MINISTERSTVO FINANCIÍ SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Platobný orgán pre štrukturálne fondy, Kohézny fond, ISPA/KF

Usmernenie č.:	11/2007- U

Verzia č.:		4.1

Vecné zameranie:	Usmernenie k ukončeniu pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006

Vydáva:	odbor koordinácie finančného riadenia
 sekcia európskych fondov 
 Ministerstvo financií SR 

Určené pre:	riadiace orgány, platobný orgán, sub-platobný orgán, orgán zodpovedný za overovanie podľa článku 10 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 438/2001,  sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, národný orgán (INTERREG), platobnú jednotku, konečného prijímateľa, príjemcu pomoci, orgán vydávajúci rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny

Počet príloh:		6

Dátum vydania:	24. 01. 2013

Dátum účinnosti:	25. 01. 2013

Schválila: 				..................................................................
Mgr. Marcela Zubriczká
      generálna riaditeľka sekcie európskych fondov

OBSAH

ÚVOD

1.	Subjekty a ich povinnosti spojené s ukončením pomoci v programovom období        2004 - 2006

1.1	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci
1.2	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
1.3	Platobná jednotka
1.4	Platobný orgán
1.5	Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky
1.6	Orgán zodpovedný za vzorkovú kontrolu a systémový audit 

2.	Informačné a finančné toky k ukončeniu pomoci pre spoločné programy, ktoré sú realizované v rámci štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006

2.1   Základné podmienky pre finančné ukončenie pomoci v programovom období 2004 – 2006
2.1.1	Oprávnenosť výdavkov
2.1.2	Neukončené, resp. nefunkčné projekty
2.1.3	Termíny na spracovanie záverečných žiadostí o platbu na všetkých úrovniach finančného riadenia
2.1.4	Používanie mien vo vzťahu ku konverzii na menu EUR

3.	Zabezpečenie finančných prostriedkov (pre finančnú alokáciu Slovenskej republiky) v štátnom rozpočte

3.1	Zabezpečenie finančných prostriedkov na predfinancovanie záverečnej platby z Európskej komisie
3.2	Nadkontrahovanie
3.2.1	Všeobecná charakteristika nadkontrahovania
3.2.2	Zabezpečenie finančných prostriedkov na účely nadkontrahovania podľa kurzu 38 SKK/EUR

4.	Nezrovnalosti
4.1	Projekty pozastavené z dôvodu prebiehajúceho správneho/súdneho konania
4.2	Oznamovanie nezrovnalostí
4.3	Opravy financovania a vrátenie prostriedkov

5.	Vzťah voči Európskej komisii

5.1	Záverečná bilancia
5.2	Podmienky realizácie záverečnej platby z Európskej komisie
5.2.1	Žiadosť o záverečnú platbu na Európsku komisiu
5.2.2	Záverečná správa o implementácii programového dokumentu
5.2.3	Vyhlásenie o ukončení pomoci

6.	Proces uzatvárania programov

	PRÍLOHY

ÚVOD
Platobný orgán má v zmysle Koncepcie systému finančného riadenia štrukturálnych fondov v podmienkach Slovenskej republiky v kompetencii vydávanie usmernení k finančnému riadeniu štrukturálnych fondov.
Usmernenie svojim obsahom vychádza z potreby upresnenia a doplnenia platných materiálov a uznesení, a to najmä Koncepcie systému finančného riadenia štrukturálnych fondov, Usmernenia MF SR č. 16/2008-U k nezrovnalostiam v rámci finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo a Usmernenia          č. 15/2008-U k postupu financovania projektov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v súvislosti s ukončením rozpočtového roka 2008 a zavedením meny euro v Slovenskej republike v rámci programového obdobia 2004 – 2006 a programového obdobia 2007 – 2013.
Predmetné usmernenie vychádza z nariadenia Európskej komisie (ES) č. 438/2001, nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999; Rozhodnutia Európskej komisie č. KOM (2006) 3424 o uzavretí finančnej pomoci zo štrukturálnych fondov zo dňa 01. 08. 2006, ktorým boli vydané Smernice o ukončení pomoci (2004 – 2006) zo štrukturálnych fondov a jeho aktualizácie na základe Rozhodnutia Komisie (ES) č. C(2009) 960 zo dňa 11. 02. 2009, ktorým došlo na úrovni priorít pri výpočte záverečnej platby k zmene z 2 % flexibility na 10 % flexibilitu a zo Smernice o ukončení pomoci pre programy IS INTERREG III A (2000 - 2006). 
Cieľom tohto usmernenia je na národnej úrovni zadefinovať postup v súlade s platnými právnymi predpismi Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky vo vzťahu k ukončeniu pomoci pre programové dokumenty financované zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia 2004 – 2006. Pre program IS INTERREG III A Slovenská republika – Česká republika (2004 - 2006) sú termíny predkladania záverečnej žiadosti o platbu EK stanovené a zosúladené s termínmi pre ESF, ERDF, FIFG a fond EAGGF – usmerňovaciu sekciu. Pre ostatné programy IS INTERREG III A (IS INTERREG III A Rakúsko – Slovenská republika, IS INTERREG III A Poľská republika – Slovenská republika, IS INTERREG III A Maďarská republika – Slovenská republika  - Ukrajina) platia termíny stanovené a dohodnuté s partnerskými krajinami na národnej úrovni, pričom nesmú presiahnuť hraničné termíny stanovené týmto usmernením a jeho aktualizáciami.
Aktualizovaná verzia č. 3.0 tohto usmernenia vychádzala zo skutočnosti, že Slovenská republika v rámci implementácie programového obdobia 2004 – 2006 požiadala Európsku komisiu listom ministra výstavby a regionálneho rozvoja SR               č. MVRR-2008-16342/74032-1 zo dňa 30. decembra 2008 (RO CSF) o predĺženie obdobia oprávnenosti do 30. júna 2009 v nadväznosti na list EK (č. D (2008) 701721 zo dňa 03. 12. 2008 – 011651), ktorým EK umožňuje predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov pre programové obdobie 2004 – 2006 do 30. júna 2009. 
Žiadosť z RO CSF sumarizovala predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov do 30. júna 2009, t.j. žiadosť o zmenu príslušných rozhodnutí EK pre nasledovné programy: 
•	Sektorový operačný program Priemysel a služby;
•	Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka;
•	Sektorový operačný program Ľudské zdroje,
•	Operačný program Základná infraštruktúra;
•	Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 2;
•	Jednotný programový dokument NUTS II Bratislava Cieľ 3;
•	Iniciatíva Spoločenstva EQUAL.
Vydanie aktualizovanej verzie č. 3.0 tohto usmernenia nerušilo aktualizáciu č. 02/2008 tohto usmernenia pre tie RO, ktoré prostredníctvom RO CSF nepožiadali Európsku komisiu o predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov k jednotlivým rozhodnutiam o poskytnutí príspevku z fondu. Zároveň pre tieto RO platila povinnosť postupovať v zmysle aktualizácie č. 02/2008 tohto usmernenia, nakoľko aktualizácia č. 3.0 tohto usmernenia sa na nich nevzťahovala. 
Aktualizovaná verzia č. 4.0 upravovala a špecifikovala povinnosti pre subjekty zapojené do procesu ukončovania pomoci v programovom období 2004 – 2006 súvisiacich s problematikou nezrovnalostí a finančného vysporiadania. V tejto nadväznosti bola aktualizovaná časť 4 Nezrovnalosti, časť 5.1 Záverečná bilancia s následnou aktualizáciou a doplnením súvisiacich príloh. 
Predmetom aktualizovanej verzie č. 4.1 je
-	úprava v časti 4.3 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov;
-	doplnenie povinností pre subjekty zapojené do procesu ukončovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006 vyplývajúce z praxe a zabezpečovania procesu ukončovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006;
-	doplnenie aktuálneho stavu ukončovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006 do časti 6. 
V usmernení sú definované povinnosti všetkých subjektov zapojených do implementácie štrukturálnych fondov na národnej úrovni (SR), postupnosť krokov, ktoré majú vykonať a termíny vo väzbe na uzatvorenie pomoci v programovom období 2004 – 2006.
Pre programy IS INTERREG III A platia tie princípy, pravidlá a rozsah povinností, ktoré sú stanovené pre riadiaci orgán/národný orgán na národnej úrovni partnerskej krajiny. 
Pri zostavení záverečnej správy o implementácii programu pred jej predložením na platobný orgán je v rámci programov IS INTERREG III A  nevyhnutná vzájomná spolupráca riadiaceho orgánu s národným orgánom.
Úlohou platobného orgánu, sub-platobného orgánu, platobnej jednotky, sekcie auditu a kontroly MF SR, jednotlivých riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi, národného orgánu je prispôsobiť a jasne špecifikovať usmernenie na svoje špecifické podmienky (podľa špecifík fondov a programov v zmysle rozhodnutí jednotlivých riadiacich orgánov), pričom uvedené usmernenie je potrebné chápať ako stanovenie minimálnych požiadaviek a je možné pristúpiť k prísnejším pravidlám zo strany jednotlivých orgánov. Následne je potrebné vykonať úpravu, resp. doplnenie príslušných dokumentov, vrátane svojho interného manuálu o postup ukončenia pomoci a zabezpečiť informovanosť smerom ku konečným prijímateľom/príjemcom pomoci.
1	
Subjekty a ich povinnosti spojené s ukončením pomoci v programovom období                    2004 – 2006
1.1	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci
Konečný prijímateľ/príjemca pomoci je v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 – 2006 povinný:
•	ukončiť finančnú realizáciu projektu a splniť podmienky a povinnosti vyplývajúce zo zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (ďalej len „zmluva o poskytnutí NFP“);
•	predložiť na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom záverečnú žiadosť o platbu, resp. posledné zúčtovanie zálohovej platby/zúčtovanie predfinancovania vrátane požadovanej dokumentácie;
•	vrátiť finančné prostriedky v prípade, ak:
-	nevyčerpal prostriedky Európskej únie (ďalej len “EÚ“) a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu poskytnuté formou zálohovej platby alebo predfinancovania; 
-	porušil povinnosti stanovené v zmluve o poskytnutí NFP (najmä nezrovnalosť alebo porušenie finančnej disciplíny vo väzbe na vznik nezrovnalosti);
-	konečný prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu a iných obdobných prípadoch;
•	vystaviť a predložiť vyhlásenie o ukončení realizácie projektu v súlade so zmluvou o poskytnutí NFP, a to v prípade, ak tak ustanovuje zmluva o poskytnutí NFP;     
•	vypracovať a predložiť záverečnú monitorovaciu správu o zhodnotení realizácie projektu v súlade so zmluvou o poskytnutí NFP;
•	vypracovať a predložiť dopadovú monitorovaciu správu, a to v prípade, ak tak ustanovuje zmluva o poskytnutí NFP;
•	zabezpečiť uchovanie účtovnej a inej podpornej dokumentácie súvisiacej s projektom v súlade so zmluvou o poskytnutí NFP;
•	poskytovať súčinnosť všetkým relevantným subjektom v súvislosti so zabezpečením procesu ukončenia pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006.
1.2	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 – 2006 povinný:
•	zosumarizovať a overiť podklady predložené konečným prijímateľom/príjemcom pomoci podľa čl. 4 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001, ktoré sú potrebné k schváleniu záverečnej žiadosti o platbu;
•	zabezpečiť pri systémových nezrovnalostiach prijatie opatrení na identifikáciu všetkých ostatných prípadov a zabezpečiť vykonanie potrebných nápravných opatrení a vhodných postupov na zamedzenie opakovaného výskytu nezrovnalostí;
•	zabezpečiť prijatie účinných postupov na vrátenie/vymáhanie nezrovnalostí a v prípade, ak nemožno sumu nezrovnalosti vymôcť späť v plnej výške informovať Európsku komisiu o sume a dôvodoch v osobitnej správe riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu podľa článku 5 ods. 2 zmeneného a doplneného nariadenia Komisie (ES) č. 1681/1994 predloženej platobnému orgánu;
•	uistiť sa, že všetky nezrovnalosti (t.j. nezrovnalosti s finančným dopadom na štátny rozpočet SR, nezrovnalosti s finančným dopadom na rozpočet EÚ, nezrovnalosti bez finančného dopadu, systémové nezrovnalosti) boli uspokojivo vyriešené, t.j. boli vysporiadané a/alebo boli prijaté nápravné opatrenia na účinné odstránenie týchto nezrovnalostí a zistenia a odporúčania auditov plne implementované, pokiaľ ide o:
-	overovania vykonané podľa článku 4 a článku 9 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 438/2001;
-	kontrol a auditov vykonaných podľa článku 10 nariadenia Európskej komisie (ES) č. 438/2001;
-	systémových auditov iných národných orgánov, Európskej komisie a Európskeho dvora audítorov;
•	uistiť sa, že všetky zistenia/chyby/nezrovnalosti identifikované na základe kontroly podľa čl. 4 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001 boli uspokojivo vyriešené, najmä zistenia identifikované pri kontrole na mieste;
•	prostredníctvom platobnej jednotky vyplatiť záverečnú platbu konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci; 
•	po zosúladení údajov o výške poskytnutého NFP z ITMS a ISUF v spolupráci s platobnou jednotkou vysporiadať finančné vzťahy, ukončiť realizáciu projektu v ITMS a zároveň zabezpečiť kontrolu zadania povinných údajov k projektu v súlade s Usmernením RO CSF č. 2/2005 o zadávaní povinných údajov do monitorovacieho systému ITMS v aktuálnom znení vrátane evidovania oznámenia o vrátení finančných prostriedkov;
•	vypracovať a predložiť platobnému orgánu v určenej lehote záverečné vyhlásenie o presnosti, správnosti a úplnosti údajov evidovaných k nezrovnalostiam a vysporiadaným finančným prostriedkom v ITMS a ISUF na základe preukázaných dokumentov (príloha č. 4 tohto usmernenia) a zároveň o doplnení chýbajúcich údajov za nezrovnalosti a oznámenia o vrátení finančných prostriedkov vzťahujúcich sa k programovej štruktúre, ktorá je v jeho kompetencii;
•	zabezpečiť a uistiť sa, že všetky údaje k nezrovnalostiam a finančnému vysporiadaniu sú evidované v ITMS a ISUF presne, správne a úplne; 
•	vypracovať a predložiť platobnému orgánu v určenej lehote zoznam:
-	projektov nedokončených alebo nefunkčných v čase ukončenia programu,
-	projektov pozastavených z dôvodu správneho konania a
-	projektov pozastavených z dôvodu súdneho konania (príloha č. 6 tohto usmernenia);
•	uzatvoriť a archivovať projektovú zložku projektu konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, vrátane finančného vysporiadania a monitorovania po ukončení realizácie projektu v súlade s Koncepciou systému finančného riadenia štrukturálnych fondov;
•	v rámci programu IS INTERREG III A Slovenská republika – Česká republika úzko spolupracovať s Národným orgánom pri zostavení záverečnej správy o implementácii programu pred jej predložením na platobný orgán;
•	vypracovať (v zmysle ustanovenia čl. 37 ods.1 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999) a predložiť záverečnú správu o implementácii programového dokumentu na platobný orgán za účelom jej odoslania na Európsku komisiu. Správy musia byť vypracované v úzkej spolupráci riadiacich orgánov so svojimi sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom, ktoré sú poverené vykonávať zhromažďovanie a selekciu monitorovacích údajov na svojej úrovni tak, aby výsledkom boli jednotné, zosúladené výstupy na úrovni projektov, opatrení, priorít a programu;
•	aktualizovať všetky relevantné informácie a bezodkladne informovať platobný orgán;
•	poskytovať súčinnosť a zabezpečiť aktívnu komunikáciu s relevantnými subjektmi na národnej úrovni a Európskou komisiou v súvislosti s procesom ukončenia pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006.
Vyššie uvedené povinnosti je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný vykonávať priebežne a pravidelne počas implementácie projektov v rámci príslušného programového dokumentu.
1.3	Platobná jednotka 
Platobná jednotka je v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 – 2006 povinná:
•	evidovať oznámenia o vrátení finančných prostriedkov zo strany konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vrátane evidencie evidenčných listov úprav rozpočtu (ďalej len „ELÚR“) potvrdzujúcich úpravu rozpočtu;
•	zostaviť poslednú súhrnnú žiadosť o platbu a predložiť ju spolu s čiastkovým výkazom výdavkov na platobný orgán v stanovenom termíne podľa tohto usmernenia;
•	po schválení príslušnej súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom uhradiť záverečné žiadosti o platbu konečným prijímateľom/príjemcom pomoci;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom overiť dodržanie limitov pre každé opatrenie za objem pomoci zo štrukturálnych fondov a štátneho rozpočtu;
•	v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom sledovať termín naplnenia limitov za zdroje EÚ vo väzbe na nadkontrahovanie v spolupráci s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom;
•	uistiť sa o vysporiadaní nezrovnalosti za všetky subjekty vedené v čiastkovej knihe dlžníkov;
•	zabezpečiť a uistiť sa, že všetky údaje k nezrovnalostiam a finančnému vysporiadaniu sú evidované v systéme ITMS a ISUF presne, správne a úplne; 
•	poskytnúť súčinnosť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom pri vypracovaní záverečného vyhlásenia o presnosti, správnosti a úplnosti údajov evidovaných k nezrovnalostiam a vysporiadaným finančným prostriedkom v systéme ITMS a ISUF na základe preukázaných dokumentov  (príloha č. 4 tohto usmernenia);
•	poskytnúť riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom a platobnému orgánu záverečný výkaz nezrovnalostí a vratiek s dopadom na štátny rozpočet SR (príloha č. 5 tohto usmernenia);
•	aktívne spolupracovať s relevantnými subjektmi na národnej úrovni v súvislosti s  procesom ukončenia pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006.

