OBSAH
1. Zhodnotenie certifikačných overovaní podľa jednotlivých programových dokumentov v rámci štrukturálnych fondov
1.1. Sektorový operačný program Ľudské zdroje
1.2. CIP EQUAL
1.3. Jednotný programový dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 3
1.4. Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
1.5. Sektorový operačný program Priemysel a služby
1.6. Operačný program Základná infraštruktúra
1.7. Jednotný programový dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 2
1.8. CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Maďarsko – Ukrajina
1.9. CIP INTERREG IIIA Poľsko – Slovenská republika
1.10. CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika
1.11. CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Rakúsko
2. Zhodnotenie certifikačných overovaní Kohézneho fondu
2.1. Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
2.2. Ministerstvo životného prostredia SR
3. Závery a odporúčania

Správa o zisteniach z certifikačných overovaní 
štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu k 31.12.2006

Certifikácia je potvrdenie správnosti a oprávnenosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. Vykonáva ju Ministerstvo financií Slovenskej republiky (ďalej len MF SR) ako platobný orgán pre štrukturálne fondy a Kohézny fond (ďalej len PO pre ŠF a KF) v zmysle čl. 9 nariadenia EK č. 2001/438/ES a v zmysle čl. 8 nariadenia Komisie č. 1386/2002 ako nevyhnutný predpoklad predloženia žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu na Európsku komisiu na základe predložených súhrnných žiadostí o platbu (ďalej len SŽP). Za rok 2006 bolo vykonaných spolu 94 certifikačných overovaní.
Celkovo bolo za rok 2006 predložených 326 SŽP v celkovej sume 19 343 975 514,33 Sk, z toho bolo 279 schválených v celom objeme, 43 schválených v zníženom objeme a 4 neschválené. Certifikačne overených bolo za všetky programové dokumenty 94 SŽP, čo predstavuje 28,83 % z celkovo predložených SŽP, z toho za ERDF bolo vykonaných 40 certifikačných overovaní, za ESF 47 a za EAGGF 7. Na úrovni programových dokumentov bolo najviac certifikačných overovaní vykonaných v rámci Sektorového operačného programu Ľudské zdroje (20) (ďalej len SOP ĽZ). Najmenej certifikačných overovaní bolo vykonaných v rámci Interreg IIIA Maďarsko-SR-Ukrajina (2).
Najviac SŽP bolo predložených v rámci fondu ERDF: 186 SŽP, najmenej v rámci EAGGF: 27. Najviac neschválených SŽP (3) bolo v rámci fondu ERDF, najmenej (0) v rámci fondu EAGGF. Najvyšší podiel certifikačne overených SŽP k celkovo predloženým SŽP má ESF 41,59 %, naopak najmenší podiel má ERDF 21,51 %.
V rámci certifikácie bola skontrolovaná vzorka 571 787 050,75 Sk, čo predstavuje 2,96 % z celkovej sumy predložených SŽP. V rámci toho boli zistené neoprávnené výdavky v celkovej výške 11 273 352,92 Sk, t.j. 1,97 % z overovanej vzorky. Najvyššia miera neoprávnených výdavkov bola zistená v rámci programu EQUAL, ktorá je až 28,15 %, čo predstavuje 3 381 748,18 Sk. V rámci Operačného programu Základná infraštruktúra (ďalej len OP ZI) boli zistené neoprávnené výdavky v najvyššej sume 6 965 343,00 Sk, čo predstavuje 4,09 % z overovanej vzorky.
Neoprávnené výdavky sú zisťované len na skúmanej vzorke, pričom odbor certifikácie v rámci zistení z certifikačných overovaní upozorňuje, aby vzhľadom na zistenie neoprávnených výdavkov bola uskutočnená ešte raz dôkladná kontrola a zníženie žiadostí o platbu o neoprávnené výdavky a až následné zahrnutie do nasledujúcej SŽP. Ide napríklad o výdavky v rozpore s projektom a zmluvou o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (ďalej len zmluva o poskytnutí NFP), s oprávneným územím, programovým doplnkom.
Za obdobie od  1.1. – 31.12.2006 bolo v rámci fondu ISPA/KF vystavených a zaslaných celkom 46 žiadostí o platbu z EK, z toho 45 žiadostí o priebežnú platbu a 1 žiadosť o záverečnú platbu. Celková suma predložených žiadostí bola 78 577 152,77 €. Z uvedeného počtu bolo 10 žiadostí na financovanie stavebných prác z Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií Slovenskej republiky (ďalej len MDPT SR), 31 žiadostí o platbu z Ministerstva životného prostredia Slovenskej republiky (ďalej len MŽP SR) a 5 žiadostí sa týkalo technickej asistencie, z toho 2 z MDPT SR a 3 z MŽP SR. Priebežné žiadosti o platbu boli certifikované v plnom rozsahu. Sumy predložené v žiadostiach o platbu na EK boli schválené a prijaté v celom objeme. Neboli zistené žiadne nezrovnalosti.
Jediná nezrovnalosť na projekte ISPA/KF 2001/SK/16/P/PT/002, ktorá sa vyskytla v predchádzajúcom období bola odpočítaná ešte v 4. priebežnej žiadosti o platbu v marci 2005. Korekcia v hodnote 2% z celkovej hodnoty kontraktu bola po rokovaní s EK odpustená.
Za hodnotené obdobie bolo vykonaných 11 plánovaných certifikačných overení, zameraných hlavne na overenie riadiacich a kontrolných systémov, verejné obstarávanie a publicitu pri implementácii projektov ISPA/KF. V rezorte MDPT SR bolo v rámci piatich certifikačných overení posúdených dvanásť projektov dopravnej infraštruktúry (niektoré opakovane). V rezorte MŽP SR bolo v rámci šiestich certifikačných overení na sprostredkovateľskom orgáne pod riadiacim orgánom (ďalej len SORO), resp. IA EIP posúdených trinásť projektov v oblasti životného prostredia. Bolo uskutočnených šesť kontrol na mieste, v rámci ktorých bol overených fyzický stav realizácie desiatich projektov ISPA/KF.

