Systém finančného riadenia štrukturálnych fondov, Kohézneho fondu a Európskeho námorného a rybárskeho fondu na programové obdobie 2014 – 2020, verzia 2.1
1.	Kapitola 1 Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky, Nariadenia upravujúce rozpočet EÚ, nahrádza sa nariadenie (EÚ, Euratom) č. 966/2012 nasledovne: nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie, o zmene nariadení (EÚ) č. 1296/2013, (EÚ) č. 1301/2013, (EÚ) č. 1303/2013, (EÚ) č. 1304/2013, (EÚ) č. 1309/2013, (EÚ) č. 1316/2013, (EÚ) č. 223/2014, (EÚ) č. 283/2014 a rozhodnutia č. 541/2014/EÚ a zrušení nariadenia (EÚ, Euratom) č. 966/2012 v platnom znení.
2.	Kapitola 1 Legislatíva Európskej únie a Slovenskej republiky, Nariadenia upravujúce rozpočet EÚ, odstraňuje sa delegované nariadenie Komisie (EÚ) č. 1268/2012 o pravidlách uplatňovania nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie.
3.	Kapitola 2 Základné definície a pojmy, definícia 44 „Oprávnené výdavky“, upravuje sa odkaz na čl. 67 a 68 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013 nasledovne: „...v zmysle čl. 67 ods. 1 písm. b) až e), čl. 68, 68a, 68b...“.
4.	Kapitola 2 Základné definície a pojmy, definícia 58 „Prijímateľ“, upravuje sa začiatok definície nasledovne: „súkromná alebo verejná právnická osoba alebo fyzická osoba, zodpovedná za začatie...“.
5.	Kapitola 2 Základné definície a pojmy, definícia 88 „Účty“, nahrádza sa odkaz na nariadenie o rozpočtových pravidlách nasledovne: „v súlade s čl. 63 ods. 5 písm. a) a s čl. 63 ods. 6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046“.
6.	Kapitola 2 Základné definície a pojmy, definícia 103 „Zúčtovanie predfinancovania“, upravuje sa nasledovný odkaz: „podľa čl. 67 ods. 1 písm. b) až e) nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013“.
7.	Kapitola 2 Základné definície a pojmy, definícia 104 „Zúčtovanie zálohovej platby“, nahrádza sa odkaz na kapitolu „6.2.6“ odkazom na kapitolu „6.2.5“ a zároveň je upravený nasledovný odkaz: „podľa čl. 67 ods. 1 písm. b) až e) nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013“.
8.	Kapitola 3.2 Riadiace orgány, dopĺňa sa bod 30 s nasledovným textom:
30. pravidelné monitorovanie stavu predmetného prebiehajúceho skúmania na úrovni projektu a bezodkladné predloženie informácie o začatí a o zmene stavu predmetného šetrenia, vyšetrovania alebo kontroly certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu co_certifikacia@mfsr.sk a orgánu auditu elektronicky na e-mailovú adresu oa_ucty@mfsr.sk; 
9.	Kapitola 3.2 Riadiace orgány, upravuje sa číslovanie jednotlivých bodov od bodu 30.
10.	Kapitola 3.2 Riadiace orgány, upravuje sa podnadpis týkajúci sa zostavovania účtov nasledovne: „Vo vzťahu k zostavovaniu účtov v zmysle čl. 63 ods. 5 písm. a) a čl. 63 ods.6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046“.
11.	Kapitola 3.3 Certifikačný orgán, upravuje sa podnadpis týkajúci sa zostavovania účtov nasledovne: „Vo vzťahu k zostavovaniu účtov v zmysle čl. 63 ods. 5 písm. a) a čl. 63 ods.6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046“.
12.	Kapitola 3.6 Orgán auditu, bod 5, upravuje sa odkaz na nariadenie o rozpočtových pravidlách nasledovne: „...v zmysle čl. 63 ods. 5 písm. a) a čl. 63 ods.6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046...“.
13.	Kapitola 4.4.2.3 Priebežné platby z Európskej komisie, piaty odsek, upravuje sa odkaz na čl. 67 a 68 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013 nasledovne: „...v zmysle čl. 67 ods. 1 písm. b) až e), čl. 68, 68a, 68b...“.
14.	Kapitola 4.4.3 Účty, písmeno a), b), c), upravuje sa odkaz na nariadenie o rozpočtových pravidlách nasledovne: „...v zmysle čl. 63 ods. 5 písm. a) a čl. 63 ods.6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046...“.
