku, v ktorom vznikol výnos. V prípade vzniku povinnosti vrátenia čistého príjmu (za účtovné obdobie) podľa čl. 55 ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je prijímateľ povinný vrátiť čistý príjem do 31. januára roku nasledujúceho po roku, v ktorom bola zostavená účtovná závierka alebo, ak sa na prijímateľa vzťahuje povinnosť overenia účtovanej závierky audítorom v súlade s ustanoveniami zákona o účtovníctve o overovaní účtovnej závierky audítorom, po roku, v ktorom bola účtovná závierka overená. Prijímateľ je povinný bezodkladne (od kedy sa o tejto skutočnosti dozvedel) požiadať riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom o informáciu k podrobnostiam vrátenia čistého príjmu, alebo odvodu výnosu (napr. č. účtu, variabilný symbol). Riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán zašle túto informáciu prijímateľovi bezodkladne v písomnej forme. V prípade, ak prijímateľ príjem alebo výnos riadne a včas nevráti, resp. neodvedie, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom bude postupovať prostredníctvom žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov. V prípade odvodu výnosu riadiaci orgán/ sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom neeviduje údaje na základe žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov do ITMS; platobná jednotka účtuje predmetné skutočnosti na základe dokladov v ISUF. Ak nastane podstatná zmena podmienok pre projekty generujúce príjem počas monitorovania čistých príjmov v súlade s článkom 55 ods. 4 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, postupuje prijímateľ v súlade so zmluvou o poskytnutí NFP alebo rozhodnutím o schválení žiadosti o NFP, ak je prijímateľ a poskytovateľ tá istá osoba.
Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a typy účtov, na ktoré prijímateľ vráti prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa jednotlivých prípadov vrátenia, je uvedená v prílohe 16a - 16b. 
Pre finančné prostriedky s označením kódu zdroja pro-rata sa uplatní postup pre vrátenie finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie primerane.
Vysporiadanie finančných vzťahov vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je možné uplatniť v súlade s § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov v rámci systému refundácie, ak je to relevantné. Vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti nie je možné vykonať, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia alebo v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR - ČR.
V rámci implementácie projektov finančného inžinierstva nedôjde k vráteniu finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie platobnej jednotke a certifikačnému orgánu v prípade, ak dôjde k porušeniu zmluvných povinností finančným sprostredkovateľom, malým a stredným podnikom. V tomto prípade budú finančné prostriedky vrátené zmluvnej strane podľa štruktúry uvedenej v prílohe 20.
4.6 Odhad očakávaných výdavkov
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa predkladá s cieľom:
-	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ Európskej komisii v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúcim všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde;
-	prípravy a aktualizácie štátneho rozpočtu pre rok „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006 v čl. 76 stanovuje povinnosť pre členský štát zostaviť a predložiť Európskej komisii odhad očakávaných výdavkov za každý operačný program. Uvedený odhad sa Európskej komisii zasiela každý rok do 30. 04. pre daný rozpočtový rok „n“ a pre rok nasledujúci „n+1“, pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Odhad očakávaných výdavkov musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
-	finančných plánov operačných programov;
-	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“;
-	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení času potrebného na kolobeh žiadosti o platbu do momentu jej úhrady;
-	predpokladaného objemu finančných prostriedkov v projektoch, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
-	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy;
-	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
-	skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitorujú riadiace orgány zodpovedné za schvaľovanie projektov a implementáciu operačných programov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán.
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
-	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni prioritných osí uvedených v operačnom programe (napr. odhad pre rok 2008 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2008 + zbytok nevyčerpaného záväzku pre rok 2007);
-	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých prioritných osí, opatrení, prípadne podopatrení v súlade so Stratégiou financovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013;
-	odhad pre posledný rok „n+2“ čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok „n“ v rámci pravidla n+2 by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok „n“ a čerpania tohto záväzku počas dvoch predchádzajúcich rozpočtových rokov „n“ a „n+1“ s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
-	vo vzťahu k odhadom očakávaných výdavkov na Európsku komisiu je certifikačný orgán povinný vychádzať z celkového objemu finančných prostriedkov zahrnutých do žiadosti o platbu na Európsku komisiu v období medzi 1. novembrom roku „n-1“ a momentom predloženia odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii, ktoré je potrebné v predkladanom odhade zahrnúť pre rok „n“ (akékoľvek výdavky zahrnuté v žiadostiach o platbu predložených Európskej komisii po 31. októbri roka n-1 a neuhradené Európskou komisiou na mimorozpočtový účet operačného programu do 16. januára roka n sa zahrňujú do odhadov pre nasledovný rok);
-	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. SR môže v príslušnom roku požiadať Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok. A naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre SR;
-	odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok „n+1“.
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý riadiaci orgán úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou, útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly ako aj prijímateľmi.
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov sa uplatňuje nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán spracuje odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ a „n+1“ na úrovni schválených projektov opatrení operačného programu. Vyplnené tabuľky v stanovenej forme (prílohy 10a, 10b a 10c) predloží príslušnej platobnej jednotke. V súvislosti s prípravou viacročného rozpočtu je súčasťou tabuliek aj odhad očakávaných výdavkov na ďalšie dva roky „n+2“ a „n+3“. Príloha 10a sa vyplňuje na úrovni projektov a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa už schválených projektov. Príloha 10b sa vyplňuje na úrovni prioritných osí a opatrení a predstavuje čiastkový odhad očakávaných výdavkov podľa predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období. Príloha 10c tvorí súčet predchádzajúcich dvoch príloh 10a a 10b, aj v členení podľa jednotlivých zdrojov financovania. Údaje na roky „n“ a „n+1“ sú členené podľa jednotlivých štvrťrokov.
2.	Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na rok „n+1“ pri príprave východísk štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Na základe schválenia postupuje odhad očakávaných výdavkov späť na riadiaci orgán.
3.	Riadiaci orgán postúpi vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 10c) certifikačnému orgánu najneskôr do 7. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po skončení kalendárneho štvrťroku, t. j. v tomto prípade v mesiaci apríl. Vyplnené prílohy 10a a 10b si ponecháva riadiaci orgán.
4.	V prípade, ak pre príslušný operačný program je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie.
5.	Certifikačný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov predložený riadiacim orgánom z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých opatrení a prioritných osí. V prípade nesúladu má certifikačný orgán právomoc upraviť tieto odhady po predchádzajúcej konzultácii s riadiacim orgánom. Certifikačný orgán rovnako zohľadní žiadosti o platbu predložené Európskej komisii v období medzi 1. novembrom roku „n-1“ a momentom predloženia odhadov očakávaných výdavkov Európskej komisii. Výsledkom je predloženie odhadu očakávaných výdavkov Európskej komisii vo forme stanovenej v prílohe XVII nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 najneskôr do 30. apríla.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+1“ sa údaje uvedené v prílohách 10a, 10b a 10c aktualizujú štvrťročne vždy k 30.6. (prílohy 10d, 10e a 10f) a k 30.9. (prílohy 10g, 10h, 10i) roku „n“. Riadiace orgány tieto spracúvajú obdobným postupom ako 10a, 10b a 10c v spolupráci s platobnou jednotkou a následne predkladajú príslušnú prílohu 10f, resp. 10i certifikačnému orgánu v uvedených termínoch. Vyplnené prílohy 10d a 10e, resp. 10g a 10h si ponecháva riadiaci orgán.
Pre účely prípravy štátneho rozpočtu pre rok „n+2“ sa údaje uvedené v prílohách 10g, 10h a 10i aktualizujú k 31.12. roku „n“ (prílohy 10j, 10k a 10l). Riadiace orgány spracúvajú prílohy 10j – 10l obdobným postupom a následne predkladajú prílohu 10l certifikačnému orgánu v uvedenom termíne. Vyplnené prílohy 10j a 10k si ponecháva riadiaci orgán.
Odhad očakávaných výdavkov pre operačné programy cieľa 3 okrem Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR (pre ktorý platia vyššie uvedené prílohy) pre potreby prípravy a aktualizácie rozpočtu verejnej správy pre roky „n+1“, „n+2“ a „n+3“ predkladá platobná jednotka v spolupráci s národným orgánom a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly. Vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 10m) predkladá platobná jednotka certifikačnému orgánu do 5. kalendárneho dňa v mesiaci január. V prípade, ak platobná jednotka aktualizuje údaje predložené v mesiaci január, zašle platobná jednotka certifikačnému orgánu aktualizovanú tabuľku do 3. kalendárneho dňa v mesiaci jún daného roka. 
4.7 Systém účtov
Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa používa nasledovný systém účtov:
1. Účty certifikačného orgánu
•	osobitné mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	MF SR otvára pre certifikačný orgán osobitné mimorozpočtové účty samostatne pre každý operačný program, pre programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu otvára samostatné účty pre každý z fondov;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci certifikačného orgánu;
•	tieto účty slúžia najmä na:
-	prijatie prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba) a na ich prevod na príslušné príjmové účty ministerstiev, kde sa nachádzajú platobné jednotky (na základe certifikačným orgánom schválenej súhrnnej žiadosti o platbu/žiadosti o platbu); 
-	prevod prostriedkov EÚ na účet Európskej komisie v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu Európskej komisii;
•	účty sú vedené v EUR;
•	účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty príslušného operačného programu;
•	bankové poplatky a dane z úrokov sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu pre príslušný fond. Vyrovnávacie účty sa za prostriedky EÚ schválených v súhrnných žiadostiach o platbu do 31. 12. 2008 používajú aj na uhrádzanie kurzových rozdielov;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán otvára osobitný mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vedený v EUR. Tento účet slúži na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od prijímateľov vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom MF SR a orgánov zúčastňujúcich sa na vykonávaní vládneho auditu. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán rovnako otvára vyrovnávacie účty pre jednotlivé fondy vedené v EUR. Tieto účty slúžia najmä na úhradu bankových poplatkov, daní z úrokov a na uhrádzanie kurzových rozdielov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.

2. Účty platobnej jednotky
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vedené v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účet je vedený v EUR a slúži na úhradu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom;
•	rozpočtový príjmový účet vedený v Štátnej pokladnici, ktorý sa využíva na príjem:
-	prostriedkov EÚ z účtu certifikačného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
-	vrátených nepoužitých poskytnutých prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky od prijímateľov;
-	výnosov z účtov prijímateľov;
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky zodpovedajúcich príjmu vytvoreného z projektu;
-	vrátených prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za minulé roky pri porušení finančnej disciplíny v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, len v prípade, ak ide o vysporiadanie finančných vzťahov mimo správneho konania;
•	oprávnenie disponovať s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a úhrada nákladov (napr. bankové poplatky) je zabezpečovaná príslušnou rozpočtovou kapitolou; 
•	všetky platby pre projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt.