1.	Zhodnotenie certifikačných overovaní podľa jednotlivých programových dokumentov v rámci štrukturálnych fondov
1.1.	Sektorový operačný program Ľudské zdroje
Za obdobie 1.1. – 31.12.2006 bolo zo strany PJ Ministerstva práce sociálnych vecí a rodiny Slovenskej republiky (ďalej len MPSVR SR) predložených na PO pre ŠF a KF 24 SŽP v celkovej výške 3 027 247 747,06 SKK za všetky zdroje financovania. V predloženom objeme bolo schválených 16 SŽP a 8 SŽP bolo schválených v zníženom objeme.
Certifikačné overovanie bolo vykonané v rámci 15 SŽP priamo na mieste u riadiaceho orgánu (ďalej len RO) a platobnej jednotky (ďalej len PJ). Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 36 353 794,90 SKK, čo je 1,20 % z objemu predložených SŽP a 1,83 % z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v rámci 7 SŽP vo výške 415 895,22 SKK, čo je 1,14 % z overovanej vzorky.
Za obdobie 1.1. – 31.12.2006 bolo zo strany PJ Ministerstva školstva Slovenskej republiky (ďalej len MŠ SR) predložených na PO pre ŠF a KF 22 SŽP v celkovej výške 174 574 474,38 SKK za všetky zdroje financovania. 17 SŽP bolo schválených v predloženom objeme a 5 SŽP bolo schválených v zníženom objeme.
Certifikačné overovanie bolo vykonané v rámci 5 SŽP priamo na mieste u SORO a PJ. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 2 528 478,70Sk, čo je 1,45 % z objemu predložených SŽP a 12,64 % z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v rámci 3 SŽP vo výške 476 870,93 SKK, čo je 18,86 % z overovanej vzorky.
Spolu za SOP ĽZ bolo predložených 46 SŽP v celkovej výške 3 201 822 221,74 SKK. 33 SŽP bolo schválených v predloženom objeme, zvyšných 13 SŽP (8 MPSVR SR a 5 MŠ SR) bolo schválených v zníženom objeme, a to z dôvodu identifikovania neoprávnených výdavkov pri výkone certifikačných overovaní priamo na mieste u RO/SORO a PJ ako aj na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly SŽP overovateľom na PO pre ŠF a KF,  ktorý identifikoval nesprávne pomery spolufinancovania jednotlivých projektov. Z celkového počtu 13 SŽP schválených v zníženom objeme bolo certifikačné overovanie vykonané na 10 SŽP, z toho 7 v rezorte MPSVR SR a 3 v rezorte MŠ SR.
Certifikačné overovanie bolo vykonané v rámci 20 SŽP priamo na mieste u RO/SORO a PJ. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 38 882 273,60 SKK, čo je 1,21 % z objemu predložených SŽP a 1,94 % z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky sú v rámci celého programu SOP ĽZ za rok 2006 sú výške 892 766,15 SKK, čo je 2,30 % z overovanej vzorky. Na základe overovanej vzorky a zistenej výšky neoprávnených výdavkov je štatistický odhad zahrnutia neoprávnených výdavkov v SŽP v objeme 73 515 238,46 SKK.
Vzhľadom na skutočnosť, že v rámci SOP ĽZ sa realizujú Národné projekty (ďalej len NP) a uskutočnené výdavky za tento typ projektov vstupujú do SŽP vo vysokom objeme, ktorý predstavuje cca 65 % výdavkov uplatnených v SŽP, je vyššie uvedený údaj o overovanej vzorke a neoprávnených výdavkoch skreslený. Z celkovej overovanej vzorky 38 882 273,60 SKK predstavuje overovaná vzorka za NP 30 711 379,10 Sk, t.j. 78,98 % a za dopytovo – orientované projekty (ďalej len DOP) 8 170 894,50 SKK, t.j. 21,02  %.
Z celkovej výšky neoprávnených výdavkov 892 823,15 SKK boli v skupine DOP identifikované neoprávnené výdavky v celkovej sume 882 067,65 SKK, čo je 10,79 % z overovanej vzorky pre DOP. Na MPSVR SR  boli v rámci DOP identifikované neoprávnené výdavky vo výške 415 895,22  SKK, čo predstavuje 1,14  % z celkovej certifikovanej vzorky a na MŠ SR vo výške 476 870,93 SKK, t.j. 18,86 % z celkovej certifikovanej vzorky.
Neoprávnené výdavky v rámci NP boli identifikované iba na MPSVR SR vo výške 10 755,50 SKK čo je 0,03 % z overovanej vzorky na MPSVR SR.
Nakoľko boli neoprávnené výdavky identifikované hlavne v oblasti personálnych a cestovných výdavkov a od 1.6.2006 práve na túto kategóriu výdavkov zaviedli RO/SORO takzvané sumarizačné hárky, MF SR predpokladá zvýšenie rizika chybovosti z dôvodu, že KP/PP nebudú predkladať prvotnú podpornú dokumentáciu a zníži sa úroveň administratívnej kontroly týchto dokladov zároveň pri súčasnom stave nízkej úrovne kontroly na mieste zo strany RO/SORO. Vysoké riziko vidí MF SR aj v skupine NP, kde sa systém predkladania sumarizačných hárkov realizuje od začiatku implementácie týchto projektov, t.j. od februára 2004 a skúsenosti z certifikačných overovaní preukazujú, že kontrola na mieste sa zo strany RO vykonáva formálne.
Počas certifikačných overovaní SŽP na MPSVR SR boli zistené nasledovné závažné nedostatky:
1.	zistené prekrývanie sa výdavkov v oblasti personálnych a cestovných výdavkov u osôb, ktoré sú zapojené do viacerých projektov. Jedná sa o osoby ako manažéri, lektori, účtovníci a pod., pričom podľa pracovných výkazov odpracujú na viacerých projektoch denne od 12–18 hodín. Podľa predložených účtovných dokladov sa nie vždy zdržujú na mieste, ktoré si uvádzajú v dennom pracovnom výkaze, čím potvrdzujú, že pracovné výkazy môžu byť vyplňované nie podľa reálne odpracovaného času, ale podľa plánovaného počtu hodín uvedeného v rozpočte projektov,
2.	certifikačným overovaním boli overované vzájomne iba dva projekty, ktoré dokazujú prekrývanie sa výdavkov. RO nevenoval dostatočnú pozornosť tejto problematike, pretože nedokumentoval ani jedinú kontrolu, ktorá by bola od začiatku implementácie zameraná na problém prekrývania sa výdavkov,
3.	nepomerne vyššie nárokované hodnoty hodinových sadzieb mzdy čerpaných pri prácach vykonaných na projektoch ESF oproti výške hodinovej sadzby vyplácanej pri bežnej činnosti zamestnanca, ktoré koneční prijímatelia / príjemcovia pomoci (ďalej len KP/PP) ani RO nevedeli zdôvodniť upozornil aj audit EK, ktorý prebehol v roku 2006,
4.	interný manuál (ďalej len IM) neobsahuje systémové riešenie procesných postupov KP/PP a RO v prípade, ak výberová komisia zmení ukazovatele projektu, vrátane povinnosti písomného zaznamenania termínu na RO, ako dôkazu o tom, kedy bol prijatý upravený projekt od KP/PP,
5.	všeobecná, nie konkrétna zastupiteľnosť na jednotlivých pozíciách v rámci RO, v dôsledku čoho vzniká nemožnosť výkonu certifikačného overovania pri neprítomnosti zodpovednej osoby,
6.	nedostatočné monitorovanie indikátorov projektu a dodržiavania dopadov a ich sledovanie aj po ukončení projektu zo strany manažérov monitorovania,
7.	nezúčtovávanie zálohových platieb v termíne určenom v Koncepcii systému finančného riadenia ŠF (ďalej len KSFR),
8.	nerealizovanie analýzy rizika v dôsledku chýbajúceho softwaru,
9.	nedostatočné vykonávanie kontroly na mieste a monitorovacích návštev počas fyzickej realizácie aktivít projektu,
10.	nezabezpečenie overovania, či cieľovou skupinou sú skutočne osoby podľa špecifikácie projektu,
11.	personálna a technická nepripravenosť RO vykonávať zvýšený počet kontrol na mieste, vyplývajúceho z opatrení prijatých v súvislosti so zjednodušením finančného riadenia ESF od júna 2006,
12.	formálne vykonávanie kontroly na mieste i administratívnej kontroly – certifikačný orgán zistil nedostatky pri projektoch, ktoré boli overované na mieste,
13.	RO prepláca výdavky neoprávneným osobám, ktoré sa nenachádzajú v personálnych maticiach (personálna matica je súčasťou zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (ďalej len zmluvy o poskytnutí NFP)),
14.	RO a KP/PP si neplnia povinnosti vyplývajúce zo zmluvy o poskytnutí NFP v oblasti dodržiavania pravidiel verejného obstarávania, účtovných dokladov, termínov na predkladanie žiadostí o platbu, atď.,
15.	RO nepredkladá PO pre ŠF a KF správy o výsledkoch vykonaných kontrol RO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia, 
16.	RO neodovzdáva informácie o výsledkoch následných finančných kontrol a vnútorných auditov ako aj zistení z certifikačných overovaní medzi zainteresovanými zamestnancami RO. 