15.	Kapitola 4.5.7.1 sa mení nasledovne: 
4.5.7.1 Pravidlá pri preplácaní výdavkov projektov prijímateľa, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania
K začatiu skúmania môže dôjsť pred schválením výdavkov prijímateľa alebo po schválení výdavkov riadiacim orgánom / iným subjektom na národnej úrovni v minulosti (v minulosti schválené výdavky). Ide najmä o výdavky, ktoré boli schválené riadiacim orgánom, certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu / mimoriadnej súhrnnej žiadosti o platbu, v žiadosti o platbu na Európsku komisiu, resp. v Účtoch. Výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, sa môžu týkať buď celkových výdavkov projektu, alebo len časti jeho výdavkov (napr. jedna / viac zákaziek projektu, jedna položka rozpočtu projektu, časť výdavku v dôsledku aplikovania finančnej opravy a pod.). 
V prípade pochybnosti o zákonnosti, oprávnenosti a správnosti výdavkov deklarovaných prijímateľom má riadiaci orgán, certifikačný orgán, orgán auditu, či iný orgán SR a EÚ možnosť pristúpiť k postúpeniu skúmania relevantnému subjektu vykonávajúcemu kontrolu / overovanie / audit / vyšetrovanie / konanie na národnej úrovni v danej veci podľa osobitných predpisov.
Začiatok prebiehajúceho skúmania možno určiť podľa subjektov, ktoré vykonávajú kontrolu / overovanie / audit / vyšetrovanie / konanie a podľa toho, kto podal podnet. Na základe uvedeného je možné pre potreby určenia začiatku prebiehajúceho skúmania rozdeliť subjekty nasledovne: 
a)	riadiaci orgán / certifikačný orgán / orgán auditu
V prípade kontroly / overovania / auditu vykonávaných týmito subjektami prebiehajúce skúmanie začne dátumom doručenia návrhu správy / návrhu zistenia alebo v prípade orgánu auditu dátumom zaslania podnetu, ak zistenie nie je uvedené v návrhu správy. Bez ohľadu na prípadné následné podanie podnetu na niektorý zo subjektov uvedených v písm. b) (NAKA, ÚVO, PMÚ, OLAF), prebiehajúce skúmanie vždy začne už doručením návrhu správy alebo návrhu zistenia týmito subjektami. Prebiehajúce skúmanie zároveň v týchto prípadoch nekončí vyjadrením subjektu, ktorému bol podnet podaný -  t. j. NAKA, ÚVO, PMÚ, OLAF, ale až následným stanoviskom / výsledkom kontroly / výsledkom auditu subjektu, ktorý zistenie identifikoval, tzn. riadiaceho orgánu / certifikačného orgánu alebo orgánu auditu.
b)	NAKA, ÚVO, PMÚ, OLAF
•	Ak bol na NAKA, ÚVO, OLAF, PMÚ podaný podnet subjektami podľa písm. a), tzn. riadiacim orgánom / certifikačným orgánom / orgánom auditu, začiatok prebiehajúceho skúmania je určený vyššie v zmysle písm. a). 
•	Ak podal podnet iný subjekt ako riadiaci orgán / certifikačný orgán / orgán auditu, začiatok prebiehajúceho skúmania sa podľa subjektov vykonávajúcich skúmanie odvodzuje najneskôr od nasledovných úkonov:
o	NAKA, resp. OčTK – vydanie uznesenia o vznesení obvinenia; riadiaci orgán je povinný priebežne sledovať a informovať sa o vyšetrovaní už od prvej informácie o začatí trestného stíhania, resp. vyšetrovania;
o	ÚVO – vydanie rozhodnutia (resp. protokolu), ktoré konštatuje porušenie pravidiel a postupov verejného obstarávania, ktoré mali alebo mohli mať vplyv na výsledok verejného obstarávania;
o	PMÚ – vydanie rozhodnutia, ktoré konštatuje porušenie pravidiel hospodárskej súťaže;
o	OLAF – doručenie záverečnej správy OLAF / listu EK so závermi vyšetrovania OLAF.
Riadiaci orgán posúdi vplyv vyššie uvedených stanovísk na realizované projekty / výdavky najneskôr v lehote 10 pracovných dní od prijatia vyššie uvedených informácií, vrátane vykonania finančnej kontroly v zmysle Systému riadenia EŠIF.V týchto prípadoch je začiatkom prebiehajúceho skúmania návrh zistení z finančnej kontroly vykonávanej riadiacim orgánom.
V prípade, ak sa riadiaci orgán dozvie informáciu o začatí trestného stíhania, resp. začatia kontroly / vyšetrovania ÚVO, PMÚ, OLAF, je povinný (ešte pred ukončením danej kontroly, resp. pred vznesením obvinenia) najneskôr do 10 pracovných dní informovať sa o okolnostiach a dôvodoch tohto konania a uvedené dostatočným spôsobom zaznamenať v projektovom spise. V závislosti od posúdenia závažnosti prípadu vykoná finančnú kontrolu v zmysle Systému riadenia EŠIF. Ak výsledkom finančnej kontroly je návrh zistení s odôvodnenou pochybnosťou o zákonnosti, oprávnenosti alebo správnosti výdavkov, riadiaci orgán určí skorší začiatok prebiehajúceho skúmania aj bez vyššie uvedených rozhodnutí, resp. zistení NAKA, ÚVO, PMÚ, OLAF. V týchto prípadoch je začiatkom prebiehajúceho skúmania návrh zistení z finančnej kontroly vykonávanej riadiacim orgánom.