3. Účet (účty) prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia (cieľ 1 a cieľ 2)
•	výdavkový účet, ktorý používa pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet môže byť používaný aj na poskytnutie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou zálohovej platby na základe rozpočtového opatrenia;
•	výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na prijatie zálohovej platby formou rozpočtového opatrenia a na refundáciu realizovaných výdavkov formou rozpočtového opatrenia pri uplatnení systému refundácie a následný prevod formou rozpočtového opatrenia na rozpočtový výdavkový účet, z ktorého boli prostriedky pôvodne vynaložené. Tento účet môže byť prijímateľom použitý aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	v prípade, ak je výdavkový účet pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu využívaný aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu z poskytnutej zálohovej platby, môžu byť špecifické výdavky realizované z rozpočtového výdavkového účtu prijímateľa. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu). V tomto prípade prijímateľ po pripísaní zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na výdavkový účet a následne, najneskôr do 7 kalendárnych dní realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z výdavkového účtu potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	v rámci kalendárneho mesiaca (v decembri najneskôr do 30.12. daného rozpočtového roka) prevedie prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu na výdavkový účet, z ktorého priebežne v danom kalendárnom mesiaci realizuje úhrady špecifických výdavkov;
•	účet/účty nie sú úročené a sú vedené v EUR.
4. Účet (účty) prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia (SR - ČR)
•	osobitný mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. Z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet slúži na prijatie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou refundácie;
•	účet/účty nie sú úročené a sú vedené v EUR.

5. Účet (účty) prijímateľa - štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento bežný účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou transferu z platobnej jednotky. V prípade iných subjektov verejnej správy, ktorí nie sú povinným klientom Štátnej pokladnice, si môžu títo prijímatelia otvoriť účet aj v komerčnej banke;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovania. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku doložiť výpis z iného bežného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky21 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu). Prijímateľ po pripísaní zálohovej platby/predfinancovania prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
6. Účet (účty) prijímateľa – vyšší územný celok (ďalej len „VÚC“)
•	bežný účet pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 9a zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet23 na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky21 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní zálohovej platby/predfinancovania prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
7. Účet prijímateľa - obec
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet23 na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky21 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní zálohovej platby/predfinancovania prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
8. Účet prijímateľa - rozpočtová a príspevková organizácia v zriaďovacej pôsobnosti VÚC a obce
Základným pravidlom pri realizácii výdavkov financovaných z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v pôsobnosti obcí a VÚC a ich rozpočtových organizácií je povinnosť ich realizácie prostredníctvom rozpočtu obce a rozpočtu VÚC. Ak sú prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určené na financovanie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnuté priamo rozpočtovej organizácii v pôsobnosti obce alebo VÚC, tieto môžu byť použité len prostredníctvom rozpočtu zriaďovateľa, t. j. rozpočtu obce alebo VÚC.
V prípade, ak prijímateľom je VÚC alebo obec a realizátorom projektu je rozpočtová alebo príspevková organizácia v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa, úhrada oprávnených výdavkov môže byť realizovaná aj z účtov tohto subjektu pri dodržaní podmienky existencie účtu prijímateľa určeného na príjem NFP. Zároveň subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa je povinný realizovať oprávnené výdavky prostredníctvom rozpočtu. Prijímateľ je povinný bezodkladne písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu účtu, z ktorého subjekt realizuje úhradu oprávnených výdavkov. 
a)	rozpočtová organizácia:
•	mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky do 5 kalendárnych dní od ich prijatia na mimorozpočtový účet prevedie do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na rozpočtový výdavkový účet prijímateľa;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný rozpočtový účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom rozpočtovom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky21 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní zálohovej platby/predfinancovania prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z osobitného rozpočtového účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného rozpočtového účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet/účty sú vedené v EUR.

b)	príspevková organizácia:
•	v prípade, ak príspevková organizácia nepožaduje príspevok za podiel zodpovedajúci vlastným zdrojom od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade, ak príspevková organizácia požaduje príspevok za podiel zodpovedajúci vlastným zdrojom od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici/komerčnej banke, z ktorého prostriedky pred ich použitím prevedie do 5 kalendárnych dní do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na bežný účet prijímateľa;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľa pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému predfinancovania/zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky21 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní zálohovej platby/predfinancovania prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet/účty sú vedené v EUR.
9. Účet prijímateľa - súkromný sektor vrátane mimovládnej organizácie
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určené na financovanie projektu sú poskytované iba systémom refundácie, prijímateľ je povinný prijímať ich na jeden účet vedený v komerčnej banke;
•	v prípade, ak prijímateľ využíva systém refundácie, môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	prijímateľ si môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom zálohovej platby/predfinancovania sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet23 na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi/zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade, ak prijímateľ využije systém zálohovej platby/predfinancovania, môžu byť špecifické výdavky21 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní zálohovej platby/predfinancovania prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvótny podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi/zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi/zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
10. Účet prijímateľa – holdingový fond
a)	tranzičný účet:
•	slúži na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie uhradených platobnou jednotkou na základe schválenej žiadosti o platbu a ich ďalší prevod na účet SPV;
•	je vedený v EUR;
•	je úročený a vzniknutý úrok je prijímateľ povinný previesť na účet SPV;
b)	účet SPV:
•	mimorozpočtový účet zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	slúži na vykonávanie činnosti holdingového fondu;
•	je vedený v EUR;
•	je úročený a vzniknutý úrok je použitý na rovnaký účel pomoci.
4.8 Systém informačných a finančných tokov na národnej úrovni
4.8.1 Systém predfinancovania
Vyplácanie prijímateľa (okrem štátnej rozpočtovej organizácie) pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie (časť 4.8.4) v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom. 
Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže prijímateľ kombinovať s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v rámci jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania) a samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.4 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní.
Predfinancovanie je prijímateľovi poskytované pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe ním predložených nezaplatených účtovných dokladov.
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF a KF uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov.
Etapa predfinancovania:
1.	Prijímateľ v lehote splatnosti záväzku dodávateľovi/zhotoviteľovi predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady - minimálne jeden rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich prijatí od dodávateľa/zhotoviteľa. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. Prijímateľ v rámci formulára žiadosti o platbu uvedie čerpanie rozpočtu projektu podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. V prípade, ak súčasťou výdavkov prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania). Spolu so žiadosťou o platbu predloží aj rovnopisy, resp. kópie11 príslušných účtovných dokladov overené pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok).
2.	Riadiaci orgán do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
3.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti - kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi SR a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc, pomoc de minimis, publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
5.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
6.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom -  záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne žiadosť o platbu schváli alebo neschváli do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu. 
7.	Platobná jednotka najneskôr do 7 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
8.	Prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní odo dňa pripísania prostriedkov poskytnutého predfinancovania na jeho účte, previesť prostriedky EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov dodávateľovi/zhotoviteľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči dodávateľovi/zhotoviteľovi samotný prijímateľ.
9.	Po poskytnutí predfinancovania je prijímateľ povinný celú výšku zúčtovať najneskôr do 21 kalendárnych dní odo dňa pripísania týchto prostriedkov na jeho účte. K jednej žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania) môže prijímateľ predložiť riadiacemu orgánu len jednu žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania). Riadiacemu orgánu predkladá vyplnený formulár žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania). Spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a výpis z účtu, resp. prehlásenie banky o úhrade výdavkov (originál alebo kópiu11 overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. V rámci žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu. Nezúčtovaný rozdiel predfinancovania je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov.
10.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu postupuje podobne ako v bode 3 a 4.
11.	Riadiaci orgán skontroluje žiadosť o platbu a výpis z bankového účtu. Po vykonaní kontroly žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a), prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutého predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
13.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom.
14.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
15.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 14. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola ich suma znížená riadiacim orgánom.
Etapa refundácie:
16.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po uskutočnení tejto úhrady a ukončení projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
17.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (záverečnú) spolu s účtovnými dokladmi24 vrátane výpisu z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) riadiacemu orgánu. 
18.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnej) postupuje obdobne ako v bodoch 2., 3., 4. a 5. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
19.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnú) postupuje obdobne ako v bode 6. a 7. a v prípade schválenia zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
20.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 13. a 14.
21.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Poskytnutie predfinancovania si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál  záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis účtovných dokladov alebo kópie12 účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál  záznamu z administratívnej kontroly, súhrnnej žiadosti o platbu a kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán o pripravovanom prechode práv a povinností na iný subjekt;
b)	prijímateľ vystaví žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) pre všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vzniknú pred prechodom práv a povinností na iný subjekt, a to v zmysle bodu 16 tejto časti materiálu;
c)	riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zabezpečí poskytnutie predfinancovania v zmysle bodov 4 – 6 tejto časti materiálu;
d)	po poskytnutí predfinancovania prijímateľ vykoná úhradu dodávateľovi/zhotoviteľovi a predloží riadiacemu orgánu žiadosť o platbu typu zúčtovanie predfinancovania v zmysle bodu 8. a 9. tejto časti materiálu;
e)	v prípade, ak prijímateľ nezúčtuje celú výšku poskytnutého predfinancovania, prevedie jeho zostatok na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.4 tohto materiálu;
f)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu.
Po zúčtovaní (schválení certifikačným orgánom)/vrátení nezúčtovanej časti poskytnutého predfinancovania, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.8.2 Systém zálohových platieb
Vyplácanie prijímateľa pri projektoch financovaných z ESF okrem štátnej rozpočtovej organizácie (časť 4.8.3) sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie (časť 4.8.4),v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom.
Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Riadiaci orgán môže stanoviť prísnejšie pravidlá pre zúčtovanie zálohových platieb ako tie, ktoré sú definované v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) a samostatne žiadosť o platbu (refundáciu). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.4 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky maximálne 40 %2 z oprávnených výdavkov projektu na základe postupov riadiaceho orgánu zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky maximálne 40 %2 z relevantnej časti rozpočtu projektu, pri zohľadnení podmienok záverečnej platby na projekt (viď bod 17. tejto časti).