1.4	Platobný orgán 

Platobný orgán je v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 – 2006 povinný:
•	vypracovať za jednotlivé programové dokumenty záverečnú bilanciu, ktorá zohľadní úroky na mimorozpočtových účtoch, vrátené finančné prostriedky od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súvislosti s nezrovnalosťami, vrátené príjmy z projektov od konečného prijímateľa a použitie finančných prostriedkov na nadkontrahovanie;
•	vykonať záverečné certifikačné overenia v rámci jednotlivých programových dokumentov. Platobný orgán môže vykonať certifikačné overovanie na mieste aj u sub-platobného orgánu a národného orgánu, s cieľom:
a.) 	uistenia, že má dostatok informácií, aby bol schopný deklarovať presnosť, oprávnenosť a správnosť deklarovaných výdavkov a plnenie kontrolných povinností riadiaceho orgánu v súlade s článkom 4 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001 v celej oblasti programu;
b.)	vykonania vlastnej kontroly zahŕňajúcej revíziu operácií/projektov v celej oblasti programu a uistenia, že podmienky podľa článku 9 ods. 2 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001 sú oprávnené;
c.)	uistenia, že všetky chyby/nezrovnalosti sú uspokojivo riešené a odporúčania auditov plne realizované, vrátane informácie o spôsobe a výsledkoch, akým ich riadiaci/národný orgán vykonal;
d.)	uistenia, že všetky zistenia/chyby/nezrovnalosti identifikované pri certifikačných overovaniach boli uspokojivo vyriešené;
•	vypracovať a predložiť Európskej komisii záverečný výkaz knihy dlžníkov, t.j. záverečný výkaz nezrovnalostí a vratiek podľa článku 8 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001;
•	uistiť sa o vysporiadaní nezrovnalostí s finančným dopadom na rozpočet EÚ za všetky subjekty vedené v knihe dlžníkov, t.j. výkaze nezrovnalostí a vratiek;
•	zosumarizovať podklady od príslušných platobných jednotiek a sub-platobného orgánu, riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a vypracovať žiadosť o záverečnú platbu spolu s certifikovaným výkazom skutočne zaplatených výdavkov;
•	zaslať Európskej komisii záverečnú žiadosť o platbu, záverečný výkaz výdavkov, certifikát (certifikovaný výkaz výdavkov), záverečný dodatok o vrátených sumách, záverečné správy o implementácii prijaté od riadiacich orgánov za jednotlivé programové dokumenty vrátane vyhlásenia o ukončení pomoci prijatého od Najvyššieho kontrolného úradu SR v termíne do 30. 09. 2010;
•	v pozícii sub-platobného orgánu zaslať platobnému orgánu/riadiacemu orgánu záverečnú žiadosť o platbu a záverečný výkaz výdavkov v dohodnutom termíne; 
•	vrátiť Európskej komisii finančné prostriedky prijaté od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v rámci finančného vysporiadania nezrovnalostí od vyplatenia záverečnej žiadosti o platbu Európskou komisiou a informovať NKÚ SR o takýchto prípadoch ešte pred vrátením finančných prostriedkov Európskej komisii;
•	ak sa platobný orgán do deviatich mesiacov odo dňa prevedenia záverečnej žiadosti o platbu rozhodne zaslať Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, informuje ešte pred zaslaním tejto žiadosti NKÚ SR;
•	zabezpečiť aktívnu komunikáciu  s EK a s relevantnými národnými inštitúciami v súvislosti s procesom ukončenia pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006.
1.5	Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky´
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky v pozícii orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení pomoci je v súvislosti s ukončením pomoci zo štrukturálnych fondov programového obdobia 2004 – 2006 povinný:
•	vykonať záverečné kontroly všetkých programových dokumentov štrukturálnych fondov 2004 – 2006 s cieľom:
-	preveriť riadiaci a kontrolný systém;
-	preveriť zistenia z kontrol, ktoré už boli vykonané (preverenie kontroly 5 % vzorky);
-	vykonať vlastnú dokladovú kontrolu ďalšej vzorky projektov/platieb, ak bude nevyhnutné;
-	spracovať súhrn zistení zo všetkých kontrol a auditov programu, vykonaných kontrolnými orgánmi SR a ES a uistiť sa, či sa plnia odporúčania na odstránenie zistených nezrovnalostí;
-	preveriť systém zisťovania a oznamovania nezrovnalostí;
-	preveriť plnenie odporúčaní z predchádzajúcich kontrol;
•	vykonať všetky nevyhnutné systematické preverovania za účelom získania primeranej istoty o správnosti certifikovaných výkazov výdavkov a o zákonnosti a správnosti platieb, ktoré sú v nich zahrnuté;
•	overiť platnosť žiadostí o záverečné platby na jednotlivé programové dokumenty;
•	vypracovať Správu k Vyhláseniu o ukončení pomoci pre program, ktorá bude podkladom pre stanovisko uvedené vo vyhlásení o ukončení pomoci. Súčasťou týchto správ bude tabuľkový prehľad, spracovaný pre každý programový dokument: Sumarizácia zistení všetkých kontrol a auditov vykonaných orgánmi SR a Európskeho Spoločenstva počas trvania programu. Sumarizáciu zistení NKÚ SR spracuje z podkladov riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi, orgánu zodpovedného za vzorkovú kontrolu, platobného orgánu, ktoré mu na požiadanie predložia dotknuté orgány pred začatím záverečných kontrol v štruktúre podľa prílohy č. 3 tohto usmernenia;
•	vypracovať vyhlásenia o ukončení pomoci pre každý programový dokument a zaslať ich Európskej komisii spolu so Správou prostredníctvom Ministerstva financií SR v termíne do 30. 09. 2010.
V súvislosti s ukončením pomoci programu IS INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika je nevyhnutná úzka spolupráca medzi Centrálnou harmonizačnou jednotkou pre finančnú kontrolu MF ČR a Najvyšším kontrolným úradom Slovenskej republiky a dodržanie podmienok a povinností stanovených pre uvedené subjekty na národnej úrovni. Hraničné termíny definované v tomto usmernení však musia byť dodržané.
1.6	Orgán zodpovedný za vzorkovú kontrolu a systémový audit 
Orgán zodpovedný za vzorkovú kontrolu a systémový audit je v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 - 2006 a v zmysle čl. 10 a čl. 11 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001 povinný:
•	zabezpečiť vzorkové kontroly tak, aby pokryli minimálne 5 % uplatniteľných výdavkov pripadajúcich do úvahy a opierali sa o reprezentatívnu vzorku schválených projektov, pričom pri výbere vzorky sa musí vziať do úvahy:
-	nevyhnutnosť kontrolovať vhodnú kombináciu typov a veľkostí projektov;
-	všetky rizikové faktory, ktoré boli identifikované v rámci doteraz vykonaných kontrol;
-	koncentráciu projektov príslušných sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom alebo určitých konečných prijímateľov/príjemcov pomoci tak, aby boli kontrolovaní minimálne 1x pred ukončením pomoci;
•	vykonávať vzorkové kontroly a systémové audity na viacerých úrovniach implementácie projektov, zvyčajne na úrovni RO/SORO/PJ/PO a na úrovni konečných prijímateľov/príjemcov pomoci so zameraním na:
-	overenie dodržiavania pravidiel, predpisov a postupov pri používaní finančných prostriedkov;
-	overenie účinnosti riadiaceho a kontrolného systému v rozsahu kontrolovanej vzorky a overenie audit trailu;
-	kontrolu oprávnenosti použitia finančných prostriedkov;
•	zosumarizovať výsledky kontrol a auditov za programové obdobie 2004 - 2006 a zhodnotiť, či bolo overených  minimálne 5 % výdavkov;
•	poskytnúť platobnému orgánu uistenie, že všetky chyby/nezrovnalosti boli uspokojivo vyriešené a zistenia a odporúčania auditov plne implementované;
•	vypracovať a predložiť platobnému orgánu zoznam nevyriešených zistení/nezrovnalostí a zoznam otvorených auditov a kontrol s uvedením informácie o predpokladaných zisteniach/nezrovnalostiach a finančnom dopade na rozpočet ES podľa kódov projektov / kódov nezrovnalostí;
•	informovať o výsledkoch overovania NKÚ SR.