Prebiehajúce skúmanie je ukončené následným stanoviskom riadiaceho orgánu, teda ukončením finančnej kontroly. 
c)	EK, EDA
Prebiehajúce skúmanie začína doručením návrhu správy z auditu, ktorej súčasťou je zistenie. Môže začať aj skôr na základe informácii získaných počas výkonu auditu, na základe ktorých riadiaci orgán v relevantných prípadoch vykoná finančnú kontrolu v zmysle Systému riadenia EŠIF. Prebiehajúce skúmanie je ukončené stanoviskom EK / EDA v správe z auditu.
Financovanie projektu počas prebiehajúceho skúmania je na posúdení riadiaceho orgánu. Na základe posúdenia závažnosti prípadu a opodstatnenosti a reálnosti požiadavky prijímateľa za účelom ďalšieho financovania projektov riadiaci orgán môže využiť formy financovania upravené v kapitole 6.1 a 6.2 (systém predfinancovania / zálohových platieb) alebo finančné zdroje kapitoly riadiaceho orgánu. Uvedené posúdenie je riadiaci orgán povinný dostatočným spôsobom zaznamenať v projektovom spise. V individuálnych prípadoch, ak nie je prípustná ani jedna z vyššie uvádzaných možností financovania projektu a zároveň existujú dostatočné argumenty, ktoré odstraňujú pochybnosť o zákonnosti, oprávnenosti a správnosti výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, resp. riadiaci orgán preukáže splnenie nápravných opatrení (napr. uplatnenie finančnej opravy), môže certifikačný orgán posúdiť argumenty riadiaceho orgánu, zaznamenať posúdenie a môže pristúpiť k schváleniu výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania v rámci súhrnných žiadostí o platbu / mimoriadnych súhrnných žiadostí o platbu. Uvedené sa nevzťahuje na prebiehajúce skúmanie, ktorého predmetom je podozrenie zo spáchania trestného činu, možné porušenie pravidiel hospodárskej súťaže, možný konflikt záujmov alebo podozrenie z iných závažných dôvodov prebiehajúceho skúmania.
Vo všeobecnosti platí, že riadiaci orgán zabezpečí, aby výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, neboli zahrnuté do súhrnnej žiadosti o platbu / mimoriadnej súhrnnej žiadosti o platbu do momentu potvrdenia ich zákonnosti, oprávnenosti a správnosti. 
Riadiaci orgán postupuje pri výkone finančnej kontroly žiadosti o platbu v súlade s ustanoveniami Systému riadenia EŠIF. Ak riadiaci orgán pri výkone finančnej kontroly žiadosti o platbu zistí, že obsahuje výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, resp. zistí, že žiadosť o platbu nie je možné schváliť z dôvodu, že boli naplnené ustanovenia čl. 132 ods. 2 písm. b) nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013, t. j. začalo sa vyšetrovanie v súvislosti s možnou nezrovnalosťou ovplyvňujúcou dotknuté výdavky, riadiaci orgán postupuje takto:
Všeobecné pravidlá vzťahujúce sa ku všetkým systémom financovania:
•	v zmysle § 7 ods. 6 zákona č. 292/2014 Z. z. o EŠIF a v zmysle ustanovení zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku je riadiaci orgán oprávnený pozastaviť schvaľovanie žiadosti o platbu, ktorá obsahuje výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania (s výnimkou špecifických prípadov uvedených v časti "Špecifické pravidlá vzťahujúce sa k jednotlivým systémom financovania" časti 4.5.7.1 tohto materiálu), resp. pozastaviť schvaľovanie tej časti žiadosti o platbu, ktorá obsahuje výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania;
•	riadiaci orgán zároveň preverí, či sa uvedené skúmanie vzťahuje aj na v minulosti schválené výdavky;
•	v prípade, ak sa prebiehajúce skúmanie vzťahuje na v minulosti schválené výdavky v žiadosti o platbu a v súhrnnej žiadosti o platbu / mimoriadnej súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán je povinný vo vzťahu k riešeniu nezrovnalostí prijať účinné nápravné opatrenia najmä na účely správnej administrácie nezrovnalostí a prípadného budúceho vysporiadania finančných vzťahov v súlade s metodickým usmernením MF SR č. 2/2015-U k nezrovnalostiam a finančným opravám v rámci finančného riadenia ŠF, KF a ENRF. Zároveň je povinný zabezpečiť ich ďalšie nepredkladanie na schválenie subjektu v nadväzujúcej úrovni schvaľovacieho procesu v rámci systému finančných tokov;