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe vyhlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby.
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie prijímateľa uskutočňuje v dvoch etapách - etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v EUR riadiacemu orgánu v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 %2 oprávnených výdavkov z prvých 12 mesiacov realizácie projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
A.	Prvý ročný rozpočet projektu je známy
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov prvého roka projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4* x	[		+ 	(12-		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku
* = 0,5 v rámci operačného programu Vzdelávanie

B.	Prvý ročný rozpočet projektu nie je známy, je nulový, alebo veľmi nízky
Výška maximálnej zálohovej platby sa vypočíta nasledovne:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje celkovú sumu NFP/počet mesiacov realizácie projektu pripadajúcu na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie.

0,4*  x	celková suma NFP	/	celkový počet mesiacov realizácie 	x	12	
* = 0,5 v rámci operačného programu Vzdelávanie	
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj vyhlásenie o začatí realizácie projektu s uvedením dátumu začatia realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok definovaných riadiacim orgánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
3.	Riadiaci orgán do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti kontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
5.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa.
6.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. 
8.	Platobná jednotka najneskôr do 7 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
9.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať27, pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. O túto sumu sa prijímateľovi zároveň znižuje nenávratný finančný príspevok.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) uvedie čerpanie podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Riadiacemu orgánu spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá aj účtovné doklady24 - minimálne jeden rovnopis originálu alebo kópiu11 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovného dokladu prijímateľom, táto je overená pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a výpis z účtu potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. 
10.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
11.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti – kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácií, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi SR a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc, pomoc de minimis,, publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä skontrolovanie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
12.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
13.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
14.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)28 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia29 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom. 
15.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
16.	Prijímateľ je oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu najskôr súčasne s podaním žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Riadiaci orgán prostredníctvom platobnej jednotky zabezpečí úhradu finančných prostriedkov na základe žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až po schválení predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v rámci súhrnnej žiadosti o platbu. Riadiaci orgán v úzkej spolupráci s platobnou jednotkou zodpovedá za stanovenie postupu, ktorý má zabrániť neoprávnenému vyplateniu zálohovej platby prijímateľovi. V tomto prípade riadiaci orgán pozastaví schvaľovanie žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až do času schválenia žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu. Uvedené sa nevzťahuje na prípady definované v bode 17.
17.	V prípade, ak predchádzajúca zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, prijímateľ môže požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu certifikačným orgánom schválených finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a sumy rovnajúcej sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a predchádzajúcej poskytnutej zálohovej platby. Súčet týchto prostriedkov, a teda výška poskytnutej zálohovej platby, je maximálne 40 %2 relevantnej časti rozpočtu projektu.
18.	Každá nasledovná zálohová platba sa poskytuje a zúčtováva obdobným spôsobom v zmysle bodov 2. -15. Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom.
Etapa refundácie
19.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po uskutočnení tejto úhrady a ukončení projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
20.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (záverečnú) spolu s účtovnými dokladmi24 vrátane výpisu z bankového účtu (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) riadiacemu orgánu.
21.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnú) postupuje obdobne ako v bodoch 3., 4., 11. a 12. V prípade schválenia žiadosti o platbu riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
22.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečnej) postupuje obdobne ako v bode 7. a 8. a v prípade schválenia zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
23.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 14. a 15.
24.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v maximálnej výške 40 %2 z relevantnej časti rozpočtu. 
V prípade, ak nebude prijímateľovi poskytnutá ďalšia zálohová platba, prijímateľ je povinný nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov.
Platobná jednotka poskytuje zálohové platby prijímateľom na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba prijímateľom aj zúčtuje.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, originál vyhlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, kópiu žiadosti o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu podľa bodu 9 tejto časti;
c)	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.6;
d)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu.
Po zúčtovaní (schválení certifikačným orgánom)/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
Vyplácanie prijímateľa - štátnej rozpočtovej organizácie pri projektoch financovaných z ERDF, ESF a Kohézneho fondu sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie (časť 4.8.4) v súlade s rozhodnutím riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Riadiaci orgán môže stanoviť prísnejšie pravidlá pre zúčtovanie zálohových platieb ako tie, ktoré sú definované v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) a samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.4 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Prijímateľ realizujúci národný projekt môže tieto prostriedky poskytovať konečným užívateľom na základe zmluvy v súlade s § 20, ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované do výšky maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov projektu na základe postupov riadiaceho orgánu zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky maximálne 40 %2 z relevantnej časti rozpočtu projektu.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe vyhlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby. 
Pri systéme zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie sa postupuje nasledovným spôsobom: 
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v EUR riadiacemu orgánu v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 %2 oprávnených výdavkov z prvých 12 mesiacov realizácie projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
	Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
A.	Prvý ročný rozpočet projektu je známy
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov prvého roka projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4* x	[		+ 	(12 -		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie 
B.	Prvý ročný rozpočet projektu nie je známy, je nulový, alebo veľmi nízky
Výška maximálnej zálohovej platby sa vypočíta nasledovne:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %2 oprávnených výdavkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje celkovú sumu NFP/počet mesiacov realizácie projektu pripadajúcu na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie.
0,4*  x	celková suma NFP	/	celkový počet mesiacov realizácie 	x	12	
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie 	
2.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj vyhlásenie o začatí realizácie projektu s uvedením dátumu začatia realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok stanovených riadiacim orgánom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
3.	Riadiaci orgán do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
5.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
6.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. 
8.	Platobná jednotka najneskôr do 7 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zabezpečí žiadosť o prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa.
9.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať27, pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. O túto sumu sa prijímateľovi zároveň znižuje nenávratný finančný príspevok.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. Riadiacemu orgánu spolu s formulárom žiadosti o platbu predkladá aj účtovné doklady24 – minimálne jeden rovnopis alebo kópie11 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovného dokladu prijímateľom, musí byť kópia overená pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Ak je prijímateľ zároveň aj riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, štatutárny orgán v takom prípade môže byť zastúpený určeným zamestnancom príslušného subjektu. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu25 (originál alebo kópiu overenú pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi/zhotoviteľovi. 
10.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
11.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti - kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácie, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne31 kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi SR a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc, pomoc de minimis, publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
12.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)27 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
13.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia žiadosti o platbu zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
14.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa, na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)28 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia29 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom. 
15.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
16.	Prijímateľ je oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu najskôr súčasne s podaním žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Riadiaci orgán prostredníctvom platobnej jednotky zabezpečí úhradu finančných prostriedkov na základe žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až po schválení predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v rámci súhrnnej žiadosti o platbu. Riadiaci orgán v úzkej spolupráci s platobnou jednotkou zodpovedá za stanovenie postupu, ktorý má zabrániť neoprávnenému vyplateniu zálohovej platby prijímateľovi. V tomto prípade riadiaci orgán pozastaví schvaľovanie žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až do času schválenia žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu. Uvedené sa nevzťahuje na prípady definované v bode 17.
17.	V prípade, ak predchádzajúca zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, prijímateľ môže požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu certifikačným orgánom schválených prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a sumy rovnajúcej sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a predchádzajúcej poskytnutej zálohovej platby. Súčet týchto prostriedkov, a teda výška poskytnutej zálohovej platby je maximálne 40 %2 relevantnej časti rozpočtu projektu.
18.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodov 2. – 16. Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do ukončenia finančnej realizácie projektu. Po poskytnutí poslednej zálohovej platby na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať celý zostatok nenávratného finančného príspevku, a to najneskôr do 3 kalendárnych mesiacov od ukončenia realizácie projektu. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a poslednú žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovne poskytnutej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami v maximálnej výške 40 %2 z relevantnej časti rozpočtu.
Na konci rozpočtového roka môže riadiaci orgán po dohode s prijímateľom rozhodnúť o poskytnutí nižšej zálohovej platby, a to len do výšky potrebnej na realizáciu projektových aktivít do konca príslušného roka. V nasledujúcom rozpočtovom roku môže riadiaci orgán poskytnúť ďalšiu zálohovú platbu bez povinnosti schválenia akejkoľvek časti predchádzajúcej zálohovej platby certifikačným orgánom, ale maximálne do výšky 40%2 z relevantnej časti rozpočtu projektu.
Presun prostriedkov prijímateľom sa realizuje prostredníctvom platobnej jednotky, ktorá zabezpečí žiadosť o úpravu limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o platbu (zálohovú platbu). 
Po schválení žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) platobná jednotka prostredníctvom ISUF upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov..
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, originál vyhlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu podľa bodu 9 tejto časti;
c)	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.6;
d)	prijímateľ následne vypracuje oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov, ktoré spolu s výpisom z účtu preukazujúcim vrátenie finančných prostriedkov doručí riadiacemu orgánu.
Po zúčtovaní (schválení certifikačným orgánom)/vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby, môže byť zrealizovaný prechod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.8.4 Systém refundácie
Pri systéme refundácie sa finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľom, tzn. že prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie schváleného na projekt.
Pri predkladaní žiadosti o platbu postupuje prijímateľ rovnako pri všetkých operačných programoch.
1.	Prijímateľ uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v EUR riadiacemu orgánu. V rámci formulára žiadosti o platbu uvedie čerpanie rozpočtu projektu podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady24 - minimálne jeden rovnopis alebo kópiu11 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu overenú pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovných dokladov prijímateľom, musí byť kópia overená pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
4.	Riadiaci orgán do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25 alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti - kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne31 kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje sa súlad s právnymi predpismi SR a EÚ (najmä štátna pomoc, verejné obstarávanie, pomoc de minimis, publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán do stanovenej lehoty žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
8.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program (príloha 9) v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
9.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)28 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia29 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom. 
10.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Žiadosť o platbu (záverečnú platbu) môže byť platobnou jednotkou uhradená len v prípade, ak má prijímateľ vysporiadané finančné vzťahy.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu účtovných dokladov overené pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, kópie žiadostí o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom.
V prípade prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb, a to nasledovne:
a)	prijímateľ neodkladne, resp. s dostatočným časovým predstihom informuje riadiaci orgán o pripravovanom prechode práv a povinností prijímateľa na iný subjekt;
b)	prijímateľ vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov voči dodávateľom/zhotoviteľom, ktoré vyplývajú z implementácie projektu a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží žiadosť o platbu (refundáciu) podľa bodu 2 tejto časti materiálu.