Pre Orgán zodpovedný za vzorkovú kontrolu a systémový audit platia v rámci programov IS INTERREG III A tie princípy, pravidlá a rozsah povinností, ktoré sú stanovené na národnej úrovni, avšak s dodržaním hraničných termínov definovaných v tomto usmernení.
2	Informačné a finančné toky k ukončeniu pomoci pre spoločné programy, ktoré sú realizované v rámci štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006
2.1	Základné podmienky pre finančné ukončenie pomoci v programovom období 2004 – 2006
2.1.1	Oprávnenosť výdavkov
V súlade s článkom 30 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 je konečný termín pre oprávnenosť výdavkov stanovený v rozhodnutí o poskytnutí príspevku z fondu. V prípade Slovenskej republiky bolo obdobie oprávnenosti ohraničené od       1. januára 2004 do 31. decembra 2008.
V súlade s predmetným článkom môže Európska komisia vo výnimočných prípadoch na základe žiadosti členského štátu predĺžiť konečný termín oprávnenosti výdavkov. Žiadosť členského štátu musela byť zaslaná na Európsku komisiu pred ukončením obdobia oprávnenosti. Za výnimočný prípad sa považuje najmä vyššia moc, v prípade ktorej by bola vážne ohrozená implementácia projektov podporovaných zo štrukturálnych fondov, resp. predstavuje chybu, prisúditeľnú výlučne Európskej komisii. 
Európska komisia listom (č. D (2008) 701721 zo dňa 03. 12. 2008 – 011651 umožnila SR predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov pre programové obdobie 2004 – 2006 do 30. júna 2009 za predpokladu, že členský štát (SR) požiada o predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov k jednotlivým rozhodnutiam o poskytnutí príspevku z fondu. 
Slovenská republika v rámci implementácie programového obdobia 2004 – 2006 požiadala Európsku komisiu listom ministra výstavby a regionálneho rozvoja SR č. MVRR-2008-16342/74032-1 zo dňa 30. decembra 2008 (RO CSF) o predĺženie obdobia oprávnenosti do 30. júna 2009.
Až do záverečného ukončenia pomoci musí byť počas financovania zo štrukturálnych fondov v skrátenom programovom období 2004 – 2006 splnená podmienka obdobia oprávnenosti výdavkov na projekty zo strany konečných prijímateľov/príjemcov pomoci. Obdobie oprávnenosti je pre RO, ktoré prostredníctvom RO CSF Európsku komisiu požiadali o predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov k jednotlivým rozhodnutiam o poskytnutí príspevku z fondu ohraničené od 1. januára 2004 do 30. júna 2009. Akékoľvek výdavky realizované pred alebo po uvedenom období nemožno považovať za oprávnené a nemožno si ich nárokovať na uplatnenie zo štrukturálnych fondov 
2.1.2	Neukončené, resp. nefunkčné projekty
V prípade, ak do 30. 06. 2009 koneční prijímatelia/príjemcovia pomoci neuhradili oprávnené výdavky, a preto neukončili finančnú realizáciu projektu, riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je povinný v záverečnej správe vypracovať zoznam projektov podľa opatrení, ktoré sú neukončené alebo nefunkčné v čase uzavierania, s prihliadnutím na stanovené ciele a rozhodnutia týkajúce sa finančnej pomoci pre projekty a všetky okolnosti vzťahujúce sa k projektom. Je na rozhodnutí riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, ktorý postup zvolí v prípade neukončených projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci v čase uzatvorenia pomoci. Zoznam neukončených, resp. nefunkčných projektov bude obsahovať a identifikovať zvolený postup riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
A.	Neukončené, resp. nefunkčné projekty, vyňaté z financovania zo štrukturálnych fondov z titulu zrušenia/odstúpenia zmluvy o poskytnutí NFP:
V prípade, ak riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom identifikuje finančne neukončený projekt zo strany konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, resp. nefunkčný projekt k 30. 06. 2009 ako nezrovnalosť a zároveň sa rozhodne odstúpiť od zmluvy o poskytnutí NFP s príslušným konečným prijímateľom/príjemcom pomoci, tento musí pridelené finančné prostriedky vrátiť. Finančné prostriedky takto získané sa môžu použiť na refundáciu/zúčtovanie výdavkov iných konečných prijímateľov/príjemcov pomoci zrealizovaných v rámci obdobia oprávnenosti, resp. sa môžu zohľadniť pri záverečnej bilancii platobného orgánu. 
B.	Neukončené, resp. nefunkčné projekty, ktoré budú dofinancované zo štátneho rozpočtu alebo zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci: 
V prípade, ak sa riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom rozhodne dofinancovať neukončené projekty financované zo štrukturálnych fondov, je povinný zabezpečiť prostriedky na ich dofinancovanie z vlastnej rozpočtovej kapitoly alebo zo zdrojov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, pričom je povinný zabezpečiť ukončenie takýchto projektov najneskôr do 30. 09. 2012.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom je povinný oznámiť Európskej komisii do 30. 09. 2012, či bol každý takýto projekt ukončený. Pri operáciách, u ktorých nebolo preukázané ich dokončenie alebo funkčnosť na konci tohto obdobia, prijme Európska komisia nevyhnutné kroky na získanie prostriedkov späť.
C.	Neukončené, resp. nefunkčné projekty, ktoré budú dofinancované z fondov Európskej únie v programovom období 2007 - 2013:
V tomto prípade má riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinnosť písomne evidovať podrobný zoznam projektov pre každé programové obdobie. Ak časť projektov nie je dokončená alebo funkčná v  programovom období 2004 – 2006, výdavky súvisiace s ich dokončením alebo sfunkčnením môžu byť akceptované v  programovom období 2007 – 2013 za predpokladu, že spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu a podmienky realizácie (zaradenie do programu, právne a finančné záväzky podľa rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom) sú vyhovujúce. V takých prípadoch je riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný zabezpečiť, aby rovnaké aktivity neboli financované zo štrukturálnych fondov dvakrát.
2.1.3	Termíny na spracovanie záverečných žiadostí o platbu na všetkých úrovniach finančného riadenia
V Koncepcii systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sú uvedené termíny na spracovanie žiadosti o platbu záväzné pre všetky zainteresované subjekty podieľajúce sa na realizácii projektov v rámci jednotlivých programových dokumentov financovaných  zo štrukturálnych fondov na programové obdobie 2004 – 2006.
Platobná jednotka zahrnie poslednú/záverečnú žiadosť konečného prijímateľa/príjemcu pomoci do súhrnnej žiadosti o platbu v prípade, ak konečný prijímateľ/príjemca pomoci a riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom splnia v čase uzatvorenia pomoci všetky povinnosti uvedené v kapitole 1 tohto usmernenia. 
Príjemca pomoci (pomoc poskytovaná v zmysle schém štátnej pomoci)
V nadväznosti na list Európskej komisie (č. D (2008) 701721 zo dňa 03. 12. 2008 – 011651), ktorým EK umožnila predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov pre programové obdobie 2004 – 2006 do 30. júna 2009 a úpravu termínov aj pre poskytovateľov štátnej pomoci, mohol poskytovateľ štátnej pomoci vyplácať prostriedky príjemcom pomoci len do          30. 06. 2009.
V snahe znížiť riziko straty finančných prostriedkov v súvislosti s ukončovaním pomoci zo štrukturálnych fondov bol riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný upraviť termíny pre spracovanie žiadosti príjemcu pomoci o platbu s ohľadom na fakt, že súhrnná žiadosť o platbu mohla byť po overení platobným orgánom zamietnutá a nebol dostatočný časový priestor na odstránenie zistení a jej opakované predloženie v konečnom druhom aprílovom termíne v roku 2009. 
V prípade, ak nebola žiadosť príjemcu pomoci o platbu zahrnutá do súhrnnej žiadosti o platbu v konečnom druhom aprílovom termíne v roku 2009, z dôvodu nadväzujúcich lehôt na schvaľovanie súhrnnej žiadosti o platbu a následného preplatenia finančných prostriedkov z platobného orgánu, vytvorilo sa vysoké riziko, že finančné prostriedky neboli príjemcom pomoci vyplatené do 30. 06. 2009. Z uvedeného dôvodu bolo potrebné upraviť termíny spracovania žiadostí príjemcu pomoci o platbu tak, aby boli zaradené do súhrnnej žiadosti o platbu najneskôr v 2. aprílovom termíne v roku 2009. 
Na projekty, pri ktorých konečný prijímateľ poskytuje štátnu pomoc príjemcom pomoci, sa zaradenie žiadosti konečného prijímateľa o platbu do súhrnnej žiadosti o platbu v 2. aprílovom termíne v roku 2009 nevzťahuje za podmienky, že poskytovateľ štátnej pomoci vyplatil príjemcovi pomoci prostriedky prostredníctvom konečného prijímateľa v zmysle podmienok príslušnej schémy štátnej pomoci do 30. 06. 2009. V tomto prípade platobná jednotka mohla zahrnúť žiadosť konečného prijímateľa o platbu do súhrnnej žiadosti o platbu najneskôr v prvom októbrovom termíne v roku 2009.
Konečný prijímateľ
Na účely tohto usmernenia pre príjemcov pomoci, ktorým je poskytovaná pomoc na základe schém pomoci de minimis platia rovnaké odporúčania a termíny, ktoré sú v usmernení zadefinované pre konečného prijímateľa.
V nadväznosti na predĺženie konečného termínu oprávnenosti výdavkov k jednotlivým rozhodnutiam o poskytnutí príspevku z fondu (ohraničené od 1. januára 2004 do 30. júna 2009) platí, že konečný prijímateľ mohol realizovať výdavky najneskôr do 30. 06 .2009.
Poslednú súhrnnú žiadosť o platbu spolu s čiastkovým výkazom výdavkov boli platobné jednotky oprávnené zostaviť najneskôr k prvému októbrovému termínu 2009 vyplývajúcemu z dohody medzi platobným orgánom a platobnou jednotkou pre príslušný programový dokument. 
Na základe skúseností z praxe bol riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom povinný stanoviť termíny pre spracovanie žiadosti konečného prijímateľa o platbu s ohľadom na fakt, že súhrnná žiadosť o platbu mohla byť po overení platobným orgánom zamietnutá a  nevznikol tak dostatočný časový priestor na odstránenie zistení a jej opakované predloženie v konečnom prvom októbrovom termíne v roku 2009. Nakoľko je v období uzavierania pomoci nevyhnutný zodpovedný prístup všetkých zainteresovaných subjektov, je nevyhnutné rešpektovať termíny v tabuľke č.1, ktorá sumarizuje termíny pre spracovanie posledných/záverečných žiadostí o platbu na všetkých úrovniach finančného riadenia.
Odporúčané hraničné termíny 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom môže termíny stanovené na predkladanie žiadostí o platbu zo strany konečného prijímateľa/príjemcu pomoci posunúť na svoju zodpovednosť po vzájomnej dohode s platobnou jednotkou, avšak  pri dodržaní postupov uvedených v Koncepcii systému finančného riadenia štrukturálnych fondov. Navrhované termíny na spracovanie žiadostí o platbu sú hraničné a posun termínov môže spôsobiť problémy spojené s financovaním projektov v etape uzatvárania pomoci zo štrukturálnych fondov. 
V prípade príjemcu pomoci (pomoc poskytovaná v zmysle schém štátnej pomoci) bolo na účely splnenia termínu na predloženie poslednej súhrnnej žiadosti o platbu odporúčané
•	stanoviť predloženie žiadosti o platbu, resp. žiadosti o záverečnú platbu príjemcu pomoci na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v termíne najneskôr do 20. 02. 2009;
•	postúpiť overenú a schválenú žiadosť o platbu, resp. žiadosť o záverečnú platbu riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom na platobnú jednotku v termíne do 03. 04. 2009;
•	postúpiť overené a schválené žiadosti príjemcu pomoci o platbu platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a následne ju zaslať na platobný orgán najneskôr v druhom aprílovom termíne v roku 2009.
V prípade konečného prijímateľa sú v tab. č. 1 uvedené hraničné termíny pre jednotlivé subjekty zapojené do finančného riadenia štrukturálnych fondov na spracovanie a predloženie žiadostí o platbu na riadiacom orgáne/sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom. 
Tab. č. 1: Sumarizácia termínov pre spracovanie žiadostí o platbu na všetkých úrovniach finančného riadenia (v prípade konečného prijímateľa (KP))
Orgán	Systém platieb	
	Refundácia1	Zálohová platba	Predfinancovanie	
		Poskytnutie	Zúčtovanie	Poskytnutie	Zúčtovanie	
KP	31.07.2009	15.04.2009	31.07.2009	24.04.2008	31.07.2009	
RO/SORO	+ 30 p.d.	+ 10 p.d.	+ 30 p.d.	+ 30 p.d.	+ 10 p.d.	
PJ	+ 10 p.d.	+ 10 p.d.	+ 10 p.d.	+ 10 p.d.	+ 10 p.d.	
Úhrada	–	+ 5 p.d.	–	+ 5 p.d.	–	
SŹP	Posledný termín: prvý októbrový v roku 2009 pre každý programový dokument	
PO	+ 10 p.d.	–	+ 10 p.d.	–	+ 10 p.d.	
Spracovanie: MF SR

