Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013

Obsah	strana
1 Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky
2 Základné definície a pojmy
3 Subjekty a ich zodpovednosť
3.1 Centrálny koordinačný orgán
3.2 Riadiace orgány
3.3 Certifikačný orgán
3.4 Platobné jednotky
3.5 Monitorovacie výbory
3.6 Orgán auditu
3.7 Orgány vydávajúce rozhodnutia v správnom konaní
3.7.1 Úrad vládneho auditu
3.7.2 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
3.8 Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
4 Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 Pomoc zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
4.4 Záväzky a platby z EÚ
4.4.1 Záväzky
4.4.2 Platby z Európskej komisie
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
4.5.3 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – prijímateľ
4.5.4 Platby vo vzťahu platobná jednotka - prijímateľ
4.5.5 Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ / zhotoviteľ
4.5.6 Vysporiadanie finančných vzťahov
4.6 Odhad očakávaných výdavkov
4.7 Systém účtov
4.8 Systém informačných a finančných tokov na národnej úrovni
4.8.1 Systém predfinancovania
4.8.2 Systém zálohových platieb
4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
4.8.4 Systém refundácie
4.8.5 Systém refundácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013
4.8.6 Systém prevodu tranže prijímateľovi – v rámci implementácie nástrojov finančného inžinierstva
4.8.7 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
4.8.8 Prechod a prevod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt
4.9 Systém certifikácie
4.10 Nezrovnalosti a finančné opravy
4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
4.10.2 Finančné opravy a vrátenie finančných prostriedkov
4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci EÚ
4.11 Účtovníctvo
4.11.1 Účtovníctvo prijímateľa a partnera
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
5 Monitorovanie a elektronická výmena informácií
6 Zoznam príloh
7 Zoznam odkazov

1 Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky
Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 je vypracovaný v súlade s právnymi predpismi Európskej únie (ďalej aj „ES“ alebo „EÚ“) a Slovenskej republiky (ďalej aj „SR“) a inými dokumentmi, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Zmluva o Európskej únii a Zmluva o fungovaní Európskej únie
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4. októbra 1993. Dohoda nadobudla platnosť 1. februára 1995. Všeobecnú záväznosť nadobudla uverejnením v Zbierke zákonov SR 10. júna 1997 vo forme Oznámenia MZV SR č. 158/1997 Z. z.
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na ktorého základe budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, podpísaná dňa 10. mája 1994
•	Zmluva o pristúpení k Európskej únii podpísaná dňa 16. apríla 2003
b)	Základné právne predpisy EÚ
Všeobecné nariadenia
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde, a ktorým sa zrušuje nariadenie Rady (ES) č. 1260/1999 v znení neskorších predpisov (ďalej len „nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006“) v platnom znení
•	Nariadenie Komisie č. (ES) 1828/2006, ktorým sa stanovujú vykonávacie pravidlá nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorým sa ustanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde a Kohéznom fonde a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja v znení neskorších predpisov v znení neskorších zmien a doplnení (ďalej len „nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006“) v platnom znení
Nariadenia upravujúce rozpočet EÚ
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 v platnom znení
•	Delegované nariadenie Komisie (EÚ) č. 1268/2012 o pravidlách uplatňovania nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie
Nariadenia upravujúce systémy riadenia a kontroly
•	Nariadenie Rady (ES) č. 2185/1996 o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou s cieľom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
Nariadenia upravujúce fondy 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Európskom fonde regionálneho rozvoja, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1783/1999 v platnom znení
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 o Európskom sociálnom fonde, ktorým sa zrušuje nariadenie č. 1784/1999 v platnom znení
•	Nariadenie Rady (ES) č. 1084/2006, ktorým sa zriaďuje Kohézny fond a zrušuje nariadenie č. 1164/1994
Rozhodnutia Európskej komisie
•	Rozhodnutie Európskej komisie č. C(2011) 7321 z 19. októbra 2011 o schválení usmernení k princípom, kritériám a indikatívnym škálam v súvislosti s finančnými opravami uplatňovanými Európskou komisiou podľa čl. 99 a 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 
•	Rozhodnutie Európskej komisie č. C(2013) 9527 z 19. decembra 2013 o určení finančných opráv, ktoré má Komisia uplatňovať na výdavky financované Úniou v rámci zdieľaného hospodárenia pri nedodržaní pravidiel verejného obstarávania 
•	Rozhodnutie Komisie č. C(2015) 2771 z 30. apríla 2015, ktorým sa mení rozhodnutie Komisie č. C(2013) 1573 o schválení usmernení k ukončeniu operačných programov prijatých na účely využívania pomoci z Európskeho fondu regionálneho rozvoja, Európskeho sociálneho fondu a Kohézneho fondu (2007 – 2013)
c)	Základné všeobecne záväzné právne predpisy SR
•	Zákon č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 40/1964 Zb. Občiansky zákonník v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 150/2013 Z. z. o Štátnom fonde rozvoja bývania v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 513/1991 Zb. Obchodný zákonník v znení neskorších predpisov
Rozpočtové pravidlá
•	Zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 583/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách územnej samosprávy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Finančná kontrola a vnútorný audit
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov 
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 10/1996 Z. z. o kontrole v štátnej správe v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 357/2015 o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov
Verejné obstarávanie
•	Zákon č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 343/2015 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov
Účtovníctvo
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 374/2014 Z. z. o pohľadávkach štátu a o zmene a doplnení niektorých zákonov
Štátna pokladnica
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
Ďalšie súvisiace predpisy
•	Zákon č. 122/2013 Z. z. o ochrane osobných údajov a o zmene a doplnení niektorých zákonov
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 539/2008 o podpore regionálneho rozvoja a ktorým sa ruší zákon č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja v znení zákona č. 351/2004 Z. z.
•	Zákon č. 416/2004 Z. z. o Úradnom vestníku Európskej únie v znení zákona č. 606/2004 Z. z.
•	Zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 305/2013 Z. z. o elektronickej podobe výkonu pôsobnosti orgánov verejnej moci a o zmene a doplnení niektorých zákonov (zákon o e–Governmente)
•	Zákon č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 90/2008 Z. z. o európskom zoskupení územnej spolupráce a o doplnení zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení neskorších predpisov
•	
2 Základné definície a pojmy
Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa rozumie:
1.	Administratívne overenie – pre účely tohto materiálu sa administratívnym overením rozumie overenie súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Administratívne overenie zahrňuje:
•	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu,
•	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch a overenie iných skutočností potrebných pre schválenie súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu.
2.	Audit trail – podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na všetkých úrovniach zahrňujúci tok informácií, dokumentov, finančných prostriedkov a kontrolu.
3.	Centrálny elektronický databázový informačný systém (ďalej len „CEDIS“) – informačný systém orgánu auditu, ktorý slúži na evidenciu plánov, monitorovanie a reporting výsledkov z vládnych auditov prostriedkov Európskej únie a prostriedkov ostatných nástrojov finančnej pomoci zo zahraničia poskytovaných Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv a dohôd.
4.	Centrálny koordinačný orgán – ústredný orgán štátnej správy určený v Národnom strategickom referenčnom rámci zodpovedný za efektívnu a účinnú koordináciu riadenia pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v rámci Národného strategického referenčného rámca Slovenskej republiky pre ciele Konvergencia a Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť v programovom období 2007 – 2013. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy centrálneho koordinačného orgánu Úrad vlády SR.
5.	Certifikácia – potvrdenie správnosti, oprávnenosti a zákonnosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
6.	Certifikačný orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt menovaný členským štátom za účelom certifikácie výkazov výdavkov a žiadostí o platbu predtým, ako sa zašlú Európskej komisii. Zákon č. 528/2008 Z. z o pomoci a podpore poskytovanej z fondov EÚ v znení neskorších predpisov stanovuje, že v podmienkach Slovenskej republiky certifikačný orgán rovnako plní úlohu orgánu zodpovedného za koordináciu a usmerňovanie subjektov zapojených do systému finančného riadenia, vypracovanie žiadostí o platbu, príjem platieb z Európskej komisie, ako aj realizáciu platieb. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.
7.	Cieľ Konvergencia (ďalej len „cieľ 1“) – cieľ EÚ umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za roky 2000 – 2002 je menšia ako 75 % priemeru EÚ 25.
8.	Cieľ Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť (ďalej len „cieľ 2“) – cieľ EÚ umožňujúci podporu regiónov z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny s výnimkou najmenej rozvinutých regiónov (regiónov cieľa 1).
9.	Cieľ Európska územná spolupráca (ďalej len „cieľ 3“) – cieľ EÚ umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja zameranú na cezhraničnú, nadnárodnú a medziregionálnu spoluprácu.
10.	Čiastkový výkaz výdavkov – dokument obsahujúci súhrn výdavkov uskutočnených v priebehu stanoveného obdobia (okrem výdavkov zahrnutých v predchádzajúcich čiastkových výkazoch výdavkov) za príslušný operačný program podľa jednotlivých zdrojov, na ktorého základe sa preplácajú zdroje Európskej únie. Čiastkový výkaz výdavkov je vypracovaný platobnou jednotkou a tvorí prílohu k súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci implementácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 je čiastkový výkaz výdavkov vypracovaný riadiacim orgánom a tvorí prílohu k technickej súhrnnej žiadosti o platbu.
11.	Európsky fond regionálneho rozvoja – jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie a územnej spolupráce.
12.	Európska investičná banka (ďalej len „EIB“) – medzinárodná finančná a úverová inštitúcia poskytujúca úvery určené na spolufinancovanie projektov, resp. programových dokumentov.
13.	Európsky investičný fond – špecializovaná finančná inštitúcia, ktorá poskytuje rizikový kapitál malým a stredným podnikom. V rámci implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike podpisuje zmluvu o financovaní s riadiacim orgánom a vystupuje v pozícii manažéra holdingového fondu. Povinnosti manažéra holdingového fondu po 1. januári 2016 preberá na základe zmluvy o prechode obchodného podielu Slovenská záručná a rozvojová banka Asset Management, a. s. Na účely tohto materiálu sa ustanovenia vzťahujúce sa na Európsky investičný fond použijú primerane aj na Slovenskú záručnú a rozvojovú banku Asset Management, a. s.  
14.	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) – jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ napomáhajúci dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
15.	Európsky úrad pre boj proti podvodom (European Anti-Fraud Office, ďalej len „OLAF EK“) – inštitúcia Európskej komisie, ktorej hlavným poslaním je ochrana finančných záujmov Európskej únie, boj proti podvodom, korupcii a akýmkoľvek iným nezákonným aktivitám.
16.	Finančné inžinierstvo – aktivity definované čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorými sa môže prispievať predovšetkým na podporu malých a stredných podnikateľov, ako sú napr. fondy rizikového kapitálu, záručné fondy a pôžičkové fondy, a na fondy mestského rozvoja, ako sú napr. investície do verejno-súkromných partnerstiev a iných projektov vrátane integrovaného plánu pre udržateľný mestský rozvoj. V podmienkach Slovenskej republiky sa aktivity finančného inžinierstva realizujú v rámci iniciatívy JEREMIE v súlade s materiálom Návrh na výber alternatívy implementácie holdingového fondu na základe rozpracovaných alternatív implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike v programovom období 2007 – 2013, návrh implementačných dokumentov k iniciatíve JEREMIE, prevod správy Slovenského záručného a rozvojového fondu, s.r.o na Slovenskú záručnú a rozvojovú banku Asset Management, a. s.  (schválený uznesením vlády SR č. 736 zo dňa 18. decembra 2013) a v rámci JESSICA v súlade s materiálom Návrh implementačného mechanizmu pilotného prístupu podpory infraštruktúry bývania zo štrukturálnych fondov Európskej únie.
17.	Finančný sprostredkovateľ – orgán, organizácia, právnická osoba z verejného alebo súkromného sektora, ktorá implementuje nástroje finančného inžinierstva, v rámci ktorej uzatvára investičné zmluvy s malými a strednými podnikateľmi.
18.	Finančný záväzok – právny záväzok na poskytnutie finančných prostriedkov za predpokladu, že sú splnené určité podmienky. Je určený na čerpanie počas viacerých finančných rokov. 
19.	Globálny grant – časť operačného programu, implementácia a riadenie ktorého je delegované riadiacim orgánom na sprostredkovateľa globálneho grantu, ktorým môže byť miestny orgán, orgán regionálneho rozvoja alebo mimovládna organizácia. Takéto delegovanie sa nedotýka finančnej zodpovednosti riadiaceho orgánu.
20.	Holdingový fond – znamená samostatný blok aktív a práv vytvorený v rámci SPV (Special Purpose Vehicle) z prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vložených do základného imania SPV, ktorý má v mene SPV spravovať a / alebo investovať Európsky investičný fond / Slovenská záručná a rozvojová banka Asset Management, a. s. Na zabezpečenie splnenia cieľov iniciatívy JEREMIE sa Európsky investičný fond / Slovenská záručná a rozvojová banka Asset Management, a. s. vo svojej pôsobnosti spoločníka SPV zaväzuje vykonávať v mene SPV činnosti v súlade s podmienkami operačných programov Konkurencieschopnosť a hospodársky rast, Bratislavský kraj a Výskum a vývoj. V podmienkach Slovenskej republiky je holdingový fond prijímateľom zabezpečujúcim implementáciu aktivít finančného inžinierstva.
21.	Informačný systém účtovníctva fondov (ďalej len „ISUF“) – samostatný účtovný systém subjektov zapojených do finančného riadenia a implementácie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu (certifikačný orgán a platobná jednotka) pre účtovanie transakcií týkajúcich sa projektov pri dodržaní jednotného postupu účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúcich požiadavkám Európskej komisie a požiadavkám národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Prostredníctvom ISUF je zabezpečovaný aj výkon platieb certifikačného orgánu a platobných jednotiek.
22.	Iniciatíva Joint European REsources for MIcro to medium Enterprises (ďalej len „JEREMIE“) – nástroj Európskej komisie, ktorý slúži na vyplácanie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na podporu malých a stredných podnikov prostredníctvom fondov rizikového kapitálu, záručných a pôžičkových fondov.
23.	Iniciatíva Joint European Support for Sustainable Investment in City Areas (ďalej len „JESSICA“) – nástroj Európskej komisie, ktorý slúži na vyplácanie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na podporu rozvoja a obnovy mestských oblastí prostredníctvom nástrojov finančného inžinierstva. V podmienkach SR sa implementácia iniciatívy JESSICA realizuje prostredníctvom zriadeného osobitného finančného bloku na účel energetickej efektívnosti v rámci Štátneho fondu rozvoja bývania.
24.	Investičná zmluva – zmluva uzatvorená medzi finančným sprostredkovateľom a malým, resp. stredným podnikom za účelom splnenia investičnej stratégie holdingového fondu. Investičná zmluva vychádza z podmienok definovaných v operačnej zmluve, zmluve o financovaní a rámcovej zmluve.
25.	IT monitorovací systém (ďalej len „ITMS“) – informačný systém spravovaný a vyvíjaný centrálnym koordinačným orgánom v spolupráci s riadiacimi orgánmi, certifikačným orgánom a orgánom auditu, ktorý zabezpečuje evidenciu údajov o NSRR, všetkých operačných programoch, projektoch, kontrolách a auditoch za účelom efektívneho a transparentného monitorovania všetkých procesov spojených s implementáciou štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. Zabezpečuje komunikáciu s databázou SFC2007 Európskej komisie, monitorovacími systémami okolitých členských krajín, ako aj žiadateľmi a prijímateľmi. Poskytuje prepojenia s ISUF.
26.	Kohézny fond – finančný nástroj EÚ určený pre členské krajiny, ktorých hodnota HND na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov EÚ v priemere za roky 2001 – 2003 je menšia ako 90 % priemeru EÚ-25. V podmienkach Slovenskej republiky podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
27.	Konečný užívateľ – orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej prijímateľ realizujúci národný projekt, poskytuje finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe podmienok určených zmluvou v rámci ESF.
28.	Lehota – ak nie je v tomto dokumente uvedené inak, za dni sa považujú kalendárne dni. Do plynutia lehoty sa nezapočítava deň, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Lehoty určené podľa týždňov, mesiacov alebo rokov sa končia uplynutím toho dňa, ktorý sa svojím označením zhoduje s dňom, keď došlo k skutočnosti určujúcej začiatok lehoty. Ak taký deň v mesiaci nie je, lehota sa končí posledným dňom mesiaca. Lehota je zachovaná, ak sa posledný deň lehoty podanie podá na príslušný orgán, alebo ak sa podanie odovzdá na poštovú prepravu, ak nie je v tomto dokumente uvedené inak. V prípade, ak je koniec lehoty stanovený na konkrétny deň a ten pripadne na deň pracovného voľna alebo štátneho sviatku, za koniec lehoty sa považuje najbližší pracovný deň, ktorý nasleduje po dni pracovného voľna alebo štátneho sviatku.
29.	Memorandum o porozumení pre operačné programy cieľa 3 – medzinárodná zmluva podpísaná medzi Slovenskou republikou a partnerským štátom pre jednotlivé operačné programy cieľa 3 zamerané na cezhraničnú spoluprácu, ktorá podrobne stanovuje úlohy, právomoci a zodpovednosti jednotlivých orgánov zapojených do riadenia a implementácie spoločného programu. 
30.	Miera finančnej medzery – podiel diskontovaných nákladov počiatočnej investície, ktorý nie je pokrytý diskontovaným čistým výnosom projektu. V súlade s čl. 55 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 oprávnené výdavky projektu nemôžu prekročiť súčasnú hodnotu investičných nákladov očistenú o súčasnú hodnotu čistého výnosu z investície počas osobitného referenčného obdobia zodpovedajúceho príslušnej kategórii investície. V prípade projektov generujúcich príjmy finančná medzera predstavuje hodnotu celkových oprávnených výdavkov, na ktorú sa uplatňuje miera financovania stanovená Stratégiou financovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 v súlade s finančným plánom operačného programu.
31.	Monitorovací výbor pre operačný program – orgán zriadený riadiacim orgánom pre operačný program po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe a za schvaľovanie zmien v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Na zasadnutí monitorovacieho výboru sa zúčastňuje aj zástupca Európskej komisie v pozícii poradcu. Zasadnutí výboru sa v pozícii poradcu môže zúčastniť aj zástupca EIB a EIF v prípade, ak tieto inštitúcie prispievajú na operačný program. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
32.	Národný monitorovací výbor – orgán zriadený centrálnym koordinačným orgánom po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených NSRR, schvaľovanie zmien v NSRR spadajúcich do jeho právomoci vrátane presunov finančných prostriedkov medzi operačnými programami cieľa 1 resp. cieľa 2. Je zložený zo zástupcov jednotlivých riadiacich orgánov, certifikačného orgánu a ostatných zainteresovaných subjektov. Výboru predsedá zástupca centrálneho koordinačného orgánu.
33.	Národný projekt – individuálny projekt investičného alebo neinvestičného charakteru, ktorý realizuje vopred určený subjekt vzhľadom na jeho jedinečné postavenie a funkcie (napr. osoba podľa osobitného predpisu alebo osoba určená štatutárnym orgánom riadiaceho orgánu). Národný projekt je založený na realizácii aktivít a činností, ktoré vychádzajú z jasne stanovených regionálnych alebo národných politík, alebo ktoré tieto politiky dopĺňajú. Národný projekt je viazaný na stratégiu definovanú v rámci príslušného operačného programu a realizovaný najmä s dôrazom na odstraňovanie regionálnych rozdielov, pričom rešpektuje územné a odvetvové aspekty rozvoja daného územia. 
34.	Národný strategický referenčný rámec – programový dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom na ciele uvedené v nariadení Rady (ES) č. 1083/2006 a priority pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov. Tvorí referenčný nástroj na prípravu programovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre ciele 1 a 2, prípadne aj pre cieľ 3, ak sa tak členský štát rozhodne. V podmienkach Slovenskej republiky sa NSRR vzťahuje na cieľ 1 a 2.
35.	Nezrovnalosť – akékoľvek porušenie legislatívy Európskej únie vyplývajúce z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by mohlo byť poškodenie všeobecného rozpočtu Európskej únie alebo rozpočtov nimi spravovaných, a to buď znížením alebo stratou výnosov plynúcich z vlastných zdrojov vyberaných v mene Európskej únie alebo započítaním neoprávnenej výdavkovej položky do rozpočtu Európskej únie.
36.	Opatrenie – prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov realizovaná prioritná os operačného programu, tvorený skupinami tematicky príbuzných aktivít, a ktorý umožňuje financovanie projektov. V prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 je opatrenie nahradené oblasťou podpory.
37.	Operácia – projekt alebo súbor projektov vybraných riadiacim orgánom príslušného operačného programu, alebo na jeho zodpovednosť podľa kritérií ustanovených monitorovacím výborom, ktorého vykonávanie jedným alebo viacerými prijímateľmi umožňuje dosiahnutie cieľov prioritnej osi, na ktoré sa vzťahuje.
38.	Operačná zmluva – zmluva uzatvorená medzi EIF v mene SPV a finančným sprostredkovateľom pre jednotlivé nástroje finančného inžinierstva. Operačná zmluva vychádza z podmienok definovaných v zmluve o financovaní a rámcovej zmluve.
39.	Operačný program – dokument vypracovaný členským štátom a schválený Európskou komisiou, ktorý určuje stratégiu rozvoja pomocou jednotného súboru priorít, ktorá sa má realizovať s pomocou štrukturálnych fondov, alebo v prípade cieľa 1 z Kohézneho fondu a ERDF.
40.	Oprávnené výdavky – výdavky, ktoré boli skutočne vynaložené počas obdobia stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v zmluve o poskytnutí finančného príspevku alebo v zmluve o financovaní alebo v rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok vo forme nákladov alebo výdavkov prijímateľa, v relevantných prípadoch partnera, a ktoré boli vynaložené na operácie vybrané na podporu v rámci operačných programov v súlade s kritériami výberu a obmedzeniami stanovenými nariadením Rady (ES) č. 1083/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006, nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1081/2006 a nariadením Rady (ES) č. 1084/2006 pri zohľadnení zjednodušeného vykazovania výdavkov v zmysle nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 396/2009 a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 397/2009. V podmienkach Slovenskej republiky za stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov zodpovedá centrálny koordinačný orgán.
41.	Orgán auditu – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo subjekt funkčne nezávislý od riadiaceho a certifikačného orgánu, určený členským štátom pre každý operačný program a zodpovedný za overenie riadneho fungovania systému riadenia a kontroly. V podmienkach Slovenskej republiky plní úlohy orgánu auditu Ministerstvo financií SR.
42.	Osobitný finančný blok – administratívna jednotka finančnej inštitúcie, ktorá podlieha špecifickým vykonávacím pravidlám v rámci finančnej inštitúcie, ktorými sa ustanovuje najmä to, že sa vedú osobitné účty na odlíšenie nových zdrojov investovaných do nástroja finančného inžinierstva, vrátane odlíšenia zdrojov z príspevku príslušných operačných programov od zdrojov, ktoré mala inštitúcia pôvodne k dispozícii. V Slovenskej republike je osobitný finančný blok zriadený v rámci Štátneho fondu rozvoja bývania pre účely implementácie iniciatívy JESSICA v súlade s podmienkami operačného programu Bratislavský kraj, Regionálneho operačného programu a Operačného programu Konkurencieschopnosť a hospodársky rast, v súlade so zmluvou o financovaní a príslušnou investičnou stratégiou.
43.	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov – doklad, ktorý pozostáva z formulára oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov a príloh, na ktorého základe prijímateľ potvrdzuje vrátenie finančných prostriedkov v príslušnom pomere na stanovené účty.
44.	Partner projektu – subjekt, ktorý sa podieľa na realizácii projektu predovšetkým v rámci cieľa 3 vykonávajúci operácie na základe dohody o spolupráci s vedúcim partnerom projektu a ostatnými partnermi projektu.
45.	Platobná jednotka – organizačná zložka ústredného orgánu štátnej správy alebo iná právnická osoba zodpovedná za prevod prostriedkov zo štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly formulára žiadosti o platbu prijímateľa a záznamu z administratívnej kontroly. Platobnú jednotku určuje vláda SR v súlade s osobitným predpisom. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje platobná jednotka v mene príslušného ministerstva ako vnútorná organizačná jednotka klienta Štátnej pokladnice.
46.	Pomoc "de minimis" – pomoc poskytnutá akémukoľvek podniku, ktorá neprekročí súhrnne v prepočte 200 000 EUR v priebehu akéhokoľvek obdobia troch fiškálnych rokov a jej poskytnutie je v súlade s právnym predpisom EÚ o poskytnutí pomoci "de minimis". Celková pomoc "de minimis" poskytnutá akémukoľvek podniku pôsobiacemu v sektore cestnej dopravy nesmie prekročiť 100 000 EUR v priebehu troch fiškálnych rokov. Výška pomoci "de minimis" pre podniky poskytujúce služby všeobecného hospodárskeho záujmu nesmie prekročiť 500 000 EUR za akékoľvek obdobie troch fiškálnych rokov.
47.	Poskytnutie zálohovej platby prijímateľovi – poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi formou zálohovej platby pre projekty financované z ESF, resp. prijímateľovi - štátnej rozpočtovej organizácii pre projekty financované z ESF, ERDF a Kohézneho fondu do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu po nadobudnutí účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a začatí realizácie projektu. Za poskytnutú zálohovú platbu sa považuje suma finančných prostriedkov poskytnutá prijímateľovi na základe jeho žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) v zmysle časti 4.8.2 a časti 4.8.3 tohto dokumentu.
48.	Poskytnutie predfinancovania prijímateľovi – poskytnutie finančných prostriedkov z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroj EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi pri projektoch financovaných z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Kohézneho fondu z výdavkov štátneho rozpočtu za zdroje Európskeho fondu regionálneho rozvoja, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, resp. prijímateľovi - štátnej rozpočtovej organizácii pre projekty financované z Európskeho sociálneho fondu, Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Kohézneho fondu za zdroje Európskeho sociálneho fondu, Európskeho fondu regionálneho rozvoja, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na uhrádzanie záväzkov voči dodávateľovi / zhotoviteľovi na základe predloženia neuhradených účtovných dokladov vystavených dodávateľom / zhotoviteľom, ktoré prijímateľ predloží v lehote splatnosti v žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania). Poskytnutie predfinancovania prijímateľovi sa uskutočňuje na základe jeho žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania) v zmysle časti 4.8.1 tohto dokumentu. 
49.	Prevod tranže prijímateľovi – holdingovému fondu / osobitnému finančnému bloku v rámci finančnej inštitúcie – poskytnutie finančných prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – holdingovému fondu / osobitnému finančnému bloku v rámci finančnej inštitúcie v rámci implementácie projektov nástrojov finančného inžinierstva na základe žiadosti o platbu. Uskutočňuje sa v zmysle časti 4.8.6 tohto dokumentu.
50.	Prijímateľ – súkromná alebo verejná právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka zodpovedná za projekt alebo operáciu, ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované príspevok štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a prostriedky zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu. V kontexte schém štátnej pomoci a schém pomoci "de minimis" je prijímateľom podnik podľa článku 107 ods. 1 Zmluvy o fungovaní EÚ, ktorý vykonáva hospodársku činnosť bez ohľadu na jeho právne postavenie a spôsob jeho financovania. Hospodárskou činnosťou je každá činnosť, ktorá spočíva v ponuke tovaru a / alebo služieb na trhu. Z hľadiska pravidiel štátnej pomoci, dátumom poskytnutia pomoci podľa schém štátnej pomoci a schém pomoci "de minimis" je dátum, kedy je prijímateľovi priznané zákonné právo prijať pomoc v súlade s uplatniteľným vnútroštátnym právnym poriadkom. V prípade implementácie nástrojov finančného inžinierstva je v rámci implementácie JEREMIE prijímateľom holdingový fond a v rámci implementácie JESSICA je prijímateľom osobitný finančný blok – Štátny fond rozvoja bývania na základe podpísania zmluvy o financovaní medzi riadiacim orgánom a prijímateľom. V prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 sa za prijímateľa považuje vedúci partner, ktorý vystupuje v mene projektového partnerstva a ktorému sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované finančné prostriedky EÚ (Európskeho fondu regionálneho rozvoja) a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (v prípade, ak je vedúci partner zo Slovenskej republiky). Vedúci partner projektového partnerstva je zodpovedný za ďalší prevod finančných prostriedkov Európskeho fondu regionálneho rozvoja svojim projektovým partnerom (vrátane zahraničných), ako aj prijímateľ – európske zoskupenie územnej spolupráce a prijímateľ v prípade projektov technickej pomoci. Prijímateľom je osoba od nadobudnutia účinnosti zmluvy podľa § 15 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskej únie v platnom znení, ktorej bola schválená žiadosť v konaní podľa tohto zákona. 
51.	Prijímateľ globálneho grantu – orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorej sprostredkovateľ globálneho grantu, poskytuje finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe zmluvných podmienok.
52.	Princíp "pro-rata" – pomerné financovanie výdavkov projektu realizovaného aj na území neoprávnenom (cieľ 2) pre realizáciu aktivít projektu. Pre stanovenie percentuálnej výšky pomerného financovania sa použije ekvivalent cieľa 2. Výdavky "pro-rata" v zmysle Stratégie financovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 nie sú súčasťou celkových oprávnených verejných výdavkov a preto sa aj v rámci finančných plánov operačných programov uvádzajú v časti „Iné zdroje (pre informáciu)“.
53.	Prioritná os – jedna z priorít stratégie v operačnom programe, ktorá sa skladá zo skupiny navzájom súvisiacich operácií (aktivít) s konkrétnymi, merateľnými cieľmi.
54.	Prizvaná osoba – zamestnanec iného orgánu verejnej správy, zamestnanec právnickej osoby, cudzinec a iná fyzická osoba, ak ich orgán verejnej správy prizval na vykonanie administratívnej finančnej osoby, finančnej kontroly na mieste alebo auditu podľa osobitného predpisu (§ 2 písm. i) zákona č. 357/2015 Z. z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov). Prizvaná osoba musí byť funkčne nezávislá od prijímateľa, riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky.
55.	Programový manuál – dokument na národnej úrovni vypracovaný riadiacim orgánom pre každý operačný program cieľa 1, cieľa 2, cieľa 3, prostredníctvom ktorého sa realizuje stratégia a priority pomoci, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrení.
56.	Rámcová zmluva – zmluva medzi EIF a Slovenskou republikou stanovujúca základné zásady, podľa ktorých sa bude v Slovenskej republike implementovať iniciatíva JEREMIE s pomocou EIF vo forme holdingového fondu, a ktorej platnosť končí 31. decembra 2015. Od 1. januára 2016 je to zmluva uzatvorená medzi Slovenskou záručnou a rozvojovou bankou Asset Management, a. s. a Slovenskou republikou. Na účely tohto materiálu sa ustanovenia vzťahujúce sa na Európsky investičný fond použijú primerane aj na Slovenskú záručnú a rozvojovú banku Asset Management, a. s., keďže Slovenská záručná a rozvojová banka Asset Management, a. s. od 1. januára 2016 preberá povinnosti Európskeho investičného fondu a poskytuje rizikový kapitál malým a stredným podnikom.
57.	Refundácia – poskytnutie finančných prostriedkov prijímateľovi na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok za zdroje Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a na základe žiadosti o platbu, ktorej súčasťou sú účtovné doklady (s výnimkou zjednodušene vykazovaných výdavkov prostredníctvom paušálnej sadzby, jednotkových cien, resp. paušálnej sumy), ktoré prijímateľ uhradil najskôr z vlastných zdrojov. 
58.	Riadiaci orgán – národný, regionálny alebo miestny verejný orgán alebo súkromný orgán určený členským štátom, ktorý je zodpovedný za riadenie operačného programu. Riadiaci orgán je menovaný pre každý operačný program. V podmienkach Slovenskej republiky určuje jednotlivé riadiace orgány vláda SR. Pre účely tohto materiálu sa úlohy riadiaceho orgánu vzťahujú aj na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom, ak je to relevantné, pričom splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom týmto nie je dotknuté. Celková zodpovednosť za riadenie operačných programov ako aj za plnenie úloh vykonávaných sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom však ostáva riadiacemu orgánu.
59.	Rozhodnutie o schválení žiadosti – rozhodnutie, ktoré vydáva štatutárny orgán riadiaceho orgánu, ktorým schvaľuje žiadosť o poskytnutie nenávratného finančného príspevku. Pre účely tohto materiálu sa pod rozhodnutím o schválení žiadosti rozumie rozhodnutie podľa § 14 ods. 4 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskej únie v platnom znení, ktorým bola schválená žiadosť v konaní podľa tohto zákona, a teda rozhodnutie o schválení žiadosti, ak je prijímateľ a riadiaci orgán tá istá osoba a obsahuje aj práva a povinnosti riadiaceho orgánu aj prijímateľa.
60.	Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci "de minimis" – dokumenty, ktoré presne stanovujú pravidlá a podmienky, na ktorých základe môžu poskytovatelia pomoci poskytnúť štátnu pomoc a pomoc "de minimis" jednotlivým prijímateľom. Schémy štátnej pomoci a schémy pomoci "de minimis" nie sú všeobecne záväzným právnym predpisom. Poskytovanie pomoci môžu schémy pomoci upravovať len v súlade s ich príslušným právnym základom a nemôžu byť nad rámec právneho základu. 
61.	Slovenská záručná rozvojová banka Asset Management, a. s. – dcérska spoločnosť Slovenskej záručnej a rozvojovej banky, a. s., založená a existujúca podľa práva Slovenskej republiky. V rámci implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike podpisuje zmluvu o financovaní s riadiacim orgánom a od 1. januára 2016 vystupuje v pozícii manažéra holdingového fondu. Poskytuje rizikový kapitál malým a stredným podnikom.
62.	Splnomocnenie o delegovaní právomocí riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – poverenie, ktorým riadiaci orgán poveruje sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom plnením úloh riadiaceho orgánu vymedzených v splnomocnení a sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom toto poverenie prijíma. Splnomocnenie okrem vymedzených úloh obsahuje aj právomoci a zodpovednosti účastníkov splnomocnenia.
63.	Special Purpose Vehicle (ďalej len „SPV“) – spoločnosť s ručením obmedzeným zriadená na osobitný účel, ktorá je neoddeliteľnou súčasťou štruktúry holdingového fondu. Jej hlavnou úlohou je zriadenie holdingového fondu, ktorého správcom je EIF / Slovenská záručná a rozvojová banka Asset Management, a. s.
64.	Spolupracujúci orgán – Úrad vládneho auditu alebo iná právnická osoba podľa osobitného predpisu (§4 a §19 ods. 5 zákona č. 357/2015 Z. z.), okrem Ministerstva financií SR, ktorý vykonáva úlohy podľa osobitného predpisu (čl. 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006), pod vedením orgánu auditu alebo vykonáva vládny audit s predchádzajúcim písomným súhlasom Ministerstva financií SR alebo podľa požiadavky Ministerstva financií SR.
65.	Správa o zistenej nezrovnalosti – dokument vyplnený riadiacim orgánom, sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu a jeho spolupracujúcim orgánom alebo Úradom vládneho auditu, alebo príslušným orgánom vydávajúcim rozhodnutie v správnom konaní, na ktorého základe je oficiálne zdokumentované počiatočné preverovanie nezrovnalosti, podozrenie z nezrovnalosti alebo zistenie nezrovnalosti.
66.	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom – je ministerstvo, ostatný ústredný orgán štátnej správy, samosprávny kraj alebo iná právnická osoba, ktorá má odborné, personálne a materiálne predpoklady na plnenie úloh riadiaceho orgánu určených v splnomocnení riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie úloh sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom je v kompetencii riadiaceho orgánu a tvorí súčasť splnomocnenia, pričom sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom koná v mene a na zodpovednosť riadiaceho orgánu.
67.	Sprostredkovateľ globálneho grantu – orgán poverený riadiacim orgánom na riadenie a vykonávanie časti operačného programu prostredníctvom globálneho grantu v súlade s čl. 42, ods. 1 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
68.	Strešný projekt (umbrella project) – projekt realizovaný regionálnym subjektom v rámci oblasti podpory Fond mikroprojektov Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013.
69.	Sumarizačný hárok – doklad slúžiaci na deklarovanie výdavkov prijímateľa za oblasti vopred definované riadiacim orgánom (napr. pracovno-právne vzťahy, cestovné náhrady, atď.).
70.	Súhrnná žiadosť o platbu – doklad, na ktorého základe sú prevádzané finančné prostriedky Európskej únie platobnej jednotke v príslušnom pomere. 
71.	Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu – komplex na seba nadväzujúcich a vzájomne prepojených podsystémov a činností, ktorých prostredníctvom sa zabezpečuje účinné finančné plánovanie, rozpočtovanie, používanie pomoci, účtovanie, výkazníctvo, platba prijímateľom, sledovanie finančných tokov, kontrola a overovanie pri realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
72.	Štátna pokladnica – orgán štátnej správy zriadený v zmysle zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov zabezpečujúci sústavu činností v rámci systému Štátnej pokladnice, najmä centralizáciu riadenia verejných financií, realizáciu rozpočtu subjektov verejnej správy, vedenie a správu účtov klientov a realizáciu platobného styku klientov. 