•	v prípade, ak sa prebiehajúce skúmanie vzťahuje na výdavky schválené riadiacim orgánom v žiadosti o platbu, ale zatiaľ neschválené v súhrnnej žiadosti o platbu, riadiaci orgán prostredníctvom platobnej jednotky pozastaví zaraďovanie týchto výdavkov do súhrnnej žiadosti o platbu / mimoriadnej súhrnnej žiadosti o platbu, resp. zaradí takéto výdavky do súhrnnej žiadosti o platbu / mimoriadnej súhrnnej žiadosti o platbu s uplatnenou percentuálnou sadzbou navrhnutej finančnej opravy a predloží ich na schválenie certifikačnému orgánu. Týmto postupom nie sú dotknuté ustanovenia zákona č. 357/2015 Z. z. v znení neskorších predpisov týkajúce sa výkonu finančnej kontroly, t. j. riadiaci orgán za účelom uplatnenia uvedeného postupu je povinný otvoriť finančnú kontrolu, ktorej výsledkom je v. u. pozastavenie alebo uplatnenie finančnej opravy;
•	v prípade, ak sa prebiehajúce skúmanie vzťahuje na výdavky schválené platobnou jednotkou v súhrnnej žiadosti o platbu, certifikačný orgán schváli súhrnnú žiadosť o platbu v zníženej sume. Následne riadiaci orgán postupuje v súlade s časťou 6 a časťou 4.7.1 tohto materiálu; 
•	v prípade, ak sa prebiehajúce skúmanie vzťahuje na výdavky schválené v súhrnnej žiadosti o platbu / mimoriadnej súhrnnej žiadosti o platbu, certifikačný orgán tieto nezaradí do žiadosti o platbu na EK a o uvedenej skutočnosti informuje riadiaci orgán;
•	v prípade, ak sa prebiehajúce skúmanie vzťahuje na výdavky schválené v žiadosti o platbu na EK aktuálneho účtovného roka, certifikačný orgán tieto dočasne vylúči z Účtov za aktuálny účtovný rok;
•	v prípade, ak sa prebiehajúce skúmanie vzťahuje na výdavky, pri ktorých sa má uplatniť finančná oprava percentuálnou sadzbou (napr. porušenie postupov verejného obstarávania, paušálna sadzba za systémovú nezrovnalosť a pod.), prijímateľ v žiadosti o platbu deklaruje výdavky v 100 % výške v rozdelení každého deklarovaného výdavku na dve časti, dva samostatné deklarované výdavky (časť spadajúcu pod percentuálnu sadzbu  a časť oprávnenú na financovanie zo ŠF, KF a ENRF). Ak aktuálne predložená žiadosť o platbu nemá deklarované výdavky rozdelené na dve časti, riadiaci orgán požiada prijímateľa, aby tak urobil. Následne časť spadajúcu pod percentuálnu sadzbu navrhnutej finančnej opravy riadiaci orgán v rámci výkonu finančnej kontroly žiadosti o platbu vyčlení na samostatný predmet kontroly a pozastaví schvaľovanie až do času ukončenia prebiehajúceho skúmania. Oprávnenú časť riadiaci orgán schváli. Uvedený postup zaznamená v návrhu správy / správe z finančnej kontroly pre zachovanie auditnej stopy. Riadiaci orgán v prípade finančnej opravy v tejto etape ešte nepristupuje k úprave (zníženiu) nenávratného finančného príspevku formou dodatku k zmluve o poskytnutí NFP, ani k úpravám rozpočtu projektu v ITMS. K úprave a zníženiu výšky nenávratného finančného príspevku, ako aj k úpravám rozpočtu projektu v ITMS sa pristupuje až po potvrdení nezrovnalosti a definitívnom potvrdení výšky finančnej opravy. Od účinnosti dodatku k zmluve o poskytnutí NFP prijímateľ v žiadosti o platbu predkladá všetky výdavky a nárokuje si sumu zníženú o potvrdenú finančnú opravu; 
•	ak sa výsledkom skúmania potvrdí zákonnosť a správnosť pozastavených výdavkov, riadiaci orgán pristúpi k administrácií žiadosti o platbu v súlade s časťou 6 tohto materiálu; 
•	ak sa výsledkom skúmania potvrdí, že výdavky nie sú zákonné a správne, riadiaci orgán žiadosť o platbu s pozastavenými výdavkami neschváli, resp. schváli v zníženej výške o sumu neoprávnených výdavkov. V prípade výdavkov schválených v minulosti riadiaci orgán pristúpi k administrácii nezrovnalosti a k vymáhaniu finančných prostriedkov od dlžníka v súlade s metodickým usmernením MF SR č. 2/2015-U k nezrovnalostiam a finančným opravám v rámci finančného riadenia ŠF, KF a ENRF; 
•	riadiaci orgán je zároveň povinný pravidelne monitorovať stav predmetného prebiehajúceho skúmania na úrovni projektov a je povinný bezodkladne predložiť informáciu o začatí a o zmene stavu predmetného šetrenia, vyšetrovania, kontroly certifikačnému orgánu elektronicky na e-mailovú adresu co_certifikacia@mfsr.sk a orgánu auditu elektronicky na e-mailovú adresu oa_ucty@mfsr.sk. 