Po predložení žiadosti o platbu (refundáciu) riadiacemu orgánu a jej schválení certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platu môže dôjsť k prechodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. Postup pre evidenciu prechodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.8.5 Systém refundácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 
Pre projekty projektových partnerstiev v rámci operačných programov cieľa 3 platia špecifiká stanovené nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006. Pre tieto programy je vždy zriadený jediný certifikačný orgán, ktorý zabezpečuje prevod finančných prostriedkov ERDF priamo vedúcim partnerom projektov. Vedúci partneri projektových partnerstiev sú ďalej zodpovední za ďalší prevod prostriedkov ERDF svojim projektovým partnerom (vrátane zahraničných).
Pre prijímateľov (vedúcich partnerov) v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR, pri ktorom ako jedinom vystupuje SR ako riadiaci a certifikačný orgán, platia nasledovné zásady:
Projekty alebo operácie v rámci operačného programu zahrňujú prijímateľov (partnerov) z oboch štátov, ktorí spĺňajú aspoň dve z nasledovných kritérií: spoločná príprava, spoločná realizácia, spoločný personál a spoločné financovanie. Jeden z prijímateľov projektu je určený za vedúceho partnera projektu, ktorý takto v mene celého projektového partnerstva vystupuje a nesie zodpovednosť za celú realizáciu projektu.
Zmluvy s vedúcimi partnermi uzatvára riadiaci orgán s finančným plnením v EUR. Každá zmluva obsahuje finančný plán projektu v EUR vrátane čiastkových finančných plánov na úrovni jednotlivých partnerov.
Prostriedky ERDF poskytuje vedúcim partnerom zo SR alebo ČR certifikačný orgán v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov partnerstva, tzn. že jednotliví partneri sú povinní realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie budú vedúcemu partnerovi pri jednotlivých platbách refundované certifikačným orgánom v pomernej výške.
1.	Vedúci partner/partner uhradí výdavky dodávateľovi/zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Vedúci partner/partner zo Slovenskej republiky v zmysle čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 predkladá zoznam deklarovaných výdavkov maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch, resp. na základe dohodnutého harmonogramu, pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR riadiacemu orgánu na prvostupňovú kontrolu. V prípade, ak za obdobie jedného roku nedosiahnu jeho nárokované výdavky minimálnu výšku 10 000 EUR, vedúci partner/partner nemusí podmienku minimálnej výšky dodržať a v tomto prípade predloží len jeden zoznam deklarovaných výdavkov.
3.	Vedúci partner/partner z Českej republiky v zmysle čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 predkladá zoznam deklarovaných výdavkov maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch, resp. na základe dohodnutého harmonogramu, pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR Centru pro regionální rozvoj (ďalej len CRR) na prvostupňovú kontrolu. V prípade, ak za obdobie jedného roku nedosiahnu jeho nárokované výdavky minimálnu výšku 10 000 EUR, vedúci partner/partner nemusí podmienku minimálnej výšky dodržať a v tomto prípade predloží len jeden zoznam deklarovaných výdavkov.
Výnimku tvorí strešný projekt pre Fond mikroprojektov, kde Správca – vedúci partner je oprávnený predkladať v trojmesačných intervaloch dve žiadosti o platbu, jednu za fond mikroprojektov a jednu za administratívne náklady Správcu – vedúceho partnera a Správcu – partnera, avšak pri zachovaní pravidla minimálnej výšky 10 000 EUR pre obe žiadosti o platbu.
4.	Vedúci partner/partner predkladá spolu so zoznamom deklarovaných výdavkov aj účtovné doklady24 - minimálne jeden rovnopis alebo kópiu11 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpisu z bankového účtu24 (originál alebo kópiu overenú s pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu vedúceho partnera/partnera), ktorý potvrdzuje uhradenie deklarovaných výdavkov a výpisy z analytického účtovníctva. Ďalší rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva vedúci partner/partner. V prípade predloženia kópie účtovných dokladov vedúcim partnerom/partnerom, musí byť kópia overená pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu vedúceho partnera/partnera. Spolu so zoznamom deklarovaných výdavkov predkladajú slovenskí partneri na oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny z dohôd a pod.) sumarizačné hárky. Českí partneri predkladajú účtovné doklady v súlade s usmernením CRR a národnou legislatívou.
5.	Riadiaci orgán a CRR vykonajú kontrolu zoznamov deklarovaných výdavkov podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu zoznamu deklarovaných výdavkov sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti zoznamu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia zoznamu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve vedúceho partnera/partnera, aby v stanovenom čase doplnil nedostatky. V prípade závažných nedostatkov25, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, zoznam/výdavok zamietne.
6.	Riadiaci orgán a CRR vykonajú kontrolu vecnej správnosti - kontrolujú reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontrolujú, či požadovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontrolujú súlad s národnou legislatívou a legislatívou EÚ (štátna pomoc, verejné obstarávanie, pomoc de minimis, publicita). Národní kontrolóri v prípade potreby vykonajú kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán/CRR výdavky deklarované partnerom/vedúcim partnerom schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo zníži o relevantnú časť a vystaví v lehote do 60 kalendárnych dní osvedčenia o oprávnenosti výdavkov v 4 rovnopisoch, ktoré zašle partnerovi/vedúcemu partnerovi. Partner 1 rovnopis archivuje a ďalšie 2 bezodkladne zašle vedúcemu partnerovi. V prípade vedúceho partnera/partnera z Českej republiky je štvrtý rovnopis zaslaný kontrolórom na Národný orgán. Prílohou osvedčenia o oprávnenosti výdavkov je schválený zoznam výdavkov potvrdený kontrolórom.
8.	Vedúci partner na základe schválených zoznamov výdavkov od jednotlivých partnerov zostaví žiadosť o platbu v EUR a zostavenú žiadosť o platbu spolu so schválenými zoznamami výdavkov potvrdenými kontrolórmi a s osvedčeniami o oprávnenosti výdavkov predkladá riadiacemu orgánu maximálne štyrikrát ročne za dodržania podmienok uvedených v bode 2.
9.	Riadiaci orgán do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje žiadosť o platbu v ITMS.
10.	Po vykonaní kontroly, ktorá pozostáva z kontroly, či výdavky boli skontrolované kontrolórom a či výdavky z pohľadu ako celku boli uplatnené v súlade s projektom ako celkom, riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v stanovenom termíne. V prípade schválenia žiadosti o platbu ju riadiaci orgán v lehote 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu vedúceho partnera o platbu v ITMS, zaradí do najbližšej technickej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží certifikačnému orgánu v lehotách dohodnutých s certifikačným orgánom. Súčasne predkladá kópiu technickej súhrnnej žiadosti o platbu, kópiu žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov platobnej jednotke.
11.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane vedúceho partnera/partnera zo SR, správcu vedúceho partnera fondu mikroprojektov ako na slovenskej tak aj na českej strane, prípadne aj na úrovni Centra pre regionálny rozvoj na základe kombinácie analýzy rizík a náhodného výberu. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia technickej súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia technickej súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje jednotlivé žiadosti o platbu zaradené v technickej súhrnnej žiadosti o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení. Certifikačný orgán technickú súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)28 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia29 technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia technickej súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom.
12.	Certifikačný orgán najskôr v deň schválenia technickej súhrnnej žiadosti o platbu a najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia prevedie prostriedky EÚ z osobitného mimorozpočtového účtu pre operačný program vedeného v Štátnej pokladnici v EUR priamo na účet vedúceho partnera. Zároveň informuje vedúcich partnerov, riadiaci orgán, národný orgán a príslušné platobné jednotky v SR a ČR o schválení technickej súhrnnej žiadosti o platbu, resp. o úhrade jednotlivých žiadostí o platbu.
13.	Riadiaci orgán po prijatí informácie o schválení technickej súhrnnej žiadosti z certifikačného orgánu predloží platobnej jednotke likvidačné listy k všetkým žiadostiam o platbu schváleným v technickej súhrnnej žiadosti o platbu, v prípade, ak tieto obsahujú výdavky partnera/vedúceho partnera zo SR.
14.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po obdržaní informácie o schválení technickej súhrnnej žiadosti o platbu, zadať platobný príkaz prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov štátneho rozpočtu v národnej mene na spolufinancovanie z výdavkového účtu vedúcemu partnerovi zo SR. Vedúci partner je zodpovedný za ich ďalší prevod svojim projektovým partnerom zo SR (v prípade ich existencie). V prípade, ak je viac projektových partnerov zo SR a títo majú vedúceho partnera z ČR pri vypĺňaní žiadosti o finančný príspevok si určia hlavného cezhraničného partnera, s ktorým riadiaci orgán podpisuje zmluvu o spolufinancovaní. Platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie hlavnému cezhraničnému partnerovi a ten ich následne prevedie ostatným partnerom zo SR.
15.	Vedúci partner a hlavný cezhraničný partner sú povinní pri každej nasledujúcej žiadosti o platbu, resp. najneskôr pri záverečnej žiadosti o platbu predložiť výpisy z účtu preukazujúce prevod prostriedkov ERDF a ŠR jednotlivým partnerom projektu.
V prípade, ak vedúci partner, resp. partneri projektu uhrádzajú svoje výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v tejto mene sú certifikačným orgánom preplácané v EUR. Do žiadosti o platbu zahrnie vedúci partner oprávnené výdavky prepočítané na menu EUR mesačným kurzom Európskej komisie platným v tom mesiaci, v ktorom partner zostaví zoznam deklarovaných výdavkov. Tento kurz Európska komisia zverejňuje každý mesiac na stránke www.ec.europa.eu/budget a zároveň je zverejňovaný aj na stránke www.sk-cz.eu.
Prevod finančných prostriedkov ERDF v rámci ostatných operačných programov cieľa 3 zabezpečuje certifikačný orgán partnerskej krajiny priamo vedúcim partnerom bez zapojenia certifikačného orgánu Slovenskej republiky alebo platobnej jednotky. Prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. partnerom zo SR zabezpečuje platobná jednotka na základe dohody s príslušnou partnerskou krajinou.
4.8.6 Systém prevodu tranže prijímateľovi – holdingovému fondu
Systém prevodu tranže sa využíva v prípade poskytovania finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – holdingovému fondu na základe podpísania zmluvy o financovaní medzi riadiacim orgánom a prijímateľom – holdingovým fondom.