73.	Štátna pomoc – akákoľvek pomoc poskytovaná z prostriedkov štátneho rozpočtu alebo akoukoľvek formou z verejných zdrojov podniku podľa článku 107 ods. 1 Zmluvy o fungovaní EÚ, ktorá narúša súťaž alebo hrozí narušením súťaže tým, že zvýhodňuje určité podniky alebo výrobu určitých druhov tovarov a môže nepriaznivo ovplyvniť obchod medzi členskými štátmi Európskej únie. 
74.	Štátny fond rozvoja bývania – pre účely implementácie iniciatívy JESSICA v Slovenskej republike predstavuje finančnú inštitúciu v zmysle zákona č. 150/2013 Z. z. o Štátnom fonde rozvoja bývania v znení neskorších predpisov. Pre implementáciu nástroja finančného inžinierstva je vytvorený v rámci tejto finančnej inštitúcie osobitný finančný blok. Štátny fond rozvoja bývania je zodpovedný za poskytovanie úverov oprávneným subjektom v zmysle zmluvy o financovaní (t. j. pôsobí ako prijímateľ).
75.	Štrukturálne fondy – nástroje štrukturálnej politiky EÚ využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja a Európsky sociálny fond.
76.	Technická súhrnná žiadosť o platbu – doklad, na ktorého základe certifikačný orgán prevádza prostriedky ERDF vedúcemu partnerovi v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 v príslušnom pomere. 
77.	Užívateľ – osoba, ktorej prijímateľ poskytuje nenávratný finančný príspevok alebo jeho časť za podmienok určených vo výzve alebo vo vyzvaní pre národný projekt na základe predchádzajúceho písomného súhlasu poskytovateľa a v súlade so zmluvou uzavretou medzi prijímateľom a užívateľom. 
78.	Účtovný doklad – doklad definovaný v § 10 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení zákona č. 198/2007 Z. z. Pre účely predkladania žiadostí o platbu (predfinancovanie / refundácia - priebežná platba / záverečná platba, zúčtovanie zálohovej platby) sa vyžaduje splnenie náležitostí definovaných v § 10 ods. 1 písm. a) až f) predmetného zákona, pričom za dostatočné splnenie náležitosti podľa písm. f) sa považuje vyhlásenie prijímateľa v žiadosti o platbu v časti 10 Čestné vyhlásenie v znení „Ako prijímateľ čestne vyhlasujem, že nárokovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v účtovných dokladoch, je matematicky správna a vychádza z účtovníctva, oprávnené výdavky boli skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti (v prípade zálohovej platby sa začala realizácia projektu), nárokovaná suma je v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pravidlá štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia a rovnosti príležitostí boli dodržané, fyzický a finančný pokrok podlieha monitorovaniu vrátane kontroly na mieste, požiadavky na informovanie verejnosti boli dodržané v súlade s ustanoveniami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, originály dokumentácie k platbe definované v zozname príloh sú v našej držbe, náležite opečiatkované, podpísané a prístupné na konzultovanie pre účely kontroly. Sú riadne zaznamenané účtovným zápisom v účtovníctve v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Som si vedomý skutočnosti, že v prípade nesplnenia podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo v prípade nesprávne nárokovaných finančných prostriedkov v tejto žiadosti o platbu je možné, že príspevok nebude vyplatený, bude upravený alebo bude vyžiadané vrátenie neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov.“. V súvislosti s postúpením pohľadávky sa z pohľadu splnenia požiadaviek nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 za účtovný doklad, ktorého dôkazná hodnota je rovnocenná faktúram, považuje aj doklad preukazujúci vykonanie započítania. Pre účely predkladania dokladov v rámci žiadosti o platbu sa za účtovný doklad rozdielne od definície v prvej vete považuje doklad, na základe ktorého je uhrádzaná preddavková platba prijímateľom dodávateľovi.
79.	Úhrada účtovného dokladu – predstavuje úhradu záväzku alebo pohľadávky prijímateľa / riadiaceho orgánu / platobnej jednotky / certifikačného orgánu. V súvislosti so vzájomným započítaním pohľadávky a záväzku, záväzok prijímateľa (napr. z titulu nezrovnalosti) vysporiadaný formou vzájomného započítania pohľadávky a záväzku sa považuje za uhradený momentom schválenia zníženej pohľadávky prijímateľa z poskytnutého nenávratného finančného príspevku v súhrnnej žiadosti o platbu.
80.	Vedúci partner (Lead Partner) – orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka vystupujúca v mene projektového partnerstva pri projekte operačných programov cieľa 3, a ktorej sú za účelom realizácie projektu alebo operácie poskytované prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie (v prípade, ak je vedúci partner zo Slovenskej republiky) a prostriedky ERDF.
81.	Veľký projekt – projekt financovaný z ERDF alebo Kohézneho fondu podľa čl. 39 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, ktorého celkové náklady presahujú 50 mil. EUR. Schválenie veľkého projektu si vyžaduje samostatné rozhodnutie Európskej komisie.
82.	Verejné výdavky – všetky verejné príspevky na financovanie operácií, ktoré pochádzajú z rozpočtu štátu, národných, regionálnych a miestnych orgánov verejnej správy, rozpočtu Európskej únie, rozpočtu verejnoprávnych subjektov alebo rozpočtu združení orgánov verejnej správy alebo verejnoprávnych subjektov a na účely stanovenia podielu spolufinancovania pre operačný program alebo prioritné osi Európskeho sociálneho fondu môže zahŕňať prípadné finančné zdroje, ktorými kolektívne prispeli zamestnávatelia a zamestnanci. Za podobný výdavok sa považuje každý príspevok na financovanie operácií pochádzajúci z rozpočtu verejnoprávnych subjektov alebo združení jedného alebo viacerých regionálnych alebo miestnych orgánov, alebo verejnoprávnych subjektov konajúcich v súlade so smernicou Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 18/2004 z 31. marca 2004 o koordinácii postupov zadávania verejných zákaziek na práce, verejných zákaziek na dodávku tovaru a verejných zákaziek na služby. 
83.	Verejnoprávny subjekt – každý subjekt, ktorý sa riadi verejným právom v zmysle čl. 1 ods. 9 smernice Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 18/2004 z 31. marca 2004 o koordinácii postupov zadávania verejných zákaziek na práce, verejných zákaziek na dodávku tovaru a verejných zákaziek na služby, a každé európske zoskupenie územnej spolupráce vzniknuté podľa zákona č. 90/2008 Z. z. o európskom zoskupení územnej spolupráce a o doplnení zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení neskorších predpisov, bez ohľadu na to, či sa európske zoskupenie územnej spolupráce považuje podľa právnych predpisov Slovenskej republiky za verejnoprávny subjekt alebo subjekt súkromného práva.
84.	Vládny audit – vládnym  auditom sa rozumie súhrn nezávislých, objektívnych, overovacích, hodnotiacich, uisťovacích a konzultačných činností zameraných na zdokonaľovanie riadiacich a kontrolných procesov vykonávaných podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a podľa zákona č. 357/2015 Z. z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov a so zohľadnením medzinárodne uznávaných audítorských štandardov.
85.	Vlastné zdroje prijímateľa – finančné prostriedky, ktorými sa podieľa prijímateľ na financovaní projektu v stanovenej výške a určenom podiele. Za tieto zdroje sa považujú aj tie prostriedky, ktoré prijímateľ získal z iného zdroja (okrem zdroja nenávratného finančného príspevku - štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a zdroja EÚ), ako napr. úver z banky alebo príspevok tretej osoby.
86.	Výkaz výdavkov – dokument obsahujúci oprávnené výdavky uskutočnené v priebehu stanoveného obdobia oprávnenosti za príslušný operačný program. Výkaz výdavkov je vypracovaný certifikačným orgánom a tvorí prílohu k žiadosti o platbu (priebežnú a záverečnú) na Európsku komisiu.
87.	Záznam z administratívnej kontroly – dokument vypracovaný riadiacim orgánom z administratívnej kontroly podľa § 24e zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov. Originál uchováva riadiaci orgán a v závislosti od dohody riadiaceho orgánu a platobnej jednotky poskytuje riadiaci orgán platobnej jednotke rovnopis, resp. kópiu záznamu z administratívnej kontroly. V prípade zistenia nedostatkov a porušenia podmienok zakotvených vo všeobecne záväzných právnych predpisoch a zmluvných dokumentoch je riadiaci orgán oprávnený pozastaviť financovanie projektu, zamietnuť žiadosť o platbu, alebo znížiť výšku požadovaných výdavkov, alebo posúdiť výdavky požadované v žiadosti o platbu ako neoprávnené alebo postupovať podľa ďalších relevantných ustanovení tohto zákona, napríklad odstúpiť od zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Ak má Úrad vládneho auditu / Ministerstvo financií SR začať na základe záverov vykonanej administratívnej kontroly riadiacim orgánom správne konanie vo veci porušenia finančnej disciplíny, riadiaci orgán si od kontrolovaného subjektu vyžiada písomné vyjadrenie k záverom administratívnej kontroly a prílohou záznamu sú všetky doklady týkajúce sa predmetu vykonanej administratívnej kontroly. Na základe takéhoto záznamu z administratívnej kontroly je správa finančnej kontroly / Ministerstvo financií SR oprávnené priamo začať správne konanie a to bez duplicitného výkonu vládneho auditu. V prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 je záznam z administratívnej kontroly vypracovávaný v jednom origináli národným kontrolórom pri vypracovávaní schváleného zoznamu výdavkov a projektovým manažérom pri administratívnej kontrole žiadosti o platbu. V tomto prípade je originál záznamu z administratívnej kontroly uchovávaný riadiacim orgánom. 
88.	Zmluva o financovaní – zmluva na účely financovania nástrojov finančného inžinierstva uzatvorená medzi prijímateľom – holdingovým fondom a príslušným riadiacim orgánom, na ktorej základe príslušný riadiaci orgán ustanoví prijímateľa – holdingový fond za komisionára Slovenskej republiky a prevedie na neho za podmienok uvedených v tejto zmluve prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie za účelom ich vloženia do SPV a vykonávania činnosti holdingového fondu. Zmluvu za holdingový fond podpisuje Európsky investičný fond / Slovenská záručná a rozvojová banka Asset Management, a. s. V rámci implementácie iniciatívy JESSICA ide o zmluvu, ktorá je uzatvorená medzi riadiacim orgánom a Štátnym fondom rozvoja bývania ako finančnou inštitúciou.
89.	Zmluva o poskytnutí finančného príspevku – zmluva uzatvorená medzi vedúcim partnerom a riadiacim orgánom v rámci implementácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 určujúca podmienky poskytnutia pomoci, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.
90.	Zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku – podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie uzatvorená medzi riadiacim orgánom a prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia pomoci, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán. Pre potreby tohto materiálu sa pod zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku rozumie aj v relevantných prípadoch „Rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok“. Na účely tohto materiálu sa ustanovenia vzťahujúce sa na zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku použijú primerane aj na rozhodnutie o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. V prípade odstúpenia od zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku pre rozhodnutie o poskytnutí nenávratného finančného príspevku platí vydanie nového rozhodnutia o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
91.	Zoznam výdavkov – doklad predkladaný Ústredím práce, sociálnych vecí a rodiny SR ako prijímateľom v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia, ktorým deklaruje realizované výdavky za príslušné obdobie.
92.	Zúčtovanie zálohovej platby – predloženie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) prijímateľom riadiacemu orgánu v zmysle podmienok uvedených v časti 4.8.2 a v časti 4.8.3 tohto dokumentu. Pre splnenie povinnosti zúčtovania 50 % (tzv. kumulatív) do 6 mesiacov / 100 % (osobitne za každú poskytnutú tranžu zálohovej platby) z poskytnutej zálohovej platby do 12 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa / aktivácie rozpočtového opatrenia sa považuje:
a)	odoslanie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) prijímateľom cez verejný portál ITMS riadiacemu orgánu najneskôr v posledný deň uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov a súčasne
b)	odoslanie písomnej verzie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) riadiacemu orgánu, resp. osobné doručenie písomnej verzie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) riadiacemu orgánu najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa odoslania žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) cez verejný portál ITMS. V prípade neodoslania, resp. osobného nedoručenia písomnej verzie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) od prijímateľa riadiacemu orgánu najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa odoslania žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) cez verejný portál ITMS, je riadiaci orgán oprávnený predmetnú žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) v portáli ITMS zamietnuť
c)	vrátenie celej sumy poskytnutej zálohovej platby, resp. nezúčtovaného rozdielu do výšky 50 % / 100 % z poskytnutej zálohovej platby platobnej jednotke. 
93.	Zúčtovanie predfinancovania – predloženie žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) prijímateľom riadiacemu orgánu v zmysle podmienok uvedených v časti 4.8.1 tohto dokumentu. Pre splnenie povinnosti zúčtovania predfinancovania sa za deň zúčtovania predfinancovania považuje:
a)	deň odoslania žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) prijímateľom cez verejný portál ITMS a súčasne 
b)	odoslanie písomnej verzie žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) riadiacemu orgánu, resp. osobné doručenie žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) riadiacemu orgánu najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa odoslania žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) cez verejný portál ITMS. V prípade neodoslania, resp. osobného  nedoručenia písomnej verzie žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) od prijímateľa riadiacemu orgánu najneskôr do 5 kalendárnych dní odo dňa odoslania žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) cez verejný portál ITMS, je riadiaci orgán oprávnený predmetnú žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania) v portáli ITMS zamietnuť
c)	vrátenie celej sumy poskytnutého predfinancovania, resp. vrátenie nezúčtovaného rozdielu poskytnutého predfinancovania platobnej jednotke. 
94.	Žiadosť o platbu – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti o platbu a povinných príloh, na ktorého základe sú prijímateľovi uhrádzané prostriedky štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v príslušnom pomere. Originál uchováva riadiaci orgán a v závislosti od dohody riadiaceho orgánu a platobnej jednotky poskytuje riadiaci orgán platobnej jednotke rovnopis, resp. kópiu formulára žiadosti o platbu. 
95.	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov – doklad, ktorý pozostáva z formuláru žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a príloh, na ktorého základe má prijímateľ povinnosť vrátiť finančné prostriedky v príslušnom pomere na stanovené účty.
3 Subjekty a ich zodpovednosť
Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú zapojené nasledovné subjekty:
-	centrálny koordinačný orgán,
-	riadiace orgány,
-	sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom,
-	certifikačný orgán,
-	platobné jednotky,
-	monitorovacie výbory.
Pri zabezpečovaní svojich úloh a zodpovedností vyššie uvedené subjekty úzko spolupracujú s nasledovnými subjektmi:
-	orgán auditu,
-	spolupracujúce orgány,
-	príslušné orgány vydávajúce rozhodnutie v správnom konaní,
-	orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov.
Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je náležité oddelenie funkcií riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a orgánu auditu.
3.1 Centrálny koordinačný orgán
Funkciu a úlohy centrálneho koordinačného orgánu pre operačné programy NSRR v zmysle § 6 ods. 1 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov a zákona č. 60/2013 Z. z. ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov plní Úrad vlády SR.
Centrálny koordinačný orgán vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
a)	koordináciu implementácie NSRR a operačných programov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
b)	stanovenie minimálnych štandardov k oprávnenosti výdavkov na národnej úrovni;
c)	koordináciu vypracovania audit trailov pre riadiace orgány pre oblasť programovania, monitorovania a hodnotenia;
d)	vydávanie a aktualizáciu Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, metodických pokynov a výkladov centrálneho koordinačného orgánu k Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 a v spolupráci s certifikačným orgánom vypracovanie vzoru zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku;
e)	vybudovanie a správu ITMS. Procesy a funkcionality ITMS vzťahujúce sa k systému finančného riadenia sú vybudované a spravované v spolupráci s certifikačným orgánom;
f)	v spolupráci s riadiacimi orgánmi navrhovanie realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na posúdenie Ministerstvu financií SR a koordináciu komunikácie s Európskou komisiou na základe žiadosti riadiaceho orgánu.
Bližšia úprava postavenia a úloh centrálneho koordinačného orgánu je upravená v Systéme riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
3.2 Riadiace orgány
Orgány zodpovedné za riadenie a kontrolu operačných programov určila vláda SR v súlade s čl. 59, ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, s kompetenčným zákonom, uznesením vlády SR č. 832/2006 v znení neskorších zmien a uzneseniami vlády SR pre jednotlivé operačné programy v znení neskorších zmien. Každý riadiaci orgán môže splnomocniť vykonávaním niektorých svojich kompetencií vládou SR určené sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom. Celková zodpovednosť za riadenie programov ako aj za plnenie úloh vykonávaných sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom však ostáva riadiacemu orgánu. 

Jednotlivé riadiace orgány vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
a)	vypracovanie a aktualizácie operačného programu, vrátane finančného plánu;
b)	vypracovanie a aktualizácie programového manuálu k operačnému programu;
c)	v relevantných prípadoch vypracovanie a aktualizácie schém štátnej pomoci a schém pomoci "de minimis“;
d)	vytvorenie vhodného systému implementácie operačného programu;
e)	vypracovanie a aktualizácie vnútorného manuálu procedúr riadiaceho orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice organizácie;
f)	predkladanie vnútorného manuálu procedúr riadiaceho orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu CO_manual@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál procedúr je rozsiahlejší, je potrebné ho rozdeliť a zaslať po častiach;
g)	predkladanie interných pokynov (postupov, príručiek atď.), ktoré všeobecne dopĺňajú postupy riadiaceho orgánu, elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu CO_manual@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak sú odosielané interné pokyny rozsiahlejšie, je potrebné ich rozdeliť a zaslať po častiach;
h)	v relevantných prípadoch udelenie splnomocnenia o delegovaní právomocí sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a jeho predloženie certifikačnému orgánu vrátane akýchkoľvek zmien pre informáciu do 14 kalendárnych dní od právoplatnosti splnomocnenia, resp. jeho zmeny;
i)	v relevantných prípadoch kontrolu plnenia úloh vyplývajúcich zo splnomocnenia o delegovaní právomocí vykonávaných sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom;
j)	spolufinancovanie operačného programu zo štátneho rozpočtu;
k)	dodržiavanie usmernení a manuálov certifikačného orgánu k systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a podrobnejšiu úpravu pravidiel finančného riadenia vo vzťahu k prijímateľom v súlade s týmto materiálom vrátane vydania verejne dostupných metodických usmernení (príručiek) k finančnému riadeniu príslušného operačného programu pre prijímateľov v súlade s týmto materiálom;
l)	predloženie žiadosti o potvrdenie pomoci pre veľký projekt, ktorý generuje príjem na posúdenie certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu co@mfsr.sk pred jej predložením Európskej komisii;
m)	predloženie návrhu zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku týkajúcej sa veľkého projektu, ktorý generuje príjem na posúdenie certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu co@mfsr.sk pred jej uzatvorením s prijímateľom;
n)	predloženie uzatvorenej zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku týkajúcej sa veľkého projektu generujúceho príjem certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu co@mfsr.sk do 14 kalendárnych dní od jej uzavretia;
o)	zaslanie informácie o rozhodnutí Európskej komisie o schválení, resp. neschválení veľkého projektu, ktorý generuje príjem certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu co@mfsr.sk do 14 kalendárnych dní od jeho obdržania;
p)	uzatváranie zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a jej dodatkov, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia zmluvných podmienok a v relevantných prípadoch uzatváranie zmlúv o financovaní s prijímateľom – holdingovým fondom;
q)	overenie spolufinancovania jednotlivých projektov z vlastných zdrojov prijímateľa;
r)	zaregistrovanie žiadosti o platbu v ITMS do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia jej písomnej verzie;
s)	kontrolu žiadosti o platbu v rámci jednotlivých zmlúv o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, ktorá je začatá chronologicky podľa dátumu ich zaregistrovania riadiacim orgánom. Táto kontrola zahrňuje:
-	administratívnu kontrolu každej žiadosti o platbu,
-	kontrolu na mieste v zmysle zásad definovaných v platnom Systéme riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, ktoré sa vykonávajú podľa zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov;
t)	v rámci administratívnej kontroly žiadosti o platbu:
-	kontrolu formálnej správnosti, ktorá zahrňuje kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia žiadosti o platbu;
-	kontrolu vecnej správnosti, ktorá zahrňuje: 
i)	kontrolu reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov,
ii)	preukázateľnú matematickú kontrolu výpočtu oprávnenej sumy zo žiadosti o platbu (kontrola uplatňovaných položiek na základe účtovného dokladu, prípadne účtovného podkladu a ich porovnanie s rozpočtom projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, ako aj s rozpočtom vyplývajúcim z výsledku verejného obstarávania/obchodnej verejnej súťaže, kontrola sa vykonáva na úroveň výkaz výmer pri jeho existencii), matematickú správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach uvedených na faktúrach a iných relevantných priložených účtovných dokladoch vo vzťahu k množstvu a jednotkovej cene, k objemu a jednotkovej cene, súčtov jednotlivých položiek,
iii)	kontrolu súladu so schémou štátnej pomoci v prípade, ak na financovanie projektu je poskytnutá pomoc na základe schémy štátnej pomoci, resp. schémy pomoci "de minimis",
iv)	kontrolu súladu s legislatívou Slovenskej republiky a legislatívou EÚ týkajúcou sa najmä verejného obstarávania, štátnej pomoci, pomoci "de minimis", publicity a pod.;
u)	v rámci kontroly na mieste najmä:
-	kontrolu skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác a poskytnutých služieb, 
-	kontrolu správnosti vedenia účtovníctva vo vzťahu k projektu v zmysle čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, kontrolu zaúčtovania dodaných tovarov, prác a služieb v účtovníctve prijímateľa,
-	kontrolu zabezpečenia publicity a pod.;
v)	kontrolu na mieste podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, pri ktorej sa môžu skontrolovať aj vykonané finančné operácie, t. j. aj za výdavky, ktoré boli prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou v rámci predchádzajúcich žiadostí o platbu;
w)	pozastavenie, zamietnutie alebo úpravu výšku platby pre projekt, alebo jeho časť, v prípade zistenia nedostatkov v postupe prijímateľa a partnera pri realizácii pomoci;
x)	schvaľovanie žiadosti o platbu a predloženie formulára žiadosti o platbu vrátane záznamu z administratívnej kontroly platobnej jednotke; 
y)	plnenie úlohy národného kontrolóra podľa čl. 16 nariadenia Rady (ES) č. 1082/2006 v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
z)	schvaľovanie žiadosti o platbu vedúceho partnera v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
aa)	zostavenie technickej súhrnnej žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 a zaslanie oznámenia o zaslaní technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu platby@mfsr.sk a prostredníctvom ITMS. Riadiaci orgán osobitne vloží do ITMS v položke „Prílohy“ do ITMS elektronickú verziu formuláru technickej súhrnnej žiadosti o platbu a naskenovanú verziu podpísaného čiastkového výkazu výdavkov a osobitne elektronické verzie všetkých príloh, ktoré uviedol v zozname príloh v oznámení o zaslaní technickej súhrnnej žiadosti o platbu, dvakrát mesačne, podľa termínov stanovených certifikačným orgánom. Podpísanú verziu čiastkového výkazu výdavkov ako aj technickej súhrnnej žiadosti o platbu a prípadných ďalších dokumentov uchováva riadiaci orgán. V prípade nefunkčnosti ITMS môže byť technická súhrnná žiadosť o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 vypracovaná manuálne a jej naskenovaná verzia predložená elektronicky certifikačnému orgánu v stanovených termínoch;
bb)	informovanie certifikačného orgánu o zrealizovaní úhrady spolufinancovania zo štátneho rozpočtu Českej republiky v prípade schválených žiadostí o platbu s nárokovanými výdavkami partnerov z ČR elektronicky na e-mailovú adresu platby@mfsr.sk do 10 kalendárnych dní po uplynutí mesiaca zrealizovania úhrady a predkladanie prílohy 11c certifikačnému orgánu;
cc)	sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) najneskôr do 6 mesiacov a zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby (osobitne za každú poskytnutú tranžu zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa, resp. dňa aktivácie rozpočtového opatrenia a evidovanie sledovania poskytnutej a zúčtovanej zálohovej platby v rámci projektu samostatne v štruktúre stanovenej riadiacim orgánom. Riadiaci orgán priebežne aktualizuje a ukladá prehľad v ním stanovenej štruktúre ako elektronickú prílohu do ITMS do časti prílohy v rámci žiadosti o platbu; 
dd)	vypracovanie a predloženie analýzy poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie kalendárneho roka „n“ do 5. februára nasledujúceho kalendárneho roka „n+1“ v elektronickej forme certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk (príloha 18);
ee)	riešenie nezrovnalostí v rámci programu a bezodkladné prijímanie účinných nápravných opatrení s cieľom odstránenia nezrovnalostí a predchádzania ich vzniku (najmä vo väzbe na vysporiadanie finančných vzťahov s prijímateľom alebo nedostatkov v systéme riadenia a kontroly);
ff)	výzvou na úhradu oznamovanie dlžníkovi, že eviduje voči nemu pohľadávku z príspevku;
gg)	evidenciu a správu všetkých pohľadávok z príspevku;
hh)	zabezpečenie vysporiadania finančných vzťahov v rámci projektu alebo programu v súlade s právnymi predpismi SR alebo EÚ;
ii)	zaevidovanie schválenej dohody o splátkach alebo schválenej dohody o odklade plnenia v ITMS
jj)	zaevidovanie právoplatného rozhodnutia vydaného Úradom vládneho auditu, Úradom pre verejné obstarávanie, Protimonopolným úradom SR, Národnou kriminálnou agentúrou, súdneho rozhodnutia, správy z kontroly alebo záznamu z administratívnej kontroly ako prílohu k nezrovnalosti v ITMS v lehote do 15 kalendárnych dní od doručenia dokumentu; 
kk)	predkladanie Vyhlásenia riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom k oprávnenosti výdavkov a ich súladu s právnymi predpismi EÚ a SR certifikačnému orgánu v súlade s prílohou 21a a v prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 v súlade s prílohou 21b v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť;
ll)	predkladanie Vyhlásenia riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom / platobnej jednotky o aktuálnosti, úplnosti a pravdivosti predkladaných dokumentov certifikačnému orgánu v súlade s prílohou 22 tohto dokumentu v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť
mm)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10. tohto dokumentu vrátane aktualizácie údajov o nezrovnalosti v ITMS; 
nn)	vypracovanie a predkladanie informácií o vykonaných kontrolách na mieste podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č.1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 certifikačnému orgánu v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť; 
oo)	predkladanie správ o výsledku externého auditu (audit Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov a iný audit), protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov, všetkých protokolov z kontrol, vrátane  protokolov z kontrol vykonaných Úradom pre verejné obstarávanie (zahŕňajúc aj tie, kde kontrola u prijímateľa nebola začatá na podnet riadiaceho orgánu) a predkladanie rozhodnutí v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie elektronicky v naskenovanej verzii s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk, orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk a centrálnemu koordinačnému orgánu na e-mailovú adresu metodika.cko@vlada.gov.sk do 7 kalendárnych dní od ich doručenia riadiacemu orgánu;
pp)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu a následnej finančnej kontroly vykonaných na riadiacom orgáne v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov  v znení neskorších predpisov a výsledku vnútorného auditu vykonávaného na riadiacom orgáne v zmysle zákona č. 357/2015 o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov elektronicky v naskenovanej verzii s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk do 7 kalendárnych dní od ich ukončenia podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a zákona č. 357/2015 o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov;
qq)	predkladanie správ z vyšetrovania OLAF elektronicky v naskenovanej verzii s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk;
rr)	vypracovanie a predkladanie zoznamu prípadov za predchádzajúci rok (príloha 20), v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené v súlade s požiadavkou čl. 20 (2d) nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady;
ss)	stanovovanie a vykonávanie finančných opráv v súlade s postupom v časti 4.10 tohto dokumentu;
tt)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS;
uu)	vykonanie sumárnej kontroly presnosti, správnosti a úplnosti evidovania údajov o nezrovnalostiach a vysporiadaných finančných vzťahoch a prípadnej opravy nekorektných / neaktuálnych údajov v ITMS štvrťročne;
vv)	navrhovanie realokácie prostriedkov v rámci operačného programu vrátane presunov medzi opatreniami v rámci prioritnej osi, ich predkladanie certifikačnému orgánu na posúdenie a následne ich predkladanie monitorovaciemu výboru na schválenie, ak je relevantné;
ww)	vypracovanie a predkladanie odhadu očakávaných výdavkov certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu odhady@mfsr.sk mesačne k 6. kalendárnemu dňu nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného mesiaca, ku ktorému sa odhad vypracováva v spolupráci s platobnou jednotkou. Odhady očakávaných výdavkov vypracovávané k 30. júnu predkladá riadiaci orgán do 30. júna (ak tento deň pripadá na deň pracovného pokoja tak najbližší pracovný deň pred týmto termínom) prípadne v iný deň predchádzajúci tomu dňu na základe požiadavky certifikačného orgánu;
xx)	vypracovanie stanoviska riadiaceho orgánu k zisteniam a odporúčaniam z overovania certifikačného orgánu a jeho predloženie platobnej jednotke (v termíne stanovenom platobnou jednotkou) za účelom zaslania stanoviska certifikačnému orgánu v lehote stanovenej certifikačným orgánom;
yy)	vypracovanie stanoviska riadiaceho orgánu k zisteniam a odporúčaniam z overovania certifikačného orgánu a jeho predloženie certifikačnému orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 v lehote stanovenej certifikačným orgánom;
zz)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy riadiaceho orgánu a odpočtov ich plnenia certifikačnému orgánu a aj orgánu auditu v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to do 14 kalendárnych dní od ich prijatia;
aaa)	v relevantných prípadoch vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu. V prípade, ak je to relevantné riadiaci orgán spolupracuje pri vypracovaní a plnení akčného plánu s platobnou jednotkou;
bbb)	informovanie certifikačného orgánu o pripravovaných zasadnutiach komisií na výber žiadostí o nenávratný finančný príspevok elektronicky na e-mailovú adresu co@mfsr.sk, pred zasadnutím komisie na výber žiadostí o nenávratný finančný príspevok, ak je relevantné;
ccc)	predkladanie kópií záverečných správ z výberu žiadostí o nenávratný finančný príspevok certifikačnému orgánu najneskôr do 7 kalendárnych dní od schválenia, ak je relevantné. Riadiaci orgán môže využiť na predloženie naskenovanej verzie záverečnej správy z výberu žiadostí o nenávratný finančný príspevok e-mailovú adresu co@mfsr.sk;
ddd)	predkladanie súhrnnej tabuľky (prehľad) veľkých projektov rozdelených do fáz, súhrnnej tabuľky iných ako veľkých projektov rozdelených do fáz (nad 5 mil. €), súhrnnej tabuľky nefungujúcich projektov, súhrnnej tabuľky pozastavených projektov ako aj prehľad operácií nástrojov finančného inžinierstva vykonávané s/bez holdingového fondu certifikačnému orgánu a orgánu auditu každoročne k 31. máju za predchádzajúci kalendárny rok, t. j. prvýkrát k 31. máju 2014 a poslednýkrát k 10. januáru 2017 v štruktúre príloh Rozhodnutia Komisie č. C(2015) 2771 z 30. apríla 2015, ktorým sa mení rozhodnutie Komisie č. C(2013) 1573 o schválení usmernení k ukončeniu operačných programov prijatých na účely využívania pomoci z Európskeho fondu regionálneho rozvoja, Európskeho sociálneho fondu a Kohézneho fondu (2007 – 2013;
eee)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 15 pracovných dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
fff)	uchovávanie a dodržiavanie vnútorného manuálu procedúr, vrátane audit trailu, na každej úrovni riadenia;
ggg)	v relevantných prípadoch uchovávanie schém štátnej pomoci, schém pomoci "de minimis", výziev na predkladanie projektov, príslušných interných riadiacich aktov ministerstva;
hhh)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.3 Certifikačný orgán
Funkcie certifikačného orgánu v zmysle uznesenia vlády č. 832 zo dňa 8. októbra 2006 vykonáva pre všetky operačné programy štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v rámci cieľa 1 a cieľa 2 Ministerstvo financií SR. V rámci cieľa 3 plní Ministerstvo financií SR funkciu certifikačného orgánu pre Program cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 na základe uznesenia vlády SR č. 257 zo dňa 14. marca 2007. V prípade ostatných programov cezhraničnej, nadnárodnej a medziregionálnej (okrem Operačného programu Interact II) spolupráce vystupuje ako certifikačný orgán partnerský štát.
