Použitie rezervy na prostriedky Európskej únie a odvody Európskej únii
V štátnom rozpočte sa v súlade s § 10 odsek 1 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov vytvárajú rozpočtové rezervy na krytie nepredvídaných výdavkov, nevyhnutných na zabezpečenie rozpočtového hospodárenia alebo na krytie zníženia rozpočtových príjmov, ktoré vzniknú v priebehu rozpočtového roka.
Súčasťou rozpočtových rezerv podľa § 10 odsek 2 písm. c) je rezerva na prostriedky Európskej únie a odvody Európskej únii, ktorá sa rozpočtuje v kapitole Všeobecná pokladničná správa. O použití prostriedkov tejto rezervy rozhoduje minister financií SR. Pri zostavovaní návrhu rozpočtu verejnej správy navrhuje predpokladanú výšku výdavkov z rezervy na prostriedky EÚ a odvody EÚ sekcia európskych a medzinárodných záležitostí. Podklady za rezervu na odvody do všeobecného rozpočtu EÚ a bankové poplatky, súvisiace s odvodmi do všeobecného rozpočtu EÚ vypracováva sekcia rozpočtovej politiky.
Uvoľnenie prostriedkov rezervy je možné len po písomnom odsúhlasení sekciou európskych a medzinárodných záležitostí s výnimkou uvoľnenia prostriedkov rezervy na odvody do všeobecného rozpočtu EÚ a bankové poplatky, súvisiace s odvodmi do všeobecného rozpočtu EÚ, ktoré schvaľuje sekcia rozpočtovej politiky. V prípade, že bude dodržaný účel použitia rezervy, je možné na základe návrhu sekcie európskych a medzinárodných záležitostí zmeniť, resp. doplniť vnútornú štruktúru danej rezervy.
Na účely tohto materiálu je použitá terminológia programového obdobia 2007 – 2013 (napr. slovné spojenie „certifikačný orgán“ obsahuje aj „platobný orgán“ pre programové obdobie 2004 – 2006 a pod.).
V rámci rezervy na prostriedky EÚ a odvody EÚ sa rozpočtujú prostriedky určené najmä na:
a)	rýchlejšiu realizáciu a väčší počet projektov 
b)	ďalšie výdavky súvisiace s financovaním spoločných programov 
c)	rezervu na odvody do všeobecného rozpočtu EÚ
d)	bankové poplatky súvisiace s odvodmi do všeobecného rozpočtu EÚ
e)	zefektívnenie systému finančného riadenia fondov EÚ a iných finančných nástrojov.
a)	Rýchlejšia realizácia a väčší počet projektov 
Pokrytie rýchlejšej realizácie programov štrukturálnych fondov, Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, programov Európskeho poľnohospodárskeho záručného fondu, Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka, projektov Kohézneho fondu, v prípade schválenia väčšieho počtu projektov, ktorých celková výška presiahne rozpočtované výdavky v príslušnej rozpočtovej kapitole na daný rok a tiež v prípade progresívnej realizácie schválených projektov nad rámec rozpočtovaných zdrojov. Rezerva sa použije rozpočtovým opatrením pre príslušnú rozpočtovú kapitolu za prostriedky spolufinancovania zo štátneho rozpočtu a ako neutrálna rozpočtová operácia zvýšenie rozpočtu príjmov a rozpočtu výdavkov za prostriedky Európskej únie.
b)	Ďalšie výdavky súvisiace s financovaním spoločných programov
Ide o rozpočtové prostriedky (najmä nezrovnalosti, predplácanie kontraktov, kurzové rozdiely, výdavky nad rámec oprávnenosti zo štrukturálnych fondov pre JEREMIE, bankové poplatky a dane z úrokov), ktoré sú uvoľňované na mimorozpočtové účty. 
Finančné opravy národné alebo zo strany Európskej komisie zo štrukturálnych fondov, Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo a z projektov Kohézneho fondu, z titulu individuálnych a/alebo systémových nezrovnalostí sa môžu uskutočniť odpočítaním neoprávnene použitých alebo poskytnutých finančných prostriedkov Európskej únie od nasledovnej žiadosti o platbu na Európsku komisiu. Ak nie je možné odpočítanie neoprávnene použitých alebo poskytnutých finančných prostriedkov Európskej únie od nasledovnej žiadosti o platbu (splatná suma prevyšuje výšku sumy, uvedenej v nasledujúcej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutočňuje certifikačný orgán spätným prevodom, vrátane úrokov z omeškania. 
Ak sa sumy neoprávnene vyplatené prijímateľovi nedajú vymôcť a ak sa zistí, že k strate došlo vinou alebo nedbanlivosťou zo strany Slovenskej republiky, vrátenie stratených súm do všeobecného rozpočtu Európskej únie sa môže uskutočniť odpočítaním sumy finančnej opravy od nasledovnej žiadosti o platbu. Ak splatná suma prevyšuje výšku sumy, uvedenej v nasledujúcej žiadosti o platbu, vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutočňuje certifikačný orgán spätným prevodom, vrátane úrokov z omeškania.