Počas certifikačných overovaní SŽP na MŠ SR boli zistené nasledovné nedostatky:
1.	SORO nedodržiava lehoty na spracovanie žiadosti o platbu, ktoré sú stanovené v KSFR a v IM (lehoty sú približne prekročené aj o 178 dní),
2.	SORO nepredkladá platobnému orgánu pre ŠF správy o výsledkoch vykonaných kontrol SORO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia, 
3.	SORO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii, alebo je k dispozícii v nesprávnej forme elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001,
4.	nedostatočné technické a personálne zabezpečenie vykonávania kontroly na mieste,
5.	absencia relevantného kontrolného postupu, zameraného na prekrývanie výdavkov,
6.	neoverovanie ani nezabezpečenie relevantných informácií (dôkazov), ktoré by preukazovali, že zúčastnené osoby ako cieľové skupiny v projektoch sú oprávnenými osobami,
7.	chýbajúca podporná dokumentácia – nie je možné preukázateľne overiť oprávnenosť výdavkov.

1.2.	CIP EQUAL
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ MPSVR SR predložených na PO pre ŠF a KF 23 SŽP v celkovej výške 249 454 823,26 SKK za všetky zdroje financovania. Len 8 SŽP bolo schválených v predloženom objeme. Jedna SŽP bola neschválená. Zvyšných 14 SŽP bolo schválených v zníženom objeme na základe zistení z certifikačných overovaní priamo na mieste na RO a PJ, kde boli identifikované neoprávnené výdavky, ako aj na základe vykonania predbežnej finančnej kontroly SŽP overovateľom na PO pre ŠF a KF, ktorý identifikoval nesprávne pomery spolufinancovania jednotlivých projektov.
Certifikačné overovanie bolo vykonané priamo na mieste na RO a PJ v rámci 18 SŽP. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 12 015 015,01 SKK, čo je 4,82 % z objemu predložených SŽP a 7,45% z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v 12 SŽP  vo výške 3 381 748,18 SKK, čo je 28,15 % z overovanej vzorky. Na základe overovanej vzorky a zistenej výšky neoprávnených výdavkov je štatistický odhad zahrnutia neoprávnených výdavkov v SŽP v objeme 70 211 597,23 SKK.
Počas certifikačných overovaní SŽP boli zistené nasledovné nedostatky:
1.	RO IS EQUAL nevykonáva adekvátnym spôsobom kontrolu na mieste (za rok 2006 vykonal celkom 39 kontrol na mieste, pričom počet KP vrátane partnerov je cca 450). Vykonané kontroly na mieste sú formálne, vyskytuje sa nesúlad informácií uvedených v monitorovacích správach, v podpornej dokumentácii k účtovným dokladom a v kontrolných listoch.
2.	od 1. júna 2006 je účinný Interný manuál verzia č.8, ktorý zohľadňuje predkladanie sumarizačných hárkov. Jednou z podmienok akceptácie tohto zjednodušenia zo strany MF SR bolo posilnenie výkonu kontroly na mieste, čo sa v skutočnosti neaplikuje. RO IS EQUAL nevykonáva analýzu a hodnotenie rizík projektov, t.j. nezostavuje vzorku na výkon kontroly na mieste.
3.	neadekvátny výkon predbežnej finančnej kontroly žiadostí o platbu – administratívnej kontroly zo strany NPŠ a RO IS EQUAL.
4.	RO nemá vypracovaný systém na sledovanie prekrývania sa výdavkov – prekrývanie výdavkov je dokázateľné na základe preverenej vzorky projektov – týka sa najmä personálnych výdavkov (zistenia rovnakého charakteru ako pri SOP Ľudské zdroje),
5.	RO nepredkladá platobnému orgánu pre ŠF správy o výsledkoch vykonaných kontrol RO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia,
6.	RO nepredkladá interné manuály do 10 pracovných dní od schválenia,
7.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie sú k dispozícii základné povinné údaje k projektom,
8.	RO následne na základe zistení z certifikačných overovaní kontaktuje KP o doloženie chýbajúcej dokumentácie, čo predstavuje nesystémové riešenie.