Certifikačný orgán v podmienkach Slovenskej republiky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečuje:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu procedúr certifikačného orgánu a jeho zavedenie ako organizačnej smernice ministerstva;
b)	predloženie vnútorného manuálu procedúr certifikačného orgánu vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál procedúr je rozsiahlejší, je potrebné ho rozdeliť a zaslať na vyššie uvedenú e-mailovú adresu po častiach;
c)	koordináciu systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu;
d)	koordináciu nezrovnalostí, finančných opráv a vysporiadania finančných vzťahov;
e)	vypracovanie zmien v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, vrátane predloženia zmien na pripomienkové konanie všetkým relevantným subjektom (okrem dodatkov k materiálu, ktoré sa vypracovávajú v prípade zmeny legislatívy, administratívnych úprav a iných technických zmien materiálu) a ich predkladanie ministrovi financií na schválenie. V prípade zásadných zmien bude Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 predložený na schválenie vláde SR;
f)	udeľovanie výnimiek zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 na základe oprávnených a riadne odôvodnených žiadostí orgánov zapojených do finančného riadenia adresovaných ministrovi financií. Pri posudzovaní každej z výnimiek certifikačný orgán dôsledne zváži ich dosah. Minister financií neudeľuje výnimky zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 týkajúce sa nedodržiavania podmienok pre zúčtovanie zálohovej platby / zúčtovanie predfinancovania. Subjekt, ktorému bola udelená výnimka je povinný zabezpečiť dodržiavanie všetkých stanovených podmienok, pričom v prípade ich porušenia udelená výnimka stráca platnosť;
g)	vydávanie usmernení a manuálov k finančnému riadeniu, vydávanie vykonávacích usmernení vo forme metodických pokynov alebo metodických výkladov, ktoré sú v závislosti na ich charaktere záväzné alebo odporúčajúce (popisujúce správnu prax), pričom záväznosť týchto metodických usmernení / metodických výkladov je definovaná osobitne v jednotlivých metodických usmerneniach / metodických výkladoch;
h)	metodické usmerňovanie platobných jednotiek a riadiacich orgánov v oblasti finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, metodické riadenie a koordináciu postupov účtovania certifikačného orgánu a platobných jednotiek v rámci ISUF a koordináciu postupu poskytovania údajov účtovnej závierky a finančných výkazov. V oblasti metodického usmerňovania sa pre subjekty zapojené do finančného riadenia využíva mailová adresa co@mfsr.sk;
i)	riadenie vývoja, aktualizácie ISUF a zabezpečenie integračných väzieb komplexu ISUF, ITMS, Informačného systému Štátnej pokladnice a Rozpočtového informačného systému;
j)	organizovanie školení súvisiacich s finančným riadením štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej, regionálnej a miestnej úrovni;
k)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach Koordinačného výboru Európskej komisie pre európske štrukturálne a investičné fondy (COESIF), Expertnej skupiny pre európske štrukturálne a investičné fondy (EGESIF) a Výboru podľa čl. 163 Zmluvy (napr. Pracovná skupina Výboru Európskeho sociálneho fondu – Technická pracovná skupina – Výbor ESF – TWG) v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
l)	účasť svojho zástupcu na zasadnutiach monitorovacích výborov a národného monitorovacieho výboru v rámci kompetencií certifikačného orgánu;
m)	zriadenie mimorozpočtových účtov Ministerstva financií SR pre prostriedky EÚ v Štátnej pokladnici za každý operačný program / fond v prípade multifondových operačných programov;
n)	zriadenie mimorozpočtového účtu v Štátnej pokladnici pre príjem prostriedkov EÚ od prijímateľov z titulu finančného vysporiadania nezrovnalostí a ostatných druhov finančného vysporiadania;
o)	zriadenie mimorozpočtových účtov v Štátnej pokladnici slúžiacich na úhradu bankových poplatkov a daní z úrokov;
p)	administratívne overenie, t. j. overenie súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013, ktorého súčasťou je aj predbežná finančná kontrola vykonávaná v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (na predbežnú finančnú kontrolu sa použijú ustanovenia zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov účinné do 31. októbra 2014). Toto overenie zahrňuje:
•	overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti údajov v súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013,
•	overenie vecnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie správnosti údajov v relevantných informačných systémoch a overenie iných skutočností potrebných pre schválenie súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
q)	certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke, s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu a platobnej jednotky, či sú splnené nasledovné podmienky:
•	čiastkové výkazy výdavkov zahŕňajú výlučne oprávnené a aktuálne výdavky uhrádzané počas obdobia oprávnenosti, 
•	boli vykonané kontroly dodania spolufinancovaných tovarov, služieb a prác,
•	realizované výdavky sú reálne,
•	postupovalo sa v súlade so všeobecne záväznými právnymi predpismi EÚ a Slovenskej republiky a ostatnými všeobecne záväznými dokumentmi,
•	existuje overiteľná podporná dokumentácia,
•	uchováva a dodržiava sa audit trail;
r)	vypracovanie a predkladanie informácie o zisteniach, ktoré nasvedčujú systémovým nedostatkom centrálnemu koordinačnému orgánu na základe vykonaných certifikačných overovaní do 31. júla za obdobie od 1. januára do 30. júna a do 31. januára za obdobie od 1. júla do 31. decembra s cieľom zahrnúť tieto informácie do formalizovaného riadenia rizík na úrovni centrálneho koordinačného orgánu;
s)	vypracovanie a predkladanie správ o zistenej nezrovnalosti v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10;
t)	v prípade zistenia nezrovnalostí s finančným dopadom zníženie výšky deklarovaných výdavkov v rámci výkazu výdavkov Európskej komisii o neoprávnenú sumu stiahnutím výdavkov alebo odpočítaním vrátených súm;
u)	v oprávnených a odôvodnených prípadoch, ako je napr. zistenie závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenie na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, pozastavenie platieb pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu, až do doby, kým dôvody pozastavenia nepominú a informovanie orgánu auditu, riadiaceho orgánu a platobnej jednotky príslušného operačného programu;
v)	pozastavenie platieb pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu v prípade rozhodnutia Európskej komisie o prerušení lehoty pre platby podľa čl. 91 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, prípadne rozhodnutia o pozastavení platieb podľa čl. 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 až do doby, kým dôvody prerušenia / pozastavenia nepominú a informovanie orgánu auditu, riadiaceho orgánu a platobnej jednotky príslušného operačného programu;
w)	zostavenie a zaslanie žiadostí o priebežné platby a o záverečnú platbu Európskej komisii pre všetky operačné programy;
x)	zostavenie, certifikáciu a zaslanie výkazu výdavkov Európskej komisii ako súčasť žiadosti o priebežnú platbu / záverečnú platbu na základe čiastkových výkazov výdavkov a schválených súhrnných žiadostí o platbu predložených platobnými jednotkami, resp. technických súhrnných žiadostí o platbu predložených riadiacim orgánom pre Program cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
y)	príjem prostriedkov EÚ na mimorozpočtové účty Ministerstva financií SR;
z)	prevod finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu z mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na účet platobnej jednotky na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
aa)	prevod finančných prostriedkov ERDF z mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na účty vedúcich partnerov v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 na základe schválenej technickej súhrnnej žiadosti o platbu;
bb)	spoluprácu pri návrhu ročných finančných limitov prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie pre platobné jednotky pri tvorbe návrhu štátneho rozpočtu;
cc)	koordinovanie procesu spracovania a schvaľovania návrhu zabezpečenia a použitia prostriedkov rezervy na štrukturálne operácie v kapitole Všeobecná pokladničná správa;
dd)	posudzovanie návrhov riadiacich orgánov na realokáciu finančných prostriedkov v rámci operačných programov a medzi operačnými programami pred ich predložením na schválenie monitorovaciemu výboru, ak je relevantné;
ee)	zostavenie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov každý rok do 30. apríla;
ff)	zostavenie a predkladanie ročných výkazov Európskej komisii do 31. marca v súlade s čl. 20 (2a-2d) nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, t. j. výkazu prostriedkov k 31. decembru predchádzajúceho roka, ktoré boli stiahnuté z výkazu výdavkov, boli vrátené a odpočítané z výkazu výdavkov, majú byť vrátené, resp. sa neočakáva, že budú vrátené v členení podľa prioritných osí a rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov; 
gg)	vedenie a predkladanie knihy dlžníkov, resp. mesačného výkazu nezrovnalostí a vratiek k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci elektronicky riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a orgánu auditu na e-mailovú adresu reporting@mfsr.sk;
hh)	vrátenie prostriedkov Európskej únie v súlade s § 20, ods. 6 a 7 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a § 9 ods. 2 písm. f) zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov;
ii)	vypracovanie a predkladanie súhrnného prehľadu správ o zistenej nezrovnalosti štvrťročne orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov;
jj)	spracovanie relevantných častí výročných správ a záverečnej správy o vykonávaní operačného programu týkajúcich sa čerpania prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu a ich predloženie riadiacemu orgánu;
kk)	vypracovanie podkladov do ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 59 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie, a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 v platnom znení a ich predloženie orgánu auditu;
ll)	metodické riadenie a koordinácia postupov účtovania certifikačného orgánu a platobných jednotiek v rámci ISUF a koordinácia postupu poskytovania údajov účtovnej závierky a finančných výkazov;
mm)	vedenie účtovníctva certifikačného orgánu vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy, vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov podľa osobitných predpisov za certifikačný orgán a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
nn)	poskytnutie informácií o účtovných záznamoch operácií Európskej komisii na základe jej písomnej žiadosti do 15 pracovných dní od doručenia tejto žiadosti, resp. v rámci akejkoľvek inej dohodnutej lehoty;
oo)	uschovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.4 Platobné jednotky
Základnou úlohou platobných jednotiek je zabezpečiť prevod finančných prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy“).
Platobné jednotky vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zabezpečujú:
a)	vypracovanie vnútorného manuálu procedúr platobnej jednotky a jeho zavedenie ako organizačnej smernice organizácie;
b)	predloženie vnútorného manuálu procedúr platobnej jednotky vrátane jeho akýchkoľvek zmien s označením čísla verzie a dátumu platnosti elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu CO_manual@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu manualy@mfsr.sk, a to najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným vedúcim. Maximálna veľkosť odosielaných dokumentov je 5 MB. Ak odosielaný vnútorný manuál procedúr je rozsiahlejší, je potrebné ho rozdeliť a zaslať po častiach;
c)	zriadenie a spravovanie príjmových účtov a výdavkového účtu platobnej jednotky v Štátnej pokladnici;
d)	rozpočtovanie prostriedkov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v štátnom rozpočte pre príslušný rok;
e)	predbežnú finančnú kontrolu v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov žiadosti o platbu vrátane záznamu z administratívnej kontroly, ktorá zahŕňa kontrolu formálnej správnosti predložených dokumentov, overenie súladu žiadosti o platbu s rozpočtovým limitom pre danú prioritnú os a opatrenie. V závislosti od dohody medzi riadiacim orgánom a platobnou jednotkou je platobná jednotka oprávnená pre potreby predbežnej finančnej kontroly vyžiadať si od riadiaceho orgánu iba dokumenty, ktoré zásadne ovplyvňujú výkon predbežnej finančnej kontroly žiadosti o platbu;
f)	zostavenie súhrnnej žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov v ITMS a zaslanie oznámenia o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu platby@mfsr.sk a prostredníctvom ITMS, podľa termínov a postupov stanovených certifikačným orgánom osobitne za každý fond, resp. operačný program. Platobná jednotka osobitne vloží v položke „Prílohy“ do ITMS elektronickú verziu vygenerovaného formuláru súhrnnej žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov z ITMS (xls.súbor) a osobitne elektronické verzie všetkých príloh, ktoré uviedla v zozname príloh v oznámení o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu. Podpísanú verziu čiastkového výkazu výdavkov ako aj súhrnnej žiadosti o platbu a prípadných ďalších dokumentov uchováva platobná jednotka. V prípade nefunkčnosti ITMS môžu byť súhrnná žiadosť o platbu a čiastkový výkaz výdavkov vypracované manuálne a ich naskenované verzie predložené elektronicky certifikačnému orgánu v stanovených termínoch osobitne za každý fond, resp. operačný program. Po sfunkčnení ITMS platobná jednotka zostaví súhrnnú žiadosť o platbu v ITMS a osobitne vloží do ITMS naskenovanú verziu podpísaného čiastkového výkazu výdavkov ako prílohu súhrnnej žiadosti o platbu; 
g)	prevod prostriedkov EÚ v súlade s čl. 37 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom v súlade s § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy;
h)	prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. hlavnému cezhraničnému partnerovi zo Slovenskej republiky v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
i)	informovanie prijímateľa o prevode prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, pričom formu a spôsob informovania prijímateľa určí platobná jednotka;
j)	informovanie vedúceho partnera / hlavného cezhraničného partnera v Slovenskej republike bez ohľadu na jeho právnu formu v prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 o prevode prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, pričom formu a spôsob informovania prijímateľa určí platobná jednotka;
k)	usmerňovanie prijímateľov v oblasti odvodu výnosov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnutých systémom zálohovej platby / predfinancovania tak, aby prijímateľ v zmysle § 7 ods. 1 písm. m) zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov odviedol k 31. januáru nasledujúceho roka do príjmov štátneho rozpočtu skutočný výnos, ktorý vznikol z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, t. j. po odpočítaní alikvotnej časti poplatkov za vedenie účtov, prípadne celý poplatok, ak ich vedie na osobitnom účte;
l)	vedenie účtovníctva o stave a pohybe pohľadávok z príspevku a pohľadávok z rozhodnutí riadiaceho orgánu alebo pohľadávky štátu z právoplatného rozhodnutia príslušného správneho orgánu vydávajúceho rozhodnutie o porušení finančnej disciplíny, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vrátane vyhotovovania a predkladania údajov účtovnej závierky a vyhotovovania podkladov pre konsolidovanú účtovnú závierku ústrednej správy za platobnú jednotku;
m)	vyhotovovanie a predkladanie údajov finančných výkazov podľa osobitných predpisov za platobnú jednotku a uchovávanie účtovných dokladov a ostatnej účtovnej dokumentácie;
n)	vedenie čiastkovej knihy dlžníkov, resp. čiastkového výkazu nezrovnalostí a vratiek a jej predkladanie elektronicky k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci riadiacemu orgánu, ak nastala zmena v danom mesiaci;
o)	vypracovanie a predloženie odhadu očakávaných výdavkov za operačné programy cieľa 3 okrem Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu odhady@mfsr.sk pre potreby prípravy a aktualizácie odhadu plnenia štátneho rozpočtu mesačne do 6. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca; 
p)	písomné predkladanie stanovísk riadiaceho orgánu a platobnej jednotky k zisteniam a odporúčaniam z overovania certifikačnému orgánu v lehote stanovenej certifikačným orgánom;
q)	vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti certifikačnému orgánu, prijímateľovi, riadiacemu orgánu v súlade s postupom a v lehote uvedenými v časti 4.10;
r)	predkladanie správ o výsledku externého auditu (audit Európskej komisie, Európskeho dvora audítorov a iný audit), protokolov z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov týkajúcich sa platobnej jednotky elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk do 7 kalendárnych dní od ich doručenia;
s)	predkladanie správ o výsledku vnútorného auditu a následnej finančnej kontroly vykonanej na platobnej jednotke v zmysle zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a zákona č. 357/2015 o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk do 7 kalendárnych dní od ich ukončenia podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
t)	predkladanie opatrení na nápravu nedostatkov a na odstránenie príčin ich vzniku k všetkým vykonaným kontrolám a auditom na organizačnom útvare plniacom úlohy platobnej jednotky a odpočty ich plnenia elektronicky v naskenovanej verzii certifikačnému orgánu na e-mailovú adresu co@mfsr.sk a aj orgánu auditu na e-mailovú adresu spravy@mfsr.sk v prípade, ak kontrola alebo audit neboli vykonané orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, a to do 14 kalendárnych dní od ich prijatia; 
u)	v relevantných prípadoch vypracovanie a plnenie akčného plánu k nedostatkom identifikovaným auditom Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov a pravidelné predkladanie plnenia opatrení z akčného plánu certifikačnému orgánu a orgánu auditu; 
v)	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s využívaním pomoci v ITMS a ISUF;
w)	predkladanie Vyhlásenia riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom / platobnej jednotky o aktuálnosti, úplnosti a pravdivosti predkladaných dokumentov certifikačnému orgánu v súlade s prílohou 22 tohto dokumentu v súvislosti so zostavením, certifikáciou a predložením výkazu výdavkov Európskej komisii na jeho žiadosť
x)	uchovávanie všetkých podkladov vzťahujúcich sa na výdavky a overovanie pomoci EÚ minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
3.5 Monitorovacie výbory
Riadiace orgány zriaďujú v súlade s čl. 63 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 monitorovacie výbory pre každý operačný program najneskôr tri mesiace od dátumu oznámenia rozhodnutia Európskej komisie o schválení operačného programu.
Monitorovacie výbory pre operačné programy sú vo vzťahu k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zodpovedné najmä za nasledovné úlohy:
1.	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečnej správy o vykonávaní operačného programu, ktoré sú predložené Európskej komisii;
2.	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na revíziu operačného programu vrátane presunov finančných prostriedkov medzi prioritnými osami.
V podmienkach Slovenskej republiky je zároveň zriadený Národný monitorovací výbor pre NSRR, ktorého zodpovednosťou je z pohľadu finančného riadenia predovšetkým schvaľovanie presunov finančných prostriedkov medzi operačnými programami cieľa 1, resp. cieľa 2.
3.6 Orgán auditu
V súlade s čl. 59 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je členský štát povinný pre každý operačný program zriadiť orgán auditu. Tento orgán ako aj spolupracujúce orgány musia byť funkčne nezávislé od riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobnej jednotky. Orgán auditu musí rovnako zabezpečiť, aby sa v rámci výkonu vládnych auditov zohľadňovali medzinárodne uznávané audítorské štandardy. Orgán auditu koordinuje centrálne plánovanie, výkon a monitorovanie výsledkov z vládnych auditov. Funkcie orgánu auditu v zmysle uznesenia vlády SR č. 457 zo dňa 17. mája 2006 a § 3 písm. e) zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, resp. § 3 písm. e) zákona č. 357/2015 Z. z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov vykonáva Ministerstvo financií SR. 
Orgán auditu zodpovedá najmä za:
1.	do 31. decembra každého roku od roku 2008 do 2015 za:
a)	predloženie výročnej kontrolnej správy Európskej komisii za operačný program resp. operačné programy, ktorá obsahuje zistené skutočnosti z vládnych auditov vykonaných počas predchádzajúceho 12-mesačného obdobia, ktoré sa končí 30. júna dotknutého roku v súlade so stratégiou auditu operačného programu resp. operačných programov a uvádza nedostatky zistené v systémoch riadenia a kontroly programu. Prvá správa, ktorá sa predloží do 31. decembra 2008, sa vzťahuje na obdobie od 1. januára 2007 do 30. júna 2008. Informácie týkajúce sa overovaní vykonaných po 1. júli 2015 sa zahrnú do záverečnej správy, ktorá je podkladom pre vyhlásenie o ukončení uvedené v písmene e) čl. 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
b)	na základe vládnych auditov, ktoré sa vykonali pod jeho vedením, vydanie stanoviska o tom, či systém riadenia a kontroly operačného programu, resp. operačných programov funguje dostatočne účinne na to, aby poskytol primeranú záruku, že výkazy výdavkov, ktoré sa predkladajú Európskej komisii, sú správne a na základe toho primeranú záruku, že príslušné transakcie sú zákonné a správne;
c)	predloženie v prípadoch stanovených v čl. 88 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vyhlásenia o čiastočnom ukončení operačného programu, ktorým sa posudzuje zákonnosť a správnosť príslušných výdavkov;
2.	predloženie Európskej komisii najneskôr do 31. marca 2017 vyhlásenia o ukončení operačného programu, resp. operačných programov, ktoré posudzuje platnosť žiadosti o záverečnú platbu a zákonnosť a správnosť príslušných transakcií zahrnutých do záverečného výkazu výdavkov, ktorý je doložený záverečnou kontrolnou správou;
3.	spoluprácu s certifikačným orgánom a orgánom zabezpečujúcim ochranu finančných záujmov EÚ v záležitostiach týkajúcich sa nezrovnalostí a ochrany finančných záujmov EÚ;
4.	vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti na základe vykonaného vládneho auditu a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti elektronicky riadiacemu orgánu, platobnej jednotke a certifikačnému orgánu najneskôr do 15 kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu / čiastková správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
5.	evidovanie a aktualizovanie údajov súvisiacich s vládnymi auditmi a zistenými nezrovnalosťami v ITMS a CEDIS;
6.	vypracovanie správy o výsledku posudzovania riadiacich a kontrolných systémov a stanovísk k ich súladu s čl. 58 – 62 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 pre všetky operačné programy cieľa 1 a 2 a Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 v zmysle čl. 71 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a ich predkladanie certifikačnému orgánu;
7.	predkladanie správy z vládneho auditu prostredníctvom vedúceho audítorskej skupiny elektronicky riadiacemu orgánu, centrálnemu koordinačnému orgánu na e-mailovú adresu metodika.cko@vlada.gov.sk, sekcii auditu a kontroly Ministerstva financií SR, spolupracujúcemu orgánu, sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a platobnej jednotke najneskôr do 15. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po mesiaci, v ktorom bola správa z vládneho auditu doručená auditovanej osobe;
8.	predkladanie ročných súhrnov dostupných auditov a vyhlásení Európskej komisii v zmysle čl. 59, ods. 5, písm. b) nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie, a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 v platnom znení;
9.	zabezpečenie včasného uloženia v CEDIS v súlade s lehotou uvedenou v Metodickom usmernení č. 7/2012 k vypracovaniu spisu z vládneho auditu:
a)	písomnej informácie prijatej od auditovanej osoby (prijímateľa) o zohľadnení odporúčaní uvedených v predbežnej správe / predbežnej čiastkovej správe z vládneho auditu prijatím opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, 
b)	písomnej informácie o opatreniach prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a na odstránenie príčin ich vzniku, ku ktorým nie sú v čiastkovej správe z vládneho auditu uvedené odporúčania,
c)	písomných správ prijatých od auditovanej osoby (prijímateľa) o splnení opatrení na nápravu nedostatkov zistených vládnym auditom a odstránení príčin ich vzniku a o zohľadnení odporúčaní.
Orgán auditu a spolupracujúci orgán má právo vyžiadať od subjektov zapojených do finančného riadenia, aby v ním určenej primeranej lehote zabezpečili priame pripojenie a prístup orgánu auditu do informačných systémov nimi prevádzkovaných v celom rozsahu uplatňovania pôsobnosti orgánu auditu.
Subjekty zapojené do procesu implementácie, overovania a spolupracujúce orgány sú povinné poskytnúť orgánu auditu potrebnú súčinnosť, poskytovať informácie, predkladať doklady, dávať vysvetlenia súvisiace s plnením úloh orgánu auditu v ním určenej lehote a rozsahu. Zároveň sú povinné spolupracovať s orgánom auditu, najmä vykonať na vyžiadanie orgánu auditu vládny audit a predkladať výsledné materiály z vykonaného vládneho auditu.
Orgán auditu, spolupracujúce orgány v prerokovaných správach z vládnych auditov vrátane schválených správ o zistených nezrovnalostiach pre projekty štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu zdokumentujú zistené nezrovnalosti a zároveň zaevidujú príslušné údaje o zisteniach a nezrovnalostiach do ITMS a CEDIS.
3.7 Orgány vydávajúce rozhodnutia v správnom konaní
3.7.1 Úrad vládneho auditu
Vo vzťahu k vydaným rozhodnutiam v správnom konaní podľa zákona č. 71/1967 Zb. o správnom konaní v znení neskorších predpisov plnili do 31. decembra 2015 nižšie uvedené úlohy Správy finančnej kontroly. Keďže od 1. januára 2016 dochádza podľa § 4 zákona č. 357/2015 Z. z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov k zriadeniu Úradu vládneho auditu, ktorý nahradí Správy finančnej kontroly, plní Úrad vládneho auditu, t. j. príslušný správny orgán I. stupňa, nižšie uvedené úlohy:
1.	predkladanie vydaných rozhodnutí v správnom konaní s prílohou aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa právoplatnosti I. stupňového rozhodnutia / odo dňa doručenia II. stupňového rozhodnutia vydaného v správnom konaní certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu a orgánu auditu;
2.	aktualizovanie údajov v súvislosti so zistenými nezrovnalosťami a splatnými pohľadávkami prijímateľov v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v správnom konaní;
3.	predloženie aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa splatnosti pohľadávky certifikačnému orgánu, v kópii príslušnému riadiacemu orgánu;
4.	predkladanie výkazu o stave vyrovnania pohľadávok z titulu uložených odvodov rozhodnutiami uloženými v správnom konaní certifikačnému orgánu, riadiacemu orgánu a orgánu auditu, a to do 20. kalendárneho dňa v mesiaci.
3.7.2 Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR, ktoré nepatrí pod orgán auditu, ale je v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho služobného úradu, je odvolacím a preskúmavacím orgánom v správnom konaní voči prvostupňovým rozhodnutiam Úradu vládneho auditu vydaným v nadväznosti na porušenie finančnej disciplíny, ktoré bolo zistené na základe vykonaných vládnych auditov zameraných na hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami EÚ vykonaných inými príslušnými kontrolnými orgánmi.
Samostatné oddelenie správneho konania Ministerstva financií SR zasiela vydané rozhodnutie v správnom konaní II. stupňa príslušnému správnemu orgánu I. stupňa, t. j. Úradu vládneho auditu, ktorý bezodkladne, najneskôr do 15 kalendárnych dní odo dňa doručenia právoplatného II. stupňového rozhodnutia aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti a spolu s kópiou právoplatného II. stupňového rozhodnutia ju predloží certifikačnému orgánu a v kópii riadiacemu orgánu, orgánu auditu a platobnej jednotke. 
V súvislosti s aktualizáciou údajov o zistených nezrovnalostiach vrátane finančnej identifikácie a v nadväznosti na údaje o splatných pohľadávkach prijímateľov príslušný správny orgán vydávajúci rozhodnutie o porušení finančnej disciplíny aktualizuje v určenej lehote údaje v ITMS na základe právoplatného rozhodnutia v druhostupňovom správnom konaní.
3.8 Orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov
Funkciu koordinačného útvaru boja proti podvodom v Slovenskej republike, tzv. AFCOS-u (Antifraud Coordination Service) vykonáva orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov v súlade s podmienkami vyplývajúcimi z nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1073/1999 o vyšetrovaniach vykonávaných Európskym úradom pre boj proti podvodom a v súlade, ktorým je v zmysle § 5 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov organizačný útvar sekcie kontroly a prevencie korupcie Úradu vlády SR, odbor Centrálneho kontaktného útvaru pre OLAF.
Tento orgán je zodpovedný najmä za:
a)	koordináciu opatrení zameraných na ochranu finančných záujmov Európskej únie v Slovenskej republike v súlade s Národnou stratégiou ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev v Slovenskej republike (schválená uznesením vlády SR č. 547 zo dňa 27. júna 2007 vrátane jej aktualizácií);
b)	zber a pravidelné oznamovanie nezrovnalostí Európskemu úradu pre boj proti podvodom prostredníctvom informačného systému AFIS (IMS – IT Systém riadenia nezrovnalostí);
c)	poskytnutie písomnej informácie o nezrovnalostiach štvrťročne, ktoré boli predmetom pravidelného hlásenia Európskemu úradu pre boj proti podvodom, certifikačnému orgánu a relevantným inštitúciám vrátane orgánu auditu a evidovanie týchto skutočností v ITMS;
d)	v prípade zistenia nezrovnalosti na základe kontroly vykonanej podľa zákona č. 10/1996 Z. z., informuje riadiaci orgán o zistenej nezrovnalosti a riadiaci orgán vypracuje správu o zistenej nezrovnalosti v súlade s časťou 4.10.
4 Financovanie zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
4.1 Pomoc zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov v rámci cieľa 1 a 2 má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy EÚ. V zmysle uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II: Bratislavský kraj, Západné Slovensko, Stredné Slovensko a Východné Slovensko. 
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3, ESF k dosiahnutiu cieľov 1 a 2 a Kohézny fond k dosiahnutiu cieľa 1.
Finančné rozdelenie pre cieľ 1, cieľ 2 a cieľ 3 vychádza z kritérií stanovených v čl. 19, 20 a 21 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
Na rozdiel od rozdelenia finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa jednotlivých cieľov, ktoré určuje Európska komisia, rozdelenie medzi jednotlivými štrukturálnymi fondmi a operačnými programami v rámci daného cieľa je v kompetencii Slovenskej republiky, pri rešpektovaní právomoci Európskej komisie schvaľovať operačné programy v zmysle nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 .
4.2 Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v programovom období 2007 – 2013 musia byť splnené nasledovné podmienky:
1.	obdobie oprávnenosti výdavkov na projekty prijímateľov vrátane veľkých projektov plynie odo dňa predloženia akceptovateľného operačného programu, najneskôr od 1. januára 2007 do 31. decembra 2015. V podmienkach Slovenskej republiky je oprávnené obdobie od 1. januára 2007 vzhľadom na skutočnosť, že žiaden operačný program nebol predložený na Európsku komisiu pred týmto dátumom. Akékoľvek výdavky realizované prijímateľmi pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené. Projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu nesmú byť ukončené pred začatím obdobia oprávnenosti. Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ nestanovuje, či oprávnené obdobie pre výdavky na príslušný projekt plynie pred alebo po podaní žiadosti o nenávratný finančný príspevok. V prípade poskytovania štátnej pomoci na národnej úrovni je oprávnené obdobie pre výdavky stanovené v príslušných schémach štátnej pomoci a schémach pomoci "de minimis" v ich platnom znení. Konečné rozhodnutie o stanovení oprávneného obdobia v rámci operačného programu je v právomoci riadiaceho orgánu;
2.	jednotlivé operačné programy môžu byť financované len z jedného fondu s výnimkou ERDF a Kohézneho fondu, ktoré musia byť súčasťou spoločných operačných programov dopravnej infraštruktúry a životného prostredia, vrátane veľkých projektov;
3.	operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu obsahujú samostatnú prioritnú os pre každý z fondov;
4.	financovanie z ERDF a ESF sa môže dopĺňať do výšky 10 % (15 % pre projekty financované z ESF v rámci sociálnej inklúzie) každej prioritnej osi operačného programu, pri činnostiach patriacich do rozsahu pôsobnosti pomoci z iného fondu za predpokladu, že tieto činnosti sú potrebné na uspokojivú realizáciu operácie / projektu a sú s ňou priamo spojené;
5.	dodržanie podmienok a špecifík uvedených v platnom znení usmernenia č. 1/2013-U k ukončeniu pomoci zo štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo na programové obdobie 2007 – 2013.
4.3 Rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci a presuny finančných prostriedkov
Rozhodnutie o poskytnutí pomoci prijíma Európska komisia pre NSRR a operačné programy. Rozhodnutie k NSRR, ktoré prijíma Európska komisia súbežne alebo po schválení operačných programov, obsahuje finančný plán s budúcimi rozpočtovými záväzkami na jednotlivé roky a fondy v členení na operačné programy. Rozhodnutie na operačný program, ktoré prijíma Európska komisia najneskôr do 4 mesiacov od predloženia akceptovateľného operačného programu členským štátom, nie však pred 1. januárom 2007, obsahuje finančný plán s finančnými záväzkami na jednotlivé roky 2007 – 2013 a fondy v členení na prioritné osi.
Rozhodnutia k veľkým projektom prijíma Európska komisia v súlade s čl. 41 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 jednotlivo, a to najneskôr do 3 mesiacov od predloženia akceptovateľnej žiadosti o potvrdenie pomoci riadiaceho orgánu.
Akýkoľvek presun prostriedkov medzi prioritnými osami operačného programu má dopad na finančný plán a vyžaduje si nové rozhodnutie Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení príslušným monitorovacím výborom. Nové rozhodnutie prijme Európska komisia po dohode s členským štátom najneskôr do troch mesiacov od formálneho predloženia žiadosti členského štátu.
Akékoľvek presuny v rámci operačných programov, ktoré by mali dopad na výšku finančných záväzkov za jednotlivé roky (napr. presun prostriedkov z roku 2007 do roku 2008) nie sú možné.
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 majú rovnako dopad na finančné plány a vyžadujú si nové rozhodnutia Európskej komisie o poskytnutí pomoci po schválení vládou SR a príslušnými monitorovacími výbormi.
Presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2, ktoré by mali dopad na výšku finančných záväzkov príslušných operačných programov za jednotlivé roky, sú možné len za predpokladu, že akékoľvek zvýšenie v rámci operačného programu za určitý rok musí byť kompenzované adekvátnym znížením v inom operačnom programe za ten istý rok, keďže celkový finančný záväzok daného roka za príslušný cieľ nemôže byť znížený.
Výška celkových finančných záväzkov pre príslušné roky za jednotlivé ciele musí zostať zachovaná, preto akékoľvek presuny finančných prostriedkov medzi jednotlivými cieľmi nie sú možné.
Akékoľvek presuny medzi štrukturálnymi fondmi a Kohéznym fondom nie sú možné. Akékoľvek presuny medzi štrukturálnymi fondmi (medzi ERDF a ESF) sú možné len po odsúhlasení daného presunu Európskou komisiou.
Akékoľvek presuny medzi operačnými programami v rámci cieľa 1 a 2 možno realizovať za aktuálne a budúce ročné finančné záväzky na žiadosť členskej krajiny predloženú Európskej komisii najneskôr do 30. septembra roku aktuálneho záväzku.
Akékoľvek presuny medzi opatreniami v rámci prioritnej osi a medzi prioritnými osami sú možné za predpokladu, že sa nezmení celková výška národných verejných zdrojov pre danú prioritnú os, prípadne operačný program. Na prípadnú zmenu (zvýšenie) celkovej výšky národných verejných zdrojov pre operačný program z dôvodu technickej úpravy finančného plánu je potrebný súhlas Ministerstva financií SR.
Príslušné riadiace orgány sú povinné predkladať všetky návrhy na presuny finančných prostriedkov vrátane presunov medzi opatreniami v rámci prioritnej osi certifikačnému orgánu na posúdenie.
4.4 Záväzky a platby z EÚ
4.4.1 Záväzky
4.4.1.1 Záväzky vo vzťahu k operačným programom
Príspevok EÚ poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa stanovuje ako viacročný finančný záväzok pre konkrétne programové obdobie pre daný členský štát.
Finančné záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť realizovaná v dvojročnom alebo dlhšom období, sú prijímané každoročne pre každý cieľ a operačný program. Pre operačné programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu sa prijíma finančný záväzok za každý fond jednotlivo. Prvý finančný záväzok sa prijme predtým, ako Európska komisia vydá rozhodnutie o poskytnutí pomoci k príslušnému operačnému programu. Následné finančné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Finančný záväzok na rok 2007 sa delí na šestiny a každá šestina sa pripočíta ku každému z finančných záväzkov rokov 2008 až 2013. Uvedené členenie finančného záväzku na rok 2007 sa vzťahuje len pre účely sledovania pravidla „n+3“, resp. „n+2“. 
Čerpanie finančných prostriedkov finančných záväzkov na roky 2008 – 2012 (na roky 2008 – 2010 pre Program cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013) pre všetky operačné programy NSRR Slovenskej republiky je možné podľa pravidla „n+3“ do troch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť finančného záväzku, ktorá nebola využitá zo zálohovej platby, alebo na ktorý neprijala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.4.2) do konca tretieho roka, ktorý nasleduje po roku prijatia finančného záväzku. 
Čerpanie finančných prostriedkov finančných záväzkov na rok 2013 (na roky 2011 – 2013 pre Program cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013) pre všetky operačné programy NSRR Slovenskej republiky je možné podľa pravidla „n+2“ do dvoch rokov od ich prijatia. Európska komisia automaticky zruší každú časť finančného záväzku, na ktorý neprijala prijateľnú žiadosť o platbu od certifikačného orgánu (platby z Európskej komisie sú uvedené v časti 4.4.2) do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia finančného záväzku pri zohľadnení nižšie uvedenej výnimky platnej pre finančný záväzok 2013.
V praxi to znamená, že za účelom vyhnutia sa automatickému zrušeniu časti finančného záväzku pre rok „n“ na daný operačný program:
a)	je potrebné, aby certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu spolu s certifikovaným výkazom výdavkov najneskôr do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“;
b)	výkaz výdavkov predkladaný Európskej komisii musí zodpovedať výdavkom skutočne realizovaným prijímateľmi, tzn. že tieto výdavky musia byť najneskôr do tohto dátumu schválené na všetkých úrovniach v rámci systému informačných a finančných tokov v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu, vrátane certifikačného orgánu.
Výnimkou vo vzťahu k čerpaniu finančného záväzku, okrem finančného záväzku roku 2007, je aj finančný záväzok roku 2008, ktorý je znížený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou a finančný záväzok pre rok 2013 (zvýšený o celkovú sumu poskytnutej zálohovej platby Európskou komisiou), na ktorý je potrebné požiadať Európsku komisiu o platbu najneskôr do 31. marca 2017 formou žiadosti o záverečnú platbu.
Automatické zrušenie finančného záväzku sa nevzťahuje na:
1.	časť finančného záväzku zodpovedajúcu operáciám, ktoré podliehajú súdnym konaniam alebo odvolaniam v správnom konaní, až do ich doriešenia. Takéto prípady najčastejšie zahrňujú projekty, pri ktorých sa mešká s ich realizáciou, projekty, pri ktorých vznikol spor medzi prijímateľom a dodávateľom, alebo projekty, pri ktorých existuje spor medzi príslušnými orgánmi členského štátu a prijímateľom ohľadne uznania oprávnenosti výdavkov. Tieto prípady sa však musia vzťahovať na práce alebo výdavky, ktoré boli realizované pred 31. decembrom roku „n+3“, resp. „n+2“. Certifikačný orgán je v takom prípade najneskôr do termínu vypršania obdobia „n+3“, resp. „n+2“ povinný poskytnúť Európskej komisii vyčíslenie predmetnej čiastky, ktorá by za normálnych okolností bola prijímateľom v období „n+3“, resp. „n+2“ vyplatená, dostatočné informácie a podpornú dokumentáciu;
2.	časť finančného záväzku zodpovedajúcu nezrovnalostiam za predpokladu, že certifikačný orgán zahrnul túto čiastku do výkazu výdavkov k žiadosti o platbu predloženej Európskej komisii do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ a predmetná suma bola obsiahnutá v správe o nezrovnalostiach zasielanej OLAF EK;
3.	tú časť finančného záväzku, pre ktorý predložil certifikačný orgán žiadosť o platbu, ale ktorej úhradu Európska komisia prerušila alebo pozastavila do 31. decembra roku „n+3“, resp. „n+2“ v súlade s čl. 91 a 92 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. Ak sa vyriešil problém, ktorý viedol k prerušeniu alebo pozastaveniu, pravidlo automatického zrušenia sa uplatní na tú časť finančného záväzku, ktorá sa považuje za použitú nenáležite;
4.	tú časť finančného záväzku, na ktorú bola predložená žiadosť o platbu, ale ktorej úhrada bola obmedzená, najmä z nedostatku rozpočtových zdrojov;
5.	tú časť finančného záväzku, pre ktorú nebolo možné predložiť prijateľnú žiadosť o platbu z dôvodov vyššej moci, ktorá závažným spôsobom ovplyvňuje plnenie operačného programu. Národné orgány, ktoré vyhlásili pôsobenie vyššej moci, musia dokázať jej priame následky na plnenie celého operačného programu alebo jeho časti.
Určitú výnimku vo vzťahu k automatickému zrušeniu finančného záväzku tvoria aj veľké projekty a schémy štátnej pomoci. 
Predložením akceptovateľnej žiadosti o potvrdenie pomoci pre veľký projekt Európskej komisii sa čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie finančného záväzku, zníži o ročné sumy zodpovedajúce finančnému plánu veľkého projektu. 
Čiastka operačného programu, ktorej by sa mohlo týkať automatické zrušenie finančného záväzku v čase prijatia rozhodnutia Európskej komisie k schéme štátnej pomoci, bude znížená o ročné sumy zodpovedajúce danej schéme štátnej pomoci.
Lehota na automatické zrušenie finančného záväzku pre veľké projekty a schémy štátnej pomoci sa začína až odo dňa rozhodnutia Európskej komisie k uvedenému projektu, resp. schéme štátnej pomoci.
Certifikačný orgán monitoruje stav čerpania finančných prostriedkov aj s ohľadom na potenciálne riziko automatického zrušenia finančného záväzku. 
V prípade uplatnenia automatického zrušenia finančného záväzku Európska komisia informuje členský štát a dotknuté orgány o výške sumy automatického zrušenia finančného záväzku. Odo dňa prijatia tejto informácie má členský štát dvojmesačnú lehotu na odsúhlasenie stanovenej sumy, resp. na predloženie pripomienok. O čiastku automatického zrušenia finančného záväzku Európska komisia zníži príspevok EÚ (finančný záväzok) na príslušný rok. Členský štát do dvoch mesiacov od zrušenia zostaví revidovaný finančný plán, v ktorom odzrkadlí zníženú sumu na relevantné prioritné osi operačného programu. Ak tak neurobí, Európska komisia pomerne zníži sumy pridelené pre každú prioritnú os operačného programu.