Pri predkladaní žiadosti o platbu postupuje prijímateľ – holdingový fond rovnako pri všetkých relevantných operačných programoch.
1.	Prijímateľ – holdingový fond po podpise zmluvy o financovaní predkladá žiadosť o platbu riadiacemu orgánu.
2.	Riadiaci orgán do 5 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu túto žiadosť o platbu zaregistruje v ITMS.
3.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti kontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa – holdingový fond, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25 alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
4.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa – holdingového fondu.
5.	Po vykonaní kontroly žiadosť o platbu v stanovenej lehote schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)26 alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží túto žiadosť o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7c) prípadne inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
6.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná jej overenie, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 14 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu. Toto overenie zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za operačný program v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu.
7.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne overenie na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane prijímateľa. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov)28 alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní odo dňa predloženia29 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bola písomná verzia súhrnnej žiadosti o platbu zaregistrovaná certifikačným orgánom.
8.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
9.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 7 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – holdingovému fondu. 
10.	Prijímateľ – holdingový fond takto prijaté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie bezodkladne prevádza na účet SPV otvorený v Štátnej pokladnici.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu činnosti holdingového fondu na mieste. Kontrola na mieste je zamerané na dodržiavanie podmienok zmluvy o financovaní. Prijímateľ – holdingový fond (vrátane finančného sprostredkovateľa, malého a stredného podniku) je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov..
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu a originál záznamu z administratívnej kontroly.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, kópiu žiadosti o platbu, prípadne iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom.
4.8.7 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
Za nasledovné typy výdavkov predkladá prijímateľ v rámci programov financovaných z ESF spolu so žiadosťou o platbu (priebežnú platbu, zúčtovanie zálohovej platby) len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, náhrady mzdy pre frekventantov);
•	doktorandské štipendiá;
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov).
Pri národných projektoch ESF predkladá prijímateľ Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len formulár „zoznam výdavkov“ stanovený riadiacim orgánom.
V prípade realizácie projektov, ktorých cieľom je financovanie miezd zamestnancov zapojených do implementácie pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, a ktoré sú financované prostredníctvom technickej pomoci, nemá prijímateľ povinnosť predkladať výpis z bankového účtu spolu so žiadosťou o platbu za predpokladu, že riadiaci orgán určí za dostatočné overenie skutočného uhradenia výdavkov nárokovaných v žiadosti o platbu prostredníctvom kontroly na mieste, ktorá bude ukončená najneskôr do skončenia administratívnej kontroly žiadosti o platbu. V prípade, ak riadiaci orgán rozhodne o tom, že prijímateľ nebude predkladať výpis z bankového účtu, nie je dotknutá povinnosť prijímateľa týkajúca sa jeho uchovávania v zmysle lehoty stanovenej v časti 4.12.
4.9 Systém certifikácie
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. XII nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu vykonávajú zamestnanci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich s výkonom platieb. Výkon certifikácie nie je delegovaný na iné subjekty.
Na základe analýzy rizík alebo náhodného výberu je certifikačný orgán oprávnený uskutočniť certifikačné overovanie pred schválením súhrnnej žiadosti o platbu (priebežná certifikácia). Priebežná certifikácia sa vykonáva na vybranej vzorke výdavkov. 
Certifikácia výdavkov Európskej komisii sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii. Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zasielaných platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu, resp. v prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR riadiacim orgánom ako príloh k technických súhrnných žiadostí o platbu. Pred certifikáciou výkazu výdavkov Európskej komisii certifikačný orgán zohľadňuje výsledky z priebežného certifikačného overovania, pričom môže vykonať dodatočné certifikačné overovanie vybranej vzorky projektov na úrovni riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, prípadne prijímateľov (vrátane finančného sprostredkovateľa, malého a stredného podniku v rámci implementácie projektov finančného inžinierstva), ktoré boli v minulosti schválené v rámci súhrnných žiadostí o platbu.
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí ubezpečiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č.1083/2006, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade s právnymi predpismi EÚ a prijaté finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia;
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi EÚ, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach;
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby;
•	sa dodržali rozhodnutia Európskej komisie v zmysle čl. 32 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov predložené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
a)	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 56 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi;
b)	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom EÚ počas celého obdobia ich realizácie;
c)	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou.
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 61 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	overenia súladu postupov s vnútornými manuálmi týchto orgánov;
2.	zohľadnenia správ z vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom a protokolov z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov na účely certifikácie;
3.	zohľadnenia správ o výsledkoch externého auditu riadiaceho orgánu a platobnej jednotky;
4.	overovania na všetkých úrovniach finančného riadenia, vrátane prijímateľa s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	využívania informácií zo správ o zistených nezrovnalostiach;
6.	zúčastňovania sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa.

k bodu 1.
Riadiace orgány a platobné jednotky sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály vrátane ich akýchkoľvek zmien elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. 
V etape výkonu certifikácie je úlohou certifikačného orgánu posúdenie súladu činností riadiacich orgánov a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi.
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán správy z vládnych auditov a protokoly z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov. O správach z vládnych auditov orgán auditu informuje certifikačný orgán. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán a platobná jednotka) sú zároveň povinné predkladať certifikačnému orgánu protokoly z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokoly z kontrol vykonaných Úradom pre verejné obstarávanie. Orgán auditu priebežne, resp. najneskôr k poslednému dňu v mesiaci predkladá správy zo všetkých vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom (v elektronickej forme) prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny na účely certifikácie certifikačnému orgánu.
k bodu 3.
Riadiaci orgán a platobná jednotka predkladajú správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu a platobnej jednotky vykonaného externým audítorom vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie, certifikačnému orgánu. Riadiaci orgán a platobná jednotka sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia certifikačnému orgánu.
k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, platobných jednotkách a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej skupine projektov za splnenia podmienky reprezentatívnosti vzorky v rámci príslušného operačného programu. Súčasťou overenia je, či:
-	záznam z administratívnej kontroly a údaje v ňom uvedené sú pravdivé;
-	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi;
-	výdavky zahrňujú len oprávnené položky;
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach o platbu;
-	k príslušným žiadostiam o platbu existuje výpis z bankového účtu;
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou;
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.
k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach. Pri nezrovnalostiach s finančným dopadom je žiadosť o platbu Európskej komisii pomerne znížená o čiastku predstavujúcu nezrovnalosť. 
k bodu 6.
Certifikačný orgán je oprávnený zúčastňovať sa zasadnutí komisií na výber projektov v úlohe pozorovateľa s cieľom overenia, že jednotlivé projekty boli vybrané v súlade s kritériami uvedenými v operačnom programe a postupmi riadiaceho orgánu. Zástupcovia certifikačného orgánu sú oprávnení počas zasadnutí komisií upozorniť na prípadné porušenie postupov. Uvedené zistenia sú zohľadňované pri výkone certifikácie. Z tohto dôvodu sú všetky riadiace orgány, zodpovedné za organizovanie zasadnutí komisií na výber projektov, povinné vopred o nich informovať certifikačný orgán, a to písomne minimálne 7 kalendárnych dní pred zasadnutím komisie na výber projektov. Riadiace orgány sú následne povinné predkladať zápisnice zo zasadnutí týchto komisií certifikačnému orgánu najneskôr do 7 kalendárnych dní od ich podpisu.

V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom certifikačný orgán znižuje výšku deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu.
V oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, má certifikačný orgán právomoc pozastaviť platby pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje orgán auditu, riadiaci orgán a platobnú jednotku príslušného operačného programu.
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.
4.10 Nezrovnalosti
V súlade s čl. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 sa pod pojmom „nezrovnalosť“ rozumie „akékoľvek porušenie ustanovení práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu ES zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkou“.
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, tzn. vrátane úrovne prijímateľa alebo partnera, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia a použitia finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov EÚ alebo SR, ktoré upravujú poskytnutie a použitie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, úmyselné alebo spôsobené nedbalosťou. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov EÚ alebo SR, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy EÚ.
Z pohľadu národnej legislatívy má na vznik nezrovnalosti priamy dopad najmä porušenie finančnej disciplíny v zmysle § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, pričom § 31 citovaného zákona definuje jednotlivé druhy porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti. 
Pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie môže mať na vznik nezrovnalosti priamy dopad porušenie pravidiel a podmienok riadiacim orgánom alebo platobnou jednotkou pri ich poskytovaní prijímateľom najmä podľa § 31 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 1828/2006 ustanovujúceho podrobné pravidlá implementácie všeobecného nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 oznamovať Európskej komisii:
-	nezrovnalosti, ktoré boli predmetom prvého administratívneho alebo súdneho zistenia,
-	nezrovnalosti, u ktorých bolo preukázané podozrenie z podvodu,
-	nezrovnalosti, ktoré predchádzajú bankrotu,
-	nezrovnalosti, u ktorých boli zistené alebo sa predpokladajú následky mimo územia SR,
-	nezrovnalosti, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky spáchania podvodu (nové praktiky, nový spôsob páchania, ktoré sa doposiaľ vo všeobecnosti neobjavili a nie sú upravené v kódovníku OLAF EK),
-	nezrovnalosti, ktorých finančný dopad prevyšuje sumu 10 000 EUR.
Štruktúra kódov OLAF EK pre nezrovnalosti je uvedená v prílohe 1.
Nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, platobná jednotka, certifikačný orgán, kontrolný orgán, orgán auditu alebo spolupracujúci orgán.
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie (ďalej aj „ÚVO“) ako aj orgány Európskej komisie, Európsky dvor audítorov a OLAF EK v rámci výkonu svojich kompetencií.
Nezrovnalosť môže zistiť samotný prijímateľ alebo tretí subjekt, ktorý bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu. Zároveň je riadiaci orgán povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a to bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti a zároveň údaje zaevidovať v ITMS.
V rámci implementácie iniciatívy JEREMIE môže nezrovnalosť identifikovať samotný prijímateľ – holdingový fond vrátane finančného sprostredkovateľa, malého a stredného podniku, ktorí identifikovanú nezrovnalosť bezodkladne oznámia zmluvnej strane podľa štruktúry uvedenej v prílohe 19 riadiacemu orgánu a certifikačnému orgánu. Ak v rámci implementácie projektov finančného inžinierstva dôjde k porušeniu zmluvných povinností finančným sprostredkovateľom, malým a stredným podnikom, finančné prostriedky budú vrátené zmluvnej strane podľa štruktúry uvedenej v prílohe 19 a zároveň súvisiace nezrovnalosti budú evidované v ITMS ako nezrovnalosti bez finančného dopadu na rozpočet EÚ. Výnimku tvoria nezrovnalosti, ktoré v zmysle definície podľa čl. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vznikli konaním alebo opomenutím konania prijímateľa - holdingového fondu a majú finančný dopad na rozpočet EÚ.