1.3.	Jednotný programový dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 3
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ MPSVR SR predložených na PO pre ŠF a KF  21 SŽP v celkovej výške 300 483 041,24 SKK za všetky zdroje financovania. Certifikačné overovanie vrátane dodatočnej certifikácie priamo na mieste u RO a PJ bolo vykonané v rámci 6 SŽP. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 16 803 777,55 SKK, čo je 5,59 % z celkového objemu predložených SŽP a 16,27 % z celkovej sumy overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v rámci 2 SŽP vo výške 6 300,59 SKK, čo je 0,04 % z overovanej vzorky.
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ MŠ SR predložených na PO pre ŠF a KF 23 SŽP v celkovej výške 58 067 190,93 SKK za všetky zdroje financovania. Certifikačné overovanie vrátane dodatočnej certifikácie priamo na mieste u SORO a PJ bolo vykonané v rámci 3 SŽP. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 742 204,73 SKK, čo je 1,28 % z celkového objemu  predložených SŽP a 28,92 % z celkovej sumy overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky neboli identifikované.
Spolu bolo predložených za Jednotný programový dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 3 (ďalej len JPD 3) 44 SŽP v celkovej výške 358 550 232,17 SKK. V predloženom objeme bolo schválených 41 SŽP, 3 SŽP boli schválené v zníženom objeme a jednak z dôvodu identifikovania neoprávnených výdavkov ako aj z dôvodu nesprávnych pomerov spolufinancovania jednotlivých projektov. Bolo uskutočnených 7 priebežných certifikačných overovaní a 2 dodatočné certifikácie pred žiadosťou o platbu na EK. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 17 545 982,28 SKK, čo je 4,89 % z celkového objemu  predložených SŽP a 16,58 % z celkovej sumy overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v 2 SŽP vo výške 6 300,59 SKK, čo je 0,04 % z overovanej vzorky. Na základe overovanej vzorky a zistenej výšky neoprávnených výdavkov je štatistický odhad zahrnutia neoprávnených výdavkov v SŽP v objeme 128 751,87 SKK.
Počas certifikačných overovaní SŽP na MPSVR SR boli zistené nasledovné závažné nedostatky:
1.	RO nepredkladá PO pre ŠF interné manuály do 10 pracovných dní od schválenia,
2.	neoprávnené výdavky z titulu chýb pri matematických prepočtoch personálnych výdavkov na základe predložených evidenčných výkazov práce,
3.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V  ITMS nie je k dispozícii, alebo je k dispozícii v nesprávnej forme elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001, položka indikátory, verejné obstarávanie, atď.,
4.	zmluvy o poskytnutí NFP neobsahujú všetky predpísané náležitosti v súlade s aktualizáciou č. 2 usmernenia č. 8/2004/ŠF MF SR,
5.	nepredkladanie monitorovacích správ zo strany KP,
6.	nedodržiavanie termínov zo strany RO na posúdenie žiadostí o platbu, ktoré sú stanovené v KSFR ŠF a v IM z dôvodu poddimenzovaných personálnych kapacít,
7.	RO/SORO vykonáva kontrolu na mieste často iba formálne a neodborne. Správy z kontrol sú nedostatočne vypĺňané, chýba podporná dokumentácia, vo väčšine prípadov nie sú zistené žiadne nedostatky,
8.	RO/SORO vypĺňa kontrolné listy overujúce podpornú dokumentáciu zaslanú konečným príjemcom iba formálne prípadne ich vypĺňa nesprávnymi údajmi,
9.	RO/SORO nemá vypracovaný systém sledovania čerpania finančných prostriedkov na úrovni projektov, čím môže dôjsť k prečerpaniu rozpočtu projektov,
10.	v rámci programu JPD 3 existuje reálna hrozba prekrývania sa výdavkov na úrovni projektov i programov s tými istými KP a ich partnermi (SOP ĽZ a EQUAL).

Počas certifikačných overovaní SŽP na MŠ SR boli zistené nasledovné závažné nedostatky:
1.	RO nepredkladá PO pre ŠF a KF správy o výsledkoch vykonaných kontrol RO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia,
2.	RO nepredkladá PO pre ŠF interné manuály do 10 pracovných dní od schválenia,
3.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V  ITMS nie je k dispozícii, alebo je k dispozícii v nesprávnej forme elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001, položka indikátory, verejné obstarávanie, atď.,
4.	zmluvy o poskytnutí NFP neobsahujú všetky predpísané náležitosti v súlade s aktualizáciou č. 2 usmernenia č. 8/2004/ŠF MF SR,
5.	nepredkladanie monitorovacích správ zo strany KP,
6.	nedodržiavanie termínov zo strany SORO na posúdenie žiadostí o platbu, ktoré sú stanovené v KSFR ŠF a v IM z dôvodu poddimenzovaných personálnych kapacít,
7.	RO/SORO vykonáva kontrolu na mieste často iba formálne a neodborne. Správy z kontrol sú nedostatočne vypĺňané, chýba podporná dokumentácia, vo väčšine prípadov nie sú zistené žiadne nedostatky,
8.	RO/SORO vypĺňa kontrolné listy overujúce podpornú dokumentáciu zaslanú konečným príjemcom iba formálne prípadne ich vypĺňa nesprávnymi údajmi,
9.	RO/SORO nemá vypracovaný systém sledovania čerpania finančných prostriedkov na úrovni projektov, čím môže dôjsť k prečerpaniu rozpočtu projektov,
10.	v rámci programu JPD 3 existuje reálna hrozba prekrývania sa výdavkov na úrovni projektov i programov s tými istými KP a ich partnermi (SOP ĽZ).

