Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov – dodatok
4.8.	Systém informačných a finančných tokov na úrovni Slovenskej republiky

4.8.1 Systém informačných a finančných tokov  pri konečných prijímateľoch z verejnej správy pre ERDF, EAGGF a FIFG
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF, EAGGF a FIFG sa môže realizovať systémom predfinancovania alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.3), v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutého predfinancovania nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém predfinancovania, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých predfinancovaní. 
Systém predfinancovania konečných prijímateľov z verejnej správy sa zaviedol z dôvodu, že tieto subjekty zvyčajne nedisponujú potrebnou hotovosťou, aby boli schopné vopred vykryť výdavky za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu. Predfinancovanie navrhovaným spôsobom umožní konečným prijímateľom disponovať potrebnými finančnými prostriedkami pri uhrádzaní záväzkov dodávateľovi. 
Konečný prijímateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Predfinancovanie je konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe nezaplatených účtovných dokladov predložených konečným prijímateľom.  
Pri využití systému predfinancovania sa vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ERDF uskutočňuje v dvoch etapách - etape predfinancovania a etape refundácie uskutočnených výdavkov. 
Etapa predfinancovania
1.	Konečný prijímateľ v  stanovených termínoch môže predkladať žiadosť o platbu v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, po ich obdržaní od dodávateľa. Ďalší rovnopis originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, že súčasťou výdavkov konečného prijímateľa sú aj hotovostné úhrady, zahrnie tieto výdavky do žiadosti o platbu (predfinancovanie). Spolu so žiadosťou predloží aj overené kópie príslušných účtovných dokladov s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa, ktoré potvrdzujú hotovostnú úhradu (napr. pokladničný blok). V prípade, že konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom /sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom,  platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu.
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci lehoty splatnosti záväzku dodávateľovi uskutoční vecnú kontrolu v súlade s článkom 4 nariadenia 2001/438/ES - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
6.	Po uskutočnení predbežnej kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10b) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky, a najneskôr do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti konečného prijímateľa prevádza prostredníctvom Štátnej pokladnice prostriedky konečnému prijímateľovi z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.  
8.	Konečný prijímateľ je následne povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od pripísania prostriedkov na jeho účte, previesť prostriedky dodávateľovi na úhradu nezaplatených účtovných dokladov. V opačnom prípade znáša penále za omeškanie platby voči dodávateľovi samotný konečný prijímateľ.
9.	Po poskytnutí predfinancovania je konečný prijímateľ povinný celú výšku následne (najneskôr do 15 dní od pripísania týchto prostriedkov na jeho účte) zúčtovať. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá vyplnený formulár na zúčtovanie predfinancovania (žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 5a a 5b). Spolu s formulárom predkladá výpis z účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa) potvrdzujúci skutočné uhradenie účtovných dokladov dodávateľovi. V rámci žiadosti o zúčtovanie predfinancovania konečný prijímateľ uvedie aj výdavky viažuce sa na vyššie uvedené hotovostné úhrady (bod 2.), ktoré boli zahrnuté v žiadosti o platbu (predfinancovanie), pričom nie je povinný opätovne predkladať tie isté overené kópie príslušných účtovných dokladov potvrdzujúce hotovostnú úhradu.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom overí žiadosť o zúčtovanie predfinancovania a výpis z bankového účtu. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť a prehlásenie o overení (príloha 10a) platobnej jednotke v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie predfinancovania. 
11.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie predfinancovania postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z predfinancovania do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu (príloha 11), ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program (príloha 12) v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu. 
12.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a  kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe analýzy rizík. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
13.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
14.	Kroky uvedené v bodoch 1. - 13. sa opakujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom. 
Etapa refundácie
15.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených výdavkov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
16.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
17.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3.,  4. a 5. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku. 
18.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bode 7. a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží platobnému orgánu. 
19.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 12. 
20.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 13.