Subjekty zapojené do implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu. Za riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, ak riadiaci orgán deleguje zodpovednosť za riešenie nezrovnalosti na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zodpovednosť riadiaceho orgánu týmto nie je dotknutá.
Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie najmä:

-	formálne zdokumentovanie nezrovnalosti na základe schválenia správy o zistenej nezrovnalosti vrátane evidovania údajov v ITMS; 
-	oznámenie nezrovnalosti;
-	monitorovanie vývoja a stavu nezrovnalosti;
-	zaznamenanie zmien stavu nezrovnalosti v aktualizovanej správe o zistenej nezrovnalosti;
-	preverenie možného dopadu na systém riadenia a kontroly, resp. nastavené postupy riadenia a kontroly pre operačný program; 
-	prijatie účinných nápravných opatrení na odstránenie vzniknutej nezrovnalosti a predchádzanie vzniku ďalších nezrovnalostí;
-	zabezpečenie bezodkladného finančného vysporiadania podľa podmienok zmluvy a príslušných právnych predpisov;
-	zaevidovanie údajov o zmene stavu nezrovnalosti, finančnom vysporiadaní nezrovnalosti a prijatých nápravných opatreniach v ITMS;
-	v prípade systémovej nezrovnalosti rozšírenie šetrenia riadiaceho orgánu na všetky projekty, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené a bezodkladné prijatie účinných nápravných opatrení v uplatňovaných postupoch riadenia a kontroly; 
-	v prípade systémovej nezrovnalosti identifikovanej Európskou komisiou, v určenej lehote prijatie účinných nápravných opatrení, ktoré sú akceptované Európskou komisiou ako dostatočné a zabránia vykonaniu finančných opráv Európskou komisiou.
-	finančné prostriedky uvoľnené z nezrovnalosti s finančným dopadom na rozpočet EÚ môže riadiaci orgán opätovne použiť do 31. decembra 2015 na príslušný operačný program tak, že tieto uvoľnené finančné prostriedky nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom finančnej opravy uskutočnenej certifikačným orgánom vo vzťahu k Európskej komisii formou odpočítania prostriedkov v zodpovedajúcej výške v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, a v prípade, že sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce projekty v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla.
V prípade, ak ide o nezrovnalosť, ktorá je zároveň porušením finančnej disciplíny v súlade s § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a protiprávny stav nie je odstránený podľa tohto zákona alebo podľa osobitného zákona, orgán oprávnený na výkon kontroly alebo vládneho auditu podľa osobitného predpisu, je povinný oznámiť porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie územne príslušnej správe finančnej kontroly.
Za moment oficiálneho zistenia nezrovnalosti sa považuje schválenie správy o zistenej nezrovnalosti v nadväznosti na schválenie / prerokovanie / doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly / auditu / overenia, resp. nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní.
Zistenie nezrovnalosti sa formálne zdokumentuje najmä na základe:
I.	Schválenia správy o zistenej nezrovnalosti;
II.	Doručenia čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
III.	Doručenia správy z vládneho auditu auditovanej osobe, v prípade ak neboli nezrovnalosti uvedené 
v čiastkovej správe z vládneho auditu, vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti; 
IV.	Právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
V.	Vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VI.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VII.	Prerokovania protokolu o výsledku kontroly vykonanej UVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
VIII.	Právoplatného rozhodnutia UVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
IX.	Doručenia správy z auditu Európskej komisie, resp. Európskeho dvora audítorov vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
X.	Doručenia správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti;
XI.	Doručenia uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe dokumentov podľa bodov V. až XI. správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom a zašle ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade ak prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je povinný riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad I. Schválenie správy o zistenej nezrovnalosti
Do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti:
-	riadiaci orgán formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
-	sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
-	certifikačný orgán formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, platobnej jednotke a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
-	platobná jednotka formálne zdokumentuje nezrovnalosť a predloží správu o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a prijímateľovi. Prijímateľovi sa správa o zistenej nezrovnalosti predloží v prípade, ak nezrovnalosť spôsobil sám prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu;
V prípade, ak má zistená nezrovnalosť finančný dopad, riadiaci orgán spolu so správou o zistenej nezrovnalosti predkladá 
do 15 kalendárnych dní odo dňa zistenia nezrovnalosti aj žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov. Riadiaci orgán žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov zaeviduje v ITMS a bezodkladne zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky na účet, t.j. certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. V prípade, ak ide o nezrovnalosť s finančným dopadom zistenú certifikačným orgánom alebo platobnou jednotkou, riadiaci orgán zaeviduje žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov v ITMS do 10 kalendárnych dní odo dňa doručenia správy o zistenej nezrovnalosti a v uvedenej lehote ju zašle prijímateľovi a v kópii subjektom, ktorým majú byť pripísané finančné prostriedky, t.j. certifikačnému orgánu a platobnej jednotke. Číslo správy o zistenej nezrovnalosti, číslo žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a číslo oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov predstavujú jedinečné alfa-numerické kódy vytvorené ITMS.
Vyššie uvedený postup sa vzťahuje aj na prípad, ak v rámci implementácie iniciatívy JEREMIE zistená nezrovnalosti vznikla konaním alebo opomenutím konania prijímateľa - holdingového fondu, má finančný dopad na rozpočet EÚ a prostriedky EÚ majú byť vysporiadané v prospech mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v prospech účtu platobnej jednotky, resp. na základe právoplatného rozhodnutia v správnom konaní na účet územne príslušnej správy finančnej kontroly.
Správa o zistenej nezrovnalosti (príloha 2) obsahuje najmä tieto základné údaje:
1)	Kód nezrovnalosti ITMS;
2)	Popis nezrovnalosti;
3)	Typ nezrovnalosti podľa kódovníka OLAF Európskej komisie;
4)	Označenie ustanovení právnych predpisov, ktoré boli porušené;
5)	Obdobie alebo dátum vzniku nezrovnalosti;
6)	Dátum zistenia nezrovnalosti;
7)	Označenie subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil;
8)	Finančné vyčíslenie nezrovnalosti podľa zdrojov financovania;
9)	Popis stavu riešenia nezrovnalosti;
10)	Finančný a administratívny stav nezrovnalosti.
V súlade s čl. 29 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je členský štát povinný ihneď oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia SR alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie podľa čl. 28 a 30 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, do 15 kalendárnych dní od zistenia takýchto informácií aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti najmä o informácie týkajúce sa:
•	začatia, skončenia alebo prerušenia akéhokoľvek konania na účely uloženia správnych alebo trestných sankcií vo vzťahu k oznámeným nezrovnalostiam, ako aj výsledku takéhoto konania; 
•	podrobností nezrovnalostí s uloženou sankciou, najmä:
•	charakter sankcie (sankcia uložená v správnom alebo súdnom konaní);
•	charakter porušenia právneho predpisu (sankcia uložená z dôvodu porušenia právneho predpisu EÚ alebo z dôvodu porušenia právneho predpisu SR);
•	ustanovenie právneho predpisu, na ktorého základe bola sankcia uložená;
•	či bol preukázaný podvod.
Riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči certifikačnému orgánu a riadiacemu orgánu.
Pre nezrovnalosti, v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené riadiaci orgán vypracuje zoznam prípadov za predchádzajúci rok (príloha 20) v súlade s požiadavkou článku 20 (2d) nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 a predloží certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady.
Vo vzťahu k nefinančným nezrovnalostiam nariadenie EK č. 846/2009 novelizuje čl. 28 ods. 1 písm. n) v znení „v prípade podozrenia z podvodu a ak nebola vykonaná žiadna platba štátneho príspevku osobám alebo subjektom uvedeným v písmene k), sumy, ktoré by boli neoprávnene vyplatené, keby sa nezrovnalosť nezistila“, tzn. členský štát je povinný oznamovať iba prípady zistenia nezrovnalostí vo fáze pred výkonom platby prijímateľovi a súčasne ide o prípady podozrenia z podvodu. Ak ide o podozrenie z podvodu, v nadväznosti na platnú právnu úpravu štátne orgány, vyššie územné celky, obce a iné právnické osoby sú povinné bez meškania oznamovať orgánom činným v trestnom konaní skutočnosti nasvedčujúce tomu, že bol spáchaný trestný čin. Vo všeobecnosti sa pri nefinančných nezrovnalostiach formálne zdokumentujú iba prípady podozrenia z podvodu, systémové nezrovnalosti, nezrovnalosti, ktoré sa týkajú porušenia pravidiel verejného obstarávania, resp. také porušenia právnych predpisov EÚ alebo SR, ktoré môžu mať za následok sankciu vo forme finančnej opravy alebo finančný dosah na viaceré žiadosti o platbu dovtedy vyplatené prijímateľovi v predmetnom projekte.
Ad II. – III. Doručenie čiastkovej správy z vládneho auditu auditovanej osobe, resp. doručenie správy z vládneho auditu auditovanej osobe v prípade, ak neboli nezrovnalosti uvedené v čiastkovej správe z vládneho auditu, vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Orgán auditu, spolupracujúce orgány vo vypracovanej čiastkovej správe z vládneho auditu, resp. správe z vládneho auditu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a doručia čiastkovú správu z vládneho auditu, resp. správu z vládneho auditu auditovanej osobe. Na základe zistenej nezrovnalosti v rámci vykonaného vládneho auditu vypracujú správu o zistenej nezrovnalosti a predložia v písomnej forme riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu.
Výsledné materiály z vládneho auditu – čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu a  podpísané správy o zistenej nezrovnalosti sú predložené auditovanej osobe, orgánu auditu, certifikačnému orgánu, príslušnému riadiacemu orgánu a príslušnej platobnej jednotke najneskôr do 15 kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola doručená správa z vládneho auditu/čiastková správa z vládneho auditu auditovanej osobe. Čiastková správa z vládneho auditu, resp. správa z vládneho auditu je predložená certifikačnému orgánu v elektronickej forme na e-mail CO_spravyVLA@mfsr.sk a  schválené správy o zistenej nezrovnalosti sú predložené certifikačnému orgánu v písomnej verzii.