1.4.	Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ Ministerstva pôdohospodárstva Slovenskej republiky (ďalej len MP SR) predložených na PO pre ŠF a KF 27 SŽP v celkovej výške 5 027 300 880,41 SKK za všetky zdroje financovania. Všetkých 27 SŽP bolo schválených v predloženom objeme.
Priebežné certifikačné overovanie bolo vykonané v rámci 7 SŽP priamo na mieste u RO/SORO a PJ a boli vykonané 2 dodatočné certifikačné overovania pred žiadosťou o platbu na EK. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 107 559 028,77 SKK, čo je 2,14 % z objemu predložených SŽP a 11,50% z objemu overovaných súhrnných žiadostí o platbu. Neoprávnené výdavky neboli identifikované.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	opakovane nie sú do ITMS zadávané základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001, evidencia o vykonanom verejnom obstarávaní,
2.	zmluvy o poskytnutí NFP neobsahovali všetky predpísané náležitosti v súlade s aktualizáciou č. 2 usmernenia č. 8/2004/ŠF MF SR,
3.	nedodržiavanie lehôt na spracovanie žiadosti o platbu (lehoty sú prekročené aj o 180 dní), ktoré sú stanovené v KSFR ŠF a v IM.

1.5.	Sektorový operačný program Priemysel a služby
Za obdobie 1.1. – 31. 12. 2006 bolo zo strany PJ Ministerstva hospodárstva Slovenskej republiky (ďalej len MH SR) predložených na PO pre ŠF a KF 22 SŽP a všetky boli schválené v celej žiadanej sume. Z celkovej výšky žiadaných finančných prostriedkov 3 430 785 545,75 SKK bola v rámci certifikačného overovania overovaná vzorka 117 086 337,93 SKK, čo je 3,41 % z objemu predložených súhrnných žiadostí o platbu a 8,44 % z objemu overovaných súhrnných žiadostí o platbu. Z 22 predložených súhrnných žiadostí o platbu bolo 8 súhrnných žiadostí o platbu certifikačne overovaných na mieste u RO, resp. SORO a PJ. Pri certifikačnom overovaní neboli identifikované žiadne neoprávnené výdavky.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	SORO nepredkladá PO pre ŠF a KF správy o výsledkoch vykonaných kontrol SORO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia,
2.	SORO nepredkladá PO pre ŠF a KF IM do 10 pracovných dní od schválenia,
3.	SORO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nebola k dispozícii evidencia o vykonanom verejnom obstarávaní, elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES)          č. 438/2001,
4.	na SORO nebola kontrola uskutočnenia verejného obstarávania dostatočne jasná, SORO nemá zavedenú archiváciu dokumentácie o VO od KP/PP. K dispozícii bolo len Potvrdenie súladu procesov verejného obstarávania podpísané manažérom pre kontrolu VO a záznam z kontroly verejného obstarávania, pričom sa dokumentácia vracia KP/PP,
5.	zo strany RO v 3 z 8 overovaných žiadostí nebol dodržaný 30 dňový termín na posudzovanie žiadosti o platbu stanovený v KSFR a v IM,
6.	v rozpore s usmernením RO CSF č. 1/2004 k osnove IM SEA manuál neobsahoval popis zastupiteľnosti jednotlivých pracovných pozícií a nebol aktualizovaný v nadväznosti na aktualizované verzie KSFR ŠF a Postupov pre finančnú kontrolu ŠF a KF,
7.	Opatrenie Technickej pomoci – RO nedostatočne zabezpečovalo kontrolu preukázateľnosti a oprávnenosti schválených výdavkov v rámci projektov (následne žiadosti o platbu), pričom výdavky na tovary a služby majú byť použité výlučne v rámci potrieb štrukturálnych fondov v súlade s pravidlom 11 Nariadenia EK 448/2004,
8.	Opatrenie Technickej pomoci – RO nedostatočne zabezpečovalo sledovanie výdavkov z dôvodu ich neprekrývania sa, v prípade ak sa jednej akcie projektu zúčastňujú viaceré implementačné agentúry (rôzne pomery spolufinancovania),
9.	Opatrenie Technickej pomoci – RO nedostatočne zabezpečovalo kontrolu informovanosti a publicity podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001 v prípade, ak kontrola na mieste nebola uskutočnená.
10.	zmluva o poskytnutí NFP nedostatočne definovala platnosť zmluvy, pričom platnosť zmluvy je potrebné upraviť tak, aby zmluva trvala až do momentu vysporiadania všetkých práv a povinností zmluvných strán vyplývajúcich zo zmluvy,
11.	zmluva nedostatočne definovala zmluvné strany na strane poskytovateľa pomoci, pričom zmluva by mala byť uzatvorená medzi RO (Ministerstvo hospodárstva SR) v zastúpení SORO (SEA, SACR, NADSME, SARIO).