21.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi.
Poskytnutie každého predfinancovania si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov z každého predfinancovania konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom.
Presun prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme predfinancovania zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o predfinancovanie. Pri refundácii záverečných minimálne 5 % platobná jednotka presúva prostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu, zaradenej do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenej platobným orgánom. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Schéma obehu informačných a finančných tokov podľa jednotlivých programov je uvedená v prílohe 13.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.2 Systém informačných a finančných tokov pri konečných prijímateľoch z verejnej správy pre ESF a mimovládnych organizácií pri projektoch CIP EQUAL
Vyplácanie konečného prijímateľa z verejnej správy pri projektoch financovaných z ESF a mimovládnych organizácií pri projektoch CIP EQUAL sa môže realizovať systémom zálohových platieb alebo systémom refundácie, ako to platí pre súkromný sektor (časť 4.8.3), v súlade s rozhodnutím konečného prijímateľa. Konečný prijímateľ môže kombinovať uvedené systémy v závislosti od rozhodnutia riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom stanoveného v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Jednotlivé žiadosti o platbu môže konečný prijímateľ predkladať len na jeden z uvedených systémov, t. z., že výdavky realizované z poskytnutých zálohových platieb nemôže konečný prijímateľ kombinovať spolu s výdavkami uplatňovanými systémom refundácie v  jednej žiadosti o platbu. V takom prípade konečný prijímateľ predkladá samostatne žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a samostatne žiadosť o priebežnú platbu (refundácia). V prípade zmeny právnej subjektivity konečného prijímateľa na typ, ktorý v zmysle časti 4.5.3 nie je oprávnený ďalej využívať systém zálohových platieb, konečnému prijímateľovi nie sú poskytované žiadne platby až do zúčtovania poskytnutých zálohových platieb. 
Konečný prijímateľ – štátna rozpočtová organizácia realizujúci národný projekt môže tieto prostriedky poskytovať konečným užívateľom na základe zmluvy v súlade s § 20, ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Konečný prijímateľ a konečný užívateľ môže poskytovať preddavky za podmienok uvedených v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Zálohové platby sú konečnému prijímateľovi poskytované do výšky 40 % z relevantnej časti  rozpočtu projektu na základe postupov riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom zapracovaných v relevantných dokumentoch (vnútorný manuál a iné). V prípade kombinácie systému refundácie a systému zálohových platieb sa výška prvej zálohovej platby vypočíta na rovnakom základe, ako by sa vypočítala zálohová platba pri začatí realizácie projektu, t. j. do výšky 40 % z relevantnej časti rozpočtu projektu, pri zohľadnení podmienok záverečnej platby na projekt (viď bod 16. tejto časti).
Zálohové platby sú konečnému prijímateľovi poskytované pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na základe prehlásenia o začatí realizácie projektu, resp. na základe zúčtovania poskytnutej zálohy. 
Pri využití systému zálohových platieb sa vyplácanie konečného prijímateľa uskutočňuje v dvoch etapách - etape poskytovania zálohovej platby a etape refundácie. 
Etapa poskytovania zálohovej platby
1.	Konečný prijímateľ po začatí realizácie projektu predkladá žiadosť o platbu (zálohovú platbu) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom v zmysle zmluvných podmienok, a to maximálne do výšky 40 % z prvých 12 mesiacov realizácie rozpočtu projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie. Výška maximálnej zálohovej platby sa odvíja od nasledovného:
-	v prípade, ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu nepresahuje  12 mesiacov, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu projektu zodpovedajúcemu podielu ES a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade ak plánovaná dĺžka realizáciu projektu presahuje 12 mesiacov a projekt začína v mesiaci január kalendárneho roka, výška zálohovej platby predstavuje maximálne 40 % z rozpočtu prvého roka projektu zodpovedajúcemu  podielu ES a ŠR na spolufinancovanie;
-	v prípade projektov, ktorých realizácia začína v priebehu kalendárneho roka okrem mesiaca január, maximálna výška  zálohovej platby sa vypočíta na základe nasledujúceho vzorca:
maximálna výška poskytnutej zálohovej platby				prvý ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a ŠR na spolufinancovanie			počet mesiacov realizácie projektu v prvom kalendárnom roku			nasledujúci ročný rozpočet projektu z prostriedkov zodpovedajúcich podielu ES a ŠR na spolufinancovanie		
	=	0,4 x	[		+ 	(12-		)x1/n 	x		]	
												
n = počet mesiacov realizácie projektu v nasledovnom roku 
2.	Konečný prijímateľ predkladá spolu so žiadosťou o platbu (príloha 3a) aj prehlásenie o začatí realizácie projektu v zmysle zmluvných podmienok. 