1 Záverečnú žiadosť o platbu typu refundácia vo výške minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt sú povinné predložiť všetky subjekty zo súkromného sektora a subjekty z verejného sektora, ktoré používajú systém zálohových platieb, resp. predfinancovania. 
´
Na účely splnenia termínu na predloženie poslednej súhrnnej žiadosti o platbu bolo odporúčané:
•	stanoviť predloženie žiadosti konečného prijímateľa o zúčtovanie predfinancovania, žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, žiadosti o platbu, žiadosti o záverečnú platbu na riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v termíne najneskôr do 31. 07. 2009;
•	postúpiť overenú a schválenú žiadosť o záverečnú platbu, resp. žiadosť o platbu, žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a žiadosť o zúčtovanie predfinancovania riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom na platobnú jednotku v termíne do 14. 09. 2009;
•	postúpiť overené a schválené žiadosti konečného prijímateľa o platbu platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a následne ju zaslať na platobný orgán najneskôr v prvom októbrovom termíne v roku 2009.

Na účely spracovania žiadostí o platbu za celý program sub-platobný orgán ČR mal predložiť Platobnému orgánu certifikát a výkaz priebežných a konečných výdavkov vynaložených konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci a záverečnú žiadosť o platbu v termíne najneskôr do 14. 09. 2009.  
Podrobné vymedzenie odporúčaných hraničných termínov k finančným tokom v súvislosti s ukončením pomoci zo štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 – 2006 je spracované v prílohe č. 2 tohto usmernenia.
Pre ostatné programy IS INTERREG III A (AT, HU, PL) platia termíny stanovené a dohodnuté s partnerskými krajinami na národnej úrovni, pričom nesmú presiahnuť hraničné termíny stanovené týmto usmernením.
2.1.4	Používanie mien vo vzťahu ku konverzii na menu EUR
Po vstupe Slovenskej republiky dňa 01. 01. 2009 do Európskej menovej únie, nevyčerpaná suma nenávratného finančného príspevku v SKK je odo dňa vstupu preplácaná platobnej jednotke, resp. konečným prijímateľom/príjemcom pomoci v mene EUR. Pri prepočte z meny SKK na menu EUR je použitý konverzný kurz, ktorý v súvislosti so zavedením meny EUR v Slovenskej republike bol stanovený sekundárnym právnym aktom Európskeho spoločenstva na úrovni 30,1260 SKK/1 EUR.
Podrobnosti používania mien vo vzťahu ku konverzii na menu EUR sú definované v Usmernení č. 15/2008 – U k postupu financovania projektov štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo v súvislosti s ukončením rozpočtového roka 2008 a zavedením meny euro v Slovenskej republike v rámci programového obdobia 2004 – 2006 a programového obdobia 2007 – 2013 a jeho aktualizáciách.
Posledný termín na predloženie súhrnnej žiadosti o platbu v súvislosti s preplatením/zúčtovaním finančných prostriedkov v SKK bol 14. 11. 2008.
Výdavky v žiadosti o platbu schválené a zaradené platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu do 14. 11. 2008 boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci zo strany platobnej jednotky po schválení súhrnnej žiadosti o platbu platobným orgánom refundované/zúčtované v SKK ešte v roku 2008. 
V prípade, ak výdavky v žiadosti o platbu v SKK neboli zahrnuté platobnou jednotkou do poslednej súhrnnej žiadosti o platbu vytvorenej v roku 2008, budú konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci refundované/zúčtované v mene EUR. 
3	Zabezpečenie finančných prostriedkov (pre finančnú alokáciu Slovenskej republiky) v štátnom rozpočte 
3.1	Zabezpečenie finančných prostriedkov na predfinancovanie záverečnej platby z Európskej komisie
V súlade s čl. 32 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 môže platobný orgán členského štátu prijímať prostriedky Európskej únie formou zálohových, priebežných a záverečných platieb na jednotlivé programové dokumenty. 
Platobný orgán bude zasielať priebežné žiadosti o platbu na Európsku komisiu do momentu dosiahnutia maximálne 95 % alokácie v rámci príslušného programového dokumentu. Záväzok vo výške posledných minimálne 5 % alokácie na príslušný programový dokument je členský štát povinný predfinancovať najskôr z vlastných zdrojov. Prostriedky na úhradu posledných minimálne 5 % alokácie za prostriedky štrukturálnych fondov sú zabezpečené v limitoch výdavkov rozpočtových kapitol ministerstiev ako platobných jednotiek vrátane spolufinancovania zo štátneho rozpočtu. 
Európska komisia po schválení záverečnej žiadosti o platbu a certifikovaného výkazu výdavkov predložených platobným orgánom prevedie prostriedky Európskej únie na mimorozpočtové účty platobného orgánu pre jednotlivé programové dokumenty, ktoré platobný orgán následne prevedie na príjmové účty platobných jednotiek. 
3.2	Nadkontrahovanie
3.2.1	Všeobecná charakteristika nadkontrahovania
S cieľom maximálneho čerpania prostriedkov štrukturálnych fondov a berúc do úvahy pravdepodobné straty z titulu nedočerpaných prostriedkov niektorých projektov (neukončené, resp. nefunkčné a vyňaté z financovania štrukturálnych fondov z dôvodu odstúpenia od zmluvy o poskytnutí NFP; z dôvodu dofinancovania zo štátneho rozpočtu, resp. z dôvodu dofinancovania z fondov Európskej únie v programovom období 2007 - 2013), mohli riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom uzatvárať zmluvy o poskytnutí NFP s konečným prijímateľom/príjemcom pomoci nad rámec záväzkov prijatých Európskou komisiou pre príslušný programový dokument podľa kurzu 38 SKK/EUR.
Vzhľadom na to, že Európska komisia prijíma rozpočtové záväzky v mene EUR a zmluvy o poskytnutí NFP s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci boli k 31. 12. 2008 uzatvárané v SKK, bol na národnej úrovni stanovený indikatívny kurz pre prepočet týchto záväzkov na SKK, v zmysle ktorých riadiace orgány/sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom uzatvárali zmluvy o poskytnutí NFP s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci. 
Vzhľadom na dlhodobý vývoj kurzu SKK/EUR predstavuje stanovenie indikatívneho kurzu vo výške 38 SKK/EUR reálne nadkontrahovanie. Pri stanovovaní indikatívneho kurzu pre prepočet alokácie na SKK sa brali do úvahy predovšetkým nasledujúce skutočnosti:
•	aktuálny stav kontrahovania; 
•	aktuálny stav čerpania z úrovne platobného orgánu;
•	vývoj kurzu SKK voči EUR.
Na základe vývoja aktuálneho kurzu SKK voči EUR k 31. 12. 2008 (priemer 2007 – 2009: 31,733 SKK/EUR), konverzného kurzu SKK/EUR od  01. 01. 2009 (30,1260), stavu čerpania (107,98 % z celkového záväzku EK na štrukturálne fondy k 31. 12. 2009) Slovenská republika dosiahla úroveň reálneho nadkontrahovania vo výške 7,98 %.
Z uvedeného vyplýva, že nadkontrahovaním podľa kurzu 38 SKK/EUR je zabezpečenie financovania programového dokumentu za prostriedky EÚ vo výške rozdielu medzi čerpaním záväzku podľa kurzu 38 SKK/EUR a reálnym čerpaním záväzku ES podľa aktuálneho kurzu SKK/EUR stanovenom ECB, resp. od 01. 01. 2009 podľa konverzného kurzu. V prípade tých programových dokumentov, ktorých časť záväzku roku 2004 a 2005 bola zrušená podľa pravidla n+2, to platí vo vzťahu k celkovému záväzku zníženému o zrušenú časť záväzku. 
Keďže v zmluvách o poskytnutí NFP je NFP uvedený podľa jednotlivých zdrojov bolo potrebné, aby riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v dostatočnom časovom predstihu v roku 2008 uzatvoril dodatky k zmluvám pre projekty, ktoré splnia nasledovné podmienky:
•	čerpanie na program dosiahne 90 % záväzku EK v EUR (schválené súhrnné žiadosti o platbu);
•	projekt nie je finančne vysporiadaný (konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci ešte nebola poskytnutá/preplatená záverečná žiadosť o platbu). 
Predmetom úpravy dodatkov bolo zavedenie výšky NFP bez rozdelenia na zdroje financovania (EÚ, štátny rozpočet). Potreba vypracovať dodatky vyplývala zo skutočnosti, že v momente naplnenia zdroja EÚ budú prostriedky vyplácané už len zo zdroja štátneho rozpočtu.
Od platnosti aktualizovanej verzie č. 3.1 tohto usmernenia nie je potrebné, aby riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uzatváral vyššie spomínané dodatky k zmluvám.
Výška prostriedkov narozpočtovaná na rok 2008 sa aktualizovala do tej miery, aby pokryla nároky jednotlivých kapitol na štátny rozpočet pri splnení vyššie uvedených pravidiel. Pri systéme refundácie bolo umožnené, aby boli konečným prijímateľom/príjemcom pomoci prostriedky preplácané aj po roku 2008. 
V prípade, ak riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uzatvoril zmluvy o poskytnutí NFP s konečnými prijímateľmi/príjemcami pomoci nad rámec 100 % celkového záväzku (vrátane prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie) podľa kurzu 38 SKK/EUR, porušil tým ustanovenia tohto usmernenia a predchádzajúcich odporúčaní MF SR. V takom prípade chýbajúce zdroje, predstavujúce čiastku kontrahovanú nad tento rámec si bude musieť zabezpečiť príslušná kapitola z vlastných zdrojov. V prípade tých programových dokumentov, ktorých časť záväzku roku 2004 a 2005 bola zrušená podľa pravidla n+2, to platí vo vzťahu k celkovému záväzku zníženému o zrušenú časť záväzku.
Príklad: Ak finančný plán pre programový dokument indikuje alokáciu napr. 100 EUR (3 800 SKK pri kurze 38 SKK/EUR =     100 % záväzku), za nadkontrahovanie kryté štátnym rozpočtom nie je považované záväzkovanie vo výške napr.: 4 180 SKK pri kurze 38 SKK/EUR = 110 % záväzku. V tomto prípade rozdiel vo výške 380 SKK (10 EUR, t.j. 10 %) bude znášať rozpočtová kapitola príslušného riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. Na základe analýzy záväzkov rokov 2004 – 2006, ktoré boli uzatvorené v rámci programových dokumentov, je uvedený stav využitia finančných prostriedkov, ktoré pokrývajú nadkontrahovanie:

				
Programový dokument	Záväzok 
2004-2006 
(v EUR)	Čerpanie
k 31.12.2009 po odrátaní nezrovnalostí a vrátených finančných prostriedkov
(v EUR)	Podiel čerpania na záväzku 2004-2006
k 31.12.2009 (v %)	Čerpanie
k 31.12.2012 
po odrátaní nezrovnalostí a vrátených finančných prostriedkov
(v EUR)	

Podiel čerpania na záväzku 2004-2006 
k 31.12.2012 (v %)	
 	(1)	(2)	(3)=(2)/(1)*100	(4)	(5)=(4)/(1)*100	
SOP Priemysel a služby	151 210 683	164 116 299	108,53	147 330 377	97,43	
SOP Ľudské zdroje spolu	284 480 923	304 329 831	106,98	302 917 757	106,48	
z toho: MPSVR SR	  240 693 463	264 138 715	114,31	263 270 648	109,38	
z toho: MŠ SR	43 787 460	40 191 116	75,26	39 647 109	90,54	
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	182 987 987	185 764 961	101,52	184 061 789	100,59	
OP Základná infraštruktúra	422 363 452	475 338 427	112,54	448 550 337	106,20	
z toho: MDPT SR	210 844 208	238 891 027	113,30	226 366 855	107,36	
z toho: MŽP SR	101 974 751	113 964 953	111,76	108 266 705	106,17	
z toho: MVRR SR	109 544 493	122 482 448	111,81	113 916 777	103,99	
SPD Cieľ 2	37 032 713	38 003 596	102,62	36 044 162	97,33	
SPD Cieľ 3 spolu	37 118 134	39 013 237	105,11	38 765 856	104,44	
z toho: MPSVR SR	28 193 760	28 630 342	101,54	28 413 355	100,78	
z toho: MŠ SR	8 924 374	10 382 895	116,34	10 352 501	116,00	
CIP Equal	22 266 351	22 991 415	103,26	22 972 347	103,17	
CIP INTERREG IIIA RA-SR	8 251 930	8 255 207	100,04	8 255 207	100,04	
CIP INTERREG IIIA PL-SR	9 277 495	9 820 518	105,85	9 820 518	105,85	
CIP INTERREG IIIA SR-ČR	4 667 299	5 182 202	111,03	5 039 469	107,97	
CIP INTERREG IIIA H-SR-Ukr	9 500 000	9 606 776	101,12	9 604 683	101,10	
SPOLU
za všetky programové dokumenty	1 169 156 967	1 262 422 469	107,98	1 213 362 502	103,78	
Konverzný kurz SKK/EUR: 30,1260 SKK/1 EUR	
 Spracovanie: MF SR
3.2.2	Zabezpečenie finančných prostriedkov na účely nadkontrahovania podľa kurzu           38 SKK/EUR
Platobný orgán garantuje zabezpečenie disponibilných výdavkov pre PJ do výšky záväzku programu prepočítaného indikatívnym kurzom 38 SKK / 1 EUR. Všetky ostatné nároky vzniknuté platobnej jednotke z titulu ďalšieho nadkontrahovania budú hradené v rámci limitov kapitoly príslušného rezortu. 
Platobný orgán v programovom období 2004 - 2006 v súvislosti s cieľom vyčerpať čo najviac prostriedkov a vzhľadom na nepredvídateľnú výšku korekcií a nezrovnalostí schvaľuje všetky oprávnené výdavky, ktoré platobná jednotka predloží za jednotlivé programy v rámci súhrnných žiadostí o platbu na platobný orgán. 
Zároveň pri preplácaní schválených SŽP sú na platobnom orgáne identifikované nasledovné kľúčové momenty, kedy platobný orgán od konca roka 2008 neuhrádza prostriedky do príjmov PJ: 
a)	prekročenie 95 % - nej hranice z celkového záväzku v EUR na úrovni programu 
V nadväznosti na nedostatočnú likviditu na mimorozpočtovom účte PO spôsobenú nepreplatením žiadostí o platbu na EK z dôvodu presiahnutia hranice 95 % za predložené žiadosti o platbu vrátane zálohových platieb, bude možné realizovať úhrady voči PJ po zohľadnení nezrovnalostí a vrátených finančných prostriedkov deklarovaných na EK po dosiahnutie úrovne 95 % z celkového záväzku 2004 – 2006. Zvyšné prostriedky schválené v súhrnných žiadostiach o platbu do výšky 100 % záväzku 2004 - 2006 bude môcť platobný orgán uhradiť v závislosti od likvidity na mimorozpočtovom účte PO, ktorá je závislá od úhrady záverečných žiadostí o platbu zo strany EK, výšky nezrovnalostí a vrátených prostriedkov na mimorozpočtový účet, úrokov a výsledkov záverečnej bilancie programu. 
b)	prekročenie 100 % - hranice záväzku na úrovni priority prepočítaného indikatívnym kurzom 38 SKK/EUR 
Prostriedky za výdavky schválené v rámci SŽP nad rámec záväzku na úrovni priority prepočítaného indikatívnym kurzom        38 SKK/EUR nebudú zo strany platobného orgánu presunuté na príjmový účet platobnej jednotky a dopady na štátny rozpočet bude plne znášať rozpočet kapitoly v úlohe riadiaceho orgánu zodpovedného za implementáciu programu. V tomto prípade bude možné zohľadniť flexibilitu úprav finančného plánu vo výške maximálne 10 % na úrovni priorít v zmysle rozhodnutia komisie (ES) č. C(2009) 960 zo dňa 11. 02. 2009, ktoré aktualizuje rozhodnutie komisie č. KOM (2006) 3424 o ukončení finančnej pomoci zo štrukturálnych fondov zo dňa 01.08.2006, pričom zohľadnenie 10 % - nej flexibility pri úhrade schválených SŽP bude možné až pri záverečnej bilancii v rámci uzatvárania programu a záverečnej platby z EK.      
c)	prekročenie 100 % - hranice záväzku pripadajúceho na limitovanú technickú pomoc v rámci programu prepočítaného indikatívnym kurzom 38 SKK/EUR 
V zmysle pravidla č. 11, bodu A Limitovaná technická pomoc Usmernenia riadiaceho orgánu pre Rámec podpory Spoločenstva č. 18/2004 (aktualizácia č. 1/2007) k oprávnenosti výdavkov je stanovený limit z celkového príspevku zo ŠF v závislosti od jeho výšky pre kategórie oprávnených výdavkov definovaných pre limitovanú technickú pomoc v rámci jednotlivých programov od   0,5 % do 5 %. Prostriedky za výdavky schválené v rámci SŽP nad rámec limitovanej technickej pomoci prepočítanej indikatívnym kurzom 38 SKK/EUR nebudú zo strany platobného orgánu presunuté na príjmový účet platobnej jednotky a dopady na štátny rozpočet bude plne znášať rozpočet kapitoly v úlohe riadiaceho orgánu zodpovedného za implementáciu programu. 
V prípade programového obdobia 2004 – 2006 sú kapitolám zabezpečené disponibilné výdavky do výšky aktuálnych záväzkov jednotlivých programov v ich pôsobnosti prepočítaných indikatívnym kurzom 38 SKK/EUR a zároveň sú do príjmov uhradené prostriedky za schválené SŽP v závislosti od likvidity na mimorozpočtových účtoch PO. Z uvedeného vyplýva, že v rámci rozpočtov kapitol nastane nesúlad medzi príjmami a výdavkami, ktorý je v prípade bodu a) možné považovať za dočasný z titulu nedostatočnej likvidity na mimorozpočtovom účte PO. Trvalý nesúlad medzi príjmami a výdavkami nastáva v prípade bodu c) z titulu zabezpečenia prostriedkov nadkontrahovania, a pre časť výdavkov v prípade bodu b), ktoré ostanú nekryté príjmami po záverečnej bilancii (úroky, rozhodnutie riadiaceho orgánu zohľadniť 10 % - nú flexibilitu na úrovni priority), pričom tento nesúlad je spôsobený umožnením nadkontrahovania. Nesúlad medzi príjmami a výdavkami PJ - trvalý aj dočasný – je potrebné  zdôvodniť z hľadiska vyššie uvedených bodov v štátnom záverečnom účte.
Platobný orgán za účelom zabezpečenia finančných prostriedkov na nadkontrahovanie v rámci jednotlivých programových dokumentov využije:
•	úroky vzniknuté na mimorozpočtových účtoch pre programové dokumenty;
•	príjmy z projektov konečných prijímateľov/príjemcov pomoci;
•	vrátené neoprávnene použité finančné prostriedky;
•	finančné prostriedky rozpočtované v kapitolách príslušných ministerstiev nad rámec disponibilnej alokácie zo ŠF podľa kurzu 38 SKK/EUR
Postupnosť využitia vyššie uvedených zdrojov je nasledovná:  
A.	úroky vzniknuté na mimorozpočtových účtoch pre programové dokumenty, príjmy z projektov konečného prijímateľa/príjemcu pomoci a vrátené neoprávnene použité alebo nepoužité finančné prostriedky
Platobný orgán uhrádza súhrnné žiadosti o platbu z disponibilných zdrojov z mimorozpočtových účtov pre programové dokumenty, na ktoré sa pripisujú:
-	úroky;
-	priebežne príjmy vytvorené z  projektu; prevedené z osobitného mimorozpočtového účtu pre nezrovnalosti a vrátené finančné prostriedky;
-	priebežne vrátené nezrovnalosti a vratky z osobitného mimorozpočtového účtu pre nezrovnalosti a vrátené finančné prostriedky.
Na základe článku 32 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999 sú úroky získané pri zálohovej a priebežných platbách z Európskej komisie na mimorozpočtový účet pre príslušný programový dokument zdrojom Slovenskej republiky a budú v zmysle článku 32, odsek 2, pododsek 3 použité na príslušný programový dokument. Môžu byť zahrnuté do zdroja štátneho rozpočtu pridaním, alebo nahradením, a to k sume predpokladanej ako spolufinancovanie štátneho rozpočtu. V podmienkach Slovenskej republiky budú úroky použité ako zdroj pre čiastočné zabezpečenie nadkontrahovania.  
V prípade, ak konečný prijímateľ počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu, alikvotný podiel prostriedkov za zdroj Európskej únie je v zmysle pravidla č. 2. nariadenia Európskej komisie (ES) č. 448/2004 príjmom osobitného účtu Ministerstva financií Slovenskej republiky, pričom  takto získané prostriedky na jednotlivé programové dokumenty sa opätovne použijú na príslušný program a platobný orgán ich odpočíta zo záverečnej žiadosti o platbu. 
V prípade, ak konečný prijímateľ/príjemca pomoci počas realizácie projektu vrátil finančné prostriedky z dôvodu porušenia povinností stanovených v zmluve o poskytnutí NFP (najmä porušenie finančnej disciplíny a vznik nezrovnalosti), vrátené finančné prostriedky na jednotlivé programové dokumenty sa opätovne použijú na príslušný program. V prípade, keď budú naplnené limity pre EÚ zdroj, prostriedky budú použité na čiastočné krytie nadkontrahovania. 
B.	finančné prostriedky rozpočtované v kapitolách príslušných ministerstiev nad rámec disponibilnej alokácie zo ŠF podľa kurzu 38 SKK/EUR
V súvislosti s potrebou zabezpečenia zdrojov po naplnení limitu zdroja Európskej únie je v rámci jednotlivých kapitol ministerstiev ako platobných jednotiek narozpočtovaná suma prostriedkov za zdroj EÚ a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu až do hore uvedenej úrovne 100 % alokácie na programový dokument podľa kurzu 38 SKK/EUR.
Od termínu reálneho naplnenia zdrojov EÚ vo výške 100 % záväzku na programový dokument nastáva čerpanie prostriedkov štátneho rozpočtu za zdroje EÚ, t. j. použitie prostriedkov na účely nadkontrahovania. Od daného momentu platobný orgán overuje predložené súhrnné žiadosti o platbu od príslušnej platobnej jednotky a následne príslušnej platobnej jednotke zasiela písomné stanovisko o ich schválení, resp. neschválení. V prípade schválení súhrnných žiadostí o platbu platobným orgánom je platobná jednotka zodpovedná za úhradu finančných prostriedkov na účty konečných prijímateľov/príjemcov pomoci v rámci príslušného programového dokumentu. Vzhľadom na skutočnosť, že sa už nevyužívajú prostriedky EÚ, po schválení súhrnnej žiadosti o platbu nenasleduje presun prostriedkov na príjmové účty príslušnej platobnej jednotky.
4	Nezrovnalosti 
V prípade zistenia alebo podozrenia vzniku nezrovnalosti na ktorejkoľvek z overovaných úrovní je platobný orgán oprávnený pozastaviť platby pre programový dokument, projekt, resp. ich časti, až do momentu jej odstránenia. Za moment odstránenia nezrovnalosti sa považuje:
A.	prijatie účinných nápravných opatrení smerujúcich k zabezpečeniu vysporiadania finančných prostriedkov alebo ich časti;
B.	prijatie účinných nápravných opatrení smerujúcich k odstráneniu zistených nedostatkov v systéme riadenia a kontroly programu a náprave nežiadúceho stavu.
Na účely vypracovania záverečnej žiadosti o platbu, záverečného dodatku o vrátených sumách platobný orgán vypracuje a konsoliduje údaje v záverečnom výkaze nezrovnalostí a vratiek. Záverečný výkaz nezrovnalostí a vratiek vychádza z údajov evidovaných v systéme ITMS a ISUF a z podkladov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, resp. dokumentu záverečné vyhlásenie o presnosti, správnosti a úplnosti údajov evidovaných k nezrovnalostiam a vysporiadaným finančným prostriedkom v systéme ITMS a ISUF na základe preukázaných dokumentov. 
4.1  Projekty pozastavené z dôvodu prebiehajúceho správneho/súdneho konania
V prípade, ak v súvislosti s projektom prebieha správne alebo súdne konanie v čase predloženia záverečnej správy, povaha, podrobnosti a príslušné sumy v tomto konaní sa uvedú v záverečnej správe. Potencionálne sumy na vrátenie, ktoré zostanú pri ukončení otvorené, sa zaznamenajú v účtovníctve Európskej komisie ako pohľadávky. Ak sa predmetný prípad vysporiada na základe právoplatného rozhodnutia vydaného v rámci súdneho konania alebo správneho konania po termíne predloženia záverečnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu, platobný orgán po vysporiadaní nezrovnalosti na základe predloženého dokumentu a aktualizovanej správy o zistenej nezrovnalosti vráti Európskej komisii príspevok zo štrukturálnych fondov.   
V prípade všetkých projektov, ktoré sú predmetom správneho konania alebo súdneho konania , (resp. podaného odvolania), ktoré má odkladný účinok) resp. následok pozastavenia, musí riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom pred termínom podania záverečnej správy o implementácii programu rozhodnúť, či sa projekt úplne alebo čiastočne:
•	stiahne z programu a/alebo nahradí iným projektom pred termínom; po tom, čo je Európskej komisii oznámené stiahnutie alebo nahradenie projektu, zostáva riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom naďalej zodpovedný za akékoľvek následky vyplývajúce zo stiahnutia alebo nahradenia, ako sú finančné dôsledky alebo nedobytné pohľadávky; alebo
•	v programe zachová. Po predložení certifikovaného výkazu výdavkov na program sa projekt, ktorý je predmetom súdneho konania alebo správneho konania (resp. podaného odvolania, ktoré má odkladný účinok) resp. následok pozastavenia nemôže nahradiť, a to ani iným projektom, ktorý je súčasťou programovania nad rámec, ktorý mohol byť ukončený pred konečným termínom oprávnenosti výdavkov.
Ak v správnom konaní alebo súdnom konaní, (resp. podanom odvolaní, ktoré má odkladný účinok) resp. následok pozastavenia, ide o nezrovnalosť, ktorá prekračuje sumu 10 000 EUR za zdroj EÚ, je potrebné túto skutočnosť oznámiť Európskemu úradu pre boj proti podvodom (OLAF EK). OLAF EK musí byť informovaný aj o ďalšom riešení nezrovnalostí, vrátane rozhodnutia stiahnuť projekt z programu alebo ho nahradiť, alebo o vrátení či nevrátení súm, ktoré boli nesprávne vyplatené.
Informácie o riešení všetkých nezrovnalostí sa musia uviesť v záverečnom výkaze nezrovnalostí a vratiek (príloha č. 5 tohto usmernenia). V prípade nezrovnalosti, ktorá prekračuje sumu 10 000 EUR za zdroj EÚ, ktorej vrátenie nie je možné, riadiaci orgán predkladá Európskej komisii, v kópii platobnému orgánu osobitnú správu podľa článku 5 ods. 2 zmeneného a doplneného nariadenia EK (ES) č. 1681/1994. 
V prípade nezrovnalosti, ktorá neprekračuje sumu 10 000 EUR za zdroj EÚ, ktorej vrátenie nie je možné, riadiaci orgán predloží v záverečnej správe o implementácii programového dokumentu zoznam projektov, dotknutej časti zdrojov EÚ na projekt ako aj informácie vzťahujúce sa k vymáhaniu. V týchto prípadoch je tiež na posúdení Európskej komisie po dohode s riadiacim orgánom, či nevymáhateľné sumy budú hradené na ťarchu členského štátu alebo EK.
Maximálne zostatkové sumy, ktoré má EK vyplatiť alebo ktoré má členský štát vrátiť v súvislosti s pozastavenými projektmi, tvoria nesplnený záväzok pre členský štát a EK dovtedy, kým zodpovedné vnútroštátne orgány nevydajú konečné rozhodnutie. Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom by mal preto priebežne EK a v kópii platobný orgán informovať o výsledku súdneho konania alebo správneho konania vrátane odvolacieho konania. V súlade s výsledkom súdneho konania dôjde podľa potreby po preskúmaní veci podľa článku 5 ods. 2 zmeneného a doplneného nariadenia (ES) č. 1681/94 buď k uskutočneniu ďalších platieb, k vráteniu už zaplatených súm, alebo v prípade úspešného uplatnenia podľa článku 5 ods. 2 zmeneného a doplneného nariadenia (ES) č. 1681/94 sa uskutočnené platby potvrdia.
4.2  Oznamovanie nezrovnalostí
Na jednotlivých úrovniach finančného riadenia sú príslušné národné orgány povinné evidovať v ITMS a ISUF údaje o nezrovnalostiach v požadovanom formáte a ďalšie údaje a dokumenty v súvislosti s implementáciou programového dokumentu. Tieto orgány zodpovedajú za pravdivosť, úplnosť a správnosť údajov podľa prvej vety a sú povinné ich aktualizovať.