4.4.1.2 Záväzky vo vzťahu k projektom
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 nestanovujú konečný termín na uzavretie finančných záväzkov s prijímateľmi, tzn. že zmluvy s prijímateľmi o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní môžu byť uzatvárané aj v rokoch 2014 a 2015. Pri poskytovaní pomoci podľa schém štátnej pomoci a schém pomoci "de minimis" stanovujú konečný termín na uzavretie zmluvných záväzkov s prijímateľmi príslušné ustanovenia týchto schém v ich platnom znení. Prijímateľ je však povinný realizovať svoje výdavky najneskôr do 31. decembra 2015, v opačnom prípade ich nie je možné považovať za oprávnené.
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 rovnako nestanovujú pravidlo „n+2“, resp. „n+3“ na dobu implementácie jednotlivých projektov, tzn. že projekty je možné realizovať aj po dobu dlhšiu, ako sú dva, resp. tri roky.
Nariadenia ani žiadna iná legislatíva EÚ pre programové obdobie 2007 – 2013 rovnako nestanovujú maximálne objemy finančných prostriedkov na projekty, tzn. že rozhodnutia o schválení žiadosti / zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní môžu byť v príslušnom roku uzatvárané nad rámec výšky daného finančného záväzku. Riadiaci orgán môže určiť tieto objemy za predpokladu dodržania celkovej sumy finančných záväzkov na daný operačný program. Z pohľadu čerpania jednotlivých ročných finančných záväzkov EÚ na príslušný operačný program platí, že tieto finančné záväzky je možné čerpať najskôr v roku prijatia daného finančného záväzku (napr. v roku 2009 je možné čerpať z finančných záväzkov z rokov 2008 a 2009, nie však z roku 2010).
Výdavky na jednotlivé projekty možno čerpať z viacerých finančných záväzkov pre operačný program, za predpokladu rešpektovania pravidla „n+3“, resp. „n+2“, tzn. že finančné prostriedky zo záväzku roku „n“ je možné dočerpať do roku „n+3“, resp. „n+2“. V praxi to znamená, že na: 
a)	projekt schválený v roku 2007 možno čerpať z finančného záväzku roku 2007, aj z finančného záväzku rokov 2008 – 2013;
b)	projekt schválený v roku 2008 možno čerpať z finančného záväzku roku 2007 (v prípade, ak nie je dočerpaný), aj z finančného záväzku rokov 2008 – 2013;
c)	projekt schválený v roku 2009 možno čerpať z finančného záväzku rokov 2007, 2008 (v prípade, ak nie je dočerpaný), aj z finančného záväzku rokov 2009 – 2013;
d)	projekt schválený v roku 2010 možno čerpať z finančného záväzku rokov 2007, 2008 a 2009 (v prípade, ak nie je finančný záväzok za príslušný rok dočerpaný), aj z finančného záväzku rokov 2010 – 2013.
4.4.2 Platby z Európskej komisie
Prostriedky EÚ prevádza Európska komisia na mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici zriadený v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Úroky získané z prostriedkov EÚ na mimorozpočtovom účte Ministerstva financií SR pridelí certifikačný orgán na ten istý účel pomoci v zmysle čl. 83 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. V zmysle tohto článku sú získané úroky považované za zdroje Slovenskej republiky ako národné verejné zdroje. Použitie získaných úrokov deklaruje certifikačný orgán Európskej komisii v rámci žiadosti o záverečnú platbu. 
Platby z Európskej komisie realizované pre každý operačný program jednotlivo majú formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich s príslušným operačným programom. Zálohová platba je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Každá nasledovná platba sa priraďuje k najstaršiemu dostupnému záväzku.
Priebežné platby a záverečnú platbu realizuje Európska komisia podľa pomeru stanoveného v príslušnom rozhodnutí o poskytnutí pomoci pre daný operačný program na úrovni prioritných osí k celkovým oprávneným verejným výdavkom uvedeným v predloženom výkaze výdavkov v zmysle čl. 53 ods. 1 písm. b) nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
Akákoľvek komunikácia medzi certifikačným orgánom a Európskou komisiou týkajúca sa platieb sa uskutočňuje elektronickými prostriedkami. V prípade vyššej moci, a najmä ak nastane porucha spoločného počítačového systému, alebo ak nie je trvalé spojenie, certifikačný orgán môže zaslať výkaz výdavkov a žiadosť o platbu v písomnej forme.
Zálohová platba z Európskej komisie
Pri prijatí rozhodnutia o poskytnutí pomoci na operačný program prevedie Európska komisia zálohovú platbu na mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Celá výška zálohovej platby je priradená k prvému ročnému rozpočtovému záväzku. Zálohová platba nemusí byť členským štátom podložená skutočne vynaloženými výdavkami prijímateľov až do podania žiadosti o záverečnú platbu Európskej komisii, dokedy musí byť najneskôr v celej sume zúčtovaná. 
V čl. 82 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 sa uvádza, že zálohová platba zo štrukturálnych fondov poskytnutá členským štátom predstavuje 9 % z celkových záväzkov EÚ vyčlenených na daný operačný program. Zálohová platba z Kohézneho fondu predstavuje 10,5 % z celkových záväzkov EÚ vyčlenených na daný operačný program.
Zálohová platba na operačný program je rozdelená na tri rozpočtové roky:
-	2 % z príspevku štrukturálnych fondov v roku 2007, 3 % v roku 2008 a 4 % v roku 2009;
-	2,5 % z príspevku Kohézneho fondu v roku 2007, 4 % v roku 2008 a 4 % v roku 2009.
V roku 2009 bola zálohová platba zo štrukturálnych fondov vyplatená v dvoch tranžiach po 2 %.
Táto zálohová platba predstavuje počiatočný finančný kapitál pokrývajúci výdavky na rozbehnutie operačných programov.
Ak certifikačný orgán nepredloží Európskej komisii žiadnu žiadosť o platbu (priebežnú) do 24 mesiacov od vyplatenia prvej časti zálohovej platby, musí certifikačný orgán vrátiť Európskej komisii celú zálohovú platbu, resp. jej časť, v závislosti na pokroku pri realizácii pomoci.
Priebežné platby z Európskej komisie
Certifikačný orgán na základe predložených a schválených súhrnných žiadostí o platbu od platobných jednotiek a technických súhrnných žiadostí o platbu od riadiaceho orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 predkladá Európskej komisii podľa potreby, spravidla 3 krát ročne, žiadosti o platbu (priebežnú platbu) spolu s certifikovaným výkazom výdavkov za účelom doplnenia finančných prostriedkov EÚ na mimorozpočtovom účte Ministerstva financií SR.
Prvú priebežnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu splnenia podmienok stanovených čl. 71 ods. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, tzn. že výrok orgánu auditu v rámci správy k opisu riadiacich a kontrolných systémov neobsahuje výhrady a Európska komisia k uvedeným dokumentom nemala pripomienky. V prípade, ak výrok orgánu auditu obsahuje výhrady, Európska komisia prevedie prvú priebežnú platbu až potom, ako boli výhrady stiahnuté a potvrdené Európskej komisii.
Každú priebežnú platbu ako aj záverečnú platbu prevedie Európska komisia na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľov, ktoré boli alebo majú byť preplatené z nenávratného finančného príspevku. Tieto výdavky musia byť podložené faktúrami alebo dokladmi rovnocennej dôkaznej hodnoty. Čo sa týka projektov realizovaných v rámci schém štátnej pomoci alebo schém "de minimis", deklarované výdavky zodpovedajúce nenávratnému finančnému príspevku musia byť v čase predloženia žiadosti o platbu (priebežná alebo záverečná) Európskej komisii aj preplatené prijímateľom.
Z vyššie uvedeného vyplýva, že každá žiadosť o platbu (priebežná alebo záverečná) a výkaz výdavkov predložený Európskej komisii môže obsahovať iba výdavky, ktoré zodpovedajú:
-	schváleným súhrnným žiadostiam o platbu / technickým súhrnným žiadostiam o platbu certifikačným orgánom.
Preto najskorším momentom zahrnutia výdavkov do výkazu výdavkov predkladaného so žiadosťou o platbu Európskej komisii je schválenie súhrnnej žiadosti o platbu, resp. technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom.
Výdavky na veľké projekty definované čl. 39 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 môžu byť zahrnuté do výkazu výdavkov aj pred prijatím rozhodnutia Európskou komisiou k danému veľkému projektu.
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva podľa čl. 44 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 výdavky zahrnuté do žiadosti o priebežnú platbu Európskej komisii zodpovedajú tranžiam prevedeným prijímateľovi – holdingovému fondu.
Úroky získané v rámci operačných programov z platieb na aktivity finančného inžinierstva budú použité na financovanie projektov mestského rozvoja v prípade fondov mestského rozvoja alebo pre malé a stredné podniky v ostatných prípadoch. Zdroje vrátené do operácie z investovania alebo tie, ktoré zostali po zaplatení všetkých záruk, sa opätovne využijú pre rozvoj malých a stredných podnikov alebo v prospech projektov mestského rozvoja.
Európska komisia prevedie priebežnú platbu za splnenia nasledovných podmienok:
a)	certifikačný orgán predložil Európskej komisii žiadosť o platbu a certifikovaný výkaz výdavkov;
b)	riadiaci orgán zaslal Európskej komisii najnovšiu výročnú správu o vykonávaní programu schválenú monitorovacím výborom;
c)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 258 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorej alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Európska komisia prevedie priebežné platby na mimorozpočtové účty Ministerstva financií SR najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu na základe certifikovaného výkazu výdavkov.
Súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkového záväzku EÚ na príslušný operačný program. Keď sa dosiahne tento limit, certifikačný orgán naďalej zasiela Európskej komisii všetky certifikované výkazy výdavkov k 31. decembru roku „n“, ako aj súm vrátených počas roka za každý z fondov, najneskôr do konca februára roku „n+1“.
Záverečná platba z Európskej komisie
Záverečnú platbu t. j. minimálne 5 % z alokácie na príslušný operačný program, pričom záverečná žiadosť o platbu Európskej komisii môže byť zaslaná certifikačným orgánom v nižšej sume, prevedie Európska komisia za predpokladu, že
a)	Európskej komisii boli do 31. marca 2017 predložené nasledovné dokumenty:
1.	žiadosť o záverečnú platbu a certifikovaný výkaz výdavkov;
2.	záverečná správa o vykonávaní operačného programu;
3.	vyhlásenie o ukončení pomoci orgánom auditu.
b)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle čl. 258 Zmluvy o EÚ vzťahujúcich sa na operáciu alebo operácie, ktorého alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
V prípade nezaslania ktoréhokoľvek z vyššie uvedených dokumentov v riadnom termíne, Európska komisia zruší časť rozpočtového záväzku zodpovedajúcu výške záverečnej platby.
Pokiaľ ide o aktivity finančného inžinierstva, oprávnené výdavky deklarované v rámci záverečného výkazu výdavkov sa určia na základe:
-	platieb na investície do malých a stredných podnikov;
-	alebo poskytnutých záruk z príslušných fondov rizikového kapitálu, záručných fondov a pôžičkových fondov spolu;
-	alebo sumy oprávnených výdavkov na riadenie.
V súlade s tým sa upravia zodpovedajúce výkazy výdavkov.
Európska komisia v závislosti od dostupnosti finančných prostriedkov prevedie záverečnú platbu do 45 kalendárnych dní odo dňa akceptovania záverečnej správy o vykonávaní a vyhlásenia o ukončení pomoci. V prípade, ak uvedené dokumenty boli predložené v rôznych termínoch, lehota 45 kalendárnych dní platí pre ten z nich, ktorý bol predložený neskôr. Uvedené dokumenty sú považované za akceptované, pokiaľ Európska komisia nepredložila svoje pripomienky do 5 mesiacov odo dňa ich predloženia.
Ak v priebehu deviatich mesiacov po dni prevodu záverečnej platby certifikačný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť na požiadanie Slovenskej republiky opravovaná. Zostatok rozpočtového záväzku operačného programu sa ruší 12 mesiacov po vykonaní záverečnej platby.
4.5 Platby na národnej úrovni
4.5.1 Zaradenie prostriedkov EÚ do štátneho rozpočtu
Prostriedky EÚ, okrem prostriedkov poskytnutých v rámci cieľa 3, sa v súlade so zákonom č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy zaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu po ich prevode z mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR na príjmový účet platobnej jednotky.
Na použitie účelovo určených prostriedkov EÚ poskytnutých Slovenskej republike, zaradených do príjmov štátneho rozpočtu, sa v štátnom rozpočte v dotknutých ministerstvách rozpočtujú príslušné výdavky v zmysle § 8 ods. 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Tieto výdavky sa poskytujú prijímateľovi prostredníctvom platobných jednotiek na základe podmienok určených v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku v zmysle § 20 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
V súlade § 8 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy možno prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie použiť aj v nasledujúcich rozpočtových rokoch až do ich vyčerpania na určený účel.
Vláda môže zmeniť účel použitia výdavkov, ktoré možno použiť v nasledujúcich rozpočtových rokoch. Pri zmene účelu použitia na bežné výdavky je tieto možné použiť len do konca rozpočtového roka, v ktorom bol zmenený účel použitia výdavkov. Správca kapitoly je povinný oznámiť Ministerstvu financií SR výšku všetkých výdavkov (t. j. výdavkov platobnej jednotky), ktoré použije až v nasledujúcom rozpočtovom roku do 15. decembra bežného rozpočtového roka. Termín nahlásenia všetkých výdavkov z prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré kapitola použije v nasledujúcom rozpočtovom roku, je 20. november a do 15. decembra doručuje potvrdenia oznámenia z 20. novembra. Po doručení tohto oznámenia Ministerstvo financií SR viaže tieto prostriedky a o sumu viazaných prostriedkov môže povoliť prekročenie limitu výdavkov v nasledujúcom rozpočtovom roku. V nasledujúcom rozpočtovom roku sa plnenie rozpočtu verejnej správy sleduje v zmysle platnej rozpočtovej klasifikácie.
Programové rozpočtovanie
Prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú zaradené do programovej štruktúry relevantných rozpočtových kapitol.
Spôsob zaradenia prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie do programov príslušných kapitol je stanovený v metodickom pokyne Ministerstva financií SR na usmernenie programového rozpočtovania. Opatreniam, resp. podopatreniam operačných programov je okrem kódu programového rozpočtovania priradený špeciálny 7-miestny kód (eurokód), ktorý umožní z Rozpočtového informačného systému vyselektovať výstupy výdavkov, resp. prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na spoločné programy Slovenskej republiky a EÚ a zároveň zabezpečí kompatibilitu s ITMS a ISUF. Číselník kódov pre prostriedky EÚ a pre prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je vydaný samostatným usmernením Ministerstva financií SR.
Presuny finančných prostriedkov v štruktúre programov možno vykonať v súlade so zákonom č. 523/2004 o rozpočtových pravidlách verejnej správy a platným metodickým pokynom Ministerstva financií SR na usmernenie programového rozpočtovania. Presuny týchto prostriedkov schválených v programoch, častiach programov nie je možné realizovať do ostatných programov, resp. častí programov, ktoré nemajú väzbu na tieto prostriedky.
Realizácia výdavkov prostredníctvom Štátnej pokladnice
Certifikačný orgán postupuje pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ podľa § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Platobné jednotky postupujú pri realizácii výdavkov zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie podľa § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
4.5.2 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – platobná jednotka
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky EÚ (okrem Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013) platobnej jednotke po schválení súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou (časť 4.8).
Prostriedky EÚ sú z mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR prevedené na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
4.5.3 Platby vo vzťahu certifikačný orgán – prijímateľ
Certifikačný orgán prostredníctvom Štátnej pokladnice prevádza prostriedky ERDF (v prípade predfinancovania záverečnej platby ide o prostriedky štátneho rozpočtu SR a ČR) vedúcemu partnerovi po schválení technickej súhrnnej žiadosti o platbu na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého riadiacim orgánom v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 (časť 4.8.5) výlučne systémom refundácie. 
Prostriedky ERDF sú z mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR prevedené na príslušný účet vedúceho partnera definovaný v zmluve o poskytnutí finančného príspevku otvoreného v súlade s časťou 4.7.
4.5.4 Platby vo vzťahu platobná jednotka - prijímateľ
Prijímatelia môžu byť zo sektora verejnej správy alebo zo súkromného sektora. Medzi prijímateľov z verejnej správy v súlade s § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy patria:
•	subjekty ústrednej správy:
a)	štátne rozpočtové organizácie;
b)	štátne príspevkové organizácie;
c)	verejné vysoké školy;
d)	iné subjekty, ktoré sú zapísané v registri organizácií vedených Štatistickým úradom SR podľa § 19 až 21 zákona č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike v znení neskorších predpisov;
•	subjekty územnej samosprávy:
a)	obce alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie;
b)	vyššie územné celky alebo nimi zriadené rozpočtové a príspevkové organizácie;
•	združenia právnických osôb zo sektora verejnej správy (všetci členovia združenia sú zo sektora verejnej správy).
Medzi prijímateľov zo súkromného sektora patria subjekty, ktoré nespadajú pod definíciu § 3 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy:
a)	iné právnické osoby;
b)	fyzické osoby;
c)	združenia právnických osôb v prípade, ak minimálne jeden člen združenia je zo súkromného sektora.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú prijímateľom poskytované systémom:
•	predfinancovania
•	zálohových platieb
•	refundácie
Systém predfinancovania sú oprávnení využiť prijímatelia pre projekty financované z ERDF a Kohézneho fondu (časť 4.8.1). 
Systém zálohových platieb sú oprávnení využiť prijímatelia pre projekty financované z ESF a prijímatelia - štátne rozpočtové organizácie pre projekty financované z ESF, ERDF a Kohézneho fondu (časť 4.8.2 a časť 4.8.3).
Systém refundácie sa uplatňuje v prípade určenia riadiaceho orgánu po dohode s prijímateľom a v prípade záverečných platieb pri uplatnených systémoch predfinancovania, resp. zálohových platieb (s výnimkou systému zálohových platieb a systému predfinancovania pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie) (v zmysle časti 4.8.4).
Prijímateľom (okrem štátnych rozpočtových organizácií), ktorí sú oprávnení využívať systém predfinancovania s kombináciou refundácie (v zmysle časti 4.8.1), resp. systém zálohovej platby s kombináciou refundácie (v zmysle časti 4.8.2), sú na základe predložených žiadostí o platbu (primerane použitých k využitému systému financovania) preplácané finančné prostriedky do momentu dosiahnutia maximálne 95 % nenávratného finančného príspevku. Suma každej uhradenej žiadosti o platbu prijímateľa sa napočítava do jednej spoločnej sumy, ktorá vyjadruje sumárny stav percentuálneho čerpania celkových oprávnených výdavkov na projekt k aktuálnemu obdobiu. Po vyčerpaní maximálne 95 % nenávratného finančného príspevku je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % nenávratného finančného príspevku, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov.
Prijímatelia v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 sú oprávnení využívať prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie výlučne systémom refundácie.
Pre prijímateľa – v rámci implementácie nástrojov finančného inžinierstva sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie platobnou jednotkou prevádzajú v jednej alebo viacerých tranžiach (v zmysle časti 4.8.5) po splnení náležitých podmienok definovaných čl. 43 - 46 nariadenia Komisie (ES) č.1828/2006 na základe žiadosti o platbu.
Systém financovania partnera prijímateľa sa uplatňuje podľa využívaného systému financovania prijímateľom, v závislosti od dohody medzi prijímateľom a partnerom a za podmienok stanovených v zmluve.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sa prijímateľovi poskytujú na základe žiadosti o platbu. Každú žiadosť o platbu vyhotovuje prijímateľ v dvoch rovnopisoch, pričom jeden rovnopis zostáva u prijímateľa a druhý predkladá riadiacemu orgánu. Formulár žiadosti o platbu spolu s pokynmi na jej vyplnenie je uvedený v prílohe 3a a 3b. Prijímateľ, okrem prijímateľa v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013, predkladá žiadosť o platbu prostredníctvom verejnej časti ITMS, pričom za predloženie žiadosti o platbu riadiacemu orgánu sa považuje jej zaslanie cez verejný portál ITMS a zároveň aj písomné doručenie vytlačenej žiadosti o platbu z ITMS označenej podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, pričom riadiaci orgán je povinný zaevidovať žiadosť o platbu v ITMS až po prijatí písomnej verzie žiadosti o platbu. Riadiaci orgán môže v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 v prípade realizácie individuálnych projektov (národné projekty a projekty technickej pomoci) rozhodnúť o spôsobe predloženia žiadosti o platbu prijímateľom.
Riadiaci orgán môže rozhodnúť o predkladaní viacerých rovnopisov žiadosti o platbu. Súčasťou žiadosti o platbu je faktúra alebo iný účtovný doklad rovnocennej dôkaznej hodnoty (originál alebo kópia označená podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) a iná podporná dokumentácia, ktorej rozsah stanovuje príslušný riadiaci orgán. Účtovné doklady nie sú predkladané v prípade poskytnutia zálohovej platby, v rámci systému prevodu tranže prijímateľovi – v rámci implementácie nástrojov finančného inžinierstva, v prípade uplatňovania zjednodušeného vykazovania výdavkov prostredníctvom paušálnej sadzby, jednotkových cien, paušálnej sumy, v rámci sumarizačných hárkov, resp. zoznamu výdavkov (národné projekty). Je v kompetencii riadiaceho orgánu rozhodnúť o uplatňovaní zjednodušeného vykazovania výdavkov, pričom zároveň platí, že ak umožní prijímateľovi využívať zjednodušené vykazovanie výdavkov, je riadiaci orgán povinný umožniť ich uplatňovanie vo všetkých uplatňovaných systémoch financovania.
Riadiaci orgán je oprávnený zvýšiť alebo znížiť výšku žiadosti o platbu z technických dôvodov na strane riadiaceho orgánu maximálne do výšky 1 EUR v rámci jednej žiadosti o platbu, pričom celková suma poskytnutého nenávratného finančného príspevku môže byť prekročená maximálne o 1 EUR.
Poskytnutie prostriedkov systémom refundácie podlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu. Poskytnutie prostriedkov systémom predfinancovania a zálohových platieb nepodlieha predchádzajúcemu schváleniu certifikačného orgánu.
Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná v EUR len do výšky súčtu pomeru zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z oprávnených výdavkov projektu. V prípade, ak má prijímateľ povinnosť použiť vlastné zdroje, každá platba musí byť doplnená zdrojmi prijímateľa v pomere schválenom na projekt vrátane zdrojov za neoprávnené výdavky nad rámec finančnej medzery pre projekty, pri ktorých sa na ich začiatku alebo pri ich schvaľovaní vypočítava čistý príjem z projektu.
Prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z príslušného výdavkového účtu platobnej jednotky sú prevedené na účet prijímateľa v súlade s § 8 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. 
Prostriedky EÚ (v prípade predfinancovania záverečnej platby ide o prostriedky štátneho rozpočtu SR a ČR) v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 sú prevádzané z mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu na účet vedúceho partnera v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Prostriedky štátneho rozpočtu Slovenskej republiky na spolufinancovanie v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 sú prevádzané platobnou jednotkou na účet vedúceho partnera / hlavného cezhraničného partnera v Slovenskej republike bez ohľadu na jeho právnu formu efektívnym tokom peňazí z výdavkového účtu platobnej jednotky. 
Pre prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov na realizáciu projektu rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa. 
Pre prijímateľov – ostatné subjekty verejnej správy (štátna príspevková organizácia, VÚC, obec, rozpočtová alebo príspevková organizácia VÚC alebo obce, iná organizácia verejnej správy) a subjekty súkromného sektora (nezisková organizácia, podnikateľ a pod.) zabezpečuje platobná jednotka prevod prostriedkov na realizáciu projektu z výdavkového účtu formou transferu.
V prípade implementácie časti operačného programu prostredníctvom globálneho grantu, podľa čl. 42 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, pre prijímateľov globálneho grantu zabezpečuje platobná jednotka prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prostredníctvom sprostredkovateľa globálneho grantu. 
4.5.5 Platby vo vzťahu prijímateľ – dodávateľ / zhotoviteľ
Prijímateľ uhrádza účtovné doklady súvisiace s realizáciou projektu dodávateľovi / zhotoviteľovi v zmysle časti 4.8. V prípade, ak dodávateľ / zhotoviteľ postúpil pohľadávky voči prijímateľovi na postupníka v súlade s § 524 – 530 Občianskeho zákonníka (napr. faktoringová spoločnosť, resp. iný subjekt), prijímateľ uhrádza účtovné doklady postupníkovi, a to v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
V prípade projektov, ktoré obsahujú aj výdavky neoprávnené nad rámec finančnej medzery, je tieto prijímateľ povinný uhrádzať dodávateľovi / zhotoviteľovi pomerne z každého účtovného dokladu podľa pomeru stanoveného zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, pričom vecne neoprávnené výdavky si prijímateľ hradí z vlastných zdrojov.
4.5.6 Vysporiadanie finančných vzťahov
Vysporiadanie finančných vzťahov na národnej úrovni sa vykonáva v súlade so zákonom č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. Vysporiadanie finančných vzťahov sa vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, ak sa nevykoná vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti podľa § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov. Riadiaci orgán môže uzavrieť s prijímateľom dohodu o splátkach alebo dohodu o odklade plnenia podľa postupov a za splnenia podmienok ustanovených v § 28a zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. Riadiaci orgán pripojí elektronickú verziu schválenej dohody o splátkach / dohody o odklade plnenia do príloh k dotknutej nezrovnalosti v ITMS. Vrátenie finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré boli poskytnuté prijímateľovi na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní alebo rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok, ak prijímateľ a poskytovateľ je tá istá osoba, sa uskutočňuje najmä v nasledovných prípadoch:
1.	prijímateľ nevyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
2.	prijímateľ vyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v rozpore so všeobecne záväznými predpismi SR alebo právne záväznými predpismi EÚ (najmä porušenie finančnej disciplíny alebo vznik nezrovnalosti);
3.	prijímateľ vyčerpal poskytnuté prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v rozpore s podmienkami zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní alebo rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok, resp. prijímateľ porušil alebo nesplnil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní alebo rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok (najmä porušenie finančnej disciplíny alebo vznik nezrovnalosti) a porušenie týchto povinností, resp. nesplnenie týchto povinností je spojené s povinnosťou vrátenia finančných prostriedkov;
4.	prijímateľ – holdingový fond nezabezpečil použitie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na účel pomoci definovaný v zmluve o financovaní do 31. decembra 2015 v nadväznosti na požiadavky čl. 78 ods. 6 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006;
5.	prijímateľovi boli poskytnuté finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z titulu mylnej platby;
6.	a iných (napr. bol vytvorený príjem z projektu).
V súlade s § 24 ods. 1 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov je prijímateľ povinný vrátiť nenávratný finančný príspevok alebo jeho časť za podmienok a spôsobom uvedeným v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluve o financovaní alebo v rozhodnutí o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Ak suma nenávratného finančného príspevku alebo jeho časti, ktorá sa má vrátiť, nepresiahne 40,00 EUR, tento nenávratný finančný príspevok alebo jeho časť riadiaci orgán nevymáha.
Riadiaci orgán sa môže rozhodnúť podľa charakteru projektu alebo typu prijímateľa, či priebežne kumuluje nezúčtovaný nenávratný finančný príspevok vrátane súm do 40,00 EUR a súčasne ho aj priebežne vymáha v momente prekročenia sumy 40,00 EUR alebo uplatní a vymáha úhrnnú sumu takto nezúčtovaného nenávratného finančného príspevku po prekročení sumy 40,00 EUR pri poslednom zúčtovaní zálohovej platby.
V prípade vzniku dôvodu na vrátenie príspevku alebo jeho časti (napr. z dôvodov porušení všeobecne záväzných právnych predpisov SR alebo legislatívy EÚ prijímateľom), prijímateľ podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku je povinný pri vrátení finančných prostriedkov postupovať v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a zákonom č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. Riadiaci orgán voči finančnému limitu 40,00 EUR posudzuje iba sumu príspevku, ktorý tvoria prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté riadiacim orgánom podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / rozhodnutia o schválení žiadosti bez možnosti zahrnutia sankcie alebo úroku z omeškania. 
V jednotlivých prípadoch vrátenia prostriedkov riadiaci orgán zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvy o financovaní alebo rozhodnutia o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok, v kópii certifikačnému orgánu a platobnej jednotke (okrem prípadov keď sa nezrovnalosť identifikuje v rámci výkonu vládneho auditu). V prípade vrátenia finančných prostriedkov na základe podnetu prijímateľa, riadiaci orgán žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov prijímateľovi nezasiela.
Formulár žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov spolu s pokynom k jeho vyplneniu je uvedený v prílohe 14a – 14d.
Vrátenie finančných prostriedkov oznamuje prijímateľ príslušnému riadiacemu orgánu, s ktorým má uzatvorenú zmluvu o poskytnutí nenávratného finančného príspevku / zmluvu o financovaní alebo rozhodnutie o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Prijímateľ zasiela oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov do 10 kalendárnych dní odo dňa uskutočnenia úhrady prostriedkov v súlade s výpisom z bankového účtu, resp. úpravou rozpočtu formou rozpočtového opatrenia. 
Formulár oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov spolu s pokynom k jeho vyplneniu je uvedený v prílohe 15a – 15d. Prílohou oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je výpis z bankového účtu.
V prípade, ak finančné prostriedky vrátil prijímateľ - štátna rozpočtová organizácia platobnej jednotke formou úpravy rozpočtu cez správcu kapitoly, prílohou formuláru oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je vytlačený aktivovaný ELÚR (evidenčný list úprav rozpočtu) potvrdzujúci úpravu rozpočtu.
Riadiaci orgán do 10 kalendárnych dní odo dňa doručenia oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov postúpi kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov subjektu, ktorému boli pripísané finančné prostriedky, resp. upravený rozpočet (napr. platobná jednotka, certifikačný orgán).
Ak oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov nie je doručené prijímateľom v stanovenej lehote, oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov vystaví riadiaci orgán. Na základe evidencie vrátených finančných prostriedkov a predložených oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov certifikačný orgán vždy k 15. kalendárnemu dňu v mesiaci a platobná jednotka k 20. kalendárnemu dňu v mesiaci predkladajú riadiacemu orgánu knihu dlžníkov, resp. výkaz nezrovnalostí a vratiek. Na základe predloženého výkazu nezrovnalostí a vratiek je riadiaci orgán povinný dožiadať od prijímateľa chýbajúce oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a zabezpečiť zaevidovanie oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov v ITMS v lehote do konca príslušného mesiaca. Kópiu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov riadiaci orgán zasiela bezodkladne subjektom, ktorým boli finančné prostriedky pripísané na účet, a to v lehote do 10 kalendárnych dní v mesiaci nasledujúcom po mesiaci, v ktorom bol výkaz nezrovnalostí a vratiek predložený certifikačným orgánom a platobnou jednotkou.
Na účely zabezpečenia správnych a jednoznačných administratívnych, finančných a účtovných postupov pre spracovanie spätných tokov (vysporiadania finančných vzťahov) pri implementácii a realizácii prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, zabezpečenia triedenia príjmov a výdavkov podľa ekonomickej klasifikácie rozpočtovej klasifikácie pre správne sledovanie a vykazovanie aktuálneho dopadu finančných opráv a vrátených finančných prostriedkov v rámci realizácie spoločných programov Slovenskej republiky a Európskej únie financovaných z fondov Európskej únie a prostriedkov štátneho rozpočtu na schodok verejnej správy sú schémy a popis schém k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu upravené v metodickom usmernení MF SR č. 3/2015-U k schéme procesov vrátenia finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu, Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo a Európskeho námorného a rybárskeho fondu.
Pre finančné prostriedky s označením kódu zdroja "pro-rata" sa uplatní postup pre vrátenie finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie primerane.
4.5.6.1 Vysporiadanie čistého príjmu z projektu a odvod výnosu
Ak bol počas realizácie a v piatich rokoch od ukončenia projektu (alebo najviac do 31. decembra 2016, ktorý dátum je skorší) vytvorený čistý príjem, ktorý sa nezohľadnil v znížení príspevku prijímateľovi už pri poskytnutí (na základe výpočtu v súlade s podmienkami metodického pokynu centrálneho koordinačného orgánu č. 2 k vypracovaniu finančnej analýzy projektu, analýzy nákladov a prínosov projektu a finančnej analýzy žiadateľa o NFP v programovom období 2007 – 2013), prijímateľ je povinný vrátiť pomernú časť príspevku z prostriedkov EÚ vo výške čistého príjmu z projektu podľa čl. 55 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, resp. vo výške čistého príjmu na mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR a tieto prostriedky certifikačný orgán odpočíta z výkazu výdavkov k žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Ak je predpokladaný čistý príjem z projektu zohľadnený znížením príspevku prijímateľovi už pri poskytnutí, prijímateľ je povinný vrátiť príspevok, len ak je vytvorený čistý príjem vyšší, ako bol predpokladaný čistý príjem. Pomernú časť príspevku z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je prijímateľ povinný vrátiť na príjmový účet platobnej jednotky, pričom tieto finančné prostriedky platobná jednotka odvedie do príjmov štátneho rozpočtu. Prostriedky uvoľnené vrátením čistého príjmu z projektu je možné opätovne použiť na nové výdavky v rámci operačného programu.
V prípade vzniku povinnosti vrátenia čistého príjmu podľa čl. 55 ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je prijímateľ povinný vrátiť čistý príjem do 31. januára roku nasledujúceho po roku, v ktorom bola zostavená účtovná závierka za príslušné účtovné obdobie (resp. posledná účtovná závierka za viacročné sledované obdobie na základe dohodnutých podmienok v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku medzi poskytovateľom a prijímateľom) alebo, ak sa na prijímateľa vzťahuje povinnosť overenia účtovnej závierky audítorom v súlade s ustanoveniami zákona o účtovníctve o overovaní účtovnej závierky audítorom, po roku, v ktorom bola účtovná závierka overená. 
V súlade s čl. 55 ods. 4 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 ak nastane podstatná zmena podmienok pre projekty generujúce čistý príjem počas obdobia monitorovania čistých príjmov alebo sa stanoví, že vznikol čistý príjem z projektu, ktorý nebol zohľadnený, prijímateľ postupuje v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo rozhodnutím o schválení žiadosti o nenávratný finančný príspevok. Certifikačný orgán odpočíta takýto čistý príjem najneskôr pri predložení záverečnej žiadosti o platbu Európskej komisii.
V prípade vzniku povinnosti vrátenia čistého príjmu podľa čl. 55 ods. 3 alebo 4 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 za účtovné obdobie roka 2016 je prijímateľ povinný vrátiť čistý príjem do 31. januára 2017 vychádzajúc z údajov v účtovníctve do 31. decembra 2016. 
V prípade vzniku povinnosti odvodu výnosu je prijímateľ povinný odviesť výnos do 31. januára roku nasledujúceho po roku, v ktorom vznikol výnos. V prípade odvodu výnosu riadiaci orgán neeviduje údaje na základe žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov do ITMS, ale platobná jednotka účtuje predmetné skutočnosti na základe dokladov v ISUF. 
Prijímateľ je povinný bezodkladne (od kedy sa o tejto skutočnosti dozvedel) požiadať riadiaci orgán o informáciu k podrobnostiam vrátenia čistého príjmu alebo odvodu výnosu (napr. číslo účtu, variabilný symbol). Riadiaci orgán zašle túto informáciu prijímateľovi bezodkladne v písomnej forme. V prípade, ak prijímateľ čistý príjem alebo výnos riadne a včas nevráti, resp. neodvedie, riadiaci orgán postupuje prostredníctvom žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov.
4.5.6.2 Vzájomné započítanie pohľadávok a záväzkov 
Vysporiadanie finančných vzťahov prijímateľa vzájomným započítaním pohľadávok z príspevku alebo jeho časti prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov je možné uplatniť v súlade s podmienkami § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. 
Vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti nie je možné vykonať, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia a v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013.
Vzájomné započítanie pohľadávok sa považuje za spôsob plnenia záväzku a nejde o peňažný tok. Dokladom, na základe ktorého možno vyhotoviť účtovný doklad je dohoda o započítaní, resp. jednostranný započítací prejav. Týmto sa nevylučuje vzájomné započítanie pohľadávok na strane dodávateľa. Je v kompetencii riadiaceho orgánu overiť, či boli aktivity na základe uvedených faktúr zrealizované v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, či boli dodržané ustanovenia Obchodného zákonníka, Občianskeho zákonníka a zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. 
V rámci implementácie projektov nástrojov finančného inžinierstva nedôjde k vráteniu finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie platobnej jednotke a certifikačnému orgánu v prípade, ak dôjde k porušeniu zmluvných povinností finančným sprostredkovateľom, malým a stredným podnikom, žiadateľom v rámci implementácie iniciatívy JESSICA. V tomto prípade budú finančné prostriedky vrátené zmluvnej strane podľa štruktúry uvedenej v prílohe 19 a 12.
4.5.6.3 Odvod za porušenie finančnej disciplíny, správa a účtovanie pohľadávok
Správca pohľadávky z príspevku, ktorým je poskytovateľ (riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom), je povinný najmä 
a)	výzvou na úhradu oznámiť dlžníkovi, že eviduje voči nemu pohľadávku a upozorniť ho na následky neuhradenia pohľadávky;
b)	viesť osobitnú evidenciu všetkých pohľadávok. 