3.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa o platbu v ITMS.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v rámci vecnej kontroly overí opodstatnenosť a reálnosť požiadavky konečného prijímateľa. 
6.	Po uskutočnení predbežnej kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10b) na platobnú jednotku v termíne do 10 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu.
7.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky, a najneskôr do 10 pracovných dní od prijatia žiadosti konečného prijímateľa prevádza prostredníctvom Štátnej pokladnice prostriedky konečnému prijímateľovi z rozpočtovaných výdavkov (z výdavkového účtu) pomerne za zdroje EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie.
8.	Konečný prijímateľ po poskytnutí zálohovej platby je povinný túto zálohovú platbu priebežne minimálne v dvojmesačnom intervale zúčtovávať, pričom najneskôr do 6 mesiacov je povinný zúčtovať minimálne 50 % z poskytnutej zálohovej platby. V prípade nezúčtovania tejto čiastky alebo jej časti je konečný prijímateľ povinný bezodkladne, najneskôr do 5 pracovných dní od ukončenia uvedeného obdobia 6 mesiacov, vrátiť platobnej jednotke sumu nezúčtovaného rozdielu. V takom prípade sa o túto čiastku zároveň znižuje výška nenávratného finančného príspevku.
Konečný prijímateľ v rámci zúčtovania zálohovej platby na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy (žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby a pokyny na jej vyplnenie - prílohy 6a a 6b) uvedie čerpanie podľa rozpočtovej klasifikácie. V prípade, že za príslušné obdobie konečný prijímateľ nečerpal žiadne prostriedky z poskytnutej zálohovej platby, riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom predkladá  žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby s uvedením nulového čerpania. Riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom spolu s formulárom predkladá aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty. Ďalší rovnopis  originálu účtovného dokladu si ponecháva konečný prijímateľ. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ predkladá overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa. V prípade, že konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom, platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu. Konečný prijímateľ rovnako predkladá výpis z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa) potvrdzujúci uhradenie účtovných dokladov. 
9.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 3. a 4.
10.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční vecnú kontrolu v súlade s článkom 4 nariadenia 2001/438/ES - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či zúčtovaná čiastka zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb. V prípade odsúhlasenia postupuje túto žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby.
11.	Platobná jednotka vo vzťahu k žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby postupuje obdobne ako v bode 6. V prípade súhlasu zahrnie čiastku zúčtovaných výdavkov z poskytnutej zálohovej platby do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu. 
12.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa na základe analýzy rizík. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
13.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
14.	Konečný prijímateľ je po vyčerpaní a zúčtovaní minimálne 40 % zálohovej platby oprávnený požiadať o ďalšiu zálohovú platbu vo výške zodpovedajúcej zúčtovaným prostriedkom z prvej zálohovej platby. 
15.	Každá nasledovná zálohová platba sa realizuje obdobným spôsobom v zmysle bodu 8., t.  z. že konečný prijímateľ je povinný priebežne, minimálne v  dvojmesačnom intervale zúčtovávať poskytnuté prostriedky na predpísanom formulári na zúčtovanie zálohy. 