Tab. č. 2: Stanovenie termínov pre oznamovanie nezrovnalostí na jednotlivých úrovniach finančného riadenia vo vzťahu k ukončeniu pomoci
Zodpovedný orgán/stav k dátumu1	Oznámenie všetkých zistených nezrovnalostí	Oznámenie nedoriešených nezrovnalostí2	
	31. 03. 2010	31. 03. 2010	
RO/SORO, útvary kontroly a auditu, SFK	+10 p.d.	+10 p.d.	
PO	+40 p.d.	+40 p.d.	
OFZ a BPK	+40 p.d.	+40 p.d.	
Spracovanie: MF SR
Legenda:
1) Termíny stanovené pre jednotlivé subjekty sa počítajú vždy odo dňa 31. 03. 2010.   
2) Nedoriešené nezrovnalosti v rámci administratívneho konania riadiaceho orgánu (plnenie na základe žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov, na základe dodatku k zmluve o predĺžení lehoty splatnosti atď.), v rámci správneho konania (vrátane plnenia splátkového kalendára) a súdneho konania (vrátane exekučného konania) – konanie prebieha alebo nebolo začaté. Zoznam nevyriešených zistení/nezrovnalostí a zoznam otvorených auditov a kontrol. 
Každý RO/SORO je povinný v súvislosti s ukončením programového obdobia 2004 – 2006 v termíne do 30. 4. 2010 predložiť platobnému orgánu záverečné vyhlásenie o presnosti, správnosti a úplnosti údajov evidovaných k nezrovnalostiam a vysporiadaným finančným prostriedkom v systéme ITMS a ISUF na základe preukázaných dokumentov (príloha č. 4 tohto usmernenia) a zároveň o doplnení chýbajúcich údajov za nezrovnalosti a oznámenia o vrátení finančných prostriedkov vzťahujúcich sa k programovej štruktúre, ktorá je v jeho kompetencii. V systéme ITMS do modulu „Nezrovnalosti a finančné vyrovnania“, je potrebné v prípade zistenia novej nezrovnalosti, nových skutočností alebo nových vrátení finančných prostriedkov zadávať údaje aj po ukončení programového obdobia 2004 – 2006.
4.3	Opravy financovania a vrátenie prostriedkov
Informácie o riešení všetkých nezrovnalostí musí platobný orgán na základe predložených oficiálnych dokumentov od zodpovedných orgánov uviesť v záverečnom výkaze nezrovnalostí a vratiek. 
Tab. č. 3: Stanovenie termínov pre oznamovanie pohľadávok za nezrovnalosti a ostatné vrátené finančné prostriedky na jednotlivých úrovniach finančného riadenia
Zodpovedný orgán/ stav k dátumu1	Oznámenie vyrovnaných pohľadávok	Oznámenie pohľadávok v stave vymáhania2	Oznámenie pohľadávok – nevymožiteľné3	
	31. 03. 2010	31. 03. 2010	31. 03. 2010	
RO/SORO, PJ, útvary kontroly a auditu, SFK	+10 p.d.	+10 p.d.	+10 p.d.	
PO	+40 p.d.	+40 p.d.	+40 p.d.	
OFZ a BPK	+40 p.d.	+40 p.d.	+40 p.d.	
Spracovanie: MF SR
Legenda:
1) Termíny stanovené pre jednotlivé subjekty sa počítajú vždy odo dňa 31. 03. 2010.   
2) Nevysporiadané pohľadávky v rámci administratívneho konania riadiaceho orgánu (plnenie na základe žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov, na základe dodatku k zmluve o predĺžení lehoty splatnosti atď.), v rámci správneho konania (vrátane plnenia splátkového kalendára/exekučného konania) a súdneho konania (vrátane exekučného konania) – konanie prebieha alebo nebolo začaté.
 3) Nedoriešené prípady nezrovnalostí oznámených EK na základe osobitnej správy podľa čl. 5 nariadenia EK (ES) č. 1681/1994.
Na jednotlivých úrovniach finančného riadenia sú príslušné národné orgány povinné evidovať v ITMS a ISUF údaje o pohľadávkach za nezrovnalosti a ostatné vrátené finančné prostriedky v požadovanom formáte a ďalšie údaje a dokumenty v súvislosti s implementáciou programového dokumentu. Tieto orgány zodpovedajú za pravdivosť, úplnosť a správnosť údajov podľa prvej vety a sú povinné ich aktualizovať.
V prípade, ak príslušná Správa finančnej kontroly uzatvára dohodu o splátkach podľa zákona NR SR č. 278/1993 Z. z. o správe majetku štátu v znení neskorších predpisov uzatváraných na základe právoplatných rozhodnutí, v ktorých je určená povinnosť vrátiť finančné prostriedky za porušenie finančnej disciplíny, ktoré je zároveň nezrovnalosťou v rámci projektov štrukturálnych fondov, dbá príslušná Správa finančnej kontroly na to aby všetky zdroje financovania boli vrátené čo najrýchlejšie, v zmysle čo najefektívnejšieho vrátenia za zdroj EÚ. 
V prípade, ak KP/PP uzná dlh formou notárskej zápisnice vo výške zodpovedajúcej nezrovnalosti a požiada riadiaci orgán 
o predĺženie lehoty splatnosti, RO môže v odôvodnených prípadoch uzavrieť dodatok k Zmluve. V súvislosti s ukončením programového obdobia 2004 - 2006 je možné lehotu na plnenie opakovane predĺžiť, maximálne však do 30. apríla 2010 pre KP z verejného sektora, resp. KP/PP zo súkromného sektora. 
5	Vzťah voči Európskej komisii                                                                                                                                                                                  
5.1	Záverečná bilancia
Platobný orgán vykoná pred zostavením a spracovaním  záverečnej žiadosti o platbu záverečnú bilanciu za jednotlivé programové dokumenty. Jednotlivé položky, ktoré vplývajú na záverečnú bilanciu príslušného programového dokumentu sú uvedené v tabuľke č. 4.
V nadväznosti na vykonanie záverečnej bilancie, sa bilancia časti finančnej alokácie Slovenskej republiky a časti alokácie Českej republiky sa sleduje samostatne.
Tabuľka č. 4: Identifikácia položiek, ktoré majú vplyv na záverečnú bilanciu
Záverečná bilancia	
+ položky	-   položky	
prijaté platby z EK	čerpanie
(do 100% alokácie na úrovni priorít)	
vrátenie neoprávnene použitých finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na mimorozpočtový účet PO	vrátenie neoprávnene použitých finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci (odčítané od žiadostí o platbu predložených na EK)	
príjmy z projektu prijaté na mimorozpočtový účet PO	príjmy z projektu (odčítané od žiadostí o platbu predložených na EK)	
úroky	X	
X	nadkontrahovanie	
maximálne možná výška záverečnej platby z EK		
SPOLU	SPOLU	
Výsledok záverečnej bilancie	
Spracovanie: MF SR
KLADNÉ POLOŽKY:
Prijaté platby z Európskej komisie sumarizujú všetky finančné prostriedky prijaté z EK.
Do položky vrátenie neoprávnene použitých finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na mimorozpočtový účet PO sa uvedie príslušná suma finančných prostriedkov, ktoré konečný prijímateľ/príjemca pomoci vrátil z dôvodu porušenia povinností stanovených v zmluve o poskytnutí NFP.
Príjmy z projektu prijaté na mimorozpočtový účet PO sumarizujú stav finančných prostriedkov, ktoré konečný prijímateľ vrátil na mimorozpočtový účet PO z dôvodu, že počas realizácie projektu vykázal príjem vytvorený z projektu.
V položke úroky sa uvedie suma finančných prostriedkov, ktoré boli pripísané na mimorozpočtový účet PO pre príslušný programový dokument z dôvodu úročenia finančných prostriedkov poskytnutých vo forme zálohovej a priebežných platieb z Európskej komisie. Môžu byť zahrnuté do zdroja štátneho rozpočtu pridaním, alebo nahradením, a to k sume predpokladanej ako spolufinancovanie štátneho rozpočtu. V podmienkach Slovenskej republiky budú úroky použité ako zdroj pre čiastočné zabezpečenie nadkontrahovania. 
Údaj v rámci položky maximálne možná výška záverečnej platby z EK bude predstavovať sumu rozdielu medzi záväzkom a čerpaním príslušného programového dokumentu, zohľadňujúc mieru spolufinancovania v rámci záväzku príslušného programového dokumentu a 10 % flexibilitu na základe Rozhodnutia Komisie (ES) č. C(2009) 960 zo dňa 11. 02. 2009. Po úhrade záverečnej platby z EK sa príslušná suma presunie do položky prijaté platby z EK v rámci kladnej časti záverečnej bilancie, pričom údaje z položky maximálne možná výška zálohovej platby z EK sa vynulujú.
ZÁPORNÉ POLOŽKY:
V zápornej hodnote položky záverečnej bilancie čerpanie (do 100 % alokácie na úrovni priorít) sa uvedie súčet stavu finančných  prostriedkov vo výške 100 % alokácie na úrovni priorít príslušného programového dokumentu. 
V položke vrátenie neoprávnene použitých finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, ktoré sú odčítané od žiadostí o platbu predložených na EK, sa uvedie stav finančných prostriedkov, ktoré boli od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci vrátené z dôvodu ich neoprávneného použitia. V rámci záverečnej bilancie ide o neutrálnu položku rovnako ako príjmy z projektu, ktoré sú odčítané od žiadostí o platbu predložených na EK.
V položke nadkontrahovanie sa uvedie údaj, ktorý vznikol vo výške rozdielu medzi čerpaním záväzku podľa kurzu 38 SKK/EUR a reálnym čerpaním záväzku ES podľa aktuálneho kurzu SKK/EUR stanovenom ECB, resp. od 01. 01. 2009 podľa konverzného kurzu. 
V prípade, ak záverečná bilancia bude identifikovať nedostatok prostriedkov Európskej únie (záporná hodnota bilancie), výška nedostatku bude mať dopad na štátny rozpočet v zmysle časti 3.2. Nadkontrahovanie.