1.6.	Operačný program Základná infraštruktúra
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany jednotlivých PJ predložených na PO pre ŠF a KF spolu 65 SŽP v celkovej výške 6 061 310 166,63 SKK za všetky zdroje financovania, z toho 20 Ministerstvom dopravy pôšt a telekomunikácií Slovenskej republiky (ďalej len MDPT SR), 23 Ministerstvom životného prostredia Slovenskej republiky (ďalej len MŽP) a 22 Ministerstvom výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky (ďalej len MVRR SR). V celom objeme bolo schválených 58 SŽP, z toho 18 MDPT SR, 21 MŹP SR a 19 MVRR SR. V zníženom objeme bolo schválených spolu 6 SŽP, z toho 2 MDPT SR, 1 MŽP SR a 3 MVRR SR. Neschválená  bola spolu 1 SŽP, ktorú predložila PJ MŽP SR.
Z celkovej výšky žiadaných finančných prostriedkov 6 061 310 166,63 SKK bola v rámci certifikačného overovania overovaná vzorka 170 257 694,83 SKK, čo je 2,81 % z objemu predložených SŽP a 29,56 % z objemu overovaných SŽP.
Z 65 predložených SŽP bolo 9 certifikačne overovaných na mieste u RO, resp. SORO a PJ. Neoprávnené výdavky boli identifikované v 1 SŽP (MDPT SR)  vo výške 6 965 343,- SKK, čo je 4,09 % z overovanej vzorky. Na základe overovanej vzorky a zistenej výšky neoprávnených výdavkov je štatistický odhad zahrnutia neoprávnených výdavkov v SŽP v objeme 247 971 784,08 SKK.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	zahrnutie žiadosti o platbu do SŽP a jej predloženie na PO pre ŠF a KF aj napriek nevyriešeným rozporom o oprávnenosti výdavkov medzi RO vykonávajúcim predbežnú finančnú kontrolu a následnou finančnou kontrolou,
2.	nesúlad medzi výkazom výmer (po realizovaní verejného obstarávania) a aktuálnym výkazom výmer, kde v rámci aktuálneho výkazu výmer bola zaradená položka Základná mapa diaľnice vo výške 6 965 343 Sk, ktorá v pôvodnom výkaze nefiguruje. Chýba spätná väzba zo strany SORO, či uvedenú položku akceptuje ako oprávnenú vrátane zhodnotenia dopadu na celkový rozpočet projektu,
3.	nedodržiavanie termínov určených v IM na spracovanie predložených ŽoP od KP/PP zo strany RO/SORO,
4.	SORO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nebola k dispozícii elektronická verzia Zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky a elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001,
5.	RO v rozpore s KSFR nepredložil PO pre ŠF a KF vlastné IM a IM VÚC do 10 pracovných dní od schválenia,
6.	nízka kvalita IM bez možnosti identifikovať jednotlivé procesy na úrovni pracovných pozícií, všeobecné opisné texty bez konkrétneho definovania procesov, zodpovedností a časových limitov, ktoré sa navyše často týkajú činností, ktoré RO nevykonáva, chýbajúci audit trail,
7.	nedostatočná detailnosť zápisnice z výberovej komisie, chýbajúci zápis zo zasadania výberovej komisie,
8.	nesprávne vypočítaný NFP po znížení o neoprávnené položky zo strany RO a zároveň nesúlad výšky schváleného NFP výberovou komisiou a výškou NFP vypočítanou RO, pričom zápisnica zo zasadania VK neuvádzala dôvod zmeny výšky NFP,
9.	RO nepredložil na PO pre ŠF a KF zápisnice z výberových komisií v rámci opatrenia 3.4,
10.	otvorená otázka  k dopracovaniu postupu kontroly neprekrývania sa výdavkov v rámci výkazu výmer a s tým súvisiaci výkon tejto kontroly zo strany SORO,
11.	položky v rámci všeobecných požiadaviek výkazu výmer nedoložené účtovnými dokladmi,
12.	neoverovanie súladu nariadenia Komisie (ES) č. 1159/2000 z 30. mája 2000 o opatreniach pre informovanie a publicitu týkajúcich sa pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré majú vykonať členské štáty.

1.7.	Jednotný programový dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 2
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ MVRR SR predložených na PO pre ŠF a KF 21 SŽP v celkovej výške 685 027 174,45 SKK za všetky zdroje financovania, z toho 2 SŽP boli schválené v zníženom objeme.
Certifikačné overovanie bolo vykonané priamo na mieste na RO a PJ v rámci 8 SŽP. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 41 453 155,72 SKK, čo je 6,05 % z objemu predložených SŽP a 17,99% z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v 1 SŽP vo výške 7 203,- SKK, čo je 0,02 % z overovanej vzorky. Na základe overovanej vzorky a zistenej výšky neoprávnených výdavkov je štatistický odhad zahrnutia neoprávnených výdavkov v SŽP v objeme 119 031,97 SKK.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	opakovane nie sú do ITMS zadávané základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001 a evidencia o vykonanom verejnom obstarávaní,
2.	neoprávnené výdavky z titulu chýb pri matematických prepočtoch pri zostavovaní rozpočtu – v jeho jednotlivých položkách, ktorý je neoddeliteľnou súčasťou zmluvy o poskytnutí NFP a následne nesúlad s výsledkami verejného obstarávania,
3.	nedostatočné vykonávanie predbežnej finančnej kontroly zo strany RO a PJ.

1.8.	CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Maďarsko – Ukrajina
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ MVRR SR predložených na PO pre ŠF a KF 19 SŽP v celkovej výške 89 633 113,29 SKK za všetky zdroje financovania. 17 SŽP bolo schválených v predloženom objeme, 1 SŽP bola schválená v zníženom objeme a 1 SŽP bola zamietnutá.
Certifikačné overovanie bolo vykonané priamo na mieste na RO a PJ v rámci 2 SŽP. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 21 319 009,00 SKK, čo je 23,78 % z objemu predložených SŽP a 95,30% z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky neboli identifikované.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	RO nepredkladá PO pre ŠF a KF správy o výsledkoch vykonaných kontrol RO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia, 
2.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom do ITMS, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii elektronická verzia Zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001.

1.9.	CIP INTERREG IIIA Poľsko – Slovenská republika
Za obdobie 1.1. – 31.12. 2006 bolo zo strany PJ MVRR SR predložených na PO pre ŠF a KF 18 SŽP v celkovej výške 75 774 061,77 SKK za všetky zdroje financovania. 16 SŽP bolo schválených v predloženom objeme a 2 SŽP boli schválené v zníženom objeme.
Certifikačné overovanie bolo vykonané priamo na mieste na RO a PJ v rámci 5 SŽP. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 7 273 742,82 SKK, čo je 9,60 % z objemu predložených  SŽP a 64,0% z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky neboli identifikované.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	RO nepredkladá PO pre ŠF a KF správy o výsledkoch vykonaných kontrol RO, správy o výsledku vnútorného a externého auditu do 5 pracovných dní od ich podpisu a prijaté opatrenia s odpočtami do 10 pracovných dní od ich prijatia, 
2.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001 a základné povinné údaje k projektom (kontakt, partner, VO atď.), 
3.	nekompletné kontrolné listy k žiadostiam o platbu, zle vyplnené Prehlásenia o overení.