Špecifické pravidlá vzťahujúce sa k jednotlivým systémom financovania vo vzťahu k výdavkom, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania:
•	v prípade systému refundácie:
a)	ak žiadosť o platbu (priebežná platba) obsahuje výlučne výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, je riadiaci orgán povinný pozastaviť schvaľovanie žiadosti o platbu (priebežná platba) do času ukončenia skúmania; 
b)	ak žiadosť o platbu (priebežná platba) obsahuje okrem výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania aj výdavky, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán je povinný vyčleniť výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania na samostatný predmet kontroly a následne je povinný pozastaviť schvaľovanie vyčlenenej časti výdavkov do času ukončenia skúmania. V prípade výdavkov, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.3 tohto materiálu;
c)	ak žiadosť o platbu (priebežná platba) obsahuje výdavky, na ktoré má byť uplatnená percentuálna sadzba finančnej opravy, riadiaci orgán postupuje v súlade so všeobecnými pravidlami uvedenými vyššie;
d)	ak sa výsledkom skúmania potvrdí, že výdavky sú zákonné a správne, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.3 tohto materiálu.
•	v prípade systému zálohových platieb: 
a)	ak žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) obsahuje výlučne výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, je riadiaci orgán povinný pozastaviť schvaľovanie žiadosti o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) do času ukončenia skúmania; 
b)	ak žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) obsahuje okrem výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania aj výdavky, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán je povinný vyčleniť výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania na samostatný predmet kontroly a následne je povinný pozastaviť schvaľovanie vyčlenenej časti výdavkov do času ukončenia skúmania. V prípade výdavkov, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.2 tohto materiálu;
c)	ak žiadosť o platbu (zúčtovanie zálohovej platby) obsahuje výdavky, na ktoré má byť uplatnená percentuálna sadzba finančnej opravy, riadiaci orgán postupuje v súlade so všeobecnými pravidlami uvedenými vyššie;
d)	ak sa výsledkom skúmania potvrdí, že výdavky sú zákonné a správne, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.2 tohto materiálu; 
e)	vo vzťahu k financovaniu projektu, v rámci ktorého boli identifikované výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, je v kompetencii riadiaceho orgánu posúdiť opodstatnenosť a reálnosť požiadavky prijímateľa na poskytnutie zálohovej platby. Vo vzťahu k výpočtu maximálnej výšky zálohovej platby postupuje riadiaci orgán v súlade s časťou 6.2 tohto materiálu;
f)	vo vzťahu k povinnosti zúčtovať 100 % každej jednej poskytnutej zálohovej platby v lehote 9 mesiacov odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa / aktivácie rozpočtového opatrenia sa uplatňuje postup v súlade s časťou 6.2.5  tohto materiálu. 
•	v prípade systému predfinancovania:
a)	ak žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) obsahuje výlučne výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, je na rozhodnutí riadiaceho orgánu, či predmetnú žiadosť o platbu po dohode s platobnou jednotkou (po zvážení dopadu na štátny rozpočet) schváli a uhradí alebo ju pozastaví do času ukončenia skúmania;
b)	ak žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) obsahuje okrem výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, aj výdavky, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania 
i.	je na rozhodnutí riadiaceho orgánu, či predmetnú žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) po dohode s platobnou jednotkou (po zvážení dopadu na štátny rozpočet) schváli a uhradí v súlade s časťou 6.1 tohto materiálu;
ii.	ak riadiaci orgán rozhodne, že výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, neuhradí, vyčlení rizikové výdavky (t. j. účtovné doklady, v ktorých sa nachádzajú rizikové výdavky) na samostatný predmet kontroly a následne pozastaví schvaľovanie vyčlenenej časti výdavkov do času ukončenia skúmania. Ak žiadosť o platbu (poskytnutie predfinancovania) obsahuje výdavky, na ktoré má byť uplatnená percentuálna sadzba finančnej opravy, riadiaci orgán postupuje v súlade so všeobecnými pravidlami uvedenými vyššie. V prípade výdavkov, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.1 tohto materiálu;
c)	ak sa výsledkom skúmania potvrdí, že výdavky sú zákonné, oprávnené a správne, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.1 tohto materiálu; 
d)	ak je rizikovosť výdavkov identifikovaná vo fáze zúčtovania predfinancovania na časť alebo všetky deklarované výdavky zahrnuté do žiadosti o platbu (uvedené sa vzťahuje aj na prípad zúčtovania predfinancovania poskytnutého podľa písm. a) a b)i.), riadiaci orgán pozastaví schvaľovanie celej žiadosti o platbu (zúčtovanie predfinancovania) do času ukončenia skúmania (vo fáze zúčtovania predfinancovania nie je možné vyčleniť výdavky na samostatný predmet kontroly); 
e)	vo vzťahu k povinnosti zúčtovať 100 % každého poskytnutého predfinancovania (každej jednej pripísanej platby predfinancovania samostatne) najneskôr do 10 pracovných dní odo dňa pripísania finančných prostriedkov na účte prijímateľa / aktivácie rozpočtového opatrenia sa uplatňuje postup v súlade s časťou 6.1.2 (bod 1) tohto materiálu.