Osoba okrem užívateľa v rámci realizovaného národného projektu prijímateľom, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny, ktorej bol uložený odvod za porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a prostriedkami štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, odvádza prostriedky EÚ schválené certifikačným orgánom na účet ministerstva financií. Prostriedky EÚ neschválené certifikačným orgánom a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie odvádza na príjmový účet príslušnej platobnej jednotky.
Ak bol užívateľovi uložený odvod za porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami EÚ a prostriedkami štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v rámci realizovaného národného projektu prijímateľom, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny, takýto užívateľ odvádza prostriedky EÚ a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na samostatný mimorozpočtový účet prijímateľa, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny. Prijímateľ, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny, vráti prostriedky EÚ schválené certifikačným orgánom na účet ministerstva financií, prostriedky EÚ neschválené certifikačným orgánom a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie odvádza na príjmový účet príslušnej platobnej jednotky. 
Ak dôjde k porušeniu finančnej disciplíny podľa zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, je správcom pohľadávky z príspevku poskytovateľ do dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny. Dňom nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny sa správcom pohľadávky štátu stáva Úrad vládneho auditu. 
O pohľadávke z rozhodnutia týkajúcej sa prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v správe Úradu vládneho auditu účtuje príslušná platobná jednotka. O pohľadávke z rozhodnutia týkajúcej sa prostriedkov EÚ schválených certifikačným orgánom v správe správy finančnej kontroly alebo o pohľadávke z príspevku týkajúcej sa prostriedkov EÚ schválených certifikačným orgánom účtuje certifikačný orgán. O pohľadávke z rozhodnutia voči užívateľovi v rámci národného projektu prijímateľa, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny týkajúcej sa prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie účtuje prijímateľ, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny.
Bližšie podmienky pre podrobnosti správy pohľadávok sú upravené v metodických usmerneniach a manuáloch Ministerstva financií SR.
4.6 Odhad očakávaných výdavkov
Odhad očakávaných výdavkov zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa predkladá s cieľom:
1.	zaslania odhadov očakávaných výdavkov na roky „n“ a „n+1“ Európskej komisii v súlade s nariadením Rady (ES) č. 1083/2006;
2.	mesačného spracovania odhadov plnenia príjmov a čerpania výdavkov štátneho rozpočtu za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
3.	prípravy a aktualizácie odhadov plnenia štátneho rozpočtu pre roky „n“, „n+1“, „n+2“ a „n+3“.
Odhad očakávaných výdavkov zasiela Európskej komisii certifikačný orgán každý rok do 30. apríla pre daný rozpočtový rok „n“ a pre nasledujúci rozpočtový rok „n+1“, pričom odhad na rok „n+1“ sa aktualizuje vždy v príslušnom roku.
Certifikačný orgán usmerňuje riadiaci orgán a platobnú jednotku v oblasti prípravy a schvaľovania odhadov očakávaných výdavkov. Odhad očakávaných výdavkov musí vychádzať predovšetkým z nasledovných skutočností:
a)	finančných plánov operačných programov;
b)	objemu prostriedkov schválených v štátnom rozpočte pre rok „n“ prípadne viazaných prostriedkov z roku "n-1";
c)	finančných plánov už schválených projektov po zohľadnení času potrebného na kolobeh žiadosti o platbu do momentu jej úhrady;
d)	predpokladaného objemu finančných prostriedkov v projektoch, ktoré majú byť schválené a realizované v nasledujúcom období;
e)	objemu prostriedkov alokovaných na konkrétne výzvy / vyzvania;
f)	reálnej implementácie už realizovaných projektov;
g)	skúseností z predchádzajúcej realizácie projektov.
Uvedené informácie monitoruje riadiaci orgán zodpovedný za schvaľovanie projektov a implementáciu operačných programov. Z tohto dôvodu za spracovanie podkladov k odhadom očakávaných výdavkov zodpovedá príslušný riadiaci orgán.
Pri príprave odhadu očakávaných výdavkov je potrebné vziať do úvahy nasledovné skutočnosti:
•	nemožno presiahnuť rámec príslušných záväzkov na úrovni prioritných osí uvedených v operačnom programe (napr. odhad pre rok 2008 nesmie predstavovať sumu vyššiu ako záväzok na rok 2008 + zostatok nevyčerpaného záväzku pre rok 2007);
•	je potrebné dodržiavať pomery medzi zdrojmi na úrovni jednotlivých prioritných osí, opatrení, prípadne podopatrení v súlade so Stratégiou financovania štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 v platnom znení;
•	odhad pre posledný rok "n+3" čerpania rozpočtového záväzku pre príslušný rok „n“ v rámci pravidla "n+3" by mal predstavovať čiastku minimálne sa rovnajúcu výške rozdielu sumy záväzku pre príslušný rok „n“ a čerpania tohto záväzku počas troch predchádzajúcich rozpočtových rokov „n“ a „n+1“ a "n+2"  s cieľom dočerpania uvedeného záväzku;
•	certifikačný orgán zahŕňa do odhadov očakávaných výdavkov na Európsku komisiu pre rok „n“ žiadosti o platbu, ktoré predpokladá predložiť do 31. októbra a od 1. novembra do 31. decembra roku „n“ v súlade s metodikou Európskej komisie. Certifikačný orgán môže upraviť odhady riadiaceho orgánu pred predložením odhadov Európskej komisii;
•	uvedený odhad nie je pre Európsku komisiu záväzný, len indikatívny. Slovenská republika môže v príslušnom roku požiadať Európsku komisiu o platby, ktorých celková výška je vyššia, ako bol predpokladaný odhad očakávaných výdavkov na daný rok a naopak, čiastka predstavujúca rozdiel predpokladaného čerpania a reálneho čerpania neznamená automatickú stratu pre Slovenskú republiku.
Odhad pre rok „n+1“ je podkladom pre prípravu štátneho rozpočtu pre nasledovný rok „n+1“ s výhľadom na roky „n+2“ a „n+3“.
Z uvedeného vyplýva, že pri príprave odhadov očakávaných výdavkov musí každý riadiaci orgán úzko spolupracovať s príslušnou platobnou jednotkou, útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly ako aj prijímateľmi.
Pri vypracovaní odhadu očakávaných výdavkov (príloha 10a) sa postupuje podľa pokynov k vyplneniu odhadu očakávaných výdavkov (príloha 10b) a  uplatňuje sa nasledovný postup:
1.	Riadiaci orgán spracuje odhad očakávaných výdavkov na úrovni schválených projektov a predpokladaných projektov, ktoré majú byť schválené a výdavky z nich  realizované v nasledujúcom období. Takto spracované podklady sú základom pre spracovanie tabuľky 10a, ktorú riadiaci orgán predkladá certifikačnému orgánu. V prípade, ak pre príslušný operačný program je zriadený sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán je oprávnený vyžiadať si čiastkový odhad sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na preverenie. V prípade, že sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má svoju vlastnú platobnú jednotku, predkladá odhad očakávaných výdavkov priamo certifikačnému orgánu.
2.	Vyplnenú tabuľku 10a predloží riadiaci orgán príslušnej platobnej jednotke. Platobná jednotka v spolupráci s útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly preverí odhad očakávaných výdavkov pre rok „n“ predložený riadiacim orgánom z hľadiska súladu s platným zákonom o štátnom rozpočte. Rovnako zohľadní odhad na roky „n+1“, „n+2“ a „n+3“ pri príprave štátneho rozpočtu pre rok „n+1“. Platobná jednotka pre potreby riadiaceho orgánu vyčísli odhad očakávaných výdavkov, presahujúci úroveň schváleného rozpočtu na rok „n“. Po preverení postupuje odhad očakávaných výdavkov späť riadiacemu orgánu.
3.	Riadiaci orgán predloží vyplnenú tabuľku iba elektronicky na e-mailovú adresu odhady@mfsr.sk v stanovenej forme (príloha 10a) certifikačnému orgánu najneskôr do 6. kalendárneho dňa nasledujúceho mesiaca po skončení príslušného mesiaca, ku ktorému sa odhad vypracováva. Riadiaci orgán informuje certifikačný orgán, ak odhad očakávaných výdavkov prekročí sumu schváleného rozpočtu na rok „n“ alebo informuje a zároveň odôvodní, ak odhad očakávaných výdavkov prekročí sumu schváleného rozpočtu na rok „n“ vrátane sumy finančných prostriedkov viazaných v roku „n-1“. Podklady na spracovanie prílohy 10a si ponecháva riadiaci orgán. Odhad očakávaných výdavkov, ktorý vypracováva riadiaci orgán v spolupráci s platobnou jednotkou podľa údajov k 30. júnu bežného roka predkladá certifikačnému orgánu v termíne najneskôr do 30. júna (ak tento deň pripadá na deň pracovného pokoja, tak najbližší pracovný deň pred týmto termínom).
4.	Certifikačný orgán preverí odhad očakávaných výdavkov, predložený riadiacim orgánom, z hľadiska čerpania rozpočtových záväzkov na úrovni jednotlivých prioritných osí v nadväznosti na aktuálne finančné plány operačných programov. Podkladom pre potreby vypracovania návrhu štátneho rozpočtu je odhad k 31. januáru, k 31. máju a k 30. júnu. Odhady sú vypracované na mesačnej báze s cieľom dôsledného monitorovania plnenia štátneho rozpočtu počas celého roka. 
5.	Odhad očakávaných výdavkov pre operačné programy cieľa 3 okrem Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 (pre ktorý platia vyššie uvedené prílohy) pre potreby prípravy a aktualizácie odhadov plnenia štátneho rozpočtu pre roky „n“, „n+1“, „n+2“ a „n+3“ spracováva platobná jednotka v spolupráci s národným orgánom a útvarom spravujúcim rozpočet príslušnej kapitoly. Vyplnenú tabuľku v stanovenej forme (príloha 10a) predkladá platobná jednotka certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu odhady@mfsr.sk mesačne do 6. kalendárneho dňa v mesiaci po skončení príslušného mesiaca, ku ktorému sa odhad vypracováva. Odhad slúži na zostavenie a monitorovanie vývoja štátneho rozpočtu.
4.7 Systém účtov
Pri finančnom riadení štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sa používa nasledovný systém bankových účtov:
1. Účty certifikačného orgánu
•	mimorozpočtové účty pre prostriedky EÚ sú vedené v Štátnej pokladnici a operácie na nich sa vykonávajú na základe § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	Ministerstvo financií SR otvára pre certifikačný orgán mimorozpočtové účty samostatne pre každý operačný program, pre programy financované spoločne z ERDF a Kohézneho fondu otvára samostatné účty pre každý z fondov;
•	oprávnenie disponovať s finančnými prostriedkami týchto účtov majú poverení zamestnanci certifikačného orgánu;
•	tieto účty slúžia najmä na:
-	prijatie prostriedkov EÚ (zálohová, priebežná a záverečná platba) a na ich prevod na príslušné príjmové účty platobných jednotiek (na základe certifikačným orgánom schválenej súhrnnej žiadosti o platbu);
-	prijatie prostriedkov EÚ (zálohová platba, priebežná platba a záverečná platba) a na ich prevod na príslušné účty vedúcich partnerov (na základe certifikačným orgánom schválenej technickej súhrnnej žiadosti o platbu) v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
-	prijatie prostriedkov štátneho rozpočtu SR, narozpočtovaných v rámci kapitoly Všeobecná pokladničná správa, a prostriedkov štátneho rozpočtu ČR určených na predfinancovanie záverečnej platby za zdroj ERDF v prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013; 
-	prevod prostriedkov EÚ na účet Európskej komisie v prípade, ak suma zodpovedajúca výške nezrovnalosti presahuje sumu uvedenú v priebežnej žiadosti o platbu Európskej komisii;
•	účty sú vedené v EUR;
•	účet / účty pre prostriedky EÚ sú úročené a úrok vzniknutý na účte sa použije na projekty príslušného operačného programu;
•	bankové poplatky a dane z úrokov sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu pre príslušný fond;
•	zostatok prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán otvára:
•	mimorozpočtový účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov EÚ vedený v EUR. Tento účet slúži na pripísanie vrátených prostriedkov EÚ od prijímateľov vrátane vymožených prostriedkov prostredníctvom Ministerstva financií SR a orgánov zúčastňujúcich sa na vykonávaní vládneho auditu mimo odvodov Úradu vládneho auditu;
•	mimorozpočtové účty pre odvod prostriedkov EÚ od prijímateľov alebo partnerov na základe právoplatných rozhodnutí za porušenie finančnej disciplíny s prístupom k výpisom z účtu pre Úrad vládneho auditu na tieto účty.
Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu slúži na prevod vrátených, resp. vymožených finančných prostriedkov na príslušné účty operačných programov. Účet pre nezrovnalosti a vrátenie finančných prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu nie je úročený a bankové poplatky a iné náklady sú uhrádzané z vyrovnávacieho účtu. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka.
Certifikačný orgán rovnako otvára vyrovnávacie účty pre jednotlivé fondy vedené v EUR. Tieto účty slúžia najmä na úhradu bankových poplatkov a daní z úrokov. Zostatok finančných prostriedkov prechádza po skončení kalendárneho roka automaticky do ďalšieho roka. 

Bližšie podmienky pre účty certifikačného orgánu sú upravené v usmernení č. 4/2014-U k účtom platobnej jednotky a platobného orgánu / certifikačného orgánu v Štátnej pokladnici a k pohľadávkam v rámci programového obdobia 2004 – 2006, 2007 – 2013 a 2014 – 2020.

2. Účty platobnej jednotky
•	rozpočtový výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Účet je vedený v EUR a slúži na úhradu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom, resp. na úhradu prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie hlavnému cezhraničnému partnerovi zo Slovenskej republiky v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	rozpočtový príjmový účet vedený v Štátnej pokladnici, ktorý sa využíva na príjem:
-	prostriedkov EÚ z účtu certifikačného orgánu na základe schválenej súhrnnej žiadosti o platbu;
-	nezrovnalostí a iných vratiek za prostriedky EU zaradené do ŠR a za prostriedky spolufinancovania mimo odvodov z rozhodnutí Úradu vládneho auditu;
-	odvodov za porušenie finančnej disciplíny z rozhodnutí Úradu vládneho auditu;
-	výnosov štátneho rozpočtu z poskytnutých prostriedkov prijímateľom; nepoužitých finančných prostriedkov poskytnutej zálohovej platby / predfinancovania a iných vrátení;
-	zmluvnej pokuty;
•	oprávnenie disponovať s prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie týchto účtov majú poverení zamestnanci platobnej jednotky;
•	rozpočtové účty platobných jednotiek nie sú úročené a úhrada nákladov (napr. bankové poplatky) je zabezpečovaná príslušnou rozpočtovou kapitolou; 
•	všetky platby pre projekty financované zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu musia byť označené v zmysle platnej schémy kódovania zdrojov v štátnom rozpočte a musia poskytovať prehľad (v členení prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie), koľko prostriedkov sa vyplatilo na daný projekt.

Bližšie podmienky pre účty platobnej jednotky sú upravené v usmernení č. 4/2014-U k účtom platobnej jednotky a platobného orgánu / certifikačného orgánu v Štátnej pokladnici a k pohľadávkam v rámci programového obdobia 2004 – 2006, 2007 – 2013 a 2014 – 2020.
3. Účet (účty) prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia (cieľ 1 a cieľ 2)
•	výdavkový účet, ktorý používa pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet môže byť používaný aj na poskytnutie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na financovanie projektu formou zálohovej platby na základe rozpočtového opatrenia;
•	výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, ktorý slúži na prijatie zálohovej platby formou rozpočtového opatrenia a na refundáciu realizovaných výdavkov formou rozpočtového opatrenia pri uplatnení systému refundácie a následný prevod formou rozpočtového opatrenia na rozpočtový výdavkový účet, z ktorého boli prostriedky pôvodne vynaložené. Tento účet môže byť prijímateľom použitý aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	v prípade, ak je výdavkový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie využívaný aj na úhradu výdavkov spojených s realizáciou projektu z poskytnutej zálohovej platby, môžu byť špecifické výdavky realizované z rozpočtového výdavkového účtu prijímateľa. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu). V tomto prípade prijímateľ po pripísaní zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na výdavkový účet a následne, najneskôr do 7 kalendárnych dní realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z výdavkového účtu potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	v rámci kalendárneho mesiaca (v decembri najneskôr do 30. decembra daného rozpočtového roka) prevedie prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z výdavkového účtu pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na výdavkový účet, z ktorého priebežne v danom kalendárnom mesiaci realizuje úhrady špecifických výdavkov;
•	účet / účty nie sú úročené a sú vedené v EUR.
V prípade, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia a projekt realizuje organizácia v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa, úhrada oprávnených výdavkov môže byť realizovaná aj z účtov tohto subjektu pri dodržaní podmienky existencie účtu prijímateľa určeného na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Zároveň subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa je povinný realizovať oprávnené výdavky prostredníctvom rozpočtu. Prijímateľ je povinný bezodkladne písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu účtov, z ktorých realizuje úhradu oprávnených výdavkov za podmienky dodržania pravidiel vzťahujúcich sa na špecifické výdavky a úroky. 
4. Účet (účty) prijímateľa - štátna rozpočtová organizácia (SR – ČR)
•	mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade s § 10 zákona č. 291/2002 Z. Z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento účet slúži na prijatie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou refundácie;
•	účet / účty nie sú úročené a sú vedené v EUR.
5. Účet (účty) prijímateľa - štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Tento bežný účet slúži na pripísanie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie formou transferu z platobnej jednotky. V prípade iných subjektov verejnej správy, ktorí nie sú povinným klientom Štátnej pokladnice, si môžu títo prijímatelia otvoriť účet aj v komerčnej banke; 
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu. Uvedené sa nevzťahuje na vedúceho partnera z ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi / zhotoviteľovi a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku doložiť výpis z iného bežného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky20 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu). Prijímateľ po pripísaní prostriedkov zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
V prípade, ak prijímateľom je štátna príspevková organizácia a iné subjekty verejnej správy28 a projekt realizuje organizácia v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa, úhrada oprávnených výdavkov môže byť realizovaná aj z účtov tohto subjektu pri dodržaní podmienky existencie účtu prijímateľa určeného na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Zároveň subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa je povinný realizovať oprávnené výdavky prostredníctvom rozpočtu. Prijímateľ je povinný bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu účtov, z ktorých realizuje úhradu oprávnených výdavkov za podmienky dodržania pravidiel vzťahujúcich sa na špecifické výdavky a úroky. 
6. Účet (účty) prijímateľa – vyšší územný celok (ďalej len „VÚC“)	
•	bežný účet pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v komerčnej banke, prípadne v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 9a zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet22 na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi / zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu. Uvedené sa nevzťahuje na vedúceho partnera z ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	v prípade využitia systému zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky20 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní prostriedkov zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
V prípade, ak prijímateľom je VÚC a projekt realizuje rozpočtová alebo príspevková organizácia v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa, úhrada oprávnených výdavkov môže byť realizovaná aj z účtov tohto subjektu pri dodržaní podmienky existencie účtu prijímateľa určeného na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Zároveň subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa je povinný realizovať oprávnené výdavky prostredníctvom rozpočtu. Prijímateľ je povinný bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu účtov, z ktorých realizuje úhradu oprávnených výdavkov za podmienky dodržania pravidiel vzťahujúcich sa na špecifické výdavky a úroky. 
7. Účet prijímateľa - obec
•	bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v komerčnej banke, z ktorého prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu. Uvedené sa nevzťahuje na vedúceho partnera z ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet22 na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi / zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky20 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní prostriedkov zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
V prípade, ak prijímateľom je obec a projekt realizuje rozpočtová alebo príspevková organizácia v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa, úhrada oprávnených výdavkov môže byť realizovaná aj z účtov tohto subjektu pri dodržaní podmienky existencie účtu prijímateľa určeného na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Zároveň subjekt v zriaďovateľskej pôsobnosti prijímateľa je povinný realizovať oprávnené výdavky prostredníctvom rozpočtu. Prijímateľ je povinný bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu účtov, z ktorých realizuje úhradu oprávnených výdavkov za podmienky dodržania pravidiel vzťahujúcich sa na špecifické výdavky a úroky. 
8. Účet prijímateľa - rozpočtová a príspevková organizácia v zriaďovacej pôsobnosti VÚC a obce
a)	rozpočtová organizácia:
•	základným pravidlom pri realizácii výdavkov financovaných z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie rozpočtových organizácií v zriaďovateľskej pôsobnosti VÚC a obce je povinnosť ich realizácie prostredníctvom rozpočtu VÚC a rozpočtu obce. Ak sú prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určené na financovanie projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnuté priamo rozpočtovej organizácii v pôsobnosti VÚC alebo obce, tieto môžu byť použité len prostredníctvom rozpočtu zriaďovateľa, t. j. rozpočtu VÚC alebo obce;
•	mimorozpočtový účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici / komerčnej banke, z ktorého prostriedky do 5 kalendárnych dní od ich prijatia na mimorozpočtový účet prevedie do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na rozpočtový výdavkový účet prijímateľa. V prípade, ak zriaďovateľ neprevedie prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na rozpočtový výdavkový účet prijímateľa, a výdavky potrebné na financovanie určených účelov sú zabezpečené v rozpočte prijímateľa, zriaďovateľ dá pokyn prijímateľovi na preklasifikovanie výdavkov (realizované úhrady oprávnených výdavkov z iných účtov otvorených prijímateľom) v rámci svojho výkazníctva na výdavky na realizáciu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu. Uvedené sa nevzťahuje na vedúceho partnera z ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov 
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný rozpočtový účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný rozpočtový účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi / zhotoviteľovi na osobitný rozpočtový účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného rozpočtového účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný rozpočtový účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného rozpočtového účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vzniknuté na osobitnom rozpočtovom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného rozpočtového účtu;
•	v prípade využitia systému zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky20 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní prostriedkov zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z osobitného rozpočtového účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného rozpočtového účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet / účty sú vedené v EUR.
b)	príspevková organizácia:
•	v prípade, ak príspevková organizácia nepožaduje príspevok za podiel zodpovedajúci vlastným zdrojom od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici / komerčnej banke, z ktorého prostriedky realizuje prostredníctvom rozpočtu;
•	v prípade, ak príspevková organizácia požaduje príspevok za podiel zodpovedajúci vlastným zdrojom od zriaďovateľa, bežný účet pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedený v Štátnej pokladnici / komerčnej banke, z ktorého prostriedky pred ich použitím prevedie do 5 kalendárnych dní do rozpočtu zriaďovateľa. Zriaďovateľ ich následne prevedie na bežný účet prijímateľa;
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu. Uvedené sa nevzťahuje na vedúceho partnera z ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	v prípade využitia systému refundácie môže prijímateľ realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom predfinancovania, resp. zálohovej platby sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi / zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný vzniknuté výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade využitia systému zálohovej platby môžu byť špecifické výdavky20 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní prostriedkov zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet / účty sú vedené v EUR.
9. Účet prijímateľa - súkromný sektor vrátane mimovládnej organizácie
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určené na financovanie projektu sú poskytované iba systémom refundácie, prijímateľ je povinný prijímať ich na jeden účet vedený v komerčnej banke;
•	v prípade otvorenia účtu pre príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v komerčnej banke v zahraničí, prijímateľ zodpovedá za úhradu všetkých nákladov spojených s realizáciou platieb na a z tohto účtu. Uvedené sa nevzťahuje na vedúceho partnera z ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013;
•	v prípade, ak prijímateľ využíva systém refundácie, môže realizovať úhrady oprávnených výdavkov aj z iných účtov otvorených prijímateľom pri dodržaní podmienky existencie jedného účtu na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takýchto účtov;
•	prijímateľ si môže otvoriť v komerčnej banke osobitný účet pre projekt;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú poskytované systémom refundácie, sú úroky vzniknuté na tomto účte príjmom prijímateľa;
•	v prípade, ak prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie poskytnuté systémom zálohovej platby / predfinancovania sú úročené, prijímateľ je povinný otvoriť si osobitný účet22 na projekt. Vlastné zdroje prijímateľa na realizáciu projektu môžu prechádzať cez osobitný účet. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa prechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný vložiť vlastné zdroje na spolufinancovanie najneskôr pred vykonaním platby dodávateľovi / zhotoviteľovi na osobitný účet prijímateľa a predložiť riadiacemu orgánu výpis z osobitného účtu ako potvrdenie o prevode vlastných zdrojov. V prípade, ak vlastné zdroje prijímateľa neprechádzajú cez osobitný účet, prijímateľ je povinný ku každému uhradenému výdavku predložiť riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom o úhrade vlastných zdrojov prijímateľa. Prijímateľ je povinný výnosy za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vzniknuté na osobitnom účte odviesť do príjmov štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky jedenkrát ročne. Odvod výnosov prijímateľ potvrdí predložením výpisu z osobitného účtu;
•	v prípade, ak prijímateľ využije systém zálohovej platby, môžu byť špecifické výdavky20 realizované aj z iného účtu otvoreného prijímateľom. Prijímateľ je povinný písomne oznámiť riadiacemu orgánu identifikáciu takéhoto účtu. Tieto výdavky nesmú byť hradené z osobitného účtu zriadeného na realizáciu iných programov zahraničnej pomoci (napr. projektov Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo iných projektov financovaných zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu). Prijímateľ po pripísaní prostriedkov zálohovej platby prevádza prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na úhradu špecifických výdavkov jedným z nasledovných spôsobov:
-	z osobitného účtu prevedie alikvotný podiel špecifického výdavku na iný účet otvorený prijímateľom a následne realizuje platbu dodávateľovi / zhotoviteľovi. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu výpis z iného účtu otvoreného prijímateľom potvrdzujúci úhradu výdavku dodávateľovi / zhotoviteľovi a výpis z osobitného účtu potvrdzujúci použitie prostriedkov z poskytnutej zálohovej platby;
-	minimálne raz mesačne prevedie prostriedky z osobitného účtu na iný účet otvorený prijímateľom, z ktorého priebežne realizuje úhrady špecifických výdavkov. Prijímateľ prevedie sumu vo výške oprávnených výdavkov vzniknutých počas predchádzajúceho kalendárneho mesiaca najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia predmetného kalendárneho mesiaca;
•	účet je vedený v EUR.
10. Účet (účty) prijímateľa – v rámci implementácie nástrojov finančného inžinierstva
a)	tranzičný účet (v rámci implementácie nástroja finančného inžinierstva – JEREMIE):
•	slúžil dočasne na príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie uhradených platobnou jednotkou na základe schválenej žiadosti o platbu a ich ďalší prevod na účet SPV;
•	bol vedený v EUR;
•	bol úročený a vzniknutý úrok prijímateľ previedol na účet SPV;
•	po vstupe EIF do SPV a vytvorení holdingového fondu JEREMIE sa tranzičný účet uzatvoril.
b)	účet SPV (v rámci implementácie nástroja finančného inžinierstva – JEREMIE):
•	mimorozpočtový účet s výnimkou vinkulovaného účtu zriadený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú na základe § 10 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	slúži na prijatie finančných prostriedkov určených na financovanie nástroja finančného inžinierstva – JEREMIE a ich správu a pre účely vykonávania činnosti holdingového fondu;
•	je vedený v EUR;
•	je úročený a vzniknutý úrok je použitý na rovnaký účel pomoci;
•	vinkulovaný účet je vedený v Exportno-importnej banke Slovenskej republiky (EXIMBANKA SR).
c) 	účet Osobitného finančného bloku – ŠFRB (v rámci implementácie nástroja finančného inžinierstva – JESSICA):
•	mimorozpočtový účet vedený v Štátnej pokladnici, na ktorom sa operácie vykonávajú v súlade so zákonom č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;
•	slúži na pripísanie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie určených na financovanie nástroja finančného inžinierstva – JESSICA;
•	prostriedky sú v súlade s § 5 ods. 4 zákona č. 150/2013 Z. z. o Štátnom fonde rozvoja bývania v znení neskorších predpisov vedené v štruktúre podľa ich zdrojov;
•	je vedený v EUR;
•	je úročený a vzniknutý úrok je použitý na rovnaký účel pomoci.
4.8 Systém informačných a finančných tokov na národnej úrovni
4.8.1 Systém predfinancovania
Vyplácanie prijímateľa pri projektoch financovaných z ERDF a Kohézneho fondu sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie (časť 4.8.4) v súlade s určením riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom. 
Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od určenia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže prijímateľ kombinovať s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie (príp. systémom zálohovej platby v prípade štátnej rozpočtovej organizácie za dodržania podmienok uvedených v časti 4.8.3) v rámci jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania) a samostatne žiadosť o platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.4 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní.
Predfinancovanie je prijímateľovi poskytované pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na základe ním predložených nezaplatených účtovných dokladov.
Riadiaci orgán je povinný po súčinnosti s platobnou jednotkou a prijímateľom prispôsobiť lehoty predkladacieho a schvaľovacieho procesu v rámci systému predfinancovania tak, aby bola dodržaná maximálna možná lehota na splnenie peňažného záväzku dlžníka (t. j. uhradenie faktúry), vyplývajúca zo zákona č. 513/1991 Zb. Obchodný zákonník v znení neskorších predpisov. 
Riadiaci orgán je zároveň oprávnený prijať prísnejšie postupy, ako sú stanovené v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
V prípade, ak sa riadiaci orgán v súčinnosti s platobnou jednotkou rozhodne pre skrátenie lehôt schvaľovacieho procesu, ktoré by mali dopad na podmienky definované v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, na úpravu zmluvných podmienok vzťahujúcich sa k skráteniu týchto lehôt, nie je potrebný súhlas certifikačného orgánu.
Dôvody predĺženia schvaľovacieho procesu žiadosti o platbu uvedie riadiaci orgán v zázname z administratívnej kontroly žiadosti o platbu.
Postup pri systéme predfinancovania podľa odsekov 1 až 8 sa použije pri žiadostiach o platbu, ktoré obsahujú aspoň jeden účtovný doklad dodávateľa / zhotoviteľa predložený na základe zmluvy uzatvorenej medzi prijímateľom a dodávateľom / zhotoviteľom od 1. februára 2013 (vrátane), tzn. po nadobudnutí účinnosti zákona č. 9/2013 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa Obchodný zákonník v znení neskorších predpisov, a ktorým sa menia a dopĺňajú niektoré zákony. Na žiadosti o platbu, ktoré neobsahujú ani jeden takýto účtovný doklad sa bude aplikovať znenie odsekov 1 až 8 v zmysle Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 v zmysle verzie 6.1. 
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie prijímateľa pri projektoch financovaných z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Kohézneho fondu uskutočňuje v troch etapách – etape poskytnutia predfinancovania, etape zúčtovania predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov.
Etapa poskytnutia predfinancovania:
1.	Prijímateľ v lehote splatnosti záväzku dodávateľovi / zhotoviteľovi predkladá riadiacemu orgánu žiadosť o platbu (príloha 3a). 
V rámci formulára žiadosti o platbu prijímateľ uvedie nárokované finančné prostriedky projektu podľa skupiny výdavkov v zmysle zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Žiadosť o platbu predkladá prijímateľ v lehote splatnosti záväzku23 dodávateľovi / zhotoviteľovi. 
Prijímateľ spolu so žiadosťou o platbu predkladá účtovné doklady (minimálne jeden rovnopis faktúry, prípadne rovnopis dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty) prijaté od dodávateľa / zhotoviteľa. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. 
V prípade, ak súčasťou nárokovaných finančných prostriedkov prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie prijímateľ tieto nárokované finančné prostriedky do žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania) a spolu so žiadosťou o platbu predloží aj rovnopisy, resp. kópie13 príslušných účtovných dokladov označené podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok).
2.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
3.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti – kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných finančných prostriedkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi Slovenskej republiky a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc, pomoc "de minimis", publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
5.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 35 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
6.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad sumy nárokovaných finančných prostriedkov so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne žiadosť o platbu schváli alebo neschváli do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu. 
7.	Platobná jednotka najneskôr do 4 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) / zabezpečí žiadosť o prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
8.	Prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 4 kalendárnych dní odo dňa pripísania prostriedkov poskytnutého predfinancovania na jeho účte / aktivácie rozpočtového opatrenia, previesť prostriedky EÚ, štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov dodávateľovi / zhotoviteľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. Úrok z omeškania platby voči dodávateľovi / zhotoviteľovi znáša samotný prijímateľ.
Etapa zúčtovania poskytnutého predfinancovania:
9.	Po poskytnutí predfinancovania je prijímateľ povinný celú výšku zúčtovať najneskôr do 10 kalendárnych dní odo dňa pripísania týchto prostriedkov na jeho účet / aktivácie rozpočtového opatrenia. Ku každej schválenej žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania) prijímateľ predkladá riadiacemu orgánu samostatnú žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania).
Prijímateľ v rámci zúčtovania predfinancovania predkladá riadiacemu orgánu spolu so žiadosťou o platbu (zúčtovanie predfinancovania) výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu13 označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ako aj doklady preukazujúce skutočnú úhradu výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu (výpis z účtu, resp. prehlásenie banky o úhrade výdavkov (originál alebo kópiu13 označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) 
Prijímateľ v rámci žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) uvedie aj výdavky viažuce sa na hotovostné úhrady uvedené v bode 2, ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (poskytnutie predfinancovania), pričom prijímateľ nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu. 
Nezúčtovaný rozdiel predfinancovania je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom bezodkladne, najneskôr do 5 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov v zmysle časti 4.5.6.
10.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) postupuje podobne ako v bode 2, 3 a 4.
11.	Riadiaci orgán skontroluje žiadosť o platbu a výpis z bankového účtu. Po vykonaní kontroly žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
12.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade schválenia zahrnie schválenú sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutého predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu. 
13.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. 
Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní od predloženia súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom.
14.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ na príslušný príjmový účet platobnej jednotky.
15.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 14. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % nenávratného finančného príspevku na projekt s výnimkou prípadov, keď bola ich suma znížená riadiacim orgánom. a s výnimkou štátnych rozpočtových organizácií.
16.	Pre štátne rozpočtové organizácie pri realizovaní systému predfinancovania platí, že každá žiadosť o predfinancovanie sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodov 1. – 14. Systém predfinancovania sa týmto spôsobom realizuje až do dosiahnutia 100 % aktuálnej výšky oprávnených výdavkov projektu. Po poskytnutí posledného predfinancovania na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať27 celý zostatok nenávratného finančného príspevku, a to najneskôr do 3 kalendárnych mesiacov od ukončenia realizácie projektu. Posledná žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania) plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
Etapa refundácie (okrem štátnych rozpočtových organizácií):
17.	Po vyčerpaní maximálne 95 % nenávratného finančného príspevku je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z nenávratného finančného príspevku, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po uskutočnení tejto úhrady a ukončení realizácie aktivít projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
18.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (záverečnú) spolu s účtovnými dokladmi24 vrátane výpisu z bankového účtu24 (originál alebo kópiu13 označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) riadiacemu orgánu. 
19.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečná) postupuje obdobne ako v bodoch 2., 3., 4. Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
20.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečná) postupuje obdobne ako v bode 6. a v prípade jej schválenia zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu.
21.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 13. a 14.
22.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 4 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
Presun prostriedkov prijímateľom – štátnym rozpočtovým organizáciám sa realizuje prostredníctvom platobnej jednotky, ktorá zabezpečí žiadosť o úpravu limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o platbu (predfinancovanie). 
Poskytnutie predfinancovania si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis účtovných dokladov alebo kópie13 účtovných dokladov označené podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly.
4.8.2 Systém zálohových platieb
Vyplácanie prijímateľa pri projektoch financovaných z ESF okrem štátnej rozpočtovej organizácie (časť 4.8.3) sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie (časť 4.8.4) v súlade s určením riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom.
Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od určenia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Riadiaci orgán môže stanoviť prísnejšie pravidlá pre poskytnutie zálohovej platby a zúčtovanie zálohovej platby ako tie, ktoré sú definované v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre programové obdobie 2007 – 2013. 
Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) a samostatne žiadosť o platbu (refundáciu). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.4 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované maximálne do výšky 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu na základe postupov riadiaceho orgánu zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál procedúr a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. maximálne do výšky 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu (pri výpočte zálohovej platby sa za relevantnú časť rozpočtu projektu považuje rozpočet projektu na rok, v ktorom prijímateľ požiadal o danú zálohovú platbu), pri zohľadnení podmienok záverečnej platby na projekt (viď bod 17. tejto časti).
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po nadobudnutí účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby.
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie prijímateľa uskutočňuje v troch etapách - etape poskytnutia zálohovej platby, etape zúčtovania poskytnutej zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytnutia zálohovej platby:
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) riadiacemu orgánu v zmysle podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, a to maximálne do výšky 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
Výška maximálnej zálohovej platby sa vypočíta nasledovne:
A.	Prvý ročný rozpočet projektu je známy
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %3 oprávnených výdavkov rozpočtu projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %3 oprávnených výdavkov prvého roka rozpočtu projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	
=	
0,4*	
x		prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie	
+		
12	
-	počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku	
x	nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
								počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku				
	* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie
B.	Prvý ročný rozpočet projektu nie je známy, je nulový, alebo veľmi nízky
Výška maximálnej zálohovej platby sa vypočíta nasledovne:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %3 oprávnených výdavkov rozpočtu projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje podiel celkovej sumy nenávratného finančného príspevku a počtu mesiacov realizácie projektu pripadajúci na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie (t. j. prvých 12 mesiacov realizácie projektu).