V zmysle tabuľky č. 4 sa budú až do ukončenia programového obdobia sledovať zmeny v kladných položkách záverečnej bilancie, a to v položkách: vrátené neoprávnene použité finančné prostriedky od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na mimorozpočtový účet PO (v tejto položke je potrebné priebežné sledovanie aj po ukončení programového obdobia), príjmy z projektu prijaté na mimorozpočtový účet PO a úroky, nakoľko hodnoty v rámci týchto položiek sa môžu vplyvom procesu vracania neoprávnene použitých finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci na mimorozpočtový účet PO, príjmov z projektu prijatých na mimorozpočtový účet PO a vzniknutých úrokov meniť.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán bude povinný informovať PO o akejkoľvek zmene údajov v záverečnej bilancii príslušného programového dokumentu a predložiť PO podklady pre zostavenie aktualizovanej tabuľky záverečnej bilancie programového dokumentu.
5.2	Podmienky realizácie záverečnej platby z Európskej komisie
Za účelom prevodu záverečnej platby z Európskej komisie je potrebné pre každý programový dokument vypracovať a Európskej komisii predložiť doklady o ukončení pomoci:
•	záverečnú žiadosť o platbu, záverečný výkaz výdavkov, certifikát (certifikovaný výkaz výdavkov), záverečný dodatok o vrátených sumách,;
•	záverečnú správu o implementácii;
•	vyhlásenie o ukončení pomoci.
Pre FIFG platí, že medzi doklady o ukončení pomoci patrí aj správa o pokroku.
V prípade oneskoreného predloženia ktoréhokoľvek z uvedených dokumentov bude Európska komisia postupovať v súlade s ustanoveniami Rozhodnutia Európskej komisie č. KOM (2006) 3424 o uzavretí finančnej pomoci zo štrukturálnych fondov zo dňa 01. 08. 2006, ktorým boli vydané Smernice o ukončení pomoci (2004 – 2006) zo štrukturálnych fondov a zo Smernice o ukončení pomoci pre programy IS INTERREG III A (2000 - 2006). 
5.2.1	Žiadosť o záverečnú platbu na Európsku komisiu
Platobný orgán vypracuje záverečnú žiadosť o platbu, záverečný výkaz výdavkov, certifikát (certifikovaný výkaz výdavkov), záverečný dodatok o vrátených sumách za každý programový dokument.
Platobný orgán bude spolupracovať a komunikovať s riadiacimi orgánmi/sprostredkovateľskými orgánmi pod riadiacim orgánom/sub-platobným orgánom a Najvyšším kontrolným úradom, a to najmä z titulu zosúladenia údajov potrebných k vypracovaniu záverečných správ o implementácii príslušných programových dokumentov a vyhlásenia o ukončení pomoci.
Následne zosumarizuje záverečnú správu o implementácii a vyhlásenie o ukončení pomoci za jednotlivé programové dokumenty a spoločne so záverečnou žiadosťou o platbu, záverečným výkazom výdavkov, certifikátom (certifikovaným výkazom výdavkov) a záverečným dodatkom o vrátených sumách zašle na EK, a to v termíne do 30. 09. 2010. 
Ak v priebehu do deviatich mesiacov odo dňa prevedenia záverečnej platby platobný orgán nezašle Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba už nesmie byť opravovaná.
V prípade akéhokoľvek vrátenia finančných prostriedkov od konečného prijímateľa/príjemcu pomoci z nezrovnalostí, resp. príjmov z projektu po skončení vyššie uvedeného obdobia 9 mesiacov, je platobný orgán tieto finančné prostriedky povinný vrátiť Európskej komisii. 
Európska komisia bude považovať za včas prijaté dokumenty o uzatvorení pomoci tie, ktoré boli odoslané do konečného termínu v súlade s dátumom pečiatky podacej pošty. Ak je certifikát (certifikovaný výkaz výdavkov) predkladaný v elektronickej forme, bude vzatý do úvahy dátum elektronického predloženia.
5.2.2	Záverečná správa o implementácii programového dokumentu 
Riadiaci orgán  vypracuje (v zmysle ustanovenia čl. 37 ods.1 nariadenia Rady (ES) č. 1260/1999) a predloží záverečnú správu o implementácii programového dokumentu na platobný orgán za účelom jej odoslania na Európsku komisiu. Záverečná správa o implementácii bude vypracovaná v súlade s usmernením Riadiaceho orgánu pre CSF č. 1/2008 o ukončení programov štrukturálnych fondov pre programové obdobie 2004 -2006 a bude predložená v uplatniteľnom termíne.
5.2.3	Vyhlásenie o ukončení pomoci
NKÚ SR vypracuje vyhlásenie o ukončení pomoci osobitne pre každý programový dokument.
Stanovisko vo vyhlásení bude založené na kontrolách vykonaných podľa článku 10 nariadenia Európskej komisie (ES)             č. 438/2001 orgánom zodpovedným za vzorkovú kontrolu a systémový audit, na kontrolách a auditoch uskutočnených ostatnými orgánmi SR a Európskeho Spoločenstva a na každej kontrole vykonanej samotným NKÚ SR počas trvania programov vrátane záverečnej kontroly.
Formulácia stanoviska NKÚ SR bude v súlade s orientačným vzorom v prílohe III nariadenia Európskej komisie (ES)                 č. 438/2001, ktorý vyžaduje, aby orgán vydávajúci vyhlásenia o ukončení pomoci vydal jeden z troch záverov:
Záver 5(a) sa dosiahne, ak:
-	celková úroveň zistených chýb a nesprávností sa posúdi ako nízka;
-	všetky zistené chyby alebo nesprávnosti budú vyriešené;
-	z testovania kontrol aj z dokladovej kontroly vzorky sa dosiahne primeraná istota;
-	úroveň chybovosti z kontrol 5% vzorky bude nižšia ako 2%.
Záver 5(b) sa dosiahne, ak:
-	celková úroveň zistených chýb a nesprávností sa posúdi ako nízka;
-	nie všetky zistené chyby a nezrovnalosti budú vyriešené;
-	z testovania kontrol aj z dokladovej kontroly vzorky sa nedosiahne dostatočná istota, ale len v malej časti vzoriek;
-	úroveň chybovosti z kontrol 5% vzorky bude nižšia ako 2%.
Záver 5(c) sa dosiahne, ak:
-	celková úroveň zistených chýb a nepresností sa posúdi ako vysoká (t.j. úroveň chybovosti z kontrol 5% vzorky bude vyššia ako 2%);
-	z testovania kontrol aj z dokladovej kontroly vzorky sa nedosiahne dostatočná istota, a to v mnohých vzorkách počas trvania programu.
Vyhlásenie o ukončení pomoci pre každý programový dokument bude podložené správou, ktorá musí obsahovať všetky relevantné informácie, oprávňujúce stanovisko v ňom uvedené vrátane sumarizácie zistení všetkých kontrol a auditov, vykonaných orgánmi SR a Európskeho Spoločenstva počas trvania programu. Správa musí jasne deklarovať, či všetky chyby a nezrovnalosti, zistené pri kontrolách, boli uspokojivo vyriešené.
V prípade, ak dôležité nezrovnalosti v riadení a kontrole alebo vysoká frekvencia vyskytujúcich sa nezrovnalostí neumožnia nadobudnúť celkové primerané uistenie, pokiaľ ide o platnosť záverečnej žiadosti o platbu, záverečného výkazu výdavkov, certifikátu a záverečného dodatku o vrátených sumách, vyhlásenie musí popísať tieto okolnosti a odhadnúť rozsah problému a jeho finančný dopad.
V prípade, ak existujú vážne prekážky pri vypracovaní vyhlásenia, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku certifikovanému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, predseda NKÚ SR ako vedúci orgánu vydávajúceho vyhlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR. Informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení. Ak je následne Európskej komisii vyhlásenie zaslané, obsahuje opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.
Vyhlásenie o ukončení pomoci pre každý programový dokument štrukturálnych fondov 2004 - 2006 sa musí predložiť Európskej komisii do termínu stanoveného v bode 5.2.1 tohto usmernenia. 
6.	Proces uzatvárania programov
Postupné ukončovanie programových dokumentov financovaných zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia 2004 – 2006 prebieha v aktívnej komunikácii subjektov zapojených do procesu ukončovania pomoci. Proces ukončovania zahŕňa na úrovni platobného orgánu najmä nasledovné aktivity: 
•	aktívna komunikácia vrátane aktualizácie zoznamu otvorených nezrovnalostí, nefunkčných a pozastavených projektov s relevantnými národnými subjektami a s Európskou komisiou pred a po zaslaní kalkulácie záverečnej platby zo strany Európskej komisie platobnému orgánu;
•	po prijatí záverečnej platby zo strany Európskej komisie na mimorozpočtový účet platobného orgánu aktualizácia záverečnej bilancie so zhodnotením finančnej implementácie programového dokumentu zo strany platobného orgánu a zabezpečenie úhrady/čiastkovej úhrady SŽP do príjmov rozpočtu príslušných platobných jednotiek;
•	zaslanie súhrnnej informácie riadiacemu orgánu a platobnej jednotke k uzatvoreniu programového dokumentu zo strany platobného orgánu; 
•	prijatie listu k potvrdeniu ukončenia pomoci z Európskej komisie o začatí 3 ročnej archivačnej doby (tzv. „closure letter“); 
•	vykonávanie pravidelnej aktualizácie záverečnej bilancie o aktuálne nezrovnalosti (a to až do ich konečného vysporiadania) a úroky vygenerované na mimorozpočtových účtoch platobného orgánu;
•	v prípade vysporiadania - vrátenia nezrovnalostí/finančných opráv  realizácia úhrad/čiastkových úhrad SŽP do     100 % úrovne záväzku vrátane úrokov a zaslanie oznámenia platobnej jednotke o vykonaní takýchto úhrad (týka sa len programového dokumentu s využitím nadkontrahovania);
•	v prípade povinnosti vrátenia časti prostriedkov Európskej komisii platobný orgán prijíma rozhodnutie o spôsobe uskutočnenia vrátenia (vzájomné započítanie pohľadávok a záväzkov aj v rámci výdavkov programového obdobia 2007 – 2013/efektívne vrátenie prostriedkov Európskej komisii);
•	uzatvorenie mimorozpočtových účtov platobného orgánu v Štátnej pokladnici (uzatvorenie programových účtov a účtu pre nezrovnalosti).