•	v prípade Programov Interreg:
a)	ak zoznam deklarovaných výdavkov obsahuje výlučne výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán / zodpovedný subjekt určený na národnej úrovni je oprávnený neschváliť alebo pozastaviť schvaľovanie zoznamu deklarovaných výdavkov do času ukončenia skúmania;
b)	ak zoznam deklarovaných výdavkov obsahuje okrem výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania aj výdavky, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán / zodpovedný subjekt určený na národnej úrovni je oprávnený výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania neschváliť alebo vyčleniť na samostatný predmet kontroly a následne je povinný pozastaviť schvaľovanie vyčlenenej časti výdavkov do času ukončenia skúmania. V prípade výdavkov, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán / zodpovedný subjekt určený na národnej úrovni postupuje v súlade s časťou 6.4 tohto materiálu;
c)	ak zoznam deklarovaných výdavkov obsahuje výdavky, na ktoré má byť uplatnená percentuálna sadzba finančnej opravy, riadiaci orgán / zodpovedný subjekt určený na národnej úrovni postupuje v súlade so všeobecnými pravidlami uvedenými vyššie;
d)	ak sa výsledkom skúmania potvrdí, že výdavky zahrnuté v zozname deklarovaných výdavkov sú zákonné a správne, riadiaci orgán / zodpovedný subjekt určený na národnej úrovni postupuje v súlade s časťou 6.4 tohto materiálu; 
e)	ak žiadosť o platbu (priebežná platba, zúčtovanie zálohovej platby) obsahuje okrem výdavkov, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania aj výdavky, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán je povinný vyčleniť výdavky, ktoré sú predmetom prebiehajúceho skúmania na samostatný predmet kontroly a následne je povinný pozastaviť schvaľovanie vyčlenenej časti výdavkov do času ukončenia skúmania. V prípade výdavkov, ktoré nie sú predmetom prebiehajúceho skúmania, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.4, resp. 6.5 tohto materiálu;
f)	ak žiadosť o platbu (priebežná platba, zúčtovanie zálohovej platby) obsahuje výdavky, na ktoré má byť uplatnená percentuálna sadzba finančnej opravy, riadiaci orgán postupuje v súlade so všeobecnými pravidlami uvedenými vyššie;
g)	ak sa výsledkom skúmania potvrdí, že výdavky zahrnuté v žiadosti o platbu sú zákonné a správne, riadiaci orgán a platobná jednotka postupujú v súlade s časťou 6.4, resp. 6.5 tohto materiálu.
16.	Kapitola 4.5.7.2 Pravidlá vzťahujúce sa na projekty využívajúce preddavkové platby v rámci odberateľsko-dodávateľských vzťahov, bod 5d) a zároveň predposledný odsek kapitoly, nahrádza sa odkaz na kapitolu „6.2.6“ odkazom na kapitolu „6.2.5“.
17.	Kapitola 4.5.8 Spracovanie Účtov na národnej úrovni, upravuje sa odkaz na nariadenie o rozpočtových pravidlách nasledovne: „...a čl. 63 ods. 5 a ods.6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046...“.
18.	Kapitola 4.5.9.1 Vysporiadanie čistého príjmu, tretí odsek, upravuje sa odkaz na nariadenie o rozpočtových pravidlách nasledovne: „(čl. 63 ods. 5 a ods.6 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046)“.
19.	Kapitola 6.2.5 Postup sledovania povinnosti zúčtovania poskytnutej zálohovej platby, tretí odsek, upravuje sa odkaz na čl. 67 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013 nasledovne: „...v zmysle čl. 67 ods. 1 písm. b) až e)...“.
20.	Kapitola 6.2.5 Postup sledovania povinnosti zúčtovania poskytnutej zálohovej platby, bod 3b), nahrádza sa odkaz na kapitolu „6.2.6“ odkazom na kapitolu „6.2.5“.
21.	Kapitola 6.5.5 Postup sledovania povinnosti zúčtovania poskytnutej zálohovej platby, tretí odsek, upravuje sa odkaz na čl. 67 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013 nasledovne: „...v zmysle čl. 67 ods. 1 písm. b) až e)...“.
22.	Poznámka pod čiarou č. 9 sa mení nasledovne: v zmysle čl. 8 ods. 4 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046 platí, že ak v dohodách o príspevku nie je uvedené inak, úroky z prostriedkov EÚ poskytnutých Európskou komisiou nepatria EÚ. V danom prípade sa vzniknuté úroky použijú na ten istý účel a neodpočítajú sa zo žiadosti o platbu na Európsku komisiu.