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	=	0,4*	x	celková suma NFP	x	12	
				celkový počet mesiacov realizácie			
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a).
3.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
5.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa.
6.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a formulári žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad sumy nárokovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne v stanovenej lehote 8 kalendárnych dní schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. 
8.	Platobná jednotka najneskôr do 4 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zadá platobné príkazy na úhradu prijímateľovi prostredníctvom Štátnej pokladnice z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Etapa zúčtovania poskytnutej zálohovej platby:
9.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa je povinný zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu minimálne do výšky 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) a zároveň je povinný zúčtovať 100 % z poskytnutej zálohovej platby (sumy každej poskytnutej tranže zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. Žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) je potrebné priraďovať k najstaršej poskytnutej nezúčtovanej zálohovej platbe.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby predkladá žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) riadiacemu orgánu, v ktorej uvedie deklarovanú sumu výdavkov podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) aj účtovné doklady24 (preukazujúce úhradu výdavku deklarovaného v žiadosti o platbu) - minimálne jeden rovnopis originálu alebo kópiu13 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovného dokladu prijímateľom, táto je označená podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci príjem prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a výpis z účtu potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi / zhotoviteľovi. 
10.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
11.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti – kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa deklarovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácií, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi Slovenskej republiky a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc, pomoc "de minimis", publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä skontrolovanie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
12.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
13.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu.
14.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. 
Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví28 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní29 od predloženia30 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu, zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom. 
15.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
16.	Prijímateľ je oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu najskôr súčasne s podaním žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Riadiaci orgán prostredníctvom platobnej jednotky zabezpečí úhradu finančných prostriedkov na základe žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až po schválení predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v rámci súhrnnej žiadosti o platbu. Riadiaci orgán v úzkej spolupráci s platobnou jednotkou zodpovedá za stanovenie postupu, ktorý má zabrániť neoprávnenému vyplateniu zálohovej platby prijímateľovi. V tomto prípade riadiaci orgán pozastaví schvaľovanie žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až do času schválenia žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu. Uvedené sa nevzťahuje na prípady definované v bode 17.
17.	V prípade, ak predchádzajúca zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, prijímateľ môže požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu certifikačným orgánom schválených finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a sumy rovnajúcej sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a predchádzajúcej poskytnutej zálohovej platby. Súčet týchto prostriedkov, a teda výška poskytnutej zálohovej platby, je maximálne 40 %3 relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu.
18.	Každá nasledovná zálohová platba sa poskytuje a zúčtováva obdobným spôsobom v zmysle bodov 2. - 15. Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % nenávratného finančného príspevku na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom. 
Etapa refundácie:
19.	Po vyčerpaní maximálne 95 % nenávratného finančného príspevku na projekt je prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z nenávratného finančného príspevku, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po uskutočnení tejto úhrady a ukončení realizácie aktivít projektu je prijímateľ oprávnený požiadať o žiadosť o platbu (záverečnú) zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
20.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (záverečnú) spolu s účtovnými dokladmi24 vrátane výpisu z bankového účtu24 (originál alebo kópiu13 označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) riadiacemu orgánu.
21.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečná) postupuje obdobne ako v bodoch 3., 4., 11. a 12. V prípade schválenia žiadosti o platbu riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
22.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (záverečná) postupuje obdobne ako v bode 7. a v prípade jej schválenia zahrnie schválenú sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu.
23.	Certifikačný orgán postupuje obdobne ako v bode 14. a 15.
24.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 4 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na úhradu zostatku finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je v ITMS automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v maximálnej výške 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu. 
Povinnosti pre zúčtovávanie 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) sa vzťahujú na sumu poslednej poskytnutej zálohovej platby, ku ktorej je pripísaný nezúčtovaný zostatok predchádzajúcej zálohovej platby. 
Povinnosti pre zúčtovanie 100 % z poskytnutej zálohovej platby sa vzťahujú osobitne na každú poskytnutú tranžu zálohovej platby. V danom prípade priraďovanie zúčtovaní zálohových platieb (žiadosť o platbu – zúčtovanie zálohovej platby) k poskytnutej zálohovej platbe (každá tranža evidovaná samostatne) je potrebné sledovať v časovej súslednosti. Zúčtovanie zálohovej platby je potrebné v časovom slede priraďovať k poskytnutým zálohovým platbám od najstaršieho dátumu poskytnutia. Uvedená povinnosť sledovania zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby sa vzťahuje na poskytnutú zálohovú platbu (každú tranžu samostatne), poskytnutú po dátume účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, a nachádzajúcu sa v stave nezúčtovaná zálohová platba.
Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať, pričom:
A.	povinnosť pre zúčtovanie výšky 50 % z poskytnutej zálohovej platby do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa sa vzťahuje na sumu poslednej poskytnutej zálohovej platby, ku ktorej je pripísaný nezúčtovaný zostatok predchádzajúcej (predchádzajúcich) zálohovej platby (tzv. kumulatív); 
B.	povinnosť pre zúčtovanie výšky 100 % z poskytnutej zálohovej platby (t. j. sumy každej poskytnutej tranže zálohovej platby) do 12 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa sa vzťahuje osobitne na každú poskytnutú tranžu zálohovej platby.
V prípade nedodržania týchto podmienok je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. 
Riadiaci orgán je povinný sledovať a evidovať poskytovanie a zúčtovávanie zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa (dodržiavanie povinnosti prijímateľa týkajúce sa zúčtovania33 poskytnutej zálohovej platby) v samostatnom prehľade, pričom rozsah štruktúry sledovania poskytovania a zúčtovávania zálohových platieb je v jeho kompetencii.
Riadiaci orgán sleduje napĺňanie percentuálneho stavu zúčtovávania poskytnutých zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa. Riadiaci orgán aktívne s prijímateľom komunikuje a zároveň ho s cieľom maximalizovania návratnosti finančných prostriedkov poskytnutých systémom zálohových platieb a minimalizovania rizika nezúčtovávania poskytnutej zálohovej platby ako i znižovania nenávratného finančného príspevku prijímateľa v primeranom predstihu upozorňuje na hraničné termíny pre splnenie povinností stanovených v platnom Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
Sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) najneskôr do 6 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa v rámci projektu zabezpečuje riadiaci orgán v samostatnej štruktúre aj s využitím funkcionalít ITMS.
Sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby (osobitne za každú poskytnutú tranžu zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa v rámci projektu riadiacemu orgánu ITMS neumožňuje. Riadiaci orgán sleduje plnenie predmetnej povinnosti v samostatnej štruktúre. 
Prijímateľ dodržiava povinnosti stanovené pre poskytnutie a zúčtovanie zálohovej platby, cielene napĺňa a sleduje percentuálny stav zúčtovávania poskytnutých zálohových platieb v rámci projektu a aktívne komunikuje s riadiacim orgánom. Zároveň s cieľom minimalizovania rizika nezúčtovávania zálohovej platby ako i znižovania nenávratného finančného príspevku dodržiava hraničné termíny pre splnenie povinností stanovených v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
Riadiaci orgán priebežne aktualizuje a ukladá prehľady plnenia povinnosti zúčtovať 50 % (tzv. kumulatív) do 6 mesiacov, resp. 100 % najneskôr do 12 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa v štruktúre stanovenej riadiacim orgánom, ako elektronickú prílohu do ITMS (v časti prílohy) v rámci každej predloženej žiadosti o platbu.
Pri plnení povinností zúčtovávania poskytnutej zálohovej platby môže dochádzať k nasledovným prípadom:
A.	Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi po dátume účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0
1.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby zistí, že vzhľadom na rôzne opodstatnené okolnosti (napr. priebeh verejného obstarávania), nedodrží podmienky stanovené na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby, bezodkladne o uvedenej skutočnosti ako i dôvodoch nedodržania stanovených podmienok informuje riadiaci orgán. Zároveň najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke.
1.1.	V prípade, ak prijímateľ informuje riadiaci orgán a vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke vo vyššie uvedenej lehote (7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby), prijímateľovi sa neznižuje nenávratný finančný príspevok. Uvedené sa vzťahuje aj na prípad, ak prijímateľ neinformuje riadiaci orgán, ale vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v uvedenej lehote.
1.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby, o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. V tomto prípade riadiaci orgán bezodkladne o tejto skutočnosti (t. j. prijímateľ nedodržal stanovenú povinnosť a nevrátil sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke) prijímateľa upozorní. Zároveň najneskôr nasledujúci kalendárny deň od zistenia mu riadiaci orgán zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a postupuje v zmysle časti 4.5.6. 
2.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), avšak riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 50 % / 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 2.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
2.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
3.	V prípade, ak si prijímateľ splnil povinnosť zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu, ale počas kontroly žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu33 poskytnutej zálohovej platby, riadiaci orgán vyčísli sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov a upozorní na túto skutočnosť prijímateľa. 
Prijímateľ je povinný sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov zúčtovať33 predložením novej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, pri zachovaní povinnosti zúčtovania výšky 50 % / 100 % z poskytnutej zálohovej platby v lehote najneskôr do ukončenia stanovenej lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby. 
Prijímateľ môže postupovať aj v zmysle bodu 1.1, t. j. informuje riadiaci orgán o nedodržaní zúčtovania zálohovej platby (t. j. nepredložení zúčtovania vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) a najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke. V tomto prípade sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok.
V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby (6 mesiacov / 12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, avšak riadiaci orgán opäť identifikoval neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 6 mesiacov / 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 50% / 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 6 mesiacov / 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 
3.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
3.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
B.	Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0 
Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0 je prijímateľ povinný zúčtovať vo výške 100 % v lehote najneskôr do 12 mesiacov odo dňa účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, resp. vrátiť sumu nezúčtovaného rozdielu najneskôr však do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov platobnej jednotke. 
1.	V prípade, ak prijímateľ, najneskôr do skončenia vyššie uvedenej lehoty na zúčtovanie všetkých finančných prostriedkov poskytnutých prostredníctvom zálohovej platby pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, zistí, vzhľadom na rôzne opodstatnené okolnosti (napr. priebeh verejného obstarávania), že nedodrží podmienky stanovené na zúčtovanie, bezodkladne o uvedenej skutočnosti ako i dôvodoch nedodržania stanovených podmienok informuje riadiaci orgán. Zároveň najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke.
1.1.	V prípade, ak prijímateľ informuje riadiaci orgán a vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke vo vyššie uvedenej lehote (7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov), prijímateľovi sa neznižuje nenávratný finančný príspevok. Uvedené sa vzťahuje aj na prípad, ak prijímateľ neinformuje riadiaci orgán, ale vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v uvedenej lehote.
1.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov, o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. V tomto prípade riadiaci orgán bezodkladne o tejto skutočnosti (t. j. prijímateľ nedodržal stanovenú povinnosť a nevrátil sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke) prijímateľa upozorní. Zároveň najneskôr nasledujúci kalendárny deň od zistenia mu riadiaci orgán zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a postupuje v zmysle časti 4.5.6.
2.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), avšak riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 2.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
2.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. 
3.	V prípade, ak si prijímateľ splnil povinnosť zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu, ale počas kontroly žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov, riadiaci orgán vyčísli sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov a upozorní na túto skutočnosť prijímateľa. 
Prijímateľ je povinný sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov zúčtovať predložením novej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, pri zachovaní povinnosti zúčtovania výšky 100 % z poskytnutej zálohovej platby v lehote najneskôr do ukončenia stanovenej lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov). 
Prijímateľ môže postupovať aj v zmysle bodu 1.1, t. j. informuje riadiaci orgán o nedodržaní zúčtovania zálohovej platby (t. j. nepredložení zúčtovania vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) a najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke. V tomto prípade sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok.
V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, avšak riadiaci orgán opäť identifikoval neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 
3.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
3.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
Riadiaci orgán je povinný sledovať poskytovanie a zúčtovávanie zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa v prehľade odlíšenom od sledovania poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb v rámci projektu po účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0. Riadiaci orgán sleduje splnenie povinnosti prijímateľa zúčtovať 100 % z poskytnutej (poskytnutých) zálohovej platby pred účinnosťou Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 verzie 7.0, a to v lehote najneskôr do 12 mesiacov odo dňa účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0. Rozsah štruktúry sledovania poskytovania a zúčtovávania zálohových platieb je v kompetencii riadiaceho orgánu.
C.	Všeobecné informácie 
Riadiaci orgán v zmysle zmluvných podmienok v spolupráci s prijímateľom prijme potrebné opatrenia pre zabezpečenie návratnosti poskytnutých finančných prostriedkov štátneho rozpočtu prostredníctvom zálohovej platby.
Ak dôjde k nedodržaniu podmienok stanovených pre zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby, resp. pre vrátenie sumy nezúčtovaného rozdielu poskytnutej zálohovej platby, výnimky zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 nebudú poskytované.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Platobná jednotka poskytuje zálohové platby prijímateľom na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba prijímateľom aj zúčtuje.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu13 účtovných dokladov označené podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly.
4.8.3 Systém zálohových platieb pre prijímateľov – štátne rozpočtové organizácie
Vyplácanie prijímateľa - štátnej rozpočtovej organizácie pri projektoch financovaných z ESF, ERDF a Kohézneho fondu sa  môže realizovať systémom predfinancovania (4.8.1), systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie (časť 4.8.4) v súlade s určením riadiaceho orgánu v spolupráci s prijímateľom. Prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od určenia riadiaceho orgánu stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. 
Kombinovanie systému zálohovej platby so systémom predfinancovania je možné iba za podmienky, že sú jasne identifikované typy výdavkov určené pre jednotlivé systémy financovania, bez rizika vzájomného prelínania, t. j. výdavok, ktorý je deklarovaný v rámci systému predfinancovania nie je možné aplikovať v rámci systému zúčtovania zálohovej platby / systému refundácie a naopak. 
Riadiaci orgán v spolupráci s prijímateľom v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku zabezpečí identifikáciu jednotlivých typov výdavkov (rozpočtových položiek projektu) tak, že bude jednoznačne určené, ktoré konkrétne výdavky (napr. personálne) pôjdu výlučne systémom zálohovej platby, a ktoré (napr. investičné) systémom predfinancovania, resp. ktoré systémom refundácie.
Riadiaci orgán môže stanoviť prísnejšie pravidlá pre poskytnutie zálohovej platby a zúčtovanie zálohovej platby ako tie, ktoré sú definované v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pre programové obdobie 2007 – 201332..
Jednotlivé žiadosti o platbu môže prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, tzn. že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie, resp. s výdavkami uplatňovanými systémom predfinancovania v jednej žiadosti o platbu. V takom prípade prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), samostatne žiadosť o platbu (refundácia), resp. samostatne žiadosť o platbu (zúčtovanie predfinancovania). V prípade zmeny právnej subjektivity prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.4 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Prijímateľ realizujúci národný projekt môže tieto prostriedky poskytovať konečným užívateľom na základe zmluvy v súlade s § 20, ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované maximálne do výšky 40 %3 relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu na základe postupov riadiaceho orgánu zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál procedúr a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. maximálne do výšky 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu (pri výpočte zálohovej platby sa za relevantnú časť rozpočtu projektu považuje rozpočet projektu na rok, v ktorom prijímateľ požiadal o danú zálohovú platbu).
V prípade kombinácie systému predfinancovania, systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška zálohovej platby vypočíta z celkovej sumy (súčtu súm) identifikovaných typov oprávnených výdavkov (rozpočtových položiek projektu jednoznačne určených na financovanie výlučne systémom zálohovej platby) v relevantnom roku realizácie projektu do výšky maximálne 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu (v danom prípade sa pri výpočte zálohovej platby za relevantnú časť rozpočtu projektu považuje celková suma identifikovaných oprávnených výdavkov jednoznačne určených na financovanie výlučne systémom zálohovej platby, zohľadňujúc aktuálny stav už vyčerpaných finančných prostriedkov na predmetných položkách projektu). Tzn. že v prípade, ak už došlo k čerpaniu finančných prostriedkov z celkovej sumy (súčtu súm) identifikovaných typov oprávnených výdavkov (rozpočtových položiek projektu, ktoré boli určené na financovanie výlučne systémom zálohovej platby), výška zálohovej platby sa vypočíta zo sumy nevyčerpaných finančných prostriedkov. 
Zálohové platby sú prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie po nadobudnutí účinnosti zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohovej platby až do momentu dosiahnutia maximálne 100 % celkových oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom. 
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie prijímateľa – štátne rozpočtové organizácie uskutočňuje v dvoch etapách – etape poskytnutia zálohovej platby a etape zúčtovania poskytnutej zálohovej platby. 
Etapa poskytnutia zálohovej platby: 
1.	Prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) riadiacemu orgánu v zmysle podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, a to maximálne do výšky 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. 
1.1.	Kombinácia systému zálohových platieb a systému refundácie
V prípade kombinácie systému zálohových platieb a systému refundácie sa výška maximálnej zálohovej platby vypočíta nasledovne:
A.	Prvý ročný rozpočet projektu je známy
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %3 oprávnených výdavkov rozpočtu projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %3 oprávnených výdavkov prvého roka rozpočtu projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:

maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	
=	
0,4*	
x		prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie	
+		
12	
-	počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku	
x	nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu EÚ a ŠR na spolufinancovanie		
								počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku				
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie 
B.	Prvý ročný rozpočet projektu nie je známy, je nulový, alebo veľmi nízky
Výška maximálnej zálohovej platby sa vypočíta nasledovne:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu nepresahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 %3 oprávnených výdavkov rozpočtu projektu zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie;
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizácie projektu presahuje 12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje podiel celkovej sumy nenávratného finančného príspevku a počtu mesiacov realizácie projektu pripadajúci na počet mesiacov realizácie projektu v prvom roku jeho realizácie (t. j. prvých 12 mesiacov realizácie projektu).
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	=	0,4*	x	celková suma NFP	x	12	
				celkový počet mesiacov realizácie			
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie
1.2.	Kombinácia systému zálohových platieb, systému refundácie a systému predfinancovania
V prípade kombinácie systému zálohových platieb, systému refundácie a systému predfinancovania sa výška maximálnej zálohovej platby vypočíta nasledovne:
-	z celkovej sumy (súčtu súm) identifikovaných typov oprávnených výdavkov (rozpočtových položiek projektu jednoznačne určených na financovanie výlučne systémom zálohovej platby) v relevantnom roku realizácie projektu do výšky maximálne 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu (v danom prípade sa pri výpočte zálohovej platby za relevantnú časť rozpočtu projektu považuje suma identifikovaných oprávnených výdavkov jednoznačne určených na financovanie výlučne systémom zálohovej platby, zohľadňujúc aktuálny stav už vyčerpaných finančných prostriedkov na predmetných položkách projektu) vo výške prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby	=	0,4*	x	celková suma identifikovaných typov oprávnených výdavkov (rozpočtových položiek projektu, ktoré sú jednoznačne určené na financovanie výlučne systémom zálohovej platby, zohľadňujúc aktuálny stav už vyčerpaných finančných prostriedkov na predmetných položkách projektu) v relevantnom roku realizácie projektu
(vo výške prostriedkov zodpovedajúcich podielu prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie)			
* = 0,5 v rámci Operačného programu Vzdelávanie
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a).
3.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. 
V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
5.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa. 
6.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7b) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
7.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a formulári žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad nárokovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne v stanovenej lehote schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. 
8.	Platobná jednotka najneskôr do 4 kalendárnych dní od schválenia žiadosti o platbu zabezpečí žiadosť o prevod prostriedkov rozpočtovým opatrením prostredníctvom úpravy limitov výdavkov pomerne za prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie: viazaním výdavkov v rozpočte platobnej jednotky a navýšením limitov výdavkov prijímateľa.
Etapa zúčtovania poskytnutej zálohovej platby:
9.	Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať33, pričom najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia je povinný zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu minimálne do výšky 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) a zároveň je povinný zúčtovať 100 % z poskytnutej zálohovej platby (sumy každej poskytnutej tranže zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia. V prípade nedodržania tejto podmienky je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. Žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) je potrebné priraďovať k najstaršej poskytnutej nezúčtovanej zálohovej platbe.
Prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby predkladá žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby – príloha 3a) riadiacemu orgánu, v ktorej uvedie deklarovanú sumu výdavkov podľa rozpočtovej klasifikácie. Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (zúčtovanie zálohovej platby)  aj účtovné doklady24 (preukazujúce úhradu výdavku deklarovaného v žiadosti o platbu) – minimálne jeden rovnopis originálu alebo kópie13 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis účtovného dokladu si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovného dokladu prijímateľom, táto je označená podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa. Ak je prijímateľ zároveň aj riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, certifikačným orgánom, orgánom auditu, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, štatutárny orgán v takom prípade môže byť zastúpený určeným zamestnancom príslušného subjektu. Prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi / zhotoviteľovi. 
10.	Riadiaci orgán vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
11.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti - kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa deklarovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii, a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne34 kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje súlad s právnymi predpismi Slovenskej republiky a EÚ (najmä verejné obstarávanie, štátna pomoc, pomoc „de minimis“, publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä skontrolovanie skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
12.	Po vykonaní kontroly žiadosti o platbu riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
13.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) postupuje obdobne ako v bode 7. V prípade schválenia žiadosti o platbu zahrnie sumu zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu.
14.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska neprekročenia / dodržania celkovej alokácie a rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. V prípade potreby si od riadiaceho orgánu alebo platobnej jednotky vyžiadava ďalšie informácie nevyhnutné pre posúdenie predloženej súhrnnej žiadosti o platbu.
Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví28 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní29 od predloženia30 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu, zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom. 
15.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
16.	Prijímateľ je oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu najskôr súčasne s podaním žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Riadiaci orgán prostredníctvom platobnej jednotky zabezpečí úhradu finančných prostriedkov na základe žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až po schválení predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v rámci súhrnnej žiadosti o platbu. Riadiaci orgán v úzkej spolupráci s platobnou jednotkou zodpovedá za stanovenie postupu, ktorý má zabrániť neoprávnenému vyplateniu zálohovej platby prijímateľovi. V tomto prípade riadiaci orgán pozastaví schvaľovanie žiadosti o platbu (poskytnutie zálohovej platby) až do času schválenia žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu. Uvedené sa nevzťahuje na prípady definované v bode 17.
17.	V prípade, ak predchádzajúca zálohová platba nebola poskytnutá v maximálnej možnej výške, prijímateľ môže požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške súčtu certifikačným orgánom schválených prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a sumy rovnajúcej sa rozdielu maximálnej výšky zálohovej platby a predchádzajúcej poskytnutej zálohovej platby. Súčet týchto prostriedkov, a teda výška poskytnutej zálohovej platby je maximálne 40 %3 relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu.
25.	Každá nasledovná zálohová platba sa poskytuje a zúčtováva obdobným spôsobom v zmysle bodov 2. – 16. Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 100 % nenávratného finančného príspevku na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená riadiacim orgánom. Po poskytnutí poslednej zálohovej platby na projekt je prijímateľ povinný zúčtovať33 celý zostatok nenávratného finančného príspevku. Nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby je prijímateľ povinný vrátiť platobnej jednotke na základe vzájomnej komunikácie s riadiacim orgánom. Prijímateľ predloží riadiacemu orgánu oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a poslednú žiadosť o platbu (záverečnú) – zúčtovanie zálohovej platby, ktorá plní funkciu záverečnej žiadosti o platbu.
Na konci rozpočtového roka môže riadiaci orgán po dohode s prijímateľom rozhodnúť o poskytnutí nižšej zálohovej platby, a to len do výšky potrebnej na realizáciu projektových aktivít do konca príslušného roka. V nasledujúcom rozpočtovom roku môže riadiaci orgán poskytnúť ďalšiu zálohovú platbu bez povinnosti schválenia akejkoľvek časti predchádzajúcej zálohovej platby certifikačným orgánom, ale maximálne do výšky 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu projektu zodpovedajúcim 12 mesiacom realizácie aktivít projektu.
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o platbu (zúčtovanie zálohovej platby). Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je v ITMS automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia prijímateľovi. Prijímateľ môže disponovať finančnými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v maximálnej výške 40 %3 z relevantnej časti rozpočtu. 
Povinnosti pre zúčtovávanie 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) sa vzťahujú na sumu poslednej poskytnutej zálohovej platby, ku ktorej je pripísaný nezúčtovaný zostatok predchádzajúcej zálohovej platby. 
Povinnosti pre zúčtovanie 100 % z poskytnutej zálohovej platby sa vzťahujú osobitne na každú poskytnutú tranžu zálohovej platby. V danom prípade priraďovanie zúčtovaní zálohových platieb (žiadosť o platbu – zúčtovanie zálohovej platby) k poskytnutej zálohovej platbe (každá tranža evidovaná samostatne) je potrebné sledovať v časovej súslednosti. Zúčtovanie zálohovej platby je potrebné v časovom slede priraďovať k poskytnutým zálohovým platbám od najstaršieho dátumu poskytnutia. Uvedená povinnosť sledovania zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby sa vzťahuje na poskytnutú zálohovú platbu (každú tranžu samostatne), poskytnutú po dátume účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, a nachádzajúcu sa v stave nezúčtovaná zálohová platba.
Prijímateľ je povinný poskytnutú zálohovú platbu priebežne zúčtovávať, pričom:
A.	povinnosť pre zúčtovanie výšky 50 % z poskytnutej zálohovej platby do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia sa vzťahuje na sumu poslednej poskytnutej zálohovej platby, ku ktorej je pripísaný nezúčtovaný zostatok predchádzajúcej (predchádzajúcich) zálohovej platby (tzv. kumulatív); 
B.	povinnosť pre zúčtovanie výšky 100 % z poskytnutej zálohovej platby (t. j. sumy každej poskytnutej tranže zálohovej platby) do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia sa vzťahuje osobitne na každú poskytnutú tranžu zálohovej platby.
V prípade nedodržania týchto podmienok je prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov / 12 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. 
Riadiaci orgán je povinný sledovať a evidovať poskytovanie a zúčtovávanie zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa (dodržiavanie povinnosti prijímateľa týkajúce sa zúčtovania33 poskytnutej zálohovej platby) v samostatnom prehľade, pričom rozsah štruktúry sledovania poskytovania a zúčtovávania zálohových platieb je v jeho kompetencii.
Riadiaci orgán sleduje napĺňanie percentuálneho stavu zúčtovávania poskytnutých zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa. Riadiaci orgán aktívne s prijímateľom komunikuje a zároveň ho s cieľom maximalizovania návratnosti finančných prostriedkov poskytnutých systémom zálohových platieb a minimalizovania rizika nezúčtovávania poskytnutej zálohovej platby ako i znižovania nenávratného finančného príspevku prijímateľa v primeranom predstihu upozorňuje na hraničné termíny pre splnenie povinností stanovených v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
Sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania 50 % z poskytnutej zálohovej platby (tzv. kumulatív) najneskôr do 6 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia v rámci projektu zabezpečuje riadiaci orgán v samostatnej štruktúre aj s využitím funkcionalít ITMS.
Sledovanie dodržiavania povinnosti prijímateľa týkajúcej sa zúčtovania 100 % z poskytnutej zálohovej platby (osobitne za každú poskytnutú tranžu zálohovej platby) najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia v rámci projektu riadiacemu orgánu ITMS neumožňuje. Riadiaci orgán sleduje plnenie predmetnej povinnosti v samostatnej štruktúre. 
Prijímateľ dodržiava povinnosti stanovené pre poskytnutie a zúčtovanie zálohovej platby, cielene napĺňa a sleduje percentuálny stav zúčtovávania poskytnutých zálohových platieb v rámci projektu a aktívne komunikuje s riadiacim orgánom. Zároveň s cieľom minimalizovania rizika nezúčtovávania zálohovej platby ako i znižovania nenávratného finančného príspevku dodržiava hraničné termíny pre splnenie povinností stanovených v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
Riadiaci orgán priebežne aktualizuje a ukladá prehľady plnenia povinnosti zúčtovať 50 % (tzv. kumulatív) do 6 mesiacov, resp. 100 % najneskôr do 12 mesiacov odo dňa aktivácie rozpočtového opatrenia v štruktúre stanovenej riadiacim orgánom, ako elektronickú prílohu do ITMS (v časti prílohy) v rámci každej predloženej žiadosti o platbu.
Pri plnení povinností zúčtovávania poskytnutej zálohovej platby môže dochádzať k nasledovným prípadom:
A.	Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi po dátume účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0
1.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby zistí, že vzhľadom na rôzne opodstatnené okolnosti (napr. priebeh verejného obstarávania), nedodrží podmienky stanovené na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby, bezodkladne o uvedenej skutočnosti ako i dôvodoch nedodržania stanovených podmienok informuje riadiaci orgán. Zároveň najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke.
1.1.	V prípade, ak prijímateľ informuje riadiaci orgán a vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke vo vyššie uvedenej lehote (7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby), prijímateľovi sa neznižuje nenávratný finančný príspevok. Uvedené sa vzťahuje aj na prípad, ak prijímateľ neinformuje riadiaci orgán, ale vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v uvedenej lehote.
1.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby, o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. V tomto prípade riadiaci orgán bezodkladne o tejto skutočnosti (t. j. prijímateľ nedodržal stanovenú povinnosť a nevrátil sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke) prijímateľa upozorní. Zároveň najneskôr nasledujúci kalendárny deň od zistenia mu riadiaci orgán zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a postupuje v zmysle časti 4.5.6. 
2.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), avšak riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 50 % / 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 1.3.	
2.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
2.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
3.	V prípade, ak si prijímateľ splnil povinnosť zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu, ale počas kontroly žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu33 poskytnutej zálohovej platby, riadiaci orgán vyčísli sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov a upozorní na túto skutočnosť prijímateľa. 
Prijímateľ je povinný sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov zúčtovať33 predložením novej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, pri zachovaní povinnosti zúčtovania výšky 50 % / 100 % z poskytnutej zálohovej platby v lehote najneskôr do ukončenia stanovenej lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby. 
Prijímateľ môže postupovať aj v zmysle bodu 1.1, t. j. informuje riadiaci orgán o nedodržaní zúčtovania zálohovej platby (t. j. nepredložení zúčtovania vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) a najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke. V tomto prípade sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok.
V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie33 poskytnutej zálohovej platby (6 mesiacov / 12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, avšak riadiaci orgán opäť identifikoval neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 6 mesiacov / 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 50% / 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 6 mesiacov / 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 
3.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
3.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
B.	Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzia 7.0 
Zálohové platby poskytnuté prijímateľovi pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0 je prijímateľ povinný zúčtovať vo výške 100 % v lehote najneskôr do 12 mesiacov odo dňa účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, resp. vrátiť sumu nezúčtovaného rozdielu najneskôr však do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov platobnej jednotke. 
1.	V prípade, ak prijímateľ, najneskôr do skončenia vyššie uvedenej lehoty na zúčtovanie všetkých finančných prostriedkov poskytnutých prostredníctvom zálohovej platby pred dátumom účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0, zistí, vzhľadom na rôzne opodstatnené okolnosti (napr. priebeh verejného obstarávania), že nedodrží podmienky stanovené na zúčtovanie, bezodkladne o uvedenej skutočnosti ako i dôvodoch nedodržania stanovených podmienok informuje riadiaci orgán. Zároveň najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke.
1.1.	V prípade, ak prijímateľ informuje riadiaci orgán a vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke vo vyššie uvedenej lehote (7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov), prijímateľovi sa neznižuje nenávratný finančný príspevok. Uvedené sa vzťahuje aj na prípad, ak prijímateľ neinformuje riadiaci orgán, ale vráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v uvedenej lehote.
1.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke do 7 kalendárnych dní od ukončenia uvedeného obdobia 12 mesiacov, o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. V tomto prípade riadiaci orgán bezodkladne o tejto skutočnosti (t. j. prijímateľ nedodržal stanovenú povinnosť a nevrátil sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke) prijímateľa upozorní. Zároveň najneskôr nasledujúci kalendárny deň od zistenia mu riadiaci orgán zašle žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a postupuje v zmysle časti 4.5.6.
2.	V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), avšak riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 1.3.	
2.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
2.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok. 
3.	V prípade, ak si prijímateľ splnil povinnosť zúčtovať poskytnutú zálohovú platbu, ale počas kontroly žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) riadiaci orgán identifikuje neoprávnené výdavky, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov, riadiaci orgán vyčísli sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov a upozorní na túto skutočnosť prijímateľa. 
Prijímateľ je povinný sumu identifikovaných neoprávnených výdavkov zúčtovať predložením novej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, pri zachovaní povinnosti zúčtovania výšky 100 % z poskytnutej zálohovej platby v lehote najneskôr do ukončenia stanovenej lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov). 
Prijímateľ môže postupovať aj v zmysle bodu 1.1, t. j. informuje riadiaci orgán o nedodržaní zúčtovania zálohovej platby (t. j. nepredložení zúčtovania vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) a najneskôr do 7 kalendárnych dní od ukončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke. V tomto prípade sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok.
V prípade, ak prijímateľ najneskôr do skončenia lehoty na zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby (12 mesiacov) predložil žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) s výdavkami minimálne vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov, avšak riadiaci orgán opäť identifikoval neoprávnené výdavky v predloženej žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) až po stanovenej lehote 12 mesiacov, a teda reálne nedochádza k zúčtovaniu 100 % z poskytnutej zálohovej platby do stanovenej lehoty 12 mesiacov a ani k vráteniu sumy nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke, riadiaci orgán prijímateľa upozorní, aby finančné prostriedky vrátil a zašle prijímateľovi žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov (postup v zmysle časti 4.5.6). 
3.1.	V prípade, ak prijímateľ vráti sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), o sumu nezúčtovaného rozdielu sa prijímateľovi neznižuje nenávratný finančný príspevok. 
3.2.	V prípade, ak prijímateľ nevráti sumu nezúčtovaného rozdielu platobnej jednotke v určenej lehote (postup v zmysle časti 4.5.6), je riadiaci orgán oprávnený rozhodnúť, že o sumu nezúčtovaného rozdielu (vo výške sumy identifikovaných neoprávnených výdavkov) sa prijímateľovi znižuje nenávratný finančný príspevok.
Riadiaci orgán je povinný sledovať poskytovanie a zúčtovávanie zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa v prehľade odlíšenom od sledovania poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb v rámci projektu po účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0. Riadiaci orgán sleduje splnenie povinnosti prijímateľa zúčtovať 100 % z poskytnutej (poskytnutých) zálohovej platby pred účinnosťou Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 verzie 7.0, a to v lehote najneskôr do 12 mesiacov odo dňa účinnosti Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verzie 7.0. Rozsah štruktúry sledovania poskytovania a zúčtovávania zálohových platieb je v kompetencii riadiaceho orgánu.
C.	Všeobecné informácie 
Riadiaci orgán v zmysle zmluvných podmienok v spolupráci s prijímateľom prijme potrebné opatrenia pre zabezpečenie návratnosti poskytnutých finančných prostriedkov štátneho rozpočtu prostredníctvom zálohovej platby.
Ak dôjde k nedodržaniu podmienok stanovených pre zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby, resp. pre vrátenie sumy nezúčtovaného rozdielu poskytnutej zálohovej platby, výnimky zo Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 nebudú poskytované.
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas certifikačného orgánu. Certifikačný orgán prevádza prostriedky EÚ platobnej jednotke na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených certifikačným orgánom.
Presun prostriedkov prijímateľom sa realizuje prostredníctvom platobnej jednotky, ktorá zabezpečí žiadosť o úpravu limitov výdavkov rozpočtu prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o platbu (zálohovú platbu). 
Po schválení žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) platobná jednotka prostredníctvom ISUF upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu13 účtovných dokladov označené podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly.
4.8.4 Systém refundácie
Pri systéme refundácie sa finančné prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov prijímateľom, tzn. že prijímateľ je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba prijímateľovi z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie schváleného na projekt.
Pri predkladaní žiadosti o platbu postupuje prijímateľ rovnako pri všetkých operačných programoch.
1.	Prijímateľ uhradí výdavky dodávateľovi / zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Prijímateľ predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a) v EUR riadiacemu orgánu. V rámci formulára žiadosti o platbu uvedie čerpanie rozpočtu projektu podľa skupiny výdavkov v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku.
3.	Prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady24 - minimálne jeden rovnopis alebo kópiu13 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpis z bankového účtu24 (originál alebo kópiu13 označenú podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva prijímateľ. V prípade predloženia kópie účtovných dokladov prijímateľom, musí byť kópia označená pečiatkou a podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
4.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje túto žiadosť o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. V prípade, ak sa riadiaci orgán rozhodne počas výkonu administratívnej kontroly vykonať kontrolu na mieste, lehoty na administratívnu kontrolu žiadosti o platbu sú pozastavené. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti riadiaci orgán overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade zistenia formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenej lehote doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25 alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne. 