16.	Zálohové platby sa týmto spôsobom poskytujú až do momentu dosiahnutia maximálne 95 % oprávnených výdavkov na projekt s výnimkou prípadov, keď bola suma znížená zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom.
Etapa refundácie
17.	Po vyčerpaní maximálne 95 % celkových oprávnených nákladov na projekt je konečný prijímateľ povinný zostávajúcich minimálne 5 % z celkových oprávnených nákladov na projekt, aj za podiel prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu, uhradiť najskôr z vlastných zdrojov. Až po preukázaní tejto úhrady a ukončení projektu je konečný prijímateľ oprávnený požiadať o záverečnú platbu zostatku zo zdrojov EÚ a štátneho rozpočtu. 
18.	Konečný prijímateľ predkladá žiadosť o záverečnú platbu spolu s účtovnými dokladmi vrátane výpisu z bankového účtu riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
19.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vo vzťahu k žiadosti o záverečnú platbu postupuje obdobne ako v bodoch 3., 4. a 10. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou na platobnú jednotku v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa o platbu. 
20.	Platobná jednotka vykoná predbežnú finančnú kontrolu do 10 pracovných dní a v prípade súhlasu zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov predloží platobnému orgánu. 
21.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 11. 
22.	Platobný orgán postupuje obdobne ako v bode 12.
23.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod zostatku prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi. 
Poskytnutie zálohovej platby si nevyžaduje súhlas platobného orgánu. Platobný orgán prevádza prostriedky EÚ na platobnú jednotku na základe skutočne čerpaných (zúčtovaných) prostriedkov zo zálohových platieb konečným prijímateľom, zaradených platobnou jednotkou do súhrnnej žiadosti o platbu a schválených platobným orgánom. 
Zálohovú platbu možno zúčtovať predložením viacerých žiadostí o zúčtovanie zálohovej platby, avšak jedna žiadosť o zúčtovanie zálohovej platby sa nesmie viazať na poskytnutie viacerých zálohových platieb. Nezúčtovaný zostatok zálohovej platby je automaticky priradený k nasledovnej zálohovej platbe v momente jej poskytnutia konečnému prijímateľovi.
Presun prostriedkov pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie realizuje platobná jednotka pri systéme zálohových platieb zabezpečením úpravy limitov výdavkov rozpočtu konečného prijímateľa rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o zálohovú platbu. Pri refundácii záverečných minimálne 5 % platobná jednotka presúva prostriedky na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením na základe žiadosti o záverečnú platbu, zaradenej do súhrnnej žiadosti o platbu a schválenej platobným orgánom. 
Zálohové platby konečnému prijímateľovi - štátnej rozpočtovej organizácii poskytuje platobná jednotka z podpoložky ekonomickej klasifikácie 637 033. Po schválení žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby platobná jednotka prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov upraví evidenciu k poskytnutej zálohovej platbe alebo jej časti v súlade s podpoložkami rozpočtovej klasifikácie uvedenými v žiadosti o zúčtovanie zálohovej platby, ktoré zodpovedajú reálnemu čerpaniu zálohovej platby alebo jej časti. 
Ostatným oprávneným konečným prijímateľom poskytuje platobná jednotka zálohové platby na transferovej podpoložke ekonomickej klasifikácie, na ktorej sa zálohová platba konečným prijímateľom aj zúčtuje. 
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa.
Schéma obehu informačných a finančných tokov podľa jednotlivých programov je uvedená v prílohe 13.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa o platbu, originál prehlásenia o začatí realizácie projektu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.

4.8.3 Systém informačných a finančných tokov  pri konečných prijímateľoch a príjemcoch pomoci zo súkromného sektora pre všetky štrukturálne fondy
Pri systéme refundácie sa prostriedky EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie preplácajú v pomere stanovenom na projekt na základe skutočne vynaložených výdavkov zo strany konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, t. z. že konečný prijímateľ/príjemca pomoci je povinný realizovať výdavky najskôr z vlastných zdrojov a tie mu budú pri jednotlivých platbách refundované v pomernej výške. Každá platba konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie je realizovaná len do výšky súčtu pomeru EÚ + štátny rozpočet schváleného na projekt. 