1.10.	CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Česká republika
Za obdobie 1.1. – 31.12.2006 bolo zo strany PJ MVRR SR predložených na PO pre ŠF a KF 20 SŽP v celkovej výške 52 212 764,77 SKK za všetky zdroje financovania. Všetkých 20 SŽP bolo schválených v predloženom objeme. 
Certifikačné overovanie bolo vykonané v rámci 4 SŽP priamo na mieste u RO a PJ.  Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 7 459 256,10 SKK, čo je 14,29 % z objemu predložených SŽP a 43,29% z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky neboli identifikované.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	nedodržiavanie postupov vyplývajúcich z IM pri kontrole verejného obstarávania 
2.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky, elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001 a očakávané a merané hodnoty indikátorov,
3.	nedodržiavanie termínov určených v IM a KSFR na spracovanie predložených žiadostí o platbu od KP/PP zo strany RO.

1.11.	CIP INTERREG IIIA Slovenská republika – Rakúsko
Za obdobie 1.1. – 31.12.2006 bolo zo strany PJ MVRR SR predložených na PO pre ŠF a KF 21 SŽP v celkovej výške 112 104 530,09 SKK za všetky zdroje financovania. V predloženom objeme bolo schválených 18 SŽP, 1 SŽP nebola schválená a 2 SŽP boli  schválené v zníženom objeme.
Certifikačné overovanie bolo vykonané v rámci 4 SŽP priamo na mieste u RO a PJ. Overovaná vzorka výdavkov predstavuje sumu 30 935 554,69 SKK, čo je 27,60 % z objemu predložených SŽP a 74,31% z objemu overovaných SŽP. Neoprávnené výdavky boli identifikované v 1 SŽP vo výške 19 992,- SKK, čo je 0,06 % z overovanej vzorky. Na základe overovanej vzorky a zistenej výšky neoprávnených výdavkov je štatistický odhad zahrnutia neoprávnených výdavkov v SŽP v objeme 72 447,18 SKK.
Pri certifikačných overovaniach SŽP boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	do SŽP zahrnuté neoprávnené výdavky v rámci žiadosti o platbu v rozpore s rozpočtom projektu,
2.	nedostatočné vykonávanie predbežnej finančnej kontroly zo strany RO,
3.	neprehľadná administrácia žiadosti o platbu, nesúlad s Vnútorným manuálom procedúr RO, vystavenie prehlásenia o overení k neaktuálnej žiadosti o platbu, neuznanie oprávnených výdavkov zo strany RO,
4.	nedodržiavanie postupov vyplývajúcich z IM pri kontrole verejného obstarávania,
5.	do IM nebol zapracovaný dokument Aktualizácia Postupov pre finančnú kontrolu ŠF a KF ŠF– 2. verzia, čo je v rozpore s usmernením CSF č. 1/2004, neaktuálny audit trail,
6.	RO v rozpore s KSFR nepredložil PO ŠF interné manuály do 10 pracovných dní od schválenia,
7.	RO opakovane nezadáva do ITMS základné povinné údaje k projektom, čo je v rozpore s usmernením RO CSF č. 2-2/2005 z 9.1.2006. V ITMS nie je k dispozícii elektronická verzia zmluvy o poskytnutí NFP a jej dodatky a elektronická verzia správy podľa článku 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001,
8.	neoverovanie súladu nariadenia Komisie (ES) č. 1159/2000 z 30. mája 2000 o opatreniach pre informovanie a publicitu týkajúcich sa pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré majú vykonať členské štáty,
9.	v rozpore s Koncepciou systému finančného riadenia ŠF nezasielanie zápisnice zo sub-riadiaceho výboru pre hodnotenie projektových žiadostí predložených v rámci Fondu mikroprojektov na PO ŠF,
10.	výška schváleného rozpočtu projektu v zmluve o poskytnutí NFP nebola totožná so schválenou výškou rozpočtu projektu uvedenou v zápisnici pre hodnotenie projektových žiadostí.

2.	Zhodnotenie certifikačných overovaní Kohézneho fondu
2.1.	Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Za obdobie od  1.1. – 31.12.2006 bolo vystavených a zaslaných celkom 12 priebežných žiadostí o platbu z EK, z toho 2 za technickú asistenciu. Celková suma predložených žiadostí bola 51 535 475,477 €. Priebežné žiadosti o platbu boli certifikované v plnom rozsahu. Sumy predložené v žiadostiach o platbu na EK boli schválené a prijaté v celom objeme. Neboli zistené žiadne nezrovnalosti.
Pri certifikačných overovaniach boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	v prvom polroku 2006 pretrvávali nedostatky na úrovni riadenia a kontroly KF,
2.	vykonávanie kontroly na mieste projektov železničnej infraštruktúry len v obmedzenom rozsahu a bez adekvátnej písomnej dokumentácie,
3.	výskyt čiastkových problémov týkajúcich sa dôslednej kontroly opodstatnenosti a oprávnenosti výdavkov v súvislosti s dodatkami k zmluvám a zmenovými listami.

2.2.	Ministerstvo životného prostredia SR
Za obdobie od  1.1. – 31.12.2006 bolo vystavených a zaslaných celkom 34 žiadostí o platbu z EK, z toho 1 záverečná (ČOV Trenčín) a 3 za technickú asistenciu. Celková suma predložených žiadostí bola 27 041 677,30€. Žiadosti o platbu boli certifikované v plnom rozsahu. Sumy predložené v žiadostiach o platbu na EK boli schválené a prijaté v celom objeme. Neboli zistené žiadne nezrovnalosti.
Pri certifikačných overovaniach boli identifikované nasledovné zistenia:
1.	pretrvávajúci problém v jednoznačnom definovaní úloh a štruktúry riadiacich a kontrolných systémov. Definovanie SORO naďalej nie je celkom jednoznačné, nakoľko nikde nie je uvedené kto (okrem ministra rezortu) zodpovedá na MŽP SR za činnosť SORO, a to napriek vydaniu nového organizačného poriadku MŽP SR koncom roka 2006.