23.	Poznámka pod čiarou č. 12, upravuje sa odkaz na nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, Euratom) č. 2018/1046.
24.	Príloha 1b „Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu“ sa bod 84 upravuje nasledovne:
„84. Stĺpec "Druh neoprávneného výdavku": V tejto časti prijímateľ výberom z možností neoprávnených výdavkov identifikuje druh neoprávneného výdavku uvedeného v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie (v EUR)". Neoprávnený výdavok uvedený v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie (v EUR)" je prijímateľ povinný rozčleniť podľa druhu neoprávneného výdavku, a to výberom z možností neoprávneného výdavku (Neoprávnená DPH – kód 1, finančná oprava za verejné obstarávanie – kód 2 (v prípade, ak už došlo k zníženiu nenávratného finančného príspevku – napr. formou dodatku k zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku), výdavky nad rámec finančnej medzery – kód 3, vecná neoprávnenosť – kód 4, iné dôvody – kód 5, finančná oprava za hodnotiaci / výberový proces – kód 7, finančná oprava za nehospodárnosť – kód 8, chýbajúce / nesprávne / neúplné doklady – kód 9, nepravdivé doklady – kód 10, iná finančná oprava – kód 11). Jednej sume neoprávneného výdavku uvedenej v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie (v EUR)" môže byť viacnásobným výberom priradených viac druhov neoprávnených výdavkov. V prípade viacnásobného výberu ITMS pridáva samostatný riadok pre každý druh neoprávneného výdavku.“
25.	Príloha 1b „Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu“ sa bod 136 upravuje nasledovne:
„136. Stĺpec "Druh neoprávneného výdavku": V tejto časti riadiaci orgán / sprostredkovateľský orgán výberom z možností neoprávnených výdavkov identifikuje druh neoprávneného výdavku uvedeného v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" v súlade so správou z kontroly. Neoprávnený výdavok uvedený v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" je riadiaci orgán / sprostredkovateľský orgán povinný rozčleniť podľa druhu neoprávneného výdavku, a to výberom z možností neoprávneného výdavku (Neoprávnená DPH – kód 1, finančná oprava za verejné obstarávanie – kód 2 (v prípade, ak už došlo k zníženiu nenávratného finančného príspevku – napr. formou dodatku k zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku), výdavky nad rámec finančnej medzery – kód 3, vecná neoprávnenosť – kód 4, iné dôvody – kód 5, finančná oprava za hodnotiaci / výberový proces – kód 7, finančná oprava za nehospodárnosť – kód 8, chýbajúce / nesprávne / neúplné doklady – kód 9, nepravdivé doklady – kód 10, iná finančná oprava – kód 11). Jednej sume neoprávneného výdavku uvedenej v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" môže byť viacnásobným výberom priradených viac druhov neoprávnených výdavkov. V prípade viacnásobného výberu ITMS pridáva samostatný riadok pre každý druh neoprávneného výdavku.“
26.	Príloha 1d „Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu (finančné nástroje)“ sa bod 11 „Druh neoprávneného výdavku“ upravuje nasledovne:
„11. Stĺpec "Druh neoprávneného výdavku": V tejto časti prijímateľ výberom z možností neoprávnených výdavkov identifikuje druh neoprávneného výdavku uvedeného v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie (v EUR)". Neoprávnený výdavok uvedený v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie (v EUR)" je prijímateľ povinný rozčleniť podľa druhu neoprávneného výdavku, a to výberom z možností neoprávneného výdavku (Neoprávnená DPH – kód 1, finančná oprava za verejné obstarávanie – kód 2 (v prípade, ak už došlo k zníženiu nenávratného finančného príspevku – napr. formou dodatku k zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku), výdavky nad rámec finančnej medzery – kód 3, vecná neoprávnenosť – kód 4, iné dôvody – kód 51, finančná oprava za hodnotiaci / výberový proces – kód 7, finančná oprava za nehospodárnosť – kód 8, chýbajúce / nesprávne / neúplné doklady – kód 9, nepravdivé doklady – kód 10, iná finančná oprava – kód 11). Jednej sume neoprávneného výdavku uvedenej v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie (v EUR)" môže byť viacnásobným výberom priradených viac druhov neoprávnených výdavkov. V prípade viacnásobného výberu ITMS pridáva samostatný riadok pre každý druh neoprávneného výdavku.“
27.	Príloha 1d „Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu (finančné nástroje)“ sa bod 130 upravuje nasledovne:
„130. Stĺpec "Druh neoprávneného výdavku": V tejto časti riadiaci orgán / sprostredkovateľský orgán výberom z možností neoprávnených výdavkov identifikuje druh neoprávneného výdavku uvedeného v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" v súlade so správou z kontroly. Neoprávnený výdavok uvedený v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" je riadiaci orgán / sprostredkovateľský orgán povinný rozčleniť podľa druhu neoprávneného výdavku, a to výberom z možností neoprávneného výdavku (Neoprávnená DPH – kód 1, finančná oprava za verejné obstarávanie – kód 2 (v prípade, ak už došlo k zníženiu nenávratného finančného príspevku – napr. formou dodatku k zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku), výdavky nad rámec finančnej medzery – kód 3, vecná neoprávnenosť – kód 4, iné dôvody – kód 52, finančná oprava za hodnotiaci / výberový proces – kód 7, finančná oprava za nehospodárnosť – kód 8, chýbajúce / nesprávne / neúplné doklady – kód 9, nepravdivé doklady – kód 10, iná finančná oprava – kód 11). Jednej sume neoprávneného výdavku uvedenej v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" môže byť viacnásobným výberom priradených viac druhov neoprávnených výdavkov. V prípade viacnásobného výberu ITMS pridáva samostatný riadok pre každý druh neoprávneného výdavku.“
28.	Príloha 1d „Pokyny k vyplneniu žiadosti o platbu (finančné nástroje)“
Úprava číslovania jednotlivých bodov v časti: Stĺpce „Rozpočtová klasifikácia výdavku“.