V prípade, že konečný prijímateľ/príjemca pomoci poskytuje preddavky dodávateľovi, ktoré sú mu priebežne refundované platobnou jednotkou, riadi sa podmienkami uvedenými v § 19, ods. 8 - 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy.
Pri predkladaní žiadosti o platbu (refundáciu) postupuje konečný prijímateľ/príjemca pomoci rovnako pri všetkých programoch. 
1.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci uhradí výdavky dodávateľovi z vlastných zdrojov.
2.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá žiadosť o platbu (príloha 3a, resp. 4a) v SKK riadiacemu orgánu/sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom. 
3.	Konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá spolu so žiadosťou o platbu aj účtovné doklady – minimálne jeden rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, a výpis z bankového účtu (originál alebo overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa), ktorý potvrdzuje uhradenie výdavkov deklarovaných v žiadosti o platbu. Ďalší rovnopis originálu faktúry, príp. dokladu rovnocennej dôkaznej hodnoty, si ponecháva konečný prijímateľ/príjemca pomoci. V prípade, že povaha tohto dokladu neumožňuje vyhotoviť viac rovnopisov originálov (napr. pokladničný blok), konečný prijímateľ/príjemca pomoci predkladá ním overenú kópiu s pečiatkou a podpisom štatutára konečného prijímateľa/príjemcu pomoci. V prípade, že konečný prijímateľ je zároveň riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom platobnou jednotkou, platobným orgánom, resp. iným orgánom, zodpovedným za riadenie, kontrolu a implementáciu štrukturálnych fondov, štatutára v takom prípade môže zastúpiť zodpovedný pracovník príslušného subjektu.
4.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do 3 pracovných dní odo dňa prijatia písomnej verzie žiadosti o platbu, zaregistruje žiadosť konečného prijímateľa o platbu v ITMS.
5.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vykoná kontrolu fyzickej realizácie projektu ako súčasť predbežnej finančnej kontroly, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a v prípade potreby kontrolu na mieste. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia žiadosti. V prípade formálnych nedostatkov vyzve konečného prijímateľa/príjemcu pomoci, aby v stanovenom čase doplnil svoju žiadosť. V prípade závažných nedostatkov, alebo nedoplnenia požadovaných údajov v stanovenom čase, žiadosť zamietne. 
6.	Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uskutoční vecnú kontrolu v súlade s článkom 4 nariadenia 2001/438/ES - overuje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov. Overuje, či požadovaná suma v žiadosti o platbu zodpovedá údajom uvedeným v priložených dokladoch a či táto čiastka zodpovedá finančným tabuľkám v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Pri kontrole matematickej správnosti sa kontroluje správnosť údajov o dodaných tovaroch, službách a prácach vo vzťahu k množstvu alebo objemu a jednotkovej cene, súčet jednotlivých položiek uvedených  na predloženej faktúre alebo inom relevantnom účtovnom doklade. Overuje súlad so slovenskou legislatívou a legislatívou ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom v prípade potreby vykoná kontrolu na mieste, ktorej cieľom je najmä overenie skutočnej dodávky tovarov, prác alebo služieb.
7.	Po uskutočnení predbežnej kontroly riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom do stanovenej lehoty schváli alebo neschváli žiadosť konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. V prípade schválenia riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom predloží túto žiadosť spolu s prehlásením o overení (príloha 10a) príp. inými dokladmi v závislosti od dohody s platobnou jednotkou platobnej jednotke v termíne do 30 pracovných dní od zaregistrovania úplnej žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu.