Tabuľka č. 5:  Stav ukončovania pomoci programového obdobia 2004 – 2006 ku dňu aktualizácie Usmernenia - verzie 4.1:

Programový dokument 
	Fond	Stav ukončovania	Doba archivácie	
SOP Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka	EAGGF/FIFG	ukončený s closure letter z EK	17.4.2012 - 17.4.2015	
OP Základná infraštruktúra	ERDF	ukončený s closure letter z EK	26.3.2012 - 26.3.2015	
CIP INTERREG IIIA RA-SR	ERDF	ukončený s closure letter z EK	8.8.2011 - 8.8.2014	
CIP INTERREG IIIA PL-SR	ERDF	prijatá záverečná platba bez closure letter	-	
CIP INTERREG IIIA SR-ČR	ERDF	prijatá záverečná platba bez closure letter	-	
CIP INTERREG IIIA H-SR-Ukr	ERDF	prijatá záverečná platba bez closure letter	-	
SPD Bratislava Cieľ 2	ERDF	prijatá záverečná platba bez closure letter	-	
SOP Priemysel a služby	ERDF	neukončený, prebieha komunikácia s EK	-	
SOP Ľudské zdroje	ESF	čaká sa na záverečnú platbu	-	
SPD Bratislava Cieľ 3	ESF	čaká sa na záverečnú platbu	-	
CIP EQUAL	ESF	prijatá záverečná platba bez closure letter	-	
Spracovanie: MF SR 

Zoznam príloh
1.	Používané skratky
2.	Odporúčané hraničné termíny na spracovanie žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci v súvislosti s ukončením pomoci v programovom období 2004 – 2006 (2a – 2d).
3.	Sumarizácia zistení všetkých kontrol a auditov, vykonaných kontrolnými orgánmi  SR a Európskeho spoločenstva.
4.	Záverečné vyhlásenie o presnosti, správnosti a úplnosti údajov evidovaných k nezrovnalostiam a vysporiadaným finančným prostriedkom v systéme ITMS a ISUF na základe preukázaných dokumentov (výkaz nezrovnalostí a vratiek s finančným dopadom na rozpočet ES, výkaz systémových nezrovnalostí, výkaz nevymožiteľných pohľadávok oznámených Európskej komisii podľa čl. 5 nariadenia EK (ES) č. 1681/1994 (1a – 1c)).
5.	Výkaz nezrovnalostí a vratiek s finančným dopadom na rozpočet SR.
6.	Výkaz nedokončených a pozastavených projektov.