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia vládneho auditu podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou správy z vládneho auditu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov. Člen audítorskej skupiny oboznámi prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. Na účely preukázania vysporiadania finančných prostriedkov členovia audítorskej skupiny vyžiadajú od prijímateľa, okrem výpisu z bankového účtu, resp. ELÚR-u potvrdzujúcich vysporiadanie finančných prostriedkov aj kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov, ktorú po prijatí od prijímateľa, zašlú spolu so správou o zistenej nezrovnalosti riadiacemu orgánu.
Ad IV. Právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
Územne príslušná správa finančnej kontroly zasiela právoplatné I. stupňové rozhodnutie vydané v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a orgánu auditu. V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov aktualizuje údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v prvostupňovom správnom konaní.
Samostatné oddelenie správneho konania MF SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnej správe finančnej kontroly, ktorá bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia príslušnej správe finančnej kontroly vypracuje a predloží správu o zistenej nezrovnalosti a kópiu právoplatného II. stupňového rozhodnutia certifikačnému orgánu, v kópii riadiacemu orgánu a sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach vrátane finančnej identifikácie a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov príslušná správa finančnej kontroly aktualizuje v určenej lehote údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
Ad V. Vyhotovenie záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
Riadiaci orgán zdokumentuje zistené nezrovnalosti a doručí záznam z administratívnej kontroly, resp. správu z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu. Bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu vypracuje správu o zistenej nezrovnalosti.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá ešte nie je zaradená do súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán zaeviduje nezrovnalosť v ITMS najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu a predloží správu o zistenej nezrovnalosti v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu).
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá je zaradená do súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán zaeviduje nezrovnalosť v ITMS do stavu „Nová“ najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu a predloží správu o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa doručenia oznámenia o schválení a súhrnnej žiadosti o platbu v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu)V prípade zistenia nezrovnalosti na základe administratívnej kontroly v žiadosti o platbu, ktorá už bola schválená v súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán predkladá správu o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa vyhotovenia záznamu z administratívnej kontroly, resp. doručenia správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu, v písomnej forme certifikačnému orgánu, platobnej jednotke a prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu).
V prípade, ak prijímateľ vráti finančné prostriedky do dňa skončenia kontroly podľa § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, prílohou záznamu z administratívnej kontroly, resp. správy z kontroly na mieste kontrolovanému subjektu je, okrem správy o zistenej nezrovnalosti, aj bankový výpis potvrdzujúci vrátenie finančných prostriedkov a oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov. Zamestnanci riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom oboznámia prijímateľa o povinnosti vypracovať a predložiť riadiacemu orgánu/ sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. 
Ad VI. - VIII. Prerokovanie protokolu o výsledku kontroly vykonanej NKÚ SR alebo ÚVO vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonanej kontroly Najvyšším kontrolným úradom SR alebo ÚVO správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti Najvyšším kontrolným úradom SR alebo ÚVO zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ a prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
Ad IX. - X Doručenia správy z auditu Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov alebo správy z vyšetrovania OLAF EK vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti
Riadiace orgány predkladajú správu o výsledku auditu vykonaného Európskym dvorom audítorov, príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie alebo správu z vyšetrovania OLAF EK certifikačnému orgánu.
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie, Európskym dvorom audítorov alebo vykonaného vyšetrovania OLAF EK, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (prijímateľ nie je podozrivý zo spáchania trestného činu) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný zistenú nezrovnalosť zaevidovať v ITMS.
V súvislosti s ďalším riešením nezrovnalosti zistenej na základe vykonaného auditu príslušným generálnym riaditeľstvom Európskej komisie riadiaci orgán uplatňuje postup uvedený v čl. 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a v lehote do dvoch mesiacov od predloženia správy z auditu Európskej komisie zabezpečí predloženie pripomienok členského štátu Európskej komisii, v kópii certifikačnému orgánu a orgánu auditu.
Ak po predložení pripomienok riadiacim orgánom Európska komisia navrhne finančnú opravu, orgán auditu v odôvodnených prípadoch v lehote ďalších dvoch mesiacov podľa čl. 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 zabezpečí vykonanie nezávislého preverenia zistenej nezrovnalosti. V prípade, ak výsledky preverovania orgánu auditu budú v rozpore so zistením Európskej komisie, Slovenská republika využije možnosť podľa odseku 3 čl. 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
Ad XI: Doručenie uznesenia o začatí trestného stíhania vrátane schválenej správy o zistenej nezrovnalosti 
V prípade zistenia nezrovnalosti na základe doručenia právoplatného uznesenia o začatí trestného stíhania riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, správu o zistenej nezrovnalosti vypracuje riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, ktorý ju bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní od zistenia nezrovnalosti zašle certifikačnému orgánu, prijímateľovi (v prípade, ak zistenú nezrovnalosť spôsobil prijímateľ) a platobnej jednotke. Zároveň je riadiaci orgán povinný bezodkladne údaje o zistenej nezrovnalosti zaevidovať v ITMS.
Na základe zhromaždených údajov o zistených nezrovnalostiach certifikačný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne (k 15. máju, k 15. augustu, k 15. novembru a k 15. februáru) ich v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti zasiela orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov Európskej únie a orgánu auditu. Podľa § 26 ods. 12 sa v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 28, 30 a 36 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 v znení nariadenia Komisie (ES)
č. 846/2009.  
O zistených nezrovnalostiach informuje orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF EK v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 1828/2006 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 846/2009. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov Európskej komisii výlučne na jej žiadosť.
4.10.2 Opravy financovania a vrátenie finančných prostriedkov
Opravy financovania v súlade s čl. 98 - 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vykonáva Slovenská republika alebo Európska komisia. Opravy financovania v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými v projektoch alebo operačných programoch pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na operačný program alebo jeho časti. 
a)	Opravy financovania vykonané Slovenskou republikou
Opravy financovania v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými Slovenskou republikou v projektoch alebo operačných programoch pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na operačný program alebo jeho časti. Členský štát vezme do úvahy i povahu a závažnosť nezrovnalostí a finančnú stratu spôsobenú fondu. Zdroje z fondov uvoľnené týmto spôsobom môže členský štát opätovne použiť do 31. decembra 2015 na príslušný operačný program tak, že príspevok nemožno opätovne použiť na projekt alebo projekty, ktoré boli predmetom národnej finančnej opravy, a v prípade, že sa finančná oprava uskutočnila z dôvodu systémovej nezrovnalosti, ani na existujúce operácie v rámci celej prioritnej osi alebo jej časti, kde sa systémová nezrovnalosť vyskytla. V prípade systémovej nezrovnalosti členský štát rozšíri svoje šetrenie na všetky operácie, ktoré by mohli byť nepriaznivo ovplyvnené.

Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ a pomerne všetkých ostatných zdrojov financovania zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti od nasledovnej žiadosti o platbu na Európeku komisiu (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční certifikačný orgán spätným prevodom Európskej komisii. 

Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami vykonáva certifikačný orgán dvoma spôsobmi:
•	stiahnutím príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu okamžite, bez ohľadu nato, kedy je ukončený proces vysporiadania/vymáhania a kedy zodpovedajúce neoprávnené výdavky boli vysporiadané v prospech mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu alebo
•	odpočítaním príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu až po ukončení procesu vysporiadania/vymáhania, tzn. následným odpočítaním po ich pripísaní na príslušný mimorozpočtový účet certifikačného orgánu.
Certifikačný orgán vypracováva a predkladá Komisii na základe čl. 20 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 vždy do 31. marca kalendárneho roka výkaz obsahujúci informácie:
•	sumy odpočítané z výkazov výdavkov predložených v priebehu predchádzajúceho roka následne po celkovom alebo čiastočnom zrušení príspevku na projekt,
•	vrátené sumy, ktoré boli odpočítané z výkazov výdavkov predložených Európskej komisii počas predchádzajúceho roka,
•	výkaz súm, ktoré mali byť vrátené k 31.12. predchádzajúceho roka zoradené podľa rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov,
•	výkaz prípadov za predchádzajúci rok, pri ktorých sumu nie je možné vymôcť, ani nemožno predpokladať, že bude vrátená.
Pri ukončení pomoci projektov finančného inžinierstva ak prijímateľ – holdingový fond nezabezpečil použitie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na účel pomoci definovaný v zmluve o financovaní do 31. 12. 2015 v nadväznosti na požiadavky čl. 78 ods. 6 nariadenia Rady č. 1083/2006, certifikačný orgán vykoná na základe dokumentov predložených riadiacim orgánom opravu výkazu výdavkov zodpovedajúcim spôsobom.
b)	Opravy financovania vykonané Európskou komisiou
Európska komisia môže uskutočniť finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zrušením celého príspevku na operačný program alebo jeho časti, keď po vykonaní potrebného preskúmania príde k záveru, že:
•	došlo k závažným nedostatkom v systéme riadenia a kontroly programu, ktoré ohrozili príspevok EÚ už vyplatený v prospech programu;
•	výdavky v certifikovanom výkaze výdavkov sú neregulárne a členský štát ich pred začatím nápravného konania podľa čl. 99 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 neopravil;
•	členský štát si pred začatím opravného konania podľa čl. 99 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 nesplnil svoje povinnosti podľa článku 98 citovaného nariadenia.
V prípade, ak Európska komisia zistí individuálne alebo systémové nezrovnalosti a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre SR čistú stratu príspevku zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v písm. a) certifikačný orgán neodpočíta predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov vo výške porušenia finančnej disciplíny a zodpovedajúcej sume podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Extrapolácia sa používa v rámci homogénnej skupiny projektov zdieľajúcich podobné charakteristiky ako výsledok dôkladného preskúmania reprezentatívnej náhodne vybranej vzorky projektov. Percentuálna paušálna sadzba sa používa, pokiaľ sa vyskytli systémové nezrovnalosti rôznej povahy/typu s rozptýleným účinkom, najmä závažné nedostatky v kľúčových alebo pomocných prvkoch systému riadenia a kontroly požadované ustanoveniami nariadení EÚ.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán SR o začatí alebo pokračovaní súdneho/správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym/správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne/správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.