29.	Príloha 1f „Pokyny k vyplneniu zoznamu deklarovaných výdavkov a žiadosti o platbu (Programy Interreg V-A)“ sa bod 82 upravuje nasledovne:
„82. Stĺpec "Druh neoprávneného výdavku": V tejto časti hlavný prijímateľ / partner výberom z možností neoprávnených výdavkov identifikuje druh neoprávneného výdavku uvedeného v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie". Neoprávnený výdavok uvedený v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie" je hlavný prijímateľ / partner povinný rozčleniť podľa druhu neoprávneného výdavku, a to výberom z možností neoprávneného výdavku Neoprávnená DPH – kód 1, finančná oprava za verejné obstarávanie – kód 2 (v prípade, ak už došlo k zníženiu nenávratného finančného príspevku – napr. formou dodatku k zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku), výdavky nad rámec finančnej medzery – kód 3, vecná neoprávnenosť – kód 4, iné dôvody – kód 51, finančná oprava za hodnotiaci / výberový proces – kód 7, finančná oprava za nehospodárnosť – kód 8, chýbajúce / nesprávne / neúplné doklady – kód 9, nepravdivé doklady – kód 10, iná finančná oprava – kód 11, odložená DPH – kód 12). Jednej sume neoprávneného výdavku uvedenej v stĺpci "Suma nežiadaná na preplatenie" môže byť viacnásobným výberom priradených viac druhov neoprávnených výdavkov. V prípade viacnásobného výberu ITMS pridáva samostatný riadok pre každý druh neoprávneného výdavku.“
30.	Príloha 1f „Pokyny k vyplneniu zoznamu deklarovaných výdavkov a žiadosti o platbu (Programy Interreg V-A)“ sa bod 143 upravuje nasledovne:
„143. Stĺpec "Druh neoprávneného výdavku": V tejto časti národný kontrolór výberom z možností neoprávnených výdavkov identifikuje druh neoprávneného výdavku uvedeného v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" v súlade so správou z kontroly. Neoprávnený výdavok uvedený v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" je národný kontrolór povinný rozčleniť podľa druhu neoprávneného výdavku, a to výberom z možností neoprávneného výdavku (Neoprávnená DPH – kód 1, finančná oprava za verejné obstarávanie – kód 2 (v prípade, ak už došlo k zníženiu nenávratného finančného príspevku – napr. formou dodatku k zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku), výdavky nad rámec finančnej medzery – kód 3, vecná neoprávnenosť – kód 4, iné dôvody – kód 52, finančná oprava za hodnotiaci / výberový proces – kód 7, finančná oprava za nehospodárnosť – kód 8, chýbajúce / nesprávne / neúplné doklady – kód 9, nepravdivé doklady – kód 10, iná finančná oprava – kód 11, odložená DPH – kód 12). Jednej sume neoprávneného výdavku uvedenej v stĺpci "Neoprávnený výdavok (v EUR)" môže byť viacnásobným výberom priradených viac druhov neoprávnených výdavkov. V prípade viacnásobného výberu ITMS pridáva samostatný riadok pre každý druh neoprávneného výdavku.“
31.	Príloha 10 „Prehľad právoplatných rozsudkov a informácií o prebiehajúcich súdnych konaniach“ sa upravuje nasledovne:
Stĺpec „súd“: Odstraňuje sa možnosť výberu označenia typu súdu z preddefinovaných možností. Riadiaci orgán identifikuje typ súdu presným názvom, napr.: Okresný súd Bratislava I. 
Stĺpec „typ veci“: Dopĺňa sa preddefinovaná možnosť „trestná“ vec.