V dôsledku vykonanej finančnej opravy národnej alebo zo strany Európskej komisie zo štrukturálnych fondov, Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo a z projektov Kohézneho fondu, z titulu individuálnych a/alebo systémových nezrovnalostí, Ministerstvo financií SR rozhodne o viazaní rozpočtových prostriedkov v rozpočte kapitoly, ktorú tvorí rozpočet ministerstva ako subjektu, ktorý systémovú nezrovnalosť spôsobil. Viazanie rozpočtových prostriedkov vykoná Ministerstvo financií SR rozpočtovým opatrením v súlade s § 18 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
Použitie rezervy na účely výdavkov z titulu nezrovnalostí sa realizuje platbou na účet pre nezrovnalosti a vrátenie prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu. 
V prípade nedostatočnej likvidity certifikačného orgánu za zdroje Európskej únie pre projekty Kohézneho fondu prvého programového obdobia môže byť dočasný výpadok krytý z rezervy. Prostriedky sú poukazované platbou na účet pre projekty Kohézneho fondu.
Kurzové rozdiely na úrovni certifikačného orgánu, ktoré vznikli z dôvodu používania rozdielnych výmenných kurzov pred 31. 12. 2008, sa vyrovnajú v prospech/na ťarchu vyrovnávacieho účtu pre príslušný štrukturálny fond a Kohézny fond. Sú evidované v informačnom systéme účtovníctva fondov ISUF. Na vyrovnávacie účty sú finančné prostriedky na úhradu kurzových rozdielov poukazované na základe skutočnosti predchádzajúceho obdobia.
Vláda SR uznesením č. 951 zo 17. decembra 2008 schválila návrh na výber alternatívy implementácie holdingového fondu na základe rozpracovaných alternatív implementácie iniciatívy JEREMIE v Slovenskej republike v programovom období 2007 – 2013 a návrh implementačných dokumentov k iniciatíve JEREMIE. 23. decembra 2008 bola podpísaná Rámcová zmluva o implementácii Iniciatívy JEREMIE v SR medzi SR a Európskym investičným fondom. V zmysle ods. 4.10 (b) tejto Rámcovej zmluvy má Slovenská republika vytvoriť rezervu na úhradu nákladov nad rámec oprávnenosti zo štrukturálnych fondov, ktoré vzniknú Európskemu investičnému fondu a Spoločnosti zriadenej na osobitný účel (Special Purpose Vehicle - SPV) v súvislosti s činnosťou holdingového fondu. Rozpočet týchto výdavkov schvaľuje investičná rada na návrh Európskeho investičného fondu. Výdavky sa uvoľňujú platbou na účet.
Bankové poplatky sú hradené za transakcie na mimorozpočtových účtoch pre jednotlivé operačné programy zo štrukturálnych fondov, Európskeho fondu pre rybné hospodárstvo, pre projekty Kohézneho fondu a záručnú sekciu Európskeho poľnohospodárskeho usmerňovacieho a záručného fondu (ďalej len „záručná sekcia EAGGF“), vedených v Štátnej pokladnici. Na vyrovnávacie účty pre príslušný fond sú priebežne poukazované podľa ich odhadovanej výšky. Na vyrovnávacie účty sú priebežne poukazované tiež finančné prostriedky podľa odhadovanej výšky dane z úrokov za účelom pokrytia mesačnej úhrady dane z úrokov.
c)	Rezerva na odvody do všeobecného rozpočtu EÚ
Podľa nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1150/2000, ktoré bolo zmenené a doplnené nariadením Rady (ES, Euratom) č. 2028/2004 musí byť každý členský štát schopný vložiť na účet v mene Európskej komisie pre odvody vlastných zdrojov ES do rozpočtu EÚ zostatky zdroja založeného na DPH a zo zdroja založeného na HND v prvý pracovný deň mesiaca december príslušného roka.
Tieto zostatky vyplývajú z aktualizácie harmonizovaného základu DPH a agregátu HND členských štátov, pri ktorej sa porovnáva suma uskutočnených odvodov počas daného roka so sumou odvodov vypočítanou na základe skutočných hodnôt harmonizovaných základní DPH a agregátov HND členských štátov EÚ. Európska komisia vypočítava tieto rozdiely (zostatky) ročne a včas ich oznámi členským štátom, aby ich mohli vložiť na účet vedený v jej mene v prvý pracovný deň mesiaca december príslušného roka. Konkrétnu upravenú čiastku však možno po dohode členského štátu s Európskou komisiou vložiť na uvedený účet kedykoľvek.
Rezerva zároveň slúži na pokrytie zvýšených nárokov na finančné prostriedky súvisiace s aktualizáciou korekcie Veľkej Británie za predchádzajúce roky a na pokrytie prípadného zvýšenia odvodov členských štátov v súvislosti s úpravami rozpočtu EÚ počas daného rozpočtového roka.
d)	Bankové poplatky súvisiace s odvodmi do všeobecného rozpočtu EÚ
Ide o rozpočtové prostriedky - bankové poplatky, ktoré sa poukazujú na Vyrovnávací účet k účtu Ministerstva financií SR v mene Európskej komisie. 
e)	Zefektívnenie systému finančného riadenia fondov EÚ a iných finančných nástrojov
Prostriedky sa používajú na financovanie aktivít súvisiacich s finančným riadením fondov EÚ a iných finančných nástrojov s cieľom zefektívniť systém finančného riadenia na:
-	úpravy, dobudovanie a zefektívnenie informačných systémov, používaných pri implementácii fondov EÚ a iných finančných nástrojov a prepojenie týchto systémov
-	hardvérové vybavenie
-	audit štruktúr, zapojených do finančného riadenia fondov EÚ
-	iné aktivity, súvisiace s finančným riadením fondov EÚ.