V dôsledku finančnej opravy vykonanej Slovenskou republikou alebo Európskou komisiou MF SR rozhodne o viazaní rozpočtových prostriedkov v rozpočte kapitoly, ktorú tvorí rozpočet ministerstva ako subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil alebo ktorý pôvodne poskytol finančné prostriedky dlžníkovi v rámci implementácie operačného programu. Viazanie rozpočtových prostriedkov vykoná MF SR rozpočtovým opatrením v súlade s § 18 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
c)	Vysporiadanie finančných vzťahov za individuálne nezrovnalosti na národnej úrovni
Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva v súlade so zákonom č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, ak sa nevykoná vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti podľa § 28 cit. zákona prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov. Riadiaci orgán môže uzavrieť s prijímateľom dohodu o splátkach podľa postupov a za splnenia podmienok ustanovených v § 28a cit. zákona. Osobitný režim pre riadiaci orgán je stanovený v § 27a citovaného zákona pri zistení porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania. 
Ak ide o porušenie finančnej disciplíny, odvod, penále a pokutu za porušenie finančnej disciplíny pri nakladaní s finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu a s finančnými prostriedkami EÚ ukladá a vymáha územne príslušná správa finančnej kontroly, prípadne MF SR v súlade s § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Subjekt, ktorý porušil finančnú disciplínu, je povinný vrátiť finančné prostriedky EÚ a finančné prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Postup pre vrátenie finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je upravený schémou a popisom schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v prílohe 16a a 16b.
Pre finančné prostriedky s označením kódu zdroja pro-rata sa uplatní postup pre vrátenie finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie primerane.
4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci EÚ
V prípade, ak v rámci projektu financovaného z pomoci Európskej únie bola zistená nezrovnalosť a certifikačný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ podľa čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, certifikačný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov prijímateľom. Certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom rozhodne, že projekt bude vylúčený zo spolufinancovania štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly. V rámci procesu riadenia finančnej alokácie pre príslušný operačný program riadiaci orgán musí v rámci ďalších postupov zohľadniť, že daný projekt nebude financovaný zo zdrojov EÚ napriek skutočnosti, že bola uzatvorená zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s prijímateľom. 
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutej zálohovej platby alebo poskytnutého predfinancovania na účet prijímateľa), riadiaci orgán po posúdení vylúči projekt z financovania pomoci EÚ a po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Zároveň riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu/technickej súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj ŠR. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na Európsku komisiu, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky certifikačný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj ŠR. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly.
4.11 Účtovníctvo
Podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 ustanovujúceho všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde je potrebné, aby subjekty zabezpečujúce riadenie a implementáciu projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, viedli samostatný účtovný systém alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa projektov pri dodržaní požiadaviek národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je certifikačný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia a implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v súlade s čl. 14 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 21 kalendárnych dní po prijatí žiadosti, resp. stanovenom Európskou komisiou. 
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektmi, ktoré účtujú o poskytovaní a použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, sú certifikačný orgán a platobné jednotky.
Certifikačný orgán a platobné jednotky postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie transakcií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou.
Vedenie účtovníctva certifikačného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom ISUF, ktorý je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom jednotlivých modulov.
Spracovanie účtovných záznamov a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä informácií z účtovníctva a údajov potrebných na účely hodnotenia plnenia rozpočtu verejnej správy podľa § 2b, ods. 2 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) súvisiacich s poskytovaním prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje ISUF a je špecifikované v dokumentácii jeho používateľov.
Každá úroveň programovej štruktúry (program, prioritná os, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedky EÚ, prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a vlastné zdroje prijímateľa. ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, ITMS a Informačný systém Štátnej pokladnice.
Certifikačný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky – ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky transakcie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve certifikačného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov z rozpočtu EÚ na mimorozpočtových účtoch pre príslušné operačné programy certifikačného orgánu na základe zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky.
4.11.1 Účtovníctvo prijímateľa a partnera
Prijímateľ a partner postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 30 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou SR (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a nariadeniami EÚ sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa programového rozpočtovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Certifikačný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu Európskej komisii.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Certifikačný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie a Európskeho dvoru audítorov, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každý operačný program za obdobie 3 rokov nasledujúcich po ukončení operačného programu. V podmienkach SR sa doba archivácie dokumentov stanovuje pre všetky projekty/operácie do 31. 08. 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností.
Certifikačný orgán a platobná jednotka uchováva účtovníctvo a účtovnú dokumentáciu v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
V súlade s čl. 19 nariadenia Komisie (ES) č.1828/2006 platí, že dokumenty musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:
-	fotokópie originálnych dokumentov;
-	mikrofiše originálnych dokumentov;
-	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk);
-	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.
Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu a kontroly. V prípade, ak existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade so záväznými právnymi predpismi SR a sú dôveryhodné pre účely auditu a kontroly.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vyhotovuje príslušný doklad v dvoch rovnopisoch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu.
Prijímateľ zabezpečí, aby dodávateľ/zhotoviteľ vyhotovoval účtovné doklady minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden uchováva prijímateľ a ďalší riadiaci orgán. V prípade, ak má prijímateľ k dispozícii len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva prijímateľ a kópiu11 originálu účtovného dokladu overeného pečiatkou12 a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa uchováva riadiaci orgán.
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
Podľa požiadaviek nariadení EÚ a stanovených národných pravidiel SR platia pre programové obdobie 2007 – 2013 vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu tieto základné východiská:
•	finančný plán príslušného operačného programu je uvedený v EUR; 
•	finančný plán programového manuálu je uvedený v EUR;
•	rozhodnutia Európskej komisie k jednotlivým operačným programom, ročné rozpočtové záväzky a platby z Európskej komisie sú vyjadrené a realizované v EUR;
•	žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie sa predkladajú Európskej komisii v EUR;
•	výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o priebežnú a záverečnú platbu z Európskej komisie musí byť vypracovaný v EUR;
•	sumy vyjadrené vo výročnej alebo záverečnej správe o vykonávaní programu musia byť vyjadrené v EUR;
•	zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku sa uzatvárajú v EUR;
•	platby prijímateľovi sa realizujú v EUR;
•	platby vedúcemu partnerovi/partnerovi v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR sa realizujú v EUR;
•	prijímateľ môže uhrádzať výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané v EUR.
Výdavky predložené certifikačnému orgánu v súhrnných žiadostiach o platbu do 31. 12. 2008 sú Európskej komisií deklarované v zmysle čl. 81 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 mesačným kurzom Európskej komisie platnom v mesiaci, v ktorom certifikačný orgán zaznamenal výdavok v účtovníctve, resp. v ktorom boli finančné prostriedky zodpovedajúceho výdavku schválené v súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom. Tento kurz (SKK/EUR) za obdobie do 31. 12. 2008 Európska komisia elektronicky zverejňovala každý mesiac.
Od 01. 01. 2009 v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely iba na úrovni prijímateľa.
Používanie mien pri prevode prostriedkov z účtu prijímateľa
V prípade, ak prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom/zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v EUR, resp. na ich úhradu môže použiť prostriedky poskytnuté zálohovou platbou, predfinancovaním. Prípadné rozdiely z dôvodu použitia rôznych mien znáša prijímateľ. Prijímateľ je povinný nezúčtovaný rozdiel poskytnutého predfinancovania vrátiť platobnej jednotke v súlade s kapitolou 4.5.6 tohto materiálu.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v EUR na účet dodávateľa/zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu prijímateľa, tzn. V deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundáciu, zúčtovanie zálohovej platby, poskytnutie predfinancovania, zúčtovanie predfinancovania);
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa/zhotoviteľa v rovnakej cudzej mene použije referenčný výmenný kurz určený a vyhlásený Európskou centrálnou bankou v deň predchádzajúci dňu uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi/zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundáciu, zúčtovanie zálohovej platby, poskytnutie predfinancovania, zúčtovanie predfinancovania).
5 Monitorovanie a elektronická výmena informácií
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je vybudovanie ITMS, ktorý má slúžiť na evidenciu, spracovanie, export a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení a výkone vládnych auditov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt (riadiaci orgán, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, platobná jednotka, certifikačný orgán, orgán auditu a spolupracujúci orgán) zúčastňujúci sa riadenia a implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je povinný na svojej úrovni zabezpečiť v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci EÚ, údajov týkajúcich sa poskytovania prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom a údajov týkajúcich sa vrátenia a spätného vymáhania finančných prostriedkov.
ITMS zahŕňa procesy programovania, projektového riadenia, finančného riadenia, vládneho auditu a spĺňa nasledovné požiadavky:
•	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom ISUF;
•	súlad jednotlivých modulov so záväznými právnymi predpismi EÚ a SR (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006 a zákon č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v znení neskorších predpisov a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov);
•	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
•	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
•	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa ITMS je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno – technologickej infraštruktúry.

6 Zoznam príloh
Príloha 1:	Štruktúra kódov pre nezrovnalosti (kódy OLAF EK) a finančné vysporiadanie	
Príloha 2:	Správa o zistenej nezrovnalosti	
Prílohy 3a – 3b:	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu	
Prílohy 3c – 3d:	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR	
Príloha 4:	Finančné toky prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu	
Príloha 5:	Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu	
Príloha 6:	Finančné toky prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pri vrátení neoprávnene použitých prostriedkov Európskej komisii	
Príloha 7a – 7c:	Záznam z administratívnej kontroly	
Prílohy 8a – 8b:	Súhrnná žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu súhrnnej žiadosti o platbu	
Prílohy 8c:	Technická súhrnná žiadosť o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR	
Príloha 9a – 9b:	Čiastkový výkaz výdavkov k súhrnnej žiadosti o platbu platobnej jednotky a čiastkový výkaz výdavkov k technickej súhrnnej žiadosti o platbu riadiaceho orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 	
Prílohy 10a – 10m:	Tabuľky k odhadom očakávaných výdavkov	
Prílohy 11a -11c:	Zoznam vykonaných platieb platobnou jednotkou 	
Prílohy 12a - 12g:	Všeobecný audit trail pre finančné riadenie	
Príloha 13:	Prehľad realizovaných platieb platobnou jednotkou	
Príloha 14a – 14d:	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov	
Príloha 15a – 15d:	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a Pokyny k vyplneniu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov	
Príloha 16a - 16b:	Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu	
Príloha 17:	Sledovanie poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa	
Príloha 18:	Analýza poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie roku „n“	
Príloha 19:	Štruktúra väzieb v rámci holdingového fondu	
Príloha 20:	Formulár pre zoznam nevymožiteľných pohľadávok