6.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu vecnej správnosti - kontroluje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontroluje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených účtovných dokladoch a inej podpornej dokumentácii a či táto suma zároveň zodpovedá rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa preukázateľne34 kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontroluje sa súlad s právnymi predpismi Slovenskej republiky a EÚ (najmä štátna pomoc, verejné obstarávanie, pomoc "de minimis", publicita). Riadiaci orgán v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán do stanovenej lehoty žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7a) platobnej jednotke do 40 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS. 
8.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná overenie žiadosti o platbu, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu, ktoré zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a formulári žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne v stanovenej lehote schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 8a) a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu.
18.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. 
Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví28 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych29 dní od predloženia30 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu, zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom. 
9.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
10.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 4 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu projektu na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Prijímateľ je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu, originál záznamu z administratívnej kontroly, výpisy z účtov, jeden rovnopis alebo kópiu13 účtovných dokladov označené podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly.
4.8.5 Systém refundácie Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 
Pre projekty projektových partnerstiev v rámci operačných programov cieľa 3 platia špecifiká stanovené nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006. Pre tieto programy je vždy zriadený jediný certifikačný orgán, ktorý zabezpečuje prevod finančných prostriedkov ERDF priamo vedúcim partnerom projektov. Vedúci partneri projektových partnerstiev sú ďalej zodpovední za ďalší prevod prostriedkov ERDF svojim projektovým partnerom (vrátane zahraničných).
Pre prijímateľov (vedúcich partnerov) v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013, pri ktorom ako jedinom vystupuje Slovenská republika ako riadiaci a certifikačný orgán, platia nasledovné zásady:
Projekty alebo operácie v rámci operačného programu zahrňujú prijímateľov (partnerov) z oboch štátov, ktorí spĺňajú aspoň dve z nasledovných kritérií: spoločná príprava, spoločná realizácia, spoločný personál a spoločné financovanie. Jeden z prijímateľov projektu je určený za vedúceho partnera projektu, ktorý takto v mene celého projektového partnerstva vystupuje a nesie zodpovednosť za celú realizáciu projektu.
Zmluvy o poskytnutí finančného príspevku s vedúcimi partnermi uzatvára riadiaci orgán s finančným plnením v EUR. Každá zmluva o poskytnutí finančného príspevku obsahuje finančný rozpočet projektu v EUR vrátane rozpočtov čiastkových finančných plánov na úrovni  jednotlivých partnerov na úrovni rozpočtových kapitol.
Prostriedky ERDF poskytuje vedúcim partnerom zo Slovenskej republiky alebo Českej republiky certifikačný orgán v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov partnerstva, tzn. že jednotliví partneri sú povinní realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie budú vedúcemu partnerovi pri jednotlivých platbách refundované certifikačným orgánom v pomernej výške.
1.	Vedúci partner / partner uhradí výdavky dodávateľovi / zhotoviteľovi z vlastných zdrojov.
2.	Vedúci partner / partner zo Slovenskej republiky v zmysle čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 predkladá zoznam deklarovaných výdavkov maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch, resp. na základe dohodnutého harmonogramu, pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR riadiacemu orgánu na prvostupňovú kontrolu. V prípade, ak za obdobie jedného roku nedosiahnu jeho nárokované výdavky minimálnu výšku 10 000 EUR, vedúci partner / partner nemusí podmienku minimálnej výšky dodržať a v tomto prípade predloží len jeden zoznam deklarovaných výdavkov.
3.	Vedúci partner / partner z Českej republiky v zmysle čl. 16 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 predkladá zoznam deklarovaných výdavkov maximálne štyrikrát ročne v 3-mesačných intervaloch, resp. na základe dohodnutého harmonogramu, pri zachovaní podmienky minimálnej výšky 10 000 EUR národnému orgánu na prvostupňovú kontrolu. V prípade, ak za obdobie jedného roku nedosiahnu jeho nárokované výdavky minimálnu výšku 10 000 EUR, vedúci partner / partner nemusí podmienku minimálnej výšky dodržať a v tomto prípade predloží len jeden zoznam deklarovaných výdavkov.
Výnimku tvorí strešný projekt pre Fond mikroprojektov, kde Správca – vedúci partner je oprávnený za fond mikroprojektov (jednotlivé mikroprojekty) a za administratívne náklady Správcu – vedúceho partnera a Správcu – partnera predkladať v trojmesačných intervaloch dve žiadosti o platbu, avšak pri zachovaní pravidla minimálnej výšky 10 000 EUR pre obe žiadosti o platbu.
4.	Vedúci partner / partner predkladá spolu so zoznamom deklarovaných výdavkov aj účtovné doklady24 - minimálne jeden rovnopis alebo kópiu13 faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty a výpisu z bankového účtu24 (originál alebo kópiu označenú podpisom štatutárneho orgánu vedúceho partnera / partnera), ktorý potvrdzuje uhradenie deklarovaných výdavkov a výpisy z analytického účtovníctva. Ďalší rovnopis faktúry, prípadne dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva vedúci partner / partner. V prípade predloženia kópie účtovných dokladov vedúcim partnerom / partnerom, musí byť kópia označená podpisom štatutárneho orgánu vedúceho partnera / partnera. Spolu so zoznamom deklarovaných výdavkov predkladajú slovenskí partneri na oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny z dohôd a pod.) sumarizačné hárky. Českí partneri predkladajú účtovné doklady v súlade s usmernením národného orgánu a národnou legislatívou.
5.	Riadiaci orgán a národný orgán vykonajú kontrolu zoznamov deklarovaných výdavkov podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 a čl. 13 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ktoré zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti zoznamu deklarovaných výdavkov. V rámci kontroly formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia zoznamu deklarovaných výdavkov. V prípade formálnych nedostatkov vyzve vedúceho partnera / partnera, aby v stanovenom čase doplnil nedostatky. V prípade závažných nedostatkov25, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, zoznam deklarovaných výdavkov / výdavok zamietne.
6.	Riadiaci orgán a národný orgán vykonajú kontrolu vecnej správnosti - kontrolujú reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Kontrolujú, či požadovaná suma zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Kontrolujú súlad s národnou legislatívou a legislatívou EÚ (štátna pomoc, verejné obstarávanie, pomoc "de minimis", publicita). Národní kontrolóri v prípade potreby vykonajú kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä kontrola skutočného dodania spolufinancovaných tovarov, uskutočnených prác alebo poskytnutých služieb.
7.	Po vykonaní kontroly riadiaci orgán / národný orgán výdavky deklarované partnerom / vedúcim partnerom schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo zníži o relevantnú časť a vystaví v lehote do 60 kalendárnych dní osvedčenia o oprávnenosti výdavkov v 4 rovnopisoch, ktoré zašle partnerovi / vedúcemu partnerovi. Partner jeden rovnopis archivuje a ďalšie dva bezodkladne zašle vedúcemu partnerovi. V prípade vedúceho partnera / partnera z Českej republiky je štvrtý rovnopis zaslaný kontrolórom na Národný orgán. Prílohou osvedčenia o oprávnenosti výdavkov je schválený zoznam deklarovaných výdavkov potvrdený kontrolórom.
8.	Vedúci partner na základe schválených zoznamov deklarovaných výdavkov od jednotlivých partnerov zostaví žiadosť o platbu v EUR a zostavenú žiadosť o platbu spolu so schválenými zoznamami deklarovaných výdavkov potvrdenými kontrolórmi a s osvedčeniami o oprávnenosti výdavkov predkladá riadiacemu orgánu maximálne štyrikrát ročne za dodržania podmienok uvedených v bode 2. a 3.
9.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu zaregistruje žiadosť o platbu v ITMS.
10.	Po vykonaní kontroly, ktorá pozostáva z kontroly, či výdavky boli skontrolované kontrolórom a či výdavky z pohľadu ako celku boli uplatnené v súlade s projektom ako celkom, riadiaci orgán žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v lehote 15 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu vedúceho partnera v ITMS. V prípade schválenia žiadosti o platbu ju riadiaci orgán zaradí do najbližšej technickej súhrnnej žiadosti o platbu. Následne riadiaci orgán elektronicky zasiela certifikačnému orgánu v lehotách dohodnutých s certifikačným orgánom oznámenie o zaslaní technickej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorého prílohou je naskenovaná verzia čiastkového výkazu výdavkov. Súčasne predkladá kópiu technickej súhrnnej žiadosti o platbu, kópiu žiadosti o platbu a čiastkového výkazu výdavkov platobnej jednotke.
19.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z formálneho a vecného overenia technickej súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci formálneho overenia overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia technickej súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje jednotlivé žiadosti o platbu zaradené v technickej súhrnnej žiadosti o platbu z hľadiska rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení. 
Certifikačný orgán technickú súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví28 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych29 dní od predloženia30 technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie technickej súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy oznámenie o zaslaní technickej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorého prílohou je naskenovaná verzia čiastkového výkazu výdavkov k technickej súhrnnej žiadosti o platbu, zaslané elektronicky, bolo zaregistrované certifikačným orgánom.
11.	Certifikačný orgán najskôr v deň schválenia technickej súhrnnej žiadosti o platbu a najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia prevedie prostriedky EÚ z osobitného mimorozpočtového účtu pre operačný program vedeného v Štátnej pokladnici v EUR priamo na účet vedúceho partnera. Zároveň informuje vedúcich partnerov, riadiaci orgán, národný orgán a príslušné platobné jednotky v Slovenskej republike a Českej republike o schválení technickej súhrnnej žiadosti o platbu, resp. o úhrade jednotlivých žiadostí o platbu.
12.	Riadiaci orgán po prijatí informácie o schválení technickej súhrnnej žiadosti z certifikačného orgánu predloží platobnej jednotke likvidačné listy k všetkým žiadostiam o platbu schváleným v technickej súhrnnej žiadosti o platbu, v prípade, ak tieto obsahujú výdavky partnera / vedúceho partnera zo Slovenskej republiky.
13.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 4 kalendárnych dní po obdržaní informácie o schválení technickej súhrnnej žiadosti o platbu, zadať platobný príkaz prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov štátneho rozpočtu v národnej mene na spolufinancovanie z výdavkového účtu vedúcemu partnerovi zo Slovenskej republiky. Vedúci partner je zodpovedný za ich ďalší prevod svojim projektovým partnerom zo Slovenskej republiky (v prípade ich existencie). V prípade, ak je viac projektových partnerov zo Slovenskej republiky a títo majú vedúceho partnera z Českej republiky pri vypĺňaní žiadosti o finančný príspevok si určia hlavného cezhraničného partnera, s ktorým riadiaci orgán podpisuje zmluvu o spolufinancovaní. Platobná jednotka zabezpečuje prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie hlavnému cezhraničnému partnerovi a ten ich následne prevedie ostatným partnerom zo Slovenskej republiky.
14.	Vedúci partner a hlavný cezhraničný partner sú povinní pri každej nasledujúcej žiadosti o platbu, resp. najneskôr pri záverečnej žiadosti o platbu predložiť výpisy z účtu preukazujúce prevod prostriedkov ERDF a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie jednotlivým partnerom projektu.
V prípade, ak vedúci partner, resp. partneri projektu uhrádzajú svoje výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom / zhotoviteľom v tejto mene sú certifikačným orgánom preplácané v EUR. Do žiadosti o platbu zahrnie vedúci partner oprávnené výdavky prepočítané na menu EUR mesačným kurzom Európskej komisie platným v tom mesiaci, v ktorom partner zostaví zoznam deklarovaných výdavkov. Tento kurz Európska komisia zverejňuje každý mesiac na stránke www.ec.europa.eu/budget a zároveň je zverejňovaný aj na stránke www.sk-cz.eu.
Prevod finančných prostriedkov ERDF v rámci ostatných operačných programov cieľa 3 zabezpečuje certifikačný orgán partnerskej krajiny priamo vedúcim partnerom bez zapojenia certifikačného orgánu Slovenskej republiky alebo platobnej jednotky. Prevod prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie vedúcemu partnerovi, resp. partnerom zo Slovenskej republiky zabezpečuje platobná jednotka na základe dohody s príslušnou partnerskou krajinou.
4.8.6 Systém prevodu tranže prijímateľovi – v rámci implementácie nástrojov finančného inžinierstva 
Systém prevodu tranže sa využíva v prípade poskytovania finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi – holdingovému fondu v rámci implementácie JEREMIE a osobitnému finančnému bloku - Štátnemu fondu rozvoja bývania v rámci implementácie JESSICA na základe podpísania zmluvy o financovaní medzi riadiacim orgánom a prijímateľom.
Pri predkladaní žiadosti o platbu postupuje prijímateľ rovnako pri všetkých relevantných operačných programoch.
1.	Prijímateľ po  nadobudnutí účinnosti zmluvy o financovaní predkladá žiadosť o platbu riadiacemu orgánu.
2.	Riadiaci orgán do 4 kalendárnych dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu túto žiadosť o platbu zaregistruje v ITMS.
3.	Riadiaci orgán vykoná kontrolu, ktorá zahrňuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste v súlade so Systémom riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013. Administratívna kontrola pozostáva z kontroly formálnej a vecnej správnosti žiadosti o platbu. V rámci kontroly formálnej správnosti kontroluje pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti o platbu. V prípade formálnych nedostatkov vyzve prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť o platbu. V prípade zistenia závažných nedostatkov25 alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenej lehote, žiadosť o platbu zamietne.
4.	Riadiaci orgán v rámci kontroly vecnej správnosti skontroluje opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa.
5.	Po vykonaní kontroly žiadosť o platbu v stanovenej lehote schváli, neschváli, pozastaví26 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu. V prípade schválenia riadiaci orgán predloží formulár tejto žiadosti o platbu spolu so záznamom z administratívnej kontroly (príloha 7c) platobnej jednotke do 14 kalendárnych dní od zaregistrovania žiadosti o platbu v ITMS.
6.	Platobná jednotka po schválení žiadosti o platbu riadiacim orgánom vykoná jej overenie, vrátane predbežnej finančnej kontroly do 8 kalendárnych dní od prijatia žiadosti o platbu. Toto overenie zahrňuje overenie dokladov predložených riadiacim orgánom - záznamu z administratívnej kontroly a formulára žiadosti o platbu. Platobná jednotka vykoná overenie formálnej správnosti, ktoré zahrňuje overenie pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v zázname z administratívnej kontroly a formulári žiadosti o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. Platobná jednotka následne v stanovenej lehote schváli alebo neschváli žiadosť o platbu. V prípade schválenia žiadosti o platbu platobná jednotka zahrnie sumu do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu a v intervale dvakrát do mesiaca podľa stanovených termínov predkladá certifikačnému orgánu elektronicky oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu
7.	Certifikačný orgán vykoná overenie na svojej úrovni, ktoré zahrňuje administratívne overenie, prípadne certifikačné overovanie, ktoré môže byť vykonané na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke. Administratívne overenie pozostáva z overenia formálnej a vecnej správnosti súhrnnej žiadosti o platbu. V rámci overenia formálnej správnosti overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť o platbu z hľadiska neprekročenia / dodržania celkovej alokácie a rozpočtových limitov podľa prioritných osí a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého platobnou jednotkou. V prípade potreby si od riadiaceho orgánu alebo platobnej jednotky vyžiadava ďalšie informácie nevyhnutné pre posúdenie predloženej súhrnnej žiadosti o platbu.
	Certifikačný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví28 (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu do 14 kalendárnych dní29 odo dňa predloženia30 súhrnnej žiadosti o platbu certifikačnému orgánu. Prvým dňom lehoty pre spracovanie súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom sa rozumie prvý kalendárny deň po dni, kedy bolo oznámenie o zaslaní súhrnnej žiadosti o platbu, zaslané elektronicky, zaregistrované certifikačným orgánom.
8.	Certifikačný orgán v deň schválenia súhrnnej žiadosti o platbu a po jej spracovaní v ITMS informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom mimorozpočtovom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
9.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 4 kalendárnych dní po prijatí informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu certifikačným orgánom, zadať platobné príkazy prostredníctvom Štátnej pokladnice na prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi. Následne platobná jednotka zašle certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu platby@mfsr.sk oznámenie, v ktorom informuje certifikačný orgán o prevode finančných prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľovi.
10.	Prijímateľ s takto prijatými prostriedkami EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie disponuje v zmysle platnej zmluvy o financovaní.
Riadiaci orgán má právo kedykoľvek vykonať kontrolu činnosti na mieste. Kontrola na mieste je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o financovaní. Prijímateľ (vrátane finančného sprostredkovateľa, malého a stredného podniku v rámci JEREMIE) je povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán vypracuje správu v súlade s § 24i zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Riadiaci orgán uchováva originál žiadosti o platbu a originál záznamu z administratívnej kontroly.
Platobná jednotka uchováva originál súhrnnej žiadosti o platbu, formuláre žiadostí o platbu a záznamy z administratívnej kontroly.
4.8.7 Špecifiká niektorých operačných programov v systéme informačných a finančných tokov
V rámci programov financovaných z ESF môže riadiaci orgán stanoviť, že prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (priebežnú platbu, zúčtovanie zálohovej platby) len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom za nasledovné typy výdavkov:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, náhrady mzdy pre frekventantov);
•	doktorandské štipendiá;
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
•	cestovné náhrady pre frekventantov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov).
V rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia financovaného z ESF môže prijímateľ predkladať spolu so žiadosťou o platbu len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom za špecifikované skupiny oprávnených výdavkov projektu, ktorých jednotková cena (obstarávacia cena) nie je vyššia ako 332 EUR. Zároveň sa v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia aplikuje zjednodušené vykazovanie výdavkov na základe metodiky riadiaceho orgánu:
•	prostredníctvom paušálnej sadzby nepriamych výdavkov v rámci národných projektov zameraných na aktívnu politiku trhu práce v zmysle zákona č. 5/2004 Z. z.;
•	prostredníctvom uplatňovania štandardnej stupnice jednotkových výdavkov pre výkon terénnej sociálnej práce v rámci národného projektu „Terénna sociálna práca v obciach“;
•	prostredníctvom uplatňovania štandardnej stupnice jednotkových výdavkov v rámci národného projektu „Komunitné centrá“ a v rámci národného projektu „Podpora opatrovateľskej služby“. 
Pri národných projektoch ESF predkladá prijímateľ Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny SR spolu so žiadosťou o platbu, resp. žiadosťou o zúčtovanie zálohovej platby len formulár „zoznam výdavkov“ stanovený riadiacim orgánom.
V rámci Operačného programu Výskum a vývoj prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom za nasledovné typy výdavkov:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov;
•	doktorandské štipendiá; 
•	cestovné náhrady odborného, riadiaceho a administratívneho personálu (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
V rámci Operačného programu Informatizácia spoločnosti prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom za nasledovné typy výdavkov:
•	oblasť pracovno-právnych vzťahov;
•	cestovné náhrady.
V rámci Operačného programu Životné prostredie prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom za špecifikované skupiny oprávnených výdavkov projektu.
V rámci Regionálneho operačného programu, opatrenia 6.1 prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu len sumarizačné hárky stanovené riadiacim orgánom za nasledovné typy výdavkov v oblasti:
•	pracovno-právnych vzťahov (mzdy, odmeny, náhrady mzdy pre zamestnancov);
•	cestovných náhrad zamestnancov (nie na základe dodávateľsko-odberateľských vzťahov);
•	nákupu pohonných hmôt (v prípade nákupu realizovaného v hotovosti a bezhotovostne);
•	poštovného a telekomunikačných služieb (mobilná komunikácia), komunikačná infraštruktúra (mobilný internet, resp. pevný internet).
V prípade realizácie projektov, ktorých cieľom je financovanie miezd zamestnancov zapojených do implementácie pomoci zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, a ktoré sú financované prostredníctvom technickej pomoci, nemá prijímateľ povinnosť predkladať výpis z bankového účtu spolu so žiadosťou o platbu. Týmto nie je dotknutá povinnosť prijímateľa týkajúca sa jeho uchovávania v zmysle lehoty stanovenej v časti 4.12.
4.8.8 Prechod a prevod práv a povinností prijímateľa na iný subjekt
V prípade prechodu alebo prevodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je prijímateľ povinný s dostatočným časovým predstihom informovať riadiaci orgán o pripravovanom prechode alebo prevode práv a povinností na iný subjekt. Následne je riadiaci orgán povinný zabezpečiť vysporiadanie platieb a vrátení súvisiacich s prechodom alebo prevodom práv a povinností prijímateľa na iný subjekt. 
Prijímateľ a riadiaci orgán v závislosti od systémov financovania postupujú nasledovne:
a)	systém predfinancovania: 
•	prijímateľ vystaví žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) pre všetky záväzky, ktoré vyplývajú z implementácie projektu (záväzky voči dodávateľom / zhotoviteľom, a pod.), a ktoré vzniknú pred prechodom a prevodom práv a povinností na iný subjekt, a to v zmysle bodov 1 časti 4.8.1;
•	riadiaci orgán postupuje pri poskytnutí predfinancovania v zmysle bodov 2 až 5 časti 4.8.1;
•	po poskytnutí predfinancovania prijímateľ uhradí všetky záväzky, ktoré vyplývajú z implementácie projektu (záväzky voči dodávateľom / zhotoviteľom, a pod.), a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt v zmysle bodov 8 a 9 časti 4.8.1;
•	riadiaci orgán postupuje pri zúčtovaní poskytnutého predfinancovania v zmysle bodov 10 až 11 časti 4.8.1;
•	v prípade, ak prijímateľ nezúčtuje celú výšku poskytnutého predfinancovania, prevedie zostatok nezúčtovanej časti predfinancovania na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.6;
b)	systém zálohových platieb:
•	prijímateľ z poskytnutej zálohovej platby uhradí všetky záväzky, ktoré vyplývajú z implementácie projektu (záväzky voči dodávateľom / zhotoviteľom, a pod.), a ktoré vznikli pred prechodom práv a povinností na iný subjekt. Tieto výdavky zahrnie do žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby), ktorú predloží riadiacemu orgánu podľa bodu 9 časti 4.8.2 (resp. v prípade štátnych rozpočtových organizácií v zmysle bodu 9 časti 4.8.3);
•	prijímateľ prevedie zostatok zálohovej platby, resp. nezúčtovaný rozdiel zálohovej platby na účet platobnej jednotky v súlade s časťou 4.5.6;
c)	systém refundácie:
•	prijímateľ vykoná úhradu všetkých svojich záväzkov, ktoré vyplývajú z implementácie projektu (záväzky voči dodávateľom / zhotoviteľom, a pod.), a ktoré vznikli pred prechodom alebo prevodom práv a povinností na iný subjekt. Následne predloží zrealizované výdavky (systémom refundácie) podľa bodu 2 časti 4.8.4.
K prevodu práv a povinností prijímateľa na iný subjekt môže dôjsť až po zúčtovaní zrealizovaných výdavkov, t. j. po predložení žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania, zúčtovanie zálohovej platby, priebežná platba) riadiacemu orgánu a ich následnom schválení certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, resp. po vrátení nezúčtovanej časti poskytnutého predfinancovania (v prípade systému predfinancovania) a / alebo vrátení nezúčtovanej časti zálohovej platby (v prípade systému zálohových platieb). 
V súvislosti s prechodom práv a povinností prijímateľa na iný subjekt je potrebné zabezpečiť zúčtovanie zrealizovaných výdavkov, t. j. predloženie žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania, zúčtovanie poskytnutej zálohovej platby, priebežná platba) riadiacemu orgánu a ich následné schválenie certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, resp. zabezpečiť vrátenie nezúčtovanej časti poskytnutého predfinancovania (v prípade systému predfinancovania) a / alebo zabezpečiť vrátenie nezúčtovanej časti zálohovej platby (v prípade systému zálohových platieb). 
Postup pre evidenciu prechodu a prevodu práv a povinností na iný subjekt v ITMS upravuje samostatný postup, ktorý je uverejnený v ITMS.
4.9 Systém certifikácie
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme stanovenej prílohou č. X nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu vykonávajú zamestnanci certifikačného orgánu, ktorí sú funkčne nezávislí od činností v rámci certifikačného orgánu súvisiacich s výkonom platieb. Výkon certifikácie nie je delegovaný na iné subjekty.
Certifikácia výdavkov Európskej komisii sa uskutočňuje pri príprave žiadosti o platbu Európskej komisii. Základom pre uskutočnenie certifikácie je výkaz výdavkov, ktorý certifikačný orgán vypracuje v zmysle čiastkových výkazov výdavkov zostavených platobnými jednotkami ako príloh k súhrnným žiadostiam o platbu, resp. v prípade Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 riadiacim orgánom ako príloh k technickým súhrnným žiadostiam o platbu.
Certifikačný orgán sa pred certifikáciou výdavkov Európskej komisii musí ubezpečiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace orgány a platobné jednotky splnili požiadavky nariadenia Rady (ES) č.1083/2006, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade s právnymi predpismi EÚ a prijaté finančné prostriedky z EÚ sa používajú podľa princípov správneho finančného riadenia;
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi EÚ, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach;
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby;
•	sa dodržali rozhodnutia Európskej komisie v zmysle čl. 32 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006.
b)	čiastkové výkazy výdavkov zostavené platobnými jednotkami zahŕňajú iba výdavky: 
a)	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle čl. 56 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 doložené prijatými účtovnými dokladmi. Do čiastkového výkazu výdavkov môže platobná jednotka zahrnúť oprávnené výdavky skutočne vynaložené prijímateľmi;
b)	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom EÚ počas celého obdobia ich realizácie;
c)	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou.
Pre účely zabezpečenia súladu požiadaviek podľa čl. 61 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 certifikačný orgán overuje postupy riadiacich orgánov a platobných jednotiek, a to najmä prostredníctvom nasledovných činností: 
1.	overenia súladu postupov s vnútornými manuálmi procedúr týchto orgánov;
2.	zohľadnenia správ z vládnych auditov vykonaných orgánom auditu alebo spolupracujúcim orgánom, protokolov z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokolov z kontrol a rozhodnutí v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie, správ o výsledku vnútorných auditov a informácií k následným finančným kontrolám na účely certifikácie;
3.	zohľadnenia správ o výsledkoch externého auditu riadiaceho orgánu a platobnej jednotky;
4.	overovania na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia na vybranej vzorke, s cieľom uistenia sa o postupoch riadiaceho orgánu a platobnej jednotky v rámci certifikácie výkazu výdavkov Európskej komisii;
5.	využívania informácií zo správ o zistených nezrovnalostiach;
6.	využívanie informácií uvedených v záverečnej správe z výberu žiadostí o nenávratný finančný príspevok.
k bodu 1.
Riadiace orgány a platobné jednotky sú povinné zasielať certifikačnému orgánu svoje vnútorné manuály procedúr a interné pokyny, ktoré všeobecne dopĺňajú postupy riadiaceho orgánu vrátane ich akýchkoľvek zmien elektronicky s naskenovanou stranou obsahujúcou podpis zodpovednej osoby najneskôr do 14 kalendárnych dní od schválenia zodpovedným zamestnancom. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli procedúr certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému. 
V rámci certifikačného overovania (bod 4) certifikačný orgán posudzuje súlad činností riadiacich orgánov a platobných jednotiek so schválenými vnútornými manuálmi procedúr. V prípade identifikácie nedostatkov vo vnútornom manuáli procedúr certifikačný orgán navrhuje odporúčania na zlepšenie zavedeného systému.
k bodu 2.
Dôležitým podkladom na vykonanie certifikácie sú pre certifikačný orgán správy z vládnych auditov, protokoly z kontrol vykonávaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a protokoly z kontrol a rozhodnutia v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie. O správach z vládnych auditov je certifikačný orgán informovaný prostredníctvom CEDIS. Kontrolované subjekty (riadiaci orgán a platobná jednotka) sú zároveň povinné predkladať certifikačnému orgánu protokoly z kontrol vykonaných podľa zákona č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov, protokoly z kontrol Úradu pre verejné obstarávanie vykonávaných podľa zákona č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, rozhodnutia v správnom konaní Úradu pre verejné obstarávanie a správy o výsledku vnútorných auditov a následných finančných kontrolách vykonaných podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a zákona č. 357/2015 o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov.
k bodu 3.
Riadiaci orgán a platobná jednotka predkladajú správy o výsledku externého auditu riadiaceho orgánu a platobnej jednotky vykonaného externým audítorom vrátane Európskeho dvora audítorov alebo príslušného generálneho riaditeľstva Európskej komisie, certifikačnému orgánu. Riadiaci orgán a platobná jednotka sú následne povinné predkladať opatrenia k týmto správam a odpočty ich plnenia aj certifikačnému orgánu.
k bodu 4.
S cieľom presvedčenia sa o správnosti výdavkov, ktoré majú byť certifikované Európskej komisii, je certifikačný orgán v rámci svojich kompetencií v etape prípravy žiadosti o platbu Európskej komisii oprávnený uskutočniť overenie súladu dokumentov zasielaných platobnými jednotkami s príslušnými dokumentmi na riadiacich orgánoch, platobných jednotkách a u prijímateľov. Toto overenie je vykonávané na vybranej vzorke a súčasťou overenia je, či:
-	záznam z administratívnej kontroly a údaje v ňom uvedené sú pravdivé;
-	výdavky súhlasia s účtovnými dokladmi;
-	výdavky zahrňujú len oprávnené položky;
-	výdavky súhlasia s údajmi uvedenými v žiadostiach o platbu;
-	k príslušným žiadostiam o platbu existuje výpis z bankového účtu;
-	výdavky boli vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu schválená Európskou komisiou;
-	výdavky boli realizované v rámci projektov, ktoré boli vybrané v súlade s kritériami.
Certifikačné overovanie môže byť vykonané k súhrnnej žiadosti o platbu v ktoromkoľvek momente pred zaslaním žiadosti o platbu a výkazu výdavkov na Európsku komisiu, do ktorých bude predmetná súhrnná žiadosť o platbu zaradená. Na základe toho sa rozlišuje výkon certifikačného overovania k súhrnnej žiadosti o platbu pred jej schválením certifikačným orgánom a po jej schválení certifikačným orgánom. Z hľadiska rozsahu môže byť certifikačné overovanie vykonané aj so zameraním na tematické okruhy problémov, napr. výber žiadosti o nenávratný finančný príspevok, verejné obstarávanie, štátnu pomoc, oprávnenosť, publicitu, dodržiavanie postupov stanovených vo vnútornom manuáli procedúr a podobne.
Ak sú pri výkone certifikačného overovania identifikované závažné nedostatky, ktoré môžu mať priamy dopad na vznik nezrovnalosti, alebo na vznik podozrenia z nezrovnalosti, a to na ktorejkoľvek úrovni finančného riadenia, certifikačný orgán môže požiadať riadiaci orgán o znovu vykonanie administratívnej kontroly a vypracovanie správy o zistenej nezrovnalosti v zmysle usmernenia č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v platnom znení. V prípade zistenia s možným finančným dopadom, môže byť v odôvodnených prípadoch súhrnná žiadosť o platbu / technická súhrnná žiadosť o platbu schválená v zníženej sume, (o sumu zodpovedajúcej problematickej žiadosti o platbu, ktorej certifikačné overovanie má za následok zníženie súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu), alebo môže byť pozastavené financovanie projektu až do odstránenia zistených nedostatkov.
k bodu 5.
Certifikačný orgán využíva informácie zo správ o zistených nezrovnalostiach v prípadoch nezrovnalostí s finančným dopadom a pri systémových nezrovnalostiach.
k bodu 6.
Certifikačný orgán pri výkone certifikácie využíva informácie uvedené v záverečnej správe z výberu žiadostí o nenávratný finančný príspevok.
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, certifikačný orgán informuje riadiaci orgán alebo platobnú jednotku o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán alebo platobná jednotka sa vyjadria k zisteným nedostatkom a navrhnú nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán alebo platobná jednotka poskytne certifikačnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a certifikačný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení, certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
Po preverení vyššie uvedených skutočností a splnení potrebných požiadaviek certifikačný orgán certifikuje výkaz výdavkov a vystaví certifikát, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.
4.10 Nezrovnalosti a finančné opravy
V súlade s čl. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 sa pod pojmom "nezrovnalosť" rozumie "akékoľvek porušenie ustanovení práva Európskych spoločenstiev, ktoré vyplýva z konania alebo opomenutia hospodárskeho subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bolo poškodenie všeobecného rozpočtu ES zaťažením všeobecného rozpočtu neoprávnenou výdavkovou položkou".
Nezrovnalosti sa môžu vyskytovať na všetkých úrovniach v procese implementácie a finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, tzn. vrátane úrovne konania prijímateľa alebo partnera, pokiaľ neboli dodržané podmienky poskytnutia a použitia finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu.
Nezrovnalosť vznikne v dôsledku porušenia právnych predpisov EÚ alebo Slovenskej republiky, príp. porušením zmluvných dokumentov, ktoré upravujú pravidlá a podmienky pre poskytnutie a použitie prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu, úmyselného alebo spôsobeného z nedbanlivosti, pričom toto porušenie vyplýva z konania alebo opomenutia konania subjektu (riadiaceho orgánu alebo prijímateľa) a jeho dôsledkom je alebo by mohlo byť poškodenie rozpočtu EÚ alebo rozpočtu verejnej správy. Za nezrovnalosť sa považuje aj porušenie právnych prepisov EÚ alebo Slovenskej republiky, ktoré vo svojich ustanoveniach chránia finančné záujmy EÚ.
Z pohľadu legislatívy Slovenskej republiky má na vznik nezrovnalosti priamy dopad najmä: 
1.	porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy, pričom § 31 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy definuje jednotlivé skutkové podstaty porušenia finančnej disciplíny. Nezrovnalosť nemusí vždy predstavovať porušenie finančnej disciplíny a naopak porušenie finančnej disciplíny nemusí vždy zodpovedať nezrovnalosti;
2.	porušenie pravidiel a postupov verejného obstarávania podľa rozhodnutia Komisie č. C(2013) 9527 o stanovení a schválení usmernení o určení finančných opráv v platnom znení, ktoré má Komisia uplatňovať na výdavky financované Úniou v rámci zdieľaného hospodárenia pri nedodržaní pravidiel verejného obstarávania a podľa zákona č. 25/2006 Z. z. o verejnom obstarávaní; 
3.	porušenie ochrany hospodárskej súťaže podľa zákona č. 136/2001 Z. z. o ochrane hospodárskej súťaže a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov najmä pre prípady kartelov, zneužívania dominantného postavenia, vertikálnych dohôd, koncentrácie alebo obmedzenia hospodárskej súťaže; 
4.	protiprávne konanie ako trestný čin podľa zákona č. 300/2005 Z. z. trestný zákon v znení neskorších predpisov najmä pre trestné činy poškodzovania finančných záujmov ES, subvenčný podvod alebo machinácie pri verejnom obstarávaní a verejnej dražbe. 
V prípade zistenia závažnej systémovej nezrovnalosti alebo podozrenia na výskyt závažnej systémovej nezrovnalosti, môže certifikačný orgán v odôvodnených prípadoch, pozastaviť platby pre príslušný operačný program, resp. relevantnú časť operačného programu a následne informuje orgán auditu, riadiaci orgán a platobnú jednotku pre príslušný operačný program.
Ďalšie postupy pre fázy vývoja nezrovnalostí, riešenie nezrovnalostí, administráciu nezrovnalostí a súvisiace úlohy a zodpovednosti zapojených subjektov do procesu finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu sú upravené  v metodickom usmernení Ministerstva financií SR č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo.
4.10.1 Oznamovanie nezrovnalostí
V rámci systému ochrany finančných záujmov legislatíva EÚ určuje povinnosti členským štátom pre oznamovanie nezrovnalostí, individuálnych alebo systémových nezrovnalostí a podozrenia z podvodu. Na účely ďalšieho využitia informácií oznamovaných Európskemu úradu pre boj proti podvodom, legislatíva EÚ určuje rozsah informácií a údajov, ktoré sú poskytované v štruktúre podľa dokumentu správa o zistenej nezrovnalosti.
Slovenská republika je povinná v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 1828/2006 oznamovať Európskej komisii: 
•	štvrťročne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom, ktorých výdavky za zdroj EÚ schválené v súhrnnej žiadosti o platbu sa rovnajú alebo prevyšujú sumu 10 000 EUR;
•	štvrťročne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom alebo bez finančného dopadu, u ktorých výdavky za zdroj EÚ sa rovnajú alebo prevyšujú sumu 10 000 EUR a súčasne existuje podozrenie z podvodu;
•	bezodkladne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom alebo bez finančného dopadu, u ktorých boli zistené alebo sa predpokladajú následky mimo územia Slovenskej republiky;
•	bezodkladne všetky nezrovnalosti s finančným dopadom alebo bez finančného dopadu, ktoré indikujú nový spôsob a nové praktiky spáchania podvodu (nové praktiky, nový spôsob páchania, ktoré sa doposiaľ vo všeobecnosti neobjavili a nie sú upravené v kódovníku Európskeho úradu pre boj proti podvodom).