8.	Platobná jednotka po odsúhlasení žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu zo strany riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom vykoná do 10 pracovných dní predbežnú finančnú kontrolu, ktorá zahrnuje kontrolu dokladov predložených od riadiaceho orgánu/sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom - prehlásenia o overení a žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. Platobná jednotka vykoná formálnu kontrolu pravdivosti, kompletnosti a správnosti vyplnenia údajov v prehlásení o overení a žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu. Platobná jednotka rovnako overí súlad deklarovanej sumy so schváleným rozpočtom platobnej jednotky. V prípade schválenia žiadosti konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu platobní jednotka zahrnie schválenú čiastku do nasledovnej súhrnnej žiadosti o platbu, ktorú spolu s čiastkovým výkazom výdavkov za program v intervale dvakrát do mesiaca podľa termínov stanovených v Dohode o spolupráci medzi platobným orgánom a platobnými jednotkami predkladá platobnému orgánu.
9.	Platobný orgán vykoná predbežnú finančnú kontrolu na svojej úrovni, ktorá zahrnuje administratívnu kontrolu a kontrolu na jednotlivých úrovniach riadenia vrátane konečného prijímateľa. Administratívna kontrola pozostáva z formálnej a vecnej kontroly žiadosti o platbu. V rámci formálnej kontroly overí pravdivosť, kompletnosť a správnosť vyplnenia súhrnnej žiadosti o platbu. Rovnako overuje súhrnnú žiadosť z hľadiska rozpočtových limitov podľa priorít a opatrení na základe čiastkového výkazu výdavkov predloženého od platobnej jednotky. Platobný orgán súhrnnú žiadosť o platbu schváli, neschváli, pozastaví (do času odstránenia identifikovaných nedostatkov) alebo ju zníži o relevantnú sumu v termíne do 10 pracovných dní od termínu určeného na predkladanie súhrnnej žiadosti o platbu platobnému orgánu. 
10.	Platobný orgán ihneď po schválení súhrnnej žiadosti o platbu informuje platobnú jednotku a v závislosti od zostatku na osobitnom účte prevádza prostriedky EÚ prostredníctvom Štátnej pokladnice na príslušný príjmový účet platobnej jednotky zriadený v Štátnej pokladnici.
11.	Platobná jednotka je oprávnená ihneď, najneskôr do 5 pracovných dní po obdržaní informácie o schválení súhrnnej žiadosti o platbu, realizovať prostredníctvom Štátnej pokladnice prevod prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci. 
Pre konečných prijímateľov - štátne rozpočtové organizácie pri využití systému refundácie, platobná jednotka realizuje presun prostriedkov na konečného prijímateľa zabezpečením úpravy limitov výdavkov jeho rozpočtu rozpočtovým opatrením.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom má právo pred akoukoľvek platbou vykonať kontrolu fyzického súladu projektu na mieste. Táto kontrola môže byť vykonávaná aj za výdavky, ktoré boli konečnému prijímateľovi/príjemcovi pomoci schválené a uhradené platobnou jednotkou. Kontrola je zameraná na dodržiavanie podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Preto je konečný prijímateľ/príjemca pomoci povinný umožniť výkon kontroly na mieste. Z kontroly na mieste riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom vypracuje správu o kontrole na mieste, ktorú potvrdí podpisom poverený zástupca konečného prijímateľa/príjemcu pomoci.
Schéma obehu informačných a finančných tokov podľa jednotlivých programov je uvedená v prílohe 13.
Riadiaci orgán/sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom archivuje originály žiadostí konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, výpisy z účtov, jeden rovnopis originálu účtovných dokladov a kópie účtovných dokladov overené konečným prijímateľom/príjemcom pomoci, pri ktorých nie je možné vyhotoviť viac rovnopisov.  
Platobná jednotka archivuje originál prehlásenia o overení, kópie žiadostí konečného prijímateľa/príjemcu pomoci o platbu, príp. iné doklady v závislosti od dohody s riadiacim orgánom/sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.