3.	Závery a odporúčania
SŽP sú predkladané platobnému orgánu pre ŠF z úrovne PJ, takže výdavky v nich zahrnuté prešli dôkladnou administratívnou kontrolou alebo aj kontrolou na mieste na úrovni RO/SORO a predpokladá sa, že budú zahŕňať len oprávnené výdavky. Niektoré rezorty deklarujú dokonca viac stupňov kontrol, kedy nielen RO/SORO, ale aj PJ vykonáva predbežnú finančnú kontrolu na tých istých účtovných dokladoch, napriek tomu sú zo strany PO pre ŠF a KF v predkladaných SŽP zistené neoprávnené výdavky.
Je potrebné pripomenúť, ak sú neoprávnené výdavky zistené na úrovni PO pre ŠF a KF pri certifikačnom overovaní, budú žiadosti o platbu vyradené zo SŽP a nejde o nezrovnalosť  (v prípade priebežných a záverečných žiadostí o platby). Ak už sú neoprávnené výdavky preplatené KP/PP z úrovne PJ (v prípade zálohových platieb a predfinancovania), pôjde už o nezrovnalosť, ktorú je potrebné hlásiť Európskej komisii. Čím je vyššia chybovosť, tým viac sa znižuje celková suma na čerpanie.
Na základe identifikovaných zistení z vykonaných certifikačných overovaní na rôznych stupňoch riadenia RO/SORO/PJ/SOPO v rámci jednotlivých programových dokumentov v priebehu roka 2006 je potrebné zadefinovať nasledovné závery a odporúčania, a to i napriek tomu, že jednotlivé rezorty už niektoré zistenia priebežne odstraňovali:
Štrukturálne fondy:
1.	aktualizovať usmernenia RO CSF č. 2/2005 o zadávaní povinných údajov do ITMS, č. 7/2004 k žiadosti KP/PP o platbu, č. 9/2004 k registrácii a archivácii dokumentov, č. 14/2004 v oblasti verejného obstarávania, č. 16/2004 k postupom kontroly fyzickej realizácie projektov a č. 18/2004 k oprávnenosti výdavkov vrátane vykonávacieho predpisu k technickej pomoci,
2.	dodržiavať vlastné definované postupy uvedené v IM na úrovni RO/SORO a PJ a zabezpečiť dodržiavanie Koncepcie systému finančného riadenia ŠF v súvislosti s predkladaním dokumentov nevyhnutných na certifikáciu výkazu výdavkov na EK,
3.	zamerať sa na posudzovanie regulérnosti celého procesu verejného obstarávania vrátane vypĺňania kontrolných listov, disponovať dostatočnými podkladmi z verejného obstarávania, jednoznačne definovať opatrenia zo strany RO/SORO pri zistení nedostatkov a zamerať sa na včasnú kontrolu publikovania oznámení o súťaži v oficiálnom vestníku EÚ,
4.	zabezpečiť na úrovni RO/SORO/PJ zadávanie povinných údajov do IT monitorovacieho systému v súlade s usmernení RO CSF č. 2-2/2005 o zadávaní povinných údajov do ITMS a zabezpečiť spätné zadanie všetkých povinných údajov o projektoch v realizácii,
5.	vytvárať stabilné kontrolné prostredie, zastabilizovať pracovné tímy na výkon kontroly podľa čl. 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001, zaviesť systém nepretržitého vzdelávania na RO/SORO/PJ, zameraného na praktickú aplikáciu jednotlivých právnych noriem EK a SR v rámci administratívnej kontroly a kontroly na mieste, zlepšiť kvalitu výkonu kontroly na mieste vrátane správ z kontroly na mieste,
6.	zabezpečiť dôsledné vykonávanie kontroly podľa čl. 4 nariadenia Rady (ES) č. 438/2001 na úrovni RO/SORO a vypracovať postupy na kontrolu neprekrývania sa výdavkov na úrovni projektov a programov s tými istými KP/PP a ich partnermi,
7.	zaviesť systém elektronického sledovanie čerpania výdavkov podľa zmluvy o poskytnutí NFP a podľa výkazu výmer, reálne nastaviť rozpočet projektu a preukázateľne kontrolovať jeho plnenie, 
8.	zjednotiť podpornú dokumentáciu na určenie oprávnenosti a uskutočnenia výdavku na úrovni RO/SORO a zaviesť jednotné dokladovanie výdavkov KP/PP,
9.	zlepšiť vzájomnú komunikáciu medzi RO a SORO, najmä v oblastiach týkajúcich sa oprávnených výdavkov, napr. v rámci pravidelných informačných stretnutí,
10.	zaviesť postupy kontrolovania delegovania právomocí z RO na SORO vrátane jej dokladovania v rámci vnútorných manuálov procedúr,
11.	zabezpečiť dodržiavanie termínov stanovených v zmluve o poskytnutí NFP a Koncepcii systému finančného riadenia ŠF v rámci schvaľovania žiadostí o platbu na úrovni RO/SORO/PJ a upraviť relevantné časti vo vnútorných manuáloch tak, aby neprichádzalo k omeškaniu platieb pre KP/PP,
12.	zabezpečiť vydanie usmernenia pre KP/PP na úrovni RO/SORO k vypĺňaniu žiadostí o platbu, dokladovaniu oprávnených výdavkov s cieľom skrátiť dlhý čas spracovania žiadostí o platbu,
13.	zlepšiť kontrolu dodržiavania podmienok zmluvy o poskytnutí NFP a plnenia povinností KP/PP vrátane jej dokladovania (napr. predkladanie monitorovacích správ, dodržiavanie termínov zúčtovania platieb),
14.	dopracovať postupy identifikovania a ohlasovania zistených nezrovnalostí na úrovni RO/SORO a PJ,
15.	prehodnotiť a optimalizovať ľudské zdroje a technickú vybavenosť na všetkých existujúcich aj novovzniknutých orgánoch tak, aby boli zabezpečené všetky funkcie a kontrolné mechanizmy v rámci zdravého finančného riadenia,
16.	zvyšovať operačnú rýchlosť ITMS a zabezpečiť taký systém ukladania a archivovania informácií, ktorý umožní pružné vstupy a selekciu požadovaných informácií  na príslušných úrovniach  riadenia.

Kohézny fond:
1.	zintenzívniť kontrolu na mieste pri projektoch dopravnej infraštruktúry a venovať zvýšenú pozornosť dôsledným kontrolám oprávnenosti a opodstatnenosti výdavkov v súvislosti s dodatkami k zmluvám o dielo a zmenovými listami – MDPT SR,
2.	zadefinovať zodpovednosti a úlohy SORO v súlade s aktualizovanou Koncepciou systému finančného riadenia KF – MŽP SR,
3.	zaviesť systém elektronického sledovania čerpania výdavkov podľa zmluvy s KP a podľa výkazu výmer.