Povinnosť členského štátu oznamovať nezrovnalosti OLAF EK je upravená stanovením výnimiek z oznamovacej povinnosti podľa čl. 28 ods. 2 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 takto:
a)	prípady, keď daná nezrovnalosť spočíva iba v čiastočnom alebo úplnom nevykonaní operácie, zahrnutej do spolufinancovaného operačného programu, v dôsledku bankrotu prijímateľa;
b)	prípady, na ktoré prijímateľ dobrovoľne upozornil riadiaci orgán alebo certifikačný orgán a prv, ako niektorý z nich túto nezrovnalosť zistil, či už pred alebo po zahrnutí príslušných výdavkov do certifikovaného výkazu predloženého Európskej komisii;
c)	prípady, ktoré zistí a nápravu urobí riadiaci orgán alebo certifikačný orgán pred zahrnutím príslušného výdavku do výkazu výdavkov predloženého Európskej komisii.
Nezrovnalosti, ktoré predchádzajú bankrotu, a prípady podozrenia z podvodu sa však musia oznamovať.
Z hľadiska určenia štruktúry orgánov v rámci procesu implementácie, nezrovnalosť môže zistiť riadiaci orgán, platobná jednotka, certifikačný orgán, kontrolný orgán / auditujúci orgán, orgán auditu alebo spolupracujúci orgán.
V rámci kontrolnej činnosti môže nezrovnalosť zistiť aj Najvyšší kontrolný úrad SR a Úrad pre verejné obstarávanie ako aj orgány Európskej komisie, Európsky dvor audítorov a OLAF EK v rámci výkonu svojich kompetencií.
Nezrovnalosť môže zistiť samotný prijímateľ alebo tretí subjekt, ktorý bezodkladne oznámi zistenú nezrovnalosť a predloží dokumenty preukazujúce zistenú nezrovnalosť riadiacemu orgánu. Zároveň je riadiaci orgán povinný vypracovať správu o zistenej nezrovnalosti a údaje zaevidovať v ITMS.
V rámci implementácie JEREMIE a JESSICA môže nezrovnalosť identifikovať samotný prijímateľ (v rámci JEREMIE aj vrátane finančného sprostredkovateľa, malého a stredného podniku), ktorý identifikovanú nezrovnalosť bezodkladne oznámi zmluvnej strane podľa štruktúry uvedenej v prílohe 19, resp. 12 riadiacemu orgánu a certifikačnému orgánu. Ak v rámci implementácie JEREMIE dôjde k porušeniu zmluvných povinností finančným sprostredkovateľom, malým a stredným podnikom, finančné prostriedky budú vrátené zmluvnej strane podľa štruktúry uvedenej v prílohe 19 a zároveň súvisiace nezrovnalosti budú evidované v ITMS ako nezrovnalosti bez finančného dopadu na rozpočet EÚ. Výnimku tvoria nezrovnalosti, ktoré v zmysle definície podľa čl. 2 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vznikli konaním alebo opomenutím konania prijímateľa v rámci JEREMIE a majú finančný dopad na rozpočet EÚ. S ohľadom na špecifiká nástrojov finančného inžinierstva, národné orgány v prípade posudzovania nedostatkov (porušení legislatívy ES a SR) a následného oznamovania vzniknutých nezrovnalostí uplatňujú kritéria pre uplatňovanie finančných opráv podľa metodického usmernenia Európskej komisie č. EGESIF_14_0015_01 pre určenie finančných opráv pre výdavky financované EÚ pri nedodržaní pravidiel uplatňovaných pre nástroje finančného inžinierstva.
Subjekty zapojené do implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na národnej úrovni sú povinné všetky zistené nezrovnalosti bezodkladne oznámiť riadiacemu orgánu. V súlade s § 26 ods. 16 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov je za riešenie nezrovnalostí v rámci operačného programu je v podmienkach Slovenskej republiky zodpovedný riadiaci orgán. V prípade, ak riadiaci orgán splnomocní riešením nezrovnalosti sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, zodpovednosť riadiaceho orgánu za riešenie nezrovnalosti týmto nie je dotknutá. Rozsah zodpovedností za riešenie nezrovnalostí riadiaci orgán určí v splnomocnení riadiaceho orgánu podľa § 7 ods. 3 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. 
Nezrovnalosť sa na národnej úrovni formálne zdokumentuje schválením správy o zistenej nezrovnalosti, a to v nadväznosti na schválenie / prerokovanie / zaslanie / oboznámenie / doručenie oficiálneho dokumentu podľa typu vykonanej kontroly / auditu / overovania, resp. nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia vydaného v správnom alebo súdnom konaní. 
Ďalšie podrobnosti pre zdokumentovanie nezrovnalosti a kvalifikáciu nezrovnalosti v jednotlivých prípadoch sú upravené v usmernení Ministerstva financií SR č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v platnom znení, v manuáli MF SR č. 2/2010-M k evidencii nezrovnalostí, žiadostí o vrátenie finančných prostriedkov a oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov v systéme ITMS v programovom období 2007 – 2013 a v manuáli MF SR č. 2/2011-M k automatickému spracovaniu údajov k nezrovnalostiam a iným typom vrátenia v systéme ISUF.
V prípade administrácie a riešenia nezrovnalostí projektov prijímateľa Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny v rámci Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia, vybrané postupy sú osobitne upravené usmernením č. 1/2015-U k nastaveniam administratívnych, finančných a účtovných postupov pre spracovanie nezrovnalostí s dopadom na rozpočet EÚ prijímateľa Ústredia práce sociálnych vecí a rodiny v rámci národných projektov Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia a usmernením č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v platnom znení.
V súlade s čl. 29 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 je členský štát povinný ihneď oznámiť Európskej komisii a v prípade potreby ostatným dotknutým členským štátom nezrovnalosti, ktoré môžu mať následky mimo územia Slovenskej republiky alebo indikujú nový spôsob a nové praktiky páchania podvodu.
Ak riadiaci orgán, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní získa nové alebo dodatočné informácie podľa čl. 28 a 30 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 týkajúce sa údajov v predošlých správach o zistených nezrovnalostiach, aktualizuje správu o zistenej nezrovnalosti najmä o informácie týkajúce sa:
•	začatia, skončenia alebo prerušenia akéhokoľvek konania na účely uloženia správnych alebo trestných sankcií vo vzťahu k oznámeným nezrovnalostiam, ako aj výsledku takéhoto konania Povinnosť vypracovať a predložiť aktualizovanú správu o zistenej nezrovnalosti sa rovnako vzťahuje aj na prípady vysporiadania nezrovnalostí; 
•	podrobností nezrovnalostí s uloženou sankciou, najmä:
o	charakter sankcie (sankcia uložená v správnom alebo súdnom konaní);
o	charakter porušenia právneho predpisu (sankcia uložená z dôvodu porušenia právneho predpisu EÚ alebo z dôvodu porušenia právneho predpisu Slovenskej republiky);
o	ustanovenie právneho predpisu, na ktorého základe bola sankcia uložená;
o	či bol preukázaný podvod.
Riadiaci orgán, orgán auditu alebo príslušný orgán, ktorý vydáva rozhodnutie v správnom konaní sú povinní aktualizovať údaje o nezrovnalosti v ITMS a zabezpečiť oznamovaciu povinnosť voči certifikačnému orgánu a riadiacemu orgánu.
Na základe zhromaždených iniciálnych alebo aktualizovaných údajoch o nezrovnalostiach certifikačný orgán spracuje podklady o zistených nezrovnalostiach do štvrťročnej správy o nezrovnalostiach a štvrťročne (k 15. máju, k 15. augustu, k 15. novembru a k 15. februáru) ich v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti zasiela orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov Európskej únie a orgánu auditu. Podľa § 26 ods. 12 sa v súhrnnom prehľade správ o zistenej nezrovnalosti uvádzajú správy o zistenej nezrovnalosti podľa čl. 28, 30 a 36 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 846/2009. 
O zistených nezrovnalostiach informuje orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov v nasledujúcej štvrťročnej správe o nezrovnalostiach OLAF EK v súlade s nariadením Komisie (ES) č. 1828/2006 v znení nariadenia Komisie (ES) č. 846/2009. Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 10 000 EUR predkladá orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov Európskej komisii výlučne na jej žiadosť.
4.10.2 Finančné opravy a vrátenie finančných prostriedkov
Finančné opravy v súlade s čl. 98 - 100 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 vykonáva Slovenská republika alebo Európska komisia. Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými v projektoch alebo operačných programoch pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na operačný program alebo jeho časti. 
a)	Finančné opravy vykonané Slovenskou republikou
Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zistenými Slovenskou republikou v projektoch alebo operačných programoch pozostávajú zo zrušenia celého verejného príspevku na operačný program alebo jeho časti. Členský štát vezme do úvahy povahu a závažnosť nezrovnalostí a finančnú stratu spôsobenú fondu. Zdroje z fondov uvoľnené týmto spôsobom môže členský štát opätovne použiť do 31. decembra 2015 na príslušný operačný program podľa podmienok čl. 98 ods. 3 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 pri súčasnom dodržaní podmienok § 9 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov v rámci procesu schvaľovania nových projektov, resp. výdavkov riadiacim orgánom.
Finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami sa uskutočnia odpočítaním prostriedkov EÚ a pomerne všetkých ostatných zdrojov financovania zodpovedajúcich výške nezrovnalosti v rámci nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Ak nie je možné odpočítanie prostriedkov zodpovedajúcich výške finančnej opravy od nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu (napr. splatná suma prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční certifikačný orgán spätným prevodom Európskej komisii.
V súlade s § 27 ods. 1 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES finančnú opravu môže vykonať riadiaci orgán, certifikačný orgán alebo orgán auditu pred ukončením operačného programu.
Vykonanie finančných opráv v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami v rámci žiadosti o platbu na Európsku komisiu zabezpečuje certifikačný orgán dvoma spôsobmi:
•	stiahnutím príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu okamžite, bez ohľadu nato, kedy je ukončený proces vysporiadania / vymáhania a kedy zodpovedajúce neoprávnené výdavky boli vysporiadané v prospech mimorozpočtového účtu certifikačného orgánu alebo
•	odpočítaním príspevku alebo jeho časti z výkazu výdavkov v nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu až po ukončení procesu vysporiadania / vymáhania, tzn. následným odpočítaním po ich pripísaní na príslušný mimorozpočtový účet certifikačného orgánu.
Certifikačný orgán vypracováva a predkladá Komisii na základe čl. 20 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 vždy do 31. marca kalendárneho roka ročný výkaz obsahujúci informácie:
•	sumy odpočítané z výkazov výdavkov predložených v priebehu predchádzajúceho roka následne po celkovom alebo čiastočnom zrušení príspevku na projekt,
•	vrátené sumy, ktoré boli odpočítané z výkazov výdavkov predložených Európskej komisii počas predchádzajúceho roka,
•	výkaz súm, ktoré mali byť vrátené k 31. decembru predchádzajúceho roka zoradené podľa rokov, v ktorých boli vydané príkazy na vrátenie prostriedkov,
•	výkaz prípadov za predchádzajúci rok, pri ktorých sumu nie je možné vymôcť, ani nemožno predpokladať, že bude vrátená.
Na účely správneho zaradenia nezrovnalostí do ročného výkazu podľa požiadaviek čl. 20 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006, ak bola nezrovnalosť zistená na základe auditu Európskej komisie alebo Európskeho dvora audítorov, v správe o zistenej nezrovnalosti riadiaci orgán uvedie Európsku komisiu alebo Európsky dvor audítorov ako inštitúciu (alebo orgán), ktorá zistila nezrovnalosť.
Pre nezrovnalosti, v prípade ktorých sa v priebehu predchádzajúceho roka stanovilo, že ich nemožno vymôcť, alebo v prípade ktorých sa neočakáva, že budú vrátené riadiaci orgán vypracuje zoznam prípadov za predchádzajúci rok (príloha 20) v súlade s požiadavkou čl. 20 (2d) nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 a predloží certifikačnému orgánu do 31. januára kalendárneho roka. Riadiaci orgán predkladá predmetný zoznam s nulovými hodnotami, ak neeviduje žiadne takéto prípady.
V nadväznosti na podmienky vyplývajúce z čl. 20 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 správca pohľadávky štátu môže trvalo upustiť od vymáhania pohľadávky štátu podľa zákona č. 374/2014 Z. z. o pohľadávkach štátu a o zmene a doplnení niektorých zákonov až po uplynutí lehoty 1 roka od oznámenia nevymožiteľnej sumy Európskej komisii, určenej Európskou komisiou na vyjadrenie stanoviska a zároveň, ak správca pohľadávky štátu nebude na žiadosť Európskej komisie pokračovať vo vymáhaní sumy alebo nebude písomne informovaný zo strany Európskej komisie o jej úmysle začať prešetrovanie v súvislosti s touto sumou. 
Pri ukončení pomoci projektov finančného inžinierstva ak prijímateľ – holdingový fond nezabezpečil použitie prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie na účel pomoci definovaný v zmluve o financovaní do 31. decembra 2015 v nadväznosti na požiadavky čl. 78 ods. 6 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, certifikačný orgán vykoná na základe dokumentov predložených riadiacim orgánom opravu výkazu výdavkov zodpovedajúcim spôsobom.
b)	Finančné opravy vykonané Európskou komisiou
Európska komisia môže uskutočniť finančné opravy v súvislosti s individuálnymi alebo systémovými nezrovnalosťami zrušením celého príspevku na operačný program alebo jeho časti, keď po vykonaní potrebného preskúmania príde k záveru, že:
•	došlo k závažným nedostatkom v systéme riadenia a kontroly programu, ktoré ohrozili príspevok EÚ už vyplatený v prospech programu;
•	výdavky v certifikovanom výkaze výdavkov sú neregulárne a členský štát ich pred začatím nápravného konania podľa čl. 99 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 neopravil;
•	členský štát si pred začatím opravného konania podľa čl. 99 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 nesplnil svoje povinnosti podľa čl. 98 citovaného nariadenia.
V prípade, ak Európska komisia zistí individuálne alebo systémové nezrovnalosti a Slovenská republika nevykoná nápravu podľa pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní finančných prostriedkov zodpovedajúcich výške nezrovnalosti dochádza k finančným opravám, ktoré predstavujú pre Slovenskú republiku čistú stratu príspevku zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
V tejto súvislosti na rozdiel od prípadov uvedených v písm. a) certifikačný orgán neodpočíta predmetnú sumu finančnej opravy z nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, ale vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutoční spätným prevodom Európskej komisii. Každá vrátená suma sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania. Úroková sadzba pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Suma podliehajúca finančnej oprave sa vyčísli na základe jednotlivých prípadov vo výške porušenia finančnej disciplíny a zodpovedajúcej sume podľa proporcionality. V prípadoch, keď nie je možné presne vyčísliť finančnú opravu, Európska komisia ju určí na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Extrapolácia sa používa v rámci homogénnej skupiny projektov zdieľajúcich podobné charakteristiky ako výsledok dôkladného preskúmania reprezentatívnej náhodne vybranej vzorky projektov. Percentuálna paušálna sadzba sa používa, pokiaľ sa vyskytli systémové nezrovnalosti rôznej povahy / typu s rozptýleným účinkom, najmä závažné nedostatky v kľúčových alebo pomocných prvkoch systému riadenia a kontroly požadované ustanoveniami nariadení EÚ.
Ak na základe výslovnej požiadavky Európskej komisie rozhodne príslušný orgán Slovenskej republiky o začatí alebo pokračovaní súdneho / správneho konania vrátane exekučného konania s cieľom vymôcť neoprávnene vyplatenú sumu, Európska komisia môže Slovenskej republike nahradiť sčasti alebo v plnom rozsahu náklady na právne zastúpenie a náklady vynaložené v priamej súvislosti so súdnym / správnym konaním vrátane exekučného konania. Európska komisia tak urobí na základe doloženej dokumentácie aj v prípade, ak súdne / správne konanie vrátane exekučného konania bolo neúspešné.
V dôsledku finančnej opravy vykonanej Slovenskou republikou alebo Európskou komisiou Ministerstvo financií SR rozhodne o viazaní rozpočtových prostriedkov v rozpočte kapitoly, ktorú tvorí rozpočet ministerstva ako subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil alebo ktorý pôvodne poskytol finančné prostriedky dlžníkovi v rámci implementácie operačného programu. Viazanie rozpočtových prostriedkov vykoná Ministerstvo financií SR rozpočtovým opatrením v súlade s § 18 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Riadiaci orgán ako správca pohľadávky štátu zodpovedný za riešenie systémových nezrovnalostí, v prípade uplatnenia systémovej nezrovnalosti voči rozpočtu EÚ, je povinný využívať všetky právne prostriedky na ochranu majetkových záujmov štátu. Na tento účel je riadiaci orgán povinný v oprávnených prípadoch zahájiť vymáhanie individuálnych nezrovnalostí od prijímateľov s cieľom minimalizovania negatívneho dopadu na zmenšenie majetku štátu a zabezpečenia ochrany majetku štátu v čo najvyššej možnej miere. 
c)	Vysporiadanie finančných vzťahov za individuálne nezrovnalosti na národnej úrovni
Vysporiadanie individuálnej nezrovnalosti na národnej úrovni sa vykonáva v súlade s § 27 až 28a zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. Vysporiadanie individuálnej nezrovnalosti sa vykonáva vrátením príspevku alebo jeho časti, ak sa nevykoná vzájomné započítanie pohľadávok z príspevku alebo jeho časti podľa § 28 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov prostredníctvom žiadosti o platbu a oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov. Riadiaci orgán môže uzavrieť s prijímateľom dohodu o splátkach alebo dohodu o odklade plnenia podľa postupov a za splnenia podmienok ustanovených v § 28a zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov. 
Pre finančné prostriedky s označením kódu zdroja "pro-rata" sa uplatní postup pre vrátenie finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie primerane.
d)	Uznanie neoprávnených výdavkov za opätovne oprávnené
V prípade, ak prijímateľ vysporiada nezrovnalosť alebo žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov s vplyvom na rozpočet EÚ a následne je preukázané, že neoprávnené výdavky nezrovnalosti alebo ich časť je opätovne oprávnená, prijímateľ má nárok na vrátenie tejto sumy. V takomto prípade môžu byť tieto výdavky opätovne zaradené do nasledujúcej žiadosti o platbu, resp. ďalšej záverečnej žiadosti o platbu. V prípade nesprávne vyčíslenej sumy na vymáhanie / vrátenie a ak k úhrade dlhu zo strany prijímateľa ešte nedošlo, suma na vymáhanie / vrátenie bude opravená v príslušnej nezrovnalosti a žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov.
4.10.3 Vylúčenie projektu z financovania pomoci EÚ
V prípade, ak v rámci projektu financovaného z pomoci Európskej únie bola zistená nezrovnalosť a certifikačný orgán rozhodne, že výdavky daného projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ podľa čl. 98 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, certifikačný orgán pozastaví realizáciu platieb a certifikáciu výdavkov pre daný projekt až do momentu vrátenia finančných prostriedkov prijímateľom. Certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom rozhodne, že projekt bude vylúčený zo spolufinancovania štrukturálnych fondov alebo Kohézneho fondu a financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly. V rámci procesu riadenia finančnej alokácie pre príslušný operačný program riadiaci orgán musí v rámci ďalších postupov zohľadniť, že daný projekt nebude financovaný zo zdrojov EÚ napriek skutočnosti, že bola uzatvorená zmluva o poskytnutí nenávratného finančného príspevku s prijímateľom. 
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti predtým, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu (napr. platobná jednotka uhradila dotknuté výdavky v rámci poskytnutej zálohovej platby alebo poskytnutého predfinancovania na účet prijímateľa), riadiaci orgán po posúdení vylúči projekt z financovania pomoci EÚ a po dohode so správcom kapitoly môže zabezpečiť financovanie projektu zo zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do súhrnnej žiadosti o platbu a uhradiť zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky. Zároveň riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty platobnej jednotky.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu / technickej súhrnnej žiadosti o platbu a uhradené zdroje EÚ na príjmový účet platobnej jednotky, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky nie je možné zahrnúť do žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly.
V prípade, ak výdavky projektu nemôžu byť certifikované ako oprávnené výdavky financované z rozpočtu EÚ na základe oznámenia nezrovnalosti potom, ako boli dotknuté výdavky certifikované a zahrnuté do žiadosti o platbu na Európsku komisiu, certifikačný orgán v spolupráci s riadiacim orgánom po spoločnom posúdení vylúčia projekt z financovania pomoci EÚ. V tomto prípade dotknuté výdavky certifikačný orgán odpočíta od nasledujúcej žiadosti o platbu na Európsku komisiu a riadiaci orgán je prvotne zodpovedný podľa zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku za zabezpečenie vrátenia neoprávnene vyplatených finančných prostriedkov od prijímateľa na príslušné účty certifikačného orgánu za zdroj EÚ a platobnej jednotky za zdroj štátneho rozpočtu. Financovanie projektu môže byť ďalej zabezpečené z verejných zdrojov príslušnej kapitoly štátneho rozpočtu na základe dohody riadiaceho orgánu so správcom príslušnej kapitoly.
4.11 Účtovníctvo
Podľa čl. 60 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 je potrebné, aby subjekty zabezpečujúce riadenie a implementáciu projektov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu viedli samostatný účtovný systém alebo používali vhodné účtovné kódy pre všetky transakcie týkajúce sa projektov pri dodržaní požiadaviek národnej legislatívy pre vedenie účtovníctva. Je potrebné, aby právnické osoby (účtovné jednotky), ktorých súčasťou je certifikačný orgán alebo platobná jednotka, viedli účtovníctvo spôsobom, ktorý umožní zabezpečiť jednotný postup účtovania, poskytovania výstupov z účtovníctva a spracovania údajov vyhovujúci požiadavkám Európskej komisie.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia a implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v súlade s čl. 14 nariadenia Komisie (ES) č. 1828/2006 predložiť Európskej komisii všetky požadované účtovné záznamy do 21 kalendárnych dní po prijatí žiadosti, resp. v termíne stanovenom Európskou komisiou. 
Vzhľadom na to, že finančné toky prostriedkov EÚ sa realizujú prostredníctvom štátneho rozpočtu, subjektmi, ktoré účtujú o poskytovaní a použití finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie sú certifikačný orgán a platobné jednotky.
Certifikačný orgán a platobné jednotky postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
Tieto subjekty zabezpečujú sledovanie transakcií súvisiacich s finančnými prostriedkami EÚ a finančnými prostriedkami štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, za ktoré zodpovedajú, a to v rámci účtovníctva vnútorných organizačných jednotiek príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou.
Vedenie účtovníctva certifikačného orgánu a platobných jednotiek je zabezpečované prostredníctvom ISUF, ktorý je založený na spracovávaní procesov v prostredí SAP R/3 prostredníctvom jednotlivých modulov.
Spracovanie účtovných záznamov a výstupov podľa osobitných predpisov (najmä informácií z účtovníctva a údajov potrebných na účely hodnotenia plnenia rozpočtu verejnej správy podľa § 2b, ods. 2 zákona č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov) súvisiacich s poskytovaním prostriedkov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie zabezpečuje ISUF a je špecifikované v dokumentácii jeho používateľov.
Každá úroveň programovej štruktúry (program, prioritná os, opatrenie, podopatrenie, projekt) je financovaná z rôznych zdrojov, t. j. prostriedkov EÚ, prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a vlastných zdrojov prijímateľa. ISUF umožňuje v rámci integrovaného prepojenia informačných systémov väzby na Rozpočtový informačný systém, ITMS a Informačný systém Štátnej pokladnice.
Certifikačný orgán a platobné jednotky vedú účtovníctvo ako sústavu účtovných záznamov v súlade so zákonom č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov v rámci účtovníctva príslušnej vnútornej organizačnej jednotky – ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky transakcie týkajúce sa finančných prostriedkov EÚ a finančných prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Prostriedky EÚ sa zaznamenávajú v účtovníctve certifikačného orgánu v momente pripísania finančných prostriedkov z rozpočtu EÚ na mimorozpočtových účtoch certifikačného orgánu pre príslušné operačné programy na základe zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby z Európskej komisie. Zaradenie do príjmov štátneho rozpočtu a realizácia výdavkov prostredníctvom štátneho rozpočtu je predmetom účtovníctva platobnej jednotky ako vnútornej organizačnej jednotky príslušného ministerstva alebo inej právnickej osoby, ktorej je platobná jednotka súčasťou, ktorá má v rozpočte rozpočtované adekvátne príjmy a výdavky.
4.11.1 Účtovníctvo prijímateľa a partnera
Prijímateľ a partner postupujú pri vedení účtovníctva v súlade s § 30 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
V súvislosti s plnením povinností riadiaceho orgánu podľa čl. 58 nariadenia Rady (ES) č.1083/2006, riadiaci orgán zabezpečí v ustanoveniach zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku spôsob monitorovania čistých príjmov z projektu podľa čl. 55 nariadenia Rady (ES) č.1083/2006 a vedenie záznamov u prijímateľa, a to na účely zdokladovania a preukázania skutočností týkajúce sa čistého príjmu uvedené v následných monitorovacích správach.
4.12 Finančné výkazníctvo a archivácia
Na účely zostavovania finančných výkazov v súlade s legislatívou Slovenskej republiky (najmä zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy) a nariadeniami EÚ sa uplatní členenie podľa rozpočtovej klasifikácie, členenie podľa programového rozpočtovania a členenie podľa kódov zdrojov v štátnom rozpočte pre prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
Certifikačný orgán a platobné jednotky v rámci systému finančného výkazníctva zabezpečujú pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný z prostriedkov EÚ a z prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Tento systém monitoruje dosiahnutý pokrok pri realizácii projektu, uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie a predstavuje súhrnné podklady pre vypracovanie žiadosti o platbu Európskej komisii.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, certifikačného orgánu a platobných jednotiek pokrýva všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Certifikačný orgán a platobné jednotky zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s údajmi v účtovných záznamoch a v účtovnej dokumentácii, ktoré vedú.
Čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 požaduje od zodpovedných orgánov v členských štátoch uchovávanie všetkých podporných dokumentov pre potreby Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov, ktoré sa týkajú výdavkov a kontrol s ohľadom na každý operačný program za obdobie 3 rokov nasledujúcich po ukončení operačného programu. V podmienkach Slovenskej republiky sa doba archivácie dokumentov stanovuje pre všetky projekty / operácie minimálne do 31. augusta 2020. Uvedená doba sa predĺži v prípade, ak nastanú skutočnosti uvedené v čl. 90 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006 o čas trvania týchto skutočností. Registrácia a uchovávanie dokumentov musí byť zabezpečená aj v súlade so zákonom č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Certifikačný orgán a platobná jednotka uchováva účtovníctvo a účtovnú dokumentáciu v súlade s § 29 zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov ES v znení neskorších predpisov.
V súlade s čl. 19 nariadenia Komisie (ES) č.1828/2006 platí, že dokumenty musia byť uchovávané buď ako originály, alebo na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov. Všeobecne akceptovateľné nosiče údajov predovšetkým zahŕňajú:
•	fotokópie originálnych dokumentov;
•	mikrofiše originálnych dokumentov;
•	elektronické verzie originálnych dokumentov na optických nosičoch údajov (napr. CD-ROM, pevný disk alebo magnetický disk);
•	dokumenty existujúce len v elektronickej podobe.
Postup overovania súladu dokumentov uchovávaných na všeobecne akceptovateľných nosičoch údajov s originálmi dokumentov musí byť v súlade s národnými predpismi a musí poskytovať dostatočnú záruku dôveryhodnosti pre účely auditu a kontroly. V prípade, ak existujú dokumenty len v elektronickej podobe, musia používané počítačové systémy spĺňať bezpečnostné štandardy, ktoré zabezpečia, že uchovávané dokumenty sú v súlade so všeobecne záväznými právnymi predpismi Slovenskej republiky a sú dôveryhodné pre účely auditu a kontroly. 
Ak účtovná jednotka prenáša účtovný záznam mimo účtovnej jednotky prostredníctvom informačného systému, považuje sa účtovný záznam za preukázateľný, ak sa prenášal spôsobom podľa § 33 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Účtovný záznam určený na prenášanie musí byť zabezpečený podpisovým záznamom, ktorým môže byť účtovnými jednotkami vzájomne uznávaný obdobný preukázateľný účtovný záznam v technickej forme. Účtovný záznam musí byť zabezpečený najneskôr v okamihu jeho odovzdania na prenos.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt zúčastňujúci sa riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vyhotovuje príslušný doklad v dvoch rovnopisoch, pričom jeden exemplár zostáva na tomto subjekte a druhý exemplár zasiela tento subjekt príslušnému subjektu v súlade s časťou 4.8 tohto materiálu.
Prijímateľ zabezpečí, aby dodávateľ / zhotoviteľ vyhotovoval účtovné doklady minimálne v dvoch rovnopisoch, pričom jeden uchováva prijímateľ a ďalší riadiaci orgán. V prípade, ak má prijímateľ k dispozícii len jeden originál, tento originál účtovného dokladu uchováva prijímateľ a kópiu13 originálu účtovného dokladu označeného podpisom štatutárneho orgánu prijímateľa uchováva riadiaci orgán.
4.13 Používanie mien a kurzové rozdiely
V rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu podľa nastavenia finančných tokov na národnej úrovni môžu vznikať kurzové rozdiely iba na úrovni prijímateľa.
V prípade, ak prijímateľ uhrádza výdavky spojené s projektom v inej mene ako EUR, príslušné účtovné doklady vystavené dodávateľom / zhotoviteľom v cudzej mene sú platobnou jednotkou preplácané formou refundácie v EUR, resp. na ich úhradu môže použiť prostriedky poskytnuté zálohovou platbou, predfinancovaním. Prípadné rozdiely z dôvodu použitia rôznych mien znáša prijímateľ. Prijímateľ je povinný nezúčtovaný rozdiel poskytnutého predfinancovania vrátiť platobnej jednotke v súlade s kapitolou 4.5.6 tohto materiálu.
Pri použití výmenného kurzu pre potreby prepočtu sumy výdavkov uhrádzaných prijímateľom v cudzej mene je potrebné postupovať v súlade s § 24 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov.
V súlade s vyššie uvedeným prijímateľ:
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v EUR na účet dodávateľa / zhotoviteľa zriadeného v cudzej mene použije kurz banky platný v deň odpísania prostriedkov z účtu prijímateľa, tzn. v deň uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi / zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundácia, zúčtovanie zálohovej platby, poskytnutie predfinancovania, zúčtovanie predfinancovania);
•	pri prevode peňažných prostriedkov v cudzej mene zo svojho účtu zriadeného v cudzej mene na účet dodávateľa / zhotoviteľa v rovnakej cudzej mene použije referenčný výmenný kurz určený a vyhlásený Európskou centrálnou bankou v deň predchádzajúci dňu uskutočnenia účtovného prípadu. Týmto kurzom prepočítaný výdavok na EUR, uhradený dodávateľovi / zhotoviteľovi, zahrnie do žiadosti o platbu (refundácia, zúčtovanie zálohovej platby, poskytnutie predfinancovania, zúčtovanie predfinancovania).
5 Monitorovanie a elektronická výmena informácií
Jednou z najdôležitejších požiadaviek Európskej komisie v súvislosti s prípravou na využitie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu bolo vybudovanie ITMS, ktorý má slúžiť na evidenciu, spracovanie, export a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení a výkone vládnych auditov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu.
V procese informačných a finančných tokov, každý subjekt (riadiaci orgán, platobná jednotka, certifikačný orgán, orgán auditu a spolupracujúci orgán) zúčastňujúci sa riadenia a implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu je povinný na svojej úrovni zabezpečiť v príslušných informačných systémoch evidenciu a spracovanie údajov súvisiacich s realizáciou pomoci EÚ, údajov týkajúcich sa poskytovania prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie prijímateľom a údajov týkajúcich sa vrátenia a spätného vymáhania finančných prostriedkov.
ITMS zahŕňa procesy programovania, projektového riadenia, finančného riadenia a spĺňa nasledovné požiadavky:
•	prepojenie s Rozpočtovým informačným systémom a Informačným systémom Štátnej pokladnice prostredníctvom ISUF;
•	súlad jednotlivých modulov so všeobecne záväznými právnymi predpismi EÚ a Slovenskej republiky (a to najmä nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006, nariadenie Komisie (ES) č. 1828/2006 a zákon č. 122/2013 Z. z. o ochrane osobných údajov a o zmene a doplnení niektorých zákonov a zákon č. 275/2006 Z. z. o informačných systémoch verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov);
•	IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu prostredníctvom komunikačno-technologickej infraštruktúry DataCentra;
•	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach;
•	elektronická výmena údajov, správ a informácií s Európskou komisiou.
Jednotná údajová základňa ITMS je vybudovaná v DataCentre, ktoré je prevádzkovateľom celého systému a začleňuje sa do spoločnej komunikačno – technologickej infraštruktúry.

6 Zoznam príloh
Príloha 1:	Vydaním Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verziou 7.2 bola príloha „Štruktúra kódov pre nezrovnalosti (kódy Európskeho úradu pre boj proti podvodom) a finančné vysporiadanie“ VYPUSTENÁ, keďže je súčasťou metodického usmernenia č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v platnom znení  	
Príloha 2:	Vydaním Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verziou 7.2 bola príloha „Identifikácia hlásenia / správy o zistenej nezrovnalosti“ VYPUSTENÁ, keďže je súčasťou metodického usmernenia č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v platnom znení  	
Prílohy 3a – 3b:	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu	
Prílohy 3c – 3d:	Žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013	
Príloha 4:	Finančné toky prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu	
Príloha 5:	Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu	
Príloha 6:	Finančné toky prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu pri vrátení neoprávnene použitých prostriedkov Európskej komisii	
Príloha 7a – 7d:	Záznam z administratívnej kontroly 	
Prílohy 8a – 8b:	Súhrnná žiadosť o platbu a Pokyny k vyplneniu súhrnnej žiadosti o platbu	
Prílohy 8c – 8d:	Technická súhrnná žiadosť o platbu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 a Pokyny k vyplneniu technickej súhrnnej žiadosti o platbu	
Prílohy 9a – 9b:	Čiastkový výkaz výdavkov k súhrnnej žiadosti o platbu platobnej jednotky a čiastkový výkaz výdavkov k technickej súhrnnej žiadosti o platbu riadiaceho orgánu v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013	
Prílohy 10a a 10b:	Odhady očakávaných výdavkov a Pokyny k vyplneniu odhadu očakávaných výdavkov	
Prílohy 11a – 11b:	Vydaním Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verziou 7.0 bola príloha „Zoznam vykonaných platieb platobnou jednotkou“ ZRUŠENÁ	
Príloha 11c:	Zoznam vykonaných platieb platobnou jednotkou ČR v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013	
Príloha 12:	Štruktúra väzieb v rámci implementačného mechanizmu JESSICA	
Príloha 13:	Vydaním Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verziou 7.0 bola príloha „Prehľad realizovaných platieb platobnou jednotkou prijímateľom“ ZRUŠENÁ	
Prílohy 14a – 14b:	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov	
Prílohy 14c – 14d:	Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov a Pokyny k vyplneniu žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013	
Prílohy 15a – 15b:	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a Pokyny k vyplneniu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov	
Prílohy 15c – 15d:	Oznámenie o vysporiadaní finančných vzťahov a Pokyny k vyplneniu oznámenia o vysporiadaní finančných vzťahov v rámci Programu cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013	
Prílohy 16a - 16b:	Vydaním Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verziou 7.2 bola príloha „Schéma a popis schémy k vráteniu finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu“ VYPUSTENÁ, keďže je súčasťou metodického usmernenia č. 3/2015-U k schéme procesov vrátenia finančných prostriedkov v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu, Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo a Európskeho námorného a rybárskeho fondu v platnom znení	
Príloha 17:	Vydaním Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013, verziou 7.0 bola príloha v štruktúre vypracovanej certifikačným orgánom ZRUŠENÁ. Štruktúra sledovania poskytnutia a zúčtovávania zálohových platieb v rámci projektu prijímateľa je v kompetencii riadiaceho orgánu	
Príloha 18:	Analýza poskytnutých a zúčtovaných zálohových platieb za sledované obdobie kalendárneho roka „n“	
Príloha 19:	Štruktúra väzieb v rámci holdingového fondu	
Príloha 20:	Formulár pre zoznam nevymožiteľných pohľadávok	
Príloha 21a:	Vyhlásenie riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom pre Operačný program ...... k oprávnenosti výdavkov a ich súladu s právnymi predpismi EÚ a SR	
Príloha 21b:

Príloha 22:
	Vyhlásenie riadiaceho orgánu pre Program cezhraničnej spolupráce SR – ČR 2007 – 2013 k oprávnenosti výdavkov a ich súladu s právnymi predpismi EÚ a SR
Vyhlásenie riadiaceho orgánu / sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom / platobnej jednotky pre Operačný program ...... o aktuálnosti, úplnosti a pravdivosti predkladaných dokumentov	

7 Zoznam odkazov